Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5710
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5710, 717 aa
1>>>pF1KB5710 717 - 717 aa - 717 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.7015+/-0.00133; mu= -9.5656+/- 0.077
mean_var=447.8161+/-94.647, 0's: 0 Z-trim(110.9): 126 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.060607
statistics sampled from 11893 (11989) to 11893 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.695), E-opt: 0.2 (0.368), width: 16
Scan time: 4.420
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS42507.1 HOOK2 gene_id:29911|Hs108|chr19 ( 717) 4668 423.5 5.4e-118
CCDS42508.1 HOOK2 gene_id:29911|Hs108|chr19 ( 719) 4654 422.3 1.3e-117
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>>CCDS42507.1 HOOK2 gene_id:29911|Hs108|chr19 (717 aa)
initn: 4668 init1: 4668 opt: 4668 Z-score: 2231.8 bits: 423.5 E(32554): 5.4e-118
Smith-Waterman score: 4668; 100.0% identity (100.0% similar) in 717 aa overlap (1-717:1-717)
10 20 30 40 50 60
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CCDS42 MSVDKAELCGSLLTWLQTFHVPSPCASPQDLSSGLAVAYVLNQIDPSWFNEAWLQGISED
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 PGPNWKLKVSNLKMVLRSLVEYSQDVLAHPVSEEHLPDVSLIGEFSDPAELGKLLQLVLG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 SEEAEEGDELQQRCLDLERQLMLLSEEKQSLAQENAGLRERMGRPEGEGTPGLTAKKLLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SEEAEEGDELQQRCLDLERQLMLLSEEKQSLAQENAGLRERMGRPEGEGTPGLTAKKLLL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LQSQLEQLQEENFRLESGREDERLRCAELEREVAELQHRNQALTSLAQEAQALKDEMDEL
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 RQSSERAGQLEATLTSCRRRLGELRELRRQVRQLEERNAGHAERTRQLEDELRRAGSLRA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 QLEAQRRQVQELQGQRQEEAMKAEKWLFECRNLEEKYESVTKEKERLLAERDSLREANEE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 LRCAQLQPRGLTQADPSLDPTSTPVDNLAAEILPAELRETLLRLQLENKRLCRQEAADRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LRCAQLQPRGLTQADPSLDPTSTPVDNLAAEILPAELRETLLRLQLENKRLCRQEAADRE
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490 500 510 520 530 540
pF1KB5 RQEELQRHLEDANRARHGLETQHRLNQQQLSELRAQVEDLQKALQEQGGKTEDSILLKRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 RQEELQRHLEDANRARHGLETQHRLNQQQLSELRAQVEDLQKALQEQGGKTEDSILLKRK
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550 560 570 580 590 600
pF1KB5 LEEHLQKLHEADLELQRKREYIEELEPPTDSSTARRIEELQHNLQKKDADLRAMEERYRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LEEHLQKLHEADLELQRKREYIEELEPPTDSSTARRIEELQHNLQKKDADLRAMEERYRR
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 YVDKARMVMQTMEPKQRPAAGAPPELHSLRTQLRERDVRIRHLEMDFEKSRSQREQEEKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 YVDKARMVMQTMEPKQRPAAGAPPELHSLRTQLRERDVRIRHLEMDFEKSRSQREQEEKL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710
pF1KB5 LISAWYNMGMALQQRAGEERAPAHAQSFLAQQRLATNSRRGPLGRLASLNLRPTDKH
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LISAWYNMGMALQQRAGEERAPAHAQSFLAQQRLATNSRRGPLGRLASLNLRPTDKH
670 680 690 700 710
>>CCDS42508.1 HOOK2 gene_id:29911|Hs108|chr19 (719 aa)
initn: 4830 init1: 3474 opt: 4654 Z-score: 2225.2 bits: 422.3 E(32554): 1.3e-117
Smith-Waterman score: 4654; 99.7% identity (99.7% similar) in 719 aa overlap (1-717:1-719)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MSVDKAELCGSLLTWLQTFHVPSPCASPQDLSSGLAVAYVLNQIDPSWFNEAWLQGISED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 MSVDKAELCGSLLTWLQTFHVPSPCASPQDLSSGLAVAYVLNQIDPSWFNEAWLQGISED
