FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5499, 1609 aa
1>>>pF1KB5499 1609 - 1609 aa - 1609 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.0832+/-0.0017; mu= 2.7440+/- 0.101
mean_var=423.5359+/-84.311, 0's: 0 Z-trim(108.5): 163 B-trim: 36 in 1/50
Lambda= 0.062320
statistics sampled from 10093 (10228) to 10093 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.641), E-opt: 0.2 (0.314), width: 16
Scan time: 4.640
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1351.1 LAMC1 gene_id:3915|Hs108|chr1 (1609) 11174 1021.5 0
CCDS6938.1 LAMC3 gene_id:10319|Hs108|chr9 (1575) 4558 426.7 3e-118
CCDS44285.1 LAMC2 gene_id:3918|Hs108|chr1 (1111) 2508 242.2 7.4e-63
CCDS1352.1 LAMC2 gene_id:3918|Hs108|chr1 (1193) 2508 242.2 7.7e-63
CCDS11148.1 NTN1 gene_id:9423|Hs108|chr17 ( 604) 1548 155.5 4.8e-37
CCDS5750.1 LAMB1 gene_id:3912|Hs108|chr7 (1786) 1209 125.6 1.4e-27
CCDS34732.1 LAMB4 gene_id:22798|Hs108|chr7 (1761) 1186 123.5 5.9e-27
CCDS2789.1 LAMB2 gene_id:3913|Hs108|chr3 (1798) 1103 116.1 1.1e-24
CCDS10469.1 NTN3 gene_id:4917|Hs108|chr16 ( 580) 1055 111.2 1e-23
CCDS32787.1 LAMA1 gene_id:284217|Hs108|chr18 (3075) 925 100.4 9.8e-20
CCDS30625.1 HSPG2 gene_id:3339|Hs108|chr1 (4391) 840 92.9 2.4e-17
CCDS33502.1 LAMA5 gene_id:3911|Hs108|chr20 (3695) 808 90.0 1.6e-16
CCDS1487.1 LAMB3 gene_id:3914|Hs108|chr1 (1172) 668 76.8 4.8e-13
CCDS1516.1 USH2A gene_id:7399|Hs108|chr1 (1546) 642 74.6 2.9e-12
CCDS31025.1 USH2A gene_id:7399|Hs108|chr1 (5202) 642 75.2 6.2e-12
CCDS45838.1 LAMA3 gene_id:3909|Hs108|chr18 (3277) 602 71.4 5.6e-11
CCDS42419.1 LAMA3 gene_id:3909|Hs108|chr18 (3333) 602 71.4 5.7e-11
>>CCDS1351.1 LAMC1 gene_id:3915|Hs108|chr1 (1609 aa)
initn: 11174 init1: 11174 opt: 11174 Z-score: 5451.1 bits: 1021.5 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 11174; 99.9% identity (99.9% similar) in 1609 aa overlap (1-1609:1-1609)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MRGSHRAAPALRPRGRLWPVLAVLAAAAAAGCAQAAMDECTDEGGRPQRCMPEFVNAAFN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MRGSHRAAPALRPRGRLWPVLAVLAAAAAAGCAQAAMDECTDEGGRPQRCMPEFVNAAFN
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 VTVVATNTCGTPPEEYCVQTGVTGVTKSCHLCDAGQPHLQHGAAFLTDYNNQADTTWWQS
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 QTMLAGVQYPSSINLTLHLGKAFDITYVRLKFHTSRPESFAIYKRTREDGPWIPYQYYSG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SCENTYSKANRGFIRTGGDEQQALCTDEFSDISPLTGGNVAFSTLEGRPSAYNFDNSPVL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 QEWVTATDIRVTLNRLNTFGDEVFNDPKVLKSYYYAISDFAVGGRCKCNGHASECMKNEF
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DKLVCNCKHNTYGVDCEKCLPFFNDRPWRRATAESASECLPCDCNGRSQECYFDPELYRS
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pF1KB5 TGHGGHCTNCQDNTDGAHCERCRENFFRLGNNEACSSCHCSPVGSLSTQCDSYGRCSCKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 TGHGGHCTNCQDNTDGAHCERCRENFFRLGNNEACSSCHCSPVGSLSTQCDSYGRCSCKP
