Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5390
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5390, 920 aa
1>>>pF1KB5390 920 - 920 aa - 920 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3428+/-0.000897; mu= 16.8647+/- 0.055
mean_var=97.7497+/-19.052, 0's: 0 Z-trim(109.3): 90 B-trim: 5 in 1/50
Lambda= 0.129723
statistics sampled from 10712 (10808) to 10712 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.675), E-opt: 0.2 (0.332), width: 16
Scan time: 2.970
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS14277.1 USP11 gene_id:8237|Hs108|chrX ( 963) 6318 1193.3 0
CCDS2794.1 USP4 gene_id:7375|Hs108|chr3 ( 916) 2651 507.0 6.6e-143
CCDS2793.1 USP4 gene_id:7375|Hs108|chr3 ( 963) 2241 430.3 8.6e-120
CCDS8963.1 USP15 gene_id:9958|Hs108|chr12 ( 952) 1461 284.3 7.5e-76
CCDS58251.1 USP15 gene_id:9958|Hs108|chr12 ( 981) 1461 284.3 7.7e-76
CCDS32697.1 USP32 gene_id:84669|Hs108|chr17 (1604) 938 186.5 3.4e-46
CCDS43090.1 USP19 gene_id:10869|Hs108|chr3 (1318) 886 176.8 2.4e-43
CCDS56256.1 USP19 gene_id:10869|Hs108|chr3 (1372) 886 176.8 2.5e-43
CCDS56255.1 USP19 gene_id:10869|Hs108|chr3 (1384) 886 176.8 2.5e-43
CCDS56254.1 USP19 gene_id:10869|Hs108|chr3 (1419) 886 176.8 2.6e-43
CCDS11069.2 USP6 gene_id:9098|Hs108|chr17 (1406) 860 171.9 7.5e-42
CCDS61632.1 USP8 gene_id:9101|Hs108|chr15 (1012) 645 131.6 7.4e-30
CCDS10137.1 USP8 gene_id:9101|Hs108|chr15 (1118) 645 131.6 8e-30
CCDS8423.1 USP2 gene_id:9099|Hs108|chr11 ( 396) 526 109.1 1.7e-23
CCDS58189.1 USP2 gene_id:9099|Hs108|chr11 ( 362) 518 107.6 4.5e-23
CCDS8422.1 USP2 gene_id:9099|Hs108|chr11 ( 605) 519 107.9 6.1e-23
CCDS58250.1 USP15 gene_id:9958|Hs108|chr12 ( 235) 437 92.3 1.2e-18
CCDS58832.1 USP4 gene_id:7375|Hs108|chr3 ( 313) 431 91.2 3.2e-18
CCDS58370.1 USP3 gene_id:9960|Hs108|chr15 ( 476) 422 89.7 1.5e-17
CCDS32265.1 USP3 gene_id:9960|Hs108|chr15 ( 520) 422 89.7 1.6e-17
CCDS30920.1 USP21 gene_id:27005|Hs108|chr1 ( 565) 389 83.5 1.2e-15
CCDS679.1 USP33 gene_id:23032|Hs108|chr1 ( 911) 353 76.9 1.9e-13
CCDS678.1 USP33 gene_id:23032|Hs108|chr1 ( 942) 353 76.9 2e-13
CCDS680.1 USP33 gene_id:23032|Hs108|chr1 ( 828) 348 76.0 3.4e-13
CCDS43892.1 USP20 gene_id:10868|Hs108|chr9 ( 914) 344 75.2 6.2e-13
>>CCDS14277.1 USP11 gene_id:8237|Hs108|chrX (963 aa)
initn: 6318 init1: 6318 opt: 6318 Z-score: 6387.8 bits: 1193.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6318; 100.0% identity (100.0% similar) in 920 aa overlap (1-920:44-963)
10 20 30
pF1KB5 MATVAANPAAAAAAVAAAAAVTEDREPQHE
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 RFRDQNPEVAVEGRLPISHSCVGCRRERTAMATVAANPAAAAAAVAAAAAVTEDREPQHE
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80 90
pF1KB5 ELPGLDSQWRQIENGESGRERPLRAGESWFLVEKHWYKQWEAYVQGGDQDSSTFPGCINN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ELPGLDSQWRQIENGESGRERPLRAGESWFLVEKHWYKQWEAYVQGGDQDSSTFPGCINN
