Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5324
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5324, 460 aa
1>>>pF1KB5324 460 - 460 aa - 460 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7423+/-0.000752; mu= 13.8764+/- 0.046
mean_var=197.9611+/-56.205, 0's: 0 Z-trim(114.3): 198 B-trim: 1630 in 2/52
Lambda= 0.091156
statistics sampled from 14445 (14835) to 14445 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.778), E-opt: 0.2 (0.456), width: 16
Scan time: 3.260
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8040.1 CHRM1 gene_id:1128|Hs108|chr11 ( 460) 3121 422.8 3.6e-118
CCDS1616.1 CHRM3 gene_id:1131|Hs108|chr1 ( 590) 1117 159.4 9e-39
CCDS10031.1 CHRM5 gene_id:1133|Hs108|chr15 ( 532) 1093 156.2 7.5e-38
CCDS44581.1 CHRM4 gene_id:1132|Hs108|chr11 ( 479) 935 135.4 1.3e-31
CCDS5843.1 CHRM2 gene_id:1129|Hs108|chr7 ( 466) 919 133.3 5.3e-31
CCDS7569.2 ADRA2A gene_id:150|Hs108|chr10 ( 465) 595 90.7 3.6e-18
CCDS47004.1 ADRA2C gene_id:152|Hs108|chr4 ( 462) 522 81.0 2.8e-15
CCDS13493.1 HRH3 gene_id:11255|Hs108|chr20 ( 445) 518 80.5 3.9e-15
CCDS8361.1 DRD2 gene_id:1813|Hs108|chr11 ( 443) 514 80.0 5.6e-15
CCDS4986.1 HTR1B gene_id:3351|Hs108|chr6 ( 390) 465 73.5 4.5e-13
CCDS6099.1 ADRB3 gene_id:155|Hs108|chr8 ( 408) 458 72.6 8.8e-13
CCDS34168.1 HTR1A gene_id:3350|Hs108|chr5 ( 422) 448 71.3 2.2e-12
CCDS2604.1 HRH1 gene_id:3269|Hs108|chr3 ( 487) 443 70.7 3.8e-12
CCDS7586.1 ADRB1 gene_id:153|Hs108|chr10 ( 477) 427 68.6 1.6e-11
CCDS4292.1 ADRB2 gene_id:154|Hs108|chr5 ( 413) 418 67.3 3.4e-11
>>CCDS8040.1 CHRM1 gene_id:1128|Hs108|chr11 (460 aa)
initn: 3121 init1: 3121 opt: 3121 Z-score: 2235.1 bits: 422.8 E(32554): 3.6e-118
Smith-Waterman score: 3121; 100.0% identity (100.0% similar) in 460 aa overlap (1-460:1-460)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MNTSAPPAVSPNITVLAPGKGPWQVAFIGITTGLLSLATVTGNLLVLISFKVNTELKTVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 MNTSAPPAVSPNITVLAPGKGPWQVAFIGITTGLLSLATVTGNLLVLISFKVNTELKTVN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 NYFLLSLACADLIIGTFSMNLYTTYLLMGHWALGTLACDLWLALDYVASNASVMNLLLIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 NYFLLSLACADLIIGTFSMNLYTTYLLMGHWALGTLACDLWLALDYVASNASVMNLLLIS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 FDRYFSVTRPLSYRAKRTPRRAALMIGLAWLVSFVLWAPAILFWQYLVGERTVLAGQCYI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 FDRYFSVTRPLSYRAKRTPRRAALMIGLAWLVSFVLWAPAILFWQYLVGERTVLAGQCYI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 QFLSQPIITFGTAMAAFYLPVTVMCTLYWRIYRETENRARELAALQGSETPGKGGGSSSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 QFLSQPIITFGTAMAAFYLPVTVMCTLYWRIYRETENRARELAALQGSETPGKGGGSSSS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 SERSQPGAEGSPETPPGRCCRCCRAPRLLQAYSWKEEEEEDEGSMESLTSSEGEEPGSEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 