Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5842
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5842, 483 aa
1>>>pF1KB5842 483 - 483 aa - 483 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1245+/-0.000947; mu= 14.2598+/- 0.057
mean_var=75.3565+/-14.871, 0's: 0 Z-trim(105.9): 69 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.147745
statistics sampled from 8615 (8685) to 8615 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.622), E-opt: 0.2 (0.267), width: 16
Scan time: 3.080
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS44751.1 DDX6 gene_id:1656|Hs108|chr11 ( 483) 3164 683.9 1e-196
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CCDS11113.1 EIF4A1 gene_id:1973|Hs108|chr17 ( 406) 943 210.4 2.9e-54
CCDS3282.1 EIF4A2 gene_id:1974|Hs108|chr3 ( 407) 930 207.7 2e-53
CCDS12308.1 DDX39A gene_id:10212|Hs108|chr19 ( 427) 838 188.1 1.6e-47
CCDS4697.1 DDX39B gene_id:7919|Hs108|chr6 ( 428) 838 188.1 1.6e-47
CCDS8655.1 DDX47 gene_id:51202|Hs108|chr12 ( 455) 744 168.0 1.9e-41
CCDS44766.1 DDX25 gene_id:29118|Hs108|chr11 ( 483) 734 165.9 8.6e-41
CCDS10889.1 DDX19A gene_id:55308|Hs108|chr16 ( 478) 724 163.8 3.7e-40
CCDS10888.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16 ( 479) 719 162.7 7.8e-40
CCDS58511.1 EIF4A1 gene_id:1973|Hs108|chr17 ( 347) 697 158.0 1.5e-38
CCDS30964.1 DDX59 gene_id:83479|Hs108|chr1 ( 619) 686 155.7 1.3e-37
CCDS81646.1 DDX25 gene_id:29118|Hs108|chr11 ( 369) 681 154.6 1.7e-37
CCDS4977.1 DDX43 gene_id:55510|Hs108|chr6 ( 648) 683 155.1 2.1e-37
CCDS31907.1 DDX54 gene_id:79039|Hs108|chr12 ( 881) 681 154.7 3.7e-37
CCDS44984.1 DDX54 gene_id:79039|Hs108|chr12 ( 882) 681 154.7 3.7e-37
CCDS42187.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16 ( 370) 671 152.5 7.5e-37
CCDS8342.1 DDX10 gene_id:1662|Hs108|chr11 ( 875) 667 151.7 2.9e-36
CCDS35214.1 DDX53 gene_id:168400|Hs108|chrX ( 631) 640 145.9 1.2e-34
CCDS13416.1 DDX27 gene_id:55661|Hs108|chr20 ( 796) 636 145.1 2.6e-34
CCDS82009.1 DDX19A gene_id:55308|Hs108|chr16 ( 447) 621 141.8 1.4e-33
CCDS32704.1 DDX42 gene_id:11325|Hs108|chr17 ( 938) 621 141.9 2.8e-33
CCDS32475.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16 ( 448) 616 140.8 3e-33
CCDS58478.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16 ( 453) 616 140.8 3e-33
CCDS12390.1 DDX49 gene_id:54555|Hs108|chr19 ( 483) 586 134.4 2.7e-31
CCDS34240.1 DDX46 gene_id:9879|Hs108|chr5 (1031) 576 132.3 2.3e-30
CCDS75306.1 DDX46 gene_id:9879|Hs108|chr5 (1032) 576 132.3 2.3e-30
CCDS2120.1 DDX18 gene_id:8886|Hs108|chr2 ( 670) 557 128.2 2.6e-29
CCDS55404.1 DDX3X gene_id:1654|Hs108|chrX ( 646) 519 120.1 7e-27
CCDS43931.1 DDX3X gene_id:1654|Hs108|chrX ( 662) 519 120.1 7.1e-27
CCDS14782.1 DDX3Y gene_id:8653|Hs108|chrY ( 660) 513 118.9 1.7e-26
