Result of FASTA (omim) for
pF1KB5672
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5672, 536 aa
1>>>pF1KB5672 536 - 536 aa - 536 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9330+/-0.000393; mu= 15.1686+/- 0.024
mean_var=89.2148+/-18.338, 0's: 0 Z-trim(113.4): 121 B-trim: 1004 in 1/49
Lambda= 0.135786
statistics sampled from 22648 (22796) to 22648 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.638), E-opt: 0.2 (0.267), width: 16
Scan time: 7.800
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_036448 (OMIM: 610563) importin subunit alpha-7 ( 536) 3505 697.2 3.2e-200
XP_005270768 (OMIM: 610563) PREDICTED: importin su ( 566) 3498 695.9 8.7e-200
XP_016866328 (OMIM: 604545) PREDICTED: importin su ( 539) 3012 600.6 3.8e-171
NP_002260 (OMIM: 604545) importin subunit alpha-6 ( 539) 3012 600.6 3.8e-171
XP_011534107 (OMIM: 604545) PREDICTED: importin su ( 559) 3005 599.3 1e-170
XP_016866327 (OMIM: 604545) PREDICTED: importin su ( 559) 3005 599.3 1e-170
XP_016866329 (OMIM: 604545) PREDICTED: importin su ( 536) 3003 598.9 1.3e-170
NP_002255 (OMIM: 600686) importin subunit alpha-5 ( 538) 2891 576.9 5.2e-164
XP_005247494 (OMIM: 600686) PREDICTED: importin su ( 538) 2891 576.9 5.2e-164
XP_011511097 (OMIM: 600686) PREDICTED: importin su ( 477) 2610 521.9 1.8e-147
XP_011511099 (OMIM: 600686) PREDICTED: importin su ( 337) 1987 399.7 7.3e-111
XP_016861852 (OMIM: 600686) PREDICTED: importin su ( 337) 1987 399.7 7.3e-111
XP_016861854 (OMIM: 600686) PREDICTED: importin su ( 337) 1987 399.7 7.3e-111
XP_016861853 (OMIM: 600686) PREDICTED: importin su ( 337) 1987 399.7 7.3e-111
XP_005247496 (OMIM: 600686) PREDICTED: importin su ( 337) 1987 399.7 7.3e-111
XP_016866330 (OMIM: 604545) PREDICTED: importin su ( 332) 1978 397.9 2.4e-110
XP_016866332 (OMIM: 604545) PREDICTED: importin su ( 327) 1971 396.6 6.2e-110
XP_016866331 (OMIM: 604545) PREDICTED: importin su ( 327) 1971 396.6 6.2e-110
NP_002259 (OMIM: 602970) importin subunit alpha-3 ( 521) 1597 323.4 1e-87
NP_002258 (OMIM: 601892) importin subunit alpha-4 ( 521) 1556 315.4 2.7e-85
NP_001307540 (OMIM: 600685) importin subunit alpha ( 529) 1521 308.6 3.2e-83
NP_002257 (OMIM: 600685) importin subunit alpha-1 ( 529) 1521 308.6 3.2e-83
XP_016876050 (OMIM: 601892) PREDICTED: importin su ( 497) 1499 304.2 6e-82
NP_001139187 (OMIM: 614107) importin subunit alpha ( 516) 1266 258.6 3.4e-68
XP_011514517 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 543) 1266 258.6 3.5e-68
XP_016867703 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 521) 1233 252.1 3e-66
XP_016867701 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 521) 1233 252.1 3e-66
XP_016867702 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 521) 1233 252.1 3e-66
XP_016867699 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 537) 1233 252.1 3.1e-66
XP_016867697 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 548) 1233 252.1 3.1e-66
XP_016867700 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 522) 1232 251.9 3.5e-66
