Result of FASTA (omim) for
pF1KB5292
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5292, 412 aa
1>>>pF1KB5292 412 - 412 aa - 412 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9845+/-0.000355; mu= 18.7140+/- 0.022
mean_var=63.2445+/-12.533, 0's: 0 Z-trim(114.0): 27 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.161273
statistics sampled from 23517 (23544) to 23517 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.65), E-opt: 0.2 (0.276), width: 16
Scan time: 8.600
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001900 (OMIM: 116840,610127) cathepsin D prepro ( 412) 2751 648.8 7.1e-186
XP_011507546 (OMIM: 116890) PREDICTED: cathepsin E ( 401) 1220 292.6 1.2e-78
NP_001901 (OMIM: 116890) cathepsin E isoform a pre ( 396) 903 218.8 1.9e-56
XP_016883001 (OMIM: 605631) PREDICTED: napsin-A is ( 411) 901 218.4 2.7e-56
NP_004842 (OMIM: 605631) napsin-A preproprotein [H ( 420) 901 218.4 2.7e-56
XP_011525842 (OMIM: 605631) PREDICTED: napsin-A is ( 420) 901 218.4 2.7e-56
NP_001073275 (OMIM: 169710) pepsin A-3 preproprote ( 388) 758 185.1 2.6e-46
NP_001073276 (OMIM: 169720) pepsin A-4 preproprote ( 388) 758 185.1 2.6e-46
XP_016854970 (OMIM: 169720) PREDICTED: pepsin A-4 ( 388) 758 185.1 2.6e-46
NP_055039 (OMIM: 169730) pepsin A-5 preproprotein ( 388) 756 184.6 3.7e-46
XP_011507547 (OMIM: 116890) PREDICTED: cathepsin E ( 368) 713 174.6 3.6e-43
NP_002621 (OMIM: 169740) gastricsin isoform 1 prep ( 388) 606 149.7 1.2e-35
NP_001159896 (OMIM: 169740) gastricsin isoform 2 p ( 315) 439 110.8 4.9e-24
NP_000528 (OMIM: 179820,267430,613092) renin prepr ( 406) 429 108.5 3e-23
NP_001304260 (OMIM: 116890) cathepsin E isoform c ( 288) 396 100.8 4.7e-21
NP_683865 (OMIM: 116890) cathepsin E isoform b pre ( 363) 396 100.8 5.7e-21
XP_016883803 (OMIM: 605668) PREDICTED: beta-secret ( 423) 274 72.5 2.2e-12
NP_036236 (OMIM: 604252) beta-secretase 1 isoform ( 501) 267 70.9 8e-12
NP_001193977 (OMIM: 604252) beta-secretase 1 isofo ( 401) 204 56.2 1.7e-07
NP_620476 (OMIM: 605668) beta-secretase 2 isoform ( 468) 186 52.0 3.6e-06
NP_620477 (OMIM: 605668) beta-secretase 2 isoform ( 396) 185 51.8 3.7e-06
NP_036237 (OMIM: 605668) beta-secretase 2 isoform ( 518) 185 51.8 4.5e-06
NP_620428 (OMIM: 604252) beta-secretase 1 isoform ( 476) 178 50.2 1.3e-05
>>NP_001900 (OMIM: 116840,610127) cathepsin D preproprot (412 aa)
initn: 2751 init1: 2751 opt: 2751 Z-score: 3458.0 bits: 648.8 E(85289): 7.1e-186
Smith-Waterman score: 2751; 100.0% identity (100.0% similar) in 412 aa overlap (1-412:1-412)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MQPSSLLPLALCLLAAPASALVRIPLHKFTSIRRTMSEVGGSVEDLIAKGPVSKYSQAVP
