Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5679
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5679, 960 aa
1>>>pF1KB5679 960 - 960 aa - 960 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7455+/-0.00135; mu= 18.5632+/- 0.081
mean_var=67.5647+/-13.655, 0's: 0 Z-trim(99.4): 31 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.156032
statistics sampled from 5681 (5704) to 5681 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.519), E-opt: 0.2 (0.175), width: 16
Scan time: 4.120
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4086.1 ERAP2 gene_id:64167|Hs108|chr5 ( 960) 6406 1452.1 0
CCDS47250.1 ERAP1 gene_id:51752|Hs108|chr5 ( 941) 3242 739.9 5.5e-213
CCDS4085.1 ERAP1 gene_id:51752|Hs108|chr5 ( 948) 3242 739.9 5.5e-213
CCDS9004.1 TRHDE gene_id:29953|Hs108|chr12 (1024) 1416 328.9 3.2e-89
CCDS3691.1 ENPEP gene_id:2028|Hs108|chr4 ( 957) 1194 278.9 3.4e-74
CCDS82149.1 NPEPPS gene_id:9520|Hs108|chr17 ( 915) 1181 275.9 2.4e-73
CCDS45721.1 NPEPPS gene_id:9520|Hs108|chr17 ( 919) 1179 275.5 3.4e-73
CCDS43346.1 LNPEP gene_id:4012|Hs108|chr5 (1011) 1133 265.2 4.8e-70
CCDS4087.1 LNPEP gene_id:4012|Hs108|chr5 (1025) 1133 265.2 4.9e-70
CCDS10356.1 ANPEP gene_id:290|Hs108|chr15 ( 967) 1051 246.7 1.7e-64
CCDS4124.1 LVRN gene_id:206338|Hs108|chr5 ( 990) 883 208.9 4.1e-53
>>CCDS4086.1 ERAP2 gene_id:64167|Hs108|chr5 (960 aa)
initn: 6406 init1: 6406 opt: 6406 Z-score: 7786.4 bits: 1452.1 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6406; 100.0% identity (100.0% similar) in 960 aa overlap (1-960:1-960)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MFHSSAMVNSHRKPMFNIHRGFYCLTAILPQICICSQFSVPSSYHFTEDPGAFPVATNGE
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CCDS40 MFHSSAMVNSHRKPMFNIHRGFYCLTAILPQICICSQFSVPSSYHFTEDPGAFPVATNGE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 RFPWQELRLPSVVIPLHYDLFVHPNLTSLDFVASEKIEVLVSNATQFIILHSKDLEITNA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 TLQSEEDSRYMKPGKELKVLSYPAHEQIALLVPEKLTPHLKYYVAMDFQAKLGDGFEGFY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 TLQSEEDSRYMKPGKELKVLSYPAHEQIALLVPEKLTPHLKYYVAMDFQAKLGDGFEGFY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 KSTYRTLGGETRILAVTDFEPTQARMAFPCFDEPLFKANFSIKIRRESRHIALSNMPKVK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 TIELEGGLLEDHFETTVKMSTYLVAYIVCDFHSLSGFTSSGVKVSIYASPDKRNQTHYAL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 QASLKLLDFYEKYFDIYYPLSKLDLIAIPDFAPGAMENWGLITYRETSLLFDPKTSSASD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 KLWVTRVIAHELAHQWFGNLVTMEWWNDIWLKEGFAKYMELIAVNATYPELQFDDYFLNV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 KLWVTRVIAHELAHQWFGNLVTMEWWNDIWLKEGFAKYMELIAVNATYPELQFDDYFLNV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 CFEVITKDSLNSSRPISKPAETPTQIQEMFDEVSYNKGACILNMLKDFLGEEKFQKGIIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 CFEVITKDSLNSSRPISKPAETPTQIQEMFDEVSYNKGACILNMLKDFLGEEKFQKGIIQ
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 YLKKFSYRNAKNDDLWSSLSNSCLESDFTSGGVCHSDPKMTSNMLAFLGENAEVKEMMTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 YLKKFSYRNAKNDDLWSSLSNSCLESDFTSGGVCHSDPKMTSNMLAFLGENAEVKEMMTT
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550 560 570 580 590 600
