Result of FASTA (omim) for
pF1KB5348
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5348, 390 aa
1>>>pF1KB5348 390 - 390 aa - 390 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.7657+/-0.000421; mu= 8.3420+/- 0.027
mean_var=505.9435+/-109.920, 0's: 0 Z-trim(124.0): 76 B-trim: 4822 in 2/58
Lambda= 0.057019
statistics sampled from 44776 (44925) to 44776 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.792), E-opt: 0.2 (0.527), width: 16
Scan time: 10.560
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_002130 (OMIM: 300199,300238) RNA-binding motif ( 391) 2587 226.8 6.9e-59
NP_055284 (OMIM: 605444) RNA-binding motif protein ( 392) 1785 160.8 5e-39
XP_011529740 (OMIM: 400006,415000) PREDICTED: RNA- ( 385) 1380 127.5 5.3e-29
NP_001307873 (OMIM: 400006,415000) RNA-binding mot ( 459) 1182 111.3 4.7e-24
XP_011529739 (OMIM: 400006,415000) PREDICTED: RNA- ( 422) 1170 110.3 8.9e-24
NP_005049 (OMIM: 400006,415000) RNA-binding motif ( 496) 1170 110.4 9.6e-24
XP_016885549 (OMIM: 400006,415000) PREDICTED: RNA- ( 435) 984 95.0 3.6e-19
NP_001307874 (OMIM: 400006,415000) RNA-binding mot ( 356) 564 60.3 8.3e-09
NP_001158275 (OMIM: 300199,300238) RNA-binding mot ( 196) 454 50.8 3.2e-06
XP_011525970 (OMIM: 602649) PREDICTED: cold-induci ( 202) 432 49.0 1.2e-05
XP_016881726 (OMIM: 602649) PREDICTED: cold-induci ( 168) 422 48.1 1.9e-05
NP_001287744 (OMIM: 602649) cold-inducible RNA-bin ( 168) 422 48.1 1.9e-05
NP_001271 (OMIM: 602649) cold-inducible RNA-bindin ( 172) 422 48.1 1.9e-05
XP_006722700 (OMIM: 602649) PREDICTED: cold-induci ( 172) 422 48.1 1.9e-05
NP_001287758 (OMIM: 602649) cold-inducible RNA-bin ( 297) 423 48.6 2.3e-05
NP_006734 (OMIM: 300027) RNA-binding protein 3 [Ho ( 157) 363 43.2 0.00052
>>NP_002130 (OMIM: 300199,300238) RNA-binding motif prot (391 aa)
initn: 2274 init1: 2274 opt: 2587 Z-score: 1178.2 bits: 226.8 E(85289): 6.9e-59
Smith-Waterman score: 2587; 95.1% identity (97.4% similar) in 391 aa overlap (1-390:1-391)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALETVFGKYGRIVEVLLIKDRETNKSRGFAFVTFESPA
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NP_002 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFERGRHGPPPPPRSRGPPRGFGAGRGGSGGTR
:::::::::::::::::::::::::::::: ::.::::::::::::::. .:::::::::
NP_002 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFESGRRGPPPPPRSRGPPRGLRGGRGGSGGTR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 GPPSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPSPKRSAPSGLVRSSSGMGGR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::: ::::::::::
NP_002 GPPSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPPPKRSAPSGPVRSSSGMGGR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 APLSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPPRD
::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 APVSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPPRD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 YTYRDYGHSSSRDDYPSRGYGDRDGYGRDRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPLTRGP
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NP_002 YTYRDYGHSSSRDDYPSRGYSDRDGYGRDRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPPTRGP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KB5 PPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSC-DRVGRQERGLPPSVERGYPSS
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NP_002 PPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSGRDRVGRQERGLPPSMERGYPPP
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390
pF1KB5 RDSYSSSSRGAPRGAGPGGSRSDRGGGRSRY
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NP_002 RDSYSSSSRGAPRGGGRGGSRSDRGGGRSRY
370 380 390
>>NP_055284 (OMIM: 605444) RNA-binding motif protein, X- (392 aa)
initn: 1262 init1: 878 opt: 1785 Z-score: 821.6 bits: 160.8 E(85289): 5e-39
Smith-Waterman score: 1785; 69.2% identity (82.6% similar) in 396 aa overlap (1-390:1-392)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALETVFGKYGRIVEVLLIKDRETNKSRGFAFVTFESPA
:::::::::::::::: ::.:::::. ::::::::::::.::::::::::::::::::::
NP_055 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFERGRHGPPPPPRSRGPPRGFGAGRGGSGGTR
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NP_055 DAKAAARDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPP-RSRGRPRFLRGTRGGGGGPR
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB5 GPPSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPSPKRSAPSGLVRSSSG-MGG