SERSQPGAEGSPETPPGRCCRCCRAPRLLQAYSWKEEEEEDEGSMESLTSSEGEEPGSEV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 VIKMPMVDPEAQAPTKQPPRSSPNTVKRPTKKGRDRAGKGQKPRGKEQLAKRKTFSLVKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 VIKMPMVDPEAQAPTKQPPRSSPNTVKRPTKKGRDRAGKGQKPRGKEQLAKRKTFSLVKE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 KKAARTLSAILLAFILTWTPYNIMVLVSTFCKDCVPETLWELGYWLCYVNSTINPMCYAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 KKAARTLSAILLAFILTWTPYNIMVLVSTFCKDCVPETLWELGYWLCYVNSTINPMCYAL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KB5 CNKAFRDTFRLLLLCRWDKRRWRKIPKRPGSVHRTPSRQC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 CNKAFRDTFRLLLLCRWDKRRWRKIPKRPGSVHRTPSRQC
430 440 450 460
>>CCDS1616.1 CHRM3 gene_id:1131|Hs108|chr1 (590 aa)
initn: 1646 init1: 1094 opt: 1117 Z-score: 809.6 bits: 159.4 E(32554): 9e-39
Smith-Waterman score: 1398; 50.9% identity (68.8% similar) in 491 aa overlap (10-409:51-535)
10 20 30
pF1KB5 MNTSAPPAVSPNITVLAP--GKGPWQVAFIGITTGLLSL
::. :. : :. :::.::.. ::.:.:
CCDS16 IHSPSDAGLPPGTVTHFGSYNVSRAAGNFSSPDGTTDDPLGGHTVWQVVFIAFLTGILAL
30 40 50 60 70 80
40 50 60 70 80 90
pF1KB5 ATVTGNLLVLISFKVNTELKTVNNYFLLSLACADLIIGTFSMNLYTTYLLMGHWALGTLA
.:. ::.::..::::: .::::::::::::::::::::..::::.:::..:..::::.::
CCDS16 VTIIGNILVIVSFKVNKQLKTVNNYFLLSLACADLIIGVISMNLFTTYIIMNRWALGNLA
90 100 110 120 130 140
100 110 120 130 140 150
pF1KB5 CDLWLALDYVASNASVMNLLLISFDRYFSVTRPLSYRAKRTPRRAALMIGLAWLVSFVLW
::::::.:::::::::::::.::::::::.::::.:::::: .::..::::::..:::::
CCDS16 CDLWLAIDYVASNASVMNLLVISFDRYFSITRPLTYRAKRTTKRAGVMIGLAWVISFVLW
150 160 170 180 190 200
160 170 180 190 200 210
pF1KB5 APAILFWQYLVGERTVLAGQCYIQFLSQPIITFGTAMAAFYLPVTVMCTLYWRIYRETEN
:::::::::.::.::: :.:.:::::.: ::::::.::::.:::.: ::::::.:::.
CCDS16 APAILFWQYFVGKRTVPPGECFIQFLSEPTITFGTAIAAFYMPVTIMTILYWRIYKETEK
210 220 230 240 250 260
220 230 240 250 260
pF1KB5 RARELAALQGSET---------PGKGGGSSSSSERSQPGAEGSPETPPGRCCRCCRAPRL
:..:::.::.: : : .. : :: : .: . . : . :::
CCDS16 RTKELAGLQASGTEAETENFVHPTGSSRSCSSYELQQQSMKRSNRRKYGRC------HFW
270 280 290 300 310
270 280 290 300
pF1KB5 LQAYSWK---EEEEEDEGS------------MESLTSSEGEEPGSE------VVIKMP--
. . ::: :. ..:..: .:. .::. :. ::: .:.:.:
CCDS16 FTTKSWKPSSEQMDQDHSSSDSWNNNDAAASLENSASSDEEDIGSETRAIYSIVLKLPGH
320 330 340 350 360 370
310 320
pF1KB5 -----------------------MVDPEAQAPTKQPPRSS------PNTVKR-P------
::: : .: : .: :.. .. :
CCDS16 STILNSTKLPSSDNLQVPEEELGMVDLERKADKLQAQKSVDDGGSFPKSFSKLPIQLESA
380 390 400 410 420 430
330 340 350 360
pF1KB5 --TKKGRD---RAGKGQK--P--------------RGKEQLAKRKTFSLVKEKKAARTLS
: : : .::. : . . :..::: .:::::::::.:::
CCDS16 VDTAKTSDVNSSVGKSTATLPLSFKEATLAKRFALKTRSQITKRKRMSLVKEKKAAQTLS
440 450 460 470 480 490
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 AILLAFILTWTPYNIMVLVSTFCKDCVPETLWELGYWLCYVNSTINPMCYALCNKAFRDT
:::::::.:::::::::::.::: .:.:.:.:.:::::::.
