Result of FASTA (omim) for
pF1KB5799
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5799, 834 aa
1>>>pF1KB5799 834 - 834 aa - 834 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2114+/-0.000359; mu= 17.4498+/- 0.023
mean_var=91.5473+/-17.895, 0's: 0 Z-trim(115.5): 22 B-trim: 208 in 1/53
Lambda= 0.134045
statistics sampled from 25920 (25936) to 25920 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.647), E-opt: 0.2 (0.304), width: 16
Scan time: 11.220
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_002432 (OMIM: 603382) mutS protein homolog 5 is ( 834) 5468 1067.9 0
NP_751898 (OMIM: 603382) mutS protein homolog 5 is ( 834) 5468 1067.9 0
NP_751897 (OMIM: 603382) mutS protein homolog 5 is ( 835) 5456 1065.6 0
NP_079535 (OMIM: 603382) mutS protein homolog 5 is ( 822) 3687 723.5 9.3e-208
NP_002430 (OMIM: 600887,608089,617100) DNA mismatc (1137) 588 124.3 3.1e-27
NP_001245210 (OMIM: 120435,158320,276300,609309) D ( 868) 554 117.6 2.4e-25
XP_011531169 (OMIM: 120435,158320,276300,609309) P ( 924) 554 117.7 2.5e-25
NP_000242 (OMIM: 120435,158320,276300,609309) DNA ( 934) 554 117.7 2.5e-25
XP_005264389 (OMIM: 120435,158320,276300,609309) P ( 974) 554 117.7 2.6e-25
NP_002431 (OMIM: 602105) mutS protein homolog 4 [H ( 936) 502 107.6 2.7e-22
NP_001268423 (OMIM: 276300,600678,608089,614350) D (1058) 393 86.6 6.6e-16
NP_001268422 (OMIM: 276300,600678,608089,614350) D (1058) 393 86.6 6.6e-16
NP_001268421 (OMIM: 276300,600678,608089,614350) D (1230) 393 86.6 7.5e-16
XP_011531101 (OMIM: 276300,600678,608089,614350) P (1261) 393 86.6 7.6e-16
XP_011531100 (OMIM: 276300,600678,608089,614350) P (1299) 393 86.6 7.8e-16
NP_000170 (OMIM: 276300,600678,608089,614350) DNA (1360) 393 86.6 8.1e-16
>>NP_002432 (OMIM: 603382) mutS protein homolog 5 isofor (834 aa)
initn: 5468 init1: 5468 opt: 5468 Z-score: 5712.2 bits: 1067.9 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5468; 100.0% identity (100.0% similar) in 834 aa overlap (1-834:1-834)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MASLGANPRRTPQGPRPGAASSGFPSPAPVPGPREAEEEEVEEEEELAEIHLCVLWNSGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MASLGANPRRTPQGPRPGAASSGFPSPAPVPGPREAEEEEVEEEEELAEIHLCVLWNSGY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 LGIAYYDTSDSTIHFMPDAPDHESLKLLQRVLDEINPQSVVTSAKQDENMTRFLGKLASQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LGIAYYDTSDSTIHFMPDAPDHESLKLLQRVLDEINPQSVVTSAKQDENMTRFLGKLASQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 EHREPKRPEIIFLPSVDFGLEISKQRLLSGNYSFIPDAMTATEKILFLSSIIPFDCLLTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 EHREPKRPEIIFLPSVDFGLEISKQRLLSGNYSFIPDAMTATEKILFLSSIIPFDCLLTV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 RALGGLLKFLGRRRIGVELEDYNVSVPILGFKKFMLTHLVNIDQDTYSVLQIFKSESHPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 RALGGLLKFLGRRRIGVELEDYNVSVPILGFKKFMLTHLVNIDQDTYSVLQIFKSESHPS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 VYKVASGLKEGLSLFGILNRCHCKWGEKLLRLWFTRPTHDLGELSSRLDVIQFFLLPQNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 VYKVASGLKEGLSLFGILNRCHCKWGEKLLRLWFTRPTHDLGELSSRLDVIQFFLLPQNL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 DMAQMLHRLLGHIKNVPLILKRMKLSHTKVSDWQVLYKTVYSALGLRDACRSLPQSIQLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DMAQMLHRLLGHIKNVPLILKRMKLSHTKVSDWQVLYKTVYSALGLRDACRSLPQSIQLF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 