Result of FASTA (omim) for
pF1KB5464
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5464, 266 aa
1>>>pF1KB5464 266 - 266 aa - 266 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.8505+/-0.000352; mu= 17.4480+/- 0.022
mean_var=61.3200+/-12.511, 0's: 0 Z-trim(113.4): 12 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.163785
statistics sampled from 22785 (22793) to 22785 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.645), E-opt: 0.2 (0.267), width: 16
Scan time: 6.680
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_068839 (OMIM: 117300,176500,603904,616079) inte ( 266) 1798 433.2 2.4e-121
NP_112188 (OMIM: 609554) integral membrane protein ( 267) 735 182.0 9.9e-46
NP_001274170 (OMIM: 609554) integral membrane prot ( 267) 735 182.0 9.9e-46
NP_001274169 (OMIM: 609554) integral membrane prot ( 205) 712 176.5 3.5e-44
NP_004858 (OMIM: 300222) integral membrane protein ( 263) 683 169.7 4.9e-42
NP_001012532 (OMIM: 609554) integral membrane prot ( 220) 661 164.5 1.6e-40
NP_001165052 (OMIM: 300222) integral membrane prot ( 219) 572 143.4 3.3e-34
NP_001012534 (OMIM: 609554) integral membrane prot ( 230) 323 84.6 1.8e-16
>>NP_068839 (OMIM: 117300,176500,603904,616079) integral (266 aa)
initn: 1798 init1: 1798 opt: 1798 Z-score: 2299.5 bits: 433.2 E(85289): 2.4e-121
Smith-Waterman score: 1798; 100.0% identity (100.0% similar) in 266 aa overlap (1-266:1-266)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MVKVTFNSALAQKEAKKDEPKSGEEALIIPPDAVAVDCKDPDDVVPVGQRRAWCWCMCFG
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NP_068 MVKVTFNSALAQKEAKKDEPKSGEEALIIPPDAVAVDCKDPDDVVPVGQRRAWCWCMCFG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 LAFMLAGVILGGAYLYKYFALQPDDVYYCGIKYIKDDVILNEPSADAPAALYQTIEENIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 LAFMLAGVILGGAYLYKYFALQPDDVYYCGIKYIKDDVILNEPSADAPAALYQTIEENIK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 IFEEEEVEFISVPVPEFADSDPANIVHDFNKKLTAYLDLNLDKCYVIPLNTSIVMPPRNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 IFEEEEVEFISVPVPEFADSDPANIVHDFNKKLTAYLDLNLDKCYVIPLNTSIVMPPRNL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 LELLINIKAGTYLPQSYLIHEHMVITDRIENIDHLGFFIYRLCHDKETYKLQRRETIKGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 LELLINIKAGTYLPQSYLIHEHMVITDRIENIDHLGFFIYRLCHDKETYKLQRRETIKGI
190 200 210 220 230 240
250 260
pF1KB5 QKREASNCFAIRHFENKFAVETLICS
::::::::::::::::::::::::::
NP_068 QKREASNCFAIRHFENKFAVETLICS
250 260
>>NP_112188 (OMIM: 609554) integral membrane protein 2C (267 aa)
initn: 670 init1: 641 opt: 735 Z-score: 942.0 bits: 182.0 E(85289): 9.9e-46
Smith-Waterman score: 741; 44.2% identity (69.9% similar) in 276 aa overlap (1-265:1-264)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MVKVTFNSALAQ-KEAKKDE-------PKSGEEALIIPPDAVAVDCKDPDDVVPVGQRRA
:::..:. :.: : : :. : :. : :. : : . . :. : .
NP_112 MVKISFQPAVAGIKGDKADKASASAPAPASATEILLTP----AREEQPPQHRSKRGGSVG
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KB5 WCWCMCFGLAFMLAGVILGGAYLYKYFALQP---DDVYYCGIKYIKDDVILNEPSADAPA
. .:.. .: :......:.:.:: : :. . ::. : : : .. .
