Result of FASTA (omim) for
pF1KB5912
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5912, 529 aa
1>>>pF1KB5912 529 - 529 aa - 529 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6211+/-0.000479; mu= 17.3893+/- 0.030
mean_var=90.0293+/-18.217, 0's: 0 Z-trim(109.9): 119 B-trim: 217 in 1/52
Lambda= 0.135171
statistics sampled from 18082 (18212) to 18082 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.583), E-opt: 0.2 (0.214), width: 16
Scan time: 8.640
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001307540 (OMIM: 600685) importin subunit alpha ( 529) 3417 677.2 3.2e-194
NP_002257 (OMIM: 600685) importin subunit alpha-1 ( 529) 3417 677.2 3.2e-194
NP_001139187 (OMIM: 614107) importin subunit alpha ( 516) 1806 363.1 1.2e-99
XP_011514517 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 543) 1806 363.1 1.2e-99
XP_016867700 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 522) 1766 355.3 2.7e-97
XP_016867703 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 521) 1764 354.9 3.5e-97
XP_016867702 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 521) 1764 354.9 3.5e-97
XP_016867701 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 521) 1764 354.9 3.5e-97
XP_016867699 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 537) 1764 354.9 3.6e-97
XP_016867697 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 548) 1764 354.9 3.6e-97
NP_002259 (OMIM: 602970) importin subunit alpha-3 ( 521) 1725 347.3 6.8e-95
NP_002258 (OMIM: 601892) importin subunit alpha-4 ( 521) 1685 339.5 1.5e-92
XP_016876050 (OMIM: 601892) PREDICTED: importin su ( 497) 1627 328.1 3.7e-89
XP_016867698 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 544) 1561 315.3 3e-85
XP_016866329 (OMIM: 604545) PREDICTED: importin su ( 536) 1546 312.4 2.2e-84
XP_016866328 (OMIM: 604545) PREDICTED: importin su ( 539) 1546 312.4 2.2e-84
NP_002260 (OMIM: 604545) importin subunit alpha-6 ( 539) 1546 312.4 2.2e-84
XP_016866327 (OMIM: 604545) PREDICTED: importin su ( 559) 1546 312.4 2.3e-84
XP_011534107 (OMIM: 604545) PREDICTED: importin su ( 559) 1546 312.4 2.3e-84
NP_036448 (OMIM: 610563) importin subunit alpha-7 ( 536) 1521 307.5 6.5e-83
XP_005270768 (OMIM: 610563) PREDICTED: importin su ( 566) 1518 306.9 1e-82
XP_016867705 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 425) 1510 305.3 2.4e-82
XP_005247494 (OMIM: 600686) PREDICTED: importin su ( 538) 1474 298.3 3.8e-80
NP_002255 (OMIM: 600686) importin subunit alpha-5 ( 538) 1474 298.3 3.8e-80
XP_011511097 (OMIM: 600686) PREDICTED: importin su ( 477) 1362 276.5 1.3e-73
XP_016867704 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 487) 1347 273.5 1e-72
XP_016866332 (OMIM: 604545) PREDICTED: importin su ( 327) 976 201.1 4.4e-51
XP_016866331 (OMIM: 604545) PREDICTED: importin su ( 327) 976 201.1 4.4e-51
XP_016866330 (OMIM: 604545) PREDICTED: importin su ( 332) 976 201.1 4.5e-51
XP_011511099 (OMIM: 600686) PREDICTED: importin su ( 337) 951 196.2 1.3e-49
XP_005247496 (OMIM: 600686) PREDICTED: importin su ( 337) 951 196.2 1.3e-49
XP_016861852 (OMIM: 600686) PREDICTED: importin su ( 337) 951 196.2 1.3e-49
XP_016861853 (OMIM: 600686) PREDICTED: importin su ( 337) 951 196.2 1.3e-49
XP_016861854 (OMIM: 600686) PREDICTED: importin su ( 337) 951 196.2 1.3e-49
NP_758442 (OMIM: 605730) sperm-associated antigen ( 458) 228 55.3 4.7e-07
