Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5292
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5292, 412 aa
1>>>pF1KB5292 412 - 412 aa - 412 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3502+/-0.000791; mu= 16.5696+/- 0.047
mean_var=63.7771+/-12.891, 0's: 0 Z-trim(107.4): 21 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.160599
statistics sampled from 9520 (9540) to 9520 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.666), E-opt: 0.2 (0.293), width: 16
Scan time: 2.690
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7725.1 CTSD gene_id:1509|Hs108|chr11 ( 412) 2751 646.1 1.8e-185
CCDS73013.1 CTSE gene_id:1510|Hs108|chr1 ( 396) 903 217.9 1.4e-56
CCDS12794.1 NAPSA gene_id:9476|Hs108|chr19 ( 420) 901 217.4 2e-56
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CCDS31574.1 PGA3 gene_id:643834|Hs108|chr11 ( 388) 758 184.3 1.7e-46
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CCDS55000.1 PGC gene_id:5225|Hs108|chr6 ( 315) 439 110.3 2.6e-24
CCDS30981.1 REN gene_id:5972|Hs108|chr1 ( 406) 429 108.1 1.6e-23
CCDS73012.1 CTSE gene_id:1510|Hs108|chr1 ( 363) 396 100.4 2.9e-21
CCDS8383.1 BACE1 gene_id:23621|Hs108|chr11 ( 501) 267 70.6 3.8e-12
>>CCDS7725.1 CTSD gene_id:1509|Hs108|chr11 (412 aa)
initn: 2751 init1: 2751 opt: 2751 Z-score: 3443.2 bits: 646.1 E(32554): 1.8e-185
Smith-Waterman score: 2751; 100.0% identity (100.0% similar) in 412 aa overlap (1-412:1-412)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MQPSSLLPLALCLLAAPASALVRIPLHKFTSIRRTMSEVGGSVEDLIAKGPVSKYSQAVP
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CCDS77 MQPSSLLPLALCLLAAPASALVRIPLHKFTSIRRTMSEVGGSVEDLIAKGPVSKYSQAVP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 AVTEGPIPEVLKNYMDAQYYGEIGIGTPPQCFTVVFDTGSSNLWVPSIHCKLLDIACWIH
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CCDS77 AVTEGPIPEVLKNYMDAQYYGEIGIGTPPQCFTVVFDTGSSNLWVPSIHCKLLDIACWIH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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CCDS77 HKYNSDKSSTYVKNGTSFDIHYGSGSLSGYLSQDTVSVPCQSASSASALGGVKVERQVFG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 EATKQPGITFIAAKFDGILGMAYPRISVNNVLPVFDNLMQQKLVDQNIFSFYLSRDPDAQ
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CCDS77 EATKQPGITFIAAKFDGILGMAYPRISVNNVLPVFDNLMQQKLVDQNIFSFYLSRDPDAQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 PGGELMLGGTDSKYYKGSLSYLNVTRKAYWQVHLDQVEVASGLTLCKEGCEAIVDTGTSL
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CCDS77 PGGELMLGGTDSKYYKGSLSYLNVTRKAYWQVHLDQVEVASGLTLCKEGCEAIVDTGTSL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 MVGPVDEVRELQKAIGAVPLIQGEYMIPCEKVSTLPAITLKLGGKGYKLSPEDYTLKVSQ
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CCDS77 MVGPVDEVRELQKAIGAVPLIQGEYMIPCEKVSTLPAITLKLGGKGYKLSPEDYTLKVSQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KB5 AGKTLCLSGFMGMDIPPPSGPLWILGDVFIGRYYTVFDRDNNRVGFAEAARL
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CCDS77 AGKTLCLSGFMGMDIPPPSGPLWILGDVFIGRYYTVFDRDNNRVGFAEAARL
370 380 390 400 410
>>CCDS73013.1 CTSE gene_id:1510|Hs108|chr1 (396 aa)
initn: 1230 init1: 565 opt: 903 Z-score: 1129.5 bits: 217.9 E(32554): 1.4e-56
Smith-Waterman score: 1241; 45.5% identity (73.3% similar) in 409 aa overlap (1-409:1-394)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MQPSSLLPLALCLLAAPASALVRIPLHKFTSIRRTMSEVGGSVEDLIAKGPVSKYSQAVP
