FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5787, 829 aa
1>>>pF1KB5787 829 - 829 aa - 829 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0587+/-0.000904; mu= 16.7987+/- 0.054
mean_var=82.6072+/-16.285, 0's: 0 Z-trim(107.3): 190 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.141112
statistics sampled from 9314 (9510) to 9314 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.657), E-opt: 0.2 (0.292), width: 16
Scan time: 4.220
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS10868.1 CDH3 gene_id:1001|Hs108|chr16 ( 829) 5560 1142.2 0
CCDS82004.1 CDH3 gene_id:1001|Hs108|chr16 ( 784) 5098 1048.1 0
CCDS10869.1 CDH1 gene_id:999|Hs108|chr16 ( 882) 3045 630.2 4.6e-180
CCDS77172.1 CDH2 gene_id:1000|Hs108|chr18 ( 875) 1495 314.7 4.5e-85
CCDS11891.1 CDH2 gene_id:1000|Hs108|chr18 ( 906) 1495 314.7 4.6e-85
CCDS58784.1 CDH4 gene_id:1002|Hs108|chr20 ( 842) 1469 309.4 1.7e-83
CCDS13488.1 CDH4 gene_id:1002|Hs108|chr20 ( 916) 1469 309.4 1.8e-83
CCDS10976.1 CDH15 gene_id:1013|Hs108|chr16 ( 814) 1249 264.6 5e-70
CCDS32810.1 DSC3 gene_id:1825|Hs108|chr18 ( 896) 1234 261.5 4.5e-69
CCDS58486.1 CDH13 gene_id:1012|Hs108|chr16 ( 713) 1210 256.6 1.1e-67
CCDS58485.1 CDH13 gene_id:1012|Hs108|chr16 ( 760) 1210 256.6 1.2e-67
CCDS11893.1 DSC2 gene_id:1824|Hs108|chr18 ( 847) 1201 254.8 4.5e-67
CCDS11892.1 DSC2 gene_id:1824|Hs108|chr18 ( 901) 1201 254.8 4.8e-67
CCDS11895.1 DSC1 gene_id:1823|Hs108|chr18 ( 840) 1176 249.7 1.5e-65
CCDS11894.1 DSC1 gene_id:1823|Hs108|chr18 ( 894) 1176 249.7 1.6e-65
CCDS58487.1 CDH13 gene_id:1012|Hs108|chr16 ( 674) 1124 239.1 2e-62
CCDS82005.1 CDH1 gene_id:999|Hs108|chr16 ( 821) 1050 224.0 7.9e-58
CCDS13485.1 CDH26 gene_id:60437|Hs108|chr20 ( 832) 931 199.8 1.6e-50
CCDS42423.1 DSG2 gene_id:1829|Hs108|chr18 (1118) 901 193.8 1.4e-48
CCDS11897.1 DSG4 gene_id:147409|Hs108|chr18 (1040) 887 190.9 9.5e-48
CCDS45845.1 DSG4 gene_id:147409|Hs108|chr18 (1059) 887 190.9 9.6e-48
CCDS11896.1 DSG1 gene_id:1828|Hs108|chr18 (1049) 814 176.1 2.8e-43
CCDS54835.1 CDH18 gene_id:1016|Hs108|chr5 ( 574) 784 169.8 1.2e-41
CCDS75229.1 CDH18 gene_id:1016|Hs108|chr5 ( 575) 784 169.8 1.2e-41
CCDS81993.1 CDH11 gene_id:1009|Hs108|chr16 ( 693) 784 169.9 1.4e-41
CCDS11898.1 DSG3 gene_id:1830|Hs108|chr18 ( 999) 779 168.9 3.8e-41
CCDS59325.1 CDH19 gene_id:28513|Hs108|chr18 ( 490) 657 143.9 6.2e-34
CCDS3894.1 CDH6 gene_id:1004|Hs108|chr5 ( 790) 582 128.8 3.7e-29
CCDS3892.1 CDH10 gene_id:1008|Hs108|chr5 ( 788) 566 125.5 3.5e-28
CCDS3893.1 CDH9 gene_id:1007|Hs108|chr5 ( 789) 552 122.7 2.5e-27
CCDS11993.1 CDH7 gene_id:1005|Hs108|chr18 ( 785) 520 116.1 2.3e-25
CCDS81992.1 CDH11 gene_id:1009|Hs108|chr16 ( 670) 517 115.5 3.1e-25
CCDS10803.1 CDH11 gene_id:1009|Hs108|chr16 ( 796) 517 115.5 3.6e-25
CCDS82991.1 CDH12 gene_id:1010|Hs108|chr5 ( 754) 504 112.9 2.1e-24
