Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5407
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5407, 494 aa
1>>>pF1KB5407 494 - 494 aa - 494 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3979+/-0.000801; mu= 17.8428+/- 0.048
mean_var=74.6313+/-14.694, 0's: 0 Z-trim(108.5): 114 B-trim: 63 in 1/49
Lambda= 0.148461
statistics sampled from 10122 (10270) to 10122 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.688), E-opt: 0.2 (0.315), width: 16
Scan time: 2.890
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1676.1 KCNF1 gene_id:3754|Hs108|chr2 ( 494) 3301 716.4 1.7e-206
CCDS13418.1 KCNB1 gene_id:3745|Hs108|chr20 ( 858) 1243 275.8 1.3e-73
CCDS6209.1 KCNB2 gene_id:9312|Hs108|chr8 ( 911) 1223 271.5 2.7e-72
CCDS6314.1 KCNV1 gene_id:27012|Hs108|chr8 ( 500) 918 206.0 7.7e-53
CCDS12019.1 KCNG2 gene_id:26251|Hs108|chr18 ( 466) 874 196.6 5e-50
CCDS42674.1 KCNG3 gene_id:170850|Hs108|chr2 ( 425) 837 188.6 1.1e-47
CCDS844.1 KCND3 gene_id:3752|Hs108|chr1 ( 636) 769 174.2 3.8e-43
CCDS843.1 KCND3 gene_id:3752|Hs108|chr1 ( 655) 769 174.2 3.9e-43
CCDS1692.1 KCNS3 gene_id:3790|Hs108|chr2 ( 491) 766 173.5 4.8e-43
CCDS5776.1 KCND2 gene_id:3751|Hs108|chr7 ( 630) 764 173.1 7.9e-43
CCDS6279.1 KCNS2 gene_id:3788|Hs108|chr8 ( 477) 756 171.3 2.1e-42
CCDS14314.1 KCND1 gene_id:3750|Hs108|chrX ( 647) 755 171.2 3.1e-42
CCDS828.2 KCNA3 gene_id:3738|Hs108|chr1 ( 575) 649 148.5 1.9e-35
CCDS827.1 KCNA2 gene_id:3737|Hs108|chr1 ( 499) 642 146.9 4.8e-35
CCDS6447.1 KCNV2 gene_id:169522|Hs108|chr9 ( 545) 633 145.0 2e-34
CCDS13342.1 KCNS1 gene_id:3787|Hs108|chr20 ( 526) 613 140.7 3.7e-33
CCDS8535.1 KCNA1 gene_id:3736|Hs108|chr12 ( 495) 612 140.5 4.1e-33
CCDS13436.1 KCNG1 gene_id:3755|Hs108|chr20 ( 513) 605 139.0 1.2e-32
CCDS12755.1 KCNA7 gene_id:3743|Hs108|chr19 ( 456) 588 135.3 1.3e-31
CCDS826.1 KCNA10 gene_id:3744|Hs108|chr1 ( 511) 584 134.5 2.7e-31
CCDS41629.1 KCNA4 gene_id:3739|Hs108|chr11 ( 653) 585 134.8 2.8e-31
CCDS10945.1 KCNG4 gene_id:93107|Hs108|chr16 ( 519) 575 132.6 1e-30
CCDS8536.1 KCNA5 gene_id:3741|Hs108|chr12 ( 613) 568 131.1 3.3e-30
CCDS1809.1 KCNG3 gene_id:170850|Hs108|chr2 ( 436) 526 122.0 1.3e-27
CCDS9006.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 558) 472 110.5 4.8e-24
CCDS58255.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 583) 472 110.5 5e-24
CCDS9005.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 613) 472 110.6 5.2e-24
CCDS58257.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 618) 472 110.6 5.2e-24
CCDS58256.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 629) 472 110.6 5.3e-24
