Result of FASTA (omim) for
pF1KB5545
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5545, 624 aa
1>>>pF1KB5545 624 - 624 aa - 624 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.8901+/-0.000404; mu= -5.7065+/- 0.026
mean_var=317.3713+/-64.473, 0's: 0 Z-trim(121.5): 111 B-trim: 0 in 0/61
Lambda= 0.071993
statistics sampled from 38136 (38250) to 38136 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.744), E-opt: 0.2 (0.448), width: 16
Scan time: 8.500
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_057204 (OMIM: 300379,300978) E3 ubiquitin-prote ( 624) 4068 436.4 1.4e-121
NP_899196 (OMIM: 300379,300978) E3 ubiquitin-prote ( 624) 4068 436.4 1.4e-121
XP_005266542 (OMIM: 133239,604242) PREDICTED: E3 u ( 685) 544 70.4 2.3e-11
XP_005266543 (OMIM: 133239,604242) PREDICTED: E3 u ( 685) 544 70.4 2.3e-11
XP_011533479 (OMIM: 133239,604242) PREDICTED: E3 u ( 685) 544 70.4 2.3e-11
NP_005968 (OMIM: 133239,604242) E3 ubiquitin-prote ( 685) 544 70.4 2.3e-11
NP_898865 (OMIM: 133239,604242) E3 ubiquitin-prote ( 685) 544 70.4 2.3e-11
NP_898864 (OMIM: 133239,604242) E3 ubiquitin-prote ( 685) 544 70.4 2.3e-11
XP_016876174 (OMIM: 133239,604242) PREDICTED: E3 u ( 176) 429 58.0 3.2e-08
XP_016876176 (OMIM: 133239,604242) PREDICTED: E3 u ( 176) 429 58.0 3.2e-08
XP_016876175 (OMIM: 133239,604242) PREDICTED: E3 u ( 176) 429 58.0 3.2e-08
XP_011533480 (OMIM: 133239,604242) PREDICTED: E3 u ( 142) 407 55.7 1.3e-07
NP_898866 (OMIM: 133239,604242) E3 ubiquitin-prote ( 142) 407 55.7 1.3e-07
XP_016861149 (OMIM: 609247) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 250) 267 41.3 0.0048
XP_016861150 (OMIM: 609247) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 193) 264 40.9 0.0049
XP_016861147 (OMIM: 609247) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 262) 267 41.3 0.005
XP_016861146 (OMIM: 609247) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 262) 267 41.3 0.005
XP_011510678 (OMIM: 609247) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 262) 267 41.3 0.005
XP_005247149 (OMIM: 609247) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 262) 267 41.3 0.005
XP_016861148 (OMIM: 609247) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 262) 267 41.3 0.005
XP_016861145 (OMIM: 609247) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 262) 267 41.3 0.005
NP_009213 (OMIM: 609247) E3 ubiquitin-protein liga ( 381) 267 41.5 0.0067
XP_011510675 (OMIM: 609247) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 381) 267 41.5 0.0067
XP_016861143 (OMIM: 609247) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 381) 267 41.5 0.0067
NP_899237 (OMIM: 609247) E3 ubiquitin-protein liga ( 381) 267 41.5 0.0067
XP_011510676 (OMIM: 609247) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 381) 267 41.5 0.0067
XP_016861144 (OMIM: 609247) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 381) 267 41.5 0.0067
>>NP_057204 (OMIM: 300379,300978) E3 ubiquitin-protein l (624 aa)
initn: 4068 init1: 4068 opt: 4068 Z-score: 2303.6 bits: 436.4 E(85289): 1.4e-121
Smith-Waterman score: 4068; 100.0% identity (100.0% similar) in 624 aa overlap (1-624:1-624)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MENSDSNDKGSGDQSAAQRRSQMDRLDREEAFYQFVNNLSEEDYRLMRDNNLLGTPGEST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 MENSDSNDKGSGDQSAAQRRSQMDRLDREEAFYQFVNNLSEEDYRLMRDNNLLGTPGEST
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 EEELLRRLQQIKEGPPPQNSDENRGGDSSDDVSNGDSIIDWLNSVRQTGNTTRSGQRGNQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 EEELLRRLQQIKEGPPPQNSDENRGGDSSDDVSNGDSIIDWLNSVRQTGNTTRSGQRGNQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 SWRAVSRTNPNSGDFRFSLEINVNRNNGSQNSENENEPSARRSSGENVENNSQRQVENPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 SWRAVSRTNPNSGDFRFSLEINVNRNNGSQNSENENEPSARRSSGENVENNSQRQVENPR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 SESTSARPSRSERNSTEALTEVPPTRGQRRARSRSPDHRRTRARAERSRSPLHPMSEIPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 SESTSARPSRSERNSTEALTEVPPTRGQRRARSRSPDHRRTRARAERSRSPLHPMSEIPR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 RSHHSISSQTFEHPLVNETEGSSRTRHHVTLRQQISGPELLSRGLFAASGTRNASQGAGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 RSHHSISSQTFEHPLVNETEGSSRTRHHVTLRQQISGPELLSRGLFAASGTRNASQGAGS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 SDTAASGESTGSGQRPPTIVLDLQVRRVRPGEYRQRDSIASRTRSRSQTPNNTVTYESER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 SDTAASGESTGSGQRPPTIVLDLQVRRVRPGEYRQRDSIASRTRSRSQTPNNTVTYESER
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 GGFRRTFSRSERAGVRTYVSTIRIPIRRILNTGLSETTSVAIQTMLRQIMTGFGELSYFM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 GGFRRTFSRSERAGVRTYVSTIRIPIRRILNTGLSETTSVAIQTMLRQIMTGFGELSYFM