80 90 100 110 120 130
100 110 120 130 140 150
pF1KB5 ATLFQDEINWRLKEGLVEGEDYVLLPAAAWHYLVSWYGLEHGQPPIERKVIELPNIQKVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ATLFQDEINWRLKEGLVEGEDYVLLPAAAWHYLVSWYGLEHGQPPIERKVIELPNIQKVE
140 150 160 170 180 190
160 170 180 190 200 210
pF1KB5 VYPVELLLVRHNDLGKSHTVQFSHTDSIGLVLRTARERFLVEPQEDTRLWAKNSEGSLDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 VYPVELLLVRHNDLGKSHTVQFSHTDSIGLVLRTARERFLVEPQEDTRLWAKNSEGSLDR
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260 270
pF1KB5 LYDTHITVLDAALETGQLIIMETRKKDGTWPSAQLHVMNNNMSEEDEDFKGQPGICGLTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LYDTHITVLDAALETGQLIIMETRKKDGTWPSAQLHVMNNNMSEEDEDFKGQPGICGLTN
260 270 280 290 300 310
280 290 300 310 320 330
pF1KB5 LGNTCFMNSALQCLSNVPQLTEYFLNNCYLEELNFRNPLGMKGEIAEAYADLVKQAWSGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LGNTCFMNSALQCLSNVPQLTEYFLNNCYLEELNFRNPLGMKGEIAEAYADLVKQAWSGH
320 330 340 350 360 370
340 350 360 370 380 390
pF1KB5 HRSIVPHVFKNKVGHFASQFLGYQQHDSQELLSFLLDGLHEDLNRVKKKEYVELCDAAGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 HRSIVPHVFKNKVGHFASQFLGYQQHDSQELLSFLLDGLHEDLNRVKKKEYVELCDAAGR
380 390 400 410 420 430
400 410 420 430 440 450
pF1KB5 PDQEVAQEAWQNHKRRNDSVIVDTFHGLFKSTLVCPDCGNVSVTFDPFCYLSVPLPISHK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 PDQEVAQEAWQNHKRRNDSVIVDTFHGLFKSTLVCPDCGNVSVTFDPFCYLSVPLPISHK
440 450 460 470 480 490
460 470 480 490 500 510
pF1KB5 RVLEVFFIPMDPRRKPEQHRLVVPKKGKISDLCVALSKHTGISPERMMVADVFSHRFYKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 RVLEVFFIPMDPRRKPEQHRLVVPKKGKISDLCVALSKHTGISPERMMVADVFSHRFYKL
500 510 520 530 540 550
520 530 540 550 560 570
pF1KB5 YQLEEPLSSILDRDDIFVYEVSGRIEAIEGSREDIVVPVYLRERTPARDYNNSYYGLMLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 YQLEEPLSSILDRDDIFVYEVSGRIEAIEGSREDIVVPVYLRERTPARDYNNSYYGLMLF
560 570 580 590 600 610
580 590 600 610 620 630
pF1KB5 GHPLLVSVPRDRFTWEGLYNVLMYRLSRYVTKPNSDDEDDGDEKEDDEEDKDDVPGPSTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 GHPLLVSVPRDRFTWEGLYNVLMYRLSRYVTKPNSDDEDDGDEKEDDEEDKDDVPGPSTG
620 630 640 650 660 670
640 650 660 670 680 690
pF1KB5 GSLRDPEPEQAGPSSGVTNRCPFLLDNCLGTSQWPPRRRRKQLFTLQTVNSNGTSDRTTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 GSLRDPEPEQAGPSSGVTNRCPFLLDNCLGTSQWPPRRRRKQLFTLQTVNSNGTSDRTTS
680 690 700 710 720 730
700 710 720 730 740 750
pF1KB5 PEEVHAQPYIAIDWEPEMKKRYYDEVEAEGYVKHDCVGYVMKKAPVRLQECIELFTTVET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 PEEVHAQPYIAIDWEPEMKKRYYDEVEAEGYVKHDCVGYVMKKAPVRLQECIELFTTVET
740 750 760 770 780 790
760 770 780 790 800 810
pF1KB5 LEKENPWYCPSCKQHQLATKKLDLWMLPEILIIHLKRFSYTKFSREKLDTLVEFPIRDLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LEKENPWYCPSCKQHQLATKKLDLWMLPEILIIHLKRFSYTKFSREKLDTLVEFPIRDLD
800 810 820 830 840 850
820 830 840 850 860 870