CCDS9007.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 638) 472 110.6 5.3e-24
CCDS44193.1 KCNC4 gene_id:3749|Hs108|chr1 ( 626) 469 109.9 8.2e-24
CCDS821.1 KCNC4 gene_id:3749|Hs108|chr1 ( 635) 469 109.9 8.3e-24
CCDS12793.1 KCNC3 gene_id:3748|Hs108|chr19 ( 757) 464 108.9 2e-23
CCDS7827.1 KCNC1 gene_id:3746|Hs108|chr11 ( 511) 451 106.0 1e-22
CCDS44547.1 KCNC1 gene_id:3746|Hs108|chr11 ( 585) 451 106.0 1.1e-22
CCDS8534.1 KCNA6 gene_id:3742|Hs108|chr12 ( 529) 443 104.3 3.4e-22
CCDS456.1 KCNQ4 gene_id:9132|Hs108|chr1 ( 695) 307 75.3 2.5e-13
CCDS4976.1 KCNQ5 gene_id:56479|Hs108|chr6 ( 932) 280 69.6 1.7e-11
CCDS13521.1 KCNQ2 gene_id:3785|Hs108|chr20 ( 393) 274 68.0 2.1e-11
CCDS55035.1 KCNQ5 gene_id:56479|Hs108|chr6 ( 822) 277 68.9 2.4e-11
CCDS46629.1 KCNQ2 gene_id:3785|Hs108|chr20 ( 841) 277 68.9 2.5e-11
CCDS13519.1 KCNQ2 gene_id:3785|Hs108|chr20 ( 854) 277 68.9 2.5e-11
CCDS13520.1 KCNQ2 gene_id:3785|Hs108|chr20 ( 872) 277 68.9 2.6e-11
CCDS55037.1 KCNQ5 gene_id:56479|Hs108|chr6 ( 923) 276 68.7 3.1e-11
CCDS55034.1 KCNQ5 gene_id:56479|Hs108|chr6 ( 951) 276 68.7 3.2e-11
CCDS13518.1 KCNQ2 gene_id:3785|Hs108|chr20 ( 844) 274 68.2 3.9e-11
CCDS7736.1 KCNQ1 gene_id:3784|Hs108|chr11 ( 676) 267 66.7 9.2e-11
>>CCDS1676.1 KCNF1 gene_id:3754|Hs108|chr2 (494 aa)
initn: 3301 init1: 3301 opt: 3301 Z-score: 3820.7 bits: 716.4 E(32554): 1.7e-206
Smith-Waterman score: 3301; 100.0% identity (100.0% similar) in 494 aa overlap (1-494:1-494)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MDGSGERSLPEPGSQSSAASDDIEIVVNVGGVRQVLYGDLLSQYPETRLAELINCLAGGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS16 MDGSGERSLPEPGSQSSAASDDIEIVVNVGGVRQVLYGDLLSQYPETRLAELINCLAGGY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 DTIFSLCDDYDPGKREFYFDRDPDAFKCVIEVYYFGEVHMKKGICPICFKNEMDFWKVDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS16 DTIFSLCDDYDPGKREFYFDRDPDAFKCVIEVYYFGEVHMKKGICPICFKNEMDFWKVDL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 KFLDDCCKSHLSEKREELEEIARRVQLILDDLGVDAAEGRWRRCQKCVWKFLEKPESSCP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS16 KFLDDCCKSHLSEKREELEEIARRVQLILDDLGVDAAEGRWRRCQKCVWKFLEKPESSCP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 ARVVAVLSFLLILVSSVVMCMGTIPELQVLDAEGNRVEHPTLENVETACIGWFTLEYLLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS16 ARVVAVLSFLLILVSSVVMCMGTIPELQVLDAEGNRVEHPTLENVETACIGWFTLEYLLR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 LFSSPNKLHFALSFMNIVDVLAILPFYVSLTLTHLGARMMELTNVQQAVQALRIMRIARI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS16 LFSSPNKLHFALSFMNIVDVLAILPFYVSLTLTHLGARMMELTNVQQAVQALRIMRIARI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 