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NP_055 RSPSRGGPDDDGGYTADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARSSGGGMRG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 RAPLSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPPR
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NP_055 RALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDY---REPRGFAPSPG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 DYTYRDYGHSSSRDDYPSRGYGDRDGYG-RDRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPLTR
.::.::::::: ::: : :::.:::::: :::::.:: : ::.:. .::::. :.: :
NP_055 EYTHRDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRDRDYGDHLSRGSHREPFESYGELRGAAPGR
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 GPPPSYGGSSRYDDYSS-SRDGYGGSRDSYSSS--RSDLYSSC-DRVGRQERGLPPSVER
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NP_055 GTPPSYGGGGRYEEYRGYSPDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGRHRVGRPDRGLSLSMER
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390
pF1KB5 GYPSSRDSYSSSSRGAPRGAGPGGSRSDRGGGRSRY
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NP_055 GCPPQRDSYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY
360 370 380 390
>>XP_011529740 (OMIM: 400006,415000) PREDICTED: RNA-bind (385 aa)
initn: 928 init1: 388 opt: 1380 Z-score: 641.6 bits: 127.5 E(85289): 5.3e-29
Smith-Waterman score: 1380; 57.3% identity (77.8% similar) in 396 aa overlap (1-390:1-385)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALETVFGKYGRIVEVLLIKDRETNKSRGFAFVTFESPA
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XP_011 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB5 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFERG-RHGPPPPPRSRGPPRGFGAGRGGSGGT
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XP_011 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 RGP-PSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPSPKRSAPSGLVRSSSGMG
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XP_011 RGWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 GRAPLSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPP
...:.:. :..:: :::: . : :. .: : :::.:.:. ..:: ..:::::::
XP_011 SQGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG----NHPSCQETRDYAPPS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 RDYTYRDYGHSSSRDDYPSRGYGDRDGYGR--DRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPL
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XP_011 RGYAYRDNGHSN-RDEHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSHGAPP
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 TRGPPPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSCDR--VGRQERGLPPSVER
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XP_011 ARGPRMSYGGSTCHA-YSNTRDRYGRSWESYSSC-GD-FHYCDREHVCRKDQRNPPSLGR
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390
pF1KB5 GYPSSRDSYSSSSRGAPRGAGPGGSRSDRGGGRSRY
:. :.. .::: : : : :::..: . :::
XP_011 VLPDPREACGSSSYVASIVDG-GESRSEKGDS-SRY
360 370 380
>>NP_001307873 (OMIM: 400006,415000) RNA-binding motif p (459 aa)
initn: 921 init1: 388 opt: 1182 Z-score: 552.9 bits: 111.3 E(85289): 4.7e-24
Smith-Waterman score: 1211; 51.5% identity (68.1% similar) in 427 aa overlap (1-352:1-423)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALETVFGKYGRIVEVLLIKDRETNKSRGFAFVTFESPA
:::::.:::::::::: ::::: :..::::.: : :::::::: :.:::::::.:::.::
NP_001 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB5 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFERG-RHGPPPPPRSRGPPRGFGAGRGGSGGT
:::.::.::::::: ::::::::: ::::. : :. :: :.:.: .. ..::. :::
NP_001 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 RGP-PSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPSPKRSAPSGLVRSSSGMG
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NP_001 RGWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210
pF1KB5 GRAPLSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYST----------------------
...:.:. :..:: :::: . : :. .: : :::.:
NP_001 SQGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYA
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250
pF1KB5 --------KDSYSSRDYP---SSRDTRDYAPPPRDYTYRDYGHS--------------SS
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NP_001 YRDNGHSNRDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNRRSS
240 250 260 270 280 290
260 270 280
pF1KB5 RD--DY--PSRGYGDRD------------------GYGR--DRDYSDHPSGGSYRDSYES
:. .: ::::.: :: :::. ::.:.: ::.::::. .