pF1KB5 FSEFVIQPQNESNPELYKYDLIAVSNHYGGMRDGHYTTFACNKDSGQWHYFDDNSVSPVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 FSEFVIQPQNESNPELYKYDLIAVSNHYGGMRDGHYTTFACNKDSGQWHYFDDNSVSPVN
860 870 880 890 900 910
880 890 900 910 920
pF1KB5 ENQIESKAAYVLFYQRQDVARRLLSPAGSSGAPASPACSSPPSSEFMDVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ENQIESKAAYVLFYQRQDVARRLLSPAGSSGAPASPACSSPPSSEFMDVN
920 930 940 950 960
>>CCDS2794.1 USP4 gene_id:7375|Hs108|chr3 (916 aa)
initn: 2506 init1: 1343 opt: 2651 Z-score: 2679.1 bits: 507.0 E(32554): 6.6e-143
Smith-Waterman score: 2711; 48.1% identity (72.6% similar) in 910 aa overlap (36-909:12-901)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 ANPAAAAAAVAAAAAVTEDREPQHEELPGLDSQWRQIENGESGRERPLRAGESWFLVEKH
:.. .. : : : :. : .:.:....
CCDS27 MAEGGGCRERPDAETQKSELGPLMRTT-LQRGAQWYLIDSR
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KB5 WYKQWEAYVQGGDQ-------DSSTFPGCINNATLFQDEINWRLKEGLVEGEDYVLLPAA
:.:::. :: : :. . . ::: :.:. ::.: . ::: :.. ::::.:.
CCDS27 WFKQWKKYV-GFDSWDMYNVGEHNLFPGPIDNSGLFSDPESQTLKEHLIDELDYVLVPTE
50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 AWHYLVSWYGLEHGQPPIERKVIE---LPNIQKVEVYPVELLLVRHNDLGKSHTVQFSHT
::. :..::: .:: :: :::.: . . ::::: .:: : ...: . . .::..
CCDS27 AWNKLLNWYGCVEGQQPIVRKVVEHGLFVKHCKVEVYLLELKLCENSDPTNVLSCHFSKA
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 DSIGLVLRTARERFLVEPQEDTRLWAKNSEGSLDRLYDTHITVLDAALETGQLIIMETRK
:.:. . . :. : . ...:::: : .. ..: :: ::.: ::....: ..
CCDS27 DTIATIEKEMRKLFNIPAERETRLWNKYMSNTYEQLSKLDNTVQDAGLYQGQVLVIEPQN
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 KDGTWPSAQLHVMNNNMS-----EEDEDFKGQPGICGLTNLGNTCFMNSALQCLSNVPQL
.::::: :. ....: .: . . :::.::: :::::::::::::::::. :
CCDS27 EDGTWPRQTLQSNGSGFSASYNCQEPPSSHIQPGLCGLGNLGNTCFMNSALQCLSNTAPL
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 TEYFLNNCYLEELNFRNPLGMKGEIAEAYADLVKQAWSGHHRSIVPHVFKNKVGHFASQF
:.:::.. : :.: ::::::::::::::.:.:: :::. ..:..::..::.:: ::
CCDS27 TDYFLKDEYEAEINRDNPLGMKGEIAEAYAELIKQMWSGRDAHVAPRMFKTQVGRFAPQF
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 LGYQQHDSQELLSFLLDGLHEDLNRVKKKEYVELCDAAGRPDQEVAQEAWQNHKRRNDSV
::::.::::::.:::::::::::::::: :.:: :: :::: ::.:::.::. :::::
CCDS27 SGYQQQDSQELLAFLLDGLHEDLNRVKKKPYLELKDANGRPDAVVAKEAWENHRLRNDSV
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 IVDTFHGLFKSTLVCPDCGNVSVTFDPFCYLSVPLPISHKRVLEVFFIPMDPRRKPEQHR
::::::::::::::::.:..:::::::::::..:::... ::.:::..: ::. .: :.:
CCDS27 IVDTFHGLFKSTLVCPECAKVSVTFDPFCYLTLPLPLKKDRVMEVFLVPADPHCRPTQYR
400 410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 LVVPKKGKISDLCVALSKHTGISPERMMVADVFSHRFYKLYQLEEPLSSILDRDDIFVYE
..:: : .:::: :::. .::. : :.::::..:::.:..:..: :. :. ::::::::
CCDS27 VTVPLMGAVSDLCEALSRLSGIAAENMVVADVYNHRFHKIFQMDEGLNHIMPRDDIFVYE
460 470 480 490 500 510
540 550 560 570 580 590
pF1KB5 VSGRIEAIEGSREDIVVPVYLRERTPARDYNNSYYGLMLFGHPLLVSVPRDRFTWEGLYN
: . ...:: : ...:::.::: .: ..: . :.:.:::.:::. ..: :.::.
