Result of FASTA (omim) for
pF1KB5736
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5736, 736 aa
1>>>pF1KB5736 736 - 736 aa - 736 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.5587+/-0.000445; mu= -10.6231+/- 0.028
mean_var=528.7795+/-110.745, 0's: 0 Z-trim(124.5): 19 B-trim: 924 in 1/61
Lambda= 0.055775
statistics sampled from 46336 (46355) to 46336 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.802), E-opt: 0.2 (0.544), width: 16
Scan time: 12.320
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_004413 (OMIM: 602151) segment polarity protein ( 736) 5032 419.8 1.9e-116
XP_005256559 (OMIM: 602151) PREDICTED: segment pol ( 732) 4982 415.8 3.1e-115
XP_016879787 (OMIM: 602151) PREDICTED: segment pol ( 476) 3296 280.0 1.6e-74
NP_004414 (OMIM: 601368,616894) segment polarity p ( 716) 3228 274.7 9.3e-73
XP_005247229 (OMIM: 601368,616894) PREDICTED: segm ( 718) 3183 271.1 1.1e-71
NP_001317240 (OMIM: 180700,601365,616331) segment ( 695) 2539 219.2 4.4e-56
XP_011510815 (OMIM: 601368,616894) PREDICTED: segm ( 548) 2398 207.8 9.8e-53
XP_005244789 (OMIM: 180700,601365,616331) PREDICTE ( 574) 2373 205.8 4.1e-52
XP_005244790 (OMIM: 180700,601365,616331) PREDICTE ( 549) 1681 150.1 2.3e-35
NP_004412 (OMIM: 180700,601365,616331) segment pol ( 670) 1682 150.2 2.5e-35
>>NP_004413 (OMIM: 602151) segment polarity protein dish (736 aa)
initn: 5032 init1: 5032 opt: 5032 Z-score: 2211.6 bits: 419.8 E(85289): 1.9e-116
Smith-Waterman score: 5032; 100.0% identity (100.0% similar) in 736 aa overlap (1-736:1-736)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MAGSSTGGGGVGETKVIYHLDEEETPYLVKIPVPAERITLGDFKSVLQRPAGAKYFFKSM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 MAGSSTGGGGVGETKVIYHLDEEETPYLVKIPVPAERITLGDFKSVLQRPAGAKYFFKSM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 DQDFGVVKEEISDDNARLPCFNGRVVSWLVSSDNPQPEMAPPVHEPRAELAPPAPPLPPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 DQDFGVVKEEISDDNARLPCFNGRVVSWLVSSDNPQPEMAPPVHEPRAELAPPAPPLPPL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 PPERTSGIGDSRPPSFHPNVSSSHENLEPETETESVVSLRRERPRRRDSSEHGAGGHRTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PPERTSGIGDSRPPSFHPNVSSSHENLEPETETESVVSLRRERPRRRDSSEHGAGGHRTG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 GPSRLERHLAGYESSSTLMTSELESTSLGDSDEEDTMSRFSSSTEQSSASRLLKRHRRRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 GPSRLERHLAGYESSSTLMTSELESTSLGDSDEEDTMSRFSSSTEQSSASRLLKRHRRRR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 KQRPPRLERTSSFSSVTDSTMSLNIITVTLNMEKYNFLGISIVGQSNERGDGGIYIGSIM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 KQRPPRLERTSSFSSVTDSTMSLNIITVTLNMEKYNFLGISIVGQSNERGDGGIYIGSIM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 KGGAVAADGRIEPGDMLLQVNDMNFENMSNDDAVRVLRDIVHKPGPIVLTVAKCWDPSPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 KGGAVAADGRIEPGDMLLQVNDMNFENMSNDDAVRVLRDIVHKPGPIVLTVAKCWDPSPQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 AYFTLPRNEPIQPIDPAAWVSHSAALTGTFPAYPGSSSMSTITSGSSLPDGCEGRGLSVH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 AYFTLPRNEPIQPIDPAAWVSHSAALTGTFPAYPGSSSMSTITSGSSLPDGCEGRGLSVH
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 TDMASVTKAMAAPESGLEVRDRMWLKITIPNAFLGSDVVDWLYHHVEGFPERREARKYAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 TDMASVTKAMAAPESGLEVRDRMWLKITIPNAFLGSDVVDWLYHHVEGFPERREARKYAS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 GLLKAGLIRHTVNKITFSEQCYYVFGDLSGGCESYLVNLSLNDNDGSSGASDQDTLAPLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 GLLKAGLIRHTVNKITFSEQCYYVFGDLSGGCESYLVNLSLNDNDGSSGASDQDTLAPLP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 GATPWPLLPTFSYQYPAPHPYSPQPPPYHELSSYTYGGGSASSQHSEGSRSSGSTRSDGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 GATPWPLLPTFSYQYPAPHPYSPQPPPYHELSSYTYGGGSASSQHSEGSRSSGSTRSDGG