CCDS33646.1 DDX17 gene_id:10521|Hs108|chr22 ( 729) 513 118.9 1.9e-26
CCDS46706.1 DDX17 gene_id:10521|Hs108|chr22 ( 731) 513 118.9 1.9e-26
CCDS11659.1 DDX5 gene_id:1655|Hs108|chr17 ( 614) 499 115.9 1.3e-25
CCDS82190.1 DDX5 gene_id:1655|Hs108|chr17 ( 614) 499 115.9 1.3e-25
CCDS54855.1 DDX4 gene_id:54514|Hs108|chr5 ( 575) 493 114.6 2.9e-25
CCDS47208.1 DDX4 gene_id:54514|Hs108|chr5 ( 690) 493 114.6 3.5e-25
CCDS54854.1 DDX4 gene_id:54514|Hs108|chr5 ( 704) 493 114.6 3.5e-25
CCDS3969.1 DDX4 gene_id:54514|Hs108|chr5 ( 724) 493 114.6 3.6e-25
CCDS4427.1 DDX41 gene_id:51428|Hs108|chr5 ( 622) 491 114.2 4.2e-25
CCDS8656.1 DDX47 gene_id:51202|Hs108|chr12 ( 406) 464 108.3 1.6e-23
CCDS11323.1 DDX52 gene_id:11056|Hs108|chr17 ( 599) 461 107.8 3.4e-23
CCDS59053.1 DDX56 gene_id:54606|Hs108|chr7 ( 507) 385 91.5 2.2e-18
CCDS8770.1 DDX23 gene_id:9416|Hs108|chr12 ( 820) 368 88.0 4.2e-17
CCDS73144.1 DDX21 gene_id:9188|Hs108|chr10 ( 715) 357 85.6 1.9e-16
CCDS31211.1 DDX21 gene_id:9188|Hs108|chr10 ( 783) 357 85.6 2.1e-16
CCDS7283.1 DDX50 gene_id:79009|Hs108|chr10 ( 737) 352 84.6 4.1e-16
CCDS842.1 DDX20 gene_id:11218|Hs108|chr1 ( 824) 352 84.6 4.5e-16
CCDS6952.1 DDX31 gene_id:64794|Hs108|chr9 ( 585) 291 71.5 2.7e-12
CCDS5492.1 DDX56 gene_id:54606|Hs108|chr7 ( 547) 290 71.3 3e-12
>>CCDS44751.1 DDX6 gene_id:1656|Hs108|chr11 (483 aa)
initn: 3164 init1: 3164 opt: 3164 Z-score: 3645.1 bits: 683.9 E(32554): 1e-196
Smith-Waterman score: 3164; 100.0% identity (100.0% similar) in 483 aa overlap (1-483:1-483)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MSTARTENPVIMGLSSQNGQLRGPVKPTGGPGGGGTQTQQQMNQLKNTNTINNGTQQQAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MSTARTENPVIMGLSSQNGQLRGPVKPTGGPGGGGTQTQQQMNQLKNTNTINNGTQQQAQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 SMTTTIKPGDDWKKTLKLPPKDLRIKTSDVTSTKGNEFEDYCLKRELLMGIFEMGWEKPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SMTTTIKPGDDWKKTLKLPPKDLRIKTSDVTSTKGNEFEDYCLKRELLMGIFEMGWEKPS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 PIQEESIPIALSGRDILARAKNGTGKSGAYLIPLLERLDLKKDNIQAMVIVPTRELALQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 PIQEESIPIALSGRDILARAKNGTGKSGAYLIPLLERLDLKKDNIQAMVIVPTRELALQV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 SQICIQVSKHMGGAKVMATTGGTNLRDDIMRLDDTVHVVIATPGRILDLIKKGVAKVDHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SQICIQVSKHMGGAKVMATTGGTNLRDDIMRLDDTVHVVIATPGRILDLIKKGVAKVDHV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 QMIVLDEADKLLSQDFVQIMEDIILTLPKNRQILLYSATFPLSVQKFMNSHLQKPYEINL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 QMIVLDEADKLLSQDFVQIMEDIILTLPKNRQILLYSATFPLSVQKFMNSHLQKPYEINL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 MEELTLKGVTQYYAYVTERQKVHCLNTLFSRLQINQSIIFCNSSQRVELLAKKISQLGYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MEELTLKGVTQYYAYVTERQKVHCLNTLFSRLQINQSIIFCNSSQRVELLAKKISQLGYS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 CFYIHAKMRQEHRNRVFHDFRNGLCRNLVCTDLFTRGIDIQAVNVVINFDFPKLAETYLH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 CFYIHAKMRQEHRNRVFHDFRNGLCRNLVCTDLFTRGIDIQAVNVVINFDFPKLAETYLH
