FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5797, 834 aa
1>>>pF1KB5797 834 - 834 aa - 834 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.9658+/-0.00102; mu= 4.8222+/- 0.061
mean_var=228.4188+/-47.564, 0's: 0 Z-trim(110.8): 45 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.084861
statistics sampled from 11859 (11889) to 11859 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.71), E-opt: 0.2 (0.365), width: 16
Scan time: 3.590
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4520.1 NEDD9 gene_id:4739|Hs108|chr6 ( 834) 5656 706.2 6e-203
CCDS47373.1 NEDD9 gene_id:4739|Hs108|chr6 ( 834) 5634 703.5 3.9e-202
CCDS75400.1 NEDD9 gene_id:4739|Hs108|chr6 ( 685) 4605 577.4 2.8e-164
CCDS54038.1 BCAR1 gene_id:9564|Hs108|chr16 ( 888) 1093 147.6 9.2e-35
CCDS34340.1 NEDD9 gene_id:4739|Hs108|chr6 ( 174) 1062 143.2 3.7e-34
CCDS54037.1 BCAR1 gene_id:9564|Hs108|chr16 ( 868) 989 134.8 6.1e-31
CCDS10915.1 BCAR1 gene_id:9564|Hs108|chr16 ( 870) 989 134.8 6.2e-31
CCDS54041.1 BCAR1 gene_id:9564|Hs108|chr16 ( 870) 989 134.8 6.2e-31
CCDS54042.1 BCAR1 gene_id:9564|Hs108|chr16 ( 888) 989 134.8 6.3e-31
CCDS54043.1 BCAR1 gene_id:9564|Hs108|chr16 ( 888) 989 134.8 6.3e-31
CCDS54040.1 BCAR1 gene_id:9564|Hs108|chr16 ( 916) 989 134.8 6.4e-31
CCDS54039.1 BCAR1 gene_id:9564|Hs108|chr16 ( 722) 936 128.3 4.8e-29
CCDS33492.1 CASS4 gene_id:57091|Hs108|chr20 ( 786) 515 76.8 1.7e-13
>>CCDS4520.1 NEDD9 gene_id:4739|Hs108|chr6 (834 aa)
initn: 5656 init1: 5656 opt: 5656 Z-score: 3757.1 bits: 706.2 E(32554): 6e-203
Smith-Waterman score: 5656; 100.0% identity (100.0% similar) in 834 aa overlap (1-834:1-834)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MKYKNLMARALYDNVPECAEELAFRKGDILTVIEQNTGGLEGWWLCSLHGRQGIVPGNRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 MKYKNLMARALYDNVPECAEELAFRKGDILTVIEQNTGGLEGWWLCSLHGRQGIVPGNRV
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 KLLIGPMQETASSHEQPASGLMQQTFGQQKLYQVPNPQAAPRDTIYQVPPSYQNQGIYQV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 PTGHGTQEQEVYQVPPSVQRSIGGTSGPHVGKKVITPVRTGHGYVYEYPSRYQKDVYDIP
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190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 PSHTTQGVYDIPPSSAKGPVFSVPVGEIKPQGVYDIPPTKGVYAIPPSACRDEAGLREKD
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 YDFPPPMRQAGRPDLRPEGVYDIPPTCTKPAGKDLHVKYNCDIPGAAEPVARRHQSLSPN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 HPPPQLGQSVGSQNDAYDVPRGVQFLEPPAETSEKANPQERDGVYDVPLHNPPDAKGSRD
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370 380 390 400 410 420
pF1KB5 LVDGINRLSFSSTGSTRSNMSTSSTSSKESSLSASPAQDKRLFLDPDTAIERLQRLQQAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LVDGINRLSFSSTGSTRSNMSTSSTSSKESSLSASPAQDKRLFLDPDTAIERLQRLQQAL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 EMGVSSLMALVTTDWRCYGYMERHINEIRTAVDKVELFLKEYLHFVKGAVANAACLPELI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 EMGVSSLMALVTTDWRCYGYMERHINEIRTAVDKVELFLKEYLHFVKGAVANAACLPELI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 LHNKMKRELQRVEDSHQILSQTSHDLNECSWSLNILAINKPQNKCDDLDRFVMVAKTVPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LHNKMKRELQRVEDSHQILSQTSHDLNECSWSLNILAINKPQNKCDDLDRFVMVAKTVPD
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 DAKQLTTTINTNAEALFRPGPGSLHLKNGPESIMNSTEYPHGGSQGQLLHPGDHKAQAHN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 DAKQLTTTINTNAEALFRPGPGSLHLKNGPESIMNSTEYPHGGSQGQLLHPGDHKAQAHN
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 KALPPGLSKEQAPDCSSSDGSERSWMDDYDYVHLQGKEEFERQQKELLEKENIMKQNKMQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 KALPPGLSKEQAPDCSSSDGSERSWMDDYDYVHLQGKEEFERQQKELLEKENIMKQNKMQ
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 LEHHQLSQFQLLEQEITKPVENDISKWKPSQSLPTTNSGVSAQDRQLLCFYYDQCETHFI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LEHHQLSQFQLLEQEITKPVENDISKWKPSQSLPTTNSGVSAQDRQLLCFYYDQCETHFI
