Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5571
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5571, 918 aa
1>>>pF1KB5571 918 - 918 aa - 918 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7211+/-0.00106; mu= 14.1987+/- 0.064
mean_var=99.6002+/-19.580, 0's: 0 Z-trim(105.7): 109 B-trim: 80 in 1/50
Lambda= 0.128512
statistics sampled from 8437 (8548) to 8437 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.624), E-opt: 0.2 (0.263), width: 16
Scan time: 4.310
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3971.1 IL6ST gene_id:3572|Hs108|chr5 ( 918) 6194 1159.7 0
CCDS54856.1 IL6ST gene_id:3572|Hs108|chr5 ( 857) 2913 551.4 2.7e-156
CCDS47209.1 IL6ST gene_id:3572|Hs108|chr5 ( 329) 2186 416.4 4.4e-116
CCDS56366.1 IL31RA gene_id:133396|Hs108|chr5 ( 662) 909 179.8 1.5e-44
CCDS56365.1 IL31RA gene_id:133396|Hs108|chr5 ( 681) 909 179.8 1.5e-44
CCDS75245.1 IL31RA gene_id:133396|Hs108|chr5 ( 745) 909 179.8 1.7e-44
CCDS3970.2 IL31RA gene_id:133396|Hs108|chr5 ( 764) 909 179.8 1.7e-44
CCDS56367.1 IL31RA gene_id:133396|Hs108|chr5 ( 622) 774 154.7 4.9e-37
CCDS75244.1 IL31RA gene_id:133396|Hs108|chr5 ( 582) 730 146.6 1.3e-34
CCDS412.1 CSF3R gene_id:1441|Hs108|chr1 ( 783) 701 141.2 7.1e-33
CCDS413.1 CSF3R gene_id:1441|Hs108|chr1 ( 836) 701 141.3 7.5e-33
CCDS414.1 CSF3R gene_id:1441|Hs108|chr1 ( 863) 678 137.0 1.5e-31
CCDS72805.1 IL12RB2 gene_id:3595|Hs108|chr1 ( 635) 587 120.1 1.4e-26
CCDS58006.1 IL12RB2 gene_id:3595|Hs108|chr1 ( 659) 587 120.1 1.4e-26
CCDS638.1 IL12RB2 gene_id:3595|Hs108|chr1 ( 862) 587 120.1 1.8e-26
CCDS3927.1 LIFR gene_id:3977|Hs108|chr5 (1097) 562 115.5 5.4e-25
CCDS58007.1 IL12RB2 gene_id:3595|Hs108|chr1 ( 776) 498 103.6 1.5e-21
CCDS32962.1 CRLF1 gene_id:9244|Hs108|chr19 ( 422) 453 95.1 2.9e-19
CCDS30740.1 LEPR gene_id:3953|Hs108|chr1 ( 896) 385 82.7 3.4e-15
CCDS55604.1 LEPR gene_id:3953|Hs108|chr1 ( 906) 385 82.7 3.5e-15
CCDS30741.1 LEPR gene_id:3953|Hs108|chr1 ( 958) 385 82.7 3.6e-15
CCDS631.1 LEPR gene_id:3953|Hs108|chr1 (1165) 385 82.7 4.3e-15
>>CCDS3971.1 IL6ST gene_id:3572|Hs108|chr5 (918 aa)
initn: 6194 init1: 6194 opt: 6194 Z-score: 6206.7 bits: 1159.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6194; 100.0% identity (100.0% similar) in 918 aa overlap (1-918:1-918)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MLTLQTWLVQALFIFLTTESTGELLDPCGYISPESPVVQLHSNFTAVCVLKEKCMDYFHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 MLTLQTWLVQALFIFLTTESTGELLDPCGYISPESPVVQLHSNFTAVCVLKEKCMDYFHV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 NANYIVWKTNHFTIPKEQYTIINRTASSVTFTDIASLNIQLTCNILTFGQLEQNVYGITI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 NANYIVWKTNHFTIPKEQYTIINRTASSVTFTDIASLNIQLTCNILTFGQLEQNVYGITI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 ISGLPPEKPKNLSCIVNEGKKMRCEWDGGRETHLETNFTLKSEWATHKFADCKAKRDTPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 ISGLPPEKPKNLSCIVNEGKKMRCEWDGGRETHLETNFTLKSEWATHKFADCKAKRDTPT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 SCTVDYSTVYFVNIEVWVEAENALGKVTSDHINFDPVYKVKPNPPHNLSVINSEELSSIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 SCTVDYSTVYFVNIEVWVEAENALGKVTSDHINFDPVYKVKPNPPHNLSVINSEELSSIL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 KLTWTNPSIKSVIILKYNIQYRTKDASTWSQIPPEDTASTRSSFTVQDLKPFTEYVFRIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 