FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB5715, 787 aa 1>>>pF1KB5715 787 - 787 aa - 787 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.3135+/-0.000345; mu= 7.8695+/- 0.022 mean_var=183.3291+/-36.780, 0's: 0 Z-trim(121.2): 37 B-trim: 0 in 0/55 Lambda= 0.094724 statistics sampled from 37465 (37509) to 37465 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.748), E-opt: 0.2 (0.44), width: 16 Scan time: 13.760 The best scores are: opt bits E(85289) NP_005622 (OMIM: 601500,601707,605462) smoothened ( 787) 5464 759.3 1.4e-218 XP_011514824 (OMIM: 601500,601707,605462) PREDICTE ( 657) 4563 636.1 1.4e-181 NP_003496 (OMIM: 603408) frizzled-1 [Homo sapiens] ( 647) 604 95.1 1e-18 NP_009128 (OMIM: 606147) frizzled-10 precursor [Ho ( 581) 545 87.0 2.5e-16 NP_003498 (OMIM: 603410) frizzled-7 precursor [Hom ( 574) 536 85.8 5.9e-16 NP_003459 (OMIM: 601723) frizzled-5 precursor [Hom ( 585) 535 85.6 6.6e-16 NP_001457 (OMIM: 600667) frizzled-2 precursor [Hom ( 565) 522 83.8 2.2e-15 NP_001158088 (OMIM: 603409,614157) frizzled-6 isof ( 674) 512 82.5 6.5e-15 NP_003497 (OMIM: 603409,614157) frizzled-6 isoform ( 706) 512 82.5 6.7e-15 NP_001158087 (OMIM: 603409,614157) frizzled-6 isof ( 706) 512 82.5 6.7e-15 NP_003499 (OMIM: 601766) frizzled-9 precursor [Hom ( 591) 489 79.3 5.2e-14 XP_016869330 (OMIM: 606143) PREDICTED: frizzled-3 ( 599) 479 78.0 1.3e-13 NP_665873 (OMIM: 606143) frizzled-3 precursor [Hom ( 666) 479 78.0 1.5e-13 NP_059108 (OMIM: 606143) frizzled-3 precursor [Hom ( 666) 479 78.0 1.5e-13 XP_016869333 (OMIM: 606143) PREDICTED: frizzled-3 ( 470) 467 76.3 3.5e-13 XP_016869332 (OMIM: 606143) PREDICTED: frizzled-3 ( 491) 467 76.3 3.6e-13 XP_016869331 (OMIM: 606143) PREDICTED: frizzled-3 ( 502) 467 76.3 3.7e-13 NP_036325 (OMIM: 133780,604579) frizzled-4 precurs ( 537) 463 75.8 5.6e-13 NP_114072 (OMIM: 606146) frizzled-8 precursor [Hom ( 694) 419 69.8 4.4e-11 NP_001304725 (OMIM: 603409,614157) frizzled-6 isof ( 401) 275 50.0 2.4e-05 >>NP_005622 (OMIM: 601500,601707,605462) smoothened homo (787 aa) initn: 5464 init1: 5464 opt: 5464 Z-score: 4045.1 bits: 759.3 E(85289): 1.4e-218 Smith-Waterman score: 5464; 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NP_003 MRDPGAAAPLSSLGLCALVLALLGALSAGAGAQPYHGEKGISVPDHGFCQPISIPL 10 20 30 40 50 80 90 100 110 120 130 pF1KB5 CLGSVLPYGATSTLLAGDSDSQEEAHGKLVLWSGLRNAPRCWAVIQPLLCAVYMPKCEN- : . .:: : .. ::.: .. . : .. .: .. .::..: : : NP_003 CTDIAYNQTILPNLL-GHTN-QEDAGLEVHQFYPLVKV-QCSPELRFFLCSMYAPVCTVL 60 70 80 90 100 110 140 150 160 170 180 190 pF1KB5 DRVELPSRTLCQATRGPCAIVERERG--WPDFLRCTPDRFPEGCTNEV---QNIKFNSSG :.. : :.::. .: : . . : ::. ::: . :: ..:. :: . .:.: NP_003 DQAIPPCRSLCERARQGCEALMNKFGFQWPERLRC--ENFPVHGAGEICVGQNTSDGSGG 120 130 140 150 160 170 200 210 pF1KB5 QCEVPLVRTDNP----------KSWYEDVEG---------------------------CG : . : : .: :: NP_003 PGGGPTAYPTAPYLPDLPFTALPPGASDGRGRPAFPFSCPRQLKVPPYLGYRFLGERDCG 180 190 200 210 220 230 220 230 240 250 260 pF1KB5 IQCQ----NPL--FTEAEHQDMHSYIAAFGAVTGLCTLFTLATFVADWRNSNRYPAVILF :. : : : : :.. . ........ ::::. :...: : . :: .. 