Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5606
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5606, 612 aa
1>>>pF1KB5606 612 - 612 aa - 612 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.4200+/-0.00104; mu= -11.5175+/- 0.063
mean_var=477.7367+/-99.011, 0's: 0 Z-trim(116.8): 94 B-trim: 172 in 1/53
Lambda= 0.058679
statistics sampled from 17342 (17436) to 17342 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.811), E-opt: 0.2 (0.536), width: 16
Scan time: 3.940
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3291.1 LPP gene_id:4026|Hs108|chr3 ( 612) 4429 389.4 7.3e-108
CCDS5708.1 TRIP6 gene_id:7205|Hs108|chr7 ( 476) 1296 124.1 4.2e-28
CCDS5883.1 ZYX gene_id:7791|Hs108|chr7 ( 572) 1105 108.0 3.5e-23
CCDS2729.1 LIMD1 gene_id:8994|Hs108|chr3 ( 676) 873 88.4 3.3e-17
CCDS59375.1 WTIP gene_id:126374|Hs108|chr19 ( 430) 867 87.7 3.3e-17
CCDS9581.1 AJUBA gene_id:84962|Hs108|chr14 ( 538) 851 86.5 1e-16
CCDS163.1 FBLIM1 gene_id:54751|Hs108|chr1 ( 373) 694 73.0 7.7e-13
CCDS30609.1 FBLIM1 gene_id:54751|Hs108|chr1 ( 276) 659 70.0 4.8e-12
>>CCDS3291.1 LPP gene_id:4026|Hs108|chr3 (612 aa)
initn: 4429 init1: 4429 opt: 4429 Z-score: 2050.0 bits: 389.4 E(32554): 7.3e-108
Smith-Waterman score: 4429; 100.0% identity (100.0% similar) in 612 aa overlap (1-612:1-612)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MSHPSWLPPKSTGEPLGHVPARMETTHSFGNPSISVSTQQPPKKFAPVVAPKPKYNPYKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MSHPSWLPPKSTGEPLGHVPARMETTHSFGNPSISVSTQQPPKKFAPVVAPKPKYNPYKQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 PGGEGDFLPPPPPPLDDSSALPSISGNFPPPPPLDEEAFKVQGNPGGKTLEERRSSLDAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 PGGEGDFLPPPPPPLDDSSALPSISGNFPPPPPLDEEAFKVQGNPGGKTLEERRSSLDAE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 IDSLTSILADLECSSPYKPRPPQSSTGSTASPPVSTPVTGHKRMVIPNQPPLTATKKSTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 IDSLTSILADLECSSPYKPRPPQSSTGSTASPPVSTPVTGHKRMVIPNQPPLTATKKSTL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 KPQPAPQAGPIPVAPIGTLKPQPQPVPASYTTASTSSRPTFNVQVKSAQPSPHYMAAPSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 KPQPAPQAGPIPVAPIGTLKPQPQPVPASYTTASTSSRPTFNVQVKSAQPSPHYMAAPSS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 GQIYGSGPQGYNTQPVPVSGQCPPPSTRGGMDYAYIPPPGLQPEPGYGYAPNQGRYYEGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 GQIYGSGPQGYNTQPVPVSGQCPPPSTRGGMDYAYIPPPGLQPEPGYGYAPNQGRYYEGY