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CCDS73 MKTLLLLLLVLLELGEAQGSLHRVPLRRHPSLKKKL-RARSQLSEFWKSHNLDMIQFTES
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 AVTEGPIPEVLKNYMDAQYYGEIGIGTPPQCFTVVFDTGSSNLWVPSIHCKLLDIACWIH
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CCDS73 CSMDQSAKEPLINYLDMEYFGTISIGSPPQNFTVIFDTGSSNLWVPSVYCT--SPACKTH
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 HKYNSDKSSTYVKNGTSFDIHYGSGSLSGYLSQDTVSVPCQSASSASALGGVKVERQVFG
... ..:::: . : ::.:.::.::::: .. : ::: :. : : ::
CCDS73 SRFQPSQSSTYSQPGQSFSIQYGTGSLSGIIGADQVSVE-----------GLTVVGQQFG
120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 EATKQPGITFIAAKFDGILGMAYPRISVNNVLPVFDNLMQQKLVDQNIFSFYLSRDPDAQ
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CCDS73 ESVTEPGQTFVDAEFDGILGLGYPSLAVGGVTPVFDNMMAQNLVDLPMFSVYMSSNPEGG
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 PGGELMLGGTDSKYYKGSLSYLNVTRKAYWQVHLDQVEVASGLTLCKEGCEAIVDTGTSL
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CCDS73 AGSELIFGGYDHSHFSGSLNWVPVTKQAYWQIALDNIQVGGTVMFCSEGCQAIVDTGTSL
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 MVGPVDEVRELQKAIGAVPLIQGEYMIPCEKVSTLPAITLKLGGKGYKLSPEDYTLKVSQ
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CCDS73 ITGPSDKIKQLQNAIGAAP-VDGEYAVECANLNVMPDVTFTINGVPYTLSPTAYTLLDFV
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410
pF1KB5 AGKTLCLSGFMGMDIPPPSGPLWILGDVFIGRYYTVFDRDNNRVGFAEAARL
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CCDS73 DGMQFCSSGFQGLDIHPPAGPLWILGDVFIRQFYSVFDRGNNRVGLAPAVP
350 360 370 380 390
>>CCDS12794.1 NAPSA gene_id:9476|Hs108|chr19 (420 aa)
initn: 1321 init1: 888 opt: 901 Z-score: 1126.6 bits: 217.4 E(32554): 2e-56
Smith-Waterman score: 1324; 46.9% identity (73.7% similar) in 418 aa overlap (1-409:1-401)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MQPSSLL-PLALCLL---AAPASA-LVRIPLHKFTSIRRTMSEVGGSVEDLIAKGPVSKY
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CCDS12 MSPPPLLQPLLLLLPLLNVEPSGATLIRIPLHRVQPGRRILNLLRGWRE------PAELP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 SQAVPAVTEGPIPEVLKNYMDAQYYGEIGIGTPPQCFTVVFDTGSSNLWVPSIHCKLLDI
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CCDS12 KLGAPSPGDKPIFVPLSNYRDVQYFGEIGLGTPPQNFTVAFDTGSSNLWVPSRRCHFFSV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 ACWIHHKYNSDKSSTYVKNGTSFDIHYGSGSLSGYLSQDTVSVPCQSASSASALGGVKVE
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CCDS12 PCWLHHRFDPKASSSFQANGTKFAIQYGTGRVDGILSEDKLTI-----------GGIKGA
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 RQVFGEATKQPGITFIAAKFDGILGMAYPRISVNNVLPVFDNLMQQKLVDQNIFSFYLSR
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CCDS12 SVIFGEALWEPSLVFAFAHFDGILGLGFPILSVEGVRPPMDVLVEQGLLDKPVFSFYLNR
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 DPDAQPGGELMLGGTDSKYYKGSLSYLNVTRKAYWQVHLDQVEVASGLTLCKEGCEAIVD
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CCDS12 DPEEPDGGELVLGGSDPAHYIPPLTFVPVTVPAYWQIHMERVKVGPGLTLCAKGCAAILD
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 TGTSLMVGPVDEVRELQKAIGAVPLIQGEYMIPCEKVSTLPAITLKLGGKGYKLSPEDYT
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CCDS12 TGTSLITGPTEEIRALHAAIGGIPLLAGEYIILCSEIPKLPAVSFLLGGVWFNLTAHDYV
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 LKVSQAGKTLCLSGFMGMDIPPPSGPLWILGDVFIGRYYTVFDRDN----NRVGFAEAAR