XP_016867698 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 544) 1165 238.8 3.2e-62
XP_016867705 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 425) 1139 233.7 8.9e-61
XP_016867704 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 487) 966 199.8 1.6e-50
NP_758442 (OMIM: 605730) sperm-associated antigen ( 458) 269 63.2 1.9e-09
NP_001240784 (OMIM: 605730) sperm-associated antig ( 484) 269 63.3 2e-09
XP_005252702 (OMIM: 605730) PREDICTED: sperm-assoc ( 506) 269 63.3 2.1e-09
NP_036575 (OMIM: 605730) sperm-associated antigen ( 509) 269 63.3 2.1e-09
NP_001240783 (OMIM: 605730) sperm-associated antig ( 484) 267 62.9 2.6e-09
NP_001093899 (OMIM: 179502) rap1 GTPase-GDP dissoc ( 558) 157 41.4 0.009
NP_001093898 (OMIM: 179502) rap1 GTPase-GDP dissoc ( 559) 157 41.4 0.009
>>NP_036448 (OMIM: 610563) importin subunit alpha-7 [Hom (536 aa)
initn: 3505 init1: 3505 opt: 3505 Z-score: 3715.6 bits: 697.2 E(85289): 3.2e-200
Smith-Waterman score: 3505; 100.0% identity (100.0% similar) in 536 aa overlap (1-536:1-536)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 METMASPGKDNYRMKSYKNNALNPEEMRRRREEEGIQLRKQKREQQLFKRRNVELINEEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 METMASPGKDNYRMKSYKNNALNPEEMRRRREEEGIQLRKQKREQQLFKRRNVELINEEA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 AMFDSLLMDSYVSSTTGESVITREMVEMLFSDDSDLQLATTQKFRKLLSKEPSPPIDEVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 AMFDSLLMDSYVSSTTGESVITREMVEMLFSDDSDLQLATTQKFRKLLSKEPSPPIDEVI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 NTPRVVDRFVEFLKRNENCTLQFEAAWALTNIASGTSQQTKIVIEAGAVPIFIELLNSDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 NTPRVVDRFVEFLKRNENCTLQFEAAWALTNIASGTSQQTKIVIEAGAVPIFIELLNSDF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 EDVQEQAVWALGNIAGDSSVCRDYVLNCSILNPLLTLLTKSTRLTMTRNAVWALSNLCRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 EDVQEQAVWALGNIAGDSSVCRDYVLNCSILNPLLTLLTKSTRLTMTRNAVWALSNLCRG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 KNPPPEFAKVSPCLPVLSRLLFSSDSDLLADACWALSYLSDGPNEKIQAVIDSGVCRRLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 KNPPPEFAKVSPCLPVLSRLLFSSDSDLLADACWALSYLSDGPNEKIQAVIDSGVCRRLV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 ELLMHNDYKVASPALRAVGNIVTGDDIQTQVILNCSALPCLLHLLSSPKESIRKEACWTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 ELLMHNDYKVASPALRAVGNIVTGDDIQTQVILNCSALPCLLHLLSSPKESIRKEACWTI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 SNITAGNRAQIQAVIDANIFPVLIEILQKAEFRTRKEAAWAITNATSGGTPEQIRYLVSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 SNITAGNRAQIQAVIDANIFPVLIEILQKAEFRTRKEAAWAITNATSGGTPEQIRYLVSL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 GCIKPLCDLLTVMDSKIVQVALNGLENILRLGEQEGKRSGSGVNPYCGLIEEAYGLDKIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 GCIKPLCDLLTVMDSKIVQVALNGLENILRLGEQEGKRSGSGVNPYCGLIEEAYGLDKIE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530