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 YAAGPGYGGRNDSDPTYGQQGHPNTWKREPGYTPPGAGNQNPPGMYPVTGPKKTYITDPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 YAAGPGYGGRNDSDPTYGQQGHPNTWKREPGYTPPGAGNQNPPGMYPVTGPKKTYITDPV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 SAPCAPPLQPKGGHSGQLGPSSVAPSFRPEDELEHLTKKMLYDMENPPADEYFGRCARCG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SAPCAPPLQPKGGHSGQLGPSSVAPSFRPEDELEHLTKKMLYDMENPPADEYFGRCARCG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 ENVVGEGTGCTAMDQVFHVDCFTCIICNNKLRGQPFYAVEKKAYCEPCYINTLEQCNVCS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ENVVGEGTGCTAMDQVFHVDCFTCIICNNKLRGQPFYAVEKKAYCEPCYINTLEQCNVCS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 KPIMERILRATGKAYHPHCFTCVMCHRSLDGIPFTVDAGGLIHCIEDFHKKFAPRCSVCK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 KPIMERILRATGKAYHPHCFTCVMCHRSLDGIPFTVDAGGLIHCIEDFHKKFAPRCSVCK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 EPIMPAPGQEETVRIVALDRDFHVHCYRCEDCGGLLSEGDNQGCYPLDGHILCKTCNSAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 EPIMPAPGQEETVRIVALDRDFHVHCYRCEDCGGLLSEGDNQGCYPLDGHILCKTCNSAR
550 560 570 580 590 600
610
pF1KB5 IRVLTAKASTDL
::::::::::::
CCDS32 IRVLTAKASTDL
610
>>CCDS5708.1 TRIP6 gene_id:7205|Hs108|chr7 (476 aa)
initn: 1268 init1: 1032 opt: 1296 Z-score: 618.0 bits: 124.1 E(32554): 4.2e-28
Smith-Waterman score: 1428; 43.9% identity (59.2% similar) in 615 aa overlap (1-611:1-475)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MSHPSWLPPKSTGEPLGHVPARMETTHSFGNPSISVSTQQP-PK-KFAPVVAPKPKYNPY
:: :.:::::. :: .: . : : .. :: :. .: :. :. . :
CCDS57 MSGPTWLPPKQP-EPARAPQGRAIPRGTPGPPPAHGAALQPHPRVNFCPL----PSEQCY
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 KQPGGEGDFLPPPPPPLDDSSALPSISGNFPPPPPLDEEAFKVQGNPGGKTLEERRSSLD
. ::: : : . . ..: .: : :. ... :: :::
CCDS57 QAPGGPEDR---GPAWVGSHGVLQHTQGL-----PADRGGLR----PG---------SLD
60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 AEIDSLTSILADLECSSPYKPRPPQSSTGSTASPPVSTPVTGHKRMVIPNQPPLTATKKS
:::: :.: ::.:. . . : :. . : : :: : . .
CCDS57 AEIDLLSSTLAELNGGRGHASRRPDRQ----AYEP----------------PPPPAYRTG
100 110 120 130
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 TLKPQPAPQAGPIPVAPIGTLKPQPQPVPASYTTASTSSRPTFNVQVKSAQPSPHYMAAP
.:::.:: .:.:..: : :.::::::::: . :.: :::: :::
CCDS57 SLKPNPA---SPLPASPYGG------PTPASYTTASTPAGPAFPVQVKVAQP--------
140 150 160 170
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 SSGQIYGSGPQGYNTQPVPVSGQCPPPSTRGGMDYAYIPPPGLQ-PEPGYGYAPNQGRYY
: : : :: : : . : : :: . : :: : .
CCDS57 -------------------VRG-CGPP--RRGASQASGPLPGPHFPLPGRGEV-------
180 190 200
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 EGYYAAGPGYGGRNDSDPTYGQQGHPNTWKREPGYTPPGAGNQNPPGMYPVTGPKKTYIT
:::: :. .:::: ::: ... : :.::
CCDS57 -----WGPGY--RS---------------QREPG---PGA-KEEAAG---VSGPAGR---
210 220 230
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 DPVSAPCAPPLQPKGGHSGQLGPSSVAPSFRPEDELEHLTKKMLYDMENPPADEYFGRCA
:..:. ::. : : :::::..::::...::..::. ::::.:.