NP_001240784 (OMIM: 605730) sperm-associated antig ( 484) 228 55.3 4.9e-07
XP_005252702 (OMIM: 605730) PREDICTED: sperm-assoc ( 506) 228 55.3 5e-07
NP_036575 (OMIM: 605730) sperm-associated antigen ( 509) 228 55.3 5e-07
NP_001240783 (OMIM: 605730) sperm-associated antig ( 484) 226 54.9 6.4e-07
XP_016858909 (OMIM: 609803) PREDICTED: ankyrin and ( 738) 200 50.0 2.9e-05
XP_016858905 (OMIM: 609803) PREDICTED: ankyrin and ( 944) 201 50.3 3.1e-05
XP_011508996 (OMIM: 609803) PREDICTED: ankyrin and ( 944) 201 50.3 3.1e-05
XP_011508995 (OMIM: 609803) PREDICTED: ankyrin and ( 953) 201 50.3 3.1e-05
XP_016858904 (OMIM: 609803) PREDICTED: ankyrin and ( 986) 201 50.3 3.2e-05
XP_011517837 (OMIM: 615408,615451) PREDICTED: arma ( 702) 199 49.8 3.2e-05
XP_011508994 (OMIM: 609803) PREDICTED: ankyrin and (1016) 201 50.3 3.3e-05
XP_011508993 (OMIM: 609803) PREDICTED: ankyrin and (1030) 201 50.3 3.3e-05
NP_001299618 (OMIM: 615408,615451) armadillo repea ( 736) 199 49.8 3.4e-05
XP_016858903 (OMIM: 609803) PREDICTED: ankyrin and (1079) 201 50.3 3.4e-05
XP_011517835 (OMIM: 615408,615451) PREDICTED: arma ( 756) 199 49.8 3.4e-05
>>NP_001307540 (OMIM: 600685) importin subunit alpha-1 [ (529 aa)
initn: 3417 init1: 3417 opt: 3417 Z-score: 3607.8 bits: 677.2 E(85289): 3.2e-194
Smith-Waterman score: 3417; 100.0% identity (100.0% similar) in 529 aa overlap (1-529:1-529)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MSTNENANTPAARLHRFKNKGKDSTEMRRRRIEVNVELRKAKKDDQMLKRRNVSSFPDDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MSTNENANTPAARLHRFKNKGKDSTEMRRRRIEVNVELRKAKKDDQMLKRRNVSSFPDDA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 TSPLQENRNNQGTVNWSVDDIVKGINSSNVENQLQATQAARKLLSREKQPPIDNIIRAGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TSPLQENRNNQGTVNWSVDDIVKGINSSNVENQLQATQAARKLLSREKQPPIDNIIRAGL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 IPKFVSFLGRTDCSPIQFESAWALTNIASGTSEQTKAVVDGGAIPAFISLLASPHAHISE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IPKFVSFLGRTDCSPIQFESAWALTNIASGTSEQTKAVVDGGAIPAFISLLASPHAHISE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 QAVWALGNIAGDGSVFRDLVIKYGAVDPLLALLAVPDMSSLACGYLRNLTWTLSNLCRNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QAVWALGNIAGDGSVFRDLVIKYGAVDPLLALLAVPDMSSLACGYLRNLTWTLSNLCRNK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 NPAPPIDAVEQILPTLVRLLHHDDPEVLADTCWAISYLTDGPNERIGMVVKTGVVPQLVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NPAPPIDAVEQILPTLVRLLHHDDPEVLADTCWAISYLTDGPNERIGMVVKTGVVPQLVK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 LLGASELPIVTPALRAIGNIVTGTDEQTQVVIDAGALAVFPSLLTNPKTNIQKEATWTMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LLGASELPIVTPALRAIGNIVTGTDEQTQVVIDAGALAVFPSLLTNPKTNIQKEATWTMS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 NITAGRQDQIQQVVNHGLVPFLVSVLSKADFKTQKEAVWAVTNYTSGGTVEQIVYLVHCG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NITAGRQDQIQQVVNHGLVPFLVSVLSKADFKTQKEAVWAVTNYTSGGTVEQIVYLVHCG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 IIEPLMNLLTAKDTKIILVILDAISNIFQAAEKLGETEKLSIMIEECGGLDKIEALQNHE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IIEPLMNLLTAKDTKIILVILDAISNIFQAAEKLGETEKLSIMIEECGGLDKIEALQNHE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520
pF1KB5 NESVYKASLSLIEKYFSVEEEEDQNVVPETTSEGYTFQVQDGAPGTFNF
