FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB5406, 331 aa 1>>>pF1KB5406 331 - 331 aa - 331 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1978+/-0.00105; mu= 15.9532+/- 0.063 mean_var=52.0163+/-10.057, 0's: 0 Z-trim(100.9): 31 B-trim: 0 in 0/48 Lambda= 0.177830 statistics sampled from 6295 (6306) to 6295 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.555), E-opt: 0.2 (0.194), width: 16 Scan time: 2.340 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS8777.1 PRKAG1 gene_id:5571|Hs108|chr12 ( 331) 2112 550.0 1e-156 CCDS55824.1 PRKAG1 gene_id:5571|Hs108|chr12 ( 299) 1908 497.6 5.2e-141 CCDS55825.1 PRKAG1 gene_id:5571|Hs108|chr12 ( 340) 1576 412.4 2.5e-115 CCDS47752.1 PRKAG2 gene_id:51422|Hs108|chr7 ( 328) 1555 407.1 1e-113 CCDS43683.1 PRKAG2 gene_id:51422|Hs108|chr7 ( 525) 1555 407.1 1.6e-113 CCDS5928.1 PRKAG2 gene_id:51422|Hs108|chr7 ( 569) 1555 407.1 1.7e-113 CCDS2424.1 PRKAG3 gene_id:53632|Hs108|chr2 ( 489) 1302 342.2 5.2e-94 >>CCDS8777.1 PRKAG1 gene_id:5571|Hs108|chr12 (331 aa) initn: 2112 init1: 2112 opt: 2112 Z-score: 2927.2 bits: 550.0 E(32554): 1e-156 Smith-Waterman score: 2112; 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CCDS47 VVVNEADSIVGIISLSDILQALILTPAGAKQKETETE 300 310 320 >>CCDS43683.1 PRKAG2 gene_id:51422|Hs108|chr7 (525 aa) initn: 1552 init1: 1552 opt: 1555 Z-score: 2151.6 bits: 407.1 E(32554): 1.6e-113 Smith-Waterman score: 1555; 76.1% identity (92.9% similar) in 309 aa overlap (23-330:211-519) 10 20 30 40 50 pF1KB5 METVISSDSSPAVENEHPQETPESNNSVYTSFMKSHRCYDLIPTSSKLVVFD .:...:: ::.::.:::..:::::::::: CCDS43 PSKAAALAAALGPAEAGMLEKLEFEDEAVEDSESGVYMRFMRSHKCYDIVPTSSKLVVFD 190 200 210 220 230 240 60 70 80 90 100 110 pF1KB5 TSLQVKKAFFALVTNGVRAAPLWDSKKQSFVGMLTITDFINILHRYYKSALVQIYELEEH :.:::::::::::.:::::::::.::::::::::::::::::::::::: .::::::::: CCDS43 TTLQVKKAFFALVANGVRAAPLWESKKQSFVGMLTITDFINILHRYYKSPMVQIYELEEH 250 260 270 280 290 300 120 130 140 150 160 170 pF1KB5 KIETWREVYLQDSFKPLVCISPNASLFDAVSSLIRNKIHRLPVIDPESGNTLYILTHKRI :::::::.:::..::::: :::.::::::: :::.::::::::::: :::.::::::::: CCDS43 KIETWRELYLQETFKPLVNISPDASLFDAVYSLIKNKIHRLPVIDPISGNALYILTHKRI 310 320 330 340 350 360 180 190 200 210 220 230 pF1KB5 LKFLKLFITEFPKPEFMSKSLEELQIGTYANIAMVRTTTPVYVALGIFVQHRVSALPVVD ::::.::....::: ::...:.:: :::: :::... ::. ::.:::..:.::::::: CCDS43 LKFLQLFMSDMPKPAFMKQNLDELGIGTYHNIAFIHPDTPIIKALNIFVERRISALPVVD 370 380 390 400 410 420 240 250 260 270 280 290 pF1KB5 EKGRVVDIYSKFDVINLAAEKTYNNLDVSVTKALQHRSHYFEGVLKCYLHETLETIINRL :.:.:::::::::::::::::::::::..::.::::::.:::::.:: : ::::..:. CCDS43 ESGKVVDIYSKFDVINLAAEKTYNNLDITVTQALQHRSQYFEGVVKCNKLEILETIVDRI 430 440 450 460 470 480 300 310 320 330 pF1KB5 VEAEVHRLVVVDENDVVKGIVSLSDILQALVLT-GGEKKP :.:::::::::.: : . ::.:::::::::.:: .: :. CCDS43 VRAEVHRLVVVNEADSIVGIISLSDILQALILTPAGAKQKETETE 490 500 510 520 >>CCDS5928.1 PRKAG2 gene_id:51422|Hs108|chr7 (569 aa) initn: 1552 init1: 1552 opt: 1555 Z-score: 2151.0 bits: 407.1 E(32554): 1.7e-113 Smith-Waterman score: 1555; 76.1% identity (92.9% similar) in 309 aa overlap (23-330:255-563) 10 20 30 40 50 pF1KB5 