Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5288
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5288, 550 aa
1>>>pF1KB5288 550 - 550 aa - 550 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.8152+/-0.000888; mu= 7.8892+/- 0.053
mean_var=158.0015+/-31.707, 0's: 0 Z-trim(112.3): 11 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.102034
statistics sampled from 13043 (13049) to 13043 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.744), E-opt: 0.2 (0.401), width: 16
Scan time: 3.380
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1941.1 RTKN gene_id:6242|Hs108|chr2 ( 550) 3761 565.6 5.5e-161
CCDS33226.1 RTKN gene_id:6242|Hs108|chr2 ( 563) 3615 544.1 1.7e-154
CCDS42699.1 RTKN gene_id:6242|Hs108|chr2 ( 513) 3524 530.7 1.7e-150
CCDS7263.1 RTKN2 gene_id:219790|Hs108|chr10 ( 609) 1311 205.0 2.2e-52
CCDS73140.1 RTKN2 gene_id:219790|Hs108|chr10 ( 163) 443 76.8 2.2e-14
>>CCDS1941.1 RTKN gene_id:6242|Hs108|chr2 (550 aa)
initn: 3761 init1: 3761 opt: 3761 Z-score: 3003.7 bits: 565.6 E(32554): 5.5e-161
Smith-Waterman score: 3761; 100.0% identity (100.0% similar) in 550 aa overlap (1-550:1-550)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MQDRLHILEDLNMLYIRQMALSLEDTELQRKLDHEIRMREGACKLLAACSQREQALEATK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 MQDRLHILEDLNMLYIRQMALSLEDTELQRKLDHEIRMREGACKLLAACSQREQALEATK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 SLLVCNSRILSYMGELQRRKEAQVLGKTSRRPSDSGPPAERSPCRGRVCISDLRIPLMWK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 SLLVCNSRILSYMGELQRRKEAQVLGKTSRRPSDSGPPAERSPCRGRVCISDLRIPLMWK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 DTEYFKNKGDLHRWAVFLLLQLGEHIQDTEMILVDRTLTDISFQSNVLFAEAGPDFELRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 DTEYFKNKGDLHRWAVFLLLQLGEHIQDTEMILVDRTLTDISFQSNVLFAEAGPDFELRL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 ELYGACVEEEGALTGGPKRLATKLSSSLGRSSGRRVRASLDSAGGSGSSPILLPTPVVGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 ELYGACVEEEGALTGGPKRLATKLSSSLGRSSGRRVRASLDSAGGSGSSPILLPTPVVGG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 PRYHLLAHTTLTLAAVQDGFRTHDLTLASHEENPAWLPLYGSVCCRLAAQPLCMTQPTAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 PRYHLLAHTTLTLAAVQDGFRTHDLTLASHEENPAWLPLYGSVCCRLAAQPLCMTQPTAS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 GTLRVQQAGEMQNWAQVHGVLKGTNLFCYRQPEDADTGEEPLLTIAVNKETRVRAGELDQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 GTLRVQQAGEMQNWAQVHGVLKGTNLFCYRQPEDADTGEEPLLTIAVNKETRVRAGELDQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 ALGRPFTLSISNQYGDDEVTHTLQTESREALQSWMEALWQLFFDMSQWKQCCDEIMKIET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 ALGRPFTLSISNQYGDDEVTHTLQTESREALQSWMEALWQLFFDMSQWKQCCDEIMKIET
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 PAPRKPPQALAKQGSLYHEMAIEPLDDIAAVTDILTQREGARLETPPPWLAMFTDQPALP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 PAPRKPPQALAKQGSLYHEMAIEPLDDIAAVTDILTQREGARLETPPPWLAMFTDQPALP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 NPCSPASVAPAPDWTHPLPWGRPRTFSLDAVPPDHSPRARSVAPLPPQRSPRTRGLCSKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 NPCSPASVAPAPDWTHPLPWGRPRTFSLDAVPPDHSPRARSVAPLPPQRSPRTRGLCSKG
