Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5348
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5348, 390 aa
1>>>pF1KB5348 390 - 390 aa - 390 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.8600+/- 0.001; mu= 0.4860+/- 0.061
mean_var=406.2424+/-85.315, 0's: 0 Z-trim(116.2): 94 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.063633
statistics sampled from 16725 (16815) to 16725 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.787), E-opt: 0.2 (0.517), width: 16
Scan time: 3.540
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS716.1 RBMXL1 gene_id:494115|Hs108|chr1 ( 390) 2734 264.5 1.1e-70
CCDS14661.1 RBMX gene_id:27316|Hs108|chrX ( 391) 2587 251.1 1.3e-66
CCDS7777.1 RBMXL2 gene_id:27288|Hs108|chr11 ( 392) 1785 177.4 1.9e-44
CCDS83521.1 RBMY1D gene_id:378949|Hs108|chrY ( 459) 1183 122.2 9.2e-28
CCDS35479.1 RBMY1B gene_id:378948|Hs108|chrY ( 496) 1171 121.2 2.1e-27
CCDS35481.1 RBMY1E gene_id:378950|Hs108|chrY ( 496) 1171 121.2 2.1e-27
CCDS35480.1 RBMY1D gene_id:378949|Hs108|chrY ( 496) 1171 121.2 2.1e-27
CCDS14796.1 RBMY1A1 gene_id:5940|Hs108|chrY ( 496) 1170 121.1 2.2e-27
CCDS35484.1 RBMY1J gene_id:378951|Hs108|chrY ( 496) 1169 121.0 2.4e-27
CCDS35483.1 RBMY1F gene_id:159163|Hs108|chrY ( 496) 1169 121.0 2.4e-27
CCDS55478.1 RBMXL3 gene_id:139804|Hs108|chrX (1067) 822 89.6 1.5e-17
>>CCDS716.1 RBMXL1 gene_id:494115|Hs108|chr1 (390 aa)
initn: 2734 init1: 2734 opt: 2734 Z-score: 1382.2 bits: 264.5 E(32554): 1.1e-70
Smith-Waterman score: 2734; 100.0% identity (100.0% similar) in 390 aa overlap (1-390:1-390)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALETVFGKYGRIVEVLLIKDRETNKSRGFAFVTFESPA
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CCDS71 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALETVFGKYGRIVEVLLIKDRETNKSRGFAFVTFESPA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFERGRHGPPPPPRSRGPPRGFGAGRGGSGGTR
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CCDS71 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFERGRHGPPPPPRSRGPPRGFGAGRGGSGGTR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 GPPSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPSPKRSAPSGLVRSSSGMGGR
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CCDS71 GPPSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPSPKRSAPSGLVRSSSGMGGR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 APLSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPPRD
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CCDS71 APLSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPPRD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 YTYRDYGHSSSRDDYPSRGYGDRDGYGRDRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPLTRGP
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CCDS71 YTYRDYGHSSSRDDYPSRGYGDRDGYGRDRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPLTRGP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 PPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSCDRVGRQERGLPPSVERGYPSSR
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CCDS71 PPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSCDRVGRQERGLPPSVERGYPSSR
310 320 330 340 350 360
370 380 390
pF1KB5 DSYSSSSRGAPRGAGPGGSRSDRGGGRSRY
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CCDS71 DSYSSSSRGAPRGAGPGGSRSDRGGGRSRY
370 380 390
>>CCDS14661.1 RBMX gene_id:27316|Hs108|chrX (391 aa)
initn: 2274 init1: 2274 opt: 2587 Z-score: 1309.2 bits: 251.1 E(32554): 1.3e-66
Smith-Waterman score: 2587; 95.1% identity (97.4% similar) in 391 aa overlap (1-390:1-391)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALETVFGKYGRIVEVLLIKDRETNKSRGFAFVTFESPA
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CCDS14 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFERGRHGPPPPPRSRGPPRGFGAGRGGSGGTR
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CCDS14 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFESGRRGPPPPPRSRGPPRGLRGGRGGSGGTR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 GPPSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPSPKRSAPSGLVRSSSGMGGR
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CCDS14 GPPSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPPPKRSAPSGPVRSSSGMGGR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 APLSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPPRD
::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 APVSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPPRD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 YTYRDYGHSSSRDDYPSRGYGDRDGYGRDRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPLTRGP
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CCDS14 YTYRDYGHSSSRDDYPSRGYSDRDGYGRDRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPPTRGP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KB5 PPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSC-DRVGRQERGLPPSVERGYPSS
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CCDS14 PPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSGRDRVGRQERGLPPSMERGYPPP
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390
pF1KB5 RDSYSSSSRGAPRGAGPGGSRSDRGGGRSRY
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CCDS14 RDSYSSSSRGAPRGGGRGGSRSDRGGGRSRY
370 380 390
>>CCDS7777.1 RBMXL2 gene_id:27288|Hs108|chr11 (392 aa)
initn: 1262 init1: 878 opt: 1785 Z-score: 911.3 bits: 177.4 E(32554): 1.9e-44
Smith-Waterman score: 1785; 69.2% identity (82.6% similar) in 396 aa overlap (1-390:1-392)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALETVFGKYGRIVEVLLIKDRETNKSRGFAFVTFESPA
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CCDS77 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFERGRHGPPPPPRSRGPPRGFGAGRGGSGGTR
::: ::::::::::::::::: :::::.:: .:.::::: :::: :: . . :::.:: :
CCDS77 DAKAAARDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPP-RSRGRPRFLRGTRGGGGGPR
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB5 GPPSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPSPKRSAPSGLVRSSSG-MGG
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CCDS77 RSPSRGGPDDDGGYTADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARSSGGGMRG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 RAPLSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPPR
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CCDS77 RALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDY---REPRGFAPSPG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 DYTYRDYGHSSSRDDYPSRGYGDRDGYG-RDRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPLTR
.::.::::::: ::: : :::.:::::: :::::.:: : ::.:. .::::. :.: :
CCDS77 EYTHRDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRDRDYGDHLSRGSHREPFESYGELRGAAPGR
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 GPPPSYGGSSRYDDYSS-SRDGYGGSRDSYSSS--RSDLYSSC-DRVGRQERGLPPSVER
: ::::::..::..: . : :.:.:.::::::: ::: :: :::: .::: :.::
CCDS77 GTPPSYGGGGRYEEYRGYSPDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGRHRVGRPDRGLSLSMER
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390
pF1KB5 GYPSSRDSYSSSSRGAPRGAGPGGSRSDRGGGRSRY
: : .::::: :. .:::.: :.: .::::::::
CCDS77 GCPPQRDSYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY
360 370 380 390
>>CCDS83521.1 RBMY1D gene_id:378949|Hs108|chrY (459 aa)
initn: 922 init1: 389 opt: 1183 Z-score: 611.9 bits: 122.2 E(32554): 9.2e-28
Smith-Waterman score: 1212; 51.5% identity (68.1% similar) in 427 aa overlap (1-352:1-423)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALETVFGKYGRIVEVLLIKDRETNKSRGFAFVTFESPA
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CCDS83 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB5 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFERG-RHGPPPPPRSRGPPRGFGAGRGGSGGT
:::.::.::::::: ::::::::: ::::. : :. :: :.:.: .. ..::. :::
CCDS83 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 RGP-PSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPSPKRSAPSGLVRSSSGMG
:: ::. ::.:::::. ...:: ::: .:::::: ::::: ::.::::...::.: ::
CCDS83 RGWLPSQEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210
pF1KB5 GRAPLSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYST----------------------
...:.:. :..:: :::: . : :. .: : :::.:
CCDS83 SQGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYA
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250
pF1KB5 --------KDSYSSRDYP---SSRDTRDYAPPPRDYTYRDYGHS--------------SS
.: .::: : :::.::::::: : ..::::::: ::
CCDS83 YRDNGHSNRDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNRRSS
240 250 260 270 280 290
260 270 280
pF1KB5 RD--DY--PSRGYGDRD------------------GYGR--DRDYSDHPSGGSYRDSYES
:. .: ::::.: :: :::. ::.:.: ::.::::. .
CCDS83 RETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQR
300 310 320 330 340 350
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 YGNSRSAPLTRGPPPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSCDR--VGRQE
::.:..:: .::: :::::. . ::..:: :: : .:::: .:.. ::: : :..
CCDS83 YGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHA-YSNTRDRYGRSWESYSSC-GDFHY-CDREHVCRKD
360 370 380 390 400 410
350 360 370 380 390
pF1KB5 RGLPPSVERGYPSSRDSYSSSSRGAPRGAGPGGSRSDRGGGRSRY
. :::.