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430 440 450 460 470 480
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::
CCDS13 GVMGDKCDRCQPGFHSLTEAGCRPCSCDPSGSIDECNIETGRCVCKDNVEGFNCERCKPG
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pF1KB5 FFNLESSNPRGCTPCFCFGHSSVCTNAVGYSVYSISSTFQIDEDGWRAEQRDGSEASLEW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 FFNLESSNPRGCTPCFCFGHSSVCTNAVGYSVYSISSTFQIDEDGWRAEQRDGSEASLEW
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pF1KB5 SSERQDIAVISDSYFPRYFIAPAKFLGKQVLSYGQNLSFSFRVDRRDTRLSAEDLVLEGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SSERQDIAVISDSYFPRYFIAPAKFLGKQVLSYGQNLSFSFRVDRRDTRLSAEDLVLEGA
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pF1KB5 GLRVSVPLIAQGNSYPSETTVKYVFRLHEATDYPWRPALTPFEFQKLLNNLTSIKIRGTY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GLRVSVPLIAQGNSYPSETTVKYVFRLHEATDYPWRPALTPFEFQKLLNNLTSIKIRGTY
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pF1KB5 SERSAGYLDDVTLASARPGPGVPATWVESCTCPVGYGGQFCEMCLSGYRRETPNLGPYSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SERSAGYLDDVTLASARPGPGVPATWVESCTCPVGYGGQFCEMCLSGYRRETPNLGPYSP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 CVLCACNGHSETCDPETGVCNCRDNTAGPHCEKCSDGYYGDSTAGTSSDCQPCPCPGGSS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 CAVVPKTKEVVCTNCPTGTTGKRCELCDDGYFGDPLGRNGPVRLCRLCQCSDNIDPNAVG
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pF1KB5 NCNRLTGECLKCIYNTAGFYCDRCKDGFFGNPLAPNPADKCKACNCNPYGTMKQQSSCNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::
CCDS13 NCNRLTGECLKCIYNTAGFYCDRCKDGFFGNPLAPNPADKCKACNCNLYGTMKQQSSCNP
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pF1KB5 VTGQCECLPHVTGQDCGACDPGFYNLQSGQGCERCDCHALGSTNGQCDIRTGQCECQPGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 VTGQCECLPHVTGQDCGACDPGFYNLQSGQGCERCDCHALGSTNGQCDIRTGQCECQPGI
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pF1KB5 TGQHCERCEVNHFGFGPEGCKPCDCHPEGSLSLQCKDDGRCECREGFVGNRCDQCEENYF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 TGQHCERCEVNHFGFGPEGCKPCDCHPEGSLSLQCKDDGRCECREGFVGNRCDQCEENYF
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pF1KB5 YNRSWPGCQECPACYRLVKDKVADHRVKLQELESLIANLGTGDEMVTDQAFEDRLKEAER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 YNRSWPGCQECPACYRLVKDKVADHRVKLQELESLIANLGTGDEMVTDQAFEDRLKEAER
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pF1KB5 EVMDLLREAQDVKDVDQNLMDRLQRVNNTLSSQISRLQNIRNTIEETGNLAEQARAHVEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 EVMDLLREAQDVKDVDQNLMDRLQRVNNTLSSQISRLQNIRNTIEETGNLAEQARAHVEN
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pF1KB5 TERLIEIASRELEKAKVAAANVSVTQPESTGDPNNMTLLAEEARKLAERHKQEADDIVRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 TERLIEIASRELEKAKVAAANVSVTQPESTGDPNNMTLLAEEARKLAERHKQEADDIVRV
1150 1160 1170 1180 1190 1200