NP_001 RETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQR
300 310 320 330 340 350
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 YGNSRSAPLTRGPPPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSCDR--VGRQE
::.:..:: .::: :::::. . ::..:: :: : .:::: .:.. ::: : :..
NP_001 YGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHA-YSNTRDRYGRSWESYSSC-GDFHY-CDREHVCRKD
360 370 380 390 400 410
350 360 370 380 390
pF1KB5 RGLPPSVERGYPSSRDSYSSSSRGAPRGAGPGGSRSDRGGGRSRY
. :::.
NP_001 QRNPPSLGRVLPDPREACGSSSYVASIVDGGESRSEKGDSSRY
420 430 440 450
>>XP_011529739 (OMIM: 400006,415000) PREDICTED: RNA-bind (422 aa)
initn: 971 init1: 388 opt: 1170 Z-score: 547.9 bits: 110.3 E(85289): 8.9e-24
Smith-Waterman score: 1170; 51.4% identity (70.3% similar) in 407 aa overlap (1-388:1-389)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALETVFGKYGRIVEVLLIKDRETNKSRGFAFVTFESPA
:::::.:::::::::: ::::: :..::::.: : :::::::: :.:::::::.:::.::
XP_011 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB5 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFERG-RHGPPPPPRSRGPPRGFGAGRGGSGGT
:::.::.::::::: ::::::::: ::::. : :. :: :.:.: .. ..::. :::
XP_011 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 RGP-PSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPSPKRSAPSGLVRSSSGMG
:: ::. ::.:::::. ...:: ::: .:::::: ::::: ::.::::...::.: ::
XP_011 RGWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 GRAPLSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPP
...:.:. :..:: :::: . : :. .: : :::.:.:. ..:: ..:::::::
XP_011 SQGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG----NHPSCQETRDYAPPS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB5 RDYTYRDYGHSSSRDDYPSRGYGDRDGYGRDRDYSDHPSGGSYRD--------SY-ESYG
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XP_011 RGYAYRDNGHSN-RDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYR
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 NSRSAPLTRG-PPPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSCDRVGRQERGL
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XP_011 NRRSSRETREYAPPSRGHG--YRDYGHSR-----RHESYSRGYRNHPSS-----RETRDY
300 310 320 330 340
350 360 370 380 390
pF1KB5 -PPSVERGY----PSSRDSYSSSSRGAPRGAGP--GGSRSDRGGGRSRY
:: . .: :: : .:: . . : : : ..:.. .: :
XP_011 APPHRDYAYRDYGHSSWDEHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYATLFQ
350 360 370 380 390 400
XP_011 KTVHITAEITWTGPKRGGGG
410 420
>>NP_005049 (OMIM: 400006,415000) RNA-binding motif prot (496 aa)
initn: 1116 init1: 388 opt: 1170 Z-score: 547.3 bits: 110.4 E(85289): 9.6e-24
Smith-Waterman score: 1170; 51.4% identity (70.3% similar) in 407 aa overlap (1-388:1-389)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALETVFGKYGRIVEVLLIKDRETNKSRGFAFVTFESPA
:::::.:::::::::: ::::: :..::::.: : :::::::: :.:::::::.:::.::
NP_005 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB5 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFERG-RHGPPPPPRSRGPPRGFGAGRGGSGGT
:::.::.::::::: ::::::::: ::::. : :. :: :.:.: .. ..::. :::
NP_005 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 RGP-PSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPSPKRSAPSGLVRSSSGMG
:: ::. ::.:::::. ...:: ::: .:::::: ::::: ::.::::...::.: ::
NP_005 RGWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 GRAPLSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPP
...:.:. :..:: :::: . : :. .: : :::.:.:. ..:: ..:::::::
NP_005 SQGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG----NHPSCQETRDYAPPS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB5 RDYTYRDYGHSSSRDDYPSRGYGDRDGYGRDRDYSDHPSGGSYRD--------SY-ESYG
: :.::: :::. ::.. :::: .. . . :::. : .::: :: ..:
NP_005 RGYAYRDNGHSN-RDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYR
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 NSRSAPLTRG-PPPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSCDRVGRQERGL
: ::. :: ::: : . : ::. :: ..::: . . :: :. :
NP_005 NRRSSRETREYAPPSRGHG--YRDYGHSR-----RHESYSRGYRNHPSS-----RETRDY
300 310 320 330 340
350 360 370 380 390
pF1KB5 -PPSVERGY----PSSRDSYSSSSRGAPRGAGP--GGSRSDRGGGRSRY
:: . .: :: : .:: . . : : : ..:.. .: :
NP_005 APPHRDYAYRDYGHSSWDEHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSHG
350 360 370 380 390 400
NP_005 APPARGPRMSYGGSTCHAYSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLGR
410 420 430 440 450 460
>>XP_016885549 (OMIM: 400006,415000) PREDICTED: RNA-bind (435 aa)
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Smith-Waterman score: 1013; 48.6% identity (65.6% similar) in 387 aa overlap (41-352:17-399)
20 30 40 50 60 70
pF1KB5 FIGGLNTETNEKALETVFGKYGRIVEVLLIKDRETNKSRGFAFVTFESPADAKDAARDMN
::: :.:::::::.:::.:::::.::.:::
XP_016 MRRCLKQYLGNMVPYQKDR-TSKSRGFAFITFENPADAKNAAKDMN
10 20 30 40
80 90 100 110 120
pF1KB5 GKSLDGKAIKVEQATKPSFERG-RHGPPPPPRSRGPPRGFGAGRGGSGGTRGP-PSRGGH
:::: ::::::::: ::::. : :. :: :.:.: .. ..::. ::::: ::. ::
XP_016 GKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGTRGWLPSHEGH
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 MDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPSPKRSAPSGLVRSSSGMGGRAPLSRGRD
.:::::. ...:: ::: .:::::: ::::: ::.::::...::.: ::...:.:. :.
XP_016 LDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMGSQGPMSQRRE
110 120 130 140 150 160
190 200 210
pF1KB5 SYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYST------------------------------KD
.:: :::: . : :. .: : :::.: .:
XP_016 NYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYAYRDNGHSNRD
170 180 190 200 210 220
220 230 240 250
pF1KB5 SYSSRDYP---SSRDTRDYAPPPRDYTYRDYGHS--------------SSRD--DY--PS
.::: : :::.::::::: : ..::::::: :::. .: ::
XP_016 EHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNRRSSRETREYAPPS
230 240 250 260 270 280
260 270 280 290
pF1KB5 RGYGDRD------------------GYGR--DRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPLT
::.: :: :::. ::.:.: ::.::::. . ::.:..:: .
XP_016 RGHGYRDYGHSRRHESYSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSHGAPPA
290 300 310 320 330 340
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 RGPPPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSCDR--VGRQERGLPPSVERG
::: :::::. . ::..:: :: : .:::: .: . ::: : :... :::.