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NP_001 MQPSSLLPLALCLLAAPASALVRIPLHKFTSIRRTMSEVGGSVEDLIAKGPVSKYSQAVP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 AVTEGPIPEVLKNYMDAQYYGEIGIGTPPQCFTVVFDTGSSNLWVPSIHCKLLDIACWIH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AVTEGPIPEVLKNYMDAQYYGEIGIGTPPQCFTVVFDTGSSNLWVPSIHCKLLDIACWIH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 HKYNSDKSSTYVKNGTSFDIHYGSGSLSGYLSQDTVSVPCQSASSASALGGVKVERQVFG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HKYNSDKSSTYVKNGTSFDIHYGSGSLSGYLSQDTVSVPCQSASSASALGGVKVERQVFG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 EATKQPGITFIAAKFDGILGMAYPRISVNNVLPVFDNLMQQKLVDQNIFSFYLSRDPDAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EATKQPGITFIAAKFDGILGMAYPRISVNNVLPVFDNLMQQKLVDQNIFSFYLSRDPDAQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 PGGELMLGGTDSKYYKGSLSYLNVTRKAYWQVHLDQVEVASGLTLCKEGCEAIVDTGTSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PGGELMLGGTDSKYYKGSLSYLNVTRKAYWQVHLDQVEVASGLTLCKEGCEAIVDTGTSL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 MVGPVDEVRELQKAIGAVPLIQGEYMIPCEKVSTLPAITLKLGGKGYKLSPEDYTLKVSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MVGPVDEVRELQKAIGAVPLIQGEYMIPCEKVSTLPAITLKLGGKGYKLSPEDYTLKVSQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KB5 AGKTLCLSGFMGMDIPPPSGPLWILGDVFIGRYYTVFDRDNNRVGFAEAARL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AGKTLCLSGFMGMDIPPPSGPLWILGDVFIGRYYTVFDRDNNRVGFAEAARL
370 380 390 400 410
>>XP_011507546 (OMIM: 116890) PREDICTED: cathepsin E iso (401 aa)
initn: 1227 init1: 565 opt: 1220 Z-score: 1533.0 bits: 292.6 E(85289): 1.2e-78
Smith-Waterman score: 1242; 45.0% identity (74.3% similar) in 409 aa overlap (1-409:1-399)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MQPSSLLPLALCLLAAPASALVRIPLHKFTSIRRTMSEVGGSVEDLIAKGPVSKYSQAVP
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XP_011 MKTLLLLLLVLLELGEAQGSLHRVPLRRHPSLKKKL-RARSQLSEFWKSHNLDMIQFTES
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 AVTEGPIPEVLKNYMDAQYYGEIGIGTPPQCFTVVFDTGSSNLWVPSIHCKLLDIACWIH
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XP_011 CSMDQSAKEPLINYLDMEYFGTISIGSPPQNFTVIFDTGSSNLWVPSVYCT--SPACKTH
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 HKYNSDKSSTYVKNGTSFDIHYGSGSLSGYLSQDTVSVPCQSASSASALGGVKVERQVFG
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XP_011 SRFQPSQSSTYSQPGQSFSIQYGTGSLSGIIGADQVSAFSYQVEGLTVVG------QQFG
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 EATKQPGITFIAAKFDGILGMAYPRISVNNVLPVFDNLMQQKLVDQNIFSFYLSRDPDAQ
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XP_011 ESVTEPGQTFVDAEFDGILGLGYPSLAVGGVTPVFDNMMAQNLVDLPMFSVYMSSNPEGG
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 PGGELMLGGTDSKYYKGSLSYLNVTRKAYWQVHLDQVEVASGLTLCKEGCEAIVDTGTSL
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XP_011 AGSELIFGGYDHSHFSGSLNWVPVTKQAYWQIALDNIQVGGTVMFCSEGCQAIVDTGTSL
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 MVGPVDEVRELQKAIGAVPLIQGEYMIPCEKVSTLPAITLKLGGKGYKLSPEDYTLKVSQ
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XP_011 ITGPSDKIKQLQNAIGAAP-VDGEYAVECANLNVMPDVTFTINGVPYTLSPTAYTLLDFV
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410
pF1KB5 AGKTLCLSGFMGMDIPPPSGPLWILGDVFIGRYYTVFDRDNNRVGFAEAARL