FKLARHSSGLQTLTYALKRSFKELGLLLMYLAVGIFVFSALGYTMEQSHPETLFKSIPQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS16 FKLARHSSGLQTLTYALKRSFKELGLLLMYLAVGIFVFSALGYTMEQSHPETLFKSIPQS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 FWWAIITMTTVGYGDIYPKTTLGKLNAAISFLCGVIAIALPIHPIINNFVRYYNKQRVLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS16 FWWAIITMTTVGYGDIYPKTTLGKLNAAISFLCGVIAIALPIHPIINNFVRYYNKQRVLE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 TAAKHELELMELNSSSGGEGKTGGSRSDLDNLPPEPAGKEAPSCSSRLKLSHSDTFIPLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS16 TAAKHELELMELNSSSGGEGKTGGSRSDLDNLPPEPAGKEAPSCSSRLKLSHSDTFIPLL
430 440 450 460 470 480
490
pF1KB5 TEEKHHRTRLQSCK
::::::::::::::
CCDS16 TEEKHHRTRLQSCK
490
>>CCDS13418.1 KCNB1 gene_id:3745|Hs108|chr20 (858 aa)
initn: 1193 init1: 895 opt: 1243 Z-score: 1435.0 bits: 275.8 E(32554): 1.3e-73
Smith-Waterman score: 1243; 41.9% identity (74.7% similar) in 442 aa overlap (1-437:5-443)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MDGSGERSL----PEPGSQSSAASDDIEIVVNVGGVRQVLYGDLLSQYPETRLAEL
: : :: ::: . . . .. .::::. . . :.. :.:::..:
CCDS13 MPAGMTKHGSRSTSSLPPEPMEIVRSKACSRRVRLNVGGLAHEVLWRTLDRLPRTRLGKL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 INCLAGGYDTIFSLCDDYDPGKREFYFDRDPDAFKCVIEVYYFGEVHMKKGICPICFKNE
.: . .:... .::::. :..::: : :: ... : :..:: . .: . :..:
CCDS13 RDC--NTHDSLLEVCDDYSLDDNEYFFDRHPGAFTSILNFYRTGRLHMMEEMCALSFSQE
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120 130 140 150 160 170
pF1KB5 MDFWKVDLKFLDDCCKSHLSEKREEL-EEIARRVQLILDDLGVDAAEGRWRRCQKCVWKF
.:.: .: .:..::... .:.:.. ::. :... . . : . . . .: .: .
CCDS13 LDYWGIDEIYLESCCQARYHQKKEQMNEELKREAETLREREGEEFDNTCCAEKRKKLWDL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 LEKPESSCPARVVAVLSFLLILVSSVVMCMGTIPELQVLDAEGNRVEHPTLENVETACIG
::::.:: :...:..:...:..:.... ..:.:::: :: :. ...: : .::..::.
CCDS13 LEKPNSSVAAKILAIISIMFIVLSTIALSLNTLPELQSLDEFGQSTDNPQLAHVEAVCIA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 WFTLEYLLRLFSSPNKLHFALSFMNIVDVLAILPFYVSLTLTHLGARMMELTNVQQAVQA
:::.:::::..:::.: .: . .: .:.:::::.::.. ::. . .... ::...::
CCDS13 WFTMEYLLRFLSSPKKWKFFKGPLNAIDLLAILPYYVTIFLTESNKSVLQFQNVRRVVQI
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 LRIMRIARIFKLARHSSGLQTLTYALKRSFKELGLLLMYLAVGIFVFSALGYTMEQSHPE
.::::: ::.::::::.:::.: ..:.::..:::::...::.::..::.: . :... .
CCDS13 FRIMRILRILKLARHSTGLQSLGFTLRRSYNELGLLILFLAMGIMIFSSLVFFAEKDEDD
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pF1KB5 TLFKSIPQSFWWAIITMTTVGYGDIYPKTTLGKLNAAISFLCGVIAIALPIHPIINNFVR
: ::::: ::::: ::::::::::::::: :::. ... . ::..::::: :.::: .