RDIAQEFSDDLHHIASLIGKVVDFEGSLAENRFTVLPNIDPEIDEKKRRLMGLPSFLTEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 RDIAQEFSDDLHHIASLIGKVVDFEGSLAENRFTVLPNIDPEIDEKKRRLMGLPSFLTEV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 ARKELENLDSRIPSCSVIYIPLIGFLLSIPRLPSMVEASDFEINGLDFMFLSEEKLHYRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 ARKELENLDSRIPSCSVIYIPLIGFLLSIPRLPSMVEASDFEINGLDFMFLSEEKLHYRS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 ARTKELDALLGDLHCEIRDQETLLMYQLQCQVLARAAVLTRVLDLASRLDVLLALASAAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 ARTKELDALLGDLHCEIRDQETLLMYQLQCQVLARAAVLTRVLDLASRLDVLLALASAAR
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 DYGYSRPRYSPQVLGVRIQNGRHPLMELCARTFVPNSTECGGDKGRVKVITGPNSSGKSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DYGYSRPRYSPQVLGVRIQNGRHPLMELCARTFVPNSTECGGDKGRVKVITGPNSSGKSI
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 YLKQVGLITFMALVGSFVPAEEAEIGAVDAIFTRIHSCESISLGLSTFMIDLNQVAKAVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 YLKQVGLITFMALVGSFVPAEEAEIGAVDAIFTRIHSCESISLGLSTFMIDLNQVAKAVN
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 NATAQSLVLIDEFGKGTNTVDGLALLAAVLRHWLARGPTCPHIFVATNFLSLVQLQLLPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 NATAQSLVLIDEFGKGTNTVDGLALLAAVLRHWLARGPTCPHIFVATNFLSLVQLQLLPQ
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 GPLVQYLTMETCEDGNDLVFFYQVCEGVAKASHASHTAAQAGLPDKLVARGKEVSDLIRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 GPLVQYLTMETCEDGNDLVFFYQVCEGVAKASHASHTAAQAGLPDKLVARGKEVSDLIRS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830
pF1KB5 GKPIKPVKDLLKKNQMENCQTLVDKFMKLDLEDPNLDLNVFMSQEVLPAATSIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 GKPIKPVKDLLKKNQMENCQTLVDKFMKLDLEDPNLDLNVFMSQEVLPAATSIL
790 800 810 820 830
>>NP_751898 (OMIM: 603382) mutS protein homolog 5 isofor (834 aa)
initn: 5468 init1: 5468 opt: 5468 Z-score: 5712.2 bits: 1067.9 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5468; 100.0% identity (100.0% similar) in 834 aa overlap (1-834:1-834)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MASLGANPRRTPQGPRPGAASSGFPSPAPVPGPREAEEEEVEEEEELAEIHLCVLWNSGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_751 MASLGANPRRTPQGPRPGAASSGFPSPAPVPGPREAEEEEVEEEEELAEIHLCVLWNSGY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 LGIAYYDTSDSTIHFMPDAPDHESLKLLQRVLDEINPQSVVTSAKQDENMTRFLGKLASQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_751 LGIAYYDTSDSTIHFMPDAPDHESLKLLQRVLDEINPQSVVTSAKQDENMTRFLGKLASQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 EHREPKRPEIIFLPSVDFGLEISKQRLLSGNYSFIPDAMTATEKILFLSSIIPFDCLLTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_751 EHREPKRPEIIFLPSVDFGLEISKQRLLSGNYSFIPDAMTATEKILFLSSIIPFDCLLTV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 RALGGLLKFLGRRRIGVELEDYNVSVPILGFKKFMLTHLVNIDQDTYSVLQIFKSESHPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_751 RALGGLLKFLGRRRIGVELEDYNVSVPILGFKKFMLTHLVNIDQDTYSVLQIFKSESHPS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 VYKVASGLKEGLSLFGILNRCHCKWGEKLLRLWFTRPTHDLGELSSRLDVIQFFLLPQNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_751 VYKVASGLKEGLSLFGILNRCHCKWGEKLLRLWFTRPTHDLGELSSRLDVIQFFLLPQNL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 DMAQMLHRLLGHIKNVPLILKRMKLSHTKVSDWQVLYKTVYSALGLRDACRSLPQSIQLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_751 