FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB5705, 744 aa 1>>>pF1KB5705 744 - 744 aa - 744 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0632+/-0.00107; mu= 13.2253+/- 0.064 mean_var=184.8153+/-38.581, 0's: 0 Z-trim(109.6): 124 B-trim: 0 in 0/54 Lambda= 0.094342 statistics sampled from 10872 (11006) to 10872 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.697), E-opt: 0.2 (0.338), width: 16 Scan time: 4.390 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS7764.1 TRIM3 gene_id:10612|Hs108|chr11 ( 744) 4991 692.6 5.7e-199 CCDS58115.1 TRIM3 gene_id:10612|Hs108|chr11 ( 625) 4122 574.3 2e-163 CCDS47147.1 TRIM2 gene_id:23321|Hs108|chr4 ( 744) 3470 485.6 1.2e-136 CCDS3781.2 TRIM2 gene_id:23321|Hs108|chr4 ( 771) 3470 485.6 1.2e-136 CCDS893.1 TRIM45 gene_id:80263|Hs108|chr1 ( 580) 514 83.2 1.3e-15 CCDS43060.1 TRIM71 gene_id:131405|Hs108|chr3 ( 868) 454 75.2 4.9e-13 >>CCDS7764.1 TRIM3 gene_id:10612|Hs108|chr11 (744 aa) initn: 4991 init1: 4991 opt: 4991 Z-score: 3685.7 bits: 692.6 E(32554): 5.7e-199 Smith-Waterman score: 4991; 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CCDS47 NHDGNVMEFYCQSCETAMCRECTEGEHAEHPTVPLKDVVEQHKASLQVQLDAVNKRLPEI 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KB5 SAAIALVGGISQQLQERKAEALAQISAAFEDLEQALQQRKQALVSDLETICGAKQKVLQS ..:. ... : .:: ..:: . .: ..:..:...:. ::..:. .::. : :.::::: CCDS47 DSALQFISEIIHQLTNQKASIVDDIHSTFDELQKTLNVRKSVLLMELEVNYGLKHKVLQS 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KB5 QLDTLRQGQEHIGSSCSFAEQALRLGSAPEVLLVRKHMRERLAALAAQAFPERPHENAQL ::::: :::: : : .:. ::: :. :::::.:.: :.: :: : :: .:.:: :: CCDS47 QLDTLLQGQESIKSCSNFTAQALNHGTETEVLLVKKQMSEKLNELADQDFPLHPRENDQL 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KB5 ELVLEVDGLRRSVLNLGALLTTSATAHETVATGEGLRQALVGQPASLTVTTKDKDGRLVR ....:..::..:. :::..:::.:.: :::::::::::...::: :.:.:::::::.: . CCDS47 DFIVETEGLKKSIHNLGTILTTNAVASETVATGEGLRQTIIGQPMSVTITTKDKDGELCK 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KB5 TGSAELRAEITGPDGTRLPVPVVDHKNGTYELVYTARTEGELLLSVLLYGQPVRGSPFRV ::.: : ::.. :::. ..:.::::::..::.. ::.. ::. :: : .:::::.. CCDS47 TGNAYLTAELSTPDGSVADGEILDNKNGTYEFLYTVQKEGDFTLSLRLYDQHIRGSPFKL 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KB5 RALRPGDLPPSPDDVKRRVKSPGGPGSHVRQKAVRRPSSMYSTGGKRKDNPIEDELVFRV ...: .:. :. . ::::::::: ..::.::::.::.:::::: :::.:::::.:.::: CCDS47 KVIRSADVSPTTEGVKRRVKSPG--SGHVKQKAVKRPASMYSTG-KRKENPIEDDLIFRV 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 pF1KB5 GSRGREKGEFTNLQGVSAASSGRIVVADSNNQCIQVFSNEGQFKFRFGVRGRSPGQLQRP :..::.::::::::::.:...:.:..:::::::.:.:::.:::: :::.::::::::::: CCDS47 GTKGRNKGEFTNLQGVAASTNGKILIADSNNQCVQIFSNDGQFKSRFGIRGRSPGQLQRP 