XP_016 RGPRMSYGGSTCHA-YSNTRDRYGRSWESYSSC-GD-FHYCDREHVCRKDQRNPPSLGRV
350 360 370 380 390 400
360 370 380 390
pF1KB5 YPSSRDSYSSSSRGAPRGAGPGGSRSDRGGGRSRY
XP_016 LPDPREACGSSSYVASIVDGGESRSEKGDSSRY
410 420 430
>>NP_001307874 (OMIM: 400006,415000) RNA-binding motif p (356 aa)
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Smith-Waterman score: 564; 42.5% identity (62.4% similar) in 266 aa overlap (140-388:1-249)
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:: ::: .:::::: ::::: ::.::::.
NP_001 MSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSA
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pF1KB5 LVRSSSGMGGRAPLSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSR
..::.: ::...:.:. :..:: :::: . : :. .: : :::.:.:. ..:: .
NP_001 VARSNSWMGSQGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG----NHPSCQ
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230 240 250 260 270 280
pF1KB5 DTRDYAPPPRDYTYRDYGHSSSRDDYPSRGYGDRDGYGRDRDYSDHPSGGSYRD------
.::::::: : :.::: :::. ::.. :::: .. . . :::. : .:::
NP_001 ETRDYAPPSRGYAYRDNGHSN-RDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRR
90 100 110 120 130 140
290 300 310 320 330
pF1KB5 --SY-ESYGNSRSAPLTRG-PPPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSCD
:: ..: : ::. :: ::: : . : ::. :: ..::: . . ::
NP_001 DESYSRGYRNRRSSRETREYAPPSRGHG--YRDYGHSR-----RHESYSRGYRNHPSS--
150 160 170 180 190
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pF1KB5 RVGRQERGL-PPSVERGY----PSSRDSYSSSSRGAPRGAGP--GGSRSDRGGGRSRY
:. : :: . .: :: : .:: . . : : : ..:.. .: :
NP_001 ---RETRDYAPPHRDYAYRDYGHSSWDEHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDA
200 210 220 230 240 250
NP_001 LQRYGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHAYSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKD
260 270 280 290 300 310
>>NP_001158275 (OMIM: 300199,300238) RNA-binding motif p (196 aa)
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Smith-Waterman score: 454; 95.9% identity (98.6% similar) in 74 aa overlap (1-74:1-74)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALETVFGKYGRIVEVLLIKDRETNKSRGFAFVTFESPA
:::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::.::::::::::::::::::::
NP_001 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFERGRHGPPPPPRSRGPPRGFGAGRGGSGGTR
:::::::::::: :
NP_001 DAKDAARDMNGKLLYHVEEIVMEVHLEGNRCPLVEMFICPQEMMGILLKTAIQAEITQVL
70 80 90 100 110 120
>>XP_011525970 (OMIM: 602649) PREDICTED: cold-inducible (202 aa)
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Smith-Waterman score: 432; 45.8% identity (65.3% similar) in 190 aa overlap (4-187:2-187)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALETVFGKYGRIVEVLLIKDRETNKSRGFAFVTFESPA
:. ::::.:::. .:::..:: ::.:::.: ::...:::::..::::.:::::.
XP_011 MASDEGKLFVGGLSFDTNEQSLEQVFSKYGQISEVVVVKDRETQRSRGFGFVTFENID
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB5 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFERGRHGPPPPPRSRGPPRG-FGAGRGGS--G
::::: :::::.::. :.:.:: : : .:.: .:: :: : ::: : :
XP_011 DAKDAMMAMNGKSVDGRQIRVDQAGKSSDNRSRGYRGGSAGGRGFFRGGRGRGRGFSRGG
60 70 80 90 100 110
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: :: . . .:::. . .. :::. . : ::.: : . : : : .
XP_011 GDRGYGGNRFESRSGGYGGSRDYYSSRSQ---SGGYSDRSSGGSYRDSYDSYEAGQRAEA
120 130 140 150 160 170
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pF1KB5 SGMGGRAPLSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDY
:. :: : . .:
XP_011 RGIPGR-PQTASRLASSAVASRVLSILC
180 190 200
390 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 03:39:58 2016 done: Fri Nov 4 03:40:00 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]