pF1KB5 FLQSHENQEIYQKAFDLIEHYFGVEDDDSSLAPQVDETQQQFIFQQPEAPMEGFQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 FLQSHENQEIYQKAFDLIEHYFGVEDDDSSLAPQVDETQQQFIFQQPEAPMEGFQL
490 500 510 520 530
>>XP_005270768 (OMIM: 610563) PREDICTED: importin subuni (566 aa)
initn: 3498 init1: 3498 opt: 3498 Z-score: 3707.8 bits: 695.9 E(85289): 8.7e-200
Smith-Waterman score: 3498; 100.0% identity (100.0% similar) in 535 aa overlap (2-536:32-566)
10 20 30
pF1KB5 METMASPGKDNYRMKSYKNNALNPEEMRRRR
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ALLPASLSAVLEGEASVQDSPGSVMKSYVSETMASPGKDNYRMKSYKNNALNPEEMRRRR
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB5 EEEGIQLRKQKREQQLFKRRNVELINEEAAMFDSLLMDSYVSSTTGESVITREMVEMLFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 EEEGIQLRKQKREQQLFKRRNVELINEEAAMFDSLLMDSYVSSTTGESVITREMVEMLFS
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB5 DDSDLQLATTQKFRKLLSKEPSPPIDEVINTPRVVDRFVEFLKRNENCTLQFEAAWALTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 DDSDLQLATTQKFRKLLSKEPSPPIDEVINTPRVVDRFVEFLKRNENCTLQFEAAWALTN
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB5 IASGTSQQTKIVIEAGAVPIFIELLNSDFEDVQEQAVWALGNIAGDSSVCRDYVLNCSIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 IASGTSQQTKIVIEAGAVPIFIELLNSDFEDVQEQAVWALGNIAGDSSVCRDYVLNCSIL
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB5 NPLLTLLTKSTRLTMTRNAVWALSNLCRGKNPPPEFAKVSPCLPVLSRLLFSSDSDLLAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 NPLLTLLTKSTRLTMTRNAVWALSNLCRGKNPPPEFAKVSPCLPVLSRLLFSSDSDLLAD
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KB5 ACWALSYLSDGPNEKIQAVIDSGVCRRLVELLMHNDYKVASPALRAVGNIVTGDDIQTQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ACWALSYLSDGPNEKIQAVIDSGVCRRLVELLMHNDYKVASPALRAVGNIVTGDDIQTQV
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KB5 ILNCSALPCLLHLLSSPKESIRKEACWTISNITAGNRAQIQAVIDANIFPVLIEILQKAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ILNCSALPCLLHLLSSPKESIRKEACWTISNITAGNRAQIQAVIDANIFPVLIEILQKAE
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KB5 FRTRKEAAWAITNATSGGTPEQIRYLVSLGCIKPLCDLLTVMDSKIVQVALNGLENILRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 FRTRKEAAWAITNATSGGTPEQIRYLVSLGCIKPLCDLLTVMDSKIVQVALNGLENILRL
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KB5 GEQEGKRSGSGVNPYCGLIEEAYGLDKIEFLQSHENQEIYQKAFDLIEHYFGVEDDDSSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GEQEGKRSGSGVNPYCGLIEEAYGLDKIEFLQSHENQEIYQKAFDLIEHYFGVEDDDSSL
490 500 510 520 530 540
520 530
pF1KB5 APQVDETQQQFIFQQPEAPMEGFQL
:::::::::::::::::::::::::
XP_005 APQVDETQQQFIFQQPEAPMEGFQL
550 560
>>XP_016866328 (OMIM: 604545) PREDICTED: importin subuni (539 aa)
initn: 3016 init1: 2668 opt: 3012 Z-score: 3193.6 bits: 600.6 E(85289): 3.8e-171
Smith-Waterman score: 3012; 84.0% identity (94.6% similar) in 539 aa overlap (1-536:1-539)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 METMASPGKDNYRMKSYKNNALNPEEMRRRREEEGIQLRKQKREQQLFKRRNVELINEEA
:..::::::::::::::::.::::.:::::::::::::::::::.:::::::: : ..