CCDS3890.1 CDH12 gene_id:1010|Hs108|chr5 ( 794) 504 112.9 2.2e-24
CCDS11994.1 CDH19 gene_id:28513|Hs108|chr18 ( 772) 498 111.7 5.1e-24
CCDS10802.1 CDH8 gene_id:1006|Hs108|chr16 ( 799) 486 109.2 2.8e-23
CCDS3889.1 CDH18 gene_id:1016|Hs108|chr5 ( 790) 485 109.0 3.2e-23
CCDS58472.1 CDH16 gene_id:1014|Hs108|chr16 ( 732) 483 108.6 4e-23
CCDS3732.3 FAT4 gene_id:79633|Hs108|chr4 (4981) 489 110.2 8.9e-23
CCDS75348.1 PCDHGC3 gene_id:5098|Hs108|chr5 ( 863) 410 93.8 1.4e-18
CCDS4261.1 PCDHGC3 gene_id:5098|Hs108|chr5 ( 934) 410 93.8 1.5e-18
CCDS11977.1 CDH20 gene_id:28316|Hs108|chr18 ( 801) 408 93.3 1.7e-18
CCDS54919.1 PCDHA8 gene_id:56140|Hs108|chr5 ( 950) 403 92.4 4e-18
CCDS55462.1 PCDH19 gene_id:57526|Hs108|chrX (1148) 394 90.6 1.7e-17
CCDS81769.1 PCDH9 gene_id:5101|Hs108|chr13 (1032) 392 90.1 2e-17
CCDS81770.1 PCDH9 gene_id:5101|Hs108|chr13 (1195) 392 90.2 2.3e-17
CCDS9443.1 PCDH9 gene_id:5101|Hs108|chr13 (1203) 392 90.2 2.3e-17
CCDS9444.1 PCDH9 gene_id:5101|Hs108|chr13 (1237) 392 90.2 2.4e-17
CCDS47177.1 FAT1 gene_id:2195|Hs108|chr4 (4588) 387 89.4 1.5e-16
>>CCDS10868.1 CDH3 gene_id:1001|Hs108|chr16 (829 aa)
initn: 5560 init1: 5560 opt: 5560 Z-score: 6113.7 bits: 1142.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5560; 100.0% identity (100.0% similar) in 829 aa overlap (1-829:1-829)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MGLPRGPLASLLLLQVCWLQCAASEPCRAVFREAEVTLEAGGAEQEPGQALGKVFMGCPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MGLPRGPLASLLLLQVCWLQCAASEPCRAVFREAEVTLEAGGAEQEPGQALGKVFMGCPG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 QEPALFSTDNDDFTVRNGETVQERRSLKERNPLKIFPSKRILRRHKRDWVVAPISVPENG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 QEPALFSTDNDDFTVRNGETVQERRSLKERNPLKIFPSKRILRRHKRDWVVAPISVPENG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 KGPFPQRLNQLKSNKDRDTKIFYSITGPGADSPPEGVFAVEKETGWLLLNKPLDREEIAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 KGPFPQRLNQLKSNKDRDTKIFYSITGPGADSPPEGVFAVEKETGWLLLNKPLDREEIAK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 YELFGHAVSENGASVEDPMNISIIVTDQNDHKPKFTQDTFRGSVLEGVLPGTSVMQVTAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 YELFGHAVSENGASVEDPMNISIIVTDQNDHKPKFTQDTFRGSVLEGVLPGTSVMQVTAT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 DEDDAIYTYNGVVAYSIHSQEPKDPHDLMFTIHRSTGTISVISSGLDREKVPEYTLTIQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 DEDDAIYTYNGVVAYSIHSQEPKDPHDLMFTIHRSTGTISVISSGLDREKVPEYTLTIQA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 TDMDGDGSTTTAVAVVEILDANDNAPMFDPQKYEAHVPENAVGHEVQRLTVTDLDAPNSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TDMDGDGSTTTAVAVVEILDANDNAPMFDPQKYEAHVPENAVGHEVQRLTVTDLDAPNSP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 AWRATYLIMGGDDGDHFTITTHPESNQGILTTRKGLDFEAKNQHTLYVEVTNEAPFVLKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 