CCDS27 VCS--TSVDGS-ECVTLPVYFRERK-SRPSSTSSAS-ALYGQPLLLSVPKHKLTLESLYQ
520 530 540 550 560 570
600 610 620 630 640
pF1KB5 VLMYRLSRYVTKPNSDDED---------DGDEKEDDEEDKDDVPGPSTGGSLRDPEPEQA
.. :.:::: .: :. .:... . ::.... : .. :
CCDS27 AVCDRISRYVKQPLPDEFGSSPLEPGACNGSRNSCEGEDEEEMEHQEEG---KEQLSETE
580 590 600 610 620 630
650 660 670 680 690
pF1KB5 GPSSGVTNRCPFLLDNCLGTSQWPPRRRRKQLFTLQTVNSNGTSDRTTSPEE-----VHA
: . . : . .: :.: :::.. ::: ::.: .. . ...
CCDS27 GSGEDEPGNDPSETTQKKIKGQPCPKR----LFTFSLVNSYGTADINSLAADGKLLKLNS
640 650 660 670 680
700 710 720 730 740 750
pF1KB5 QPYIAIDWEPEMKKRYYDEVEAEGYVKHDCVGYVM----KKAPVRLQECIELFTTVETLE
. .:.::. : .. :::: :.:.: :: :.... ::. : :..:::::::.:::
CCDS27 RSTLAMDWDSETRRLYYDEQESEAYEKH--VSMLQPQKKKKTTVALRDCIELFTTMETLG
690 700 710 720 730 740
760 770 780 790 800 810
pF1KB5 KENPWYCPSCKQHQLATKKLDLWMLPEILIIHLKRFSYTKFSREKLDTLVEFPIRDLDFS
...:::::.::.:: ::::.::: ::.::..:::::::... :.::::.:::::: :..:
CCDS27 EHDPWYCPNCKKHQQATKKFDLWSLPKILVVHLKRFSYNRYWRDKLDTVVEFPIRGLNMS
750 760 770 780 790 800
820 830 840 850 860 870
pF1KB5 EFVIQPQNESNPELYKYDLIAVSNHYGGMRDGHYTTFACNKDSGQWHYFDDNSVSPVNEN
::: . . . : : :::::::::::.: ::::..: :: .:.:.::::..:: ..:.
CCDS27 EFVCNLS--ARP--YVYDLIAVSNHYGAMGVGHYTAYAKNKLNGKWYYFDDSNVSLASED
810 820 830 840 850 860
880 890 900 910 920
pF1KB5 QIESKAAYVLFYQRQD---VARRLLSPAGSSGAPASPACSSPPSSEFMDVN
:: .::::::::::.: :: .::: . . :. :
CCDS27 QIVTKAAYVLFYQRRDDEFYKTPSLSSSGSSDGGTRPSSSQQGFGDDEACSMDTN
870 880 890 900 910
>>CCDS2793.1 USP4 gene_id:7375|Hs108|chr3 (963 aa)
initn: 2417 init1: 1343 opt: 2241 Z-score: 2264.1 bits: 430.3 E(32554): 8.6e-120
Smith-Waterman score: 2618; 46.0% identity (69.3% similar) in 957 aa overlap (36-909:12-948)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 ANPAAAAAAVAAAAAVTEDREPQHEELPGLDSQWRQIENGESGRERPLRAGESWFLVEKH
:.. .. : : : :. : .:.:....
CCDS27 MAEGGGCRERPDAETQKSELGPLMRTT-LQRGAQWYLIDSR
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KB5 WYKQWEAYVQGGDQ-------DSSTFPGCINNATLFQDEINWRLKEGLVEGEDYVLLPAA
:.:::. :: : :. . . ::: :.:. ::.: . ::: :.. ::::.:.