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 YSDSDSEPTGSVSNRNMERAESRSGRGGSGGGSSSGSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSPSSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 YSDSDSEPTGSVSNRNMERAESRSGRGGSGGGSSSGSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSPSSS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 SGGESSETSSDLFEGSNEGSSSSGSSGARREGRHRAPVTFDESGSLPFLSLAQFFLLNED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 SGGESSETSSDLFEGSNEGSSSSGSSGARREGRHRAPVTFDESGSLPFLSLAQFFLLNED
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 DDDQPRGLTKEQIDNLAMRSFGENDALKTCSVCITEYTEGNKLRKLPCSHEYHVHCIDRW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 DDDQPRGLTKEQIDNLAMRSFGENDALKTCSVCITEYTEGNKLRKLPCSHEYHVHCIDRW
550 560 570 580 590 600
610 620
pF1KB5 LSENSTCPICRRAVLASGNRESVV
::::::::::::::::::::::::
NP_057 LSENSTCPICRRAVLASGNRESVV
610 620
>>NP_899196 (OMIM: 300379,300978) E3 ubiquitin-protein l (624 aa)
initn: 4068 init1: 4068 opt: 4068 Z-score: 2303.6 bits: 436.4 E(85289): 1.4e-121
Smith-Waterman score: 4068; 100.0% identity (100.0% similar) in 624 aa overlap (1-624:1-624)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MENSDSNDKGSGDQSAAQRRSQMDRLDREEAFYQFVNNLSEEDYRLMRDNNLLGTPGEST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_899 MENSDSNDKGSGDQSAAQRRSQMDRLDREEAFYQFVNNLSEEDYRLMRDNNLLGTPGEST
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 EEELLRRLQQIKEGPPPQNSDENRGGDSSDDVSNGDSIIDWLNSVRQTGNTTRSGQRGNQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_899 EEELLRRLQQIKEGPPPQNSDENRGGDSSDDVSNGDSIIDWLNSVRQTGNTTRSGQRGNQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 SWRAVSRTNPNSGDFRFSLEINVNRNNGSQNSENENEPSARRSSGENVENNSQRQVENPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_899 SWRAVSRTNPNSGDFRFSLEINVNRNNGSQNSENENEPSARRSSGENVENNSQRQVENPR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 SESTSARPSRSERNSTEALTEVPPTRGQRRARSRSPDHRRTRARAERSRSPLHPMSEIPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_899 SESTSARPSRSERNSTEALTEVPPTRGQRRARSRSPDHRRTRARAERSRSPLHPMSEIPR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 RSHHSISSQTFEHPLVNETEGSSRTRHHVTLRQQISGPELLSRGLFAASGTRNASQGAGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_899 RSHHSISSQTFEHPLVNETEGSSRTRHHVTLRQQISGPELLSRGLFAASGTRNASQGAGS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 SDTAASGESTGSGQRPPTIVLDLQVRRVRPGEYRQRDSIASRTRSRSQTPNNTVTYESER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_899 SDTAASGESTGSGQRPPTIVLDLQVRRVRPGEYRQRDSIASRTRSRSQTPNNTVTYESER
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 GGFRRTFSRSERAGVRTYVSTIRIPIRRILNTGLSETTSVAIQTMLRQIMTGFGELSYFM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_899 GGFRRTFSRSERAGVRTYVSTIRIPIRRILNTGLSETTSVAIQTMLRQIMTGFGELSYFM
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 YSDSDSEPTGSVSNRNMERAESRSGRGGSGGGSSSGSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSPSSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_899 YSDSDSEPTGSVSNRNMERAESRSGRGGSGGGSSSGSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSPSSS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 SGGESSETSSDLFEGSNEGSSSSGSSGARREGRHRAPVTFDESGSLPFLSLAQFFLLNED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_899 SGGESSETSSDLFEGSNEGSSSSGSSGARREGRHRAPVTFDESGSLPFLSLAQFFLLNED
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 DDDQPRGLTKEQIDNLAMRSFGENDALKTCSVCITEYTEGNKLRKLPCSHEYHVHCIDRW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_899 DDDQPRGLTKEQIDNLAMRSFGENDALKTCSVCITEYTEGNKLRKLPCSHEYHVHCIDRW
550 560 570 580 590 600
610 620
pF1KB5 LSENSTCPICRRAVLASGNRESVV
::::::::::::::::::::::::
NP_899 LSENSTCPICRRAVLASGNRESVV
610 620
>>XP_005266542 (OMIM: 133239,604242) PREDICTED: E3 ubiqu (685 aa)
initn: 1280 init1: 482 opt: 544 Z-score: 324.9 bits: 70.4 E(85289): 2.3e-11
Smith-Waterman score: 1333; 41.7% identity (63.2% similar) in 660 aa overlap (39-617:47-679)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 KGSGDQSAAQRRSQMDRLDREEAFYQFVNNLSEEDYRLMRDNNLLGTPGESTEEELLRRL
:..::::::::.:::::::: : ::: .::
XP_005 PQDHNHHENERRWQQERLHREEAYYQFINELNDEDYRLMRDHNLLGTPGEITSEELQQRL
20 30 40 50 60 70
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 QQIKEG----PPPQNSDENRGGDSSDDVSNGDSIIDWLNSVRQTGNTTRSGQRGNQSWRA
. .:: : ... . : .. . :. ::...:::. :.:::.::::: :::.:::
XP_005 DGVKEQLASQPDLRDGTNYRDSEVPRESSHEDSLLEWLNTFRRTGNATRSGQNGNQTWRA
80 90 100 110 120 130
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 VSRTNPNSGDFRFSLEINVNRNNGSQNSENENEPSARRSSGENVENNSQRQVENPRSEST
:::::::.:.:::::::.::..: . . ..:. . :.. : .....:: :: :
XP_005 VSRTNPNNGEFRFSLEIHVNHENRGFEIHGEDYTDIPLSDS-NRDHTANRQ---QRSTSP
140 150 160 170 180 190
190 200 210 220
pF1KB5 SARPSRSER--NSTEALTEVPPTR----GQRRARSRSPDHRRTRA---------RAERSR
:: .::. : . . ...: :: :: :.. : : ::. ::
XP_005 VARRTRSQTSVNFNGSSSNIPRTRLASRGQNPAEGSFSTLGRLRNGIGGAAGIPRANASR
200 210 220 230 240 250
230 240 250 260
pF1KB5 SPLHPMS----------------------EIPRRSHHSI--SSQTFEHPLVNETEGSSRT
. . . : ::. .. ..: .: :. .. ..::.
