Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5893
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5893, 499 aa
1>>>pF1KB5893 499 - 499 aa - 499 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7688+/-0.000915; mu= 15.6564+/- 0.055
mean_var=76.0377+/-15.339, 0's: 0 Z-trim(106.1): 75 B-trim: 272 in 1/52
Lambda= 0.147082
statistics sampled from 8699 (8782) to 8699 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.639), E-opt: 0.2 (0.27), width: 16
Scan time: 2.630
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12684.1 PPP5C gene_id:5536|Hs108|chr19 ( 499) 3362 723.1 1.7e-208
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CCDS4173.1 PPP2CA gene_id:5515|Hs108|chr5 ( 309) 783 175.8 6.2e-44
CCDS10669.1 PPP4C gene_id:5531|Hs108|chr16 ( 307) 758 170.5 2.4e-42
CCDS6861.1 PPP6C gene_id:5537|Hs108|chr9 ( 305) 708 159.8 3.8e-39
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CCDS31618.1 PPP1CA gene_id:5499|Hs108|chr11 ( 341) 707 159.7 4.8e-39
CCDS58279.1 PPP1CC gene_id:5501|Hs108|chr12 ( 337) 705 159.2 6.4e-39
CCDS33169.1 PPP1CB gene_id:5500|Hs108|chr2 ( 327) 703 158.8 8.3e-39
CCDS48018.1 PPP6C gene_id:5537|Hs108|chr9 ( 342) 701 158.4 1.2e-38
CCDS8161.1 PPP1CA gene_id:5499|Hs108|chr11 ( 286) 686 155.2 9.1e-38
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CCDS44437.1 PPP3CB gene_id:5532|Hs108|chr10 ( 525) 639 145.3 1.5e-34
CCDS47113.1 PPP3CA gene_id:5530|Hs108|chr4 ( 469) 634 144.2 2.9e-34
CCDS47114.1 PPP3CA gene_id:5530|Hs108|chr4 ( 511) 634 144.3 3.1e-34
CCDS34037.1 PPP3CA gene_id:5530|Hs108|chr4 ( 521) 634 144.3 3.2e-34
CCDS59094.1 PPP3CC gene_id:5533|Hs108|chr8 ( 502) 629 143.2 6.4e-34
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CCDS59093.1 PPP3CC gene_id:5533|Hs108|chr8 ( 521) 629 143.2 6.6e-34
CCDS48019.1 PPP6C gene_id:5537|Hs108|chr9 ( 283) 575 131.6 1.1e-30
CCDS34013.1 PPEF2 gene_id:5470|Hs108|chr4 ( 753) 563 129.3 1.5e-29
CCDS43920.1 PPEF1 gene_id:5475|Hs108|chrX ( 591) 549 126.3 9.5e-29
CCDS14188.1 PPEF1 gene_id:5475|Hs108|chrX ( 653) 549 126.3 1e-28
CCDS45677.1 DNAJC7 gene_id:7266|Hs108|chr17 ( 494) 289 71.0 3.3e-12
CCDS12094.1 SGTA gene_id:6449|Hs108|chr19 ( 313) 271 67.1 3.2e-11
CCDS3988.1 SGTB gene_id:54557|Hs108|chr5 ( 304) 266 66.1 6.4e-11
>>CCDS12684.1 PPP5C gene_id:5536|Hs108|chr19 (499 aa)
initn: 3362 init1: 3362 opt: 3362 Z-score: 3856.7 bits: 723.1 E(32554): 1.7e-208
Smith-Waterman score: 3362; 100.0% identity (100.0% similar) in 499 aa overlap (1-499:1-499)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MAMAEGERTECAEPPRDEPPADGALKRAEELKTQANDYFKAKDYENAIKFYSQAIELNPS