AWRATYLIMGGDDGDHFTITTHPESNQGILTTRKGLDFEAKNQHTLYVEVTNEAPFVLKL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 PTSTATIVVHVEDVNEAPVFVPPSKVVEVQEGIPTGEPVCVYTAEDPDKENQKISYRILR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PTSTATIVVHVEDVNEAPVFVPPSKVVEVQEGIPTGEPVCVYTAEDPDKENQKISYRILR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 DPAGWLAMDPDSGQVTAVGTLDREDEQFVRNNIYEVMVLAMDNGSPPTTGTGTLLLTLID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 DPAGWLAMDPDSGQVTAVGTLDREDEQFVRNNIYEVMVLAMDNGSPPTTGTGTLLLTLID
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 VNDHGPVPEPRQITICNQSPVRQVLNITDKDLSPHTSPFQAQLTDDSDIYWTAEVNEEGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VNDHGPVPEPRQITICNQSPVRQVLNITDKDLSPHTSPFQAQLTDDSDIYWTAEVNEEGD
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 TVVLSLKKFLKQDTYDVHLSLSDHGNKEQLTVIRATVCDCHGHVETCPGPWKGGFILPVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TVVLSLKKFLKQDTYDVHLSLSDHGNKEQLTVIRATVCDCHGHVETCPGPWKGGFILPVL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 GAVLALLFLLLVLLLLVRKKRKIKEPLLLPEDDTRDNVFYYGEEGGGEEDQDYDITQLHR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GAVLALLFLLLVLLLLVRKKRKIKEPLLLPEDDTRDNVFYYGEEGGGEEDQDYDITQLHR
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 GLEARPEVVLRNDVAPTIIPTPMYRPRPANPDEIGNFIIENLKAANTDPTAPPYDTLLVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GLEARPEVVLRNDVAPTIIPTPMYRPRPANPDEIGNFIIENLKAANTDPTAPPYDTLLVF
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820
pF1KB5 DYEGSGSDAASLSSLTSSASDQDQDYDYLNEWGSRFKKLADMYGGGEDD
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 DYEGSGSDAASLSSLTSSASDQDQDYDYLNEWGSRFKKLADMYGGGEDD
790 800 810 820
>>CCDS82004.1 CDH3 gene_id:1001|Hs108|chr16 (784 aa)
initn: 5098 init1: 5098 opt: 5098 Z-score: 5605.8 bits: 1048.1 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5098; 100.0% identity (100.0% similar) in 760 aa overlap (1-760:1-760)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MGLPRGPLASLLLLQVCWLQCAASEPCRAVFREAEVTLEAGGAEQEPGQALGKVFMGCPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 MGLPRGPLASLLLLQVCWLQCAASEPCRAVFREAEVTLEAGGAEQEPGQALGKVFMGCPG
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70 80 90 100 110 120
pF1KB5 QEPALFSTDNDDFTVRNGETVQERRSLKERNPLKIFPSKRILRRHKRDWVVAPISVPENG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 QEPALFSTDNDDFTVRNGETVQERRSLKERNPLKIFPSKRILRRHKRDWVVAPISVPENG
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130 140 150 160 170 180
pF1KB5 KGPFPQRLNQLKSNKDRDTKIFYSITGPGADSPPEGVFAVEKETGWLLLNKPLDREEIAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 KGPFPQRLNQLKSNKDRDTKIFYSITGPGADSPPEGVFAVEKETGWLLLNKPLDREEIAK
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190 200 210 220 230 240
