Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5826
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5826, 475 aa
1>>>pF1KB5826 475 - 475 aa - 475 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.7330+/-0.00118; mu= 2.6767+/- 0.070
mean_var=247.8472+/-52.018, 0's: 0 Z-trim(111.0): 143 B-trim: 478 in 2/50
Lambda= 0.081467
statistics sampled from 11903 (12049) to 11903 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.715), E-opt: 0.2 (0.37), width: 16
Scan time: 2.580
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS44525.1 TRIM21 gene_id:6737|Hs108|chr11 ( 475) 3268 397.5 1.6e-110
CCDS1636.1 TRIM58 gene_id:25893|Hs108|chr1 ( 486) 1345 171.5 1.8e-42
CCDS31048.1 TRIM11 gene_id:81559|Hs108|chr1 ( 468) 1231 158.1 1.9e-38
CCDS34378.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 ( 488) 1225 157.4 3.1e-38
CCDS4568.1 TRIM38 gene_id:10475|Hs108|chr6 ( 465) 1191 153.4 4.8e-37
CCDS31390.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 ( 488) 1048 136.6 5.7e-32
CCDS31389.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 ( 516) 1048 136.6 6e-32
CCDS1571.1 TRIM17 gene_id:51127|Hs108|chr1 ( 477) 1042 135.9 9.2e-32
CCDS3851.1 TRIML1 gene_id:339976|Hs108|chr4 ( 468) 1027 134.1 3.1e-31
CCDS31391.1 TRIM34 gene_id:53840|Hs108|chr11 ( 488) 942 124.1 3.2e-28
CCDS3808.1 TRIM60 gene_id:166655|Hs108|chr4 ( 471) 937 123.5 4.7e-28
CCDS31388.1 TRIM34 gene_id:445372|Hs108|chr11 ( 842) 926 122.5 1.8e-27
CCDS41612.1 TRIM22 gene_id:10346|Hs108|chr11 ( 498) 914 120.9 3.2e-27
CCDS73363.1 TRIM64 gene_id:120146|Hs108|chr11 ( 449) 892 118.2 1.8e-26
CCDS53693.1 TRIM64B gene_id:642446|Hs108|chr11 ( 449) 888 117.8 2.5e-26
CCDS31393.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 493) 858 114.3 3e-25
CCDS55762.1 TRIM49B gene_id:283116|Hs108|chr11 ( 452) 834 111.4 2e-24
CCDS31392.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 326) 830 110.8 2.2e-24
CCDS31394.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 347) 830 110.8 2.3e-24
CCDS73287.1 TRIM64C gene_id:646754|Hs108|chr11 ( 450) 830 110.9 2.8e-24
CCDS31356.1 TRIM68 gene_id:55128|Hs108|chr11 ( 485) 830 111.0 2.9e-24
CCDS8287.1 TRIM49 gene_id:57093|Hs108|chr11 ( 452) 808 108.4 1.7e-23
CCDS53694.1 TRIM49C gene_id:642612|Hs108|chr11 ( 452) 807 108.2 1.8e-23
CCDS78121.1 RPP21 gene_id:202658|Hs108|chr6 ( 503) 807 108.3 2e-23
CCDS2015.1 TRIM43 gene_id:129868|Hs108|chr2 ( 446) 787 105.9 9.2e-23
CCDS60930.1 TRIM49D1 gene_id:399939|Hs108|chr11 ( 452) 759 102.6 9.1e-22
CCDS5678.1 TRIM4 gene_id:89122|Hs108|chr7 ( 474) 723 98.4 1.8e-20
CCDS60929.1 TRIM77 gene_id:390231|Hs108|chr11 ( 450) 686 94.0 3.5e-19
CCDS10498.1 MEFV gene_id:4210|Hs108|chr16 ( 781) 684 94.0 6.1e-19
CCDS475.1 ERMAP gene_id:114625|Hs108|chr1 ( 475) 657 90.6 3.8e-18
CCDS4654.1 TRIM27 gene_id:5987|Hs108|chr6 ( 513) 633 87.8 2.9e-17
