Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5634
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5634, 784 aa
1>>>pF1KB5634 784 - 784 aa - 784 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9573+/-0.000986; mu= 18.2402+/- 0.060
mean_var=91.8696+/-18.467, 0's: 0 Z-trim(106.5): 194 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.133810
statistics sampled from 8838 (9037) to 8838 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.634), E-opt: 0.2 (0.278), width: 16
Scan time: 3.290
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS10804.1 CDH5 gene_id:1003|Hs108|chr16 ( 784) 5186 1011.9 0
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CCDS3889.1 CDH18 gene_id:1016|Hs108|chr5 ( 790) 1845 366.9 7.2e-101
CCDS3893.1 CDH9 gene_id:1007|Hs108|chr5 ( 789) 1840 365.9 1.4e-100
CCDS3894.1 CDH6 gene_id:1004|Hs108|chr5 ( 790) 1834 364.8 3.1e-100
CCDS3892.1 CDH10 gene_id:1008|Hs108|chr5 ( 788) 1830 364.0 5.3e-100
CCDS10802.1 CDH8 gene_id:1006|Hs108|chr16 ( 799) 1823 362.7 1.4e-99
CCDS9586.1 CDH24 gene_id:64403|Hs108|chr14 ( 781) 1781 354.5 3.7e-97
CCDS11993.1 CDH7 gene_id:1005|Hs108|chr18 ( 785) 1776 353.6 7.3e-97
CCDS3890.1 CDH12 gene_id:1010|Hs108|chr5 ( 794) 1756 349.7 1.1e-95
CCDS11994.1 CDH19 gene_id:28513|Hs108|chr18 ( 772) 1668 332.7 1.4e-90
CCDS10803.1 CDH11 gene_id:1009|Hs108|chr16 ( 796) 1502 300.7 6.2e-81
CCDS13395.1 CDH22 gene_id:64405|Hs108|chr20 ( 828) 1431 287.0 8.5e-77
CCDS82259.1 CDH7 gene_id:1005|Hs108|chr18 ( 630) 1411 283.1 1e-75
CCDS81992.1 CDH11 gene_id:1009|Hs108|chr16 ( 670) 1300 261.6 3e-69
CCDS82991.1 CDH12 gene_id:1010|Hs108|chr5 ( 754) 1279 257.6 5.4e-68
CCDS75229.1 CDH18 gene_id:1016|Hs108|chr5 ( 575) 1247 251.4 3.2e-66
CCDS54835.1 CDH18 gene_id:1016|Hs108|chr5 ( 574) 1245 251.0 4.1e-66
CCDS81993.1 CDH11 gene_id:1009|Hs108|chr16 ( 693) 1215 245.2 2.6e-64
CCDS10976.1 CDH15 gene_id:1013|Hs108|chr16 ( 814) 1168 236.2 1.6e-61
CCDS59325.1 CDH19 gene_id:28513|Hs108|chr18 ( 490) 1092 221.4 2.8e-57
CCDS9585.1 CDH24 gene_id:64403|Hs108|chr14 ( 819) 1075 218.3 4.1e-56
CCDS77172.1 CDH2 gene_id:1000|Hs108|chr18 ( 875) 1013 206.3 1.7e-52
CCDS11891.1 CDH2 gene_id:1000|Hs108|chr18 ( 906) 1013 206.3 1.8e-52
CCDS58784.1 CDH4 gene_id:1002|Hs108|chr20 ( 842) 1004 204.6 5.6e-52
CCDS13488.1 CDH4 gene_id:1002|Hs108|chr20 ( 916) 1004 204.6 6e-52
CCDS82004.1 CDH3 gene_id:1001|Hs108|chr16 ( 784) 798 164.8 5e-40
CCDS13485.1 CDH26 gene_id:60437|Hs108|chr20 ( 832) 679 141.8 4.3e-33
CCDS3785.1 DCHS2 gene_id:54798|Hs108|chr4 (2916) 599 126.7 5.2e-28
CCDS75329.1 PCDHGA3 gene_id:56112|Hs108|chr5 ( 829) 570 120.8 9.3e-27
