FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5705, 744 aa
1>>>pF1KB5705 744 - 744 aa - 744 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0632+/-0.00107; mu= 13.2253+/- 0.064
mean_var=184.8153+/-38.581, 0's: 0 Z-trim(109.6): 124 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.094342
statistics sampled from 10872 (11006) to 10872 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.697), E-opt: 0.2 (0.338), width: 16
Scan time: 4.390
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7764.1 TRIM3 gene_id:10612|Hs108|chr11 ( 744) 4991 692.6 5.7e-199
CCDS58115.1 TRIM3 gene_id:10612|Hs108|chr11 ( 625) 4122 574.3 2e-163
CCDS47147.1 TRIM2 gene_id:23321|Hs108|chr4 ( 744) 3470 485.6 1.2e-136
CCDS3781.2 TRIM2 gene_id:23321|Hs108|chr4 ( 771) 3470 485.6 1.2e-136
CCDS893.1 TRIM45 gene_id:80263|Hs108|chr1 ( 580) 514 83.2 1.3e-15
CCDS43060.1 TRIM71 gene_id:131405|Hs108|chr3 ( 868) 454 75.2 4.9e-13
>>CCDS7764.1 TRIM3 gene_id:10612|Hs108|chr11 (744 aa)
initn: 4991 init1: 4991 opt: 4991 Z-score: 3685.7 bits: 692.6 E(32554): 5.7e-199
Smith-Waterman score: 4991; 100.0% identity (100.0% similar) in 744 aa overlap (1-744:1-744)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MAKREDSPGPEVQPMDKQFLVCSICLDRYQCPKVLPCLHTFCERCLQNYIPAQSLTLSCP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 MAKREDSPGPEVQPMDKQFLVCSICLDRYQCPKVLPCLHTFCERCLQNYIPAQSLTLSCP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 VCRQTSILPEQGVSALQNNFFISSLMEAMQQAPDGAHDPEDPHPLSVVAGRPLSCPNHEG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 KTMEFYCEACETAMCGECRAGEHREHGTVLLRDVVEQHKAALQRQLEAVRGRLPQLSAAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 KTMEFYCEACETAMCGECRAGEHREHGTVLLRDVVEQHKAALQRQLEAVRGRLPQLSAAI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 ALVGGISQQLQERKAEALAQISAAFEDLEQALQQRKQALVSDLETICGAKQKVLQSQLDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 ALVGGISQQLQERKAEALAQISAAFEDLEQALQQRKQALVSDLETICGAKQKVLQSQLDT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 LRQGQEHIGSSCSFAEQALRLGSAPEVLLVRKHMRERLAALAAQAFPERPHENAQLELVL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 EVDGLRRSVLNLGALLTTSATAHETVATGEGLRQALVGQPASLTVTTKDKDGRLVRTGSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 EVDGLRRSVLNLGALLTTSATAHETVATGEGLRQALVGQPASLTVTTKDKDGRLVRTGSA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 ELRAEITGPDGTRLPVPVVDHKNGTYELVYTARTEGELLLSVLLYGQPVRGSPFRVRALR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 ELRAEITGPDGTRLPVPVVDHKNGTYELVYTARTEGELLLSVLLYGQPVRGSPFRVRALR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 PGDLPPSPDDVKRRVKSPGGPGSHVRQKAVRRPSSMYSTGGKRKDNPIEDELVFRVGSRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 PGDLPPSPDDVKRRVKSPGGPGSHVRQKAVRRPSSMYSTGGKRKDNPIEDELVFRVGSRG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 