XP_005 TNFSSHTNQSGGSELRQREGQRFGAAHVWENGARSNVTVRNTNQRLE-PIRLRSTSNSRS
260 270 280 290 300 310
270 280 290
pF1KB5 R----------HHVTLR-----QQISGPELLSRG---LFAASGTRNASQGAG--------
: .: . : :: . . :: .: . . .:..
XP_005 RSPIQRQSGTVYHNSQRESRPVQQTTRRSVRRRGRTRVFLEQDRERERRGTAYTPFSNSR
320 330 340 350 360 370
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 --SSDTAASGE----STGSGQRPPTIVLDLQVRRVRPGEYRQRDSIASRTRSRSQTPNNT
: :. :: :. . .: :::.:::::::.:::: :.:::::.::::: .::
XP_005 LVSRITVEEGEESSRSSTAVRRHPTITLDLQVRRIRPGENRDRDSIANRTRSRVGLAENT
380 390 400 410 420 430
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 VTYESERGGFRRTFSRSERAGVRTYVSTIRIPIRRILNTGLSETTSVAIQTMLRQIMTGF
:: ::. ::::::.:: ::.:.::::::: .:.::: .. : : .:::....::::::::
XP_005 VTIESNSGGFRRTISRLERSGIRTYVSTITVPLRRISENELVEPSSVALRSILRQIMTGF
440 450 460 470 480 490
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 GELSYFMYSDSDSEPTGSVSNRNMERAESRSGRGGSGGGSSSGSSSSSSSSSSSSSSSSS
:::: .: .::.:: .:: .. . : :. ..... :.
XP_005 GELSSLMEADSESE-----LQRNGQHLPDMH------------SELSNLGTDNNRSQHRE
500 510 520 530
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 SSSPSSSSGGESSETSSDLFEGSNEGSSSSGSSGARREGRH-RAPVTFDESGSLPFLSLA
.:: . .. :.:.: ..: :: .. .. : ::. : : .. :.:.::.: ::
XP_005 GSSQDRQAQGDSTE-----MHGENETTQPHTRNSDSRGGRQLRNPNNLVETGTLPILRLA
540 550 560 570 580
540 550 560 570 580
pF1KB5 QFFLLNE-DDDDQPRGLTKEQIDNLAMRSFGEN--DAL--KTCSVCITEYTEGNKLRKLP
.:::::: ::::. :::::::::::. : . .: :. : :::::..:. :::::.::
XP_005 HFFLLNESDDDDRIRGLTKEQIDNLSTRHYEHNSIDSELGKICSVCISDYVTGNKLRQLP
590 600 610 620 630 640
590 600 610 620
pF1KB5 CSHEYHVHCIDRWLSENSTCPICRRAVLASGNRESVV
: ::.:.:::::::::: ::::::. ::.:
XP_005 CMHEFHIHCIDRWLSENCTCPICRQPVLGSNIANNG
650 660 670 680
>>XP_005266543 (OMIM: 133239,604242) PREDICTED: E3 ubiqu (685 aa)
initn: 1280 init1: 482 opt: 544 Z-score: 324.9 bits: 70.4 E(85289): 2.3e-11
Smith-Waterman score: 1333; 41.7% identity (63.2% similar) in 660 aa overlap (39-617:47-679)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 KGSGDQSAAQRRSQMDRLDREEAFYQFVNNLSEEDYRLMRDNNLLGTPGESTEEELLRRL
:..::::::::.:::::::: : ::: .::
XP_005 PQDHNHHENERRWQQERLHREEAYYQFINELNDEDYRLMRDHNLLGTPGEITSEELQQRL
20 30 40 50 60 70
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 QQIKEG----PPPQNSDENRGGDSSDDVSNGDSIIDWLNSVRQTGNTTRSGQRGNQSWRA
. .:: : ... . : .. . :. ::...:::. :.:::.::::: :::.:::
XP_005 DGVKEQLASQPDLRDGTNYRDSEVPRESSHEDSLLEWLNTFRRTGNATRSGQNGNQTWRA
80 90 100 110 120 130
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 VSRTNPNSGDFRFSLEINVNRNNGSQNSENENEPSARRSSGENVENNSQRQVENPRSEST
:::::::.:.:::::::.::..: . . ..:. . :.. : .....:: :: :
XP_005 VSRTNPNNGEFRFSLEIHVNHENRGFEIHGEDYTDIPLSDS-NRDHTANRQ---QRSTSP
140 150 160 170 180 190
190 200 210 220
pF1KB5 SARPSRSER--NSTEALTEVPPTR----GQRRARSRSPDHRRTRA---------RAERSR
:: .::. : . . ...: :: :: :.. : : ::. ::
XP_005 VARRTRSQTSVNFNGSSSNIPRTRLASRGQNPAEGSFSTLGRLRNGIGGAAGIPRANASR
200 210 220 230 240 250
230 240 250 260
pF1KB5 SPLHPMS----------------------EIPRRSHHSI--SSQTFEHPLVNETEGSSRT
. . . : ::. .. ..: .: :. .. ..::.