CCDS13 TKFKSIPASFWWATITMTTVGYGDIYPKTLLGKIVGGLCCIAGVLVIALPIPIIVNNFSE
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pF1KB5 YYNKQRVLETAAKHELELMELNSSSGGEGKTGGSRSDLDNLPPEPAGKEAPSCSSRLKLS
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CCDS13 FYKEQKRQEKAIKRR-EALERAKRNGSIVSMNMKDAFARSIEMMDIVVEKNGENMGKKDK
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>>CCDS6209.1 KCNB2 gene_id:9312|Hs108|chr8 (911 aa)
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Smith-Waterman score: 1223; 40.6% identity (73.9% similar) in 463 aa overlap (10-466:22-481)
10 20 30 40
pF1KB5 MDGSGERSLPEPGSQSSAASDDIEIVVNVGGVRQVLYGDLLSQYPETR
::: . . . . .. .::::. . . :.. :.::
CCDS62 MAEKAPPGLNRKTSRSTLSLPPEPVDIIRSKTCSRRVKINVGGLNHEVLWRTLDRLPRTR
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50 60 70 80 90 100
pF1KB5 LAELINCLAGGYDTIFSLCDDYDPGKREFYFDRDPDAFKCVIEVYYFGEVHMKKGICPIC
:..: .: . ..... .::::. .. :..::: : :: ... : :..:: . .: .
CCDS62 LGKLRDC--NTHESLLEVCDDYNLNENEYFFDRHPGAFTSILNFYRTGKLHMMEEMCALS
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pF1KB5 FKNEMDFWKVDLKFLDDCCKSHLSEKREEL-EEIARRVQLILDDLGVDAAEGRWRRCQKC
: .:.:.: .: .:..::... .:.:.. ::. :... . . : . . .:
CCDS62 FGQELDYWGIDEIYLESCCQARYHQKKEQMNEELRREAETMREREGEEFDNTCCPDKRKK
120 130 140 150 160 170
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pF1KB5 VWKFLEKPESSCPARVVAVLSFLLILVSSVVMCMGTIPELQVLDAEGNRVEHPTLENVET
.: .::::.:: :...:..:.:.:..:.... ..:.:::: : :. .. : .::.
CCDS62 LWDLLEKPNSSVAAKILAIVSILFIVLSTIALSLNTLPELQETDEFGQLNDNRQLAHVEA
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 ACIGWFTLEYLLRLFSSPNKLHFALSFMNIVDVLAILPFYVSLTLTHLGARMMELTNVQQ
.::.:::.:::::..::::: .: . .:..:.:::::.::.. ::. . .... ::..
CCDS62 VCIAWFTMEYLLRFLSSPNKWKFFKGPLNVIDLLAILPYYVTIFLTESNKSVLQFQNVRR
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 AVQALRIMRIARIFKLARHSSGLQTLTYALKRSFKELGLLLMYLAVGIFVFSALGYTMEQ
.:: .::::: ::.::::::.:::.: ..:.::..:::::...::.::..::.: . :.
CCDS62 VVQIFRIMRILRILKLARHSTGLQSLGFTLRRSYNELGLLILFLAMGIMIFSSLVFFAEK
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 SHPETLFKSIPQSFWWAIITMTTVGYGDIYPKTTLGKLNAAISFLCGVIAIALPIHPIIN
.. : : ::: ::::: ::::::::::::::: :::. ... . ::..::::: :.:
CCDS62 DEDATKFTSIPASFWWATITMTTVGYGDIYPKTLLGKIVGGLCCIAGVLVIALPIPIIVN
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 NFVRYYNKQRVLETAAKHELELMELNSSSGG----EGKTGGSRS-DLDNLPPEPAGKEAP
:: ..:..:. : : :.. : .: . .:. . : . .:: .: .. : ::. :
CCDS62 NFSEFYKEQKRQEKAIKRR-EALERAKRNGSIVSMNLKDAFARSMELIDVAVEKAGESAN
420 430 440 450 460 470
470 480 490
pF1KB5 SCSSRLKLSHSDTFIPLLTEEKHHRTRLQSCK
. .:
CCDS62 TKDSADDNHLSPSRWKWARKALSETSSNKSFENKYQEVSQKDSHEQLNNTSSSSPQHLSA
480 490 500 510 520 530
>>CCDS6314.1 KCNV1 gene_id:27012|Hs108|chr8 (500 aa)
initn: 914 init1: 428 opt: 918 Z-score: 1062.1 bits: 206.0 E(32554): 7.7e-53
Smith-Waterman score: 918; 37.5% identity (67.2% similar) in 424 aa overlap (27-435:43-457)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MDGSGERSLPEPGSQSSAASDDIEIVVNVGGVRQVLYGDLLSQYPETRLAELINCL
::::: : :: . :: .:.:::..: .