CCDS57 ---------------GRGGEHGPQ-VPLSQPPEDELDRLTKKLVHDMNHPPSGEYFGQCG
240 250 260 270 280
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 RCGENVVGEGTGCTAMDQVFHVDCFTCIICNNKLRGQPFYAVEKKAYCEPCYINTLEQCN
:::.:::.:.: .:.:.:::: ::.: : .:::: :::::..:::: ::. :::.:
CCDS57 GCGEDVVGDGAGVVALDRVFHVGCFVCSTCRAQLRGQHFYAVERRAYCEGCYVATLEKCA
290 300 310 320 330 340
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 VCSKPIMERILRATGKAYHPHCFTCVMCHRSLDGIPFTVDAGGLIHCIEDFHKKFAPRCS
.::.::..::::: :::::: :::::.:::.:::::::::: . ::::::::.:::::::
CCDS57 TCSQPILDRILRAMGKAYHPGCFTCVVCHRGLDGIPFTVDATSQIHCIEDFHRKFAPRCS
350 360 370 380 390 400
540 550 560 570 580 590
pF1KB5 VCKEPIMPAPGQEETVRIVALDRDFHVHCYRCEDCGGLLS-EGDNQGCYPLDGHILCKTC
:: ::: ::::::::::::::.::. ::.::.:: ::: ::. :::::::::::::.:
CCDS57 VCGGAIMPEPGQEETVRIVALDRSFHIGCYKCEECGLLLSSEGECQGCYPLDGHILCKAC
410 420 430 440 450 460
600 610
pF1KB5 NSARIRVLTAKASTDL
.. ::. :.: ..::
CCDS57 SAWRIQELSATVTTDC
470
>>CCDS5883.1 ZYX gene_id:7791|Hs108|chr7 (572 aa)
initn: 1012 init1: 761 opt: 1105 Z-score: 529.6 bits: 108.0 E(32554): 3.5e-23
Smith-Waterman score: 1312; 37.6% identity (59.6% similar) in 627 aa overlap (31-600:7-569)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MSHPSWLPPKSTGEPLGHVPARMETTHSFGNPSISVSTQQP----P-KKFAPVVAPKPKY
.:.::::.. : : :::.::::::::
CCDS58 MAAPRPSPAISVSVSAPAFYAPQKKFGPVVAPKPKV
10 20 30
60 70 80 90
pF1KB5 NPYKQ--------PGGE-------GDFLPPPP-------PPL--DDSSALPSISGNFPPP
::.. ::.. :.. :::: ::: : ..: ...: ::::
CCDS58 NPFRPGDSEPPPAPGAQRAQMGRVGEIPPPPPEDFPLPPPPLAGDGDDAEGALGGAFPPP
40 50 60 70 80 90
100 110 120
pF1KB5 PP----------LDEEAFKVQGNP----GGKTL--------EERRSSLDAEIDSLTSILA
:: :.:: : : :: .:. ::.: :::::.:.:
CCDS58 PPPIEESFPPAPLEEEIFPSPPPPPEEEGGPEAPIPPPPQPREKVSSIDLEIDSLSSLLD
100 110 120 130 140 150
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 DLECSSPYKPRPPQSSTGSTASPPVSTPVTGHKRMVIPNQPPLTATKKSTLKPQPAPQAG
:. ..:.: : :.: . :::.:: .. ::. :: . :
CCDS58 DMTKNDPFKAR---VSSGYVP-PPVATPFSS----------------KSSTKPAAGGTAP
160 170 180 190
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 PIPVAPIGTLKPQPQ-PVPASYTTASTSSRPTFNVQVKSAQPSPHYMAAPSSGQIYGSGP
: .. .: :: :.::. :. :.:: . ::.:. . .:
CCDS58 LPPWKSPSSSQPLPQVPAPAQ-------SQTQFHVQ-PQPQPKPQVQLHVQS--------
200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 QGYNTQPVPVSGQCPPPSTRGGMDYAYIPPPGLQPEPGYGYAPNQGRYYEGYYAAGPGYG
.:::: ... : :: ::. .: :. ..: .. .::
CCDS58 ---QTQPVSLANTQP----RG--------PPASSPAPAPKFSPVTPKFTPVASKFSPGAP
250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 GRNDSDPTYGQQGHPNTWKREPGYTPPGAGNQNPPGMYPVTGPKKTYITDPVSAPCAPPL
: . :.:. . :::.. :.:. .::.. . .: . . . : ::
CCDS58 GGSGSQPNQ-KLGHPEA-------LSAGTGSPQPPSFTYAQQREKPRVQEK-QHPVPPPA
290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 QPKGGHSGQL-GPSSVAP-SFRPEDELEHLTKKMLYDMENPPADEYFGR--CARCGENVV
: ...:. .:.. .: ... .:::.::.... :::.: .. :.:: . ..