XP_005 TNFSSHTNQSGGSELRQREGQRFGAAHVWENGARSNVTVRNTNQRLE-PIRLRSTSNSRS
260 270 280 290 300 310
270 280 290
pF1KB5 R----------HHVTLR-----QQISGPELLSRG---LFAASGTRNASQGAG--------
: .: . : :: . . :: .: . . .:..
XP_005 RSPIQRQSGTVYHNSQRESRPVQQTTRRSVRRRGRTRVFLEQDRERERRGTAYTPFSNSR
320 330 340 350 360 370
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 --SSDTAASGE----STGSGQRPPTIVLDLQVRRVRPGEYRQRDSIASRTRSRSQTPNNT
: :. :: :. . .: :::.:::::::.:::: :.:::::.::::: .::
XP_005 LVSRITVEEGEESSRSSTAVRRHPTITLDLQVRRIRPGENRDRDSIANRTRSRVGLAENT
380 390 400 410 420 430
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 VTYESERGGFRRTFSRSERAGVRTYVSTIRIPIRRILNTGLSETTSVAIQTMLRQIMTGF
:: ::. ::::::.:: ::.:.::::::: .:.::: .. : : .:::....::::::::
XP_005 VTIESNSGGFRRTISRLERSGIRTYVSTITVPLRRISENELVEPSSVALRSILRQIMTGF
440 450 460 470 480 490
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 GELSYFMYSDSDSEPTGSVSNRNMERAESRSGRGGSGGGSSSGSSSSSSSSSSSSSSSSS
:::: .: .::.:: .:: .. . : :. ..... :.
XP_005 GELSSLMEADSESE-----LQRNGQHLPDMH------------SELSNLGTDNNRSQHRE
500 510 520 530
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 SSSPSSSSGGESSETSSDLFEGSNEGSSSSGSSGARREGRH-RAPVTFDESGSLPFLSLA
.:: . .. :.:.: ..: :: .. .. : ::. : : .. :.:.::.: ::
XP_005 GSSQDRQAQGDSTE-----MHGENETTQPHTRNSDSRGGRQLRNPNNLVETGTLPILRLA
540 550 560 570 580
540 550 560 570 580
pF1KB5 QFFLLNE-DDDDQPRGLTKEQIDNLAMRSFGEN--DAL--KTCSVCITEYTEGNKLRKLP
.:::::: ::::. :::::::::::. : . .: :. : :::::..:. :::::.::
XP_005 HFFLLNESDDDDRIRGLTKEQIDNLSTRHYEHNSIDSELGKICSVCISDYVTGNKLRQLP
590 600 610 620 630 640
590 600 610 620
pF1KB5 CSHEYHVHCIDRWLSENSTCPICRRAVLASGNRESVV
: ::.:.:::::::::: ::::::. ::.:
XP_005 CMHEFHIHCIDRWLSENCTCPICRQPVLGSNIANNG
650 660 670 680
>>XP_011533479 (OMIM: 133239,604242) PREDICTED: E3 ubiqu (685 aa)
initn: 1280 init1: 482 opt: 544 Z-score: 324.9 bits: 70.4 E(85289): 2.3e-11
Smith-Waterman score: 1333; 41.7% identity (63.2% similar) in 660 aa overlap (39-617:47-679)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 KGSGDQSAAQRRSQMDRLDREEAFYQFVNNLSEEDYRLMRDNNLLGTPGESTEEELLRRL
:..::::::::.:::::::: : ::: .::
XP_011 PQDHNHHENERRWQQERLHREEAYYQFINELNDEDYRLMRDHNLLGTPGEITSEELQQRL
20 30 40 50 60 70
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 QQIKEG----PPPQNSDENRGGDSSDDVSNGDSIIDWLNSVRQTGNTTRSGQRGNQSWRA
. .:: : ... . : .. . :. ::...:::. :.:::.::::: :::.:::
XP_011 DGVKEQLASQPDLRDGTNYRDSEVPRESSHEDSLLEWLNTFRRTGNATRSGQNGNQTWRA
80 90 100 110 120 130
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 VSRTNPNSGDFRFSLEINVNRNNGSQNSENENEPSARRSSGENVENNSQRQVENPRSEST
:::::::.:.:::::::.::..: . . ..:. . :.. : .....:: :: :
XP_011 VSRTNPNNGEFRFSLEIHVNHENRGFEIHGEDYTDIPLSDS-NRDHTANRQ---QRSTSP
140 150 160 170 180 190
190 200 210 220
pF1KB5 SARPSRSER--NSTEALTEVPPTR----GQRRARSRSPDHRRTRA---------RAERSR
:: .::. : . . ...: :: :: :.. : : ::. ::
XP_011 VARRTRSQTSVNFNGSSSNIPRTRLASRGQNPAEGSFSTLGRLRNGIGGAAGIPRANASR
200 210 220 230 240 250
230 240 250 260
pF1KB5 SPLHPMS----------------------EIPRRSHHSI--SSQTFEHPLVNETEGSSRT
. . . : ::. .. ..: .: :. .. ..::.