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CCDS12 MAMAEGERTECAEPPRDEPPADGALKRAEELKTQANDYFKAKDYENAIKFYSQAIELNPS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 NAIYYGNRSLAYLRTECYGYALGDATRAIELDKKYIKGYYRRAASNMALGKFRAALRDYE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 NAIYYGNRSLAYLRTECYGYALGDATRAIELDKKYIKGYYRRAASNMALGKFRAALRDYE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 TVVKVKPHDKDAKMKYQECNKIVKQKAFERAIAGDEHKRSVVDSLDIESMTIEDEYSGPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 TVVKVKPHDKDAKMKYQECNKIVKQKAFERAIAGDEHKRSVVDSLDIESMTIEDEYSGPK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 LEDGKVTISFMKELMQWYKDQKKLHRKCAYQILVQVKEVLSKLSTLVETTLKETEKITVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LEDGKVTISFMKELMQWYKDQKKLHRKCAYQILVQVKEVLSKLSTLVETTLKETEKITVC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 GDTHGQFYDLLNIFELNGLPSETNPYIFNGDFVDRGSFSVEVILTLFGFKLLYPDHFHLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GDTHGQFYDLLNIFELNGLPSETNPYIFNGDFVDRGSFSVEVILTLFGFKLLYPDHFHLL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 RGNHETDNMNQIYGFEGEVKAKYTAQMYELFSEVFEWLPLAQCINGKVLIMHGGLFSEDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 RGNHETDNMNQIYGFEGEVKAKYTAQMYELFSEVFEWLPLAQCINGKVLIMHGGLFSEDG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 VTLDDIRKIERNRQPPDSGPMCDLLWSDPQPQNGRSISKRGVSCQFGPDVTKAFLEENNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 VTLDDIRKIERNRQPPDSGPMCDLLWSDPQPQNGRSISKRGVSCQFGPDVTKAFLEENNL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 DYIIRSHEVKAEGYEVAHGGRCVTVFSAPNYCDQMGNKASYIHLQGSDLRPQFHQFTAVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 DYIIRSHEVKAEGYEVAHGGRCVTVFSAPNYCDQMGNKASYIHLQGSDLRPQFHQFTAVP
430 440 450 460 470 480
490
pF1KB5 HPNVKPMAYANTLLQLGMM
:::::::::::::::::::
CCDS12 HPNVKPMAYANTLLQLGMM
490
>>CCDS6079.1 PPP2CB gene_id:5516|Hs108|chr8 (309 aa)
initn: 646 init1: 481 opt: 799 Z-score: 920.6 bits: 179.2 E(32554): 5.9e-45
Smith-Waterman score: 799; 41.2% identity (72.6% similar) in 296 aa overlap (189-480:5-293)
160 170 180 190 200 210
pF1KB5 RSVVDSLDIESMTIEDEYSGPKLEDGKVTISFMKELMQWYK---DQKKLHRKCAYQILVQ
.: ::: :: . . :.:... . . .
CCDS60 MDDKAFTKELDQWVEQLNECKQLNENQVRTLCEK
10 20 30
220 230 240 250 260 270
pF1KB5 VKEVLSKLSTLVETTLKETEKITVCGDTHGQFYDLLNIFELNGLPSETNPYIFNGDFVDR
.::.:.: :.. :. .:::::.::::.::...:...: .:: :.: ::.:::
CCDS60 AKEILTKESNVQEVRCP----VTVCGDVHGQFHDLMELFRIGGKSPDTN-YLFMGDYVDR
40 50 60 70 80
280 290 300 310 320 330
pF1KB5 GSFSVEVILTLFGFKLLYPDHFHLLRGNHETDNMNQIYGFEGEVKAKY-TAQMYELFSEV
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CCDS60 GYYSVETVTLLVALKVRYPERITILRGNHESRQITQVYGFYDECLRKYGNANVWKYFTDL
90 100 110 120 130 140
340 350 360 370 380 390
pF1KB5 FEWLPLAQCINGKVLIMHGGLFSEDGVTLDDIRKIERNRQPPDSGPMCDLLWSDPQPQNG
:..:::. ..:... .:::: : . ::: :: ..: .. : :::::::::::. ..:
CCDS60 FDYLPLTALVDGQIFCLHGGL-SPSIDTLDHIRALDRLQEVPHEGPMCDLLWSDPDDRGG
150 160 170 180 190 200
400 410 420 430 440 450
pF1KB5 RSISKRGVSCQFGPDVTKAFLEENNLDYIIRSHEVKAEGYEVAHGGRCVTVFSAPNYCDQ
.:: ::.. :: :....: . :.: . :.:.. :::. : ::.::::::: .