CCDS47290.1 PCDHGA3 gene_id:56112|Hs108|chr5 ( 932) 570 120.8 1e-26
CCDS58487.1 CDH13 gene_id:1012|Hs108|chr16 ( 674) 553 117.4 7.7e-26
CCDS58486.1 CDH13 gene_id:1012|Hs108|chr16 ( 713) 553 117.5 8e-26
CCDS58485.1 CDH13 gene_id:1012|Hs108|chr16 ( 760) 553 117.5 8.4e-26
CCDS81769.1 PCDH9 gene_id:5101|Hs108|chr13 (1032) 539 114.9 7e-25
CCDS42423.1 DSG2 gene_id:1829|Hs108|chr18 (1118) 539 114.9 7.5e-25
CCDS81770.1 PCDH9 gene_id:5101|Hs108|chr13 (1195) 539 114.9 7.9e-25
CCDS9443.1 PCDH9 gene_id:5101|Hs108|chr13 (1203) 539 114.9 7.9e-25
CCDS9444.1 PCDH9 gene_id:5101|Hs108|chr13 (1237) 539 114.9 8.1e-25
CCDS75336.1 PCDHGA7 gene_id:56108|Hs108|chr5 ( 817) 526 112.3 3.3e-24
CCDS54927.1 PCDHGA7 gene_id:56108|Hs108|chr5 ( 932) 526 112.3 3.7e-24
CCDS11897.1 DSG4 gene_id:147409|Hs108|chr18 (1040) 526 112.4 4e-24
CCDS45845.1 DSG4 gene_id:147409|Hs108|chr18 (1059) 526 112.4 4.1e-24
CCDS58472.1 CDH16 gene_id:1014|Hs108|chr16 ( 732) 516 110.3 1.2e-23
CCDS10823.1 CDH16 gene_id:1014|Hs108|chr16 ( 829) 516 110.4 1.3e-23
CCDS81472.1 CDH23 gene_id:64072|Hs108|chr10 (1381) 513 109.9 2.9e-23
CCDS11898.1 DSG3 gene_id:1830|Hs108|chr18 ( 999) 511 109.4 2.9e-23
CCDS75348.1 PCDHGC3 gene_id:5098|Hs108|chr5 ( 863) 509 109.0 3.4e-23
CCDS4261.1 PCDHGC3 gene_id:5098|Hs108|chr5 ( 934) 509 109.0 3.6e-23
CCDS75344.1 PCDHGB7 gene_id:56099|Hs108|chr5 ( 808) 503 107.8 7.1e-23
>>CCDS10804.1 CDH5 gene_id:1003|Hs108|chr16 (784 aa)
initn: 5186 init1: 5186 opt: 5186 Z-score: 5410.2 bits: 1011.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5186; 100.0% identity (100.0% similar) in 784 aa overlap (1-784:1-784)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MQRLMMLLATSGACLGLLAVAAVAAAGANPAQRDTHSLLPTHRRQKRDWIWNQMHIDEEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MQRLMMLLATSGACLGLLAVAAVAAAGANPAQRDTHSLLPTHRRQKRDWIWNQMHIDEEK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 NTSLPHHVGKIKSSVSRKNAKYLLKGEYVGKVFRVDAETGDVFAIERLDRENISEYHLTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 NTSLPHHVGKIKSSVSRKNAKYLLKGEYVGKVFRVDAETGDVFAIERLDRENISEYHLTA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 VIVDKDTGENLETPSSFTIKVHDVNDNWPVFTHRLFNASVPESSAVGTSVISVTAVDADD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VIVDKDTGENLETPSSFTIKVHDVNDNWPVFTHRLFNASVPESSAVGTSVISVTAVDADD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 PTVGDHASVMYQILKGKEYFAIDNSGRIITITKSLDREKQARYEIVVEARDAQGLRGDSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PTVGDHASVMYQILKGKEYFAIDNSGRIITITKSLDREKQARYEIVVEARDAQGLRGDSG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 