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 AGRTGRPEERAPESKSGSGSESEPSSRGGSLRRGGEASGTSDGGPPPSRGSTGGAPNLRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 AGRTGRPEERAPESKSGSGSESEPSSRGGSLRRGGEASGTSDGGPPPSRGSTGGAPNLRA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 HPGLHPYGPPPGMALPYNPMMVVMMPPPPPPVPPAVQPPGAPPVRDLGSVPPELTASRQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 HPGLHPYGPPPGMALPYNPMMVVMMPPPPPPVPPAVQPPGAPPVRDLGSVPPELTASRQS
670 680 690 700 710 720
730
pF1KB5 FHMAMGNPSEFFVDVM
::::::::::::::::
NP_004 FHMAMGNPSEFFVDVM
730
>>XP_005256559 (OMIM: 602151) PREDICTED: segment polarit (732 aa)
initn: 3849 init1: 3849 opt: 4982 Z-score: 2189.9 bits: 415.8 E(85289): 3.1e-115
Smith-Waterman score: 4982; 99.3% identity (99.5% similar) in 736 aa overlap (1-736:1-732)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MAGSSTGGGGVGETKVIYHLDEEETPYLVKIPVPAERITLGDFKSVLQRPAGAKYFFKSM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MAGSSTGGGGVGETKVIYHLDEEETPYLVKIPVPAERITLGDFKSVLQRPAGAKYFFKSM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 DQDFGVVKEEISDDNARLPCFNGRVVSWLVSSDNPQPEMAPPVHEPRAELAPPAPPLPPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 DQDFGVVKEEISDDNARLPCFNGRVVSWLVSSDNPQPEMAPPVHEPRAELAPPAPPLPPL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 PPERTSGIGDSRPPSFHPNVSSSHENLEPETETESVVSLRRERPRRRDSSEHGAGGHRTG
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::. ::::::
XP_005 PPERTSGIGDSRPPSFHPNVSSSHENLEPETETESVVSLRRERPRRRDST----GGHRTG
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 GPSRLERHLAGYESSSTLMTSELESTSLGDSDEEDTMSRFSSSTEQSSASRLLKRHRRRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GPSRLERHLAGYESSSTLMTSELESTSLGDSDEEDTMSRFSSSTEQSSASRLLKRHRRRR
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 KQRPPRLERTSSFSSVTDSTMSLNIITVTLNMEKYNFLGISIVGQSNERGDGGIYIGSIM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KQRPPRLERTSSFSSVTDSTMSLNIITVTLNMEKYNFLGISIVGQSNERGDGGIYIGSIM
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 KGGAVAADGRIEPGDMLLQVNDMNFENMSNDDAVRVLRDIVHKPGPIVLTVAKCWDPSPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KGGAVAADGRIEPGDMLLQVNDMNFENMSNDDAVRVLRDIVHKPGPIVLTVAKCWDPSPQ
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 AYFTLPRNEPIQPIDPAAWVSHSAALTGTFPAYPGSSSMSTITSGSSLPDGCEGRGLSVH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 AYFTLPRNEPIQPIDPAAWVSHSAALTGTFPAYPGSSSMSTITSGSSLPDGCEGRGLSVH
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 TDMASVTKAMAAPESGLEVRDRMWLKITIPNAFLGSDVVDWLYHHVEGFPERREARKYAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TDMASVTKAMAAPESGLEVRDRMWLKITIPNAFLGSDVVDWLYHHVEGFPERREARKYAS
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 GLLKAGLIRHTVNKITFSEQCYYVFGDLSGGCESYLVNLSLNDNDGSSGASDQDTLAPLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GLLKAGLIRHTVNKITFSEQCYYVFGDLSGGCESYLVNLSLNDNDGSSGASDQDTLAPLP
480 490 500 510 520 530
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 GATPWPLLPTFSYQYPAPHPYSPQPPPYHELSSYTYGGGSASSQHSEGSRSSGSTRSDGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GATPWPLLPTFSYQYPAPHPYSPQPPPYHELSSYTYGGGSASSQHSEGSRSSGSTRSDGG
540 550 560 570 580 590