CCDS16 AILLAFIITWTPYNIMVLVNTFCDSCIPKTFWNLGYWLCYINSTVNPVCYALCNKTFRTT
500 510 520 530 540 550
430 440 450 460
pF1KB5 FRLLLLCRWDKRRWRKIPKRPGSVHRTPSRQC
CCDS16 FKMLLLCQCDKKKRRKQQYQQRQSVIFHKRAPEQAL
560 570 580 590
>>CCDS10031.1 CHRM5 gene_id:1133|Hs108|chr15 (532 aa)
initn: 1637 init1: 1076 opt: 1093 Z-score: 793.0 bits: 156.2 E(32554): 7.5e-38
Smith-Waterman score: 1452; 52.8% identity (69.6% similar) in 470 aa overlap (23-420:28-497)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MNTSAPPAVSPNITVLAPGKGPWQVAFIGITTGLLSLATVTGNLLVLISFKVNTE
:.: :. .:...:: :..::.::.::::::..
CCDS10 MEGDSYHNATTVNGTPVNHQPLERHRLWEVITIAAVTAVVSLITIVGNVLVMISFKVNSQ
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 LKTVNNYFLLSLACADLIIGTFSMNLYTTYLLMGHWALGTLACDLWLALDYVASNASVMN
:::::::.:::::::::::: :::::::::.:::.::::.::::::::::::::::::::
CCDS10 LKTVNNYYLLSLACADLIIGIFSMNLYTTYILMGRWALGSLACDLWLALDYVASNASVMN
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 LLLISFDRYFSVTRPLSYRAKRTPRRAALMIGLAWLVSFVLWAPAILFWQYLVGERTVLA
::.::::::::.::::.:::::::.::..:::::::.::.::::::: ::::::.:::
CCDS10 LLVISFDRYFSITRPLTYRAKRTPKRAGIMIGLAWLISFILWAPAILCWQYLVGKRTVPL
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 GQCYIQFLSQPIITFGTAMAAFYLPVTVMCTLYWRIYRETENRARELAALQGSETPGKG-
.: :::::.: ::::::.::::.::.:: :: :::::::.:...:: ::::.. :.
CCDS10 DECQIQFLSEPTITFGTAIAAFYIPVSVMTILYCRIYRETEKRTKDLADLQGSDSVTKAE
190 200 210 220 230 240
240 250 260
pF1KB5 --------------------------GGSSSSSERSQPGAEGSPETPPGRCCRCCRAPRL
. .: :: : . .. :.: : .: .:
CCDS10 KRKPAHRALFRSCLRCPRPTLAQRERNQASWSSSRRSTSTTGKPSQATGPSANWAKAEQL
250 260 270 280 290 300
270 280 290 300 310 320
pF1KB5 LQAYSWKEEEEEDEGS----MESLTSSEGEE-PGSEVVIKMP---MVDPEAQAPTKQPPR
:. :.::. . .. . .:.:.: :: : . .: :.. . :
CCDS10 TTCSSYPSSEDEDKPATDPVLQVVYKSQGKESPGEEFSAEETEETFVKAETEKSDYDTPN
310 320 330 340 350 360
330 340
pF1KB5 S--SPNTVKRP---------------------TKKG--------------RDRAGKGQKP
:: ...:: :..: .. . :: .:
CCDS10 YLLSPAAAHRPKSQKCVAYKFRLVVKADGNQETNNGCHKVKIMPCPFPVAKEPSTKGLNP
370 380 390 400 410 420
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 RGKEQLAKRKTFSLVKEKKAARTLSAILLAFILTWTPYNIMVLVSTFCKDCVPETLWELG
..:..::: ::::.:::.::::::::::.::::::::::::::: ::: :::.::
CCDS10 NPSHQMTKRKRVVLVKERKAAQTLSAILLAFIITWTPYNIMVLVSTFCDKCVPVTLWHLG
430 440 450 460 470 480
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 YWLCYVNSTINPMCYALCNKAFRDTFRLLLLCRWDKRRWRKIPKRPGSVHRTPSRQC
:::::::::.::.::::
CCDS10 YWLCYVNSTVNPICYALCNRTFRKTFKMLLLCRWKKKKVEEKLYWQGNSKLP
490 500 510 520 530
>>CCDS44581.1 CHRM4 gene_id:1132|Hs108|chr11 (479 aa)
initn: 1299 init1: 895 opt: 935 Z-score: 681.2 bits: 135.4 E(32554): 1.3e-31
Smith-Waterman score: 1331; 48.2% identity (72.8% similar) in 448 aa overlap (24-437:31-472)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MNTSAPPAVSPNITVLAPGKGPWQVAFIGITTGLLSLATVTGNLLVLISFKVN
...::. .:: :::.::.::.::..:.:::
CCDS44 MANFTPVNGSSGNQSVRLVTSSSHNRYETVEMVFIATVTGSLSLVTVVGNILVMLSIKVN
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 TELKTVNNYFLLSLACADLIIGTFSMNLYTTYLLMGHWALGTLACDLWLALDYVASNASV
