Result of FASTA (omim) for
pF1KB5499
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5499, 1609 aa
1>>>pF1KB5499 1609 - 1609 aa - 1609 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.2118+/-0.000699; mu= -4.1852+/- 0.043
mean_var=523.7049+/-106.700, 0's: 0 Z-trim(115.8): 347 B-trim: 0 in 0/55
Lambda= 0.056044
statistics sampled from 26120 (26470) to 26120 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.641), E-opt: 0.2 (0.31), width: 16
Scan time: 12.820
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_002284 (OMIM: 150290) laminin subunit gamma-1 p (1609) 11174 920.9 0
XP_011516423 (OMIM: 604349,614115) PREDICTED: lami (1581) 4745 401.1 3.9e-110
NP_006050 (OMIM: 604349,614115) laminin subunit ga (1575) 4558 386.0 1.4e-105
XP_006716984 (OMIM: 604349,614115) PREDICTED: lami (1259) 4520 382.8 1e-104
XP_016856762 (OMIM: 150292,226650,226700) PREDICTE ( 742) 2508 219.8 6.8e-56
NP_061486 (OMIM: 150292,226650,226700) laminin sub (1111) 2508 220.1 8.7e-56
NP_005553 (OMIM: 150292,226650,226700) laminin sub (1193) 2508 220.1 9.1e-56
XP_006721658 (OMIM: 601614) PREDICTED: netrin-1 is ( 604) 1548 142.1 1.4e-32
NP_004813 (OMIM: 601614) netrin-1 precursor [Homo ( 604) 1548 142.1 1.4e-32
NP_002282 (OMIM: 150240,615191) laminin subunit be (1786) 1209 115.3 4.9e-24
XP_016867690 (OMIM: 150240,615191) PREDICTED: lami (1810) 1209 115.3 4.9e-24
XP_011523958 (OMIM: 150320,615960) PREDICTED: lami (2561) 1211 115.6 5.5e-24
NP_031382 (OMIM: 616380) laminin subunit beta-4 is (1761) 1186 113.4 1.7e-23
NP_001304975 (OMIM: 616380) laminin subunit beta-4 (1761) 1186 113.4 1.7e-23
XP_011514280 (OMIM: 616380) PREDICTED: laminin sub (1723) 1166 111.8 5.3e-23
XP_016867368 (OMIM: 616380) PREDICTED: laminin sub (1753) 1166 111.8 5.4e-23
XP_011514277 (OMIM: 616380) PREDICTED: laminin sub (1772) 1166 111.8 5.4e-23
XP_011514281 (OMIM: 616380) PREDICTED: laminin sub (1703) 1158 111.1 8.2e-23
XP_011514282 (OMIM: 616380) PREDICTED: laminin sub (1564) 1114 107.5 9.2e-22
XP_016867369 (OMIM: 616380) PREDICTED: laminin sub (1567) 1114 107.5 9.2e-22
XP_005265184 (OMIM: 150325,609049,614199) PREDICTE (1798) 1103 106.7 1.9e-21
NP_002283 (OMIM: 150325,609049,614199) laminin sub (1798) 1103 106.7 1.9e-21
NP_006172 (OMIM: 602349) netrin-3 precursor [Homo ( 580) 1055 102.2 1.3e-20
XP_016881232 (OMIM: 226650,226700,245660,600805) P (2626) 1030 101.0 1.4e-19
XP_016866341 (OMIM: 156225,607855) PREDICTED: lami (2587) 1013 99.6 3.6e-19
XP_011523959 (OMIM: 150320,615960) PREDICTED: lami (2489) 925 92.5 4.9e-17
NP_005550 (OMIM: 150320,615960) laminin subunit al (3075) 925 92.6 5.6e-17
XP_011523957 (OMIM: 150320,615960) PREDICTED: lami (3085) 925 92.6 5.6e-17
XP_016867691 (OMIM: 150240,615191) PREDICTED: lami (1212) 909 90.8 7.6e-17
XP_011527120 (OMIM: 601033) PREDICTED: laminin sub (3654) 853 86.9 3.5e-15
NP_005520 (OMIM: 142461,224410,255800) basement me (4391) 840 85.9 8.2e-15
NP_001278789 (OMIM: 142461,224410,255800) basement (4392) 840 85.9 8.2e-15
XP_016856611 (OMIM: 142461,224410,255800) PREDICTE (4438) 840 85.9 8.3e-15
XP_016856610 (OMIM: 142461,224410,255800) PREDICTE (4439) 840 85.9 8.3e-15