pF1KB5 WTLQKGIPLLVVKQDGCSLRLQQERFLQGVFQEDPEWRALQERYLWHIPLTYSTSSSNVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 WTLQKGIPLLVVKQDGCSLRLQQERFLQGVFQEDPEWRALQERYLWHIPLTYSTSSSNVI
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 HRHILKSKTDTLDLPEKTSWVKFNVDSNGYYIVHYEGHGWDQLITQLNQNHTLLRPKDRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 HRHILKSKTDTLDLPEKTSWVKFNVDSNGYYIVHYEGHGWDQLITQLNQNHTLLRPKDRV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 GLIHDVFQLVGAGRLTLDKALDMTYYLQHETSSPALLEGLSYLESFYHMMDRRNISDISE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 GLIHDVFQLVGAGRLTLDKALDMTYYLQHETSSPALLEGLSYLESFYHMMDRRNISDISE
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 NLKRYLLQYFKPVIDRQSWSDKGSVWDRMLRSALLKLACDLNHAPCIQKAAELFSQWMES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 NLKRYLLQYFKPVIDRQSWSDKGSVWDRMLRSALLKLACDLNHAPCIQKAAELFSQWMES
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB5 SGKLNIPTDVLKIVYSVGAQTTAGWNYLLEQYELSMSSAEQNKILYALSTSKHQEKLLKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 SGKLNIPTDVLKIVYSVGAQTTAGWNYLLEQYELSMSSAEQNKILYALSTSKHQEKLLKL
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB5 IELGMEGKVIKTQNLAALLHAIARRPKGQQLAWDFVRENWTHLLKKFDLGSYDIRMIISG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 IELGMEGKVIKTQNLAALLHAIARRPKGQQLAWDFVRENWTHLLKKFDLGSYDIRMIISG
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB5 TTAHFSSKDKLQEVKLFFESLEAQGSHLDIFQTVLETITKNIKWLEKNLPTLRTWLMVNT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 TTAHFSSKDKLQEVKLFFESLEAQGSHLDIFQTVLETITKNIKWLEKNLPTLRTWLMVNT
910 920 930 940 950 960
>>CCDS47250.1 ERAP1 gene_id:51752|Hs108|chr5 (941 aa)
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Smith-Waterman score: 3243; 51.2% identity (78.7% similar) in 936 aa overlap (23-956:15-933)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MFHSSAMVNSHRKPMFNIHRGFYCLTAILPQICICSQFSVPSSYHFTEDPGAFPVATNGE
. :...: . . :.:: . :: : : ..:
CCDS47 MVFLPLKWSLATMSFLLSSLLALLTV----STPSWCQSTE---ASPKRSDGT
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 RFPWQELRLPSVVIPLHYDLFVHPNLTSLDFVASEKIEVLVSNATQFIILHSKDLEITNA
:::...::: :::.::::..: :::.: : .. :.:. .:. :. :::::. :.:. :
CCDS47 PFPWNKIRLPEYVIPVHYDLLIHANLTTLTFWGTTKVEITASQPTSTIILHSHHLQISRA
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 TLQSEEDSRYMKPGKELKVLSYPAHEQIALLVPEKLTPHLKYYVAMDFQAKLGDGFEGFY
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CCDS47 TLRKGAGERLSE--EPLQVLEHPRQEQIALLAPEPLLVGLPYTVVIHYAGNLSETFHGFY
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 KSTYRTLGGETRILAVTDFEPTQARMAFPCFDEPLFKANFSIKIRRESRHIALSNMPKVK
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CCDS47 KSTYRTKEGELRILASTQFEPTAARMAFPCFDEPAFKASFSIKIRREPRHLAISNMPLVK
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 TIELEGGLLEDHFETTVKMSTYLVAYIVCDFHSLSGFTSSGVKVSIYASPDKRNQTHYAL
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CCDS47 SVTVAEGLIEDHFDVTVKMSTYLVAFIISDFESVSKITKSGVKVSVYAVPDKINQADYAL
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 QASLKLLDFYEKYFDIYYPLSKLDLIAIPDFAPGAMENWGLITYRETSLLFDPKTSSASD
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pF1KB5 KLWVTRVIAHELAHQWFGNLVTMEWWNDIWLKEGFAKYMELIAVNATYPELQFDDYFLNV
:: .: ..::::::::::::::::::::.::.:::::.::...:..:.:::. :::..