CCDS63 LDSGSLTSLDSSVFCSEGEGEPLALGDCFTVNVGGSRFVLSQQALSCFPHTRLGKLAVVV
20 30 40 50 60 70
60 70 80 90 100
pF1KB5 A-----GGYDTIFS---LCDDYDPGKREFYFDRDPDAFKCVIEVYYFGEVHMKKGICPIC
: :. .. : :::: .: :..:::. .::. :.. : :..:. . .: .
CCDS63 ASYRRPGALAAVPSPLELCDDANPVDNEYFFDRSSQAFRYVLHYYRTGRLHVMEQLCALS
80 90 100 110 120 130
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 FKNEMDFWKVDLKFLDDCCKSHLSEKREELEEIARRVQLILDDLGVDAAEGRWRR--C--
: .:...: .: .:.::... .:.:: : . :. . .: . . :
CCDS63 FLQEIQYWGIDELSIDSCCRDRYF-RRKELSETLDFKKDTEDQESQHESEQDFSQGPCPT
140 150 160 170 180 190
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 -QKCVWKFLEKPESSCPARVVAVLSFLLILVSSVVMCMGTIPELQVLDAEGNRVEHPTLE
.. .:..:::: :: ::. .:.:.....:: . : . . ::. :: . ::
CCDS63 VRQKLWNILEKPGSSTAARIFGVISIIFVVVSIINMALMSA-ELSWLDLQ-------LLE
200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 NVETACIGWFTLEYLLRLFSSPNKLHFALSFMNIVDVLAILPFYVSLTLTHLGARM--ME
.: .::.::: :..::.. .. .: . ::.:.:::::::..: . :.. . .:
CCDS63 ILEYVCISWFTGEFVLRFLCVRDRCRFLRKVPNIIDLLAILPFYITLLVESLSGSQTTQE
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 LTNVQQAVQALRIMRIARIFKLARHSSGLQTLTYALKRSFKELGLLLMYLAVGIFVFSAL
: :: . ::.::..: :..::.:::.::..: ... . ..:.::::..:.::: .::..
CCDS63 LENVGRIVQVLRLLRALRMLKLGRHSTGLRSLGMTITQCYEEVGLLLLFLSVGISIFSTV
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 GYTMEQSHPETLFKSIPQSFWWAIITMTTVGYGDIYPKTTLGKLNAAISFLCGVIAIALP
: ::: :.: : :.: ..::: .::::::::: : :: ::. : . .: :....:::
CCDS63 EYFAEQSIPDTTFTSVPCAWWWATTSMTTVGYGDIRPDTTTGKIVAFMCILSGILVLALP
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 IHPIINNFVRYYNKQRVLETAAKHELELMELNSSSGGEGKTGGSRSDLDNLPPEPAGKEA
: : . : : .. :.:.... : .:...
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CCDS57 HECISAYDEELAFFGLIPEIIGDCCYEEYKDRR---RENAERLQ---DDADTDTAGESAL
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CCDS57 PCGERYAVAFFCLDTACVMIFTVEYLLRLAAAPSRYRFVRSVMSIIDVVAILPYYIGLVM
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CCDS57 T-------DNEDVSGAFVTLRVFRVFRIFKFSRHSQGLRILGYTLKSCASELGFLLFSLT
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pF1KB5 VGIFVFSALGYTMEQSHPETLFKSIPQSFWWAIITMTTVGYGDIYPKTTLGKLNAAISFL
..:..:... . :.. . : ::: .::..:.::::.::::. ::: ::. ..: :
CCDS57 MAIIIFATVMFYAEKGSSASKFTSIPAAFWYTIVTMTTLGYGDMVPKTIAGKIFGSICSL
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