XP_016856609 (OMIM: 142461,224410,255800) PREDICTE (4456) 840 85.9 8.3e-15
XP_011539620 (OMIM: 142461,224410,255800) PREDICTE (4574) 840 85.9 8.4e-15
XP_011527121 (OMIM: 601033) PREDICTED: laminin sub (3609) 836 85.5 9.1e-15
XP_006723861 (OMIM: 601033) PREDICTED: laminin sub (2300) 808 83.0 3.3e-14
NP_005551 (OMIM: 601033) laminin subunit alpha-5 p (3695) 808 83.2 4.4e-14
XP_006723859 (OMIM: 601033) PREDICTED: laminin sub (3700) 808 83.2 4.4e-14
NP_001304976 (OMIM: 616380) laminin subunit beta-4 (1101) 763 79.0 2.6e-13
NP_001289925 (OMIM: 226650,226700,245660,600805) l ( 488) 703 73.7 4.5e-12
NP_001121113 (OMIM: 104530,150310,226650,226700) l (1172) 668 71.3 5.5e-11
NP_001017402 (OMIM: 104530,150310,226650,226700) l (1172) 668 71.3 5.5e-11
NP_000219 (OMIM: 104530,150310,226650,226700) lami (1172) 668 71.3 5.5e-11
XP_005273181 (OMIM: 104530,150310,226650,226700) P (1172) 668 71.3 5.5e-11
NP_009054 (OMIM: 276901,608400,613809) usherin iso (1546) 642 69.4 2.8e-10
NP_996816 (OMIM: 276901,608400,613809) usherin iso (5202) 642 70.0 6e-10
XP_016881233 (OMIM: 226650,226700,245660,600805) P (1856) 608 66.7 2.1e-09
XP_011524284 (OMIM: 226650,226700,245660,600805) P (3243) 602 66.5 4.2e-09
>>NP_002284 (OMIM: 150290) laminin subunit gamma-1 precu (1609 aa)
initn: 11174 init1: 11174 opt: 11174 Z-score: 4907.5 bits: 920.9 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 11174; 99.9% identity (99.9% similar) in 1609 aa overlap (1-1609:1-1609)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MRGSHRAAPALRPRGRLWPVLAVLAAAAAAGCAQAAMDECTDEGGRPQRCMPEFVNAAFN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MRGSHRAAPALRPRGRLWPVLAVLAAAAAAGCAQAAMDECTDEGGRPQRCMPEFVNAAFN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 VTVVATNTCGTPPEEYCVQTGVTGVTKSCHLCDAGQPHLQHGAAFLTDYNNQADTTWWQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 VTVVATNTCGTPPEEYCVQTGVTGVTKSCHLCDAGQPHLQHGAAFLTDYNNQADTTWWQS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 QTMLAGVQYPSSINLTLHLGKAFDITYVRLKFHTSRPESFAIYKRTREDGPWIPYQYYSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 QTMLAGVQYPSSINLTLHLGKAFDITYVRLKFHTSRPESFAIYKRTREDGPWIPYQYYSG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 SCENTYSKANRGFIRTGGDEQQALCTDEFSDISPLTGGNVAFSTLEGRPSAYNFDNSPVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SCENTYSKANRGFIRTGGDEQQALCTDEFSDISPLTGGNVAFSTLEGRPSAYNFDNSPVL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 QEWVTATDIRVTLNRLNTFGDEVFNDPKVLKSYYYAISDFAVGGRCKCNGHASECMKNEF
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DKLVCNCKHNTYGVDCEKCLPFFNDRPWRRATAESASECLPCDCNGRSQECYFDPELYRS
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pF1KB5 TGHGGHCTNCQDNTDGAHCERCRENFFRLGNNEACSSCHCSPVGSLSTQCDSYGRCSCKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 TGHGGHCTNCQDNTDGAHCERCRENFFRLGNNEACSSCHCSPVGSLSTQCDSYGRCSCKP
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430 440 450 460 470 480
pF1KB5 GVMGDKCDRCQPGFHSLTEAGCRPCSCDPSGSIDECNVETGRCVCKDNVEGFNCERCKPG
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::