.:.:::::::.::::::::::.:::::::.:.. :.: ::...::::::::::.:::::
CCDS44 RQLQTVNNYFLFSLACADLIIGAFSMNLYTVYIIKGYWPLGAVVCDLWLALDYVVSNASV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 MNLLLISFDRYFSVTRPLSYRAKRTPRRAALMIGLAWLVSFVLWAPAILFWQYLVGERTV
::::.::::::: ::.::.: :.:: . :.:::. ::..:::::::::::::..::.:::
CCDS44 MNLLIISFDRYFCVTKPLTYPARRTTKMAGLMIAAAWVLSFVLWAPAILFWQFVVGKRTV
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 LAGQCYIQFLSQPIITFGTAMAAFYLPVTVMCTLYWRIYRETENRARELAALQGSETPGK
.::.:::::.: .:::::.:::::::..: .:: .: ...:... . : : .
CCDS44 PDNQCFIQFLSNPAVTFGTAIAAFYLPVVIMTVLYIHISLASRSRVHK----HRPEGPKE
190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB5 GGGSSSSSERSQPGAEGSPETPPGRCCRC-CRAPRLLQA---------YSWKEEEEEDEG
... . .: .. . :::. : : .: .: ... .:.
CCDS44 KKAKTLAFLKSPLMKQSVKKPPPGEAAREELRNGKLEEAPPPALPPPPRPVADKDTSNES
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330
pF1KB5 SMESLTSSEGEEPGSEVVIKMPMVDPEAQAPTKQP----PRSSPNTVKRPTKKGRDR---
: : :.. :.:..:. . : :: :: : : . .. ::. ..
CCDS44 SSGSATQNTKERPATELSTT-EATTPAMPAPPLQPRALNPASRWSKIQIVTKQTGNECVT
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370
pF1KB5 -------AGKGQKPRG----------KEQLAKRKTFSLVKEKKAARTLSAILLAFILTWT
. :..: . ..:. :.. .. ..:.:..::. :::::::::::
CCDS44 AIEIVPATPAGMRPAANVARKFASIARNQVRKKRQMA-ARERKVTRTIFAILLAFILTWT
360 370 380 390 400 410
380 390 400 410 420 430
pF1KB5 PYNIMVLVSTFCKDCVPETLWELGYWLCYVNSTINPMCYALCNKAFRDTFRLLLLCRWDK
:::.::::.:::..:.:.:.: .::::::::::::: :::::: .:. ::: ::::..
CCDS44 PYNVMVLVNTFCQSCIPDTVWSIGYWLCYVNSTINPACYALCNATFKKTFRHLLLCQYRN
420 430 440 450 460 470
440 450 460
pF1KB5 RRWRKIPKRPGSVHRTPSRQC
CCDS44 IGTAR
>>CCDS5843.1 CHRM2 gene_id:1129|Hs108|chr7 (466 aa)
initn: 1304 init1: 905 opt: 919 Z-score: 670.0 bits: 133.3 E(32554): 5.3e-31
Smith-Waterman score: 1311; 45.8% identity (72.2% similar) in 461 aa overlap (1-437:1-459)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MNTSAPPAVSPNITVLAPGKGPWQVAFIGITTGLLSLATVTGNLLVLISFKVNTELKTVN
::.:. . . .... .: : ..:.:: ...: :::.:. ::.::..:.::: .:.:::
CCDS58 MNNSTNSS-NNSLALTSPYK-TFEVVFIVLVAGSLSLVTIIGNILVMVSIKVNRHLQTVN
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 NYFLLSLACADLIIGTFSMNLYTTYLLMGHWALGTLACDLWLALDYVASNASVMNLLLIS
::::.::::::::::.::::::: : ..:.: :: ..::::::::::.:::::::::.::
CCDS58 NYFLFSLACADLIIGVFSMNLYTLYTVIGYWPLGPVVCDLWLALDYVVSNASVMNLLIIS
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 FDRYFSVTRPLSYRAKRTPRRAALMIGLAWLVSFVLWAPAILFWQYLVGERTVLAGQCYI
::::: ::.::.: .::: . :..::. ::..::.::::::::::..:: ::: :.:::
CCDS58 FDRYFCVTKPLTYPVKRTTKMAGMMIAAAWVLSFILWAPAILFWQFIVGVRTVEDGECYI
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB5 QFLSQPIITFGTAMAAFYLPVTVMCTLYWRIYRETENRAR----ELAALQGSETPGKGGG
::.:. .:::::.::::::: .: .:::.: : ...: . : .: : .:. :
CCDS58 QFFSNAAVTFGTAIAAFYLPVIIMTVLYWHISRASKSRIKKDKKEPVANQDPVSPSLVQG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 S-SSSSERSQPGAEGSPETPPGRCCRCCRAPRLLQAYSWKEEEEEDEGSMESLTSS---E
. .. ..:... . : . . : : . . .:.: .... : ..: .