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430 440 450 460 470 480
pF1KB5 RIGRSGRFGHLGLAINLITYDDRFNLKSIEEQLGTEIKPIPSNIDKSLYVAEYHSEPVED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 RIGRSGRFGHLGLAINLITYDDRFNLKSIEEQLGTEIKPIPSNIDKSLYVAEYHSEPVED
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 EKP
:::
CCDS44 EKP
>>CCDS11767.1 EIF4A3 gene_id:9775|Hs108|chr17 (411 aa)
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Smith-Waterman score: 948; 36.8% identity (71.7% similar) in 410 aa overlap (63-464:4-407)
40 50 60 70 80
pF1KB5 GGGTQTQQQMNQLKNTNTINNGTQQQAQSMTTTIKPGDDWKKTLKLPPKDL---RIKTS-
:.:. . . .: : : .:. ...::
CCDS11 MATTATMATSGSARKRL-LKEEDMTKVEFETSE
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KB5 --DVTSTKGNEFEDYCLKRELLMGIFEMGWEKPSPIQEESIPIALSGRDILARAKNGTGK
::: : :. . :...:: ::. .:.:::: ::...: ..:::..:....::::
CCDS11 EVDVTPT----FDTMGLREDLLRGIYAYGFEKPSAIQQRAIKQIIKGRDVIAQSQSGTGK
40 50 60 70 80
150 160 170 180 190 200
pF1KB5 SGAYLIPLLERLDLKKDNIQAMVIVPTRELALQVSQICIQVSKHMGGAKVMATTGGTNLR
.... : .:. ::.. . ::....::::::.:... . .. .:. .. : ::::.
CCDS11 TATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAVQIQKGLLALGDYMN-VQCHACIGGTNVG
90 100 110 120 130 140
210 220 230 240 250 260
pF1KB5 DDIMRLDDTVHVVIATPGRILDLIKKGVAKVDHVQMIVLDEADKLLSQDFVQIMEDIILT
.:: .:: ::: .::::..:.:.. .. ..:.::::::..:.. : . . :.
CCDS11 EDIRKLDYGQHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTRAIKMLVLDEADEMLNKGFKEQIYDVYRY
150 160 170 180 190 200
270 280 290 300 310 320
pF1KB5 LPKNRQILLYSATFPLSVQKFMNSHLQKPYEINLM-EELTLKGVTQYYAYVT-ERQKVHC
:: :..: :::.: . .. :. . : .: . .::::.:. :... : :. :
CCDS11 LPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRILVKRDELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDT
210 220 230 240 250 260
330 340 350 360 370 380
pF1KB5 LNTLFSRLQINQSIIFCNSSQRVELLAKKISQLGYSCFYIHAKMRQEHRNRVFHDFRNGL
: :.. : :.:..::::....:. :..:. . ... .:. : :..:. ....::.:
CCDS11 LCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREANFTVSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGA
270 280 290 300 310 320
390 400 410 420 430 440
pF1KB5 CRNLVCTDLFTRGIDIQAVNVVINFDFPKLAETYLHRIGRSGRFGHLGLAINLITYDDRF
: :. ::...::.:. :...::.:.:. : :.::::::::.:. :.:::.. ::
CCDS11 SRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNRELYIHRIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIR
330 340 350 360 370 380
450 460 470 480
pF1KB5 NLKSIEEQLGTEIKPIPSNIDKSLYVAEYHSEPVEDEKP
:..::. .:.: .: :.