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 PGPNWKLKVSNLKMVLRSLVEYSQDVLAHPVSEEHLPDVSLIGEFSDPAELGKLLQLVLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 PGPNWKLKVSNLKMVLRSLVEYSQDVLAHPVSEEHLPDVSLIGEFSDPAELGKLLQLVLG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 CAISCEKKQDHIQRIMTLEESVQHVVMEAIQELMTKDTPDSLSPETYGNFDSQSRRYYFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 CAISCEKKQDHIQRIMTLEESVQHVVMEAIQELMTKDTPDSLSPETYGNFDSQSRRYYFL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 SEEAEEGDELQQRCLDLERQLMLLSEEKQSLAQENAGLRERMGRPEGEGTPGLTAKKLLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SEEAEEGDELQQRCLDLERQLMLLSEEKQSLAQENAGLRERMGRPEGEGTPGLTAKKLLL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 LQSQLEQLQEENFRLESGREDERLRCAELEREVAELQHRNQALTSLAQEAQALKDEMDEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LQSQLEQLQEENFRLESGREDERLRCAELEREVAELQHRNQALTSLAQEAQALKDEMDEL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 RQSSERAGQLEATLTSCRRRLGELRELRRQVRQLEERNAGHAERTRQLEDELRRAGSLRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 RQSSERAGQLEATLTSCRRRLGELRELRRQVRQLEERNAGHAERTRQLEDELRRAGSLRA
310 320 330 340 350 360
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pF1KB5 QLEAQRRQVQELQGQRQEEAMKAEKWLFECRNLEEKYESVTKEKERLLAERDSLREANEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 QLEAQRRQVQELQGQRQEEAMKAEKWLFECRNLEEKYESVTKEKERLLAERDSLREANEE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 LRCAQLQPRGLTQADPSLDPTSTPVDNLAAEILPAELRETLLRLQLENKRLCRQEAADRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LRCAQLQPRGLTQADPSLDPTSTPVDNLAAEILPAELRETLLRLQLENKRLCRQEAADRE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530
pF1KB5 RQEELQRHLEDANRARHGLETQHRLNQQQLSELRAQVEDLQKALQEQGGKTED--SILLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::
CCDS42 RQEELQRHLEDANRARHGLETQHRLNQQQLSELRAQVEDLQKALQEQGGKTEDAISILLK
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540 550 560 570 580 590
pF1KB5 RKLEEHLQKLHEADLELQRKREYIEELEPPTDSSTARRIEELQHNLQKKDADLRAMEERY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 RKLEEHLQKLHEADLELQRKREYIEELEPPTDSSTARRIEELQHNLQKKDADLRAMEERY
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640 650
pF1KB5 RRYVDKARMVMQTMEPKQRPAAGAPPELHSLRTQLRERDVRIRHLEMDFEKSRSQREQEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 RRYVDKARMVMQTMEPKQRPAAGAPPELHSLRTQLRERDVRIRHLEMDFEKSRSQREQEE
610 620 630 640 650 660
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pF1KB5 KLLISAWYNMGMALQQRAGEERAPAHAQSFLAQQRLATNSRRGPLGRLASLNLRPTDKH
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 KLLISAWYNMGMALQQRAGEERAPAHAQSFLAQQRLATNSRRGPLGRLASLNLRPTDKH
670 680 690 700 710
>>CCDS6139.1 HOOK3 gene_id:84376|Hs108|chr8 (718 aa)
initn: 1684 init1: 935 opt: 2272 Z-score: 1099.6 bits: 214.0 E(32554): 6.3e-55
Smith-Waterman score: 2272; 50.3% identity (79.8% similar) in 718 aa overlap (2-712:6-718)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MSVDKAELCGSLLTWLQTFHVPSPCASPQDLSSGLAVAYVLNQIDPSWFNEAWLQG
:...:::: :::::.:::.: .:: . .::..:...: ::..:::..:.: ::.
CCDS61 MFSVESLERAELCESLLTWIQTFNVDAPCQTVEDLTNGVVMAQVLQKIDPAYFDENWLNR
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 ISEDPGPNWKLKVSNLKMVLRSLVEYSQDVLAHPVSEEHLPDVSLIGEFSDPAELGKLLQ
:. . : ::.::.:::: .:.....:....:.. ... ::::.:::: :: ::::..::
CCDS61 IKTEVGDNWRLKISNLKKILKGILDYNHEILGQQINDFTLPDVNLIGEHSDAAELGRMLQ
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 LVLGCAISCEKKQDHIQRIMTLEESVQHVVMEAIQELMTKDTPDSLSPETYGNFDSQSRR
:.::::..::.::..:: :: .::::::::: ::::::.:..: : . ..: ..: : ..