DMAQMLHRLLGHIKNVPLILKRMKLSHTKVSDWQVLYKTVYSALGLRDACRSLPQSIQLF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 RDIAQEFSDDLHHIASLIGKVVDFEGSLAENRFTVLPNIDPEIDEKKRRLMGLPSFLTEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_751 RDIAQEFSDDLHHIASLIGKVVDFEGSLAENRFTVLPNIDPEIDEKKRRLMGLPSFLTEV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 ARKELENLDSRIPSCSVIYIPLIGFLLSIPRLPSMVEASDFEINGLDFMFLSEEKLHYRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_751 ARKELENLDSRIPSCSVIYIPLIGFLLSIPRLPSMVEASDFEINGLDFMFLSEEKLHYRS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 ARTKELDALLGDLHCEIRDQETLLMYQLQCQVLARAAVLTRVLDLASRLDVLLALASAAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_751 ARTKELDALLGDLHCEIRDQETLLMYQLQCQVLARAAVLTRVLDLASRLDVLLALASAAR
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 DYGYSRPRYSPQVLGVRIQNGRHPLMELCARTFVPNSTECGGDKGRVKVITGPNSSGKSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_751 DYGYSRPRYSPQVLGVRIQNGRHPLMELCARTFVPNSTECGGDKGRVKVITGPNSSGKSI
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 YLKQVGLITFMALVGSFVPAEEAEIGAVDAIFTRIHSCESISLGLSTFMIDLNQVAKAVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_751 YLKQVGLITFMALVGSFVPAEEAEIGAVDAIFTRIHSCESISLGLSTFMIDLNQVAKAVN
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 NATAQSLVLIDEFGKGTNTVDGLALLAAVLRHWLARGPTCPHIFVATNFLSLVQLQLLPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_751 NATAQSLVLIDEFGKGTNTVDGLALLAAVLRHWLARGPTCPHIFVATNFLSLVQLQLLPQ
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 GPLVQYLTMETCEDGNDLVFFYQVCEGVAKASHASHTAAQAGLPDKLVARGKEVSDLIRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_751 GPLVQYLTMETCEDGNDLVFFYQVCEGVAKASHASHTAAQAGLPDKLVARGKEVSDLIRS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830
pF1KB5 GKPIKPVKDLLKKNQMENCQTLVDKFMKLDLEDPNLDLNVFMSQEVLPAATSIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_751 GKPIKPVKDLLKKNQMENCQTLVDKFMKLDLEDPNLDLNVFMSQEVLPAATSIL
790 800 810 820 830
>>NP_751897 (OMIM: 603382) mutS protein homolog 5 isofor (835 aa)
initn: 4297 init1: 4297 opt: 5456 Z-score: 5699.7 bits: 1065.6 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5456; 99.9% identity (99.9% similar) in 835 aa overlap (1-834:1-835)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MASLGANPRRTPQGPRPGAASSGFPSPAPVPGPREAEEEEVEEEEELAEIHLCVLWNSGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_751 MASLGANPRRTPQGPRPGAASSGFPSPAPVPGPREAEEEEVEEEEELAEIHLCVLWNSGY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 LGIAYYDTSDSTIHFMPDAPDHESLKLLQRVLDEINPQSVVTSAKQDENMTRFLGKLASQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_751 LGIAYYDTSDSTIHFMPDAPDHESLKLLQRVLDEINPQSVVTSAKQDENMTRFLGKLASQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 EHREPKRPEIIFLPSVDFGLEISKQRLLSGNYSFIPDAMTATEKILFLSSIIPFDCLLTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_751 EHREPKRPEIIFLPSVDFGLEISKQRLLSGNYSFIPDAMTATEKILFLSSIIPFDCLLTV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 RALGGLLKFLGRRRIGVELEDYNVSVPILGFKKFMLTHLVNIDQDTYSVLQIFKSESHPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_751 RALGGLLKFLGRRRIGVELEDYNVSVPILGFKKFMLTHLVNIDQDTYSVLQIFKSESHPS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 VYKVASGLKEGLSLFGILNRCHCKWGEKLLRLWFTRPTHDLGELSSRLDVIQFFLLPQNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_751 