FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB5544, 1445 aa 1>>>pF1KB5544 1445 - 1445 aa - 1445 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.4818+/-0.000501; mu= -1.7307+/- 0.031 mean_var=238.4822+/-48.563, 0's: 0 Z-trim(116.0): 475 B-trim: 11 in 1/58 Lambda= 0.083051 statistics sampled from 26328 (26809) to 26328 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.64), E-opt: 0.2 (0.314), width: 16 Scan time: 16.630 The best scores are: opt bits E(85289) NP_002832 (OMIM: 176886) receptor-type tyrosine-pr (1445) 9740 1181.6 0 XP_016862453 (OMIM: 176886) PREDICTED: receptor-ty (1329) 8916 1082.8 0 XP_016862451 (OMIM: 176886) PREDICTED: receptor-ty (1458) 8528 1036.4 0 XP_016862450 (OMIM: 176886) PREDICTED: receptor-ty (1485) 8528 1036.4 0 XP_005265410 (OMIM: 176886) PREDICTED: receptor-ty (1416) 5170 634.0 2.4e-180 XP_016862452 (OMIM: 176886) 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XP_005 --TAVSPHR--DGSVTSTKLLFPSKATSELSHSAKSDAGLVGGGEDGDTDDDGDDDDDDR 1380 1390 1400 1410 1420 1430 590 600 610 pF1KB5 SEDG-----------EREHEEDGEKDSEKKEKS----------GVTHAAEERN------- . :: :: .: .::. .:.: .... .:: : XP_005 GSDGLSIHKCMSCSSYRESQEKVMNDSDTHENSLMDQNNPISYSLSENSEEDNRVTSVSS 1440 1450 1460 1470 1480 1490 620 630 640 650 pF1KB5 --QT----EPSPTPSS---PNRTAEG--------GHQTIP-GHEQDHTAVPT--DQTGGR :: :. .::. .. .: : .: . :. :: : ...:. XP_005 DSQTGMDRSPGKSPSANGLSQKHNDGKEENDIQTGSALLPLSPESKAWAVLTSDEESGSG 1500 1510 1520 1530 1540 1550 660 670 680 690 700 710 pF1KB5 RDAGPGLDPDMVTSTQVPPTATEEQ------YAGSDPKRPEMPSKKPMSRGDRFSEDSRF . .. .:. . :::. . :.:. ::.. : .: ..: : . ::.:. 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NP_001 SPKQSPINIDEDLTQVNVNLKKLKFQGWDKTSLENTFIHNTGKTVEINLTNDYRVSGGVS 60 70 80 90 100 110 140 150 160 170 180 190 pF1KB5 PGRFKAEKVEFHWGHSNGSA-GSEHSINGRRFPVEMQIFFYNPDDFDSFQTAISENRIIG ::: :. ::::. : :. :::::..:..::.::::. .. : :.::. :.. . . NP_001 EMVFKASKITFHWGKCNMSSDGSEHSLEGQKFPLEMQIYCFDADRFSSFEEAVKGKGKLR 120 130 140 150 160 170 200 210 220 230 240 250 pF1KB5 AMAIFFQVSPRDNSALDPIIHGLKGVVHHEKETFLDPFVLRDLLPASLGSYYRYTGSLTT :..:.:.:. ..: . :: :...: . :.. ::::.: .::: : .:: :.::::. 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