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 AGRTGRPEERAPESKSGSGSESEPSSRGGSLRRGGEASGTSDGGPPPSRGSTGGAPNLRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 AGRTGRPEERAPESKSGSGSESEPSSRGGSLRRGGEASGTSDGGPPPSRGSTGGAPNLRA
600 610 620 630 640 650
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 HPGLHPYGPPPGMALPYNPMMVVMMPPPPPPVPPAVQPPGAPPVRDLGSVPPELTASRQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 HPGLHPYGPPPGMALPYNPMMVVMMPPPPPPVPPAVQPPGAPPVRDLGSVPPELTASRQS
660 670 680 690 700 710
730
pF1KB5 FHMAMGNPSEFFVDVM
::::::::::::::::
XP_005 FHMAMGNPSEFFVDVM
720 730
>>XP_016879787 (OMIM: 602151) PREDICTED: segment polarit (476 aa)
initn: 3296 init1: 3296 opt: 3296 Z-score: 1459.0 bits: 280.0 E(85289): 1.6e-74
Smith-Waterman score: 3296; 100.0% identity (100.0% similar) in 476 aa overlap (261-736:1-476)
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 RLLKRHRRRRKQRPPRLERTSSFSSVTDSTMSLNIITVTLNMEKYNFLGISIVGQSNERG
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MSLNIITVTLNMEKYNFLGISIVGQSNERG
10 20 30
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 DGGIYIGSIMKGGAVAADGRIEPGDMLLQVNDMNFENMSNDDAVRVLRDIVHKPGPIVLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DGGIYIGSIMKGGAVAADGRIEPGDMLLQVNDMNFENMSNDDAVRVLRDIVHKPGPIVLT
40 50 60 70 80 90
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 VAKCWDPSPQAYFTLPRNEPIQPIDPAAWVSHSAALTGTFPAYPGSSSMSTITSGSSLPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VAKCWDPSPQAYFTLPRNEPIQPIDPAAWVSHSAALTGTFPAYPGSSSMSTITSGSSLPD
100 110 120 130 140 150
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 GCEGRGLSVHTDMASVTKAMAAPESGLEVRDRMWLKITIPNAFLGSDVVDWLYHHVEGFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GCEGRGLSVHTDMASVTKAMAAPESGLEVRDRMWLKITIPNAFLGSDVVDWLYHHVEGFP
160 170 180 190 200 210
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 ERREARKYASGLLKAGLIRHTVNKITFSEQCYYVFGDLSGGCESYLVNLSLNDNDGSSGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ERREARKYASGLLKAGLIRHTVNKITFSEQCYYVFGDLSGGCESYLVNLSLNDNDGSSGA
220 230 240 250 260 270
540 550 560 570 580 590
pF1KB5 SDQDTLAPLPGATPWPLLPTFSYQYPAPHPYSPQPPPYHELSSYTYGGGSASSQHSEGSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SDQDTLAPLPGATPWPLLPTFSYQYPAPHPYSPQPPPYHELSSYTYGGGSASSQHSEGSR
280 290 300 310 320 330
600 610 620 630 640 650
pF1KB5 SSGSTRSDGGAGRTGRPEERAPESKSGSGSESEPSSRGGSLRRGGEASGTSDGGPPPSRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SSGSTRSDGGAGRTGRPEERAPESKSGSGSESEPSSRGGSLRRGGEASGTSDGGPPPSRG
340 350 360 370 380 390
660 670 680 690 700 710
pF1KB5 STGGAPNLRAHPGLHPYGPPPGMALPYNPMMVVMMPPPPPPVPPAVQPPGAPPVRDLGSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 STGGAPNLRAHPGLHPYGPPPGMALPYNPMMVVMMPPPPPPVPPAVQPPGAPPVRDLGSV
400 410 420 430 440 450
720 730
pF1KB5 PPELTASRQSFHMAMGNPSEFFVDVM
::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PPELTASRQSFHMAMGNPSEFFVDVM
460 470
>>NP_004414 (OMIM: 601368,616894) segment polarity prote (716 aa)
initn: 1746 init1: 1138 opt: 3228 Z-score: 1427.2 bits: 274.7 E(85289): 9.3e-73
Smith-Waterman score: 3228; 69.3% identity (84.2% similar) in 745 aa overlap (11-736:1-716)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MAGSSTGGGGVGETKVIYHLDEEETPYLVKIPVPAERITLGDFKSVLQRPAGAKYFFKSM
.::::.::::: .:::::::.:.::::.::.:::.:::::. :.:::::
NP_004 MGETKIIYHLDGQETPYLVKLPLPAERVTLADFKGVLQRPS-YKFFFKSM
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 DQDFGVVKEEISDDNARLPCFNGRVVSWLVSSDNPQPEMAPPVHEPRAELAPPAPPLPPL
:.::::::::::::::.::::::::::::::... .:. :: . .:: ::
NP_004 DDDFGVVKEEISDDNAKLPCFNGRVVSWLVSAEGSHPDPAPFCADNPSELPPPM------
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170