KLTWTNPSIKSVIILKYNIQYRTKDASTWSQIPPEDTASTRSSFTVQDLKPFTEYVFRIR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 CMKEDGKGYWSDWSEEASGITYEDRPSKAPSFWYKIDPSHTQGYRTVQLVWKTLPPFEAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 CMKEDGKGYWSDWSEEASGITYEDRPSKAPSFWYKIDPSHTQGYRTVQLVWKTLPPFEAN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 GKILDYEVTLTRWKSHLQNYTVNATKLTVNLTNDRYLATLTVRNLVGKSDAAVLTIPACD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 GKILDYEVTLTRWKSHLQNYTVNATKLTVNLTNDRYLATLTVRNLVGKSDAAVLTIPACD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 FQATHPVMDLKAFPKDNMLWVEWTTPRESVKKYILEWCVLSDKAPCITDWQQEDGTVHRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 FQATHPVMDLKAFPKDNMLWVEWTTPRESVKKYILEWCVLSDKAPCITDWQQEDGTVHRT
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 YLRGNLAESKCYLITVTPVYADGPGSPESIKAYLKQAPPSKGPTVRTKKVGKNEAVLEWD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 YLRGNLAESKCYLITVTPVYADGPGSPESIKAYLKQAPPSKGPTVRTKKVGKNEAVLEWD
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 QLPVDVQNGFIRNYTIFYRTIIGNETAVNVDSSHTEYTLSSLTSDTLYMVRMAAYTDEGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 QLPVDVQNGFIRNYTIFYRTIIGNETAVNVDSSHTEYTLSSLTSDTLYMVRMAAYTDEGG
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 KDGPEFTFTTPKFAQGEIEAIVVPVCLAFLLTTLLGVLFCFNKRDLIKKHIWPNVPDPSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 KDGPEFTFTTPKFAQGEIEAIVVPVCLAFLLTTLLGVLFCFNKRDLIKKHIWPNVPDPSK
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 SHIAQWSPHTPPRHNFNSKDQMYSDGNFTDVSVVEIEANDKKPFPEDLKSLDLFKKEKIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 SHIAQWSPHTPPRHNFNSKDQMYSDGNFTDVSVVEIEANDKKPFPEDLKSLDLFKKEKIN
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 TEGHSSGIGGSSCMSSSRPSISSSDENESSQNTSSTVQYSTVVHSGYRHQVPSVQVFSRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 TEGHSSGIGGSSCMSSSRPSISSSDENESSQNTSSTVQYSTVVHSGYRHQVPSVQVFSRS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB5 ESTQPLLDSEERPEDLQLVDHVDGGDGILPRQQYFKQNCSQHESSPDISHFERSKQVSSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 ESTQPLLDSEERPEDLQLVDHVDGGDGILPRQQYFKQNCSQHESSPDISHFERSKQVSSV
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB5 NEEDFVRLKQQISDHISQSCGSGQMKMFQEVSAADAFGPGTEGQVERFETVGMEAATDEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 NEEDFVRLKQQISDHISQSCGSGQMKMFQEVSAADAFGPGTEGQVERFETVGMEAATDEG
850 860 870 880 890 900
910
pF1KB5 MPKSYLPQTVRQGGYMPQ
::::::::::::::::::
CCDS39 MPKSYLPQTVRQGGYMPQ
910
>>CCDS54856.1 IL6ST gene_id:3572|Hs108|chr5 (857 aa)
initn: 2912 init1: 2912 opt: 2913 Z-score: 2919.6 bits: 551.4 E(32554): 2.7e-156
Smith-Waterman score: 5619; 93.4% identity (93.4% similar) in 918 aa overlap (1-918:1-857)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MLTLQTWLVQALFIFLTTESTGELLDPCGYISPESPVVQLHSNFTAVCVLKEKCMDYFHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MLTLQTWLVQALFIFLTTESTGELLDPCGYISPESPVVQLHSNFTAVCVLKEKCMDYFHV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 NANYIVWKTNHFTIPKEQYTIINRTASSVTFTDIASLNIQLTCNILTFGQLEQNVYGITI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 NANYIVWKTNHFTIPKEQYTIINRTASSVTFTDIASLNIQLTCNILTFGQLEQNVYGITI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 ISGLPPEKPKNLSCIVNEGKKMRCEWDGGRETHLETNFTLKSEWATHKFADCKAKRDTPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 