490 500 510 520 530 540
550
pF1KB5 QPRTWLQSPV
::::::::::
CCDS19 QPRTWLQSPV
550
>>CCDS33226.1 RTKN gene_id:6242|Hs108|chr2 (563 aa)
initn: 3615 init1: 3615 opt: 3615 Z-score: 2887.4 bits: 544.1 E(32554): 1.7e-154
Smith-Waterman score: 3615; 100.0% identity (100.0% similar) in 527 aa overlap (24-550:37-563)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MQDRLHILEDLNMLYIRQMALSLEDTELQRKLDHEIRMREGACKLLAACSQRE
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 RSRVTVARGSALEMEFKRGRFRLSLFSDLPEDTELQRKLDHEIRMREGACKLLAACSQRE
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 QALEATKSLLVCNSRILSYMGELQRRKEAQVLGKTSRRPSDSGPPAERSPCRGRVCISDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 QALEATKSLLVCNSRILSYMGELQRRKEAQVLGKTSRRPSDSGPPAERSPCRGRVCISDL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 RIPLMWKDTEYFKNKGDLHRWAVFLLLQLGEHIQDTEMILVDRTLTDISFQSNVLFAEAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 RIPLMWKDTEYFKNKGDLHRWAVFLLLQLGEHIQDTEMILVDRTLTDISFQSNVLFAEAG
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 PDFELRLELYGACVEEEGALTGGPKRLATKLSSSLGRSSGRRVRASLDSAGGSGSSPILL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 PDFELRLELYGACVEEEGALTGGPKRLATKLSSSLGRSSGRRVRASLDSAGGSGSSPILL
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 PTPVVGGPRYHLLAHTTLTLAAVQDGFRTHDLTLASHEENPAWLPLYGSVCCRLAAQPLC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 PTPVVGGPRYHLLAHTTLTLAAVQDGFRTHDLTLASHEENPAWLPLYGSVCCRLAAQPLC
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 MTQPTASGTLRVQQAGEMQNWAQVHGVLKGTNLFCYRQPEDADTGEEPLLTIAVNKETRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MTQPTASGTLRVQQAGEMQNWAQVHGVLKGTNLFCYRQPEDADTGEEPLLTIAVNKETRV
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 RAGELDQALGRPFTLSISNQYGDDEVTHTLQTESREALQSWMEALWQLFFDMSQWKQCCD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 RAGELDQALGRPFTLSISNQYGDDEVTHTLQTESREALQSWMEALWQLFFDMSQWKQCCD
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 EIMKIETPAPRKPPQALAKQGSLYHEMAIEPLDDIAAVTDILTQREGARLETPPPWLAMF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 EIMKIETPAPRKPPQALAKQGSLYHEMAIEPLDDIAAVTDILTQREGARLETPPPWLAMF
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 TDQPALPNPCSPASVAPAPDWTHPLPWGRPRTFSLDAVPPDHSPRARSVAPLPPQRSPRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 TDQPALPNPCSPASVAPAPDWTHPLPWGRPRTFSLDAVPPDHSPRARSVAPLPPQRSPRT
490 500 510 520 530 540
540 550
pF1KB5 RGLCSKGQPRTWLQSPV
:::::::::::::::::
CCDS33 RGLCSKGQPRTWLQSPV
550 560
>>CCDS42699.1 RTKN gene_id:6242|Hs108|chr2 (513 aa)
initn: 3524 init1: 3524 opt: 3524 Z-score: 2815.6 bits: 530.7 E(32554): 1.7e-150
Smith-Waterman score: 3524; 100.0% identity (100.0% similar) in 513 aa overlap (38-550:1-513)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 LEDLNMLYIRQMALSLEDTELQRKLDHEIRMREGACKLLAACSQREQALEATKSLLVCNS
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 MREGACKLLAACSQREQALEATKSLLVCNS
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 RILSYMGELQRRKEAQVLGKTSRRPSDSGPPAERSPCRGRVCISDLRIPLMWKDTEYFKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 RILSYMGELQRRKEAQVLGKTSRRPSDSGPPAERSPCRGRVCISDLRIPLMWKDTEYFKN