pF1KB5 PPERTSGIGDSRPPSFHPNVSS-SHENLEPETETESVVSLRRERPRRRDSSEHGAGGHRT
:::.::::::::::::.... :.:::. .:::.:.:: .::::::::. ::.. :
NP_004 --ERTGGIGDSRPPSFHPHAGGGSQENLDNDTETDSLVSAQRERPRRRDGPEHAT---RL
110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 GGPSRLERHL--AGYESSSTLMTSELESTSLGDSDEEDTMSRFSSSTEQSSASRLLKRH-
.: .. ::. .::.::::::.::::.::. ::::.:. :::::::::::::::..::
NP_004 NGTAKGERRREPGGYDSSSTLMSSELETTSFFDSDEDDSTSRFSSSTEQSSASRLMRRHK
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 RRRRKQRPPRLERTSSFSSVTDSTMSLNIITVTLNMEKYNFLGISIVGQSNERGDGGIYI
::::::. :.::.:::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 RRRRKQKVSRIERSSSFSSITDSTMSLNIITVTLNMEKYNFLGISIVGQSNERGDGGIYI
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 GSIMKGGAVAADGRIEPGDMLLQVNDMNFENMSNDDAVRVLRDIVHKPGPIVLTVAKCWD
:::::::::::::::::::::::::..:::::::::::::::.::::::::.::::::::
NP_004 GSIMKGGAVAADGRIEPGDMLLQVNEINFENMSNDDAVRVLREIVHKPGPITLTVAKCWD
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 PSPQAYFTLPRNEPIQPIDPAAWVSHSAALTGTFPAYPGSSSMSTITSGSS-----LPDG
:::.. :::::.:::.::::::::::.::.::::::: : :.::::: :: .::
NP_004 PSPRGCFTLPRSEPIRPIDPAAWVSHTAAMTGTFPAYGMSPSLSTITSTSSSITSSIPDT
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460
pF1KB5 --CEGRGLSVHTDMASVTKAMAAPESGLEVRDRMWLKITIPNAFLGSDVVDWLYHHVEGF
. ::.:.:::...::::.:::::::::::::::::::::.::::::::::.::::
NP_004 ERLDDFHLSIHSDMAAIVKAMASPESGLEVRDRMWLKITIPNAFIGSDVVDWLYHNVEGF
400 410 420 430 440 450
470 480 490 500 510 520
pF1KB5 PERREARKYASGLLKAGLIRHTVNKITFSEQCYYVFGDLSGGCESYLVNLSLNDNDGSSG
.:::::::::.:::::.::::::::::::::::.:::: :. ..::::.:.:::::
NP_004 TDRREARKYASNLLKAGFIRHTVNKITFSEQCYYIFGDLCGN----MANLSLHDHDGSSG
460 470 480 490 500 510
530 540 550 560 570 580
pF1KB5 ASDQDTLAPLP--GATPWPLLPTFSYQYPAP-HPYSPQPPPYHELSSYTYGGGSASSQHS
::::::::::: ::.:::. .: :::: : :::.:.: . ::. :.:::::::::::
NP_004 ASDQDTLAPLPHPGAAPWPM--AFPYQYPPPPHPYNPHPG-FPELG-YSYGGGSASSQHS
520 530 540 550 560 570
590 600 610 620 630 640
pF1KB5 EGSRSSGSTRSDGGAGRTGRPEERAPESKSG-SGSESEPSSRGGSLRRGGEASGTSDGGP
::::::::.:: :. : . . .: .:::: :::::. ..:. ::: : . . .::
NP_004 EGSRSSGSNRS--GSDRRKEKDPKAGDSKSGGSGSESDHTTRS-SLRGPRERAPSERSGP
580 590 600 610 620
650 660 670 680 690 700
pF1KB5 PPS----RGSTGGAPNLRAHPGLHPYGPPPGMALPYNPMMVVMMPPPPPPVPPAVQPPGA
: :. . : .::.: :: :::. :.: :. :::::: :. ::::
NP_004 AASEHSHRSHHSLASSLRSHH-THPSYGPPGVPPLYGPPML-MMPPPPA----AMGPPGA
630 640 650 660 670 680
710 720 730
pF1KB5 PPVRDLGSVPPELTASRQSFHMAMGNPSEFFVDVM
:: :::.:::::::::::::.::::::::::::::
NP_004 PPGRDLASVPPELTASRQSFRMAMGNPSEFFVDVM
690 700 710
>>XP_005247229 (OMIM: 601368,616894) PREDICTED: segment (718 aa)
initn: 1965 init1: 1138 opt: 3183 Z-score: 1407.7 bits: 271.1 E(85289): 1.1e-71
Smith-Waterman score: 3183; 68.7% identity (83.9% similar) in 741 aa overlap (11-732:1-712)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MAGSSTGGGGVGETKVIYHLDEEETPYLVKIPVPAERITLGDFKSVLQRPAGAKYFFKSM
.::::.::::: .:::::::.:.::::.::.:::.:::::. :.:::::
XP_005 MGETKIIYHLDGQETPYLVKLPLPAERVTLADFKGVLQRPS-YKFFFKSM
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 DQDFGVVKEEISDDNARLPCFNGRVVSWLVSSDNPQPEMAPPVHEPRAELAPPAPPLPPL
:.::::::::::::::.::::::::::::::... .:. :: . .:: ::
XP_005 DDDFGVVKEEISDDNAKLPCFNGRVVSWLVSAEGSHPDPAPFCADNPSELPPPM------
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170
pF1KB5 PPERTSGIGDSRPPSFHPNVSS-SHENLEPETETESVVSLRRERPRRRDSSEHGAGGHRT
:::.::::::::::::.... :.:::. .:::.:.:: .::::::::. ::.. :
XP_005 --ERTGGIGDSRPPSFHPHAGGGSQENLDNDTETDSLVSAQRERPRRRDGPEHAT---RL