REKGEFTNLQGVSAASSGRIVVADSNNQCIQVFSNEGQFKFRFGVRGRSPGQLQRPTGVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 REKGEFTNLQGVSAASSGRIVVADSNNQCIQVFSNEGQFKFRFGVRGRSPGQLQRPTGVA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 VDTNGDIIVADYDNRWVSIFSPEGKFKTKIGAGRLMGPKGVAVDRNGHIIVVDNKSCCVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 VDTNGDIIVADYDNRWVSIFSPEGKFKTKIGAGRLMGPKGVAVDRNGHIIVVDNKSCCVF
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 TFQPNGKLVGRFGGRGATDRHFAGPHFVAVNNKNEIVVTDFHNHSVKVYSADGEFLFKFG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 TFQPNGKLVGRFGGRGATDRHFAGPHFVAVNNKNEIVVTDFHNHSVKVYSADGEFLFKFG
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 SHGEGNGQFNAPTGVAVDSNGNIIVADWGNSRIQVFDSSGSFLSYINTSAEPLYGPQGLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 SHGEGNGQFNAPTGVAVDSNGNIIVADWGNSRIQVFDSSGSFLSYINTSAEPLYGPQGLA
670 680 690 700 710 720
730 740
pF1KB5 LTSDGHVVVADAGNHCFKAYRYLQ
::::::::::::::::::::::::
CCDS77 LTSDGHVVVADAGNHCFKAYRYLQ
730 740
>>CCDS58115.1 TRIM3 gene_id:10612|Hs108|chr11 (625 aa)
initn: 4122 init1: 4122 opt: 4122 Z-score: 3047.3 bits: 574.3 E(32554): 2e-163
Smith-Waterman score: 4122; 100.0% identity (100.0% similar) in 624 aa overlap (121-744:2-625)
100 110 120 130 140 150
pF1KB5 QAPDGAHDPEDPHPLSVVAGRPLSCPNHEGKTMEFYCEACETAMCGECRAGEHREHGTVL
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MKTMEFYCEACETAMCGECRAGEHREHGTVL
10 20 30
160 170 180 190 200 210
pF1KB5 LRDVVEQHKAALQRQLEAVRGRLPQLSAAIALVGGISQQLQERKAEALAQISAAFEDLEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LRDVVEQHKAALQRQLEAVRGRLPQLSAAIALVGGISQQLQERKAEALAQISAAFEDLEQ
40 50 60 70 80 90
220 230 240 250 260 270
pF1KB5 ALQQRKQALVSDLETICGAKQKVLQSQLDTLRQGQEHIGSSCSFAEQALRLGSAPEVLLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 ALQQRKQALVSDLETICGAKQKVLQSQLDTLRQGQEHIGSSCSFAEQALRLGSAPEVLLV
100 110 120 130 140 150
280 290 300 310 320 330
pF1KB5 RKHMRERLAALAAQAFPERPHENAQLELVLEVDGLRRSVLNLGALLTTSATAHETVATGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 RKHMRERLAALAAQAFPERPHENAQLELVLEVDGLRRSVLNLGALLTTSATAHETVATGE
160 170 180 190 200 210
340 350 360 370 380 390
pF1KB5 GLRQALVGQPASLTVTTKDKDGRLVRTGSAELRAEITGPDGTRLPVPVVDHKNGTYELVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 GLRQALVGQPASLTVTTKDKDGRLVRTGSAELRAEITGPDGTRLPVPVVDHKNGTYELVY
220 230 240 250 260 270
400 410 420 430 440 450
pF1KB5 TARTEGELLLSVLLYGQPVRGSPFRVRALRPGDLPPSPDDVKRRVKSPGGPGSHVRQKAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 TARTEGELLLSVLLYGQPVRGSPFRVRALRPGDLPPSPDDVKRRVKSPGGPGSHVRQKAV
280 290 300 310 320 330
460 470 480 490 500 510
pF1KB5 RRPSSMYSTGGKRKDNPIEDELVFRVGSRGREKGEFTNLQGVSAASSGRIVVADSNNQCI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 RRPSSMYSTGGKRKDNPIEDELVFRVGSRGREKGEFTNLQGVSAASSGRIVVADSNNQCI