VYKVASGLKEGLSLFGILNRCHCKWGEKLLRLWFTRPTHDLGELSSRLDVIQFFLLPQNL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 DMAQMLHRLLGHIKNVPLILKRMKLSHTKVSDWQVLYKTVYSALGLRDACRSLPQSIQLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_751 DMAQMLHRLLGHIKNVPLILKRMKLSHTKVSDWQVLYKTVYSALGLRDACRSLPQSIQLF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 RDIAQEFSDDLHHIASLIGKVVDFEGSLAENRFTVLPNIDPEIDEKKRRLMGLPSFLTEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_751 RDIAQEFSDDLHHIASLIGKVVDFEGSLAENRFTVLPNIDPEIDEKKRRLMGLPSFLTEV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 ARKELENLDSRIPSCSVIYIPLIGFLLSIPRLPSMVEASDFEINGLDFMFLSEEKLHYRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_751 ARKELENLDSRIPSCSVIYIPLIGFLLSIPRLPSMVEASDFEINGLDFMFLSEEKLHYRS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 ARTKELDALLGDLHCEIRDQETLLMYQLQCQVLARAAVLTRVLDLASRLDVLLALASAAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_751 ARTKELDALLGDLHCEIRDQETLLMYQLQCQVLARAAVLTRVLDLASRLDVLLALASAAR
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 DYGYSRPRYSPQVLGVRIQNGRHPLMELCARTFVPNSTECGGDKGRVKVITGPNSSGKSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_751 DYGYSRPRYSPQVLGVRIQNGRHPLMELCARTFVPNSTECGGDKGRVKVITGPNSSGKSI
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650
pF1KB5 YLKQVGLITFMALVGSFVPAEEAEIGAVDAIFTRIHSCESISLGLSTFMIDLNQ-VAKAV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::
NP_751 YLKQVGLITFMALVGSFVPAEEAEIGAVDAIFTRIHSCESISLGLSTFMIDLNQQVAKAV
610 620 630 640 650 660
660 670 680 690 700 710
pF1KB5 NNATAQSLVLIDEFGKGTNTVDGLALLAAVLRHWLARGPTCPHIFVATNFLSLVQLQLLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_751 NNATAQSLVLIDEFGKGTNTVDGLALLAAVLRHWLARGPTCPHIFVATNFLSLVQLQLLP
670 680 690 700 710 720
720 730 740 750 760 770
pF1KB5 QGPLVQYLTMETCEDGNDLVFFYQVCEGVAKASHASHTAAQAGLPDKLVARGKEVSDLIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_751 QGPLVQYLTMETCEDGNDLVFFYQVCEGVAKASHASHTAAQAGLPDKLVARGKEVSDLIR
730 740 750 760 770 780
780 790 800 810 820 830
pF1KB5 SGKPIKPVKDLLKKNQMENCQTLVDKFMKLDLEDPNLDLNVFMSQEVLPAATSIL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_751 SGKPIKPVKDLLKKNQMENCQTLVDKFMKLDLEDPNLDLNVFMSQEVLPAATSIL
790 800 810 820 830
>>NP_079535 (OMIM: 603382) mutS protein homolog 5 isofor (822 aa)
initn: 3691 init1: 3107 opt: 3687 Z-score: 3850.9 bits: 723.5 E(85289): 9.3e-208
Smith-Waterman score: 5148; 94.4% identity (94.4% similar) in 852 aa overlap (1-834:1-822)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MASLGANPRRTPQGPRPGAASSGFPSPAPVPGPREAEEEEVEEEEELAEIHLCVLWNSGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_079 MASLGANPRRTPQGPRPGAASSGFPSPAPVPGPREAEEEEVEEEEELAEIHLCVLWNSGY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 LGIAYYDTSDSTIHFMPDAPDHESLKLLQRVLDEINPQSVVTSAKQDENMTRFLGKLASQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_079 LGIAYYDTSDSTIHFMPDAPDHESLKLLQRVLDEINPQSVVTSAKQDENMTRFLGKLASQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KB5 EHREPKRPEIIFLPSVDFGLEISKQRLLSGNYSFIPDAMTATEKILFLSSIIPFDCLLT-
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_079 EHREPKRPEIIFLPSVDFGLEISKQRLLSGNYSFIPDAMTATEKILFLSSIIPFDCLLTP
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220
pF1KB5 ----------------VRALGGLLKFLGRRRIGVELEDYNVSVPILGFKKFMLTHLVNID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_079 PGDLRFTPIPLLIPSQVRALGGLLKFLGRRRIGVELEDYNVSVPILGFKKFMLTHLVNID