TATVLVTLQDINDNFPFFTQTKYTFVVPEDTRVGTSVGSLFVEDPDEPQNRMTKYSILRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TATVLVTLQDINDNFPFFTQTKYTFVVPEDTRVGTSVGSLFVEDPDEPQNRMTKYSILRG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 DYQDAFTIETNPAHNEGIIKPMKPLDYEYIQQYSFIVEATDPTIDLRYMSPPAGNRAQVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 DYQDAFTIETNPAHNEGIIKPMKPLDYEYIQQYSFIVEATDPTIDLRYMSPPAGNRAQVI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 INITDVDEPPIFQQPFYHFQLKENQKKPLIGTVLAMDPDAARHSIGYSIRRTSDKGQFFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 INITDVDEPPIFQQPFYHFQLKENQKKPLIGTVLAMDPDAARHSIGYSIRRTSDKGQFFR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 VTKKGDIYNEKELDREVYPWYNLTVEAKELDSTGTPTGKESIVQVHIEVLDENDNAPEFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VTKKGDIYNEKELDREVYPWYNLTVEAKELDSTGTPTGKESIVQVHIEVLDENDNAPEFA
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pF1KB5 KPYQPKVCENAVHGQLVLQISAIDKDITPRNVKFKFILNTENNFTLTDNHDNTANITVKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 KPYQPKVCENAVHGQLVLQISAIDKDITPRNVKFKFILNTENNFTLTDNHDNTANITVKY
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pF1KB5 GQFDREHTKVHFLPVVISDNGMPSRTGTSTLTVAVCKCNEQGEFTFCEDMAAQVGVSIQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GQFDREHTKVHFLPVVISDNGMPSRTGTSTLTVAVCKCNEQGEFTFCEDMAAQVGVSIQA
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pF1KB5 VVAILLCILTITVITLLIFLRRRLRKQARAHGKSVPEIHEQLVTYDEEGGGEMDTTSYDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VVAILLCILTITVITLLIFLRRRLRKQARAHGKSVPEIHEQLVTYDEEGGGEMDTTSYDV
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pF1KB5 SVLNSVRRGGAKPPRPALDARPSLYAQVQKPPRHAPGAHGGPGEMAAMIEVKKDEADHDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SVLNSVRRGGAKPPRPALDARPSLYAQVQKPPRHAPGAHGGPGEMAAMIEVKKDEADHDG
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pF1KB5 DGPPYDTLHIYGYEGSESIAESLSSLGTDSSDSDVDYDFLNDWGPRFKMLAELYGSDPRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 DGPPYDTLHIYGYEGSESIAESLSSLGTDSSDSDVDYDFLNDWGPRFKMLAELYGSDPRE
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 ELLY
::::
CCDS10 ELLY
>>CCDS11977.1 CDH20 gene_id:28316|Hs108|chr18 (801 aa)
initn: 1581 init1: 433 opt: 1925 Z-score: 2007.8 bits: 382.3 E(32554): 1.6e-105
Smith-Waterman score: 1925; 41.6% identity (69.0% similar) in 781 aa overlap (16-776:24-793)
10 20 30 40
pF1KB5 MQRLMMLLATSGACLGLLAVAAVAAAGANPAQRDTHSLL---P-THRRQKRD
::. ..... . . : . ..:: : .:.: ::.
CCDS11 MWTSGRMSNAKNWLGLGMSLYFWGLMDLTTTVLSDTPTPQGELEALLSDKPQSHQRTKRS
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50 60 70 80 90 100
pF1KB5 WIWNQMHIDEEKNTSLPHHVGKIKSSVSRKNA--KYLLKGEYVGKVFRVDAETGDVFAIE
:.:::. . :: . . : .:::..:...: .. ::.:.:: .: :: .: :::. ::.