110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 GGPSRLERHL--AGYESSSTLMTSELESTSLGDSDEEDTMSRFSSSTEQSSASRLLKRH-
.: .. ::. .::.::::::.::::.::. ::::.:. :::::::::::::::..::
XP_005 NGTAKGERRREPGGYDSSSTLMSSELETTSFFDSDEDDSTSRFSSSTEQSSASRLMRRHK
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 RRRRKQRPPRLERTSSFSSVTDSTMSLNIITVTLNMEKYNFLGISIVGQSNERGDGGIYI
::::::. :.::.:::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 RRRRKQKVSRIERSSSFSSITDSTMSLNIITVTLNMEKYNFLGISIVGQSNERGDGGIYI
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 GSIMKGGAVAADGRIEPGDMLLQVNDMNFENMSNDDAVRVLRDIVHKPGPIVLTVAKCWD
:::::::::::::::::::::::::..:::::::::::::::.::::::::.::::::::
XP_005 GSIMKGGAVAADGRIEPGDMLLQVNEINFENMSNDDAVRVLREIVHKPGPITLTVAKCWD
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 PSPQAYFTLPRNEPIQPIDPAAWVSHSAALTGTFPAYPGSSSMSTITSGSS-----LPDG
:::.. :::::.:::.::::::::::.::.::::::: : :.::::: :: .::
XP_005 PSPRGCFTLPRSEPIRPIDPAAWVSHTAAMTGTFPAYGMSPSLSTITSTSSSITSSIPDT
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460
pF1KB5 --CEGRGLSVHTDMASVTKAMAAPESGLEVRDRMWLKITIPNAFLGSDVVDWLYHHVEGF
. ::.:.:::...::::.:::::::::::::::::::::.::::::::::.::::
XP_005 ERLDDFHLSIHSDMAAIVKAMASPESGLEVRDRMWLKITIPNAFIGSDVVDWLYHNVEGF
400 410 420 430 440 450
470 480 490 500 510 520
pF1KB5 PERREARKYASGLLKAGLIRHTVNKITFSEQCYYVFGDLSGGCESYLVNLSLNDNDGSSG
.:::::::::.:::::.::::::::::::::::.:::: :. ..::::.:.:::::
XP_005 TDRREARKYASNLLKAGFIRHTVNKITFSEQCYYIFGDLCGN----MANLSLHDHDGSSG
460 470 480 490 500 510
530 540 550 560 570 580
pF1KB5 ASDQDTLAPLP--GATPWPLLPTFSYQYPAP-HPYSPQPPPYHELSSYTYGGGSASSQHS
::::::::::: ::.:::. .: :::: : :::.:.: . ::. :.:::::::::::
XP_005 ASDQDTLAPLPHPGAAPWPM--AFPYQYPPPPHPYNPHPG-FPELG-YSYGGGSASSQHS
520 530 540 550 560 570
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pF1KB5 EGSRSSGSTRSDGGAGRTGRPEERAPESKSG-SGSESEPSSRGGSLRRGGEASGTSDGGP
::::::::.:: :. : . . .: .:::: :::::. ..:. ::: : . . .::
XP_005 EGSRSSGSNRS--GSDRRKEKDPKAGDSKSGGSGSESDHTTRS-SLRGPRERAPSERSGP
580 590 600 610 620
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pF1KB5 PPS----RGSTGGAPNLRAHPGLHPYGPPPGMALPYNPMMVVMMPPPPPPVPPAVQPPGA
: :. . : .::.: :: :::. :.: :. :::::: :. ::::
XP_005 AASEHSHRSHHSLASSLRSHH-THPSYGPPGVPPLYGPPML-MMPPPPA----AMGPPGA
630 640 650 660 670 680
710 720 730
pF1KB5 PPVRDLGSVPPELTASRQSFHMAMGNPSEFFVDVM
:: :::.:::::::::::::.::::::.. :
XP_005 PPGRDLASVPPELTASRQSFRMAMGNPTKNFGLFDFL
690 700 710
>>NP_001317240 (OMIM: 180700,601365,616331) segment pola (695 aa)
initn: 1570 init1: 1188 opt: 2539 Z-score: 1127.8 bits: 219.2 E(85289): 4.4e-56
Smith-Waterman score: 2691; 60.5% identity (78.5% similar) in 744 aa overlap (11-736:1-695)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MAGSSTGGGGVGETKVIYHLDEEETPYLVKIPVPAERITLGDFKSVLQ-RPAGA-KYFFK
..:::.:::.::::::::::.:: ::.::.:::.::. ::. : :.:::
NP_001 MAETKIIYHMDEEETPYLVKLPVAPERVTLADFKNVLSNRPVHAYKFFFK
10 20 30 40 50
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pF1KB5 SMDQDFGVVKEEISDDNARLPCFNGRVVSWLVSSDNPQPEMAPPVHEPRAELAPPAPPLP
::::::::::::: ::::.::::::::::::: ... . . . . ...: ::
NP_001 SMDQDFGVVKEEIFDDNAKLPCFNGRVVSWLVLAEGAHSDAGSQGTDSHTDLPPPL----
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 PLPPERTSGIGDSRPPSFHPNVSSSHENLEPETETESVVSLRRERPRRRDSSEHGAGGHR
:::.::::::::::::::.::..... :: :::.:: :::: :::. : . :
NP_001 ----ERTGGIGDSRPPSFHPNVASSRDGMDNETGTESMVSHRRERARRRNREEAA----R
110 120 130 140 150
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pF1KB5 TGGPSRLERHL-AGY--ESSSTLMTSELESTSLGDSDEEDTMSRFSSSTEQSSASRLLKR
:.: : .:. .: .:.:: ..:::::.:. ::::. . ::.:::::::..:::...