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 QDTYSVLQIFKSESHPSVYKVASGLKEGLSLFGILNRCHCKWGEKLLRLWFTRPTHDLGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_079 QDTYSVLQIFKSESHPSVYKVASGLKEGLSLFGILNRCHCKWGEKLLRLWFTRPTHDLGE
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 LSSRLDVIQFFLLPQNLDMAQMLHRLLGHIKNVPLILKRMKLSHTKVSDWQVLYKTVYSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_079 LSSRLDVIQFFLLPQNLDMAQMLHRLLGHIKNVPLILKRMKLSHTKVSDWQVLYKTVYSA
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 LGLRDACRSLPQSIQLFRDIAQEFSDDLHHIASLIGKVVDFEGSLAENRFTVLPNIDPEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_079 LGLRDACRSLPQSIQLFRDIAQEFSDDLHHIASLIGKVVDFEGSLAENRFTVLPNIDPEI
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 DEKKRRLMGLPSFLTEVARKELENLDSRIPSCSVIYIPLIGFLLSIPRLPSMVEASDFEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_079 DEKKRRLMGLPSFLTEVARKELENLDSRIPSCSVIYIPLIGFLLSIPRLPSMVEASDFEI
430 440 450 460 470 480
470 480 490 500 510 520
pF1KB5 NGLDFMFLSEEKLHYRSARTKELDALLGDLHCEIRDQETLLMYQLQCQVLARAAVLTRVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_079 NGLDFMFLSEEKLHYRSARTKELDALLGDLHCEIRDQETLLMYQLQCQVLARAAVLTRVL
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pF1KB5 DLASRLDVLLALASAARDYGYSRPRYSPQVLGVRIQNGRHPLMELCARTFVPNSTECGGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_079 DLASRLDVLLALASAARDYGYSRPRYSPQVLGVRIQNGRHPLMELCARTFVPNSTECGGD
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590 600 610 620 630 640
pF1KB5 KGRVKVITGPNSSGKSIYLKQVGLITFMALVGSFVPAEEAEIGAVDAIFTRIHSCESISL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_079 KGRVKVITGPNSSGKSIYLKQVGLITFMALVGSFVPAEEAEIGAVDAIFTRIHSCESISL
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pF1KB5 GLSTFMIDLNQ-VAKAVNNATAQSLVLIDEFGKGTNTVDGLALLAAVLRHWLARGPTCPH
::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_079 GLSTFMIDLNQQVAKAVNNATAQSLVLIDEFGKGTNTVDGLALLAAVLRHWLARGPTCPH
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pF1KB5 IFVATNFLSLVQLQLLPQGPLVQYLTMETCEDGNDLVFFYQVCEGVAKASHASHTAAQAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_079 IFVATNFLSLVQLQLLPQGPLVQYLTMETCEDGNDLVFFYQV------------------
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pF1KB5 LPDKLVARGKEVSDLIRSGKPIKPVKDLLKKNQMENCQTLVDKFMKLDLEDPNLDLNVFM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_079 ------------SDLIRSGKPIKPVKDLLKKNQMENCQTLVDKFMKLDLEDPNLDLNVFM
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830
pF1KB5 SQEVLPAATSIL
::::::::::::
NP_079 SQEVLPAATSIL
820
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. . . .: ::. .:.. . ..:.. :
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pF1KB5 RLWFTRPTHDLGELSSRLDVIQFFLLPQNLDMAQMLHRLLGHIKNVPLILKRM-KLSHTK
. : :.: : :...:::... : .. ... .. .:....: : . . .. : :
NP_002 KKWVTQPLLKLREINARLDAVSEVLHSES----SVFGQIENHLRKLPDIERGLCSIYHKK
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: . .. ::.: .. : : :: .:.: . :. . : . . :...
NP_002 CSTQEFFLIVKTLYHLKSEFQAIIPAVNSHIQS-DLLRTVILEIPELLSPVEHYL-KILN
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pF1KB5 FEGSLAENRFTVLPNID--PEIDEKKRRLMGLPSFLTEVARKELENLDSRIPSCSVIYIP
... . .. .. ... : : ..: ...:. . :. : .:... . . . :. :.
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. : :.. : .:. :.... . .. . :. :. : . : . .
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: : . . : .. . . : .: : ::. .: ...::..:.. : :: . .