CCDS3850.2 TRIML2 gene_id:205860|Hs108|chr4 ( 437) 626 86.9 4.5e-17
CCDS56403.1 BTN2A2 gene_id:10385|Hs108|chr6 ( 313) 618 85.9 6.8e-17
CCDS4607.1 BTN2A2 gene_id:10385|Hs108|chr6 ( 407) 618 86.0 8.2e-17
CCDS4606.1 BTN2A2 gene_id:10385|Hs108|chr6 ( 523) 618 86.1 9.9e-17
CCDS4614.1 BTN1A1 gene_id:696|Hs108|chr6 ( 526) 616 85.9 1.2e-16
CCDS32437.1 TRIM72 gene_id:493829|Hs108|chr16 ( 477) 606 84.6 2.5e-16
CCDS56405.1 BTN2A1 gene_id:11120|Hs108|chr6 ( 466) 600 83.9 3.9e-16
CCDS4613.1 BTN2A1 gene_id:11120|Hs108|chr6 ( 527) 600 84.0 4.3e-16
CCDS44327.1 TRIM17 gene_id:51127|Hs108|chr1 ( 343) 590 82.6 7.1e-16
CCDS34377.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 ( 518) 585 82.2 1.4e-15
CCDS6056.2 TRIM35 gene_id:23087|Hs108|chr8 ( 493) 557 78.9 1.4e-14
CCDS4676.1 TRIM10 gene_id:10107|Hs108|chr6 ( 395) 534 76.1 7.6e-14
CCDS34375.1 TRIM10 gene_id:10107|Hs108|chr6 ( 481) 534 76.2 8.7e-14
CCDS4612.2 BTN3A3 gene_id:10384|Hs108|chr6 ( 535) 526 75.3 1.8e-13
CCDS4611.1 BTN3A3 gene_id:10384|Hs108|chr6 ( 584) 526 75.3 1.9e-13
CCDS34654.1 TRIM50 gene_id:135892|Hs108|chr7 ( 487) 518 74.3 3.2e-13
CCDS34374.1 TRIM31 gene_id:11074|Hs108|chr6 ( 425) 514 73.8 4.1e-13
CCDS47388.1 BTN3A1 gene_id:11119|Hs108|chr6 ( 461) 508 73.1 7e-13
CCDS4608.1 BTN3A1 gene_id:11119|Hs108|chr6 ( 513) 508 73.1 7.6e-13
>>CCDS44525.1 TRIM21 gene_id:6737|Hs108|chr11 (475 aa)
initn: 3268 init1: 3268 opt: 3268 Z-score: 2097.7 bits: 397.5 E(32554): 1.6e-110
Smith-Waterman score: 3268; 100.0% identity (100.0% similar) in 475 aa overlap (1-475:1-475)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MASAARLTMMWEEVTCPICLDPFVEPVSIECGHSFCQECISQVGKGGGSVCPVCRQRFLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MASAARLTMMWEEVTCPICLDPFVEPVSIECGHSFCQECISQVGKGGGSVCPVCRQRFLL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 KNLRPNRQLANMVNNLKEISQEAREGTQGERCAVHGERLHLFCEKDGKALCWVCAQSRKH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 KNLRPNRQLANMVNNLKEISQEAREGTQGERCAVHGERLHLFCEKDGKALCWVCAQSRKH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 RDHAMVPLEEAAQEYQEKLQVALGELRRKQELAEKLEVEIAIKRADWKKTVETQKSRIHA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 RDHAMVPLEEAAQEYQEKLQVALGELRRKQELAEKLEVEIAIKRADWKKTVETQKSRIHA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 EFVQQKNFLVEEEQRQLQELEKDEREQLRILGEKEAKLAQQSQALQELISELDRRCHSSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 EFVQQKNFLVEEEQRQLQELEKDEREQLRILGEKEAKLAQQSQALQELISELDRRCHSSA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 LELLQEVIIVLERSESWNLKDLDITSPELRSVCHVPGLKKMLRTCAVHITLDPDTANPWL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 LELLQEVIIVLERSESWNLKDLDITSPELRSVCHVPGLKKMLRTCAVHITLDPDTANPWL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 