Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5569
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5569, 469 aa
1>>>pF1KB5569 469 - 469 aa - 469 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5252+/-0.000872; mu= 16.8218+/- 0.053
mean_var=71.4271+/-14.457, 0's: 0 Z-trim(107.0): 36 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.151755
statistics sampled from 9258 (9293) to 9258 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.657), E-opt: 0.2 (0.285), width: 16
Scan time: 2.570
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8322.1 MMP1 gene_id:4312|Hs108|chr11 ( 469) 3270 725.2 3.6e-209
CCDS8320.1 MMP8 gene_id:4317|Hs108|chr11 ( 467) 1909 427.2 1.8e-119
CCDS73375.1 MMP12 gene_id:4321|Hs108|chr11 ( 470) 1567 352.3 6.2e-97
CCDS8324.1 MMP13 gene_id:4322|Hs108|chr11 ( 471) 1556 349.9 3.3e-96
CCDS8319.1 MMP27 gene_id:64066|Hs108|chr11 ( 513) 1555 349.7 4.1e-96
CCDS8323.1 MMP3 gene_id:4314|Hs108|chr11 ( 477) 1034 235.6 8.4e-62
CCDS8321.1 MMP10 gene_id:4319|Hs108|chr11 ( 476) 967 221.0 2.2e-57
CCDS8318.1 MMP20 gene_id:9313|Hs108|chr11 ( 483) 902 206.8 4.3e-53
CCDS8317.1 MMP7 gene_id:4316|Hs108|chr11 ( 267) 801 184.5 1.2e-46
CCDS10792.1 MMP15 gene_id:4324|Hs108|chr16 ( 669) 652 152.1 1.7e-36
CCDS46593.1 MMP24 gene_id:10893|Hs108|chr20 ( 645) 604 141.6 2.4e-33
CCDS10752.1 MMP2 gene_id:4313|Hs108|chr16 ( 660) 594 139.4 1.1e-32
CCDS8895.1 MMP19 gene_id:4327|Hs108|chr12 ( 508) 589 138.2 1.9e-32
CCDS7752.1 MMP26 gene_id:56547|Hs108|chr11 ( 261) 585 137.2 2e-32
CCDS45487.1 MMP2 gene_id:4313|Hs108|chr16 ( 610) 583 137.0 5.5e-32
CCDS13390.1 MMP9 gene_id:4318|Hs108|chr20 ( 707) 580 136.3 9.8e-32
CCDS76869.1 MMP2 gene_id:4313|Hs108|chr16 ( 584) 569 133.9 4.4e-31
CCDS13816.1 MMP11 gene_id:4320|Hs108|chr22 ( 488) 568 133.6 4.4e-31
CCDS6246.1 MMP16 gene_id:4325|Hs108|chr8 ( 607) 558 131.5 2.4e-30
CCDS31927.1 MMP17 gene_id:4326|Hs108|chr12 ( 603) 519 123.0 9e-28
CCDS76996.1 MMP28 gene_id:79148|Hs108|chr17 ( 393) 490 116.5 5.1e-26
CCDS74036.1 MMP28 gene_id:79148|Hs108|chr17 ( 520) 490 116.6 6.4e-26
CCDS9577.1 MMP14 gene_id:4323|Hs108|chr14 ( 582) 487 115.9 1.1e-25
CCDS7647.1 MMP21 gene_id:118856|Hs108|chr10 ( 569) 349 85.7 1.4e-16
CCDS10492.1 MMP25 gene_id:64386|Hs108|chr16 ( 562) 312 77.6 3.7e-14
CCDS61146.1 MMP19 gene_id:4327|Hs108|chr12 ( 305) 302 75.3 1e-13
>>CCDS8322.1 MMP1 gene_id:4312|Hs108|chr11 (469 aa)
initn: 3270 init1: 3270 opt: 3270 Z-score: 3868.8 bits: 725.2 E(32554): 3.6e-209
Smith-Waterman score: 3270; 100.0% identity (100.0% similar) in 469 aa overlap (1-469:1-469)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MHSFPPLLLLLFWGVVSHSFPATLETQEQDVDLVQKYLEKYYNLKNDGRQVEKRRNSGPV
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CCDS83 MHSFPPLLLLLFWGVVSHSFPATLETQEQDVDLVQKYLEKYYNLKNDGRQVEKRRNSGPV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 VEKLKQMQEFFGLKVTGKPDAETLKVMKQPRCGVPDVAQFVLTEGNPRWEQTHLTYRIEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 VEKLKQMQEFFGLKVTGKPDAETLKVMKQPRCGVPDVAQFVLTEGNPRWEQTHLTYRIEN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 YTPDLPRADVDHAIEKAFQLWSNVTPLTFTKVSEGQADIMISFVRGDHRDNSPFDGPGGN
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CCDS83 YTPDLPRADVDHAIEKAFQLWSNVTPLTFTKVSEGQADIMISFVRGDHRDNSPFDGPGGN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 LAHAFQPGPGIGGDAHFDEDERWTNNFREYNLHRVAAHELGHSLGLSHSTDIGALMYPSY