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 SLLNAIDALFSCVSSAQPPRIFVAHSKFVILSAHKLVFIGDTLTRQVTAQDIRNKVMNSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 SLLNAIDALFSCVSSAQPPRIFVAHSKFVILSAHKLVFIGDTLTRQVTAQDIRNKVMNSS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830
pF1KB5 NQLCEQLKTIVMATKMAALHYPSTTALQEMVHQVTDLSRNAQLFKRSLLEMATF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 NQLCEQLKTIVMATKMAALHYPSTTALQEMVHQVTDLSRNAQLFKRSLLEMATF
790 800 810 820 830
>>CCDS47373.1 NEDD9 gene_id:4739|Hs108|chr6 (834 aa)
initn: 5632 init1: 5632 opt: 5634 Z-score: 3742.5 bits: 703.5 E(32554): 3.9e-202
Smith-Waterman score: 5634; 99.6% identity (99.8% similar) in 834 aa overlap (1-834:1-834)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MKYKNLMARALYDNVPECAEELAFRKGDILTVIEQNTGGLEGWWLCSLHGRQGIVPGNRV
: .::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MWTRNLMARALYDNVPECAEELAFRKGDILTVIEQNTGGLEGWWLCSLHGRQGIVPGNRV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 KLLIGPMQETASSHEQPASGLMQQTFGQQKLYQVPNPQAAPRDTIYQVPPSYQNQGIYQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 KLLIGPMQETASSHEQPASGLMQQTFGQQKLYQVPNPQAAPRDTIYQVPPSYQNQGIYQV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 PTGHGTQEQEVYQVPPSVQRSIGGTSGPHVGKKVITPVRTGHGYVYEYPSRYQKDVYDIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PTGHGTQEQEVYQVPPSVQRSIGGTSGPHVGKKVITPVRTGHGYVYEYPSRYQKDVYDIP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 PSHTTQGVYDIPPSSAKGPVFSVPVGEIKPQGVYDIPPTKGVYAIPPSACRDEAGLREKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PSHTTQGVYDIPPSSAKGPVFSVPVGEIKPQGVYDIPPTKGVYAIPPSACRDEAGLREKD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 YDFPPPMRQAGRPDLRPEGVYDIPPTCTKPAGKDLHVKYNCDIPGAAEPVARRHQSLSPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 YDFPPPMRQAGRPDLRPEGVYDIPPTCTKPAGKDLHVKYNCDIPGAAEPVARRHQSLSPN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 HPPPQLGQSVGSQNDAYDVPRGVQFLEPPAETSEKANPQERDGVYDVPLHNPPDAKGSRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 HPPPQLGQSVGSQNDAYDVPRGVQFLEPPAETSEKANPQERDGVYDVPLHNPPDAKGSRD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 LVDGINRLSFSSTGSTRSNMSTSSTSSKESSLSASPAQDKRLFLDPDTAIERLQRLQQAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LVDGINRLSFSSTGSTRSNMSTSSTSSKESSLSASPAQDKRLFLDPDTAIERLQRLQQAL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 EMGVSSLMALVTTDWRCYGYMERHINEIRTAVDKVELFLKEYLHFVKGAVANAACLPELI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 EMGVSSLMALVTTDWRCYGYMERHINEIRTAVDKVELFLKEYLHFVKGAVANAACLPELI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 LHNKMKRELQRVEDSHQILSQTSHDLNECSWSLNILAINKPQNKCDDLDRFVMVAKTVPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LHNKMKRELQRVEDSHQILSQTSHDLNECSWSLNILAINKPQNKCDDLDRFVMVAKTVPD
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 DAKQLTTTINTNAEALFRPGPGSLHLKNGPESIMNSTEYPHGGSQGQLLHPGDHKAQAHN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 DAKQLTTTINTNAEALFRPGPGSLHLKNGPESIMNSTEYPHGGSQGQLLHPGDHKAQAHN
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 KALPPGLSKEQAPDCSSSDGSERSWMDDYDYVHLQGKEEFERQQKELLEKENIMKQNKMQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 KALPPGLSKEQAPDCSSSDGSERSWMDDYDYVHLQGKEEFERQQKELLEKENIMKQNKMQ
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 LEHHQLSQFQLLEQEITKPVENDISKWKPSQSLPTTNSGVSAQDRQLLCFYYDQCETHFI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LEHHQLSQFQLLEQEITKPVENDISKWKPSQSLPTTNSGVSAQDRQLLCFYYDQCETHFI
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730 740 750 760 770 780
pF1KB5 SLLNAIDALFSCVSSAQPPRIFVAHSKFVILSAHKLVFIGDTLTRQVTAQDIRNKVMNSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SLLNAIDALFSCVSSAQPPRIFVAHSKFVILSAHKLVFIGDTLTRQVTAQDIRNKVMNSS
730 740 750 760 770 780