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pF1KB5 VLGVRIQNGRHPLMELC---ARTFVPNSTECGGDKGRVKVITGPNSSGKSIYLKQVGLIT
. :.:::::.... .:::.:. . :. :: .::::: .::: :.:::.:::
NP_002 R-KIVIKNGRHPVIDVLLGEQDQYVPNNTDLSEDSERVMIITGPNMGGKSSYIKQVALIT
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pF1KB5 FMALVGSFVPAEEAEIGAVDAIFTRIHSCESISLGLSTFMIDLNQVAKAVNNATAQSLVL
.:: .::.:::::: :: ::.::::. . ..: : :::: .:...:. . .::.::::.
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.::.:.::.: ::.:. :.:.... : .:: :.. . .:. .:
NP_002 LDELGRGTSTHDGIAIAYATLEYFI-RDVKSLTLFV-THYPPVCELEKNYSHQVGNYHMG
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pF1KB5 PLVQY----LTMETCEDGNDLV-FFYQVCEGVAKASHASHTAAQAGLPDKLVARG----K
::. : . :. :.: :.::. .:.: :.. ..: : .: ... .. :
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pF1KB5 EVSDLIRSGKPIKPVKDLLKKNQMENCQTLVDKFMKLDLEDPNLDLNVFMSQEVLPAATS
:. :: . . : .: . : :.: : : ....:. . .:
NP_002 ELEGLINTKR--KRLKYFAKLWTMHNAQDLQKWTEEFNMEETQTSLLH
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pF1KB5 IL
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.:..: :. . . . . ::..... :.
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100 110 120 130 140
pF1KB5 VLDEINPQSVVTSAKQDENMTRFLGKLASQEHREPKRPEIIFLPSVDFGLEISKQ---RL
.: .:.:. : . . . .::: . .: : ..::. . : ::
NP_001 LLIQIGPKECVLPGGETAGD---MGKLRQIIQRGGI--LITERKKADFSTKDIYQDLNRL
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150 160 170 180 190 200
pF1KB5 LSGNYSFIPDAMTATEKILFLSSIIP-FDCLLTVRALGGLLKFLGRRRIGVELEDYNVSV
:.:. . . :. :...: .. ..: .:....::: :: . . .
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210 220 230 240 250 260
pF1KB5 PILGFKKFMLTHLVNIDQDTYSVLQIFKSESHPSVYKVASGLKEGLSLFGILNRCHCKWG
. . : ... ...: . .:..:.. . . .: . :: ..::.:. :
NP_001 GQFELTTFDFSQYMKLDIAAVRALNLFQGSVEDT-----TGSQ---SLAALLNKCKTPQG
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270 280 290 300 310 320
pF1KB5 EKLLRLWFTRPTHDLGELSSRLDVIQFFLLPQNLDMAQMLHR-LLGHIKNVPLILKRMKL
..:. :. .: : ... ::.... :. .. .. : :.. :: .. .. . :...
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280 290 300 310 320 330
330 340 350 360 370
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. ....: ::. .: .:: ... . . .: .. .:. .. .:
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pF1KB5 KVVDFEGSLAENRFTVLPNIDPEIDEKKRRLMG-----LPSFLTEVARKELENLDSRIPS
..:.. .. ...: : :..::...: :..:. . : : .:: . ..:
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390 400 410 420 430 440
440 450 460 470 480 490
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: . :. . . : .. ... .: .... ... ... :. .
NP_001 DSSAQF---GYYFRVTCKEEKVLRNNKNFSTVD---IQKNGVKFTNSKLTSLNEEYTKNK
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pF1KB5 CEIRDQETLLMYQLQCQVLARAAVLTRVLDLASRLDVLLALA--SAARDYGYSRPRYSPQ
: .. . .. .. . . . . :. ..::.....: : . : :: .
NP_001 TEYEEAQDAIVKEIVNISSGYVEPMQTLNDVLAQLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAILEK
510 520 530 540 550 560
560 570 580 590 600 610
pF1KB5 VLG-VRIQNGRHPLMELCAR-TFVPNSTECGGDKGRVKVITGPNSSGKSIYLKQVGLITF
: . .. .:: .:. . .:.::.. :: ..::::: .::: :..:.:.:..