ILSEDRRQVRLGDTQQSIPGNEERFDSYPMVLGAQHFHSGKHYWEVDVTGKEAWDLGVCR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 ILSEDRRQVRLGDTQQSIPGNEERFDSYPMVLGAQHFHSGKHYWEVDVTGKEAWDLGVCR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 DSVRRKGHFLLSSKSGFWTIWLWNKQKYEAGTYPQTPLHLQVPPCQVGIFLDYEAGMVSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 DSVRRKGHFLLSSKSGFWTIWLWNKQKYEAGTYPQTPLHLQVPPCQVGIFLDYEAGMVSF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KB5 YNITDHGSLIYSFSECAFTGPLRPFFSPGFNDGGKNTAPLTLCPLNIGSQGSTDY
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 YNITDHGSLIYSFSECAFTGPLRPFFSPGFNDGGKNTAPLTLCPLNIGSQGSTDY
430 440 450 460 470
>>CCDS1636.1 TRIM58 gene_id:25893|Hs108|chr1 (486 aa)
initn: 1296 init1: 1022 opt: 1345 Z-score: 876.1 bits: 171.5 E(32554): 1.8e-42
Smith-Waterman score: 1345; 44.5% identity (71.0% similar) in 479 aa overlap (1-472:1-468)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MASAARLTMMWEEVTCPICLDPFVEPVSIECGHSFCQECISQV------GKGGGSVCPVC
:: : . :.. ::.::: . ::::..:::::: .:::. ..:: .:: :
CCDS16 MAWAPPGERLREDARCPVCLDFLQEPVSVDCGHSFCLRCISEFCEKSDGAQGGVYACPQC
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60 70 80 90 100 110
pF1KB5 RQRFLLKNLRPNRQLANMVNNLKEISQEAREGTQGERCAVHGERLHLFCEKDGKALCWVC
: : ...:::::::..:....... : :.. ::: ::: : :::.: ::::::
CCDS16 RGPFRPSGFRPNRQLAGLVESVRRLGLGAGPGAR--RCARHGEDLSRFCEEDEAALCWVC
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120 130 140 150 160 170
pF1KB5 AQSRKHRDHAMVPLEEAAQEYQEKLQVALGELRRKQELAEKLEVEIAIKRADWKKTVETQ
. .:: : .::.::: :: :::.:: .:.. : : :.... : . ::. :: :
CCDS16 DAGPEHRTHRTAPLQEAAGSYQVKLQMALELMRKELEDALTQEANVGKKTVIWKEKVEMQ
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180 190 200 210 220 230
pF1KB5 KSRIHAEFVQQKNFLVEEEQRQLQELEKDEREQLRILGEKEAKLAQQSQALQELISELDR
..:.. :: ....::..::::::..:: .:: :. : :....:.:::.::.:: .::..
CCDS16 RQRFRLEFEKHRGFLAQEEQRQLRRLEAEERATLQRLRESKSRLVQQSKALKELADELQE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 RCHSSALELLQEVIIVLERSESWNLKDLDITSPELRSVCHVPGLKKMLRTCAVHITLDPD
::. :: ::. : :: ::.. . . . ::...: .:: ...:: : . :::
CCDS16 RCQRPALGLLEGVRGVLSRSKAVTRLEAENIPMELKTACCIPGRRELLRKFQVDVKLDPA
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 TANPWLILSEDRRQVRLGDTQQSIPGNEERFDSYPMVLGAQHFHSGKHYWEVDVTGKEAW
::.: :.:. : :.:. :. ...:.: ::::..: .:: : : ::.::::: : :
CCDS16 TAHPSLLLTADLRSVQDGEPWRDVPNNPERFDTWPCILGLQSFSSGRHYWEVLVGEGAEW
300 310 320 330 340 350
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pF1KB5 DLGVCRDSVRRKGHFLLSSKSGFWTIWLWNKQKYEAGTYPQTPL-HLQVPPCQVGIFLDY
::::.:.. :::. : ..: :..:: . ..: . . :..:: .:. : : .::::::
CCDS16 GLGVCQDTLPRKGETTPSPENGVWALWLLKGNEYMVLASPSVPLLQLESPRC-IGIFLDY
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420 430 440 450 460 470
pF1KB5 EAGMVSFYNITDHGSLIYSFSECAFTGPLRPFFSPGFNDGGKNTAPLTLCPLNIGSQGST
::: .::::.:: :: ::.:.. :.: :::.: : ...:: : : .:...:.