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 pF1KB5 TGVAVDTNGDIIVADYDNRWVSIFSPEGKFKTKIGAGRLMGPKGVAVDRNGHIIVVDNKS ::::: .::::.:::::.:::::: .::::::::.:.:::::::.:::::::::::::. CCDS47 TGVAVHPSGDIIIADYDNKWVSIFSSDGKFKTKIGSGKLMGPKGVSVDRNGHIIVVDNKA 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 pF1KB5 CCVFTFQPNGKLVGRFGGRGATDRHFAGPHFVAVNNKNEIVVTDFHNHSVKVYSADGEFL :::: ::::::.: :::.:: ::.::::::.:::..:::..::::::::::.. .:::. 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CCDS37 LHTFCERCLQNYIPAHSLTLSCPVCRQTSILPEKGVAALQNNFFITNLMDVLQRTP-GSN 70 80 90 100 110 120 100 110 120 130 140 150 pF1KB5 DPEDP---HPLSVVAGRPLSCPNHEGKTMEFYCEACETAMCGECRAGEHREHGTVLLRDV :. .:.::.:::::::.:..:::::..:::::: :: ::: :: :: :.:: CCDS37 AEESSILETVTAVAAGKPLSCPNHDGNVMEFYCQSCETAMCRECTEGEHAEHPTVPLKDV 130 140 150 160 170 180 160 170 180 190 200 210 pF1KB5 VEQHKAALQRQLEAVRGRLPQLSAAIALVGGISQQLQERKAEALAQISAAFEDLEQALQQ ::::::.:: ::.:: :::....:. ... : .:: ..:: . .: ..:..:...:. CCDS37 VEQHKASLQVQLDAVNKRLPEIDSALQFISEIIHQLTNQKASIVDDIHSTFDELQKTLNV 190 200 210 220 230 240 220 230 240 250 260 270 pF1KB5 RKQALVSDLETICGAKQKVLQSQLDTLRQGQEHIGSSCSFAEQALRLGSAPEVLLVRKHM ::..:. .::. : :.:::::::::: :::: : : .:. ::: :. :::::.:.: CCDS37 RKSVLLMELEVNYGLKHKVLQSQLDTLLQGQESIKSCSNFTAQALNHGTETEVLLVKKQM 250 260 270 280 290 300 280 290 300 310 320 330 pF1KB5 RERLAALAAQAFPERPHENAQLELVLEVDGLRRSVLNLGALLTTSATAHETVATGEGLRQ :.: :: : :: .:.:: ::....:..::..:. :::..:::.:.: ::::::::::: CCDS37 SEKLNELADQDFPLHPRENDQLDFIVETEGLKKSIHNLGTILTTNAVASETVATGEGLRQ 310 320 330 340 350 360 340 350 360 370 380 390 pF1KB5 ALVGQPASLTVTTKDKDGRLVRTGSAELRAEITGPDGTRLPVPVVDHKNGTYELVYTART ...::: :.:.:::::::.: .::.: : ::.. :::. ..:.::::::..::.. CCDS37 TIIGQPMSVTITTKDKDGELCKTGNAYLTAELSTPDGSVADGEILDNKNGTYEFLYTVQK 370 380 390 400 410 420 400 410 420 430 440 450 pF1KB5 EGELLLSVLLYGQPVRGSPFRVRALRPGDLPPSPDDVKRRVKSPGGPGSHVRQKAVRRPS ::.. ::. :: : .:::::.....: .:. :. . ::::::::: ..::.::::.::. CCDS37 EGDFTLSLRLYDQHIRGSPFKLKVIRSADVSPTTEGVKRRVKSPG--SGHVKQKAVKRPA 430 440 450 460 470 480 460 470 480 490 500 510 pF1KB5 SMYSTGGKRKDNPIEDELVFRVGSRGREKGEFTNLQGVSAASSGRIVVADSNNQCIQVFS :::::: :::.:::::.:.::::..::.::::::::::.:...:.:..:::::::.:.:: CCDS37 SMYSTG-KRKENPIEDDLIFRVGTKGRNKGEFTNLQGVAASTNGKILIADSNNQCVQIFS 490 500 510 520 530 540 520 530 540 550 560 570 pF1KB5 NEGQFKFRFGVRGRSPGQLQRPTGVAVDTNGDIIVADYDNRWVSIFSPEGKFKTKIGAGR :.:::: :::.:::::::::::::::: .::::.:::::.:::::: .::::::::.:. CCDS37 NDGQFKSRFGIRGRSPGQLQRPTGVAVHPSGDIIIADYDNKWVSIFSSDGKFKTKIGSGK 550 560 570 580 590 600 580 590 600 610 620 630 pF1KB5 LMGPKGVAVDRNGHIIVVDNKSCCVFTFQPNGKLVGRFGGRGATDRHFAGPHFVAVNNKN :::::::.:::::::::::::.:::: ::::::.: :::.:: ::.::::::.:::..: CCDS37 LMGPKGVSVDRNGHIIVVDNKACCVFIFQPNGKIVTRFGSRGNGDRQFAGPHFAAVNSNN 610 620 630 640 650 660 640 650 660 670 680 690 pF1KB5 EIVVTDFHNHSVKVYSADGEFLFKFGSHGEGNGQFNAPTGVAVDSNGNIIVADWGNSRIQ ::..::::::::::.. .:::..::::.:::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS37 EIIITDFHNHSVKVFNQEGEFMLKFGSNGEGNGQFNAPTGVAVDSNGNIIVADWGNSRIQ 670 680 690 700 710 720 700 710 720 730 740 pF1KB5 VFDSSGSFLSYINTSAEPLYGPQGLALTSDGHVVVADAGNHCFKAYRYLQ :::.::::::::::::.::::::::::::::::::::.::::::.::::: CCDS37 VFDGSGSFLSYINTSADPLYGPQGLALTSDGHVVVADSGNHCFKVYRYLQ 730 740 750 760 770 >>CCDS893.1 TRIM45 gene_id:80263|Hs108|chr1 (580 aa) initn: 601 init1: 323 opt: 514 Z-score: 393.8 bits: 83.2 E(32554): 1.3e-15 Smith-Waterman score: 514; 25.7% identity (53.0% similar) in 506 aa overlap (5-497:74-573) 10 20 30 pF1KB5 MAKREDSPGPEVQP--MDKQF-LVCSICLDRYQC : : :..: ...:. ..: .: . . CCDS89 CLHTVCTTCLEQLEPFSVVDIRGGDSDTSSEGSIFQELKPRSLQSQIGILCPVCDAQVDL 50 60 70 80 90 100 40 50 60 70 80 pF1KB5 P----KVLPCLHTFCERCLQNYIPAQSLTLSCPVCRQTSILPEQGVSALQNNFFISSLME : :.: : . . . . ... : : .: . . :. .. . :. . CCDS89 PMGGVKALTIDHLAVNDVMLESLRGEGQGLVCDLCNDREV--EKRCQTCKANLCHFCCQA 110 120 130 140 150 160 90 100 110 120 130 140 pF1KB5 AMQQAPDGAH---DPEDPHPLSVVAGRPLSCPNHEGKTMEFYCEACETAMCGECRAGEHR .: : : .: . : . :.:. :: : .. ....:: :. .: .: .:::: CCDS89 HRRQKKTTYHTMVDLKDLKGYSRI-GKPILCPVHPAEELRLFCEFCDRPVCQDCVVGEHR 170 180 190 200 210 220 150 160 170 180 190 200 pF1KB5 EHGTVLLRDVVEQHKAALQRQLEAVRGRLPQLSAAIALVGGISQQLQERKAEALAQISAA :: . .:...: .. . :.... .. : :.: . :.. ::.: . :.. . CCDS89 EHPCDFTSNVIHKHGDSVWELLKGTQPHVEALEEALAQIHIINSALQKRVEAVAADVRTF 230 240 250 260 270 280 210 220 230 240 250 260 pF1KB5 FEDLEQALQQRKQALVSDLETICGAKQKVLQSQLDTLRQGQEHIGSSCSFAEQALRLGSA : .:...... :...:: : . :.. :: : :.: . .. :.:. : :: CCDS89 SEGYIKAIEEHRDKLLKQLEDIRAQKENSLQLQKAQLEQLLADMRTGVEFTEHLLTSGSD 290 300 310 320 330 340 270 280 290 300 310 320 pF1KB5 PEVLLVRKHMRERLAALAAQAFPERPHENAQLELV-LEVDGLRRSVLNLGALLTTSATAH :.:.... . ::: : . :: : .... : : :. :.. : . CCDS89 LEILITKRVVVERLRKLNKVQYSTRPGVNDKIRFCPQEKAGQCRGYEIYGTINTKEVDPA 350 360 370 380 390 400 330 340 350 360 370 380 pF1KB5 ETVATGEGLRQALVGQPASLTVTTKDKDGRLVRTGSAELRAEITGPDGTRLPVP--VVDH . : :: :..: : ::.:. :: :... :. .... .. : :: : :. 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CCDS43 GHSNHRHHAHHAHPRASASAPPLPQAPQPPAPSRSAPGGPAASPSALLLRRPHGCSSCDE 150 160 170 180 190 200 30 40 50 60 70 80 pF1KB5 -RYQCPKVLPCLHTFCERCLQNYIPAQSLTLSCPVCRQTSILPEQGVSALQNNFFISSLM . : : . .:. :.. . .. :: . . : : :..: CCDS43 GNAASSRCLDCQEHLCDNCVRAHQRVR-LTKDHYIERGP---PGPGAAA----------- 210 220 230 240 90 100 110 120 130 140 pF1KB5 