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pF1KB5 AKTANDTSTEAYNLLLRTLAGENQTAFEIEELNRKYEQAKNISQDLEKQAARVHEEAKRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 AKTANDTSTEAYNLLLRTLAGENQTAFEIEELNRKYEQAKNISQDLEKQAARVHEEAKRA
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1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KB5 GDKAVEIYASVAQLSPLDSETLENEANNIKMEAENLEQLIDQKLKDYEDLREDMRGKELE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GDKAVEIYASVAQLSPLDSETLENEANNIKMEAENLEQLIDQKLKDYEDLREDMRGKELE
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pF1KB5 VKNLLEKGKTEQQTADQLLARADAAKALAEEAAKKGRDTLQEANDILNNLKDFDRRVNDN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 VKNLLEKGKTEQQTADQLLARADAAKALAEEAAKKGRDTLQEANDILNNLKDFDRRVNDN
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pF1KB5 KTAAEEALRKIPAINQTITEANEKTREAQQALGSAAADATEAKNKAHEAERIASAVQKNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 KTAAEEALRKIPAINQTITEANEKTREAQQALGSAAADATEAKNKAHEAERIASAVQKNA
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KB5 TSTKAEAERTFAEVTDLDNEVNNMLKQLQEAEKELKRKQDDADQDMMMAGMASQAAQEAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 TSTKAEAERTFAEVTDLDNEVNNMLKQLQEAEKELKRKQDDADQDMMMAGMASQAAQEAE
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KB5 INARKAKNSVTSLLSIINDLLEQLGQLDTVDLNKLNEIEGTLNKAKDEMKVSDLDRKVSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 INARKAKNSVTSLLSIINDLLEQLGQLDTVDLNKLNEIEGTLNKAKDEMKVSDLDRKVSD
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pF1KB5 LENEAKKQEAAIMDYNRDIEEIMKDIRNLEDIRKTLPSGCFNTPSIEKP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LENEAKKQEAAIMDYNRDIEEIMKDIRNLEDIRKTLPSGCFNTPSIEKP
1570 1580 1590 1600
>>CCDS6938.1 LAMC3 gene_id:10319|Hs108|chr9 (1575 aa)
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Smith-Waterman score: 4898; 44.2% identity (72.0% similar) in 1598 aa overlap (21-1600:10-1571)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MRGSHRAAPALRPRGRLWPVLAVLAAAAAAGCAQAAMDECTDEGGRPQRCMPEFVNAAFN
::.:: ::. :.: : : .::::::.: : ::::.
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10 20 30 40
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pF1KB5 VTVVATNTCGTPPEEYCVQTGVTGVTKSCHLCDAGQPHLQHGAAFLTDYNNQADTTWWQS
. :..:::.:::..: ..:..:. :. :::..:. .:.:..:::...: ..:::::
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pF1KB5 QTMLAGVQYPSSINLTLHLGKAFDITYVRLKFHTSRPESFAIYKRTREDGPWIPYQYYSG
.: :::::.:.:.::.::::..:::::::::::::::::::::.: :::: :::.::.
CCDS69 PSMAFGVQYPTSVNITLRLGKAYEITYVRLKFHTSRPESFAIYKRSRADGPWEPYQFYSA
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190 200 210 220 230 240
pF1KB5 SCENTYSKANRGFIRTGGDEQQALCTDEFSDISPLTGGNVAFSTLEGRPSAYNFDNSPVL
::..::.. . ..: : ::. :.::.::::::::.::::::::::::::::::..:: :
CCDS69 SCQKTYGRPEGQYLRPGEDERVAFCTSEFSDISPLSGGNVAFSTLEGRPSAYNFEESPGL
170 180 190 200 210 220
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pF1KB5 QEWVTATDIRVTLNRLNTFGDEVFNDPKVLKSYYYAISDFAVGGRCKCNGHASECMKNEF
:::::.:.. ..:.:::::::..:.:::::.:::::.:::.:::::::::::::: .