XP_011 TNFSSHTNQSGGSELRQREGQRFGAAHVWENGARSNVTVRNTNQRLE-PIRLRSTSNSRS
260 270 280 290 300 310
270 280 290
pF1KB5 R----------HHVTLR-----QQISGPELLSRG---LFAASGTRNASQGAG--------
: .: . : :: . . :: .: . . .:..
XP_011 RSPIQRQSGTVYHNSQRESRPVQQTTRRSVRRRGRTRVFLEQDRERERRGTAYTPFSNSR
320 330 340 350 360 370
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 --SSDTAASGE----STGSGQRPPTIVLDLQVRRVRPGEYRQRDSIASRTRSRSQTPNNT
: :. :: :. . .: :::.:::::::.:::: :.:::::.::::: .::
XP_011 LVSRITVEEGEESSRSSTAVRRHPTITLDLQVRRIRPGENRDRDSIANRTRSRVGLAENT
380 390 400 410 420 430
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 VTYESERGGFRRTFSRSERAGVRTYVSTIRIPIRRILNTGLSETTSVAIQTMLRQIMTGF
:: ::. ::::::.:: ::.:.::::::: .:.::: .. : : .:::....::::::::
XP_011 VTIESNSGGFRRTISRLERSGIRTYVSTITVPLRRISENELVEPSSVALRSILRQIMTGF
440 450 460 470 480 490
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 GELSYFMYSDSDSEPTGSVSNRNMERAESRSGRGGSGGGSSSGSSSSSSSSSSSSSSSSS
:::: .: .::.:: .:: .. . : :. ..... :.
XP_011 GELSSLMEADSESE-----LQRNGQHLPDMH------------SELSNLGTDNNRSQHRE
500 510 520 530
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 SSSPSSSSGGESSETSSDLFEGSNEGSSSSGSSGARREGRH-RAPVTFDESGSLPFLSLA
.:: . .. :.:.: ..: :: .. .. : ::. : : .. :.:.::.: ::
XP_011 GSSQDRQAQGDSTE-----MHGENETTQPHTRNSDSRGGRQLRNPNNLVETGTLPILRLA
540 550 560 570 580
540 550 560 570 580
pF1KB5 QFFLLNE-DDDDQPRGLTKEQIDNLAMRSFGEN--DAL--KTCSVCITEYTEGNKLRKLP
.:::::: ::::. :::::::::::. : . .: :. : :::::..:. :::::.::
XP_011 HFFLLNESDDDDRIRGLTKEQIDNLSTRHYEHNSIDSELGKICSVCISDYVTGNKLRQLP
590 600 610 620 630 640
590 600 610 620
pF1KB5 CSHEYHVHCIDRWLSENSTCPICRRAVLASGNRESVV
: ::.:.:::::::::: ::::::. ::.:
XP_011 CMHEFHIHCIDRWLSENCTCPICRQPVLGSNIANNG
650 660 670 680
>>NP_005968 (OMIM: 133239,604242) E3 ubiquitin-protein l (685 aa)
initn: 1280 init1: 482 opt: 544 Z-score: 324.9 bits: 70.4 E(85289): 2.3e-11
Smith-Waterman score: 1333; 41.7% identity (63.2% similar) in 660 aa overlap (39-617:47-679)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 KGSGDQSAAQRRSQMDRLDREEAFYQFVNNLSEEDYRLMRDNNLLGTPGESTEEELLRRL
:..::::::::.:::::::: : ::: .::
NP_005 PQDHNHHENERRWQQERLHREEAYYQFINELNDEDYRLMRDHNLLGTPGEITSEELQQRL
20 30 40 50 60 70
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 QQIKEG----PPPQNSDENRGGDSSDDVSNGDSIIDWLNSVRQTGNTTRSGQRGNQSWRA
. .:: : ... . : .. . :. ::...:::. :.:::.::::: :::.:::
NP_005 DGVKEQLASQPDLRDGTNYRDSEVPRESSHEDSLLEWLNTFRRTGNATRSGQNGNQTWRA
80 90 100 110 120 130
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 VSRTNPNSGDFRFSLEINVNRNNGSQNSENENEPSARRSSGENVENNSQRQVENPRSEST
:::::::.:.:::::::.::..: . . ..:. . :.. : .....:: :: :
NP_005 VSRTNPNNGEFRFSLEIHVNHENRGFEIHGEDYTDIPLSDS-NRDHTANRQ---QRSTSP
140 150 160 170 180 190
190 200 210 220
pF1KB5 SARPSRSER--NSTEALTEVPPTR----GQRRARSRSPDHRRTRA---------RAERSR
:: .::. : . . ...: :: :: :.. : : ::. ::
NP_005 VARRTRSQTSVNFNGSSSNIPRTRLASRGQNPAEGSFSTLGRLRNGIGGAAGIPRANASR
200 210 220 230 240 250
230 240 250 260
pF1KB5 SPLHPMS----------------------EIPRRSHHSI--SSQTFEHPLVNETEGSSRT
. . . : ::. .. ..: .: :. .. ..::.