CCDS47 KLGITMTVAHELAHQWFGNLVTMEWWNDLWLNEGFAKFMEFVSVSVTHPELKVGDYFFGK
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 CFEVITKDSLNSSRPISKPAETPTQIQEMFDEVSYNKGACILNMLKDFLGEEKFQKGIIQ
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CCDS47 CFDAMEVDALNSSHPVSTPVENPAQIREMFDDVSYDKGACILNMLREYLSADAFKSGIVQ
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pF1KB5 YLKKFSYRNAKNDDLWSSLSNSCLESDFTSG--GVCHSDPKMTSNMLAFLGENAEVKEMM
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CCDS47 YLQKHSYKNTKNEDLWDSMASIC-PTDGVKGMDGFC-SRSQHSSSSSHWHQEGVDVKTMM
470 480 490 500 510 520
540 550 560 570 580 590
pF1KB5 TTWTLQKGIPLLVVKQDGCSLRLQQERFLQGVFQEDPEWRALQERYLWHIPLTYSTSSSN
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CCDS47 NTWTLQKGFPLITITVRGRNVHMKQEHYMKG---SDG---APDTGYLWHVPLTFITSKSD
530 540 550 560 570
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pF1KB5 VIHRHILKSKTDTLDLPEKTSWVKFNVDSNGYYIVHYEGHGWDQLITQLNQNHTLLRPKD
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CCDS47 MVHRFLLKTKTDVLILPEEVEWIKFNVGMNGYYIVHYEDDGWDSLTGLLKGTHTAVSSND
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pF1KB5 RVGLIHDVFQLVGAGRLTLDKALDMTYYLQHETSSPALLEGLSYLESFYHMMDRRNISDI
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CCDS47 RASLINNAFQLVSIGKLSIEKALDLSLYLKHETEIMPVFQGLNELIPMYKLMEKRDMNEV
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pF1KB5 SENLKRYLLQYFKPVIDRQSWSDKGSVWDRMLRSALLKLACDLNHAPCIQKAAELFSQWM
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CCDS47 ETQFKAFLIRLLRDLIDKQTWTDEGSVSERMLRSQLLLLACVHNYQPCVQRAEGYFRKWK
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pF1KB5 ESSGKLNIPTDVLKIVYSVGAQTTAGWNYLLEQYELSMSSAEQNKILYALSTSKHQEKLL
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CCDS47 ESNGNLSLPVDVTLAVFAVGAQSTEGWDFLYSKYQFSLSSTEKSQIEFALCRTQNKEKLQ
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pF1KB5 KLIELGMEGKVIKTQNLAALLHAIARRPKGQQLAWDFVRENWTHLLKKFDLGSYDIRMII
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CCDS47 WLLDESFKGDKIKTQEFPQILTLIGRNPVGYPLAWQFLRKNWNKLVQKFELGSSSIAHMV
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pF1KB5 SGTTAHFSSKDKLQEVKLFFESLEAQGSHLDIFQTVLETITKNIKWLEKNLPTLRTWLMV
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CCDS47 MGTTNQFSTRTRLEEVKGFFSSLKENGSQLRCVQQTIETIEENIGWMDKNFDKIRVWLQS
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960
pF1KB5 NT
CCDS47 EKLERM
940
>>CCDS4085.1 ERAP1 gene_id:51752|Hs108|chr5 (948 aa)
initn: 3215 init1: 1752 opt: 3242 Z-score: 3937.2 bits: 739.9 E(32554): 5.5e-213
Smith-Waterman score: 3243; 51.2% identity (78.7% similar) in 936 aa overlap (23-956:15-933)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MFHSSAMVNSHRKPMFNIHRGFYCLTAILPQICICSQFSVPSSYHFTEDPGAFPVATNGE
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CCDS40 MVFLPLKWSLATMSFLLSSLLALLTV----STPSWCQSTE---ASPKRSDGT
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pF1KB5 RFPWQELRLPSVVIPLHYDLFVHPNLTSLDFVASEKIEVLVSNATQFIILHSKDLEITNA
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CCDS40 PFPWNKIRLPEYVIPVHYDLLIHANLTTLTFWGTTKVEITASQPTSTIILHSHHLQISRA
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pF1KB5 TLQSEEDSRYMKPGKELKVLSYPAHEQIALLVPEKLTPHLKYYVAMDFQAKLGDGFEGFY
::.. : . . :.:: .: .::::::.:: : : : :.. . ..:.. :.:::
CCDS40 TLRKGAGERLSE--EPLQVLEHPRQEQIALLAPEPLLVGLPYTVVIHYAGNLSETFHGFY
110 120 130 140 150 160
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pF1KB5 KSTYRTLGGETRILAVTDFEPTQARMAFPCFDEPLFKANFSIKIRRESRHIALSNMPKVK
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CCDS40 KSTYRTKEGELRILASTQFEPTAARMAFPCFDEPAFKASFSIKIRREPRHLAISNMPLVK
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pF1KB5 TIELEGGLLEDHFETTVKMSTYLVAYIVCDFHSLSGFTSSGVKVSIYASPDKRNQTHYAL
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CCDS40 SVTVAEGLIEDHFDVTVKMSTYLVAFIISDFESVSKITKSGVKVSVYAVPDKINQADYAL
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pF1KB5 QASLKLLDFYEKYFDIYYPLSKLDLIAIPDFAPGAMENWGLITYRETSLLFDPKTSSASD
.:.. ::.::: ::.: ::: : :: ::::: :::::::: ::::..:::: . ::::.