CCDS16 EAGEISFYNVTD-GSYIYTFNQL-FSGLLRPYF---FI---CDATPLILPPTTIAGSGNW
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pF1KB5 DY
CCDS16 ASRDHLDPASDVRDDHL
470 480
>>CCDS31048.1 TRIM11 gene_id:81559|Hs108|chr1 (468 aa)
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Smith-Waterman score: 1232; 43.8% identity (68.6% similar) in 475 aa overlap (1-473:1-464)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MASAARLTMMWEEVTCPICLDPFVEPVSIECGHSFCQECISQV-GKGGGS-VCPVCRQRF
::. : . ::.:: :::: :..:: .:::.::.::: . :. : .:: ::.
CCDS31 MAAPDLSTNLQEEATCAICLDYFTDPVMTDCGHNFCRECIRRCWGQPEGPYACPECRELS
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pF1KB5 LLKNLRPNRQLANMVNNLKEISQEAREGTQGERCAVHGERLHLFCEKDGKALCWVCAQSR
.:::::: ::.:.. ... . :: : .: : : :: . . :: .: .:
CCDS31 PQRNLRPNRPLAKMAEMARRL-HPPSPVPQGV-CPAHREPLAAFCGDELRLLCAACERSG
70 80 90 100 110
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pF1KB5 KHRDHAMVPLEEAAQEYQEKLQVALGELRRKQELAEKLEVEIAIKRADWKKTVETQKSRI
.: : . ::..::.. . ::. .: .::.... : .... . :.: ::.:.. .
CCDS31 EHWAHRVRPLQDAAEDLKAKLEKSLEHLRKQMQDALLFQAQADETCVLWQKMVESQRQNV
120 130 140 150 160 170
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pF1KB5 HAEFVQQKNFLVEEEQRQLQELEKDEREQLRILGEKEAKLAQQSQALQELISELDRRCHS
.:: . . .:.::::. ::.::..: : : : : :.:.::: : :::.::. ::.
CCDS31 LGEFERLRRLLAEEEQQLLQRLEEEELEVLPRLREGAAHLGQQSAHLAELIAELEGRCQL
180 190 200 210 220 230
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pF1KB5 SALELLQEVIIVLERSESWNLKDLDITSPELRSVCHVPGLKKMLRTCAVHITLDPDTANP
:: :::.. .:.: .. .:. ... :::.::.:::: . :: .:::::::::
CCDS31 PALGLLQDIKDALRRVQDVKLQPPEVVPMELRTVCRVPGLVETLRRFRGDVTLDPDTANP
240 250 260 270 280 290
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pF1KB5 WLILSEDRRQVRLGDTQQSIPGNEERFDSYPMVLGAQHFHSGKHYWEVDVTGKEAWDLGV
::::::::.:. :: .:..: . :::: : ::: ..: ::.:::::.: . .: :::
CCDS31 ELILSEDRRSVQRGDLRQALPDSPERFDPGPCVLGQERFTSGRHYWEVEVGDRTSWALGV
300 310 320 330 340 350
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pF1KB5 CRDSVRRKGHFLLSSKSGFWTIWLWNKQKYEAGTYPQTPLHLQVPPCQVGIFLDYEAGMV
::..: :: . ::. .::: : .. . :... .:: . :: .:::::::::: .
CCDS31 CRENVNRKEKGELSAGNGFW-ILVFLGSYYNSSERALAPL--RDPPRRVGIFLDYEAGHL
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 SFYNITDHGSLIYSFSECAFTGPLRPFFSPGFNDGGKNTAPLTLCPLNIGSQGSTDY
:::. :: :::.. : : :.: :::.::: ... .:.:.: . :: :.:
CCDS31 SFYSATD-GSLLFIFPEIPFSGTLRPLFSPL----SSSPTPMTICRPKGGS-GDTLAPQ
420 430 440 450 460
>>CCDS34378.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 (488 aa)
initn: 1218 init1: 470 opt: 1225 Z-score: 799.8 bits: 157.4 E(32554): 3.1e-38
Smith-Waterman score: 1225; 41.8% identity (69.9% similar) in 471 aa overlap (2-464:15-483)
10 20 30 40
pF1KB5 MASAARLTMMWEEVTCPICLDPFVEPVSIECGHSFCQECISQVGKG-
..:: : . :..: .::. . ::: :::::.::. ::.. .
CCDS34 MAETSLLEAGASAASTAAALENLQVEASCSVCLEYLKEPVIIECGHNFCKACITRWWEDL
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB5 -GGSVCPVCRQRFLLKNLRPNRQLANMVNNLKEISQEAREGTQGERCAVHGERLHLFCEK
:::::. ..:::::::..::. :... :. . : : : : ::: .