XP_016 MDAMASPGKDNYRMKSYKNKALNPQEMRRRREEEGIQLRKQKREEQLFKRRNVYLPRNDE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB5 AMFDSLLMDSYVSSTTG---ESVITREMVEMLFSDDSDLQLATTQKFRKLLSKEPSPPID
.:..: ..: .:::. : :.: .::.:.::...: ::..::::::::::::.::::
XP_016 SMLESPIQDPDISSTVPIPEEEVVTTDMVQMIFSNNADQQLTATQKFRKLLSKEPNPPID
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 EVINTPRVVDRFVEFLKRNENCTLQFEAAWALTNIASGTSQQTKIVIEAGAVPIFIELLN
.::. : ::.:::.::.:::::::::::::::::::::: .::.:::.:::::::.:::
XP_016 QVIQKPGVVQRFVKFLERNENCTLQFEAAWALTNIASGTFLHTKVVIETGAVPIFIKLLN
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 SDFEDVQEQAVWALGNIAGDSSVCRDYVLNCSILNPLLTLLTKSTRLTMTRNAVWALSNL
:. :::::::::::::::::.. :::.:::: :: ::: :::.:.::: :::::::::::
XP_016 SEHEDVQEQAVWALGNIAGDNAECRDFVLNCEILPPLLELLTNSNRLTTTRNAVWALSNL
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 CRGKNPPPEFAKVSPCLPVLSRLLFSSDSDLLADACWALSYLSDGPNEKIQAVIDSGVCR
::::::::.:.:::::: :::::::::: :.:::.::::::::::::.::::::::::::
XP_016 CRGKNPPPNFSKVSPCLNVLSRLLFSSDPDVLADVCWALSYLSDGPNDKIQAVIDSGVCR
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 RLVELLMHNDYKVASPALRAVGNIVTGDDIQTQVILNCSALPCLLHLLSSPKESIRKEAC
:::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RLVELLMHNDYKVVSPALRAVGNIVTGDDIQTQVILNCSALPCLLHLLSSPKESIRKEAC
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 WTISNITAGNRAQIQAVIDANIFPVLIEILQKAEFRTRKEAAWAITNATSGGTPEQIRYL
::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 WTVSNITAGNRAQIQAVIDANIFPVLIEILQKAEFRTRKEAAWAITNATSGGTPEQIRYL
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 VSLGCIKPLCDLLTVMDSKIVQVALNGLENILRLGEQEGKRSGSGVNPYCGLIEEAYGLD
:.::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:..: :.::::.:::::::::
XP_016 VALGCIKPLCDLLTVMDSKIVQVALNGLENILRLGEQESKQNGIGINPYCALIEEAYGLD
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 KIEFLQSHENQEIYQKAFDLIEHYFGVEDDDSSLAPQVDETQQQFIFQQPEAPMEGFQL
::::::::::::::::::::::::::::.:: :..:::::.:::::::: ::::.::::
XP_016 KIEFLQSHENQEIYQKAFDLIEHYFGVEEDDPSIVPQVDENQQQFIFQQQEAPMDGFQL
490 500 510 520 530
>>NP_002260 (OMIM: 604545) importin subunit alpha-6 [Hom (539 aa)
initn: 3016 init1: 2668 opt: 3012 Z-score: 3193.6 bits: 600.6 E(85289): 3.8e-171
Smith-Waterman score: 3012; 84.0% identity (94.6% similar) in 539 aa overlap (1-536:1-539)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 METMASPGKDNYRMKSYKNNALNPEEMRRRREEEGIQLRKQKREQQLFKRRNVELINEEA
:..::::::::::::::::.::::.:::::::::::::::::::.:::::::: : ..