CCDS69 QEWVTSTELLISLDRLNTFGDDIFKDPKVLQSYYYAVSDFSVGGRCKCNGHASECGPDVA
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pF1KB5 DKLVCNCKHNTYGVDCEKCLPFFNDRPWRRATAESASECLPCDCNGRSQECYFDPELYRS
.:.: :.::: :.:::.:::::.:::: :.:::.: :::::.:.:::.:: :: ::.::
CCDS69 GQLACRCQHNTTGTDCERCLPFFQDRPWARGTAEAAHECLPCNCSGRSEECTFDRELFRS
290 300 310 320 330 340
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pF1KB5 TGHGGHCTNCQDNTDGAHCERCRENFFRLGNNEACSSCHCSPVGSLSTQCDSYGRCSCKP
:::::.: .:.:.: : :::::.:::.. :. : :. .::: :::. : :.:::
CCDS69 TGHGGRCHHCRDHTAGPHCERCQENFYHWDPRMPCQPCDCQSAGSLHLQCDDTGTCACKP
350 360 370 380 390 400
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pF1KB5 GVMGDKCDRCQPGFHSLTEAGCRPCSCDPSGSIDECNVETGRCVCKDNVEGFNCERCKPG
: : ::::: ::::::.:.:::::.:.:.::.: :. ..::: ::.:::: :.::.::
CCDS69 TVTGWKCDRCLPGFHSLSEGGCRPCTCNPAGSLDTCDPRSGRCPCKENVEGNLCDRCRPG
410 420 430 440 450 460
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pF1KB5 FFNLESSNPRGCTPCFCFGHSSVCTNAVGYSVYSISSTFQIDEDGWRAEQRDGSEASLEW
:::. :: ::. :::.:::.::.... ..:. : : :. .:: :.. ::: .:
CCDS69 TFNLQPHNPAGCSSCFCYGHSKVCASTAQFQVHHILSDFHQGAEGWWARSVGGSEHPPQW
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pF1KB5 SSERQDIAVISDSYFPRYFIAPAKFLGKQVLSYGQNLSFSFRVDRRDTRLSAEDLVLEGA
: . .:. . . . :: :::: : .:::: : ..::: :. : .. : :::.
CCDS69 SPN----GVLLSPEDEEELTAPEKFLGDQRFSYGQPLILTFRVPPGDSPLPVQ-LRLEGT
530 540 550 560 570 580
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pF1KB5 GLRVSVPLIA----QGNSYPSETTVKYVFRLHEATDYPWRPALTPFEFQKLLNNLTSIKI
:: .:. . : ..: :. .. :.:.:... : : ::.::.:: ::::...
CCDS69 GLALSLRHSSLSGPQDAGHPREVELR--FHLQETSE-DVAPPLPPFHFQRLLANLTSLRL
590 600 610 620 630
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pF1KB5 RGTYSERSAG--YLDDVTLASARPGPGVPATWVESCTCPVGYGGQFCEMCLSGYRRETPN
: . . :: .: .: :.::::: . ::.::: :.::.:: ::::: : ::.:: :.
CCDS69 RVSPGPSPAGPVFLTEVRLTSARPGLSPPASWVEICSCPTGYTGQFCESCAPGYKREMPQ
640 650 660 670 680 690
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pF1KB5 LGPYSPCVLCACNGHSETCDPETGVCNCRDNTAGPHCEKCSDGYYGDSTAGTSSDCQPCP
:::. :: :.:: :. ::::.::.: : .: :: ::.: :.::. :: ..::::::
CCDS69 GGPYASCVPCTCNQHG-TCDPNTGICVCSHHTEGPSCERCLPGFYGNPFAGQADDCQPCP
700 710 720 730 740 750
780 790 800 810 820 830
pF1KB5 CPGGSSCAVVPKTKEVVCTNCPTGTTGKRCELCDDGYFGDPLGRNGPVRLCRLCQCSDNI
::: :.:...:...:::::.:: : :.:::.::::.:::::: : . :. :::: :.
CCDS69 CPGQSACTTIPESREVVCTHCPPGQRGRRCEVCDDGFFGDPLGLFGHPQPCHQCQCSGNV
760 770 780 790 800 810
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pF1KB5 DPNAVGNCNRLTGECLKCIYNTAGFYCDRCKDGFFGNPLAPNPADKCKACNCNPYGTMKQ
::::::::. :.:.::.:..::.: .:..:..::.:. ::: ::::: :.:.: :....