NP_001 GQGRIILKASRHACVEVQDEIAFIPNDVYFEKDKQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVL
570 580 590 600 610 620
620 630 640 650 660 670
pF1KB5 MALVGSFVPAEEAEIGAVDAIFTRIHSCESISLGLSTFMIDLNQVAKAVNNATAQSLVLI
:: .: ::: : ::.. :: :..:. . .: :.:::: .. ..:. . .:: .::..:
NP_001 MAQIGCFVPCESAEVSIVDCILARVGAGDSQLKGVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIII
630 640 650 660 670 680
680 690 700 710 720
pF1KB5 DEFGKGTNTVDGLALLAAVLRHWLAR-GPTCPHIFVATNFLSLVQLQLLPQGPLVQYLTM
::.:.::.: ::..: :. .. .. : : .: ::.: :. : : : :. : .
NP_001 DELGRGTSTYDGFGLAWAISEYIATKIGAFC--MF-ATHFHELTALA--NQIPTVNNLHV
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730 740 750 760 770 780
pF1KB5 ETCEDGNDLVFFYQVCEGVAKASHASHTAAQAGLPDKLVARGKEVSDLIRSGKPIKPVKD
. . :...::: .:: : . :.: :..: ... .:.
NP_001 TALTTEETLTMLYQVKKGVCDQSFGIHVAELANFPKHVIECAKQKALELEEFQYIGESQG
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pF1KB5 LLKKNQMENCQTLVDKFMKLDLEDPNLDLNVFMSQEVLPAATSIL
NP_001 YDIMEPAAKKCYLEREQGEKIIQEFLSKVKQMPFTEMSEENITIKLKQLKAEVIAKNNSF
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pF1KB5 PGPREAEEEEVEEEEELAEIHLCVLWNSGYLGIAYYDTSDSTIHFMPDAPDHESLKLLQR
.:..: :. . . . . ::..... :.
XP_011 FEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVDGQRQVGVGYVDSIQRKLGLC-EFPDNDQFSNLEA
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pF1KB5 VLDEINPQSVVTSAKQDENMTRFLGKLASQEHREPKRPEIIFLPSVDFGLEISKQ---RL
.: .:.:. : . . . .::: . .: : ..::. . : ::
XP_011 LLIQIGPKECVLPGGETAGD---MGKLRQIIQRGGI--LITERKKADFSTKDIYQDLNRL
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pF1KB5 LSGNYSFIPDAMTATEKILFLSSIIP-FDCLLTVRALGGLLKFLGRRRIGVELEDYNVSV
:.:. . . :. :...: .. ..: .:....::: :: . . .
XP_011 LKGKKG---EQMN--------SAVLPEMENQVAVSSLSAVIKFL-------ELLSDDSNF
250 260 270 280
210 220 230 240 250 260
pF1KB5 PILGFKKFMLTHLVNIDQDTYSVLQIFKSESHPSVYKVASGLKEGLSLFGILNRCHCKWG
. . : ... ...: . .:..:.. . . .: . :: ..::.:. :
XP_011 GQFELTTFDFSQYMKLDIAAVRALNLFQGSVEDT-----TGSQ---SLAALLNKCKTPQG
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270 280 290 300 310 320
pF1KB5 EKLLRLWFTRPTHDLGELSSRLDVIQFFLLPQNLDMAQMLHR-LLGHIKNVPLILKRMKL
..:. :. .: : ... ::.... :. .. .. : :.. :: .. .. . :...
XP_011 QRLVNQWIKQPLMDKNRIEERLNLVEAFV--EDAELRQTLQEDLLRRFPDLNRLAKKFQR
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330 340 350 360 370
pF1KB5 SHTKVSDWQVLYK------TVYSALGLRDACRSLPQSIQLFRDIAQEFSDDLHHIASLIG
. ....: ::. .: .:: ... . . .: .. .:. .. .:
XP_011 QAANLQDCYRLYQGINQLPNVIQALEKHEG-KHQKLLLAVFVTPLTDLRSDFSKFQEMIE
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pF1KB5 KVVDFEGSLAENRFTVLPNIDPEIDEKKRRLMG-----LPSFLTEVARKELENLDSRIPS
..:.. .. ...: : :..::...: :..:. . : : .:: . ..:
XP_011 TTLDMD-QVENHEFLVKPSFDPNLSEL-REIMNDLEKKMQSTLISAARDLGLDPGKQIKL
460 470 480 490 500 510
440 450 460 470 480 490
pF1KB5 CSVIYIPLIGFLLSIPRLPSMVEASDFEINGLDFMFLSEEKLHYRSARTKELDALLGDLH
: . :. . . : .. ... .: .... ... ... :. .
