FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5730, 732 aa
1>>>pF1KB5730 732 - 732 aa - 732 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0867+/-0.000794; mu= 22.0312+/- 0.048
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Lambda= 0.147284
statistics sampled from 10355 (10369) to 10355 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.687), E-opt: 0.2 (0.319), width: 16
Scan time: 3.760
The best scores are: opt bits E(32554)
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>>CCDS34766.1 KEL gene_id:3792|Hs108|chr7 (732 aa)
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 VLPSLDLSPQQIFFRSYAQVMCRKPSPQDSHDTHSPPHLRVHGPLSSTPAFARYFRCARG
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730
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::::::::::::
CCDS34 ALLNPSSRCQLW
730
>>CCDS44081.1 ECE1 gene_id:1889|Hs108|chr1 (754 aa)
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..:..: .:. ....:: ... . .:.:: .: .::. :: . ::
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170 180 190 200 210 220
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230 240 250 260 270 280
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. .: .. .: . .. ::.:. ::: :::: : .. . . ... . : ..
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: . : : . .:... :. ..:. . . .. : :. :: :
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: ::: : .::.. . .. .: ::.: :. .:.:: ..::: : .:..:: :
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::: ..:: : ::.. :...::: :. .:: .:..:
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>>CCDS44083.1 ECE1 gene_id:1889|Hs108|chr1 (758 aa)
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:: .: . . .:. .::. .:. ...: : ... :. :. : .: ::.:::..
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:..:. . .: .. . :. . .:: . . ...... .. :.. . :.
CCDS44 AKEKADAIYNMIGYPNFIMDPKELDKVFNDYTAVPDLYFENAMRFF-NFSWRVTADQLRK
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CCDS44 APNRDQWSMTPPMVNAYYSPTKNEIVFPAGILQAPFYTRSSPKALNFGGIGVVVGHELTH
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: ::: : .::.. . .. .: ::.: :. .:.:: ..::: : .:..:: :
CCDS44 DNGGLKAAYRAYQNWVKKNGAEHSLPTLGLTNNQLFFLGFAQVWCSVRTPESSHEGLITD
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pF1KB5 THSPPHLRVHGPLSSTPAFARYFRCARGALLNPSSRCQLW
::: ..:: : ::.. :...::: :. .:: .:..:
CCDS44 PHSPSRFRVIGSLSNSKEFSEHFRCPPGSPMNPPHKCEVW
720 730 740 750
>>CCDS44082.1 ECE1 gene_id:1889|Hs108|chr1 (767 aa)
initn: 1230 init1: 225 opt: 1253 Z-score: 1433.7 bits: 276.0 E(32554): 1.5e-73
Smith-Waterman score: 1272; 31.5% identity (62.6% similar) in 730 aa overlap (35-732:49-767)
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pF1KB5 DQSEEEPRERSQAGGMGTLWSQESTPEERLPVEGSRPWA----VARR--VLTAILILGLL
: :.: :: : .: ::...: ::.
CCDS44 KRATLDEEDLVDSLSEGDAYPNGLQVNFHSPRSGQRCWAARTQVEKRLVVLVVLLAAGLV
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pF1KB5 LCFSVLLFYNFQNCGPRPCETSVCLDLRDHYLASGNTSVAPCTDFFSFACGRAKETN---
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