NP_001 TNGHPRGDRRRDVGLPPDSASTALSSELESSSFVDSDEDGSTSRLSSSTEQSTSSRLIRK
160 170 180 190 200 210
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pF1KB5 H-RRRRKQRPPRLERTSSFSSVTDSTMSLNIITVTLNMEKYNFLGISIVGQSNERGDGGI
: ::::::: . .:.:::::.:::::::::.:::::::...:::::::::::.::::::
NP_001 HKRRRRKQRLRQADRASSFSSITDSTMSLNIVTVTLNMERHHFLGISIVGQSNDRGDGGI
220 230 240 250 260 270
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pF1KB5 YIGSIMKGGAVAADGRIEPGDMLLQVNDMNFENMSNDDAVRVLRDIVHKPGPIVLTVAKC
::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::.:: . ::: ::::::
NP_001 YIGSIMKGGAVAADGRIEPGDMLLQVNDVNFENMSNDDAVRVLREIVSQTGPISLTVAKC
280 290 300 310 320 330
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pF1KB5 WDPSPQAYFTLPRNEPIQPIDPAAWVSHSAALTGTFPAYPGS--SSMSTITSGSSLPDGC
:::.:..:::.:: .:..:::::::.::.:::::..: : : :: : ::.::: ..
NP_001 WDPTPRSYFTVPRADPVRPIDPAAWLSHTAALTGALPRYGTSPCSSAVTRTSSSSLTSSV
340 350 360 370 380 390
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pF1KB5 EGRG------LSVHTDMASVTKAMAAPESGLEVRDRMWLKITIPNAFLGSDVVDWLYHHV
: :.:..::..:...: :.::::.:::::::::: :: .:.::::::: ::
NP_001 PGAPQLEEAPLTVKSDMSAVVRVMQLPDSGLEIRDRMWLKITIANAVIGADVVDWLYTHV
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pF1KB5 EGFPERREARKYASGLLKAGLIRHTVNKITFSEQCYYVFGDLSGGCESYLVNLSLNDNDG
::: ::::::::::.::: :..:::::::::::::::::::: : : :..:.::. :
NP_001 EGFKERREARKYASSLLKHGFLRHTVNKITFSEQCYYVFGDL---C-SNLATLNLNS--G
460 470 480 490 500 510
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pF1KB5 SSGASDQDTLAPLPG-ATPWPLLPTFSYQYPAPHPYSPQPPPYHELSSYTYGGGSASSQH
:::.:::::::::: :.:::: . ::::.: : : : :.. ...::.::..::.
NP_001 SSGTSDQDTLAPLPHPAAPWPLGQGYPYQYPGPPPCFP--PAYQD-PGFSYGSGSTGSQQ
520 530 540 550 560
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pF1KB5 SEGSRSSGSTRSDGGAGRTGRPEERAPESKSGSGSESE---PSSRGGSLRRGGEASGTSD
::::.:::::::. : :: .:: . .::::::. ::. :.: :. :. :
NP_001 SEGSKSSGSTRSSRRA--PGREKERRAAGAGGSGSESDHTAPSGVGSSWRER-PAGQLSR
570 580 590 600 610 620
650 660 670 680 690 700
pF1KB5 GGPPPSRGSTGGAPNLRAHPGLHPYGPPPGMALPYNPMMVVMMPPPPPPVPPAVQPPGAP
:. : :..:. . ::: ::: : . ..:. :: :.:
NP_001 GSSPRSQASATA-------PGL----PPPH---PTTKAYTVVGGPP-----------GGP
630 640 650 660
710 720 730
pF1KB5 PVRDLGSVPPELTASRQSFHMAMGNPSEFFVDVM
:::.:..::::::.:::::. ::::: :::::.:
NP_001 PVRELAAVPPELTGSRQSFQKAMGNPCEFFVDIM
670 680 690
>>XP_011510815 (OMIM: 601368,616894) PREDICTED: segment (548 aa)
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Smith-Waterman score: 2398; 71.9% identity (84.5% similar) in 534 aa overlap (219-736:32-548)
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 LAGYESSSTLMTSELESTSLGDSDEEDTMSRFSSSTEQSSASRLLKRH-RRRRKQRPPRL
::::::::::::::..:: ::::::. :.