XP_011 DSSAQF---GYYFRVTCKEEKVLRNNKNFSTVD---IQKNGVKFTNSKLTSLNEEYTKNK
520 530 540 550 560
500 510 520 530 540 550
pF1KB5 CEIRDQETLLMYQLQCQVLARAAVLTRVLDLASRLDVLLALA--SAARDYGYSRPRYSPQ
: .. . .. .. . . . . :. ..::.....: : . : :: .
XP_011 TEYEEAQDAIVKEIVNISSGYVEPMQTLNDVLAQLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAILEK
570 580 590 600 610 620
560 570 580 590 600 610
pF1KB5 VLG-VRIQNGRHPLMELCAR-TFVPNSTECGGDKGRVKVITGPNSSGKSIYLKQVGLITF
: . .. .:: .:. . .:.::.. :: ..::::: .::: :..:.:.:..
XP_011 GQGRIILKASRHACVEVQDEIAFIPNDVYFEKDKQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVL
630 640 650 660 670 680
620 630 640 650 660 670
pF1KB5 MALVGSFVPAEEAEIGAVDAIFTRIHSCESISLGLSTFMIDLNQVAKAVNNATAQSLVLI
:: .: ::: : ::.. :: :..:. . .: :.:::: .. ..:. . .:: .::..:
XP_011 MAQIGCFVPCESAEVSIVDCILARVGAGDSQLKGVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIII
690 700 710 720 730 740
680 690 700 710 720
pF1KB5 DEFGKGTNTVDGLALLAAVLRHWLAR-GPTCPHIFVATNFLSLVQLQLLPQGPLVQYLTM
::.:.::.: ::..: :. .. .. : : .: ::.: :. : : : :. : .
XP_011 DELGRGTSTYDGFGLAWAISEYIATKIGAFC--MF-ATHFHELTALA--NQIPTVNNLHV
750 760 770 780 790 800
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 ETCEDGNDLVFFYQVCEGVAKASHASHTAAQAGLPDKLVARGKEVSDLIRSGKPIKPVKD
. . :...::: .:: : . :.: :..: ... .:.
XP_011 TALTTEETLTMLYQVKKGVCDQSFGIHVAELANFPKHVIECAKQKALELEEFQYIGESQG
810 820 830 840 850 860
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pF1KB5 LLKKNQMENCQTLVDKFMKLDLEDPNLDLNVFMSQEVLPAATSIL
XP_011 YDIMEPAAKKCYLERENLRVTEPKDQCLILLTWKRKLRGGKRSACSRPERQNQGSATPSA
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>>NP_000242 (OMIM: 120435,158320,276300,609309) DNA mism (934 aa)
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40 50 60 70 80 90
pF1KB5 PGPREAEEEEVEEEEELAEIHLCVLWNSGYLGIAYYDTSDSTIHFMPDAPDHESLKLLQR
.:..: :. . . . . ::..... :.
NP_000 FEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVDGQRQVGVGYVDSIQRKLGLC-EFPDNDQFSNLEA
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pF1KB5 VLDEINPQSVVTSAKQDENMTRFLGKLASQEHREPKRPEIIFLPSVDFGLEISKQ---RL
.: .:.:. : . . . .::: . .: : ..::. . : ::
NP_000 LLIQIGPKECVLPGGETAGD---MGKLRQIIQRGGI--LITERKKADFSTKDIYQDLNRL
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150 160 170 180 190 200
pF1KB5 LSGNYSFIPDAMTATEKILFLSSIIP-FDCLLTVRALGGLLKFLGRRRIGVELEDYNVSV
:.:. . . :. :...: .. ..: .:....::: :: . . .
NP_000 LKGKKG---EQMN--------SAVLPEMENQVAVSSLSAVIKFL-------ELLSDDSNF
250 260 270 280
210 220 230 240 250 260
pF1KB5 PILGFKKFMLTHLVNIDQDTYSVLQIFKSESHPSVYKVASGLKEGLSLFGILNRCHCKWG
. . : ... ...: . .:..:.. . . .: . :: ..::.:. :
NP_000 GQFELTTFDFSQYMKLDIAAVRALNLFQGSVEDT-----TGSQ---SLAALLNKCKTPQG
290 300 310 320 330
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..:. :. .: : ... ::.... :. .. .. : :.. :: .. .. . :...
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]