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CCDS12 IQTTRNGVRLCLSGFQALDVPPPAGPFWILGDVFLGTYVAVFDRGDMKSSARVGLARART
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 L
CCDS12 RGADLGWGETAQAQFPG
410 420
>>CCDS31575.1 PGA4 gene_id:643847|Hs108|chr11 (388 aa)
initn: 1072 init1: 300 opt: 758 Z-score: 948.0 bits: 184.3 E(32554): 1.7e-46
Smith-Waterman score: 1124; 44.9% identity (70.1% similar) in 408 aa overlap (9-410:5-388)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MQPSSLLPLALCLLAAPASALVRIPLHKFTSIRRTMSEVGGSVEDLIAK---GPVSKY--
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CCDS31 MKWLLLLGLVALSECIMYKVPLIRKKSLRRTLSERG-LLKDFLKKHNLNPARKYFP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 SQAVPA-VTEGPIPEVLKNYMDAQYYGEIGIGTPPQCFTVVFDTGSSNLWVPSIHCKLLD
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CCDS31 QWEAPTLVDEQP----LENYLDMEYFGTIGIGTPAQDFTVVFDTGSSNLWVPSVYCS--S
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 IACWIHHKYNSDKSSTYVKNGTSFDIHYGSGSLSGYLSQDTVSVPCQSASSASALGGVKV
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CCDS31 LACTNHNRFNPEDSSTYQSTSETVSITYGTGSMTGILGYDTVQV-----------GGISD
110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 ERQVFGEATKQPGITFIAAKFDGILGMAYPRISVNNVLPVFDNLMQQKLVDQNIFSFYLS
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CCDS31 TNQIFGLSETEPGSFLYYAPFDGILGLAYPSISSSGATPVFDNIWNQGLVSQDLFSVYLS
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 RDPDAQPGGELMLGGTDSKYYKGSLSYLNVTRKAYWQVHLDQVEVASGLTLCKEGCEAIV
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CCDS31 ADD--QSGSVVIFGGIDSSYYTGSLNWVPVTVEGYWQITVDSITMNGEAIACAEGCQAIV
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 DTGTSLMVGPVDEVRELQKAIGAVPLIQGEYMIPCEKVSTLPAITLKLGGKGYKLSPEDY
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CCDS31 DTGTSLLTGPTSPIANIQSDIGASENSDGDMVVSCSAISSLPDIVFTINGVQYPVPPSAY
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360 370 380 390 400 410
pF1KB5 TLKVSQAGKTLCLSGFMGMDIPPPSGPLWILGDVFIGRYYTVFDRDNNRVGFAEAARL
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CCDS31 ILQ--SEGS--CISGFQGMNLPTESGELWILGDVFIRQYFTVFDRANNQVGLAPVA
340 350 360 370 380
>>CCDS31574.1 PGA3 gene_id:643834|Hs108|chr11 (388 aa)
initn: 1072 init1: 300 opt: 758 Z-score: 948.0 bits: 184.3 E(32554): 1.7e-46
Smith-Waterman score: 1124; 44.9% identity (70.1% similar) in 408 aa overlap (9-410:5-388)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MQPSSLLPLALCLLAAPASALVRIPLHKFTSIRRTMSEVGGSVEDLIAK---GPVSKY--
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CCDS31 MKWLLLLGLVALSECIMYKVPLIRKKSLRRTLSERG-LLKDFLKKHNLNPARKYFP
10 20 30 40 50
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pF1KB5 SQAVPA-VTEGPIPEVLKNYMDAQYYGEIGIGTPPQCFTVVFDTGSSNLWVPSIHCKLLD
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CCDS31 QWKAPTLVDEQP----LENYLDMEYFGTIGIGTPAQDFTVVFDTGSSNLWVPSVYCS--S
60 70 80 90 100
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pF1KB5 IACWIHHKYNSDKSSTYVKNGTSFDIHYGSGSLSGYLSQDTVSVPCQSASSASALGGVKV
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CCDS31 LACTNHNRFNPEDSSTYQSTSETVSITYGTGSMTGILGYDTVQV-----------GGISD
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pF1KB5 ERQVFGEATKQPGITFIAAKFDGILGMAYPRISVNNVLPVFDNLMQQKLVDQNIFSFYLS
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CCDS31 TNQIFGLSETEPGSFLYYAPFDGILGLAYPSISSSGATPVFDNIWNQGLVSQDLFSVYLS