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NP_003 RTFATFWIGLWSVLCFISTSTTVATFLIDMERF-RYPERPIIFLSACYLCVSLGFLVRLV 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 340 pF1KB5 DGARREIVCRADGTMRLGEPTSNETLSCVIIFVIVYYALMAGVVWFVVLTYAWHTSFKAL : . ..: . . .. :.. .: :.:.:..::. ::. .:.:.:. .: : : NP_003 VG-HASVACSREHN-HIHYETTGPAL-CTIVFLLVYFFGMASSIWWVILSLTW---FLAA 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 pF1KB5 GTTY--QPLSGKTSYFHLLTWSLPFVLTVAILAVAQVDGDSVSGICFVGYKNYRYRAGFV : . . ..: ..:::: .: .: : ... ::...:::: :.:::.:: .: ::: NP_003 GMKWGNEAIAGYAQYFHLAAWLIPSVKSITALALSSVDGDPVAGICYVGNQNLNSLRGFV 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 pF1KB5 LAPIGLVLIVGGYFLIRGVMTLFSIKS--NHPGLLSEKAASKINETMLRLGIFGFLAFGF :.:. : :.:: ::. : ..:: :.: .. : ..: ... :.:.::: .: NP_003 LGPLVLYLLVGTLFLLAGFVSLFRIRSVIKQGGTKTDK----LEKLMIRIGIFTLLYTVP 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 pF1KB5 VLITFSCHFYDFFNQAEWERSFRDYVLCQANVTIGLPTKQPIPDCEIKNRPSLLVEKINL . :. .:..:. . :: . . : . : : :: . .: : .. NP_003 ASIVVACYLYEQHYRESWEAA----LTC---ACPGHDTGQP------RAKPEYWVLMLKY 470 480 490 500 530 540 550 560 570 580 pF1KB5 FAMFGTGIAMSTWVWTKATLLIWRRTWCRLTGQSDDEPKRIKKSKMIAKAFSKRHELLQN : . .::. ..:.:. :. :: :.:.. .:.: .:: NP_003 FMCLVVGITSGVWIWSGKTVESWR----RFTSRCCCRPRRGHKSGGAMAAGDYPEASAAL 510 520 530 540 550 560 590 600 610 620 630 640 pF1KB5 PGQELSFSMHTVSHDGPVAGLAFDLNEPSADVSSAWAQHVTKMVARRGAILPQDISVTPV NP_003 TGRTGPPGPAATYHKQVSLSHV 570 580 >>NP_001457 (OMIM: 600667) frizzled-2 precursor [Homo sa (565 aa) initn: 393 init1: 250 opt: 522 Z-score: 397.2 bits: 83.8 E(85289): 2.2e-15 Smith-Waterman score: 638; 26.1% identity (54.9% similar) in 567 aa overlap (56-559:21-562) 30 40 50 60 70 80 pF1KB5 PGRGAASSGNATGPGPRSAGGSARRSAAVTGPPPPLSHCGRAAP----CEPLRYNVCLGS :: .. : . : :.:. .: NP_001 MRPRSALPRLLLPLLLLPAAGPAQFHGEKGISIPDHGFCQPISIPLCTDI 10 20 30 40 50 90 100 110 120 130 140 pF1KB5 VLPYGATSTLLAGDSDSQEEAHGKLVLWSGLRNAPRCWAVIQPLLCAVYMPKCEN-DRVE . .:: : .. ::.: .. . : .. .: .. .::..: : : ... NP_001 AYNQTIMPNLL-GHTN-QEDAGLEVHQFYPLVKV-QCSPELRFFLCSMYAPVCTVLEQAI 60 70 80 90 100 150 160 170 180 190 pF1KB5 LPSRTLCQATRGPCAIVERERG--WPDFLRCTPDRFPEGCTNEVQNIKFNSSGQCEVPLV : :..:. .: : . . : ::. ::: ..::. .... . : : . :. NP_001 PPCRSICERARQGCEALMNKFGFQWPERLRC--EHFPRHGAEQI-CVGQNHSEDGAPALL 110 120 130 140 150 160 200 210 pF1KB5 RTDNPKSWYEDVEG------------------------------------------CGIQ : : . . : :. NP_001 TTAPPPGLQPGAGGTPGGPGGGGAPPRYATLEHPFHCPRVLKVPSYLSYKFLGERDCAAP 170 180 190 200 210 220 220 230 240 250 260 270 pF1KB5 CQ--NP----LFTEAEHQDMHSYIAAFGAVTGLCTLFTLATFVADWRNSNRYPAVILFYV :. : .:.. : . . .: ..... :.::..:...: . ::: .... NP_001 CEPARPDGSMFFSQEETRFARLWILTWSVLCCASTFFTVTTYLVDMQRF-RYPERPIIFL 230 240 250 260 270 280 280 290 300 310 320 pF1KB5 NACFFVGSIGWLAQFMDGARREIVCRA----DGTMRLGEPTSNETLSCVIIFVIVYYALM ..:. . :....: :. : .:: :: . . :..: .:.:.:...:. : NP_001 SGCYTMVSVAYIAGFVLQER--VVCNERFSEDGYRTVVQGTKKE--GCTILFMMLYFFSM 290 300 310 320 330 330 340 350 360 370 380 pF1KB5 AGVVWFVVLTYAWHTSFKALGTTY--QPLSGKTSYFHLLTWSLPFVLTVAILAVAQVDGD :. .:.:.:. .: : : : . . . ....:::: .:..: : :..:::..:.::: NP_001 ASSIWWVILSLTW---FLAAGMKWGHEAIEANSQYFHLAAWAVPAVKTITILAMGQIDGD 340 350 360 370 380 390 390 400 410 420 430 440 pF1KB5 SVSGICFVGYKNYRYRAGFVLAPIGLVLIVGGYFLIRGVMTLFSIKS--NHPGLLSEKAA .::.:::: .. ::::::. . :..: ::. : ..:: :.. .: : .:: NP_001 LLSGVCFVGLNSLDPLRGFVLAPLFVYLFIGTSFLLAGFVSLFRIRTIMKHDGTKTEK-- 400 410 420 430 440 450 450 460 470 480 490 500 pF1KB5 SKINETMLRLGIFGFLAFGFVLITFSCHFYDFFNQAEWERSFRDYVLCQANVTIGLPTKQ ... :.:.:.:. : . :...:.::. . .::::. . :.. ..: :.. 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