XP_011 GFVLGTQALQCLPSWGQGWASLVGNDCGPHRFSSSTEQSSASRLMRRHKRRRRKQKVSRI
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pF1KB5 ERTSSFSSVTDSTMSLNIITVTLNMEKYNFLGISIVGQSNERGDGGIYIGSIMKGGAVAA
::.:::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ERSSSFSSITDSTMSLNIITVTLNMEKYNFLGISIVGQSNERGDGGIYIGSIMKGGAVAA
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pF1KB5 DGRIEPGDMLLQVNDMNFENMSNDDAVRVLRDIVHKPGPIVLTVAKCWDPSPQAYFTLPR
::::::::::::::..:::::::::::::::.::::::::.:::::::::::.. :::::
XP_011 DGRIEPGDMLLQVNEINFENMSNDDAVRVLREIVHKPGPITLTVAKCWDPSPRGCFTLPR
130 140 150 160 170 180
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pF1KB5 NEPIQPIDPAAWVSHSAALTGTFPAYPGSSSMSTITSGSS-----LPDG--CEGRGLSVH
.:::.::::::::::.::.::::::: : :.::::: :: .:: . ::.:
XP_011 SEPIRPIDPAAWVSHTAAMTGTFPAYGMSPSLSTITSTSSSITSSIPDTERLDDFHLSIH
190 200 210 220 230 240
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 TDMASVTKAMAAPESGLEVRDRMWLKITIPNAFLGSDVVDWLYHHVEGFPERREARKYAS
.:::...::::.:::::::::::::::::::::.::::::::::.:::: .:::::::::
XP_011 SDMAAIVKAMASPESGLEVRDRMWLKITIPNAFIGSDVVDWLYHNVEGFTDRREARKYAS
250 260 270 280 290 300
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pF1KB5 GLLKAGLIRHTVNKITFSEQCYYVFGDLSGGCESYLVNLSLNDNDGSSGASDQDTLAPLP
.:::::.::::::::::::::::.:::: :. ..::::.:.::::::::::::::::
XP_011 NLLKAGFIRHTVNKITFSEQCYYIFGDLCGN----MANLSLHDHDGSSGASDQDTLAPLP
310 320 330 340 350
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pF1KB5 --GATPWPLLPTFSYQYPAP-HPYSPQPPPYHELSSYTYGGGSASSQHSEGSRSSGSTRS
::.:::. .: :::: : :::.:.: . ::. :.:::::::::::::::::::.::
XP_011 HPGAAPWPM--AFPYQYPPPPHPYNPHPG-FPELG-YSYGGGSASSQHSEGSRSSGSNRS
360 370 380 390 400 410
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pF1KB5 DGGAGRTGRPEERAPESKSG-SGSESEPSSRGGSLRRGGEASGTSDGGPPPS----RGST
:. : . . .: .:::: :::::. ..:. ::: : . . .:: : :.
XP_011 --GSDRRKEKDPKAGDSKSGGSGSESDHTTRS-SLRGPRERAPSERSGPAASEHSHRSHH
420 430 440 450 460 470
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pF1KB5 GGAPNLRAHPGLHPYGPPPGMALPYNPMMVVMMPPPPPPVPPAVQPPGAPPVRDLGSVPP
. : .::.: :: :::. :.: :. :::::: :. :::::: :::.::::
XP_011 SLASSLRSHH-THPSYGPPGVPPLYGPPML-MMPPPPA----AMGPPGAPPGRDLASVPP
480 490 500 510 520
720 730
pF1KB5 ELTASRQSFHMAMGNPSEFFVDVM
:::::::::.::::::::::::::
XP_011 ELTASRQSFRMAMGNPSEFFVDVM
530 540
>>XP_005244789 (OMIM: 180700,601365,616331) PREDICTED: s (574 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KB5 MAGSSTGGGGVGETKVIYHLDEEETPYLVKIPVPAERITLGDFKSVLQ-RPAGA-KYFFK
..:::.:::.::::::::::.:: ::.::.:::.::. ::. : :.:::
XP_005 MAETKIIYHMDEEETPYLVKLPVAPERVTLADFKNVLSNRPVHAYKFFFK
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 SMDQDFGVVKEEISDDNARLPCFNGRVVSWLVSSDNPQPEMAPPVHEPRAELAPPAPPLP
::::::::::::: ::::.::::::::::::: ... . . . . ...: ::
XP_005 SMDQDFGVVKEEIFDDNAKLPCFNGRVVSWLVLAEGAHSDAGSQGTDSHTDLPPPL----
60 70 80 90 100
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pF1KB5 PLPPERTSGIGDSRPPSFHPNVSSSHENLEPETETESVVSLRRERPRRRDSSEHGAGGHR
:::.::::::::::::::.::..... :: :::.:: :::: :::. : . :
XP_005 ----ERTGGIGDSRPPSFHPNVASSRDGMDNETGTESMVSHRRERARRRNREEAA----R
110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 TGGPSRLERHL-AGY--ESSSTLMTSELESTSLGDSDEEDTMSRFSSSTEQSSASRLLKR
:.: : .:. .: .:.:: ..:::::.:. ::::. . ::.:::::::..:::...
XP_005 TNGHPRGDRRRDVGLPPDSASTALSSELESSSFVDSDEDGSTSRLSSSTEQSTSSRLIRK
160 170 180 190 200 210
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pF1KB5 H-RRRRKQRPPRLERTSSFSSVTDSTMSLNIITVTLNMEKYNFLGISIVGQSNERGDGGI
: ::::::: . .:.:::::.:::::::::.:::::::...:::::::::::.::::::
XP_005 HKRRRRKQRLRQADRASSFSSITDSTMSLNIVTVTLNMERHHFLGISIVGQSNDRGDGGI
220 230 240 250 260 270
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pF1KB5 YIGSIMKGGAVAADGRIEPGDMLLQVNDMNFENMSNDDAVRVLRDIVHKPGPIVLTVAKC
::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::.:: . ::: ::::::
XP_005 YIGSIMKGGAVAADGRIEPGDMLLQVNDVNFENMSNDDAVRVLREIVSQTGPISLTVAKC
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pF1KB5 WDPSPQAYFTLPRNEPIQPIDPAAWVSHSAALTGTFPAYPGS--SSMSTITSGSSLPDGC
:::.:..:::.:: .:..:::::::.::.:::::..: : : :: : ::.::: ..