CCDS60 WGISPRGAGYTFGQDISETFNHANGLTLVSRAHQLVMEGYNWCHDRNVVTIFSAPNYCYR
210 220 230 240 250 260
460 470 480 490
pF1KB5 MGNKASYIHLQGSDLRPQFHQFTAVPHPNVKPMAYANTLLQLGMM
::.:. ..:. . :. .: :: .:
CCDS60 CGNQAAIMELDDT-LKYSFLQFDPAPRRGEPHVTRRTPDYFL
270 280 290 300
>>CCDS4173.1 PPP2CA gene_id:5515|Hs108|chr5 (309 aa)
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Smith-Waterman score: 783; 41.0% identity (72.2% similar) in 295 aa overlap (190-480:6-293)
160 170 180 190 200 210
pF1KB5 SVVDSLDIESMTIEDEYSGPKLEDGKVTISFMKELMQWYK---DQKKLHRKCAYQILVQV
: ::: :: . . :.: .. . .. ..
CCDS41 MDEKVFTKELDQWIEQLNECKQLSESQVKSLCEKA
10 20 30
220 230 240 250 260 270
pF1KB5 KEVLSKLSTLVETTLKETEKITVCGDTHGQFYDLLNIFELNGLPSETNPYIFNGDFVDRG
::.:.: :.. :. .:::::.::::.::...:...: .:: :.: ::.::::
CCDS41 KEILTKESNVQEVRCP----VTVCGDVHGQFHDLMELFRIGGKSPDTN-YLFMGDYVDRG
40 50 60 70 80 90
280 290 300 310 320 330
pF1KB5 SFSVEVILTLFGFKLLYPDHFHLLRGNHETDNMNQIYGFEGEVKAKY-TAQMYELFSEVF
.:::.. : ..:. : ... .::::::. ...:.::: : :: .:.... :...:
CCDS41 YYSVETVTLLVALKVRYRERITILRGNHESRQITQVYGFYDECLRKYGNANVWKYFTDLF
100 110 120 130 140 150
340 350 360 370 380 390
pF1KB5 EWLPLAQCINGKVLIMHGGLFSEDGVTLDDIRKIERNRQPPDSGPMCDLLWSDPQPQNGR
..:::. ..:... .:::: : . ::: :: ..: .. : :::::::::::. ..:
CCDS41 DYLPLTALVDGQIFCLHGGL-SPSIDTLDHIRALDRLQEVPHEGPMCDLLWSDPDDRGGW
160 170 180 190 200
400 410 420 430 440 450
pF1KB5 SISKRGVSCQFGPDVTKAFLEENNLDYIIRSHEVKAEGYEVAHGGRCVTVFSAPNYCDQM
.:: ::.. :: :....: . :.: . :.:.. :::. : ::.::::::: .
CCDS41 GISPRGAGYTFGQDISETFNHANGLTLVSRAHQLVMEGYNWCHDRNVVTIFSAPNYCYRC
210 220 230 240 250 260
460 470 480 490
pF1KB5 GNKASYIHLQGSDLRPQFHQFTAVPHPNVKPMAYANTLLQLGMM
::.:. ..:. . :. .: :: .:
CCDS41 GNQAAIMELDDT-LKYSFLQFDPAPRRGEPHVTRRTPDYFL
270 280 290 300
>>CCDS10669.1 PPP4C gene_id:5531|Hs108|chr16 (307 aa)
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Smith-Waterman score: 758; 41.0% identity (70.7% similar) in 307 aa overlap (191-488:1-303)
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pF1KB5 VVDSLDIESMTIEDEYSGPKLEDGKVTISFMKELMQWYKDQKKLHRKCAYQILVQVKEVL
: :. . .. ..: :.: .:: .