CCDS58 Q----NQNQVRSPGAPGPLTLKEVEELEQLTQQLMQDMEHPQRQNVAVNELCGRCHQPLA
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 GEGTGCTAMDQVFHVDCFTCIICNNKLRGQPFYAVEKKAYCEPCYINTLEQCNVCSKPIM
. :. :.::. :::: : ..:.:: ::..: ::: :: .:::.::.:..::
CCDS58 RAQPAVRALGQLFHIACFTCHQCAQQLQGQQFYSLEGAPYCEGCYTDTLEKCNTCGEPIT
400 410 420 430 440 450
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 ERILRATGKAYHPHCFTCVMCHRSLDGIPFTVDAGGLIHCIEDFHKKFAPRCSVCKEPIM
.:.::::::::::::::::.: : :.: : :: .. ::. :.::..:::::::.::::
CCDS58 DRMLRATGKAYHPHCFTCVVCARPLEGTSFIVDQANRPHCVPDYHKQYAPRCSVCSEPIM
460 470 480 490 500 510
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 PAPGQEETVRIVALDRDFHVHCYRCEDCGGLLS-EGDNQGCYPLDGHILCKTCNSARIRV
: ::..::::.::::..::..::.::::: :: :.:..::.:::::.::. :..::
CCDS58 PEPGRDETVRVVALDKNFHMKCYKCEDCGKPLSIEADDNGCFPLDGHVLCRKCHTARAQT
520 530 540 550 560 570
610
pF1KB5 LTAKASTDL
>>CCDS2729.1 LIMD1 gene_id:8994|Hs108|chr3 (676 aa)
initn: 866 init1: 538 opt: 873 Z-score: 422.5 bits: 88.4 E(32554): 3.3e-17
Smith-Waterman score: 920; 29.4% identity (54.6% similar) in 650 aa overlap (17-601:36-662)
10 20 30 40
pF1KB5 MSHPSWLPPKSTGEPLGHVPARMETTHSFGNPSISVSTQQPPKKF-
:. : :: . :.. .. :: ...
CCDS27 DLGLEASKFIEDLNMYEASKDGLFRVDKGAGNNPEFEETRRVFATKMAKIHLQQQQQQLL
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80
pF1KB5 APVVAPKPKYNPYKQPG--GE-------GDFLP---PPPPPLDDSSALP----SISGNFP
. :. . .: . : : :. : ::: :.. : ..... :
CCDS27 QEETLPRGSRGPVNGGGRLGPQARWEVVGSKLTVDGAAKPPLAASTGAPGAVTTLAAGQP
70 80 90 100 110 120
90 100 110 120 130 140
pF1KB5 PPPPLDEEAFK-VQGNPGGKTLEERRSSLDAEIDSLTSILADLECSSPYK-PRPPQSSTG
: :: .... ..:. :. : :: . . .... : .: . ..
CCDS27 PYPPQEQRSRPYLHGTRHGSQDCGSRESLAT--SEMSAFHQPGPCEDPSCLTHGDYYDNL
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180 190
pF1KB5 STASP-----PVSTPVTGHKRMVIPNQPPLTATKKSTLKPQPAPQAGPIPV---------
: ::: : .: : . . . : .. .. : : : : :.
CCDS27 SLASPKWGDKPGVSPSIG---LSVGSGWP---SSPGSDPPLPKP-CGDHPLNHRQLSLSS
190 200 210 220 230
200 210 220 230 240
pF1KB5 --APIGTLKPQPQPVPASYTTASTSSRPTFNVQ-VKSAQPSPHYM-AAPSSGQIYGSGPQ
. :.: : . . . . :. : . : :. . :::. .::. : . :
CCDS27 SRSSEGSLGGQNSGIGGRSSEKPTGLWSTASSQRVSPGLPSPNLENGAPAVGPVQPRTP-
240 250 260 270 280 290
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 GYNTQPVPVSGQCP-----PPSTRG--GMDYAYIPPPGLQPEPGYGYAPNQGRYYEGYYA
. .:.. .:: : :. : : . . :...:.: . .: . : . :
CCDS27 ---SVSAPLALSCPRQGGLPRSNSGLGGEVSGVMSKPNVDPQPWFQDGP---KSYLSSSA
300 310 320 330 340
310 320 330 340 350
pF1KB5 AGPGYGGRNDSDPTYGQQGHPNTWKREPGYTPPGAGNQNPPG--MYPV--TGPKKTYITD
. . .: . : ::: .:: : :.: . : ..:: : :. .
CCDS27 PSSSPAGLDGS-----QQGAVPGLGPKPGCTDLGTGPKLSPTSLVHPVMSTLPELSCKEG
350 360 370 380 390 400
360 370 380 390 400
pF1KB5 PV---------SAPCAPPLQPKGGHSGQLGPSSVAPSFRP---EDELEHLTKKMLYDMEN
:. :. : .:. : : .: .:: : .:: ::... .:.