NP_112 GVCYLSMGMVVLLMGLVFASVYIYRYFFLAQLARDNFFRCGVLY--------EDSLSSQV
60 70 80 90 100
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 ALYQTIEENIKIFEEEEVEFISVPVPEFADSDPANIVHDFNKKLTAYLDLNLDKCYVIPL
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NP_112 RTQMELEEDVKIYLDENYERINVPVPQFGGGDPADIIHDFQRGLTAYHDISLDKCYVIEL
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 NTSIVMPPRNLLELLINIKAGTYLPQSYLIHEHMVITDRIENIDHLGFFIYRLCHDKETY
::.::.::::. :::.:.: ::::::.:.:.:.::.:... . . :: :::.::. :.::
NP_112 NTTIVLPPRNFWELLMNVKRGTYLPQTYIIQEEMVVTEHVSDKEALGSFIYHLCNGKDTY
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260
pF1KB5 KLQRRETIKGIQKREASNCFAIRHFENKFAVETLICS
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NP_112 RLRRRATRRRINKRGAKNCNAIRHFENTFVVETLICGVV
230 240 250 260
>>NP_001274170 (OMIM: 609554) integral membrane protein (267 aa)
initn: 670 init1: 641 opt: 735 Z-score: 942.0 bits: 182.0 E(85289): 9.9e-46
Smith-Waterman score: 741; 44.2% identity (69.9% similar) in 276 aa overlap (1-265:1-264)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MVKVTFNSALAQ-KEAKKDE-------PKSGEEALIIPPDAVAVDCKDPDDVVPVGQRRA
:::..:. :.: : : :. : :. : :. : : . . :. : .
NP_001 MVKISFQPAVAGIKGDKADKASASAPAPASATEILLTP----AREEQPPQHRSKRGGSVG
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KB5 WCWCMCFGLAFMLAGVILGGAYLYKYFALQP---DDVYYCGIKYIKDDVILNEPSADAPA
. .:.. .: :......:.:.:: : :. . ::. : : : .. .
NP_001 GVCYLSMGMVVLLMGLVFASVYIYRYFFLAQLARDNFFRCGVLY--------EDSLSSQV
60 70 80 90 100
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 ALYQTIEENIKIFEEEEVEFISVPVPEFADSDPANIVHDFNKKLTAYLDLNLDKCYVIPL
. .::..::. .:. : :.::::.:. .:::.:.:::.. :::: :..::::::: :
NP_001 RTQMELEEDVKIYLDENYERINVPVPQFGGGDPADIIHDFQRGLTAYHDISLDKCYVIEL
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 NTSIVMPPRNLLELLINIKAGTYLPQSYLIHEHMVITDRIENIDHLGFFIYRLCHDKETY
::.::.::::. :::.:.: ::::::.:.:.:.::.:... . . :: :::.::. :.::
NP_001 NTTIVLPPRNFWELLMNVKRGTYLPQTYIIQEEMVVTEHVSDKEALGSFIYHLCNGKDTY
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260
pF1KB5 KLQRRETIKGIQKREASNCFAIRHFENKFAVETLICS
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NP_001 RLRRRATRRRINKRGAKNCNAIRHFENTFVVETLICGVV
230 240 250 260
>>NP_001274169 (OMIM: 609554) integral membrane protein (205 aa)
initn: 670 init1: 641 opt: 712 Z-score: 914.3 bits: 176.5 E(85289): 3.5e-44
Smith-Waterman score: 712; 50.2% identity (78.0% similar) in 209 aa overlap (60-265:2-202)
30 40 50 60 70 80
pF1KB5 PPDAVAVDCKDPDDVVPVGQRRAWCWCMCFGLAFMLAGVILGGAYLYKYFALQP---DDV
:.. .: :......:.:.:: : :.
NP_001 MGMVVLLMGLVFASVYIYRYFFLAQLARDNF
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KB5 YYCGIKYIKDDVILNEPSADAPAALYQTIEENIKIFEEEEVEFISVPVPEFADSDPANIV
. ::. : : : .. . . .::..::. .:. : :.::::.:. .:::.:.