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XP_011 DGMQFCSSGFQGLDIHPPAGPLWILGDVFIRQFYSVFDRGNNRVGLAPAVP
360 370 380 390 400
>>NP_001901 (OMIM: 116890) cathepsin E isoform a preprop (396 aa)
initn: 1230 init1: 565 opt: 903 Z-score: 1134.5 bits: 218.8 E(85289): 1.9e-56
Smith-Waterman score: 1241; 45.5% identity (73.3% similar) in 409 aa overlap (1-409:1-394)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MQPSSLLPLALCLLAAPASALVRIPLHKFTSIRRTMSEVGGSVEDLIAKGPVSKYSQAVP
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NP_001 MKTLLLLLLVLLELGEAQGSLHRVPLRRHPSLKKKL-RARSQLSEFWKSHNLDMIQFTES
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 AVTEGPIPEVLKNYMDAQYYGEIGIGTPPQCFTVVFDTGSSNLWVPSIHCKLLDIACWIH
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NP_001 CSMDQSAKEPLINYLDMEYFGTISIGSPPQNFTVIFDTGSSNLWVPSVYCT--SPACKTH
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 HKYNSDKSSTYVKNGTSFDIHYGSGSLSGYLSQDTVSVPCQSASSASALGGVKVERQVFG
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NP_001 SRFQPSQSSTYSQPGQSFSIQYGTGSLSGIIGADQVSVE-----------GLTVVGQQFG
120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 EATKQPGITFIAAKFDGILGMAYPRISVNNVLPVFDNLMQQKLVDQNIFSFYLSRDPDAQ
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NP_001 ESVTEPGQTFVDAEFDGILGLGYPSLAVGGVTPVFDNMMAQNLVDLPMFSVYMSSNPEGG
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 PGGELMLGGTDSKYYKGSLSYLNVTRKAYWQVHLDQVEVASGLTLCKEGCEAIVDTGTSL
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NP_001 AGSELIFGGYDHSHFSGSLNWVPVTKQAYWQIALDNIQVGGTVMFCSEGCQAIVDTGTSL
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 MVGPVDEVRELQKAIGAVPLIQGEYMIPCEKVSTLPAITLKLGGKGYKLSPEDYTLKVSQ
..:: :....::.::::.: ..::: . : .....: .:. ..: : ::: :::
NP_001 ITGPSDKIKQLQNAIGAAP-VDGEYAVECANLNVMPDVTFTINGVPYTLSPTAYTLLDFV
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410
pF1KB5 AGKTLCLSGFMGMDIPPPSGPLWILGDVFIGRYYTVFDRDNNRVGFAEAARL
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NP_001 DGMQFCSSGFQGLDIHPPAGPLWILGDVFIRQFYSVFDRGNNRVGLAPAVP
350 360 370 380 390
>>XP_016883001 (OMIM: 605631) PREDICTED: napsin-A isofor (411 aa)
initn: 1264 init1: 888 opt: 901 Z-score: 1131.7 bits: 218.4 E(85289): 2.7e-56
Smith-Waterman score: 1253; 46.2% identity (72.2% similar) in 418 aa overlap (1-409:1-392)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MQPSSLL-PLALCLL---AAPASA-LVRIPLHKFTSIRRTMSEVGGSVEDLIAKGPVSKY
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XP_016 MSPPPLLQPLLLLLPLLNVEPSGATLIRIPLHRVQPGRRILNLLRGWRE------PAELP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 SQAVPAVTEGPIPEVLKNYMDAQYYGEIGIGTPPQCFTVVFDTGSSNLWVPSIHCKLLDI
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XP_016 KLGAPSPGDKPIFVPLSNYRDVQYFGEIGLGTPPQNFTVAFDTGSSNLWVPSRRCHFFSV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 ACWIHHKYNSDKSSTYVKNGTSFDIHYGSGSLSGYLSQDTVSVPCQSASSASALGGVKVE
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XP_016 PC---------SSSSFQANGTKFAIQYGTGRVDGILSEDKLTI-----------GGIKGA