pF1KB5 YELFGHAVSENGASVEDPMNISIIVTDQNDHKPKFTQDTFRGSVLEGVLPGTSVMQVTAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 YELFGHAVSENGASVEDPMNISIIVTDQNDHKPKFTQDTFRGSVLEGVLPGTSVMQVTAT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 DEDDAIYTYNGVVAYSIHSQEPKDPHDLMFTIHRSTGTISVISSGLDREKVPEYTLTIQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 DEDDAIYTYNGVVAYSIHSQEPKDPHDLMFTIHRSTGTISVISSGLDREKVPEYTLTIQA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 TDMDGDGSTTTAVAVVEILDANDNAPMFDPQKYEAHVPENAVGHEVQRLTVTDLDAPNSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 TDMDGDGSTTTAVAVVEILDANDNAPMFDPQKYEAHVPENAVGHEVQRLTVTDLDAPNSP
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pF1KB5 AWRATYLIMGGDDGDHFTITTHPESNQGILTTRKGLDFEAKNQHTLYVEVTNEAPFVLKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 AWRATYLIMGGDDGDHFTITTHPESNQGILTTRKGLDFEAKNQHTLYVEVTNEAPFVLKL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 PTSTATIVVHVEDVNEAPVFVPPSKVVEVQEGIPTGEPVCVYTAEDPDKENQKISYRILR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 PTSTATIVVHVEDVNEAPVFVPPSKVVEVQEGIPTGEPVCVYTAEDPDKENQKISYRILR
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pF1KB5 DPAGWLAMDPDSGQVTAVGTLDREDEQFVRNNIYEVMVLAMDNGSPPTTGTGTLLLTLID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 DPAGWLAMDPDSGQVTAVGTLDREDEQFVRNNIYEVMVLAMDNGSPPTTGTGTLLLTLID
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 VNDHGPVPEPRQITICNQSPVRQVLNITDKDLSPHTSPFQAQLTDDSDIYWTAEVNEEGD
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 TVVLSLKKFLKQDTYDVHLSLSDHGNKEQLTVIRATVCDCHGHVETCPGPWKGGFILPVL
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pF1KB5 GAVLALLFLLLVLLLLVRKKRKIKEPLLLPEDDTRDNVFYYGEEGGGEEDQDYDITQLHR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 GAVLALLFLLLVLLLLVRKKRKIKEPLLLPEDDTRDNVFYYGEEGGGEEDQDYDITQLHR
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pF1KB5 GLEARPEVVLRNDVAPTIIPTPMYRPRPANPDEIGNFIIENLKAANTDPTAPPYDTLLVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 GLEARPEVVLRNDVAPTIIPTPMYRPRPANPDEIGNFIIEGRGERGSQRGNGGLQLARGR
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820
pF1KB5 DYEGSGSDAASLSSLTSSASDQDQDYDYLNEWGSRFKKLADMYGGGEDD
CCDS82 TRRS
>>CCDS10869.1 CDH1 gene_id:999|Hs108|chr16 (882 aa)
initn: 2384 init1: 1602 opt: 3045 Z-score: 3346.2 bits: 630.2 E(32554): 4.6e-180
Smith-Waterman score: 3073; 54.9% identity (76.0% similar) in 867 aa overlap (18-829:20-882)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MGLPRGPLASLLLLQVCWLQCAASEPCRAVFREAEVTLEAGGAEQEPGQALGKV-FMG
:: : :::. : :. . . : :..::.: :
CCDS10 MGPWSRSLSALLLLLQVSSWL-CQEPEPCHPGFDAESYTFTVPRRHLERGRVLGRVNFED
10 20 30 40 50
60 70 80 90
pF1KB5 CPG-QEPALFSTDNDDFTVRNGETVQERRSLKERNP------------------------
: : :. : :: :. : : . .. .: :. .::
CCDS10 CTGRQRTAYFSLDTR-FKVGTDGVITVKRPLRFHNPQIHFLVYAWDSTYRKFSTKVTLNT
60 70 80 90 100 110
100 110 120 130
pF1KB5 --------------------LKIFP-SKRILRRHKRDWVVAPISVPENGKGPFPQRLNQL
: :: :. :::.:::::. ::: ::: :::::. : :.