NP_002 GVMGDKCDRCQPGFHSLTEAGCRPCSCDPSGSIDECNIETGRCVCKDNVEGFNCERCKPG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 FFNLESSNPRGCTPCFCFGHSSVCTNAVGYSVYSISSTFQIDEDGWRAEQRDGSEASLEW
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pF1KB5 SSERQDIAVISDSYFPRYFIAPAKFLGKQVLSYGQNLSFSFRVDRRDTRLSAEDLVLEGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SSERQDIAVISDSYFPRYFIAPAKFLGKQVLSYGQNLSFSFRVDRRDTRLSAEDLVLEGA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 GLRVSVPLIAQGNSYPSETTVKYVFRLHEATDYPWRPALTPFEFQKLLNNLTSIKIRGTY
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pF1KB5 SERSAGYLDDVTLASARPGPGVPATWVESCTCPVGYGGQFCEMCLSGYRRETPNLGPYSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SERSAGYLDDVTLASARPGPGVPATWVESCTCPVGYGGQFCEMCLSGYRRETPNLGPYSP
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NP_002 CVLCACNGHSETCDPETGVCNCRDNTAGPHCEKCSDGYYGDSTAGTSSDCQPCPCPGGSS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB5 NCNRLTGECLKCIYNTAGFYCDRCKDGFFGNPLAPNPADKCKACNCNPYGTMKQQSSCNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::
NP_002 NCNRLTGECLKCIYNTAGFYCDRCKDGFFGNPLAPNPADKCKACNCNLYGTMKQQSSCNP
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pF1KB5 VTGQCECLPHVTGQDCGACDPGFYNLQSGQGCERCDCHALGSTNGQCDIRTGQCECQPGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 VTGQCECLPHVTGQDCGACDPGFYNLQSGQGCERCDCHALGSTNGQCDIRTGQCECQPGI
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pF1KB5 TGQHCERCEVNHFGFGPEGCKPCDCHPEGSLSLQCKDDGRCECREGFVGNRCDQCEENYF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 TGQHCERCEVNHFGFGPEGCKPCDCHPEGSLSLQCKDDGRCECREGFVGNRCDQCEENYF
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pF1KB5 YNRSWPGCQECPACYRLVKDKVADHRVKLQELESLIANLGTGDEMVTDQAFEDRLKEAER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 YNRSWPGCQECPACYRLVKDKVADHRVKLQELESLIANLGTGDEMVTDQAFEDRLKEAER
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pF1KB5 EVMDLLREAQDVKDVDQNLMDRLQRVNNTLSSQISRLQNIRNTIEETGNLAEQARAHVEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 EVMDLLREAQDVKDVDQNLMDRLQRVNNTLSSQISRLQNIRNTIEETGNLAEQARAHVEN
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pF1KB5 TERLIEIASRELEKAKVAAANVSVTQPESTGDPNNMTLLAEEARKLAERHKQEADDIVRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 TERLIEIASRELEKAKVAAANVSVTQPESTGDPNNMTLLAEEARKLAERHKQEADDIVRV
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pF1KB5 AKTANDTSTEAYNLLLRTLAGENQTAFEIEELNRKYEQAKNISQDLEKQAARVHEEAKRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 AKTANDTSTEAYNLLLRTLAGENQTAFEIEELNRKYEQAKNISQDLEKQAARVHEEAKRA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 GDKAVEIYASVAQLSPLDSETLENEANNIKMEAENLEQLIDQKLKDYEDLREDMRGKELE
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pF1KB5 VKNLLEKGKTEQQTADQLLARADAAKALAEEAAKKGRDTLQEANDILNNLKDFDRRVNDN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 VKNLLEKGKTEQQTADQLLARADAAKALAEEAAKKGRDTLQEANDILNNLKDFDRRVNDN
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pF1KB5 KTAAEEALRKIPAINQTITEANEKTREAQQALGSAAADATEAKNKAHEAERIASAVQKNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KTAAEEALRKIPAINQTITEANEKTREAQQALGSAAADATEAKNKAHEAERIASAVQKNA