120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 RQVFGEATKQPGITFIAAKFDGILGMAYPRISVNNVLPVFDNLMQQKLVDQNIFSFYLSR
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XP_016 SVIFGEALWEPSLVFAFAHFDGILGLGFPILSVEGVRPPMDVLVEQGLLDKPVFSFYLNR
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 DPDAQPGGELMLGGTDSKYYKGSLSYLNVTRKAYWQVHLDQVEVASGLTLCKEGCEAIVD
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XP_016 DPEEPDGGELVLGGSDPAHYIPPLTFVPVTVPAYWQIHMERVKVGPGLTLCAKGCAAILD
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 TGTSLMVGPVDEVRELQKAIGAVPLIQGEYMIPCEKVSTLPAITLKLGGKGYKLSPEDYT
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XP_016 TGTSLITGPTEEIRALHAAIGGIPLLAGEYIILCSEIPKLPAVSFLLGGVWFNLTAHDYV
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 LKVSQAGKTLCLSGFMGMDIPPPSGPLWILGDVFIGRYYTVFDRDN----NRVGFAEAAR
..... : ::::::...:.:::.::.:::::::.: : .:::: . :::.:.:
XP_016 IQTTRNGVRLCLSGFQALDVPPPAGPFWILGDVFLGTYVAVFDRGDMKSSARVGLARART
340 350 360 370 380 390
pF1KB5 L
XP_016 RGADLGWGETAQAQFPG
400 410
>>NP_004842 (OMIM: 605631) napsin-A preproprotein [Homo (420 aa)
initn: 1321 init1: 888 opt: 901 Z-score: 1131.6 bits: 218.4 E(85289): 2.7e-56
Smith-Waterman score: 1324; 46.9% identity (73.7% similar) in 418 aa overlap (1-409:1-401)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MQPSSLL-PLALCLL---AAPASA-LVRIPLHKFTSIRRTMSEVGGSVEDLIAKGPVSKY
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NP_004 MSPPPLLQPLLLLLPLLNVEPSGATLIRIPLHRVQPGRRILNLLRGWRE------PAELP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 SQAVPAVTEGPIPEVLKNYMDAQYYGEIGIGTPPQCFTVVFDTGSSNLWVPSIHCKLLDI
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NP_004 KLGAPSPGDKPIFVPLSNYRDVQYFGEIGLGTPPQNFTVAFDTGSSNLWVPSRRCHFFSV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 ACWIHHKYNSDKSSTYVKNGTSFDIHYGSGSLSGYLSQDTVSVPCQSASSASALGGVKVE
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NP_004 PCWLHHRFDPKASSSFQANGTKFAIQYGTGRVDGILSEDKLTI-----------GGIKGA
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 RQVFGEATKQPGITFIAAKFDGILGMAYPRISVNNVLPVFDNLMQQKLVDQNIFSFYLSR
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NP_004 SVIFGEALWEPSLVFAFAHFDGILGLGFPILSVEGVRPPMDVLVEQGLLDKPVFSFYLNR
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 DPDAQPGGELMLGGTDSKYYKGSLSYLNVTRKAYWQVHLDQVEVASGLTLCKEGCEAIVD
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NP_004 DPEEPDGGELVLGGSDPAHYIPPLTFVPVTVPAYWQIHMERVKVGPGLTLCAKGCAAILD
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 TGTSLMVGPVDEVRELQKAIGAVPLIQGEYMIPCEKVSTLPAITLKLGGKGYKLSPEDYT
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NP_004 TGTSLITGPTEEIRALHAAIGGIPLLAGEYIILCSEIPKLPAVSFLLGGVWFNLTAHDYV
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 LKVSQAGKTLCLSGFMGMDIPPPSGPLWILGDVFIGRYYTVFDRDN----NRVGFAEAAR
..... : ::::::...:.:::.::.:::::::.: : .:::: . :::.:.:
NP_004 IQTTRNGVRLCLSGFQALDVPPPAGPFWILGDVFLGTYVAVFDRGDMKSSARVGLARART