ISGLPPEKPKNLSCIVNEGKKMRCEWDGGRETHLETNFTLKSEWATHKFADCKAKRDTPT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 SCTVDYSTVYFVNIEVWVEAENALGKVTSDHINFDPVYKVKPNPPHNLSVINSEELSSIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SCTVDYSTVYFVNIEVWVEAENALGKVTSDHINFDPVYKVKPNPPHNLSVINSEELSSIL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 KLTWTNPSIKSVIILKYNIQYRTKDASTWSQIPPEDTASTRSSFTVQDLKPFTEYVFRIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 KLTWTNPSIKSVIILKYNIQYRTKDASTWSQIPPEDTASTRSSFTVQDLKPFTEYVFRIR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 CMKEDGKGYWSDWSEEASGITYEDRPSKAPSFWYKIDPSHTQGYRTVQLVWKTLPPFEAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 CMKEDGKGYWSDWSEEASGITYEDRPSKAPSFWYKIDPSHTQGYRTVQLVWKTLPPFEAN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 GKILDYEVTLTRWKSHLQNYTVNATKLTVNLTNDRYLATLTVRNLVGKSDAAVLTIPACD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 GKILDYEVTLTRWKSHLQNYTVNATKLTVNLTNDRYLATLTVRNLVGKSDAAVLTIPACD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 FQATHPVMDLKAFPKDNMLWVEWTTPRESVKKYILEWCVLSDKAPCITDWQQEDGTVHRT
::
CCDS54 FQ----------------------------------------------------------
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 YLRGNLAESKCYLITVTPVYADGPGSPESIKAYLKQAPPSKGPTVRTKKVGKNEAVLEWD
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 ---GNLAESKCYLITVTPVYADGPGSPESIKAYLKQAPPSKGPTVRTKKVGKNEAVLEWD
430 440 450 460 470
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 QLPVDVQNGFIRNYTIFYRTIIGNETAVNVDSSHTEYTLSSLTSDTLYMVRMAAYTDEGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QLPVDVQNGFIRNYTIFYRTIIGNETAVNVDSSHTEYTLSSLTSDTLYMVRMAAYTDEGG
480 490 500 510 520 530
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 KDGPEFTFTTPKFAQGEIEAIVVPVCLAFLLTTLLGVLFCFNKRDLIKKHIWPNVPDPSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 KDGPEFTFTTPKFAQGEIEAIVVPVCLAFLLTTLLGVLFCFNKRDLIKKHIWPNVPDPSK
540 550 560 570 580 590
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 SHIAQWSPHTPPRHNFNSKDQMYSDGNFTDVSVVEIEANDKKPFPEDLKSLDLFKKEKIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SHIAQWSPHTPPRHNFNSKDQMYSDGNFTDVSVVEIEANDKKPFPEDLKSLDLFKKEKIN
600 610 620 630 640 650
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 TEGHSSGIGGSSCMSSSRPSISSSDENESSQNTSSTVQYSTVVHSGYRHQVPSVQVFSRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TEGHSSGIGGSSCMSSSRPSISSSDENESSQNTSSTVQYSTVVHSGYRHQVPSVQVFSRS
660 670 680 690 700 710
790 800 810 820 830 840
pF1KB5 ESTQPLLDSEERPEDLQLVDHVDGGDGILPRQQYFKQNCSQHESSPDISHFERSKQVSSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 ESTQPLLDSEERPEDLQLVDHVDGGDGILPRQQYFKQNCSQHESSPDISHFERSKQVSSV
720 730 740 750 760 770
850 860 870 880 890 900
pF1KB5 NEEDFVRLKQQISDHISQSCGSGQMKMFQEVSAADAFGPGTEGQVERFETVGMEAATDEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 NEEDFVRLKQQISDHISQSCGSGQMKMFQEVSAADAFGPGTEGQVERFETVGMEAATDEG
780 790 800 810 820 830
910
pF1KB5 MPKSYLPQTVRQGGYMPQ
::::::::::::::::::
CCDS54 MPKSYLPQTVRQGGYMPQ
840 850
>>CCDS47209.1 IL6ST gene_id:3572|Hs108|chr5 (329 aa)
initn: 2186 init1: 2186 opt: 2186 Z-score: 2197.5 bits: 416.4 E(32554): 4.4e-116