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:: .: ..::::::::::::::::::::.::.:::::.::...:..:.:::. :::..
CCDS40 KLGITMTVAHELAHQWFGNLVTMEWWNDLWLNEGFAKFMEFVSVSVTHPELKVGDYFFGK
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pF1KB5 CFEVITKDSLNSSRPISKPAETPTQIQEMFDEVSYNKGACILNMLKDFLGEEKFQKGIIQ
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CCDS40 CFDAMEVDALNSSHPVSTPVENPAQIREMFDDVSYDKGACILNMLREYLSADAFKSGIVQ
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pF1KB5 YLKKFSYRNAKNDDLWSSLSNSCLESDFTSG--GVCHSDPKMTSNMLAFLGENAEVKEMM
::.: ::.:.::.:::.:... : .: ..: : : : . .:. . :...:: ::
CCDS40 YLQKHSYKNTKNEDLWDSMASIC-PTDGVKGMDGFC-SRSQHSSSSSHWHQEGVDVKTMM
470 480 490 500 510 520
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pF1KB5 TTWTLQKGIPLLVVKQDGCSLRLQQERFLQGVFQEDPEWRALQERYLWHIPLTYSTSSSN
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CCDS40 MVHRFLLKTKTDVLILPEEVEWIKFNVGMNGYYIVHYEDDGWDSLTGLLKGTHTAVSSND
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CCDS40 RASLINNAFQLVSIGKLSIEKALDLSLYLKHETEIMPVFQGLNELIPMYKLMEKRDMNEV
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CCDS40 ETQFKAFLIRLLRDLIDKQTWTDEGSVSERMLRSQLLLLACVHNYQPCVQRAEGYFRKWK
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CCDS40 ESNGNLSLPVDVTLAVFAVGAQSTEGWDFLYSKYQFSLSSTEKSQIEFALCRTQNKEKLQ
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CCDS82 TQFVSADYTRAQELDALDNSHPIEVSVGHPSEVDEIFDAISYSKGASVIRMLHDYIGDKD
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CCDS82 MVPITISTSEDPNQAKLKILMDKPEMNVVLKNVKPDQWVKLNLGTVGFYRTQYSSAMLES
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CCDS82 LLPGIRD--LSLPPVDRLGLQNDLFSLARAGIISTVEVLKVMEAFVNEPNYTVWSDLSCN
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CCDS82 QEEKNRIERVLGATLLPDLIQKVLTFAL-SEEVRPQDTVSVIGGVAGGSKHGRKAAWKFI
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CCDS82 KDNWEELYNRYQ-GGFLISRLIKLSVEGFAV-DKMAGEVKAFFESHPAPSAERTI-QQCC
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CCDS43 WWL
1010
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CCDS40 WWL
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CCDS10 DLAGFYRSEYME-GNVRKVVATTQMQAADARKSFPCFDEPAMKAEFNITLIHPKDLTALS
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CCDS10 NMLPKGPSTPLPEDPNWNVTEFHTTPKMSTYLLAFIVSEFDYVEKQASNGVLIRIWARPS
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