CCDS27 WFKQWKKYV-GFDSWDMYNVGEHNLFPGPIDNSGLFSDPESQTLKEHLIDELDYVLVPTE
50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 AWHYLVSWYGLEHGQPPIERKVIE---LPNIQKVEVYPVELLLVRHNDLGKSHTVQFSHT
::. :..::: .:: :: :::.: . . ::::: .:: : ...: . . .::..
CCDS27 AWNKLLNWYGCVEGQQPIVRKVVEHGLFVKHCKVEVYLLELKLCENSDPTNVLSCHFSKA
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 DSIGLVLRTARERFLVEPQEDTRLWAKNSEGSLDRLYDTHITVLDAALETGQLIIMETRK
:.:. . . :. : . ...:::: : .. ..: :: ::.: ::....: ..
CCDS27 DTIATIEKEMRKLFNIPAERETRLWNKYMSNTYEQLSKLDNTVQDAGLYQGQVLVIEPQN
160 170 180 190 200 210
240 250
pF1KB5 KDGTWP------------------------------SAQLHVMNNNMS------------
.::::: ::.: . ... :
CCDS27 EDGTWPRQTLQSKSSTAPSRNFTTSPKSSASPYSSVSASLIANGDSTSTCGMHSSGVSRG
220 230 240 250 260 270
260 270 280 290 300
pF1KB5 ----------EEDEDFKGQPGICGLTNLGNTCFMNSALQCLSNVPQLTEYFLNNCYLEEL
.: . . :::.::: :::::::::::::::::. ::.:::.. : :.
CCDS27 GSGFSASYNCQEPPSSHIQPGLCGLGNLGNTCFMNSALQCLSNTAPLTDYFLKDEYEAEI
280 290 300 310 320 330
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 NFRNPLGMKGEIAEAYADLVKQAWSGHHRSIVPHVFKNKVGHFASQFLGYQQHDSQELLS
: ::::::::::::::.:.:: :::. ..:..::..::.:: :: ::::.::::::.
CCDS27 NRDNPLGMKGEIAEAYAELIKQMWSGRDAHVAPRMFKTQVGRFAPQFSGYQQQDSQELLA
340 350 360 370 380 390
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 FLLDGLHEDLNRVKKKEYVELCDAAGRPDQEVAQEAWQNHKRRNDSVIVDTFHGLFKSTL
:::::::::::::::: :.:: :: :::: ::.:::.::. ::::::::::::::::::
CCDS27 FLLDGLHEDLNRVKKKPYLELKDANGRPDAVVAKEAWENHRLRNDSVIVDTFHGLFKSTL
400 410 420 430 440 450
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 VCPDCGNVSVTFDPFCYLSVPLPISHKRVLEVFFIPMDPRRKPEQHRLVVPKKGKISDLC
:::.:..:::::::::::..:::... ::.:::..: ::. .: :.:..:: : .::::
CCDS27 VCPECAKVSVTFDPFCYLTLPLPLKKDRVMEVFLVPADPHCRPTQYRVTVPLMGAVSDLC
460 470 480 490 500 510
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 VALSKHTGISPERMMVADVFSHRFYKLYQLEEPLSSILDRDDIFVYEVSGRIEAIEGSRE
:::. .::. : :.::::..:::.:..:..: :. :. ::::::::: . ...:: :
CCDS27 EALSRLSGIAAENMVVADVYNHRFHKIFQMDEGLNHIMPRDDIFVYEVCS--TSVDGS-E
520 530 540 550 560 570
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 DIVVPVYLRERTPARDYNNSYYGLMLFGHPLLVSVPRDRFTWEGLYNVLMYRLSRYVTKP
...:::.::: .: ..: . :.:.:::.:::. ..: :.::... :.:::: .:
CCDS27 CVTLPVYFRERK-SRPSSTSSAS-ALYGQPLLLSVPKHKLTLESLYQAVCDRISRYVKQP
580 590 600 610 620 630
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pF1KB5 NSDDED---------DGDEKEDDEEDKDDVPGPSTGGSLRDPEPEQAGPSSGVTNRCPFL
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CCDS32 RAFIGNAYIAVDWDPTALHLRYQTSQERVVDEHESVEQSRRAQAEPINLDSCLRAFTSEE
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Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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