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 KGDLHRWAVFLLLQLGEHIQDTEMILVDRTLTDISFQSNVLFAEAGPDFELRLELYGACV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 KGDLHRWAVFLLLQLGEHIQDTEMILVDRTLTDISFQSNVLFAEAGPDFELRLELYGACV
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 EEEGALTGGPKRLATKLSSSLGRSSGRRVRASLDSAGGSGSSPILLPTPVVGGPRYHLLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 EEEGALTGGPKRLATKLSSSLGRSSGRRVRASLDSAGGSGSSPILLPTPVVGGPRYHLLA
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 HTTLTLAAVQDGFRTHDLTLASHEENPAWLPLYGSVCCRLAAQPLCMTQPTASGTLRVQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 HTTLTLAAVQDGFRTHDLTLASHEENPAWLPLYGSVCCRLAAQPLCMTQPTASGTLRVQQ
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 AGEMQNWAQVHGVLKGTNLFCYRQPEDADTGEEPLLTIAVNKETRVRAGELDQALGRPFT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 AGEMQNWAQVHGVLKGTNLFCYRQPEDADTGEEPLLTIAVNKETRVRAGELDQALGRPFT
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 LSISNQYGDDEVTHTLQTESREALQSWMEALWQLFFDMSQWKQCCDEIMKIETPAPRKPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LSISNQYGDDEVTHTLQTESREALQSWMEALWQLFFDMSQWKQCCDEIMKIETPAPRKPP
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 QALAKQGSLYHEMAIEPLDDIAAVTDILTQREGARLETPPPWLAMFTDQPALPNPCSPAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 QALAKQGSLYHEMAIEPLDDIAAVTDILTQREGARLETPPPWLAMFTDQPALPNPCSPAS
400 410 420 430 440 450
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 VAPAPDWTHPLPWGRPRTFSLDAVPPDHSPRARSVAPLPPQRSPRTRGLCSKGQPRTWLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 VAPAPDWTHPLPWGRPRTFSLDAVPPDHSPRARSVAPLPPQRSPRTRGLCSKGQPRTWLQ
460 470 480 490 500 510
550
pF1KB5 SPV
:::
CCDS42 SPV
>>CCDS7263.1 RTKN2 gene_id:219790|Hs108|chr10 (609 aa)
initn: 1167 init1: 465 opt: 1311 Z-score: 1054.0 bits: 205.0 E(32554): 2.2e-52
Smith-Waterman score: 1334; 40.7% identity (71.5% similar) in 506 aa overlap (24-517:20-513)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MQDRLHILEDLNMLYIRQMALSLEDTELQRKLDHEIRMREGACKLLAACSQREQALEATK
.: ..:.:.: ::::::: :::. .:..:.:.:.:
CCDS72 MEGPSLRGPALRLAGLPTQQDCNIQEKIDLEIRMREGIWKLLSLSTQKDQVLHAVK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 SLLVCNSRILSYMGELQRRKEAQVLGKTSRRPSDSGPPAERSPCRGRVCISDLRIPLMWK
.:.:::.:...: .:::. .: :. ..:.: ::. :.:.. :::.:::::::
CCDS72 NLMVCNARLMAYTSELQKLEE-QIANQTGRCDVKF-ESKERTACKGKIAISDIRIPLMWK
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 DTEYFKNKGDLHRWAVFLLLQLGEHIQDTEMILVDRTLTDISFQSNVLFAEAGPDFELRL
:...:.:: .:.:.: :...: .. ::... ::.:.::: :.. ..: ::::::....
CCDS72 DSDHFSNKERSRRYAIFCLFKMGANVFDTDVVNVDKTITDICFENVTIFNEAGPDFQIKV
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 ELYGACVEEEGALTGGPKRLATKLSSSLGRSSGRRVRASLDSAGGSGSSPILLPTPVVGG
:.: .: ::...:. ::.:: ::..:.....:... . :. . :: . .: :
CCDS72 EVY-SCCTEESSITNTPKKLAKKLKTSISKATGKKISSVLQEED---DEMCLLLSSAVFG
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 PRYHLLAHTTLTLAAVQDGFRTHDLTLASHEENPAWLPLYGSVCCRLAAQPLCMTQPTAS
.:.::::::::: ...:.:.::.:.. ..::. ::::::..::::.::: ::.. . .