CCDS10 MAEISDLDRQIEQL-RRCELIKESEVKALC
10 20
230 240 250 260 270
pF1KB5 SKLSTLV--ETTLKETEK-ITVCGDTHGQFYDLLNIFELNGLPSETNPYIFNGDFVDRGS
.: .. :........ .::::: ::::::: ..:...: ::: :.: :::::::
CCDS10 AKAREILVEESNVQRVDSPVTVCGDIHGQFYDLKELFRVGGDVPETN-YLFMGDFVDRGF
30 40 50 60 70 80
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pF1KB5 FSVEVILTLFGFKLLYPDHFHLLRGNHETDNMNQIYGFEGEVKAKY-TAQMYELFSEVFE
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CCDS10 YSVETFLLLLALKVRYPDRITLIRGNHESRQITQVYGFYDECLRKYGSVTVWRYCTEIFD
90 100 110 120 130 140
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pF1KB5 WLPLAQCINGKVLIMHGGLFSEDGVTLDDIRKIERNRQPPDSGPMCDLLWSDPQPQNGRS
.: :. :.::.. .:::: : . :::.:: :.:... : .:::::::::::. .: .
CCDS10 YLSLSAIIDGKIFCVHGGL-SPSIQTLDQIRTIDRKQEVPHDGPMCDLLWSDPEDTTGWG
150 160 170 180 190 200
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pF1KB5 ISKRGVSCQFGPDVTKAFLEENNLDYIIRSHEVKAEGYEVAHGGRCVTVFSAPNYCDQMG
.: ::.. :: ::. : :..:.: :.:.. :::. . .::.:::::: . :
CCDS10 VSPRGAGYLFGSDVVAQFNAANDIDMICRAHQLVMEGYKWHFNETVLTVWSAPNYCYRCG
210 220 230 240 250 260
460 470 480 490
pF1KB5 NKASYIHLQGSDLRPQFHQFTAVPH-----PNVKPMAYANTLLQLGMM
: :. ..:. :. .: : :.:. :. ::.:
CCDS10 NVAAILELD-EHLQKDFIIFEAAPQETRGIPSKKPVADYFL
270 280 290 300
>>CCDS6861.1 PPP6C gene_id:5537|Hs108|chr9 (305 aa)
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Smith-Waterman score: 708; 42.4% identity (69.3% similar) in 283 aa overlap (203-480:11-289)
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 EDEYSGPKLEDGKVTISFMKELMQWYKDQKKLHRKCAYQILVQVKEVLSKLSTLV--ETT
.. : : : ..:.. . . :. :..
CCDS68 MAPLDLDKYVEIARLCKYLPENDLKRLCDYVCDLLLEESN
10 20 30 40
240 250 260 270 280
pF1KB5 LKE-TEKITVCGDTHGQFYDLLNIFELNGLPSETNPYIFNGDFVDRGSFSVEVILTLFGF
.. . .::::: ::::::: ..:. .: .:: ::: ::::::: .:.:.. :...
CCDS68 VQPVSTPVTVCGDIHGQFYDLCELFRTGGQVPDTN-YIFMGDFVDRGYYSLETFTYLLAL
50 60 70 80 90
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pF1KB5 KLLYPDHFHLLRGNHETDNMNQIYGFEGEVKAKY-TAQMYELFSEVFEWLPLAQCINGKV
: .::.. :::::::. ...:.::: : ..:: .:. .. ..::. : .: :. ..
CCDS68 KAKWPDRITLLRGNHESRQITQVYGFYDECQTKYGNANAWRYCTKVFDMLTVAALIDEQI
100 110 120 130 140 150
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: .:::: : : :::.:: ::::.. : .: .:::.::::. . .:: ::.. ::
CCDS68 LCVHGGL-SPDIKTLDQIRTIERNQEIPHKGAFCDLVWSDPEDVDTWAISPRGAGWLFGA
160 170 180 190 200 210
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 DVTKAFLEENNLDYIIRSHEVKAEGYEVAHGGRCVTVFSAPNYCDQMGNKASYIHLQGSD
::. :.. ::: : :.:.. :::. . :::.:::::: . :: :: . .. .