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pF1KB5 NQLCEQLKTIVMATKMAALHYPSTTALQEMVHQVTDLSRNAQLFKRSLLEMATF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 NQLCEQLKTIVMATKMAALHYPSTTALQEMVHQVTDLSRNAQLFKRSLLEMATF
790 800 810 820 830
>>CCDS75400.1 NEDD9 gene_id:4739|Hs108|chr6 (685 aa)
initn: 4605 init1: 4605 opt: 4605 Z-score: 3062.9 bits: 577.4 E(32554): 2.8e-164
Smith-Waterman score: 4605; 100.0% identity (100.0% similar) in 682 aa overlap (153-834:4-685)
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 GHGTQEQEVYQVPPSVQRSIGGTSGPHVGKKVITPVRTGHGYVYEYPSRYQKDVYDIPPS
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 MKYKVITPVRTGHGYVYEYPSRYQKDVYDIPPS
10 20 30
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 HTTQGVYDIPPSSAKGPVFSVPVGEIKPQGVYDIPPTKGVYAIPPSACRDEAGLREKDYD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 HTTQGVYDIPPSSAKGPVFSVPVGEIKPQGVYDIPPTKGVYAIPPSACRDEAGLREKDYD
40 50 60 70 80 90
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 FPPPMRQAGRPDLRPEGVYDIPPTCTKPAGKDLHVKYNCDIPGAAEPVARRHQSLSPNHP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 FPPPMRQAGRPDLRPEGVYDIPPTCTKPAGKDLHVKYNCDIPGAAEPVARRHQSLSPNHP
100 110 120 130 140 150
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 PPQLGQSVGSQNDAYDVPRGVQFLEPPAETSEKANPQERDGVYDVPLHNPPDAKGSRDLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 PPQLGQSVGSQNDAYDVPRGVQFLEPPAETSEKANPQERDGVYDVPLHNPPDAKGSRDLV
160 170 180 190 200 210
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 DGINRLSFSSTGSTRSNMSTSSTSSKESSLSASPAQDKRLFLDPDTAIERLQRLQQALEM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 DGINRLSFSSTGSTRSNMSTSSTSSKESSLSASPAQDKRLFLDPDTAIERLQRLQQALEM
220 230 240 250 260 270
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 GVSSLMALVTTDWRCYGYMERHINEIRTAVDKVELFLKEYLHFVKGAVANAACLPELILH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 GVSSLMALVTTDWRCYGYMERHINEIRTAVDKVELFLKEYLHFVKGAVANAACLPELILH
280 290 300 310 320 330
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 NKMKRELQRVEDSHQILSQTSHDLNECSWSLNILAINKPQNKCDDLDRFVMVAKTVPDDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 NKMKRELQRVEDSHQILSQTSHDLNECSWSLNILAINKPQNKCDDLDRFVMVAKTVPDDA
340 350 360 370 380 390
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 KQLTTTINTNAEALFRPGPGSLHLKNGPESIMNSTEYPHGGSQGQLLHPGDHKAQAHNKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 KQLTTTINTNAEALFRPGPGSLHLKNGPESIMNSTEYPHGGSQGQLLHPGDHKAQAHNKA
400 410 420 430 440 450
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 LPPGLSKEQAPDCSSSDGSERSWMDDYDYVHLQGKEEFERQQKELLEKENIMKQNKMQLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 LPPGLSKEQAPDCSSSDGSERSWMDDYDYVHLQGKEEFERQQKELLEKENIMKQNKMQLE
460 470 480 490 500 510
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 HHQLSQFQLLEQEITKPVENDISKWKPSQSLPTTNSGVSAQDRQLLCFYYDQCETHFISL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 HHQLSQFQLLEQEITKPVENDISKWKPSQSLPTTNSGVSAQDRQLLCFYYDQCETHFISL
520 530 540 550 560 570
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 LNAIDALFSCVSSAQPPRIFVAHSKFVILSAHKLVFIGDTLTRQVTAQDIRNKVMNSSNQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 LNAIDALFSCVSSAQPPRIFVAHSKFVILSAHKLVFIGDTLTRQVTAQDIRNKVMNSSNQ
580 590 600 610 620 630
790 800 810 820 830
pF1KB5 LCEQLKTIVMATKMAALHYPSTTALQEMVHQVTDLSRNAQLFKRSLLEMATF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 LCEQLKTIVMATKMAALHYPSTTALQEMVHQVTDLSRNAQLFKRSLLEMATF
640 650 660 670 680
>>CCDS54038.1 BCAR1 gene_id:9564|Hs108|chr16 (888 aa)
initn: 1622 init1: 504 opt: 1093 Z-score: 737.6 bits: 147.6 E(32554): 9.2e-35
Smith-Waterman score: 1725; 39.2% identity (61.5% similar) in 916 aa overlap (23-832:23-886)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MKYKNLMARALYDNVPECAEELAFRKGDILTVIEQNTGGLEGWWLCSLHGRQGIVPGNRV
.::::::.::.::.: ::.::::::::::::::::::.