CCDS11 ILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI
390 400 410
>>CCDS11113.1 EIF4A1 gene_id:1973|Hs108|chr17 (406 aa)
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Smith-Waterman score: 943; 38.7% identity (74.2% similar) in 372 aa overlap (96-464:32-402)
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 IKPGDDWKKTLKLPPKDLRIKTSDVTSTKGNEFEDYCLKRELLMGIFEMGWEKPSPIQEE
. :.:. :.. :: ::. .:.:::: ::..
CCDS11 SASQDSRSRDNGPDGMEPEGVIESNWNEIVDSFDDMNLSESLLRGIYAYGFEKPSAIQQR
10 20 30 40 50 60
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 SIPIALSGRDILARAKNGTGKSGAYLIPLLERLDLKKDNIQAMVIVPTRELALQVSQICI
.: ..: :..:.:..::::.... : .:....: ::.:..:::::: :.... .
CCDS11 AILPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQIELDLKATQALVLAPTRELAQQIQKVVM
70 80 90 100 110 120
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 QVSKHMGGAKVMATTGGTNLRDDIMRLD-DTVHVVIATPGRILDLIKKGVAKVDHVQMIV
.. .:: :. : ::::.: ....:. .. :....::::..:.... . ...:.:
CCDS11 ALGDYMG-ASCHACIGGTNVRAEVQKLQMEAPHIIVGTPGRVFDMLNRRYLSPKYIKMFV
130 140 150 160 170 180
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pF1KB5 LDEADKLLSQDFVQIMEDIILTLPKNRQILLYSATFPLSVQKFMNSHLQKPYEINLM-EE
:::::..::. : . . ::. : .: :..: :::.: .: . .. .. : .: . ::
CCDS11 LDEADEMLSRGFKDQIYDIFQKLNSNTQVVLLSATMPSDVLEVTKKFMRDPIRILVKKEE
190 200 210 220 230 240
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 LTLKGVTQYYAYVT-ERQKVHCLNTLFSRLQINQSIIFCNSSQRVELLAKKISQLGYSCF
:::.:. :.: : :. :. : :. : :.:..:: :. ..:. :..:. ..
CCDS11 LTLEGIRQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFINTRRKVDWLTEKMHARDFTVS
250 260 270 280 290 300
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pF1KB5 YIHAKMRQEHRNRVFHDFRNGLCRNLVCTDLFTRGIDIQAVNVVINFDFPKLAETYLHRI
.:. : :..:. ....::.: : :. :::..::::.: :..:::.:.: :.:.:::
CCDS11 AMHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRENYIHRI
310 320 330 340 350 360
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pF1KB5 GRSGRFGHLGLAINLITYDDRFNLKSIEEQLGTEIKPIPSNIDKSLYVAEYHSEPVEDEK
::.::::. :.:::..: .:. .:..:: .: :. .: :.
CCDS11 GRGGRFGRKGVAINMVTEEDKRTLRDIETFYNTSIEEMPLNVADLI
370 380 390 400
pF1KB5 P
>>CCDS3282.1 EIF4A2 gene_id:1974|Hs108|chr3 (407 aa)
initn: 778 init1: 439 opt: 930 Z-score: 1072.8 bits: 207.7 E(32554): 2e-53
Smith-Waterman score: 930; 38.4% identity (74.2% similar) in 372 aa overlap (96-464:33-403)
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 IKPGDDWKKTLKLPPKDLRIKTSDVTSTKGNEFEDYCLKRELLMGIFEMGWEKPSPIQEE
..:.:. ::. :: ::. .:.:::: ::..
CCDS32 GGSADYNREHGGPEGMDPDGVIESNWNEIVDNFDDMNLKESLLRGIYAYGFEKPSAIQQR
10 20 30 40 50 60
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 SIPIALSGRDILARAKNGTGKSGAYLIPLLERLDLKKDNIQAMVIVPTRELALQVSQICI
.: ..: :..:.:..::::.... : .:..:... . ::.:..:::::: :.... .