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NESVYKASLSLIEKYFSVEEEEDQNVVPETTSEGYTFQVQDGAPGTFNF
490 500 510 520
>>NP_002257 (OMIM: 600685) importin subunit alpha-1 [Hom (529 aa)
initn: 3417 init1: 3417 opt: 3417 Z-score: 3607.8 bits: 677.2 E(85289): 3.2e-194
Smith-Waterman score: 3417; 100.0% identity (100.0% similar) in 529 aa overlap (1-529:1-529)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MSTNENANTPAARLHRFKNKGKDSTEMRRRRIEVNVELRKAKKDDQMLKRRNVSSFPDDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MSTNENANTPAARLHRFKNKGKDSTEMRRRRIEVNVELRKAKKDDQMLKRRNVSSFPDDA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 TSPLQENRNNQGTVNWSVDDIVKGINSSNVENQLQATQAARKLLSREKQPPIDNIIRAGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 TSPLQENRNNQGTVNWSVDDIVKGINSSNVENQLQATQAARKLLSREKQPPIDNIIRAGL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 IPKFVSFLGRTDCSPIQFESAWALTNIASGTSEQTKAVVDGGAIPAFISLLASPHAHISE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 IPKFVSFLGRTDCSPIQFESAWALTNIASGTSEQTKAVVDGGAIPAFISLLASPHAHISE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 QAVWALGNIAGDGSVFRDLVIKYGAVDPLLALLAVPDMSSLACGYLRNLTWTLSNLCRNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 QAVWALGNIAGDGSVFRDLVIKYGAVDPLLALLAVPDMSSLACGYLRNLTWTLSNLCRNK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 NPAPPIDAVEQILPTLVRLLHHDDPEVLADTCWAISYLTDGPNERIGMVVKTGVVPQLVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 NPAPPIDAVEQILPTLVRLLHHDDPEVLADTCWAISYLTDGPNERIGMVVKTGVVPQLVK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 LLGASELPIVTPALRAIGNIVTGTDEQTQVVIDAGALAVFPSLLTNPKTNIQKEATWTMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LLGASELPIVTPALRAIGNIVTGTDEQTQVVIDAGALAVFPSLLTNPKTNIQKEATWTMS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 NITAGRQDQIQQVVNHGLVPFLVSVLSKADFKTQKEAVWAVTNYTSGGTVEQIVYLVHCG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 NITAGRQDQIQQVVNHGLVPFLVSVLSKADFKTQKEAVWAVTNYTSGGTVEQIVYLVHCG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 IIEPLMNLLTAKDTKIILVILDAISNIFQAAEKLGETEKLSIMIEECGGLDKIEALQNHE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 IIEPLMNLLTAKDTKIILVILDAISNIFQAAEKLGETEKLSIMIEECGGLDKIEALQNHE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520
pF1KB5 NESVYKASLSLIEKYFSVEEEEDQNVVPETTSEGYTFQVQDGAPGTFNF
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 NESVYKASLSLIEKYFSVEEEEDQNVVPETTSEGYTFQVQDGAPGTFNF
490 500 510 520
>>NP_001139187 (OMIM: 614107) importin subunit alpha-8 [ (516 aa)
initn: 1938 init1: 1141 opt: 1806 Z-score: 1910.1 bits: 363.1 E(85289): 1.2e-99
Smith-Waterman score: 1806; 55.1% identity (83.0% similar) in 512 aa overlap (8-517:5-507)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MSTNENANTPAARLHRFKNKGKDSTEMRRRRIEVNVELRKAKKDDQMLKRRNVSSFPDDA
..: : ..:: .::: . :..:. :..::::::::.: :::::..:: :.
NP_001 MPTLDAPEERRRKFKYRGKDVSLRRQQRMAVSLELRKAKKDEQTLKRRNITSFCPDT
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB5 TSPLQENRNNQGT-VNWSVDDIVKGINSSNVENQLQATQAARKLLSREKQPPIDNIIRAG
: ... .:. :. .. .:.::.:::. .::::.:::.::.::.::. .:.::
NP_001 PS----EKTAKGVAVSLTLGEIIKGVNSSDPVLCFQATQTARKMLSQEKNPPLKLVIEAG
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 LIPKFVSFLGRTDCSP-IQFESAWALTNIASGTSEQTKAVVDGGAIPAFISLLASPHAHI
:::..: :: ... : .:::.:::::::::::::::.:::.:::: .: ::.: .. .