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CCDS83 LAHAFQPGPGIGGDAHFDEDERWTNNFREYNLHRVAAHELGHSLGLSHSTDIGALMYPSY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 TFSGDVQLAQDDIDGIQAIYGRSQNPVQPIGPQTPKACDSKLTFDAITTIRGEVMFFKDR
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CCDS83 TFSGDVQLAQDDIDGIQAIYGRSQNPVQPIGPQTPKACDSKLTFDAITTIRGEVMFFKDR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 FYMRTNPFYPEVELNFISVFWPQLPNGLEAAYEFADRDEVRFFKGNKYWAVQGQNVLHGY
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CCDS83 FYMRTNPFYPEVELNFISVFWPQLPNGLEAAYEFADRDEVRFFKGNKYWAVQGQNVLHGY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 PKDIYSSFGFPRTVKHIDAALSEENTGKTYFFVANKYWRYDEYKRSMDPGYPKMIAHDFP
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CCDS83 PKDIYSSFGFPRTVKHIDAALSEENTGKTYFFVANKYWRYDEYKRSMDPGYPKMIAHDFP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KB5 GIGHKVDAVFMKDGFFYFFHGTRQYKFDPKTKRILTLQKANSWFNCRKN
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CCDS83 GIGHKVDAVFMKDGFFYFFHGTRQYKFDPKTKRILTLQKANSWFNCRKN
430 440 450 460
>>CCDS8320.1 MMP8 gene_id:4317|Hs108|chr11 (467 aa)
initn: 1318 init1: 948 opt: 1909 Z-score: 2258.5 bits: 427.2 E(32554): 1.8e-119
Smith-Waterman score: 1909; 58.0% identity (82.3% similar) in 464 aa overlap (6-467:8-465)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MHSFPPLLLLLFWGVVSHSFPATLETQEQDVDLVQKYLEKYYNLKNDGRQVEKRRNSG
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CCDS83 MFSLKTLPFLLLLHVQI-SKAFPVS--SKEKNTKTVQDYLEKFYQLPSNQYQSTRKNGTN
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 PVVEKLKQMQEFFGLKVTGKPDAETLKVMKQPRCGVPDVAQFVLTEGNPRWEQTHLTYRI
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CCDS83 VIVEKLKEMQRFFGLNVTGKPNEETLDMMKKPRCGVPDSGGFMLTPGNPKWERTNLTYRI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 ENYTPDLPRADVDHAIEKAFQLWSNVTPLTFTKVSEGQADIMISFVRGDHRDNSPFDGPG
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CCDS83 RNYTPQLSEAEVERAIKDAFELWSVASPLIFTRISQGEADINIAFYQRDHGDNSPFDGPN
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 GNLAHAFQPGPGIGGDAHFDEDERWTNNFREYNLHRVAAHELGHSLGLSHSTDIGALMYP
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CCDS83 GILAHAFQPGQGIGGDAHFDAEETWTNTSANYNLFLVAAHEFGHSLGLAHSSDPGALMYP
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 SYTF--SGDVQLAQDDIDGIQAIYGRSQNPVQPIGPQTPKACDSKLTFDAITTIRGEVMF
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CCDS83 NYAFRETSNYSLPQDDIDGIQAIYGLSSNPIQPTGPSTPKPCDPSLTFDAITTLRGEILF
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 FKDRFYMRTNPFYPEVELNFISVFWPQLPNGLEAAYEFADRDEVRFFKGNKYWAVQGQNV
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CCDS83 FKDRYFWRRHPQLQRVEMNFISLFWPSLPTGIQAAYEDFDRDLIFLFKGNQYWALSGYDI
300 310 320 330 340 350
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pF1KB5 LHGYPKDIYSSFGFPRTVKHIDAALSEENTGKTYFFVANKYWRYDEYKRSMDPGYPKMIA
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CCDS83 LQGYPKDI-SNYGFPSSVQAIDAAVFYRS--KTYFFVNDQFWRYDNQRQFMEPGYPKSIS
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460
pF1KB5 HDFPGIGHKVDAVFMKDGFFYFFHGTRQYKFDPKTKRILTLQKANSWFNCRKN
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CCDS83 GAFPGIESKVDAVFQQEHFFHVFSGPRYYAFDLIAQRVTRVARGNKWLNCRYG