CCDS32 AIIPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQLEIEFKETQALVLAPTRELAQQIQKVIL
70 80 90 100 110 120
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 QVSKHMGGAKVMATTGGTNLRDDIMRLD-DTVHVVIATPGRILDLIKKGVAKVDHVQMIV
.. .:: : : ::::.:.....:. .. :.:..::::..:.... . ..:.:
CCDS32 ALGDYMG-ATCHACIGGTNVRNEMQKLQAEAPHIVVGTPGRVFDMLNRRYLSPKWIKMFV
130 140 150 160 170 180
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pF1KB5 LDEADKLLSQDFVQIMEDIILTLPKNRQILLYSATFPLSVQKFMNSHLQKPYEINLM-EE
:::::..::. : . . .:. : . :..: :::.: .: . .. .. : .: . ::
CCDS32 LDEADEMLSRGFKDQIYEIFQKLNTSIQVVLLSATMPTDVLEVTKKFMRDPIRILVKKEE
190 200 210 220 230 240
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pF1KB5 LTLKGVTQYYAYVT-ERQKVHCLNTLFSRLQINQSIIFCNSSQRVELLAKKISQLGYSCF
:::.:. :.: : :. :. : :. : :.:..:: :. ..:. :..:. ..
CCDS32 LTLEGIKQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFLNTRRKVDWLTEKMHARDFTVS
250 260 270 280 290 300
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pF1KB5 YIHAKMRQEHRNRVFHDFRNGLCRNLVCTDLFTRGIDIQAVNVVINFDFPKLAETYLHRI
.:. : :..:. ....::.: : :. :::..::::.: :..:::.:.: :.:.:::
CCDS32 ALHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRENYIHRI
310 320 330 340 350 360
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pF1KB5 GRSGRFGHLGLAINLITYDDRFNLKSIEEQLGTEIKPIPSNIDKSLYVAEYHSEPVEDEK
::.::::. :.:::..: .:. :..:: .: .. .: :.
CCDS32 GRGGRFGRKGVAINFVTEEDKRILRDIETFYNTTVEEMPMNVADLI
370 380 390 400
pF1KB5 P
>>CCDS12308.1 DDX39A gene_id:10212|Hs108|chr19 (427 aa)
initn: 725 init1: 358 opt: 838 Z-score: 966.5 bits: 188.1 E(32554): 1.6e-47
Smith-Waterman score: 838; 36.0% identity (69.4% similar) in 405 aa overlap (73-472:23-425)
50 60 70 80 90 100
pF1KB5 NQLKNTNTINNGTQQQAQSMTTTIKPGDDWKKTLKLPPKDLRIKTSDVTSTKGNEFEDYC
... ::: :: : : : ... :.:.
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CCDS12 AELPEEIDISTYIEQSR
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CCDS46 ITFVSDENDAKILNDVQDRFEVNISELPDEIDISSYIEQTR
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CCDS10 MGFNRPSKIQENALPLMLAEPPQNLIAQSQSGTGKTAAFVLAMLSQVEPANKYPQCLCLS
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CCDS10 K-LKFIDPKKIKVFVLDEADVMIATQGHQDQSIRIQRMLPRNCQMLLFSATFEDSVWKFA
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CCDS10 QKVVPDPNVIKLKREEETLDTIKQYYVLCSSRDEKFQALCNLYGAITIAQAMIFCHTRKT
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CCDS10 ASWLAAELSKEGHQVALLSGEMMVEQRAAVIERFREGKEKVLVTTNVCARGIDVEQVSVV
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CCDS10 INFDLPVDKDGNPDNETYLHRIGRTGRFGKRGLAVNMVDSKHSMNILNRIQEHFNKKIER
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pF1KB5 IPSNIDKSLYVAEYHSEPVEDEKP
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CCDS10 LDTDDLDEIEKIAN
470
483 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 10:28:47 2016 done: Sat Nov 5 10:28:47 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]