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pF1KB5 TSTKAEAERTFAEVTDLDNEVNNMLKQLQEAEKELKRKQDDADQDMMMAGMASQAAQEAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 TSTKAEAERTFAEVTDLDNEVNNMLKQLQEAEKELKRKQDDADQDMMMAGMASQAAQEAE
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1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KB5 INARKAKNSVTSLLSIINDLLEQLGQLDTVDLNKLNEIEGTLNKAKDEMKVSDLDRKVSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 INARKAKNSVTSLLSIINDLLEQLGQLDTVDLNKLNEIEGTLNKAKDEMKVSDLDRKVSD
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pF1KB5 LENEAKKQEAAIMDYNRDIEEIMKDIRNLEDIRKTLPSGCFNTPSIEKP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LENEAKKQEAAIMDYNRDIEEIMKDIRNLEDIRKTLPSGCFNTPSIEKP
1570 1580 1590 1600
>>XP_011516423 (OMIM: 604349,614115) PREDICTED: laminin (1581 aa)
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Smith-Waterman score: 4887; 44.1% identity (71.9% similar) in 1602 aa overlap (21-1600:10-1577)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MRGSHRAAPALRPRGRLWPVLAVLAAAAAAGCAQAAMDECTDEGGRPQRCMPEFVNAAFN
::.:: ::. :.: : : .::::::.: : ::::.
XP_011 MAAAALLLGLALLAPRAAG----AGMGACYDGAGRPQRCLPVFENAAFG
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pF1KB5 VTVVATNTCGTPPEEYCVQTGVTGVTKSCHLCDAGQPHLQHGAAFLTDYNNQADTTWWQS
. :..:::.:::..: ..:..:. :. :::..:. .:.:..:::...: ..:::::
XP_011 RLAQASHTCGSPPEDFCPHVGAAGAGAHCQRCDAADPQRHHNASYLTDFHSQDESTWWQS
50 60 70 80 90 100
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pF1KB5 QTMLAGVQYPSSINLTLHLGKAFDITYVRLKFHTSRPESFAIYKRTREDGPWIPYQYYSG
.: :::::.:.:.::.::::..:::::::::::::::::::::.: :::: :::.::.
XP_011 PSMAFGVQYPTSVNITLRLGKAYEITYVRLKFHTSRPESFAIYKRSRADGPWEPYQFYSA
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 SCENTYSKANRGFIRTGGDEQQALCTDEFSDISPLTGGNVAFSTLEGRPSAYNFDNSPVL
::..::.. . ..: : ::. :.::.::::::::.::::::::::::::::::..:: :
XP_011 SCQKTYGRPEGQYLRPGEDERVAFCTSEFSDISPLSGGNVAFSTLEGRPSAYNFEESPGL
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 QEWVTATDIRVTLNRLNTFGDEVFNDPKVLKSYYYAISDFAVGGRCKCNGHASECMKNEF
:::::.:.. ..:.:::::::..:.:::::.:::::.:::.:::::::::::::: .
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pF1KB5 CEMCLSGYRRETPNLGPYSPCVLCACNGHSETCDPETGVCNCRDNTAGPHCEKCSDGYYG
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NP_061 PVRPCQPCQCNNNVDPSASGNCDRLTGRCLKCIHNTAGIYCDQCKAGYFGDPLAPNPADK
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NP_061 KMTVERVRALGSQYQNRVRDTHRLITQMQLSLAESEASLGNTNIPASDHYVGPNGFKSLA
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NP_002 IERSSDFGKTWGVYRYFAYDCEASFPGISTGPMKKVDD---IICDSRYSDIEPSTEGEVI
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NP_002 FRALD--P-AFKIEDPYSPRIQNLLKITNLRIKFVKLHTLGDNLLDSRMEIREKYYYAVY
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NP_002 DMVVRGNCFCYGHASECAPVDGFNEEVEGMVHGHCMCRHNTKGLNCELCMDFYHDLPWRP
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NP_002 AEGRNSNACKKCNCNEHSISCHFDMAVYLATGNVSGGVCDDCQHNTMGRNCEQCKPFYYQ
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NP_002 HPERDIRDPNFCERCTCDPAGSQNEGICDSYTDFSTGLIAGQCRCKLNVEGEHCDVCKEG
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