NP_002 MDAMASPGKDNYRMKSYKNKALNPQEMRRRREEEGIQLRKQKREEQLFKRRNVYLPRNDE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB5 AMFDSLLMDSYVSSTTG---ESVITREMVEMLFSDDSDLQLATTQKFRKLLSKEPSPPID
.:..: ..: .:::. : :.: .::.:.::...: ::..::::::::::::.::::
NP_002 SMLESPIQDPDISSTVPIPEEEVVTTDMVQMIFSNNADQQLTATQKFRKLLSKEPNPPID
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 EVINTPRVVDRFVEFLKRNENCTLQFEAAWALTNIASGTSQQTKIVIEAGAVPIFIELLN
.::. : ::.:::.::.:::::::::::::::::::::: .::.:::.:::::::.:::
NP_002 QVIQKPGVVQRFVKFLERNENCTLQFEAAWALTNIASGTFLHTKVVIETGAVPIFIKLLN
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 SDFEDVQEQAVWALGNIAGDSSVCRDYVLNCSILNPLLTLLTKSTRLTMTRNAVWALSNL
:. :::::::::::::::::.. :::.:::: :: ::: :::.:.::: :::::::::::
NP_002 SEHEDVQEQAVWALGNIAGDNAECRDFVLNCEILPPLLELLTNSNRLTTTRNAVWALSNL
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 CRGKNPPPEFAKVSPCLPVLSRLLFSSDSDLLADACWALSYLSDGPNEKIQAVIDSGVCR
::::::::.:.:::::: :::::::::: :.:::.::::::::::::.::::::::::::
NP_002 CRGKNPPPNFSKVSPCLNVLSRLLFSSDPDVLADVCWALSYLSDGPNDKIQAVIDSGVCR
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 RLVELLMHNDYKVASPALRAVGNIVTGDDIQTQVILNCSALPCLLHLLSSPKESIRKEAC
:::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 RLVELLMHNDYKVVSPALRAVGNIVTGDDIQTQVILNCSALPCLLHLLSSPKESIRKEAC
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 WTISNITAGNRAQIQAVIDANIFPVLIEILQKAEFRTRKEAAWAITNATSGGTPEQIRYL
::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 WTVSNITAGNRAQIQAVIDANIFPVLIEILQKAEFRTRKEAAWAITNATSGGTPEQIRYL
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 VSLGCIKPLCDLLTVMDSKIVQVALNGLENILRLGEQEGKRSGSGVNPYCGLIEEAYGLD
:.::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:..: :.::::.:::::::::
NP_002 VALGCIKPLCDLLTVMDSKIVQVALNGLENILRLGEQESKQNGIGINPYCALIEEAYGLD
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 KIEFLQSHENQEIYQKAFDLIEHYFGVEDDDSSLAPQVDETQQQFIFQQPEAPMEGFQL
::::::::::::::::::::::::::::.:: :..:::::.:::::::: ::::.::::
NP_002 KIEFLQSHENQEIYQKAFDLIEHYFGVEEDDPSIVPQVDENQQQFIFQQQEAPMDGFQL
490 500 510 520 530
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10 20 30 40 50 60
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::::::::.:.:::::: :::::::::: :.:::.::::::::::::.::::::::::::
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NP_002 L
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pF1KB5 NLCRGKNPPPEFAKVSPCLPVLSRLLFSSDSDLLADACWALSYLSDGPNEKIQAVIDSGV
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XP_005 NLCRGKSPPPEFAKVSPCLNVLSWLLFVSDTDVLADACWALSYLSDGPNDKIQAVIDAGV
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:::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::.::
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:::::::::::::::::.::::::::.:: ::: ::::::::::::::::::::. :::.
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XP_005 YLVELGCIKPLCDLLTVMDSKIVQVALNGLENILRLGEQEAKRNGTGINPYCALIEEAYG
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pF1KB5 L
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XP_005 L
>>XP_011511097 (OMIM: 600686) PREDICTED: importin subuni (477 aa)
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XP_011 MSDGGFHEAQISNMEMAPGGVITSDMIEMIFSKSPEQQLSATQKFRKLLS
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:::::::.:.:::::::::::::::::::..::::::.:.:: ::: :..:..:::::::
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