CCDS10 VGHHHRPPPHQASVSGIQAELLTFPNSSPGLRRQKRDWVIPPISCPENEKGPFPKNLVQI
120 130 140 150 160 170
140 150 160 170 180 190
pF1KB5 KSNKDRDTKIFYSITGPGADSPPEGVFAVEKETGWLLLNKPLDREEIAKYELFGHAVSEN
:::::.. :.:::::: :::.:: ::: .:.::::: ...:::::.:: : ::.:::: :
CCDS10 KSNKDKEGKVFYSITGQGADTPPVGVFIIERETGWLKVTEPLDRERIATYTLFSHAVSSN
180 190 200 210 220 230
200 210 220 230 240 250
pF1KB5 GASVEDPMNISIIVTDQNDHKPKFTQDTFRGSVLEGVLPGTSVMQVTATDEDDAIYTYNG
: .:::::.: : ::::::.::.:::..:.:::.::.:::::::.::::: :: . :::.
CCDS10 GNAVEDPMEILITVTDQNDNKPEFTQEVFKGSVMEGALPGTSVMEVTATDADDDVNTYNA
240 250 260 270 280 290
260 270 280 290 300 310
pF1KB5 VVAYSIHSQEPKDPHDLMFTIHRSTGTISVISSGLDREKVPEYTLTIQATDMDGDGSTTT
..::.: ::.:. : ::::.:.::.:::...:::::. : :::..::.:..:.: .::
CCDS10 AIAYTILSQDPELPDKNMFTINRNTGVISVVTTGLDRESFPTYTLVVQAADLQGEGLSTT
300 310 320 330 340 350
320 330 340 350 360 370
pF1KB5 AVAVVEILDANDNAPMFDPQKYEAHVPENAVGHEVQRLTVTDLDAPNSPAWRATYLIMGG
:.::. . :.::: :.:.: :...:::: .. . : ::: ::::.:::.:.: :..
CCDS10 ATAVITVTDTNDNPPIFNPTTYKGQVPENEANVVITTLKVTDADAPNTPAWEAVYTILN-
360 370 380 390 400 410
380 390 400 410 420 430
pF1KB5 DDGDHFTITTHPESNQGILTTRKGLDFEAKNQHTLYVEVTNEAPFVLKLPTSTATIVVHV
::: .:..::.: .:.::: : ::::::::.:. :.: ::: .:: ..: :::::..: :
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790 800 810 820
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CCDS11 SSLNSSSSGGEQDYDYLNDWGPRFKKLADMYGGGDD
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CCDS58 ISGDPSGHFSVRTDPVTNEGMVTVVKAVDYELNRAFMLTVMVSNQAPLASGIQMSFQSTA
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CCDS58 LGTGAIVAILICILILLTMVLLFVMWMKRREKERHTKQLLIDPEDDVRDNILKYDEEGGG
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pF1KB5 EEDQDYDITQLHRGLEARPEV------VLRNDVAPTIIPTPMY--RPRPANPDEIGNFII
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CCDS58 EEDQDYDLSQLQQP-EAMGHVPSKAPGVRRVDERP-VGAEPQYPIRPMVPHPGDIGDFIN
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pF1KB5 ENLKAANTDPTAPPYDTLLVFDYEGSGSDAASLSSLTSSASDQDQDYDYLNEWGSRFKKL
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CCDS58 EGLRAADNDPTAPPYDSLLVFDYEGSGSTAGSVSSLNSSSSG-DQDYDYLNDWGPRFKKL
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pF1KB5 ADMYGGGEDD
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CCDS58 ADMYGGGEED
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pF1KB5 DFTVRNGETVQERRSLKERNPLKIFPSKRILRRHKRDWVVAPISVPENGKGPFPQRLNQL
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CCDS13 QKGKKVVALDPSPPPKDTLLPWPQHQNANGLRRRKRDWVIPPINVPENSRGPFPQQLVRI
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140 150 160 170 180 190
pF1KB5 KSNKDRDTKIFYSITGPGADSPPEGVFAVEKETGWLLLNKPLDREEIAKYELFGHAVSEN
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CCDS13 RSDKDNDIPIRYSITGVGADQPPMEVFSIDSMSGRMYVTRPMDREEHASYHLRAHAVDMN
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pF1KB5 GASVEDPMNISIIVTDQNDHKPKFTQDTFRGSVLEGVLPGTSVMQVTATDEDDAIYTYNG
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CCDS13 GNKVENPIDLYIYVIDMNDNRPEFINQVYNGSVDEGSKPGTYVMTVTANDADDST-TANG
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:
CCDS58 CL
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