CCDS69 DPNAVGNCDPLSGHCLRCLHNTTGDHCEHCQEGFYGSALAPRPADKCMPCSCHPQGSVSE
820 830 840 850 860 870
900 910 920 930 940 950
pF1KB5 QSSCNPVTGQCECLPHVTGQDCGACDPGFYNLQSGQGCERCDCHALGSTNGQCDIRTGQC
: :.:::::: ::::::..::. : :::..:: :.::. : :: ::: . :: .::::
CCDS69 QMPCDPVTGQCSCLPHVTARDCSRCYPGFFDLQPGRGCRSCKCHPLGSQEDQCHPKTGQC
880 890 900 910 920 930
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pF1KB5 ECQPGITGQHCERCEVNHFGFGPEGCKPCDCHPEGSLSLQCKDDGRCECREGFVGNRCDQ
:.::.::: :.::... :::. .::. : : : :. : ::...: : :: :: : .::.
CCDS69 TCRPGVTGQACDRCQLGFFGFSIKGCRACRCSPLGAASAQCHENGTCVCRPGFEGYKCDR
940 950 960 970 980 990
1020 1030 1040 1050 1060 1070
pF1KB5 CEENYFYNRSWPGCQECPACYRLVKDKVADHRVKLQELESLIANLGTGDEMVTDQAFEDR
:..:.: . . ::.::.:: :::...: ...: :. . . :. ..
CCDS69 CHDNFFLTADGTHCQQCPSCYALVKEEAAKLKARLTLTEGWLQGSDCGSPW---GPLDIL
1000 1010 1020 1030 1040 1050
1080 1090 1100 1110 1120 1130
pF1KB5 LKEAEREVMDLLREAQDVKDVDQNLMDRLQRVNNTLSSQISRLQNIRNTIEETGNLAEQA
: :: : :. . . . . . ...... ....... .:: . . . . ....
CCDS69 LGEAPRG--DVYQGHHLLPGAREAFLEQMMSLEGAVKAAREQLQRLNKGARCAQAGSQKT
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620 630 640
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CCDS57 ELAGKLQSLDLSAAAEMTCGTPPGASCSETECGGPNCRTDEGERKCGGPGCGGLVTVAHN
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CCDS34 L-GNHLHGCSPCDCDIGGAYSNVCSPKNGQCECRPHVTGRSCSEPAPGYFFAPLNFYLYE
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CCDS34 IPFPVDFTIAIHYETQ-SAADWTVQIVVNPPGGSEHCIPKTLQSKPQSFALPAATRIMLL
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CCDS34 PLVVGRCCDRCSTGSYDLGHHGCHPCHCHPQGSKDTVCDQVTGQCPCHGEVSGRRCDRCL
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CCDS34 -CQPCACNNNIDVTDPESCSRVTGECLRCLHNTQGANCQLCKPGHYGSALNQT----CRR
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. .. .. : . : .: . :: .:. .: .. ..:. . .. ..
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CCDS27 LQELEGTYEENERALESKAAQLDGLEARMRSVLQAINLQVQIYNTCQ
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CCDS10 SPVLQDWVTATDVRVVLTRPSTAGDP--RDMEAVVPYSYAATDLQVGGRCKCNGHASRCL
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CCDS10 LDTQGHLICDCRHGTEGPDCGRCKPFYCDRPWQRATARESHACLACSCNGHARRCRFNME
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CCDS10 CKPARGSYRISLKKFCKKDYAVQVAVGARGEARGAWTRFPVAVLAVFRSGEERARRGSSA
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CCDS32 MRGGVLLVLLLCVAAQCRQRGLFPAILNLASNAHISTNATC
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CCDS32 GEKGPEMFCKLVEHVPGRPVRNPQCRICDGNSANPRERHPISHAIDGTNN----WWQSPS
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