NP_001 FRCGVLY--------EDSLSSQVRTQMELEEDVKIYLDENYERINVPVPQFGGGDPADII
40 50 60 70 80
150 160 170 180 190 200
pF1KB5 HDFNKKLTAYLDLNLDKCYVIPLNTSIVMPPRNLLELLINIKAGTYLPQSYLIHEHMVIT
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NP_001 HDFQRGLTAYHDISLDKCYVIELNTTIVLPPRNFWELLMNVKRGTYLPQTYIIQEEMVVT
90 100 110 120 130 140
210 220 230 240 250 260
pF1KB5 DRIENIDHLGFFIYRLCHDKETYKLQRRETIKGIQKREASNCFAIRHFENKFAVETLICS
... . . :: :::.::. :.::.:.:: : . :.:: :.:: ::::::: :.::::::
NP_001 EHVSDKEALGSFIYHLCNGKDTYRLRRRATRRRINKRGAKNCNAIRHFENTFVVETLICG
150 160 170 180 190 200
NP_001 VV
>>NP_004858 (OMIM: 300222) integral membrane protein 2A (263 aa)
initn: 686 init1: 572 opt: 683 Z-score: 875.7 bits: 169.7 E(85289): 4.9e-42
Smith-Waterman score: 683; 41.1% identity (72.6% similar) in 270 aa overlap (1-265:1-261)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MVKVTFNSALAQKEAKKDEPKSGEEALIIPPDAVAVDCKDPDDVVPVGQRR----AWCWC
:::..::. : ..:.: .. :::. .: .. .. . :.. . :
NP_004 MVKIAFNTPTA---VQKEEARQDVEALL--SRTVRTQILTGKELRVATQEKEGSSGRCML
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 MCFGLAFMLAGVILGGAYLYKYFALQPDDVYYCG-IKYIKDDVILNEPSADAPAALYQTI
.::.:.:::.:.::: .:::: .: .. : : . .. .. : . : : :
NP_004 TLLGLSFILAGLIVGGACIYKYF--MPKSTIYRGEMCFFDSEDPANSLRGGEPNFLPVTE
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 EENIKIFEEEEVEFISVPVPEFADSDPANIVHDFNKKLTAYLDLNLDKCYVIPLNTSIVM
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NP_004 EADIR--EDDNIAIIDVPVPSFSDSDPAAIIHDFEKGMTAYLDLLLGNCYLMPLNTSIVM
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 PPRNLLELLINIKAGTYLPQSYLIHEHMVITDRIENIDHLGFFIYRLCHDKETYKLQRRE
::.::.::. .. .: ::::.:...: .: ...:.....::.:::.::.......:.::.
NP_004 PPKNLVELFGKLASGRYLPQTYVVREDLVAVEEIRDVSNLGIFIYQLCNNRKSFRLRRRD
180 190 200 210 220 230
240 250 260
pF1KB5 TIKGIQKREASNCFAIRHFENKFAVETLICS
. :..:: ..:. :::: :.: ::: ::
NP_004 LLLGFNKRAIDKCWKIRHFPNEFIVETKICQE
240 250 260
>>NP_001012532 (OMIM: 609554) integral membrane protein (220 aa)
initn: 670 init1: 641 opt: 661 Z-score: 848.7 bits: 164.5 E(85289): 1.6e-40
Smith-Waterman score: 661; 53.0% identity (78.4% similar) in 185 aa overlap (81-265:41-217)
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 RAWCWCMCFGLAFMLAGVILGGAYLYKYFALQPDDVYYCGIKYIKDDVILNEPSADAPAA
: :. . ::. : : : .. .
NP_001 AGIKGDKADKASASAPAPASATEILLTPARLARDNFFRCGVLY--------EDSLSSQVR
20 30 40 50 60
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 LYQTIEENIKIFEEEEVEFISVPVPEFADSDPANIVHDFNKKLTAYLDLNLDKCYVIPLN
. .::..::. .:. : :.::::.:. .:::.:.:::.. :::: :..::::::: ::
NP_001 TQMELEEDVKIYLDENYERINVPVPQFGGGDPADIIHDFQRGLTAYHDISLDKCYVIELN
70 80 90 100 110 120
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 TSIVMPPRNLLELLINIKAGTYLPQSYLIHEHMVITDRIENIDHLGFFIYRLCHDKETYK
:.::.::::. :::.:.: ::::::.:.:.:.::.:... . . :: :::.::. :.::.