CCDS61 LILGCAVNCEQKQEYIQAIMMMEESVQHVVMTAIQELMSKESPVSAGNDAYVDLDRQLKK
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 YYF-LSEEAEEGDELQQRCLDLERQLMLLSEEKQSLAQENAGLRERMGRPEGEGTPGLTA
:.: .:. ::: .:. :. :.:::.:: :: : ::... .. :. :
CCDS61 TTEELNEALSAKEEIAQRCHELDMQVAALQEEKSSLLAENQVLMERLNQSDSIEDPNSPA
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 -KKLLLLQSQLEQLQEENFRLESGREDERLRCAELEREVAELQHRNQALTSLAQEAQALK
.. : ::.::::::::.::::....: :.:: :::.:..::...:. ::.::.:::.::
CCDS61 GRRHLQLQTQLEQLQEETFRLEAAKDDYRIRCEELEKEISELRQQNDELTTLADEAQSLK
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 DEMDELRQSSERAGQLEATLTSCRRRLGELRELRRQVRQLEERNAGHAERTRQLEDELRR
::.: ::.::.....::. . : ...: .: .:::::. :::.:. . . : .::.:::.
CCDS61 DEIDVLRHSSDKVSKLEGQVESYKKKLEDLGDLRRQVKLLEEKNTMYMQNTVSLEEELRK
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 AGSLRAQLEAQRRQVQELQGQRQEEAMKAEKWLFECRNLEEKYESVTKEKERLLAERDSL
:.. :.:::. .::: :::.. .::. ::.: :: . :.:: .:. :::.:: .:::::
CCDS61 ANAARSQLETYKRQVVELQNRLSEESKKADKLDFEYKRLKEKVDSLQKEKDRLRTERDSL
370 380 390 400 410 420
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pF1KB5 REANEELRCAQLQPRGLTQADPSLDPTSTP--VDNLAAEILPAELRETLLRLQLENKRL-
.:. :::::.: : :: .: : .. :.:::::. :.:: :.::: ::: :
CCDS61 KETIEELRCVQAQEGQLTTQ--GLMPLGSQESSDSLAAEIVTPEIREKLIRLQHENKMLK
430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 CRQEAADRERQEELQRHLEDANRARHGLETQHRLNQQQLSELRAQVEDLQKALQEQGGKT
::..: :. :: :.::: .. :::..:: .:.: :...:::.:::.::.::.:.
CCDS61 LNQEGSDNEKIALLQSLLDDANLRKNELETENRLVNQRLLEVQSQVEELQKSLQDQGSKA
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KB5 EDSILLKRKLEEHLQKLHEADLELQRKREYIEELEPPTDSSTARRIEELQHNLQKKDADL
:::.:::.::::::.:::::. :::.:: ::.::: ..:. . :::::. :.::. ..
CCDS61 EDSVLLKKKLEEHLEKLHEANNELQKKRAIIEDLEPRFNNSSLK-IEELQEALRKKEEEM
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KB5 RAMEERYRRYVDKARMVMQTMEPKQRPAAGAPPELHSLRTQLRERDVRIRHLEMDFEKSR
. :::::..:..::. :..:..::: :: ::...:..::.::: .. :: ..::..
CCDS61 KQMEERYKKYLEKAKSVIRTLDPKQNQ--GAAPEIQALKNQLQERDRLFHSLEKEYEKTK
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700
pF1KB5 SQREQEEKLLISAWYNMGMALQQRAGEER--APAHAQSFLAQQRLATNSRRGPLGRLASL
::::.::: ..::::::::.:...:.:.: . . .:::::.:: ::.:::. :..
CCDS61 SQREMEEKYIVSAWYNMGMTLHKKAAEDRLASTGSGQSFLARQRQATSSRRSYPGHVQPA
660 670 680 690 700 710
710
pF1KB5 NLRPTDKH
. :
CCDS61 TAR
>>CCDS612.1 HOOK1 gene_id:51361|Hs108|chr1 (728 aa)
initn: 1945 init1: 720 opt: 2119 Z-score: 1027.2 bits: 200.6 E(32554): 6.8e-51
Smith-Waterman score: 2119; 48.7% identity (76.9% similar) in 714 aa overlap (5-700:11-716)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MSVDKAELCGSLLTWLQTFHVPSPCASPQDLSSGLAVAYVLNQIDPSWFNEAWL
: :: ::. :::::.. ::: . ..:.::.:.: ::.::: .::::.::
CCDS61 MEETQPPPQPKLPLCDSLMIWLQTFNTASPCQDVKQLTSGVAMAQVLHQIDAAWFNESWL
10 20 30 40 50 60
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pF1KB5 QGISEDPGPNWKLKVSNLKMVLRSLVEYSQDVLAHPVSEEHLPDVSLIGEFSDPAELGKL
. :.:: : ::..:.::.: ::.... : .. :.. .:: .::.. : : :::.:::.:
CCDS61 SRIKEDVGDNWRIKASNVKKVLQGIMSYYHEFLGQQISEALIPDLNQITECSDPVELGRL
70 80 90 100 110 120
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pF1KB5 LQLVLGCAISCEKKQDHIQRIMTLEESVQHVVMEAIQELMTKDTPDSLSPETYGNFDSQS
:::.:::::.:::::.::: ::::::::::::: ::::::.:. .: .. :....:
CCDS61 LQLILGCAINCEKKQEHIQNIMTLEESVQHVVMTAIQELMSKEILSSPPNDAVGELEQQL
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pF1KB5 RRYYF-LSEEAEEGDELQQRCLDLERQLMLLSEEKQSLAQENAGLRERMGRPEGE-GTPG
.: :.: : .::.::: .:. :. :..::.::..:: . :.. . .: :.