340 350 360 370 380 390
520 530 540 550 560 570
pF1KB5 QVFSNEGQFKFRFGVRGRSPGQLQRPTGVAVDTNGDIIVADYDNRWVSIFSPEGKFKTKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 QVFSNEGQFKFRFGVRGRSPGQLQRPTGVAVDTNGDIIVADYDNRWVSIFSPEGKFKTKI
400 410 420 430 440 450
580 590 600 610 620 630
pF1KB5 GAGRLMGPKGVAVDRNGHIIVVDNKSCCVFTFQPNGKLVGRFGGRGATDRHFAGPHFVAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 GAGRLMGPKGVAVDRNGHIIVVDNKSCCVFTFQPNGKLVGRFGGRGATDRHFAGPHFVAV
460 470 480 490 500 510
640 650 660 670 680 690
pF1KB5 NNKNEIVVTDFHNHSVKVYSADGEFLFKFGSHGEGNGQFNAPTGVAVDSNGNIIVADWGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 NNKNEIVVTDFHNHSVKVYSADGEFLFKFGSHGEGNGQFNAPTGVAVDSNGNIIVADWGN
520 530 540 550 560 570
700 710 720 730 740
pF1KB5 SRIQVFDSSGSFLSYINTSAEPLYGPQGLALTSDGHVVVADAGNHCFKAYRYLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SRIQVFDSSGSFLSYINTSAEPLYGPQGLALTSDGHVVVADAGNHCFKAYRYLQ
580 590 600 610 620
>>CCDS47147.1 TRIM2 gene_id:23321|Hs108|chr4 (744 aa)
initn: 2184 init1: 1692 opt: 3470 Z-score: 2566.8 bits: 485.6 E(32554): 1.2e-136
Smith-Waterman score: 3470; 67.3% identity (88.5% similar) in 740 aa overlap (8-744:9-744)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MAKREDSPGPEVQPMDKQFLVCSICLDRYQCPKVLPCLHTFCERCLQNYIPAQSLTLSC
:.: :. .:::::.:::::.::. :::::::::::::::::::::.::::::
CCDS47 MASEGTNIPSPVVRQIDKQFLICSICLERYKNPKVLPCLHTFCERCLQNYIPAHSLTLSC
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 PVCRQTSILPEQGVSALQNNFFISSLMEAMQQAPDGAHDPEDP---HPLSVVAGRPLSCP
:::::::::::.::.::::::::..::...:..: :.. :. .:.::.:::::
CCDS47 PVCRQTSILPEKGVAALQNNFFITNLMDVLQRTP-GSNAEESSILETVTAVAAGKPLSCP
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 NHEGKTMEFYCEACETAMCGECRAGEHREHGTVLLRDVVEQHKAALQRQLEAVRGRLPQL
::.:..:::::..:::::: :: ::: :: :: :.::::::::.:: ::.:: :::..
CCDS47 NHDGNVMEFYCQSCETAMCRECTEGEHAEHPTVPLKDVVEQHKASLQVQLDAVNKRLPEI
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 SAAIALVGGISQQLQERKAEALAQISAAFEDLEQALQQRKQALVSDLETICGAKQKVLQS
..:. ... : .:: ..:: . .: ..:..:...:. ::..:. .::. : :.:::::
CCDS47 DSALQFISEIIHQLTNQKASIVDDIHSTFDELQKTLNVRKSVLLMELEVNYGLKHKVLQS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 QLDTLRQGQEHIGSSCSFAEQALRLGSAPEVLLVRKHMRERLAALAAQAFPERPHENAQL
::::: :::: : : .:. ::: :. :::::.:.: :.: :: : :: .:.:: ::
CCDS47 QLDTLLQGQESIKSCSNFTAQALNHGTETEVLLVKKQMSEKLNELADQDFPLHPRENDQL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 ELVLEVDGLRRSVLNLGALLTTSATAHETVATGEGLRQALVGQPASLTVTTKDKDGRLVR
....:..::..:. :::..:::.:.: :::::::::::...::: :.:.:::::::.: .
CCDS47 DFIVETEGLKKSIHNLGTILTTNAVASETVATGEGLRQTIIGQPMSVTITTKDKDGELCK
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 TGSAELRAEITGPDGTRLPVPVVDHKNGTYELVYTARTEGELLLSVLLYGQPVRGSPFRV
::.: : ::.. :::. ..:.::::::..::.. ::.. ::. :: : .:::::..