CCDS54 MNHLNVLAKALYDNVAESPDELSFRKGDIMTVLEQDTQGLDGWWLCSLHGRQGIVPGNRL
10 20 30 40 50 60
70 80
pF1KB5 KLLIG--------PMQETASSHEQPASGL-------------MQQTF-------------
:.:.: : .. :: :: . .:.
CCDS54 KILVGMYDKKPAGPGPGPPATPAQPQPGLHAPAPPASQYTPMLPNTYQPQPDSVYLVPTP
70 80 90 100 110 120
90 100 110
pF1KB5 --GQQKLYQVPNPQA-----------------------APRDTIYQVPPSYQN--QGIYQ
.:: :::::.:. .: .:::::. . : :::
CCDS54 SKAQQGLYQVPGPSPQFQSPPAKQTSTFSKQTPHHPFPSPATDLYQVPPGPGGPAQDIYQ
130 140 150 160 170 180
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 VPTGHGTQEQEVYQVPPSVQ-RSIGGTSGPHVGKKVITPVRTGHGYVYEYPSRYQKDVYD
:: . : . ...::::::.. :: ::. : ::..:.:.:.::::: .. ..: ::
CCDS54 VPPSAG-MGHDIYQVPPSMDTRSWEGTKPP---AKVVVPTRVGQGYVYE-AAQPEQDEYD
190 200 210 220 230
180 190 200 210 220
pF1KB5 IPPSHTT----QGVYDIPPSSAKGP------VFSVPVGEIK-PQGVYDIPPTKGVYAIPP
:: : : .::.:: . : :...: .: :.: : : :: .::
CCDS54 IP-RHLLAPGPQDIYDVPPVRGLLPSQYGQEVYDTPPMAVKGPNG-RD--PLLEVYDVPP
240 250 260 270 280 290
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 SACRDEAGLREKDYDFPPPMRQAGRPDLRPEGV--YDIPPTCTK--PAGKDLHVKYNCDI
:. : :: ... . .: :: :: ::.::. .: : : :. . . :.
CCDS54 SV---EKGLPPSNHHAVSKCQGNARARLRLWGVWVYDVPPSVSKDVPDGPLLR-EETYDV
300 310 320 330 340
290 300 310 320 330
pF1KB5 PGA---AEPV--ARRHQSLS---PNHPPPQLGQSVGSQN-DAYDVPRGVQFLEPPAETSE
: : :.: :: :. :. :: . .: : :::: : :. :. .
CCDS54 PPAFAKAKPFDPARTPLVLAAPPPDSPPAEDVYDVPPPAPDLYDVPPG---LRRPGPGTL
350 360 370 380 390 400
340 350 360 370 380
pF1KB5 KANPQER--------DGVYDVPLHN-PPDAKGSRDLVDGINRLSFSSTGSTRSNMSTSST
:.:: :: : .. :: :. :. .::: ::::::::..:.::
CCDS54 YDVPRERVLPPEVADGGVVDSGVYAVPPPAE--REAPAEGKRLSASSTGSTRSSQSASSL
410 420 430 440 450 460
390 400 410 420 430 440
pF1KB5 SSKESSLSASPAQDKRLFLDPDTAIERLQRLQQALEMGVSSLMALV-----TTDWRCYGY
:.:... :. ..:.: : ::::.. :. :. :. : .:: .
CCDS54 EV------AGPGREP---LELEVAVEALARLQQGVSATVAHLLDLAGSAGATGSWRSPSE
470 480 490 500 510
450 460 470 480 490
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CCDS10 TTKAAALQYPSPSAAQDMVERVKELGHSTQQFRRVLGQLAAA
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CCDS54 CEANLTTLTNAVDAFFTAVATNQPPKIFVAHSKFVILSAHKLVFIGDTLSRQAKAADVRS
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