CCDS58 RIVKPNNNNMPSSDDGLEHNKIQNGKAPRDPVTENCVQGEEKESSNDSTSVSAVASNMRD
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KB5 GEEPGSEVVIKMPMVDPEAQAPTKQPPRSSPNTVKR----PTKKGRDRAGK-GQKPRGKE
: .: ... . . . . : . .: : ::. . .:. ::. :.
CCDS58 DEITQDENTVSTSLGHSKDENSKQTCIRIGTKTPKSDSCTPTNTTVEVVGSSGQNGDEKQ
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390
pF1KB5 QLAKRKTFSLVK-----------EKKAARTLSAILLAFILTWTPYNIMVLVSTFCKDCVP
... :: ...: :::..::. :::::::.::.:::.:::..::: :.:
CCDS58 NIVARKIVKMTKQPAKKKPPPSREKKVTRTILAILLAFIITWAPYNVMVLINTFCAPCIP
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KB5 ETLWELGYWLCYVNSTINPMCYALCNKAFRDTFRLLLLCRWDKRRWRKIPKRPGSVHRTP
.:.: .::::::.:::::: :::::: .:. ::. ::.:..
CCDS58 NTVWTIGYWLCYINSTINPACYALCNATFKKTFKHLLMCHYKNIGATR
420 430 440 450 460
460
pF1KB5 SRQC
>>CCDS7569.2 ADRA2A gene_id:150|Hs108|chr10 (465 aa)
initn: 384 init1: 384 opt: 595 Z-score: 439.7 bits: 90.7 E(32554): 3.6e-18
Smith-Waterman score: 595; 29.5% identity (59.1% similar) in 440 aa overlap (17-441:33-463)
10 20 30
pF1KB5 MNTSAPPAVSPNITVLAPGKG----PW--QVAFIGIT-TGLLSLAT
::: : :. ::.. . .::: : :
CCDS75 RQEQPLAEGSFAPMGSLQPDAGNASWNGTEAPGGGARATPYSLQVTLTLVCLAGLLMLLT
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB5 VTGNLLVLISFKVNTELKTVNNYFLLSLACADLIIGTFSMNLYTTYLLMGHWALGTLACD
: ::.::.:. .. ::. .: ::.::: ::....:. . . . .::.: .: :.
CCDS75 VFGNVLVIIAVFTSRALKAPQNLFLVSLASADILVATLVIPFSLANEVMGYWYFGKAWCE
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
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..:::: . ..:...: ::.:::.:.:. . : :::::: .: .:..: :. :
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.. . : .. .. .: .... ...:. : .: .: :::. .. :.
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: . .: : .. ...:: .:.. : :: : . : :.. .
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.. : ..: .::. : :: . . : .:.: .: : : :
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: :: :.. : . :.: .::. . .:.... .:.. : :. . ..:... :
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CCDS75 S--VPRTLFKFFFWFGYCNSSLNPVIYTIFNHDFRRAFKKIL-CRGDRKRIV
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460
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. .. :. . ...:. : .. . .. .. .: . :.: .:. .. :
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460
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CCDS13 -------AAGPEPPPEAQPSPPPPPG-CWGCWQKGHGEAMPLHRYGVGEAAVGAEAGEAT
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CCDS83 PERTRYSPIPPSHHQLTLPDPSHHGLHSTPDSPAKPEKNGHAKDHPKIAKIFEIQTMPNG
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]