NP_005 TNFSSHTNQSGGSELRQREGQRFGAAHVWENGARSNVTVRNTNQRLE-PIRLRSTSNSRS
260 270 280 290 300 310
270 280 290
pF1KB5 R----------HHVTLR-----QQISGPELLSRG---LFAASGTRNASQGAG--------
: .: . : :: . . :: .: . . .:..
NP_005 RSPIQRQSGTVYHNSQRESRPVQQTTRRSVRRRGRTRVFLEQDRERERRGTAYTPFSNSR
320 330 340 350 360 370
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 --SSDTAASGE----STGSGQRPPTIVLDLQVRRVRPGEYRQRDSIASRTRSRSQTPNNT
: :. :: :. . .: :::.:::::::.:::: :.:::::.::::: .::
NP_005 LVSRITVEEGEESSRSSTAVRRHPTITLDLQVRRIRPGENRDRDSIANRTRSRVGLAENT
380 390 400 410 420 430
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 VTYESERGGFRRTFSRSERAGVRTYVSTIRIPIRRILNTGLSETTSVAIQTMLRQIMTGF
:: ::. ::::::.:: ::.:.::::::: .:.::: .. : : .:::....::::::::
NP_005 VTIESNSGGFRRTISRLERSGIRTYVSTITVPLRRISENELVEPSSVALRSILRQIMTGF
440 450 460 470 480 490
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 GELSYFMYSDSDSEPTGSVSNRNMERAESRSGRGGSGGGSSSGSSSSSSSSSSSSSSSSS
:::: .: .::.:: .:: .. . : :. ..... :.
NP_005 GELSSLMEADSESE-----LQRNGQHLPDMH------------SELSNLGTDNNRSQHRE
500 510 520 530
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 SSSPSSSSGGESSETSSDLFEGSNEGSSSSGSSGARREGRH-RAPVTFDESGSLPFLSLA
.:: . .. :.:.: ..: :: .. .. : ::. : : .. :.:.::.: ::
NP_005 GSSQDRQAQGDSTE-----MHGENETTQPHTRNSDSRGGRQLRNPNNLVETGTLPILRLA
540 550 560 570 580
540 550 560 570 580
pF1KB5 QFFLLNE-DDDDQPRGLTKEQIDNLAMRSFGEN--DAL--KTCSVCITEYTEGNKLRKLP
.:::::: ::::. :::::::::::. : . .: :. : :::::..:. :::::.::
NP_005 HFFLLNESDDDDRIRGLTKEQIDNLSTRHYEHNSIDSELGKICSVCISDYVTGNKLRQLP
590 600 610 620 630 640
590 600 610 620
pF1KB5 CSHEYHVHCIDRWLSENSTCPICRRAVLASGNRESVV
: ::.:.:::::::::: ::::::. ::.:
NP_005 CMHEFHIHCIDRWLSENCTCPICRQPVLGSNIANNG
650 660 670 680
>>NP_898865 (OMIM: 133239,604242) E3 ubiquitin-protein l (685 aa)
initn: 1280 init1: 482 opt: 544 Z-score: 324.9 bits: 70.4 E(85289): 2.3e-11
Smith-Waterman score: 1333; 41.7% identity (63.2% similar) in 660 aa overlap (39-617:47-679)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 KGSGDQSAAQRRSQMDRLDREEAFYQFVNNLSEEDYRLMRDNNLLGTPGESTEEELLRRL
:..::::::::.:::::::: : ::: .::
NP_898 PQDHNHHENERRWQQERLHREEAYYQFINELNDEDYRLMRDHNLLGTPGEITSEELQQRL
20 30 40 50 60 70
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 QQIKEG----PPPQNSDENRGGDSSDDVSNGDSIIDWLNSVRQTGNTTRSGQRGNQSWRA
. .:: : ... . : .. . :. ::...:::. :.:::.::::: :::.:::
NP_898 DGVKEQLASQPDLRDGTNYRDSEVPRESSHEDSLLEWLNTFRRTGNATRSGQNGNQTWRA
80 90 100 110 120 130
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 VSRTNPNSGDFRFSLEINVNRNNGSQNSENENEPSARRSSGENVENNSQRQVENPRSEST
:::::::.:.:::::::.::..: . . ..:. . :.. : .....:: :: :
NP_898 VSRTNPNNGEFRFSLEIHVNHENRGFEIHGEDYTDIPLSDS-NRDHTANRQ---QRSTSP
140 150 160 170 180 190
190 200 210 220
pF1KB5 SARPSRSER--NSTEALTEVPPTR----GQRRARSRSPDHRRTRA---------RAERSR
:: .::. : . . ...: :: :: :.. : : ::. ::
NP_898 VARRTRSQTSVNFNGSSSNIPRTRLASRGQNPAEGSFSTLGRLRNGIGGAAGIPRANASR
200 210 220 230 240 250
230 240 250 260
pF1KB5 SPLHPMS----------------------EIPRRSHHSI--SSQTFEHPLVNETEGSSRT
. . . : ::. .. ..: .: :. .. ..::.
NP_898 TNFSSHTNQSGGSELRQREGQRFGAAHVWENGARSNVTVRNTNQRLE-PIRLRSTSNSRS
260 270 280 290 300 310
270 280 290
pF1KB5 R----------HHVTLR-----QQISGPELLSRG---LFAASGTRNASQGAG--------
: .: . : :: . . :: .: . . .:..