420 430 440 450 460
>>CCDS73375.1 MMP12 gene_id:4321|Hs108|chr11 (470 aa)
initn: 1389 init1: 738 opt: 1567 Z-score: 1853.8 bits: 352.3 E(32554): 6.2e-97
Smith-Waterman score: 1567; 49.3% identity (75.7% similar) in 469 aa overlap (7-466:4-470)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MHSFPPLLLLLFWGVVSHSFP--ATLETQEQDVDLVQKYLEKYYNLKNDGRQVEKRRNSG
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CCDS73 MKFLLILLLQATASGALPLNSSTSLEKNNVLFGERYLEKFYGLEINKLPVTKMKYSG
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 PVV-EKLKQMQEFFGLKVTGKPDAETLKVMKQPRCGVPDVAQFVLTEGNPRWEQTHLTYR
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CCDS73 NLMKEKIQEMQHFLGLKVTGQLDTSTLEMMHAPRCGVPDVHHFREMPGGPVWRKHYITYR
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 IENYTPDLPRADVDHAIEKAFQLWSNVTPLTFTKVSEGQADIMISFVRGDHRDNSPFDGP
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CCDS73 INNYTPDMNREDVDYAIRKAFQVWSNVTPLKFSKINTGMADILVVFARGAHGDFHAFDGK
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180 190 200 210 220 230
pF1KB5 GGNLAHAFQPGPGIGGDAHFDEDERWTNNFREYNLHRVAAHELGHSLGLSHSTDIGALMY
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CCDS73 GGILAHAFGPGSGIGGDAHFDEDEFWTTHSGGTNLFLTAVHEIGHSLGLGHSSDPKAVMF
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240 250 260 270 280 290
pF1KB5 PSYTFSGDV---QLAQDDIDGIQAIYGRSQNPVQPIGPQT--PKACDSKLTFDAITTIRG
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CCDS73 PTYKYV-DINTFRLSADDIRGIQSLYGDPKENQRLPNPDNSEPALCDPNLSFDAVTTVGN
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 EVMFFKDRFYMRTNPFYPEVELNFISVFWPQLPNGLEAAYEFADRDEVRFFKGNKYWAVQ
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CCDS73 KIFFFKDRFFWLKVSERPKTSVNLISSLWPTLPSGIEAAYEIEARNQVFLFKDDKYWLIS
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pF1KB5 GQNVLHGYPKDIYSSFGFPRTVKHIDAALSEENTGKTYFFVANKYWRYDEYKRSMDPGYP
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CCDS73 NLRPEPNYPKSIHS-FGFPNFVKKIDAAVFNPRFYRTYFFVDNQYWRYDERRQMMDPGYP
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pF1KB5 KMIAHDFPGIGHKVDAVFM-KDGFFYFFHGTRQYKFDPKTKRILTLQKANSWFNCRKN
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CCDS73 KLITKNFQGIGPKIDAVFYSKNKYYYFFQGSNQFEYDFLLQRITKTLKSNSWFGC
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>>CCDS8324.1 MMP13 gene_id:4322|Hs108|chr11 (471 aa)
initn: 1493 init1: 763 opt: 1556 Z-score: 1840.7 bits: 349.9 E(32554): 3.3e-96
Smith-Waterman score: 1556; 49.8% identity (78.8% similar) in 444 aa overlap (25-466:30-471)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MHSFPPLLLLLFWGVVSHSFPATLETQEQDVDLVQKYLEKYYNLKNDGRQVEKRR
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CCDS83 MHPGVLAAFLFLSWTHCRALPLPSGGDEDDLSEEDLQFAERYLRSYYHPTNLA-GILKEN
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pF1KB5 NSGPVVEKLKQMQEFFGLKVTGKPDAETLKVMKQPRCGVPDVAQFVLTEGNPRWEQTHLT
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CCDS83 AASSMTERLREMQSFFGLEVTGKLDDNTLDVMKKPRCGVPDVGEYNVFPRTLKWSKMNLT
60 70 80 90 100 110
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pF1KB5 YRIENYTPDLPRADVDHAIEKAFQLWSNVTPLTFTKVSEGQADIMISFVRGDHRDNSPFD
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CCDS83 YRIVNYTPDMTHSEVEKAFKKAFKVWSDVTPLNFTRLHDGIADIMISFGIKEHGDFYPFD
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pF1KB5 GPGGNLAHAFQPGPGIGGDAHFDEDERWTNNFREYNLHRVAAHELGHSLGLSHSTDIGAL