CCDS47 TGNAYLTAELSTPDGSVADGEILDNKNGTYEFLYTVQKEGDFTLSLRLYDQHIRGSPFKL
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 RALRPGDLPPSPDDVKRRVKSPGGPGSHVRQKAVRRPSSMYSTGGKRKDNPIEDELVFRV
...: .:. :. . ::::::::: ..::.::::.::.:::::: :::.:::::.:.:::
CCDS47 KVIRSADVSPTTEGVKRRVKSPG--SGHVKQKAVKRPASMYSTG-KRKENPIEDDLIFRV
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 GSRGREKGEFTNLQGVSAASSGRIVVADSNNQCIQVFSNEGQFKFRFGVRGRSPGQLQRP
:..::.::::::::::.:...:.:..:::::::.:.:::.:::: :::.:::::::::::
CCDS47 GTKGRNKGEFTNLQGVAASTNGKILIADSNNQCVQIFSNDGQFKSRFGIRGRSPGQLQRP
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KB5 TGVAVDTNGDIIVADYDNRWVSIFSPEGKFKTKIGAGRLMGPKGVAVDRNGHIIVVDNKS
::::: .::::.:::::.:::::: .::::::::.:.:::::::.:::::::::::::.
CCDS47 TGVAVHPSGDIIIADYDNKWVSIFSSDGKFKTKIGSGKLMGPKGVSVDRNGHIIVVDNKA
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KB5 CCVFTFQPNGKLVGRFGGRGATDRHFAGPHFVAVNNKNEIVVTDFHNHSVKVYSADGEFL
:::: ::::::.: :::.:: ::.::::::.:::..:::..::::::::::.. .:::.
CCDS47 CCVFIFQPNGKIVTRFGSRGNGDRQFAGPHFAAVNSNNEIIITDFHNHSVKVFNQEGEFM
600 610 620 630 640 650
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pF1KB5 FKFGSHGEGNGQFNAPTGVAVDSNGNIIVADWGNSRIQVFDSSGSFLSYINTSAEPLYGP
.::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::.:::::
CCDS47 LKFGSNGEGNGQFNAPTGVAVDSNGNIIVADWGNSRIQVFDGSGSFLSYINTSADPLYGP
660 670 680 690 700 710
720 730 740
pF1KB5 QGLALTSDGHVVVADAGNHCFKAYRYLQ
:::::::::::::::.::::::.:::::
CCDS47 QGLALTSDGHVVVADSGNHCFKVYRYLQ
720 730 740
>>CCDS3781.2 TRIM2 gene_id:23321|Hs108|chr4 (771 aa)
initn: 2184 init1: 1692 opt: 3470 Z-score: 2566.7 bits: 485.6 E(32554): 1.2e-136
Smith-Waterman score: 3470; 67.3% identity (88.5% similar) in 740 aa overlap (8-744:36-771)
10 20 30
pF1KB5 MAKREDSPGPEVQPMDKQFLVCSICLDRYQCPKVLPC
:.: :. .:::::.:::::.::. ::::::
CCDS37 RYGTQQQRAGSKTAGPPCQWSRMASEGTNIPSPVVRQIDKQFLICSICLERYKNPKVLPC
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB5 LHTFCERCLQNYIPAQSLTLSCPVCRQTSILPEQGVSALQNNFFISSLMEAMQQAPDGAH
:::::::::::::::.:::::::::::::::::.::.::::::::..::...:..: :..
CCDS37 LHTFCERCLQNYIPAHSLTLSCPVCRQTSILPEKGVAALQNNFFITNLMDVLQRTP-GSN
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB5 DPEDP---HPLSVVAGRPLSCPNHEGKTMEFYCEACETAMCGECRAGEHREHGTVLLRDV
:. .:.::.:::::::.:..:::::..:::::: :: ::: :: :: :.::
CCDS37 AEESSILETVTAVAAGKPLSCPNHDGNVMEFYCQSCETAMCRECTEGEHAEHPTVPLKDV
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB5 VEQHKAALQRQLEAVRGRLPQLSAAIALVGGISQQLQERKAEALAQISAAFEDLEQALQQ
::::::.:: ::.:: :::....:. ... : .:: ..:: . .: ..:..:...:.