CCDS72 VKYNLLAHTTLTLESAEDSFKTHNLSINGNEESSFWLPLYGNMCCRLVAQPACMAEDAFA
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350
pF1KB5 GTLRVQQAGE-MQNWAQVHGVLKGTNLFCYRQPEDADTGEEPLLTIAVNKETRVRAGELD
: : :: : . .: ... ::.: .:.:. .::. .. :: :.. .:::::.:: . :
CCDS72 GFLNQQQMVEGLISWRRLYCVLRGGKLYCFYSPEEIEAKVEPALVVPINKETRIRAMDKD
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 QALGRPFTLSISNQYGDDEVTHTLQTESREALQSWMEALWQLFFDMSQWKQCCDEIMKIE
: : ..:. : . .:. . ...:: ::.::::.:: :::.::::.::.:.::::
CCDS72 -AKKRIHNFSVINPVPGQAITQIFAVDNREDLQKWMEAFWQHFFDLSQWKHCCEELMKIE
360 370 380 390 400
420 430 440 450 460
pF1KB5 TPAPRKPPQALAKQG-SLYHEMAIEPLDDIAAVTDILTQRE---------GARLET-PPP
.::::: :.:.. :.::.:.:. . ..:::. .. : . :. :::
CCDS72 IMSPRKPPLFLTKEATSVYHDMSIDSPMKLESLTDIIQKKIEETNGQFLIGQHEESLPPP
410 420 430 440 450 460
470 480 490 500 510 520
pF1KB5 WLAMFTDQPALPNPCSPASVAPAPDWTHPLPWGRPRTFSLDAVPPDHSPRARSVAPLPPQ
: ..: . . . . :: . : :. : : : :. :
CCDS72 WATLFDGNHQMV--IQKKVLYPASEPLHDEK-GKKRQAPLP--PSDKLPFSLKSQSNTDQ
470 480 490 500 510 520
530 540 550
pF1KB5 RSPRTRGLCSKGQPRTWLQSPV
CCDS72 LVKDNWGKTSVSQTSSLDTKLSTLMHHLQKPMAAPRKLLPARRNRLSDGEHTDTKTNFEA
530 540 550 560 570 580
>>CCDS73140.1 RTKN2 gene_id:219790|Hs108|chr10 (163 aa)
initn: 413 init1: 256 opt: 443 Z-score: 371.6 bits: 76.8 E(32554): 2.2e-14
Smith-Waterman score: 443; 45.5% identity (79.7% similar) in 143 aa overlap (24-165:20-159)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MQDRLHILEDLNMLYIRQMALSLEDTELQRKLDHEIRMREGACKLLAACSQREQALEATK
.: ..:.:.: ::::::: :::. .:..:.:.:.:
CCDS73 MEGPSLRGPALRLAGLPTQQDCNIQEKIDLEIRMREGIWKLLSLSTQKDQVLHAVK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB5 SLLVCNSRILSYMGELQRRKEAQVLGKTSRRPSDSG-PPAERSPCRGRVCISDLRIPLMW
.:.:::.:...: .:::. .: :. ..:.: : ::. :.:.. :::.::::::
CCDS73 NLMVCNARLMAYTSELQKLEE-QIANQTGR--CDVKFESKERTACKGKIAISDIRIPLMW
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 KDTEYFKNKGDLHRWAVFLLLQLGEHIQDTEMILVDRTLTDISFQSNVLFAEAGPDFELR
::...:.:: .:.:.: :...: .. ::... ::.:.::: :..
CCDS73 KDSDHFSNKERSRRYAIFCLFKMGANVFDTDVVNVDKTITDICFENVTIL
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 LELYGACVEEEGALTGGPKRLATKLSSSLGRSSGRRVRASLDSAGGSGSSPILLPTPVVG
550 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 22:08:56 2016 done: Fri Nov 4 22:08:56 2016
Total Scan time: 3.380 Total Display time: 0.030
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]