NP_001 LIPRMVEFL-KSSLYPCLQFEAAWALTNIASGTSEQTRAVVEGGAIQPLIELLSSSNVAV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 SEQAVWALGNIAGDGSVFRDLVIKYGAVDPLLALLAVPDMSSLACGYLRNLTWTLSNLCR
:::::::::::::: ::: :: .:. ::::.. : .: .:::.:::::::::
NP_001 CEQAVWALGNIAGDGPEFRDNVITSNAIPHLLALIS-P---TLPITFLRNITWTLSNLCR
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 NKNPAPPIDAVEQILPTLVRLLHHDDPEVLADTCWAISYLTDGPNERIGMVVKTGVVPQL
:::: : ::.::::.:..::.:.: :::.:.:::.:::::: :.:::.::.:::.:.:
NP_001 NKNPYPCDTAVKQILPALLHLLQHQDSEVLSDACWALSYLTDGSNKRIGQVVNTGVLPRL
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 VKLLGASELPIVTPALRAIGNIVTGTDEQTQVVIDAGALAVFPSLLTNPKTNIQKEATWT
: :. .::: ..::.::..::::::::::::..:::: : :.:.:: . : .:::::.:.
NP_001 VVLMTSSELNVLTPSLRTVGNIVTGTDEQTQMAIDAGMLNVLPQLLQHNKPSIQKEAAWA
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 MSNITAGRQDQIQQVVNHGLVPFLVSVLSKADFKTQKEAVWAVTNYTSGGTVEQIVYLVH
.::..:: .:::.. . ..: ::..:....::.:::::: :.:...:.:..:.. :::
NP_001 LSNVAAGPCHHIQQLLAYDVLPPLVALLKNGEFKVQKEAVWMVANFATGATMDQLIQLVH
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 CGIIEPLMNLLTAKDTKIILVILDAISNIFQAAEKLGETEKLSIMIEECGGLDKIEALQN
:..:::.::::: :.::.:.:::.:: :.::::: .: :.: ..::: ::.:.:::::
NP_001 SGVLEPLVNLLTAPDVKIVLIILDVISCILQAAEKRSEKENLCLLIEELGGIDRIEALQL
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520
pF1KB5 HENESVYKASLSLIEKYFSVEEEEDQNVVPETTSEGYTFQVQDGAPGTFNF
:::... ...:..:::.:. ::.:.:... .. .. : :
NP_001 HENRQIGQSALNIIEKHFGEEEDESQTLLSQVIDQDYEFIDYECLAKK
470 480 490 500 510
>>XP_011514517 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin subuni (543 aa)
initn: 1938 init1: 1141 opt: 1806 Z-score: 1909.8 bits: 363.1 E(85289): 1.2e-99
Smith-Waterman score: 1806; 55.1% identity (83.0% similar) in 512 aa overlap (8-517:32-534)
10 20 30
pF1KB5 MSTNENANTPAARLHRFKNKGKDSTEMRRRRIEVNVE
..: : ..:: .::: . :..:. :..:
XP_011 KRSQVCRDPGQSSYFKGPSNLLLPVNMPTLDAPEERRRKFKYRGKDVSLRRQQRMAVSLE
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB5 LRKAKKDDQMLKRRNVSSFPDDATSPLQENRNNQGT-VNWSVDDIVKGINSSNVENQLQA
:::::::.: :::::..:: :. : ... .:. :. .. .:.::.:::. .::
XP_011 LRKAKKDEQTLKRRNITSFCPDTPS----EKTAKGVAVSLTLGEIIKGVNSSDPVLCFQA
70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB5 TQAARKLLSREKQPPIDNIIRAGLIPKFVSFLGRTDCSP-IQFESAWALTNIASGTSEQT
::.:::.::.::.::. .:.:::::..: :: ... : .:::.:::::::::::::::
XP_011 TQTARKMLSQEKNPPLKLVIEAGLIPRMVEFL-KSSLYPCLQFEAAWALTNIASGTSEQT
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB5 KAVVDGGAIPAFISLLASPHAHISEQAVWALGNIAGDGSVFRDLVIKYGAVDPLLALLAV
.:::.:::: .: ::.: .. . :::::::::::::: ::: :: .:. ::::..
XP_011 RAVVEGGAIQPLIELLSSSNVAVCEQAVWALGNIAGDGPEFRDNVITSNAIPHLLALIS-
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB5 PDMSSLACGYLRNLTWTLSNLCRNKNPAPPIDAVEQILPTLVRLLHHDDPEVLADTCWAI
: .: .:::.::::::::::::: : ::.::::.:..::.:.: :::.:.:::.
XP_011 P---TLPITFLRNITWTLSNLCRNKNPYPCDTAVKQILPALLHLLQHQDSEVLSDACWAL
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
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