CCDS83 QRNPPSLGRVLPDPREACGSSSYVASIVDGGESRSEKGDSSRY
420 430 440 450
>>CCDS35479.1 RBMY1B gene_id:378948|Hs108|chrY (496 aa)
initn: 1117 init1: 389 opt: 1171 Z-score: 605.5 bits: 121.2 E(32554): 2.1e-27
Smith-Waterman score: 1171; 51.4% identity (70.3% similar) in 407 aa overlap (1-388:1-389)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALETVFGKYGRIVEVLLIKDRETNKSRGFAFVTFESPA
:::::.:::::::::: ::::: :..::::.: : :::::::: :.:::::::.:::.::
CCDS35 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB5 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFERG-RHGPPPPPRSRGPPRGFGAGRGGSGGT
:::.::.::::::: ::::::::: ::::. : :. :: :.:.: .. ..::. :::
CCDS35 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 RGP-PSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPSPKRSAPSGLVRSSSGMG
:: ::. ::.:::::. ...:: ::: .:::::: ::::: ::.::::...::.: ::
CCDS35 RGWLPSQEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 GRAPLSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPP
...:.:. :..:: :::: . : :. .: : :::.:.:. ..:: ..:::::::
CCDS35 SQGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG----NHPSCQETRDYAPPS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB5 RDYTYRDYGHSSSRDDYPSRGYGDRDGYGRDRDYSDHPSGGSYRD--------SY-ESYG
: :.::: :::. ::.. :::: .. . . :::. : .::: :: ..:
CCDS35 RGYAYRDNGHSN-RDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYR
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 NSRSAPLTRG-PPPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSCDRVGRQERGL
: ::. :: ::: : . : ::. :: ..::: . . :: :. :
CCDS35 NRRSSRETREYAPPSRGHG--YRDYGHSR-----RHESYSRGYRNHPSS-----RETRDY
300 310 320 330 340
350 360 370 380 390
pF1KB5 -PPSVERGY----PSSRDSYSSSSRGAPRGAGP--GGSRSDRGGGRSRY
:: . .: :: : .:: . . : : : ..:.. .: :
CCDS35 APPHRDYAYRDYGHSSWDEHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSHG
350 360 370 380 390 400
CCDS35 APPARGPRMSYGGSTCHAYSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLGR
410 420 430 440 450 460
>>CCDS35481.1 RBMY1E gene_id:378950|Hs108|chrY (496 aa)
initn: 1113 init1: 389 opt: 1171 Z-score: 605.5 bits: 121.2 E(32554): 2.1e-27
Smith-Waterman score: 1171; 51.4% identity (70.3% similar) in 407 aa overlap (1-388:1-389)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALETVFGKYGRIVEVLLIKDRETNKSRGFAFVTFESPA
:::::.:::::::::: ::::: :..::::.: : :::::::: :.:::::::.:::.::
CCDS35 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB5 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFERG-RHGPPPPPRSRGPPRGFGAGRGGSGGT
:::.::.::::::: ::::::::: ::::. : :. :: :.:.: .. ..::. :::
CCDS35 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 RGP-PSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPSPKRSAPSGLVRSSSGMG
:: ::. ::.:::::. ...:: ::: .:::::: ::::: ::.::::...::.: ::
CCDS35 RGWLPSQEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 GRAPLSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPP
...:.:. :..:: :::: . : :. .: : :::.:.:. ..:: ..:::::::
CCDS35 SQGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG----NHPSCQETRDYAPPS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB5 RDYTYRDYGHSSSRDDYPSRGYGDRDGYGRDRDYSDHPSGGSYRD--------SY-ESYG
: :.::: :::. ::.. :::: .. . . :::. : .::: :: ..:
CCDS35 RGYAYRDNGHSN-RDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYR
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 NSRSAPLTRG-PPPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSCDRVGRQERGL
: ::. :: ::: : . : ::. :: ..::: . . :: :. :
CCDS35 NRRSSRETREYAPPSRGHG--YRDYGHSR-----RHESYSRGYRNHPSS-----RETRDY
300 310 320 330 340
350 360 370 380 390
pF1KB5 -PPSVERGY----PSSRDSYSSSSRGAPRGAGP--GGSRSDRGGGRSRY
:: . .: :: : .:: . . : : : ..:.. .: :
CCDS35 APPHRDYAYRDYGHSSWDEHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTAHG
350 360 370 380 390 400
CCDS35 APPARGPRMSYGGSTCHAYSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLGR
410 420 430 440 450 460
>>CCDS35480.1 RBMY1D gene_id:378949|Hs108|chrY (496 aa)
initn: 1117 init1: 389 opt: 1171 Z-score: 605.5 bits: 121.2 E(32554): 2.1e-27
Smith-Waterman score: 1171; 51.4% identity (70.3% similar) in 407 aa overlap (1-388:1-389)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALETVFGKYGRIVEVLLIKDRETNKSRGFAFVTFESPA
:::::.:::::::::: ::::: :..::::.: : :::::::: :.:::::::.:::.::
CCDS35 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB5 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFERG-RHGPPPPPRSRGPPRGFGAGRGGSGGT
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