CCDS68 KVTNEFVHINNLKLICRAHQLVHEGYKFMFDEKLVTVWSAPNYCYRCGNIASIMVFKDVN
220 230 240 250 260 270
470 480 490
pF1KB5 LR-PQFHQFTAVPHPNVKPMAYANTLLQLGMM
: :.. : :::
CCDS68 TREPKL--FRAVPDSERVIPPRTTTPYFL
280 290 300
>>CCDS9150.1 PPP1CC gene_id:5501|Hs108|chr12 (323 aa)
initn: 670 init1: 425 opt: 707 Z-score: 814.8 bits: 159.6 E(32554): 4.6e-39
Smith-Waterman score: 707; 41.7% identity (68.5% similar) in 276 aa overlap (226-499:47-317)
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pF1KB5 QWYKDQKKLHRKCAYQILVQVKEVLSKLSTLVETTLKETEK-ITVCGDTHGQFYDLLNIF
: . : : : . .::: :::.:::: .:
CCDS91 LEVRGSKPGKNVQLQENEIRGLCLKSREIFLSQPILLELEAPLKICGDIHGQYYDLLRLF
20 30 40 50 60 70
260 270 280 290 300 310
pF1KB5 ELNGLPSETNPYIFNGDFVDRGSFSVEVILTLFGFKLLYPDHFHLLRGNHETDNMNQIYG
: .:.: :.: :.: ::.::::. :.:.: :...:. ::..: ::::::: ..:.:::
CCDS91 EYGGFPPESN-YLFLGDYVDRGKQSLETICLLLAYKIKYPENFFLLRGNHECASINRIYG
80 90 100 110 120 130
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pF1KB5 FEGEVKAKYTAQMYELFSEVFEWLPLAQCINGKVLIMHGGLFSEDGVTLDDIRKIERNRQ
: : : .:. .... :.. :. ::.: .. :.. :::: : : ....::.: : .
CCDS91 FYDECKRRYNIKLWKTFTDCFNCLPIAAIVDEKIFCCHGGL-SPDLQSMEQIRRIMRPTD
140 150 160 170 180 190
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pF1KB5 PPDSGPMCDLLWSDPQPQN-GRSISKRGVSCQFGPDVTKAFLEENNLDYIIRSHEVKAEG
::.: .::::::::. . : . . :::: :: .:. ::....:: : :.:.: .:
CCDS91 VPDQGLLCDLLWSDPDKDVLGWGENDRGVSFTFGAEVVAKFLHKHDLDLICRAHQVVEDG
200 210 220 230 240 250
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pF1KB5 YEVAHGGRCVTVFSAPNYCDQMGNKASYIHLQGSDLRPQFHQFTAVPHPNVKPMAYANTL
:: . ::.::::::: .. : .... .. . : .:. . : . :: : .
CCDS91 YEFFAKRQLVTLFSAPNYCGEFDNAGAMMSVDET-LMCSFQILK--PAEKKKPNATRPVT
260 270 280 290 300 310
pF1KB5 LQLGMM
::.
CCDS91 PPRGMITKQAKK
320
>>CCDS8160.1 PPP1CA gene_id:5499|Hs108|chr11 (330 aa)
initn: 674 init1: 429 opt: 707 Z-score: 814.7 bits: 159.7 E(32554): 4.7e-39
Smith-Waterman score: 708; 40.9% identity (69.6% similar) in 276 aa overlap (226-487:47-319)
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pF1KB5 QWYKDQKKLHRKCAYQILVQVKEVLSKLSTLVETTLKETEK-ITVCGDTHGQFYDLLNIF
: . : : : . .::: :::.:::: .:
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]