CCDS34 ERDFPCPVCRKTSRYRSLRPNRQLGSMVEIAKQLQAVKRKIRDESLCPQHHEALSLFCYE
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 DGKALCWVCAQSRKHRDHAMVPLEEAAQEYQEKLQVALGELRRKQELAEKLEVEIAIKRA
: .:.: .:: :. :: :..:::..:.:::.:::: : :..: . . . : .
CCDS34 DQEAVCLICAISHTHRAHTVVPLDDATQEYKEKLQKCLEPLEQKLQEITRCKSSEEKKPG
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 DWKKTVETQKSRIHAEFVQQKNFLVEEEQRQLQELEKDEREQLRILGEKEAKLAQQSQAL
. :. ::.....: :: . . : ::.: :..::..:.. :. : :. :.:... . :
CCDS34 ELKRLVESRRQQILREFEELHRRLDEEQQVLLSRLEEEEQDILQRLRENAAHLGDKRRDL
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 QELISELDRRCHSSALELLQEVIIVLERSESWNLKDLDITSPEL-RSVCHVP----GLKK
.: .:.. .: .:..:.:..: .::. :. . .. .: :: .. . : .:.:
CCDS34 AHLAAEVEGKCLQSGFEMLKDVKSTLEKCEKVKTMEVTSVSIELEKNFSNFPRQYFALRK
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330
pF1KB5 MLRTCAVHITLDPDTANPWLILSEDRRQVRLGDTQ-QSIPGNEERFDSYPMVLGAQHFHS
.:. . .::::.::.: :.:::::..:.. .:. ...: . .:: :: ::... : :
CCDS34 ILKQLIADVTLDPETAHPNLVLSEDRKSVKFVETRLRDLPDTPRRFTFYPCVLATEGFTS
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KB5 GKHYWEVDVTGKEAWDLGVCRDSVRRKGHFLLSSKSGFWTIWLWNKQKYEAGTYPQTPLH
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CCDS34 GRHYWEVEVGDKTHWAVGVCRDSVSRKGELTPLPETGYWRVRLWNGDKYAATTTPFTPLH
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460 470
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CCDS34 LTIRPPTDWE
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CCDS31 SGYWVIGLQHNHEYRAYEDSSPSLLLSMTVPPRRVGVFLDYEAGTVSFYNVTNHGFPIYT
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CCDS31 FSKYYFPTTLCPYFNPCNCVIPMTLRRPSS
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CCDS15 PICVVCRESREHRLHRVLPAEEAVQGYKLKLEEDMEYLREQITRTGNLQAREEQSLAEWQ
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CCDS15 GMNITGDALWALGVCRDNVSRKDRVPKCPENGFWVVQLSKGTKYLSTFSALTPVMLMEPP
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CCDS15 SHMGIFLDFEAGEVSFYSVSD-GSHLHTYSQATFPGPLQPFFCLGAPKSGQMVISTVTMW
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CCDS38 EGPHFQSNERLGRLASIARQLRSQVLQSEDEQGSYG-RMPTTAKALSD-DEQGGSAFV--
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CCDS38 EWEVGICKDSVSRKGNLPKPPGDLFSLIGLKIGDDY--SLWVSSPLKGQHVREPVCKVGV
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CCDS38 FLDYESGHIAFYNGTDE-SLIYSFPQASFQEALRPIFSPCLPNEGTNTDPLTICSLNSHV
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CCDS31 MASKILLNVQ-EEVTCPICLELLTEPLSLDCGHSLCRACITVSNKEAVTSMGGKSSCPVC
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CCDS31 GISYSFEHLQANQHLANIVERLKEVKLSPDNGKKRDLCDHHGEKLLLFCKEDRKVICWLC
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CCDS31 ERSQEHRGHHTVLTEEVFKECQEKLQAVLKRLKKEEEEAEKLEADIREEKTSWKYQVQTE
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CCDS31 RQRIQTEFDQLRSILNNEEQRELQRLEEEEKKTLDKFAEAEDELVQQKQLVRELISDVEC
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CCDS31 RSQWSTMELLQDMSGIMKWSEIWRLKKPKMVSKKLKTVFHAPDLSRMLQMFRELTAVRCY
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480
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