NP_898 RSPIQRQSGTVYHNSQRESRPVQQTTRRSVRRRGRTRVFLEQDRERERRGTAYTPFSNSR
320 330 340 350 360 370
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 --SSDTAASGE----STGSGQRPPTIVLDLQVRRVRPGEYRQRDSIASRTRSRSQTPNNT
: :. :: :. . .: :::.:::::::.:::: :.:::::.::::: .::
NP_898 LVSRITVEEGEESSRSSTAVRRHPTITLDLQVRRIRPGENRDRDSIANRTRSRVGLAENT
380 390 400 410 420 430
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 VTYESERGGFRRTFSRSERAGVRTYVSTIRIPIRRILNTGLSETTSVAIQTMLRQIMTGF
:: ::. ::::::.:: ::.:.::::::: .:.::: .. : : .:::....::::::::
NP_898 VTIESNSGGFRRTISRLERSGIRTYVSTITVPLRRISENELVEPSSVALRSILRQIMTGF
440 450 460 470 480 490
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 GELSYFMYSDSDSEPTGSVSNRNMERAESRSGRGGSGGGSSSGSSSSSSSSSSSSSSSSS
:::: .: .::.:: .:: .. . : :. ..... :.
NP_898 GELSSLMEADSESE-----LQRNGQHLPDMH------------SELSNLGTDNNRSQHRE
500 510 520 530
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 SSSPSSSSGGESSETSSDLFEGSNEGSSSSGSSGARREGRH-RAPVTFDESGSLPFLSLA
.:: . .. :.:.: ..: :: .. .. : ::. : : .. :.:.::.: ::
NP_898 GSSQDRQAQGDSTE-----MHGENETTQPHTRNSDSRGGRQLRNPNNLVETGTLPILRLA
540 550 560 570 580
540 550 560 570 580
pF1KB5 QFFLLNE-DDDDQPRGLTKEQIDNLAMRSFGEN--DAL--KTCSVCITEYTEGNKLRKLP
.:::::: ::::. :::::::::::. : . .: :. : :::::..:. :::::.::
NP_898 HFFLLNESDDDDRIRGLTKEQIDNLSTRHYEHNSIDSELGKICSVCISDYVTGNKLRQLP
590 600 610 620 630 640
590 600 610 620
pF1KB5 CSHEYHVHCIDRWLSENSTCPICRRAVLASGNRESVV
: ::.:.:::::::::: ::::::. ::.:
NP_898 CMHEFHIHCIDRWLSENCTCPICRQPVLGSNIANNG
650 660 670 680
>>NP_898864 (OMIM: 133239,604242) E3 ubiquitin-protein l (685 aa)
initn: 1280 init1: 482 opt: 544 Z-score: 324.9 bits: 70.4 E(85289): 2.3e-11
Smith-Waterman score: 1333; 41.7% identity (63.2% similar) in 660 aa overlap (39-617:47-679)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 KGSGDQSAAQRRSQMDRLDREEAFYQFVNNLSEEDYRLMRDNNLLGTPGESTEEELLRRL
:..::::::::.:::::::: : ::: .::
NP_898 PQDHNHHENERRWQQERLHREEAYYQFINELNDEDYRLMRDHNLLGTPGEITSEELQQRL
20 30 40 50 60 70
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 QQIKEG----PPPQNSDENRGGDSSDDVSNGDSIIDWLNSVRQTGNTTRSGQRGNQSWRA
. .:: : ... . : .. . :. ::...:::. :.:::.::::: :::.:::
NP_898 DGVKEQLASQPDLRDGTNYRDSEVPRESSHEDSLLEWLNTFRRTGNATRSGQNGNQTWRA
80 90 100 110 120 130
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 VSRTNPNSGDFRFSLEINVNRNNGSQNSENENEPSARRSSGENVENNSQRQVENPRSEST
:::::::.:.:::::::.::..: . . ..:. . :.. : .....:: :: :
NP_898 VSRTNPNNGEFRFSLEIHVNHENRGFEIHGEDYTDIPLSDS-NRDHTANRQ---QRSTSP
140 150 160 170 180 190
190 200 210 220
pF1KB5 SARPSRSER--NSTEALTEVPPTR----GQRRARSRSPDHRRTRA---------RAERSR
:: .::. : . . ...: :: :: :.. : : ::. ::
NP_898 VARRTRSQTSVNFNGSSSNIPRTRLASRGQNPAEGSFSTLGRLRNGIGGAAGIPRANASR
200 210 220 230 240 250
230 240 250 260
pF1KB5 SPLHPMS----------------------EIPRRSHHSI--SSQTFEHPLVNETEGSSRT
. . . : ::. .. ..: .: :. .. ..::.
NP_898 TNFSSHTNQSGGSELRQREGQRFGAAHVWENGARSNVTVRNTNQRLE-PIRLRSTSNSRS
260 270 280 290 300 310
270 280 290
pF1KB5 R----------HHVTLR-----QQISGPELLSRG---LFAASGTRNASQGAG--------
: .: . : :: . . :: .: . . .:..