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 RDPDAQPGGELMLGGTDSKYYKGSLSYLNVTRKAYWQVHLDQVEVASGLTLCKEGCEAIV
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CCDS31 ADD--QSGSVVIFGGIDSSYYTGSLNWVPVTVEGYWQITVDSITMNGEAIACAEGCQAIV
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 DTGTSLMVGPVDEVRELQKAIGAVPLIQGEYMIPCEKVSTLPAITLKLGGKGYKLSPEDY
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CCDS31 DTGTSLLTGPTSPIANIQSDIGASENSDGDMVVSCSAISSLPDIVFTINGVQYPVPPSAY
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 TLKVSQAGKTLCLSGFMGMDIPPPSGPLWILGDVFIGRYYTVFDRDNNRVGFAEAARL
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CCDS31 ILQ--SEGS--CISGFQGMNLPTESGELWILGDVFIRQYFTVFDRANNQVGLAPVA
340 350 360 370 380
>>CCDS8001.1 PGA5 gene_id:5222|Hs108|chr11 (388 aa)
initn: 1075 init1: 301 opt: 756 Z-score: 945.5 bits: 183.8 E(32554): 2.4e-46
Smith-Waterman score: 1122; 44.6% identity (70.1% similar) in 408 aa overlap (9-410:5-388)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MQPSSLLPLALCLLAAPASALVRIPLHKFTSIRRTMSEVGGSVEDLIAK---GPVSKY--
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CCDS80 MKWLLLLGLVALSECIMYKVPLIRKKSLRRTLSERG-LLKDFLKKHNLNPARKYFP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 SQAVPA-VTEGPIPEVLKNYMDAQYYGEIGIGTPPQCFTVVFDTGSSNLWVPSIHCKLLD
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CCDS80 QWEAPTLVDEQP----LENYLDMEYFGTIGIGTPAQDFTVVFDTGSSNLWVPSVYCS--S
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 IACWIHHKYNSDKSSTYVKNGTSFDIHYGSGSLSGYLSQDTVSVPCQSASSASALGGVKV
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CCDS80 LACTNHNRFNPEDSSTYQSTSETVSITYGTGSMTGILGYDTVQV-----------GGISD
110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 ERQVFGEATKQPGITFIAAKFDGILGMAYPRISVNNVLPVFDNLMQQKLVDQNIFSFYLS
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CCDS80 TNQIFGLSETEPGSFLYYAPFDGILGLAYPSISSSGATPVFDNIWNQGLVSQDLFSVYLS
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 RDPDAQPGGELMLGGTDSKYYKGSLSYLNVTRKAYWQVHLDQVEVASGLTLCKEGCEAIV
: . :. ...:: ::.:: :::... :: ..:::. .:.. . . : :::.:::
CCDS80 ADD--KSGSVVIFGGIDSSYYTGSLNWVPVTVEGYWQITVDSITMNGETIACAEGCQAIV
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300 310 320 330 340 350
pF1KB5 DTGTSLMVGPVDEVRELQKAIGAVPLIQGEYMIPCEKVSTLPAITLKLGGKGYKLSPEDY
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CCDS80 DTGTSLLTGPTSPIANIQSDIGASENSDGDMVVSCSAISSLPDIVFTINGVQYPVPPSAY
280 290 300 310 320 330
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pF1KB5 TLKVSQAGKTLCLSGFMGMDIPPPSGPLWILGDVFIGRYYTVFDRDNNRVGFAEAARL
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CCDS80 ILQ--SEGS--CISGFQGMNVPTESGELWILGDVFIRQYFTVFDRANNQVGLAPVA
340 350 360 370 380
>>CCDS4859.1 PGC gene_id:5225|Hs108|chr6 (388 aa)
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Smith-Waterman score: 999; 41.9% identity (67.5% similar) in 406 aa overlap (11-410:9-388)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MQPSSLLPLALCLLAAPASALVRIPLHKFTSIRRTMSEVG--GSVEDLIAKGPVSKYSQA
.:: : :.:..::.:: :::.::.: : : :. :: .
CCDS48 MKWMVVVLVCLQLLEA-AVVKVPLKKFKSIRETMKEKGLLGEFLRTHKYDPAWKYRFG
10 20 30 40 50
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pF1KB5 VPAVTEGPIPEVLKNYMDAQYYGEIGIGTPPQCFTVVFDTGSSNLWVPSIHCKLLDIACW
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CCDS48 DLSVTYEPM-----AYMDAAYFGEISIGTPPQNFLVLFDTGSSNLWVPSVYCQ--SQACT
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]