CCDS11 WVWNQFFVLEEYTGTDPLYVGKLHSDMDRGDGSIKYILSGEGAGIVFTIDDTTGDIHAIQ
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110 120 130 140 150 160
pF1KB5 RLDRENISEYHLTAVIVDKDTGENLETPSSFTIKVHDVNDNWPVFTHRLFNASVPESSAV
:::::. ..: : : .:. ::. .: : : ::..:.::: : : . :.::: : :
CCDS11 RLDREERAQYTLRAQALDRRTGRPMEPESEFIIKIQDINDNEPKFLDGPYVATVPEMSPV
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 GTSVISVTAVDADDPTVGDHASVMYQILKGKEYFAIDN-SGRIITITKSLDREKQARYEI
:::::.:::.:::::: :. : :.:.::.:. ::..:. .: : : ..::: . ::.
CCDS11 GTSVIQVTATDADDPTYGNSARVVYSILQGQPYFSVDSKTGVIRTALMNMDREAKEYYEV
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 VVEARDAQG-LRGDSGTATVLVTLQDINDNFPFFTQTKYTFVVPEDTRVGTSVGSLFVED
...:.: : : : .::.:: .::.:.::: : : : .: . : :.. ....:: .:..:
CCDS11 IIQAKDMGGQLGGLAGTTTVNITLSDVNDNPPRFPQKHYQMSVLESAPISSTVGRVFAKD
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 PDEPQNRMTKYSILRGDYQDAFTIETNPAHNEGIIKPMKPLDYEYIQQYSFIVEATDPTI
:: : ::.:. :: ::: : :.: . ::: :::..: ..:.. ::...: .
CCDS11 LDEGINAEMKYTIVDGDGADAFDISTDPNFQVGIITVKKPLSFESKKSYTLKVEGANPHL
310 320 330 340 350 360
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pF1KB5 DLRYMS-PPAGNRAQVIINITDVDEPPIFQQPFYHFQLKENQK-KPLIGTVLAMDPDAAR
..:... : . . : :.. ::::::.:. :: .. :. : . : :::..
CCDS11 EMRFLNLGPFQDTTTVHISVEDVDEPPVFEPGFYFVEVPEDVAIGTTIQIISAKDPDVTN
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 HSIGYSIRRTSDKGQFFRVT-KKGDIYNEKELDREVYPWYNLTVEAKELDSTGTPTGKES
.:: ::: :.:: :.:: : : ... . :::: . :.:.:: : :... :. :
CCDS11 NSIRYSIDRSSDPGRFFYVDITTGALMTARPLDREEFSWHNITVLAMEMNN---PSQVGS
430 440 450 460 470
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pF1KB5 IVQVHIEVLDENDNAPEFAKPYQPKVCENAVHGQLVLQISAIDKDITPRNVK-FKFILNT
: : :.::: ::::::: . :. ::::: :::. .::.:.: ::: . : . :
CCDS11 -VPVTIKVLDVNDNAPEFPRFYEAFVCENAKAGQLIQTVSAVDQD-DPRNGQHFYYSLAP
480 490 500 510 520 530
530 540 550 560 570
pF1KB5 EN----NFTLTDNHDNTANITVKYGQFDREHTKVHFLPVVISDNGMPSRTGTSTLTVAVC
: :::. ::.:::: : .. . : ... .: ::..:.:.:.: ..:.:::. ::
CCDS11 EAANNPNFTIRDNQDNTARILTRRSGFRQQEQSVFHLPILIADSGQPVLSSTGTLTIQVC
540 550 560 570 580 590
580 590 600 610 620 630
pF1KB5 KCNEQGEFTFCEDMAAQVGVSIQ--AVVAILLCILTITVITLLIFLRRRLRKQARAHGKS
.:...:. : : .. ::.. :..::: ::... :..:::. :: :::
CCDS11 SCDDDGHVMSCSPEAYMLPVSLSRGALIAILACIFVLLVLVLLILSMRRHRKQPYIIDDE
600 610 620 630 640 650
640 650 660 670 680 690
pF1KB5 VPEIHEQLVTYDEEGGGEMDTTSYDVSVLNSVR--RGGAKPPRPALDARPSLYAQVQKPP
.:::..: ::.::::: :: ..:.... . : ..:: : .: .. ....