NP_898 RSPIQRQSGTVYHNSQRESRPVQQTTRRSVRRRGRTRVFLEQDRERERRGTAYTPFSNSR
320 330 340 350 360 370
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 --SSDTAASGE----STGSGQRPPTIVLDLQVRRVRPGEYRQRDSIASRTRSRSQTPNNT
: :. :: :. . .: :::.:::::::.:::: :.:::::.::::: .::
NP_898 LVSRITVEEGEESSRSSTAVRRHPTITLDLQVRRIRPGENRDRDSIANRTRSRVGLAENT
380 390 400 410 420 430
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 VTYESERGGFRRTFSRSERAGVRTYVSTIRIPIRRILNTGLSETTSVAIQTMLRQIMTGF
:: ::. ::::::.:: ::.:.::::::: .:.::: .. : : .:::....::::::::
NP_898 VTIESNSGGFRRTISRLERSGIRTYVSTITVPLRRISENELVEPSSVALRSILRQIMTGF
440 450 460 470 480 490
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 GELSYFMYSDSDSEPTGSVSNRNMERAESRSGRGGSGGGSSSGSSSSSSSSSSSSSSSSS
:::: .: .::.:: .:: .. . : :. ..... :.
NP_898 GELSSLMEADSESE-----LQRNGQHLPDMH------------SELSNLGTDNNRSQHRE
500 510 520 530
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 SSSPSSSSGGESSETSSDLFEGSNEGSSSSGSSGARREGRH-RAPVTFDESGSLPFLSLA
.:: . .. :.:.: ..: :: .. .. : ::. : : .. :.:.::.: ::
NP_898 GSSQDRQAQGDSTE-----MHGENETTQPHTRNSDSRGGRQLRNPNNLVETGTLPILRLA
540 550 560 570 580
540 550 560 570 580
pF1KB5 QFFLLNE-DDDDQPRGLTKEQIDNLAMRSFGEN--DAL--KTCSVCITEYTEGNKLRKLP
.:::::: ::::. :::::::::::. : . .: :. : :::::..:. :::::.::
NP_898 HFFLLNESDDDDRIRGLTKEQIDNLSTRHYEHNSIDSELGKICSVCISDYVTGNKLRQLP
590 600 610 620 630 640
590 600 610 620
pF1KB5 CSHEYHVHCIDRWLSENSTCPICRRAVLASGNRESVV
: ::.:.:::::::::: ::::::. ::.:
NP_898 CMHEFHIHCIDRWLSENCTCPICRQPVLGSNIANNG
650 660 670 680
>>XP_016876174 (OMIM: 133239,604242) PREDICTED: E3 ubiqu (176 aa)
initn: 415 init1: 269 opt: 429 Z-score: 268.7 bits: 58.0 E(85289): 3.2e-08
Smith-Waterman score: 429; 42.0% identity (69.3% similar) in 176 aa overlap (1-162:1-176)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MENSDSNDKGSGDQSAAQ--------RRSQMDRLDREEAFYQFVNNLSEEDYRLMRDNNL
:..: : . :..... : :: :..:: ::::.:::.:.:..::::::::.::
XP_016 MNQSRSRSDGGSEETLPQDHNHHENERRWQQERLHREEAYYQFINELNDEDYRLMRDHNL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100
pF1KB5 LGTPGESTEEELLRRLQQIKEG----PPPQNSDENRGGDSSDDVSNGDSIIDWLNSVRQT
:::::: : ::: .::. .:: : ... . : .. . :. ::...:::. :.:
XP_016 LGTPGEITSEELQQRLDGVKEQLASQPDLRDGTNYRDSEVPRESSHEDSLLEWLNTFRRT
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 GNTTRSGQRGNQSWRAVSRTNPNSGDFRFSLEIN--VNRNNGSQNSENENEPSARRSSGE
::.::::: :::.:::. : . :.. .: .. .:. . .:..:: :.
XP_016 GNATRSGQNGNQTWRAACVKNNSRRRRRIQQILNCCTTTSNNHTGPSSEKDPSWRK
130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 NVENNSQRQVENPRSESTSARPSRSERNSTEALTEVPPTRGQRRARSRSPDHRRTRARAE
>>XP_016876176 (OMIM: 133239,604242) PREDICTED: E3 ubiqu (176 aa)
initn: 415 init1: 269 opt: 429 Z-score: 268.7 bits: 58.0 E(85289): 3.2e-08
Smith-Waterman score: 429; 42.0% identity (69.3% similar) in 176 aa overlap (1-162:1-176)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MENSDSNDKGSGDQSAAQ--------RRSQMDRLDREEAFYQFVNNLSEEDYRLMRDNNL
:..: : . :..... : :: :..:: ::::.:::.:.:..::::::::.::
XP_016 MNQSRSRSDGGSEETLPQDHNHHENERRWQQERLHREEAYYQFINELNDEDYRLMRDHNL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100
pF1KB5 LGTPGESTEEELLRRLQQIKEG----PPPQNSDENRGGDSSDDVSNGDSIIDWLNSVRQT
:::::: : ::: .::. .:: : ... . : .. . :. ::...:::. :.:
XP_016 LGTPGEITSEELQQRLDGVKEQLASQPDLRDGTNYRDSEVPRESSHEDSLLEWLNTFRRT
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 GNTTRSGQRGNQSWRAVSRTNPNSGDFRFSLEIN--VNRNNGSQNSENENEPSARRSSGE
::.::::: :::.:::. : . :.. .: .. .:. . .:..:: :.
XP_016 GNATRSGQNGNQTWRAACVKNNSRRRRRIQQILNCCTTTSNNHTGPSSEKDPSWRK
130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 NVENNSQRQVENPRSESTSARPSRSERNSTEALTEVPPTRGQRRARSRSPDHRRTRARAE
624 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 21:38:00 2016 done: Sat Nov 5 21:38:01 2016
Total Scan time: 8.500 Total Display time: 0.080
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]