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 L
NP_004 RGADLGWGETAQAQFPG
410 420
>>XP_011525842 (OMIM: 605631) PREDICTED: napsin-A isofor (420 aa)
initn: 1321 init1: 888 opt: 901 Z-score: 1131.6 bits: 218.4 E(85289): 2.7e-56
Smith-Waterman score: 1324; 46.9% identity (73.7% similar) in 418 aa overlap (1-409:1-401)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MQPSSLL-PLALCLL---AAPASA-LVRIPLHKFTSIRRTMSEVGGSVEDLIAKGPVSKY
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XP_011 MSPPPLLQPLLLLLPLLNVEPSGATLIRIPLHRVQPGRRILNLLRGWRE------PAELP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 SQAVPAVTEGPIPEVLKNYMDAQYYGEIGIGTPPQCFTVVFDTGSSNLWVPSIHCKLLDI
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XP_011 KLGAPSPGDKPIFVPLSNYRDVQYFGEIGLGTPPQNFTVAFDTGSSNLWVPSRRCHFFSV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 ACWIHHKYNSDKSSTYVKNGTSFDIHYGSGSLSGYLSQDTVSVPCQSASSASALGGVKVE
::.::... ::.. :::.: :.::.: ..: ::.: ... ::.:
XP_011 PCWLHHRFDPKASSSFQANGTKFAIQYGTGRVDGILSEDKLTI-----------GGIKGA
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 RQVFGEATKQPGITFIAAKFDGILGMAYPRISVNNVLPVFDNLMQQKLVDQNIFSFYLSR
.:::: .:...: :.::::::...: .::..: : .: :..: :.:. .:::::.:
XP_011 SVIFGEALWEPSLVFAFAHFDGILGLGFPILSVEGVRPPMDVLVEQGLLDKPVFSFYLNR
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240 250 260 270 280 290
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XP_016 DTGTSLLTGPTSPIANIQSDIGASENSDGDMVVSCSAISSLPDIVFTINGVQYPVPPSAY
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pF1KB5 TLKVSQAGKTLCLSGFMGMDIPPPSGPLWILGDVFIGRYYTVFDRDNNRVGFAEAARL
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XP_016 ILQ--SEGS--CISGFQGMNLPTESGELWILGDVFIRQYFTVFDRANNQVGLAPVA
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>>NP_055039 (OMIM: 169730) pepsin A-5 preproprotein [Hom (388 aa)
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NP_055 QWEAPTLVDEQP----LENYLDMEYFGTIGIGTPAQDFTVVFDTGSSNLWVPSVYCS--S
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120 130 140 150 160 170
pF1KB5 IACWIHHKYNSDKSSTYVKNGTSFDIHYGSGSLSGYLSQDTVSVPCQSASSASALGGVKV
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NP_055 LACTNHNRFNPEDSSTYQSTSETVSITYGTGSMTGILGYDTVQV-----------GGISD
110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 ERQVFGEATKQPGITFIAAKFDGILGMAYPRISVNNVLPVFDNLMQQKLVDQNIFSFYLS
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NP_055 TNQIFGLSETEPGSFLYYAPFDGILGLAYPSISSSGATPVFDNIWNQGLVSQDLFSVYLS
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
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NP_055 ADD--KSGSVVIFGGIDSSYYTGSLNWVPVTVEGYWQITVDSITMNGETIACAEGCQAIV
220 230 240 250 260 270
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pF1KB5 DTGTSLMVGPVDEVRELQKAIGAVPLIQGEYMIPCEKVSTLPAITLKLGGKGYKLSPEDY
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NP_055 DTGTSLLTGPTSPIANIQSDIGASENSDGDMVVSCSAISSLPDIVFTINGVQYPVPPSAY
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]