Smith-Waterman score: 2186; 100.0% identity (100.0% similar) in 324 aa overlap (1-324:1-324)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MLTLQTWLVQALFIFLTTESTGELLDPCGYISPESPVVQLHSNFTAVCVLKEKCMDYFHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MLTLQTWLVQALFIFLTTESTGELLDPCGYISPESPVVQLHSNFTAVCVLKEKCMDYFHV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 NANYIVWKTNHFTIPKEQYTIINRTASSVTFTDIASLNIQLTCNILTFGQLEQNVYGITI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 NANYIVWKTNHFTIPKEQYTIINRTASSVTFTDIASLNIQLTCNILTFGQLEQNVYGITI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 ISGLPPEKPKNLSCIVNEGKKMRCEWDGGRETHLETNFTLKSEWATHKFADCKAKRDTPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 ISGLPPEKPKNLSCIVNEGKKMRCEWDGGRETHLETNFTLKSEWATHKFADCKAKRDTPT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 SCTVDYSTVYFVNIEVWVEAENALGKVTSDHINFDPVYKVKPNPPHNLSVINSEELSSIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SCTVDYSTVYFVNIEVWVEAENALGKVTSDHINFDPVYKVKPNPPHNLSVINSEELSSIL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 KLTWTNPSIKSVIILKYNIQYRTKDASTWSQIPPEDTASTRSSFTVQDLKPFTEYVFRIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 KLTWTNPSIKSVIILKYNIQYRTKDASTWSQIPPEDTASTRSSFTVQDLKPFTEYVFRIR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 CMKEDGKGYWSDWSEEASGITYEDRPSKAPSFWYKIDPSHTQGYRTVQLVWKTLPPFEAN
::::::::::::::::::::::::
CCDS47 CMKEDGKGYWSDWSEEASGITYEDNIASF
310 320
>>CCDS56366.1 IL31RA gene_id:133396|Hs108|chr5 (662 aa)
initn: 736 init1: 507 opt: 909 Z-score: 913.3 bits: 179.8 E(32554): 1.5e-44
Smith-Waterman score: 909; 29.6% identity (61.7% similar) in 551 aa overlap (126-666:35-581)
100 110 120 130 140 150
pF1KB5 SLNIQLTCNILTFGQLEQNVYGITIISGLPPEKPKNLSCIVNEGKKMRCEWDGGRETHLE
: ::.:.::. :.. : :. :.::
CCDS56 PQPSCVNLGMMWTWALWMLPSLCKFSLAALPAKPENISCVYYYRKNLTCTWSPGKETSY-
10 20 30 40 50 60
160 170 180 190 200 210
pF1KB5 TNFTLKSEWAT-HKFADCKAKRDTP---TSCTVDYSTVYFV-NIEVWVEAENALGKVTSD
:..:.: .: .: .: .. .: .::. . . : . :::::. : . :
CCDS56 TQYTVKRTYAFGEKHDNCTTNSSTSENRASCSFFLPRITIPDNYTIEVEAENGDGVIKS-
70 80 90 100 110 120
220 230 240 250 260
pF1KB5 HINFDPVYKV-KPNPPHNLSVINSEELSSILKLTWTNPSIKSVII-LKYNIQYRTKDAST
:... . .. : .::. . : .. .... : .: . : :::....:: ....
CCDS56 HMTYWRLENIAKTEPPKIFRVKPVLGIKRMIQIEWIKPELAPVSSDLKYTLRFRTVNSTS
130 140 150 160 170 180
270 280 290 300 310 320
pF1KB5 WSQIP-PEDTASTRSSFTVQDLKPFTEYVFRIRCMKEDGKGYWSDWSEEASGITYEDRPS
: .. .. . ..... :.::::::. .:: ...: .:::::.: :.: :. :
CCDS56 WMEVNFAKNRKDKNQTYNLTGLQPFTEYVIALRCAVKESK-FWSDWSQEKMGMTEEEAPC
190 200 210 220 230 240
330 340 350 360 370 380
pF1KB5 KAPSFWYKIDPSHTQGYRTVQLVWKTLPPFEANGKILDYEVTLTRWKSHLQNYTVNAT--
.: . :....: : :.:.:: . : : :.. .. . :.:.:
CCDS56 GLE-LWRVLKPAEADGRRPVRLLWKKARGAPVLEKTLGYNIWYYPESNTNLTETMNTTNQ
250 260 270 280 290 300
390 400 410 420 430 440
pF1KB5 KLTVNLTNDRYLATLTVRNLVGKSDAAVLTIPACDFQATHPVMDLKAFPKDNMLWVEWTT
.: ..: .. . ... : .::: .:.: ::: . .. . . ..: ...: :.: .
CCDS56 QLELHLGGESFWVSMISYNSLGKSPVATLRIPAIQEKSFQCIEVMQACVAEDQLVVKWQS
310 320 330 340 350 360
450 460 470 480 490 500
pF1KB5 PRESVKKYILEWCVLSDKAPCITDWQQEDGTVHRTYLRGNLAESKCYLITVTPVYADGPG
.:. ...:: :. : .:.. . ... : . .: :: :.: :. : :
CCDS56 SALDVNTWMIEWFPDVDSEPTTLSWESVSQATNWTIQQDKLKPFWCYNISVYPMLHDKVG
370 380 390 400 410 420
510 520 530 540 550 560
pF1KB5 SPESIKAYLKQAPPSKGPTVRTKKVGKNEAVLEWDQLPVDVQNGFIRNYTIFYRTIIGNE
: ::.:: :.. ::.:: ......: . ... : ..: . ..:.: ::::::.. :.
CCDS56 EPYSIQAYAKEGVPSEGPETKVENIGVKTVTITWKEIPKSERKGIICNYTIFYQAEGGKG
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