XP_005 WDPTPRSYFTVPRADPVRPIDPAAWLSHTAALTGALPRYGTSPCSSAVTRTSSSSLTSSV
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460
pF1KB5 EGRG------LSVHTDMASVTKAMAAPESGLEVRDRMWLKITIPNAFLGSDVVDWLYHHV
: :.:..::..:...: :.::::.:::::::::: :: .:.::::::: ::
XP_005 PGAPQLEEAPLTVKSDMSAVVRVMQLPDSGLEIRDRMWLKITIANAVIGADVVDWLYTHV
400 410 420 430 440 450
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pF1KB5 EGFPERREARKYASGLLKAGLIRHTVNKITFSEQCYYVFGDLSGGCESYLVNLSLNDNDG
::: ::::::::::.::: :..:::::::::::::::::::: : : :..:.::. :
XP_005 EGFKERREARKYASSLLKHGFLRHTVNKITFSEQCYYVFGDL---C-SNLATLNLNS--G
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pF1KB5 SSGASDQDTLAPLPG-ATPWPLLPTFSYQYPAPHPYSPQPPPYHELSSYTYGGGSASSQH
:::.:::::::::: :.:::: . ::::.: : : : :.. ...::.::..::.
XP_005 SSGTSDQDTLAPLPHPAAPWPLGQGYPYQYPGPPPCFP--PAYQD-PGFSYGSGSTGSQQ
520 530 540 550 560
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pF1KB5 SEGSRSSGSTRSDGGAGRTGRPEERAPESKSGSGSESEPSSRGGSLRRGGEASGTSDGGP
::
XP_005 SEALD
570
>>XP_005244790 (OMIM: 180700,601365,616331) PREDICTED: s (549 aa)
initn: 1488 init1: 1135 opt: 1681 Z-score: 755.9 bits: 150.1 E(85289): 2.3e-35
Smith-Waterman score: 2326; 63.7% identity (81.7% similar) in 584 aa overlap (11-587:1-546)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MAGSSTGGGGVGETKVIYHLDEEETPYLVKIPVPAERITLGDFKSVLQ-RPAGA-KYFFK
..:::.:::.::::::::::.:: ::.::.:::.::. ::. : :.:::
XP_005 MAETKIIYHMDEEETPYLVKLPVAPERVTLADFKNVLSNRPVHAYKFFFK
10 20 30 40 50
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pF1KB5 SMDQDFGVVKEEISDDNARLPCFNGRVVSWLVSSDNPQPEMAPPVHEPRAELAPPAPPLP
::::::::::::: ::::.::::::::::::: ... . . . . ...: ::
XP_005 SMDQDFGVVKEEIFDDNAKLPCFNGRVVSWLVLAEGAHSDAGSQGTDSHTDLPPPL----
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 PLPPERTSGIGDSRPPSFHPNVSSSHENLEPETETESVVSLRRERPRRRDSSEHGAGGHR
:::.::::::::::::::.::..... :: :::.:: :::: :::. : . :
XP_005 ----ERTGGIGDSRPPSFHPNVASSRDGMDNETGTESMVSHRRERARRRNREEAA----R
110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 TGGPSRLERHL-AGY--ESSSTLMTSELESTSLGDSDEEDTMSRFSSSTEQSSASRLLKR
:.: : .:. .: .:.:: ..:::::.:. ::::. . ::.:::::::..:::...
XP_005 TNGHPRGDRRRDVGLPPDSASTALSSELESSSFVDSDEDGSTSRLSSSTEQSTSSRLIRK
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 H-RRRRKQRPPRLERTSSFSSVTDSTMSLNIITVTLNMEKYNFLGISIVGQSNERGDGGI
: ::::::: . .:.:::::.:::::::::.:::::::...:::::::::::.::::::
XP_005 HKRRRRKQRLRQADRASSFSSITDSTMSLNIVTVTLNMERHHFLGISIVGQSNDRGDGGI
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 YIGSIMKGGAVAADGRIEPGDMLLQVNDMNFENMSNDDAVRVLRDIVHKPGPIVLTVAKC
::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::.:: . ::: ::::::
XP_005 YIGSIMKGGAVAADGRIEPGDMLLQVNDVNFENMSNDDAVRVLREIVSQTGPISLTVAKC
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 WDPSPQAYFTLPRNEPIQPIDPAAWVSHSAALTGTFPAYPGSSSMSTITSGSSLPDGCEG
:::.:..:::.:: .:..:::::::.::.:::::..: : :
XP_005 WDPTPRSYFTVPRADPVRPIDPAAWLSHTAALTGALPRYE-----------------LEE
340 350 360 370 380
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pF1KB5 RGLSVHTDMASVTKAMAAPESGLEVRDRMWLKITIPNAFLGSDVVDWLYHHVEGFPERRE
:.:..::..:...: :.::::.:::::::::: :: .:.::::::: ::::: ::::
XP_005 APLTVKSDMSAVVRVMQLPDSGLEIRDRMWLKITIANAVIGADVVDWLYTHVEGFKERRE
390 400 410 420 430 440
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pF1KB5 ARKYASGLLKAGLIRHTVNKITFSEQCYYVFGDLSGGCESYLVNLSLNDNDGSSGASDQD
::::::.::: :..:::::::::::::::::::: : : :..:.::. ::::.::::
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