CCDS27 PLGWSSDGSLGSVLLDSPSSPRVRLPCQ--PLVPGPELRPSAAELKLEALTQRLEREMDA
410 420 430 440 450 460
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 PPADEYFGRCARCGENVVGEGTGCTAMDQVFHVDCFTCIICNNKLRGQPFYAVEKKAYCE
: .::: :..:...: : : .: :: ...: :::: :. ::::. :: :. :..::
CCDS27 HPKADYFGACVKCSKGVFGAGQACQAMGNLYHDTCFTCAACSRKLRGKAFYFVNGKVFCE
470 480 490 500 510 520
470 480 490 500 510 520
pF1KB5 PCYI-----NTLEQCNVCSKPIMERILRATGKAYHPHCFTCVMCHRSLDGIPFTVDAGGL
.. .. ..: .:.. ::. ::.: ::.::: :: ::.:.. :::.:::::. .
CCDS27 EDFLYSGFQQSADRCFLCGHLIMDMILQALGKSYHPGCFRCVICNECLDGVPFTVDSENK
530 540 550 560 570 580
530 540 550 560 570 580
pF1KB5 IHCIEDFHKKFAPRCSVCKEPIMPAPGQEETVRIVALDRDFHVHCYRCEDCGGLLSEGDN
:.:..:.:: .::.:..: ::.: :..::.:.:..:::.::.::.::::: :.. :.
CCDS27 IYCVRDYHKVLAPKCAACGLPILPPEGSDETIRVVSMDRDYHVECYHCEDCGLELNDEDG
590 600 610 620 630 640
590 600 610
pF1KB5 QGCYPLDGHILCKTCNSARIRVLTAKASTDL
. ::::. :..:..:. :.
CCDS27 HRCYPLEDHLFCHSCHVKRLEKRPSSTALHQHHF
650 660 670
>>CCDS59375.1 WTIP gene_id:126374|Hs108|chr19 (430 aa)
initn: 875 init1: 543 opt: 867 Z-score: 422.3 bits: 87.7 E(32554): 3.3e-17
Smith-Waterman score: 876; 36.9% identity (58.9% similar) in 409 aa overlap (226-602:35-416)
200 210 220 230 240 250
pF1KB5 IGTLKPQPQPVPASYTTASTSSRPTFNVQVKSAQPSPHYMAAPSSGQIYGSGPQGYNTQP
.. .:.: :::. :. :.: :
CCDS59 RAGADEAALLLAGLALRELEPGCGSPGRGRRGPRPGPGDEAAPALGR-RGKGSGG-----
10 20 30 40 50
260 270 280 290 300 310
pF1KB5 VPVSGQCPPPSTRG--GMDYAYIPPPGLQPEPGYGYAPNQGRYYEGYYAAGPGYGGRNDS
: .: .:: : : .: . :: : : : .: : : :. .:
CCDS59 -PEAGA--DGLSRGERGPRRAAVPELSAQPA-GSPRASLAGS--DG----GGGGGSARSS
60 70 80 90 100
320 330 340
pF1KB5 DPTYG---QQGHPNTWKREP--GYTPPGAGNQN-------------------PPGMYPVT
. : ..: : . . .: : ::..:. ::: :.
CCDS59 GISLGYDQRHGSPRSGRSDPRPGPGPPSVGSARSSVSSLGSRGSAGAYADFLPPGACPAP
110 120 130 140 150 160
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 GPKKTYITDPVSAPC-APPLQPKGGHSGQLGPSSVAPSFRPEDELEHLTKKMLYDMENPP
. .. . :. : : :: : :. : :::.. : .:: ::... .:
CCDS59 A-RSPEPAGPAPFPLPALPLPP--GREG--GPSAA------ERRLEALTRELERALEART
170 180 190 200 210
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 ADEYFGRCARCGENVVGEGTGCTAMDQVFHVDCFTCIICNNKLRGQPFYAVEKKAYCEPC
: .::: : .:: .. : .: :: ...:.::::: :. .:::. :: : .:.::.
CCDS59 ARDYFGICIKCGLGIYGAQQACQAMGSLYHTDCFTCDSCGRRLRGKAFYNVGEKVYCQED
220 230 240 250 260 270
470 480 490 500 510 520
pF1KB5 YI-----NTLEQCNVCSKPIMERILRATGKAYHPHCFTCVMCHRSLDGIPFTVDAGGLIH
.. .: ..:.::.. ::: ::.: ::.::: :: : .:.. :::.:::::. . :.
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:..:.: :::.:. : .::.:: : : :.:.:..:::.:: ::.::::: :: ...
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CCDS59 CYPLAGHLLCRRCHLRRLQPGPLPSPTVHVTEL
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]