METVISSDSSPAVENEHPQETPESNNSVYTSFMKSHRCYDLIPTSSKLVVFD .:...:: ::.::.:::..:::::::::: CCDS59 PSKAAALAAALGPAEAGMLEKLEFEDEAVEDSESGVYMRFMRSHKCYDIVPTSSKLVVFD 230 240 250 260 270 280 60 70 80 90 100 110 pF1KB5 TSLQVKKAFFALVTNGVRAAPLWDSKKQSFVGMLTITDFINILHRYYKSALVQIYELEEH :.:::::::::::.:::::::::.::::::::::::::::::::::::: .::::::::: CCDS59 TTLQVKKAFFALVANGVRAAPLWESKKQSFVGMLTITDFINILHRYYKSPMVQIYELEEH 290 300 310 320 330 340 120 130 140 150 160 170 pF1KB5 KIETWREVYLQDSFKPLVCISPNASLFDAVSSLIRNKIHRLPVIDPESGNTLYILTHKRI :::::::.:::..::::: :::.::::::: :::.::::::::::: :::.::::::::: CCDS59 KIETWRELYLQETFKPLVNISPDASLFDAVYSLIKNKIHRLPVIDPISGNALYILTHKRI 350 360 370 380 390 400 180 190 200 210 220 230 pF1KB5 LKFLKLFITEFPKPEFMSKSLEELQIGTYANIAMVRTTTPVYVALGIFVQHRVSALPVVD ::::.::....::: ::...:.:: :::: :::... ::. ::.:::..:.::::::: CCDS59 LKFLQLFMSDMPKPAFMKQNLDELGIGTYHNIAFIHPDTPIIKALNIFVERRISALPVVD 410 420 430 440 450 460 240 250 260 270 280 290 pF1KB5 EKGRVVDIYSKFDVINLAAEKTYNNLDVSVTKALQHRSHYFEGVLKCYLHETLETIINRL :.:.:::::::::::::::::::::::..::.::::::.:::::.:: : ::::..:. CCDS59 ESGKVVDIYSKFDVINLAAEKTYNNLDITVTQALQHRSQYFEGVVKCNKLEILETIVDRI 470 480 490 500 510 520 300 310 320 330 pF1KB5 VEAEVHRLVVVDENDVVKGIVSLSDILQALVLT-GGEKKP :.:::::::::.: : . ::.:::::::::.:: .: :. CCDS59 VRAEVHRLVVVNEADSIVGIISLSDILQALILTPAGAKQKETETE 530 540 550 560 >>CCDS2424.1 PRKAG3 gene_id:53632|Hs108|chr2 (489 aa) initn: 1334 init1: 1291 opt: 1302 Z-score: 1801.3 bits: 342.2 E(32554): 5.2e-94 Smith-Waterman score: 1302; 63.4% identity (86.6% similar) in 306 aa overlap (20-325:175-480) 10 20 30 40 pF1KB5 METVISSDSSPAVENEHPQETPESNNSVYTSFMKSHRCYDLIPTSSKLV : . . ..: ::. : ::: . :::::: CCDS24 WECELEGLLEERPALCLSPQAPFPKLGWDDELRKPGAQIYMRFMQEHTCYDAMATSSKLV 150 160 170 180 190 200 50 60 70 80 90 100 pF1KB5 VFDTSLQVKKAFFALVTNGVRAAPLWDSKKQSFVGMLTITDFINILHRYYKSALVQIYEL .::: :..::::::::.:::::::::::::::::::::::::: .:::::.: ::::::. CCDS24 IFDTMLEIKKAFFALVANGVRAAPLWDSKKQSFVGMLTITDFILVLHRYYRSPLVQIYEI 210 220 230 240 250 260 110 120 130 140 150 160 pF1KB5 EEHKIETWREVYLQDSFKPLVCISPNASLFDAVSSLIRNKIHRLPVIDPESGNTLYILTH :.::::::::.::: ::::: :::: :::.:: .::.:.::::::.:: :::.:.:::: CCDS24 EQHKIETWREIYLQGCFKPLVSISPNDSLFEAVYTLIKNRIHRLPVLDPVSGNVLHILTH 270 280 290 300 310 320 170 180 190 200 210 220 pF1KB5 KRILKFLKLFITEFPKPEFMSKSLEELQIGTYANIAMVRTTTPVYVALGIFVQHRVSALP ::.::::..: . .:.: :. .....: :::. ..:.: :.:. .:: :::..:::::: CCDS24 KRLLKFLHIFGSLLPRPSFLYRTIQDLGIGTFRDLAVVLETAPILTALDIFVDRRVSALP 330 340 350 360 370 380 230 240 250 260 270 280 pF1KB5 VVDEKGRVVDIYSKFDVINLAAEKTYNNLDVSVTKALQHRSHYFEGVLKCYLHETLETII ::.: :.:: .::.::::.:::..:::.::.:: .::..:. .::::.: ::.: .: CCDS24 VVNECGQVVGLYSRFDVIHLAAQQTYNHLDMSVGEALRQRTLCLEGVLSCQPHESLGEVI 390 400 410 420 430 440 290 300 310 320 330 pF1KB5 NRLVEAEVHRLVVVDENDVVKGIVSLSDILQALVLTGGEKKP .:... .:::::.:::.. . :.::::::::::::. CCDS24 DRIAREQVHRLVLVDETQHLLGVVSLSDILQALVLSPAGIDALGA 450 460 470 480 331 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Fri Nov 4 03:44:06 2016 done: Fri Nov 4 03:44:06 2016 Total Scan time: 2.340 Total Display time: 0.010 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]