CCDS37 VEQHKASLQVQLDAVNKRLPEIDSALQFISEIIHQLTNQKASIVDDIHSTFDELQKTLNV
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB5 RKQALVSDLETICGAKQKVLQSQLDTLRQGQEHIGSSCSFAEQALRLGSAPEVLLVRKHM
::..:. .::. : :.:::::::::: :::: : : .:. ::: :. :::::.:.:
CCDS37 RKSVLLMELEVNYGLKHKVLQSQLDTLLQGQESIKSCSNFTAQALNHGTETEVLLVKKQM
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KB5 RERLAALAAQAFPERPHENAQLELVLEVDGLRRSVLNLGALLTTSATAHETVATGEGLRQ
:.: :: : :: .:.:: ::....:..::..:. :::..:::.:.: :::::::::::
CCDS37 SEKLNELADQDFPLHPRENDQLDFIVETEGLKKSIHNLGTILTTNAVASETVATGEGLRQ
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KB5 ALVGQPASLTVTTKDKDGRLVRTGSAELRAEITGPDGTRLPVPVVDHKNGTYELVYTART
...::: :.:.:::::::.: .::.: : ::.. :::. ..:.::::::..::..
CCDS37 TIIGQPMSVTITTKDKDGELCKTGNAYLTAELSTPDGSVADGEILDNKNGTYEFLYTVQK
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KB5 EGELLLSVLLYGQPVRGSPFRVRALRPGDLPPSPDDVKRRVKSPGGPGSHVRQKAVRRPS
::.. ::. :: : .:::::.....: .:. :. . ::::::::: ..::.::::.::.
CCDS37 EGDFTLSLRLYDQHIRGSPFKLKVIRSADVSPTTEGVKRRVKSPG--SGHVKQKAVKRPA
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KB5 SMYSTGGKRKDNPIEDELVFRVGSRGREKGEFTNLQGVSAASSGRIVVADSNNQCIQVFS
:::::: :::.:::::.:.::::..::.::::::::::.:...:.:..:::::::.:.::
CCDS37 SMYSTG-KRKENPIEDDLIFRVGTKGRNKGEFTNLQGVAASTNGKILIADSNNQCVQIFS
490 500 510 520 530 540
520 530 540 550 560 570
pF1KB5 NEGQFKFRFGVRGRSPGQLQRPTGVAVDTNGDIIVADYDNRWVSIFSPEGKFKTKIGAGR
:.:::: :::.:::::::::::::::: .::::.:::::.:::::: .::::::::.:.
CCDS37 NDGQFKSRFGIRGRSPGQLQRPTGVAVHPSGDIIIADYDNKWVSIFSSDGKFKTKIGSGK
550 560 570 580 590 600
580 590 600 610 620 630
pF1KB5 LMGPKGVAVDRNGHIIVVDNKSCCVFTFQPNGKLVGRFGGRGATDRHFAGPHFVAVNNKN
:::::::.:::::::::::::.:::: ::::::.: :::.:: ::.::::::.:::..:
CCDS37 LMGPKGVSVDRNGHIIVVDNKACCVFIFQPNGKIVTRFGSRGNGDRQFAGPHFAAVNSNN
610 620 630 640 650 660
640 650 660 670 680 690
pF1KB5 EIVVTDFHNHSVKVYSADGEFLFKFGSHGEGNGQFNAPTGVAVDSNGNIIVADWGNSRIQ
::..::::::::::.. .:::..::::.::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 EIIITDFHNHSVKVFNQEGEFMLKFGSNGEGNGQFNAPTGVAVDSNGNIIVADWGNSRIQ
670 680 690 700 710 720
700 710 720 730 740
pF1KB5 VFDSSGSFLSYINTSAEPLYGPQGLALTSDGHVVVADAGNHCFKAYRYLQ
:::.::::::::::::.::::::::::::::::::::.::::::.:::::
CCDS37 VFDGSGSFLSYINTSADPLYGPQGLALTSDGHVVVADSGNHCFKVYRYLQ
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]