CCDS61 KRALEELQEALAEKEELRQRCEELDMQVTTLQDEKNSLVSENEMMNEKLDQLDGSFDDPN
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 -LTAKKLLLLQSQLEQLQEENFRLESGREDERLRCAELEREVAELQHRNQALTSLAQEAQ
..::: . : :::::::::::::....: :..: :::... :.::::. :::::.:..
CCDS61 TVVAKKYFHAQLQLEQLQEENFRLEAAKDDYRVHCEELEKQLIEFQHRNDELTSLAEETR
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 ALKDEMDELRQSSERAGQLEATLTSCRRRLGELRELRRQVRQLEERNAGHAERTRQLEDE
:::::.: :: .:..:..::.:. :..: .: .::.::. :.: : . . : .::.:
CCDS61 ALKDEIDVLRATSDKANKLESTVEIYRQKLQDLNDLRKQVKTLQETNMMYMHNTVSLEEE
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 LRRAGSLRAQLEAQRRQVQELQGQRQEEAMKAEKWLFECRNLEEKYESVTKEKERLLAER
:..:.. :.:::. .::::.:. . . :. .:. :: . ::::.:.. ::::::. .:
CCDS61 LKKANAARTQLETYKRQVQDLHVKLSSESKRADTLAFEMKRLEEKHEALLKEKERLIEQR
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 DSLREANEELRCAQLQPRGLTQADPSLDPTSTPVDNLAAEILPAELRETLLRLQLENKRL
:.:.:.::::::.:.: :.:.: : .. .::::::.:.: ::...::: ::: :
CCDS61 DTLKETNEELRCSQVQQDHLNQTDAS---ATKSYENLAAEIMPVEYREVFIRLQHENKML
430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 -CRQEAADRERQEELQRHLEDANRARHGLETQHRLNQQQLSELRAQVEDLQKALQEQGGK
.::... :: ::::..::. .: . :::..::..... ::. :.:::::.:::::.:
CCDS61 RLQQEGSENERIEELQEQLEQKHRKMNELETEQRLSKERIRELQQQIEDLQKSLQEQGSK
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580
pF1KB5 TE--DSILLKRKLEEHLQKLHEADLELQRKREYIEELEPPTDSSTARRIEELQHNLQKKD
.: .: ::.::: :..:: :. :::.:.: ::.:.: .... ..:.::. :::::
CCDS61 SEGESSSKLKQKLEAHMEKLTEVHEELQKKQELIEDLQPDINQNV-QKINELEAALQKKD
540 550 560 570 580 590
590 600 610 620 630 640
pF1KB5 ADLRAMEERYRRYVDKARMVMQTMEPKQRPAAGAPPELHSLRTQLRERDVRIRHLEMDFE
:..::::::. :..::: :..:..:: ::.. :. :: :: :.. ::. :: . .
CCDS61 EDMKAMEERYKMYLEKARNVIKTLDPKLNPASA---EIMLLRKQLAEKERRIEILESECK
600 610 620 630 640 650
650 660 670 680 690
pF1KB5 KSRSQREQEEKLLISAWYNMGMALQQRAGEER------------APAHAQSFLAQQRLAT
.. :. ::::..::::: ..:.:. . : : : . :.::::::: :
CCDS61 VAKF-RDYEEKLIVSAWYNKSLAFQKLGMESRLVSGGGACSDTGACTPARSFLAQQRHIT
660 670 680 690 700 710
700 710
pF1KB5 NSRRGPLGRLASLNLRPTDKH
:.::
CCDS61 NTRRNLSVKVPATTSD
720
717 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 16:09:42 2016 done: Sat Nov 5 16:09:43 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]