EAMQQAPDGAHDPEDPHP-LSVVAGRPLSCPNHEGKTMEFYCEACETAMCGECRAGEHRE : :: : : : ::: : : .:. .....::..: . .: :: :.: CCDS43 -AAQQLGLGPPFPGPPFSILSVFPERLGFCQHHDDEVLHLYCDTCSVPICRECTMGRHGG 250 260 270 280 290 300 150 160 170 180 190 200 pF1KB5 HGTVLLRDVVEQHKA-ALQRQLEAVRGRLP-QLSAAIALVGGISQQLQERKAEALAQISA :. . :...... .: ..: .: .:: ::: : . ...:.. . . ....: CCDS43 HSFIYLQEALQDSRALTIQLLADAQQGRQAIQLS--IEQAQTVAEQVEMKAKVVQSEVKA 310 320 330 340 350 360 210 220 230 240 250 260 pF1KB5 AFEDLEQALQQRKQALVSDLETICGAKQKVLQSQLDTLRQGQEHIGSSCSFAEQALRLGS . ..::..:. :. .: : .: : : :.. :::. ... :. : ..:.:. : CCDS43 VTARHKKALEERECELLWKVEKIRQVKAKSLYLQVEKLRQNLNKLESTISAVQQVLEEGR 370 380 390 400 410 420 270 280 290 300 310 320 pF1KB5 APEVLLVRKHMRERLAALAAQAFPERPHENAQLELVLEVDGLRRSVLNLGALLTTSATAH : ..::.: .: .. : . .:.:. .. .. ..: .. ..: .....: : CCDS43 ALDILLARDRMLAQVQELKTVRSLLQPQEDDRVMFTPPDQALYLAIKSFG-FVSSGAFAP 430 440 450 460 470 480 330 340 350 360 370 380 pF1KB5 ETVATGEGLRQALVGQPASLTVTTKDKDGRLVRTGSAELRAEITGPDGTRLPVPVVDHKN : :::.::..:: :. ::.:: :.::. .:. . : . ::::. . . : :..: CCDS43 LTKATGDGLKRALQGKVASFTVIGYDHDGEPRLSGGDLMSAVVLGPDGNLFGAEVSDQQN 490 500 510 520 530 540 390 400 410 420 430 440 pF1KB5 GTYELVYTARTEGELLLSVLLYGQPVRGSPFRVRALRPGDLPPSPDDVKRRVKSPGGPGS ::: . : . ::: :.:: : .: ...:::.: ... : : . : :: CCDS43 GTYVVSYRPQLEGEHLVSVTLCNQHIENSPFKV-VVKSG----------RSYVGIGLPG- 550 560 570 580 590 450 460 470 480 490 500 pF1KB5 HVRQKAVRRPSSMYSTGGKRKDNPIEDELVFRVGSRGREKGEFTNLQGVSAASSGRIVVA : : ::.: :.. :::. . : :.:: CCDS43 ----------------------------LSF--GSEGDSDGKLCRPWGVSVDKEGYIIVA 600 610 620 510 520 530 540 550 560 pF1KB5 DSNNQCIQVFSNEGQFKFRFGVRGRSPGQLQRPTGVAVDTNGDIIVADYDNRWVSIFSPE : .:. ::::. : :. .::. : :::..::.::: :.. :.::: ::. ..::. : CCDS43 DRSNNRIQVFKPCGAFHHKFGTLGSRPGQFDRPAGVACDASRRIVVADKDNHRIQIFTFE 630 640 650 660 670 680 570 580 590 600 610 pF1KB5 GKFKTKIGA-----GRLMGPKGVAVDRNGHIIVVDNKSCCVFTFQPNGKLVGRFGGRGAT :.: :.: :.. : :::. .:.:.: :... . : :.: .....: .:: CCDS43 GQFLLKFGEKGTKNGQFNYPWDVAVNSEGKILVSDTRNHRIQLFGPDGVFLNKYGFEGAL 690 700 710 720 730 740 620 630 640 650 660 670 pF1KB5 DRHFAGPHFVAVNNKNEIVVTDFHNHSVKVYSADGEFLFKFGSHGEGNGQFNAPTGVAVD .:: .:. :: :.....:::::.:: . : : . .::.: ::::: : ::::: CCDS43 WKHFDSPRGVAFNHEGHLVVTDFNNHRLLVIHPDCQSARFLGSEGTGNGQFLRPQGVAVD 750 760 770 780 790 800 680 690 700 710 720 730 pF1KB5 SNGNIIVADWGNSRIQVFDSSGSFLSYINTSAEPLYGPQGLALTSDGHVVVADAGNHCFK ..: CCDS43 QEGRIIVADSRNHRVQMFESNGSFLCKFGAQGSGFGQMDRPSGIAITPDGMIVVVDFGNN 810 820 830 840 850 860 744 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Thu Nov 3 22:46:54 2016 done: Thu Nov 3 22:46:54 2016 Total Scan time: 4.390 Total Display time: 0.130 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]