NP_001 TTIVLPPRNFWELLMNVKRGTYLPQTYIIQEEMVVTEHVSDKEALGSFIYHLCNGKDTYR
130 140 150 160 170 180
240 250 260
pF1KB5 LQRRETIKGIQKREASNCFAIRHFENKFAVETLICS
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NP_001 LRRRATRRRINKRGAKNCNAIRHFENTFVVETLICGVV
190 200 210 220
>>NP_001165052 (OMIM: 300222) integral membrane protein (219 aa)
initn: 600 init1: 572 opt: 572 Z-score: 735.1 bits: 143.4 E(85289): 3.3e-34
Smith-Waterman score: 572; 49.4% identity (83.8% similar) in 154 aa overlap (112-265:64-217)
90 100 110 120 130 140
pF1KB5 QPDDVYYCGIKYIKDDVILNEPSADAPAALYQTIEENIKIFEEEEVEFISVPVPEFADSD
. . :. : :.... .:.:::: :.:::
NP_001 LTGKSTIYRGEMCFFDSEDPANSLRGGEPNFLPVTEEADIREDDNIAIIDVPVPSFSDSD
40 50 60 70 80 90
150 160 170 180 190 200
pF1KB5 PANIVHDFNKKLTAYLDLNLDKCYVIPLNTSIVMPPRNLLELLINIKAGTYLPQSYLIHE
:: :.:::.: .:::::: : .::..::::::::::.::.::. .. .: ::::.:...:
NP_001 PAAIIHDFEKGMTAYLDLLLGNCYLMPLNTSIVMPPKNLVELFGKLASGRYLPQTYVVRE
100 110 120 130 140 150
210 220 230 240 250 260
pF1KB5 HMVITDRIENIDHLGFFIYRLCHDKETYKLQRRETIKGIQKREASNCFAIRHFENKFAVE
.: ...:.....::.:::.::.......:.::. . :..:: ..:. :::: :.: ::
NP_001 DLVAVEEIRDVSNLGIFIYQLCNNRKSFRLRRRDLLLGFNKRAIDKCWKIRHFPNEFIVE
160 170 180 190 200 210
pF1KB5 TLICS
: ::
NP_001 TKICQE
>>NP_001012534 (OMIM: 609554) integral membrane protein (230 aa)
initn: 334 init1: 316 opt: 323 Z-score: 416.8 bits: 84.6 E(85289): 1.8e-16
Smith-Waterman score: 484; 34.8% identity (58.3% similar) in 276 aa overlap (1-265:1-227)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MVKVTFNSALAQ-KEAKKDE-------PKSGEEALIIPPDAVAVDCKDPDDVVPVGQRRA
:::..:. :.: : : :. : :. : :. : : . . :. : .
NP_001 MVKISFQPAVAGIKGDKADKASASAPAPASATEILLTP----AREEQPPQHRSKRGGSVG
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KB5 WCWCMCFGLAFMLAGVILGGAYLYKYFALQP---DDVYYCGIKYIKDDVILNEPSADAPA
. .:.. .: :......:.:.:: : :. . ::. : : : .. .
NP_001 GVCYLSMGMVVLLMGLVFASVYIYRYFFLAQLARDNFFRCGVLY--------EDSLSSQV
60 70 80 90 100
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 ALYQTIEENIKIFEEEEVEFISVPVPEFADSDPANIVHDFNKKLTAYLDLNLDKCYVIPL
. .::..::. .:. : :.::::.:. .:::.:.:::...
NP_001 RTQMELEEDVKIYLDENYERINVPVPQFGGGDPADIIHDFQRR-----------------
110 120 130 140 150
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 NTSIVMPPRNLLELLINIKAGTYLPQSYLIHEHMVITDRIENIDHLGFFIYRLCHDKETY
::::::.:.:.:.::.:... . . :: :::.::. :.::
NP_001 --------------------GTYLPQTYIIQEEMVVTEHVSDKEALGSFIYHLCNGKDTY
160 170 180 190
230 240 250 260
pF1KB5 KLQRRETIKGIQKREASNCFAIRHFENKFAVETLICS
.:.:: : . :.:: :.:: ::::::: :.::::::
NP_001 RLRRRATRRRINKRGAKNCNAIRHFENTFVVETLICGVV
200 210 220 230
266 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 12:51:59 2016 done: Sat Nov 5 12:52:00 2016
Total Scan time: 6.680 Total Display time: -0.010
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]