CCDS11 -ENIHENIVRYDDEGGGEEDTEAFDIAAMWNPREAQAGAAPK-----TRQDMLPEIESLS
660 670 680 690 700
700 710 720 730 740 750
pF1KB5 RHAPGAHGGPGEMAAMIEVKKDEADHDGDGPPYDTLHIYGYEGSESIAESLSSLGTDSSD
:..: . . . . ... .: ::: : .::.:.:. : .::. :.: ::::: . .::
CCDS11 RYVPQTCAVNSTVHSYVLAKLYEADMDLWAPPFDSLQTYMFEGDGSVAGSLSSLQSATSD
710 720 730 740 750 760
760 770 780
pF1KB5 SDVDYDFLNDWGPRFKMLAELYGSDPREELLY
:. ..:::.::::::. ::::::.
CCDS11 SEQSFDFLTDWGPRFRKLAELYGASEGPAPLW
770 780 790 800
>>CCDS3889.1 CDH18 gene_id:1016|Hs108|chr5 (790 aa)
initn: 1502 init1: 398 opt: 1845 Z-score: 1924.4 bits: 366.9 E(32554): 7.2e-101
Smith-Waterman score: 1845; 41.4% identity (68.9% similar) in 747 aa overlap (42-775:48-782)
20 30 40 50 60 70
pF1KB5 GACLGLLAVAAVAAAGANPAQRDTHSLLPTHRRQKRDWIWNQMHIDEEKNTSLPHHVGKI
:.: :: :.:::. . ::. :..:::.
CCDS38 FVQRCYGTAHHSSIKVMRNQTKHIEGETEVHHRPKRGWVWNQFFVLEEHMGPDPQYVGKL
20 30 40 50 60 70
80 90 100 110 120
pF1KB5 KSSVSRKNA--KYLLKGEYVGKVFRVDAETGDVFAIERLDRENISEYHLTAVIVDKDTGE
.:. .. .. ::.: :: .: .: .: :::. . . ::::. ..: : : .:. :..
CCDS38 HSNSDKGDGSVKYILTGEGAGTIFIIDDTTGDIHSTKSLDREQKTHYVLHAQAIDRRTNK
80 90 100 110 120 130
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 NLETPSSFTIKVHDVNDNWPVFTHRLFNASVPESSAVGTSVISVTAVDADDPTVGDHASV
:: : : :::.:.::: : :: . ..::: : .::::..:::.:::::: :. : :
CCDS38 PLEPESEFIIKVQDINDNAPKFTDGPYIVTVPEMSDMGTSVLQVTATDADDPTYGNSARV
140 150 160 170 180 190
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 MYQILKGKEYFAID-NSGRIITITKSLDREKQARYEIVVEARDAQGLRGD-SGTATVLVT
.:.::.:. ::..: ..: : : ...::: . .: .:..:.: : : ::..:: .:
CCDS38 VYSILQGQPYFSVDPKTGVIRTALHNMDREAREHYSVVIQAKDMAGQVGGLSGSTTVNIT
200 210 220 230 240 250
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 LQDINDNFPFFTQTKYTFVVPEDTRVGTSVGSLFVEDPDEPQNRMTKYSILRGDYQDAFT
: :.::: : : : .: . :::...::..::.. ..: : .: :::. :: . :.
CCDS38 LTDVNDNPPRFPQKHYQLYVPESAQVGSAVGKIKANDADTGSNADMTYSIINGDGMGIFS
260 270 280 290 300 310
310 320 330 340 350 360
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