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CCDS83 GPSGLLAHAFPPGPNYGGDAHFDDDETWTSSSKGYNLFLVAAHEFGHSLGLDHSKDPGAL
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pF1KB5 MYPSYTFSGDVQ--LAQDDIDGIQAIYGRSQNPVQPIGPQTPKACDSKLTFDAITTIRGE
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CCDS83 MFPIYTYTGKSHFMLPDDDVQGIQSLYGPGDEDPNPKHPKTPDKCDPSLSLDAITSLRGE
240 250 260 270 280 290
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pF1KB5 VMFFKDRFYMRTNPFYPEVELNFISVFWPQLPNGLEAAYEFADRDEVRFFKGNKYWAVQG
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CCDS83 TMIFKDRFFWRLHPQQVDAELFLTKSFWPELPNRIDAAYEHPSHDLIFIFRGRKFWALNG
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pF1KB5 QNVLHGYPKDIYSSFGFPRTVKHIDAALSEENTGKTYFFVANKYWRYDEYKRSMDPGYPK
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CCDS83 YDILEGYPKKI-SELGLPKEVKKISAAVHFEDTGKTLLFSGNQVWRYDDTNHIMDKDYPR
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pF1KB5 MIAHDFPGIGHKVDAVFMKDGFFYFFHGTRQYKFDPKTKRILTLQKANSWFNCRKN
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CCDS83 LIEEDFPGIGDKVDAVYEKNGYIYFFNGPIQFEYSIWSNRIVRVMPANSILWC
420 430 440 450 460 470
>>CCDS8319.1 MMP27 gene_id:64066|Hs108|chr11 (513 aa)
initn: 1060 init1: 369 opt: 1555 Z-score: 1839.0 bits: 349.7 E(32554): 4.1e-96
Smith-Waterman score: 1555; 50.2% identity (76.5% similar) in 468 aa overlap (7-468:5-467)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MHSFPPLLLLLFWGVVSHSFPATLETQ-EQDVDLVQKYLEKYYNLKNDGRQVEKRRNSGP
:::.::. . : .:: . :. :....:.: ::...:.:. .: .. . .: .
CCDS83 MKRLLLLFLFFITFSSAFPLVRMTENEENMQLAQAYLNQFYSLEIEGNHLVQSKNRSL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 VVEKLKQMQEFFGLKVTGKPDAETLKVMKQPRCGVPDVAQFVLTEGNPRWEQTHLTYRIE
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CCDS83 IDDKIREMQAFFGLTVTGKLDSNTLEIMKTPRCGVPDVGQYGYTL--PGWRKYNLTYRII
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 NYTPDLPRADVDHAIEKAFQLWSNVTPLTFTKVSEGQADIMISF-VRGDHRDNSPFDGPG
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CCDS83 NYTPDMARAAVDEAIQEGLEVWSKVTPLKFTKISKGIADIMIAFRTRVHGRCPRYFDGPL
120 130 140 150 160 170
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pF1KB5 GNLAHAFQPGPGIGGDAHFDEDERWTNNFREYNLHRVAAHELGHSLGLSHSTDIGALMYP
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CCDS83 GVLGHAFPPGPGLGGDTHFDEDENWTKDGAGFNLFLVAAHEFGHALGLSHSNDQTALMFP
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 SYTFSGDVQ---LAQDDIDGIQAIYGR-SQNPVQPIGPQTPKACDSKLTFDAITTIRGEV
.:. : : . :.::::.:::.::: ..:..: : :.::: ::::::::.: ::
CCDS83 NYV-SLDPRKYPLSQDDINGIQSIYGGLPKEPAKPKEPTIPHACDPDLTFDAITTFRREV
240 250 260 270 280 290
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pF1KB5 MFFKDRFYMRTNPFYPEVELNFISVFWPQLPNGLEAAYEFADRDEVRFFKGNKYWAVQGQ
:::: : : .::...:. :::.:: :.:::: ::.. :: ...: ..:
CCDS83 MFFKGRHLWRIYYDITDVEFELIASFWPSLPADLQAAYE-NPRDKILVFKDENFWMIRGY
300 310 320 330 340 350
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pF1KB5 NVLHGYPKDIYSSFGFPRTVKHIDAALSEENTGKTYFFVANKYWRYDEYKRSMDPGYPKM
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CCDS83 AVLPDYPKSIHT-LGFPGRVKKIDAAVCDKTTRKTYFFVGIWCWRFDEMTQTMDKGFPQR
360 370 380 390 400 410
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480
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]