Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5927
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5927, 567 aa
1>>>pF1KB5927 567 - 567 aa - 567 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0580+/-0.00084; mu= 19.8863+/- 0.051
mean_var=64.1993+/-13.218, 0's: 0 Z-trim(106.4): 23 B-trim: 178 in 2/50
Lambda= 0.160070
statistics sampled from 8955 (8963) to 8955 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.641), E-opt: 0.2 (0.275), width: 16
Scan time: 2.910
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6622.2 PGM5 gene_id:5239|Hs108|chr9 ( 567) 3806 887.9 0
CCDS53323.1 PGM1 gene_id:5236|Hs108|chr1 ( 580) 2755 645.2 6.3e-185
CCDS625.1 PGM1 gene_id:5236|Hs108|chr1 ( 562) 2650 621.0 1.2e-177
CCDS53324.1 PGM1 gene_id:5236|Hs108|chr1 ( 365) 1760 415.3 6.4e-116
>>CCDS6622.2 PGM5 gene_id:5239|Hs108|chr9 (567 aa)
initn: 3806 init1: 3806 opt: 3806 Z-score: 4745.3 bits: 887.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3806; 100.0% identity (100.0% similar) in 567 aa overlap (1-567:1-567)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MEGSPIPVLTVPTAPYEDQRPAGGGGLRRPTGLFEGQRNYLPNFIQSVLSSIDLRDRQGC
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CCDS66 MEGSPIPVLTVPTAPYEDQRPAGGGGLRRPTGLFEGQRNYLPNFIQSVLSSIDLRDRQGC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 TMVVGSDGRYFSRTAIEIVVQMAAANGIGRLIIGQNGILSTPAVSCIIRKIKAAGGIILT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 TMVVGSDGRYFSRTAIEIVVQMAAANGIGRLIIGQNGILSTPAVSCIIRKIKAAGGIILT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 ASHCPGGPGGEFGVKFNVANGGPAPDVVSDKIYQISKTIEEYAICPDLRIDLSRLGRQEF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 ASHCPGGPGGEFGVKFNVANGGPAPDVVSDKIYQISKTIEEYAICPDLRIDLSRLGRQEF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 DLENKFKPFRVEIVDPVDIYLNLLRTIFDFHAIKGLLTGPSQLKIRIDAMHGVMGPYVRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 DLENKFKPFRVEIVDPVDIYLNLLRTIFDFHAIKGLLTGPSQLKIRIDAMHGVMGPYVRK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 VLCDELGAPANSAINCVPLEDFGGQHPDPNLTYATTLLEAMKGGEYGFGAAFDADGDRYM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 VLCDELGAPANSAINCVPLEDFGGQHPDPNLTYATTLLEAMKGGEYGFGAAFDADGDRYM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 ILGQNGFFVSPSDSLAIIAANLSCIPYFRQMGVRGFGRSMPTSMALDRVAKSMKVPVYET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 ILGQNGFFVSPSDSLAIIAANLSCIPYFRQMGVRGFGRSMPTSMALDRVAKSMKVPVYET
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 PAGWRFFSNLMDSGRCNLCGEESFGTGSDHLREKDGLWAVLVWLSIIAARKQSVEEIVRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 PAGWRFFSNLMDSGRCNLCGEESFGTGSDHLREKDGLWAVLVWLSIIAARKQSVEEIVRD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 HWAKFGRHYYCRFDYEGLDPKTTYYIMRDLEALVTDKSFIGQQFAVGSHVYSVAKTDSFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 HWAKFGRHYYCRFDYEGLDPKTTYYIMRDLEALVTDKSFIGQQFAVGSHVYSVAKTDSFE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 YVDPVDGTVTKKQGLRIIFSDASRLIFRLSSSSGVRATLRLYAESYERDPSGHDQEPQAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 YVDPVDGTVTKKQGLRIIFSDASRLIFRLSSSSGVRATLRLYAESYERDPSGHDQEPQAV
490 500 510 520 530 540
550 560
pF1KB5 LSPLIAIALKISQIHERTGRRGPTVIT
:::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 LSPLIAIALKISQIHERTGRRGPTVIT
550 560
>>CCDS53323.1 PGM1 gene_id:5236|Hs108|chr1 (580 aa)
initn: 2670 init1: 2670 opt: 2755 Z-score: 3433.5 bits: 645.2 E(32554): 6.3e-185
Smith-Waterman score: 2755; 67.7% identity (91.2% similar) in 567 aa overlap (1-567:15-580)
10 20 30 40
pF1KB5 MEGSPIPVLTVPTAPYEDQRPAGGGGLRRPTGLFEGQRNYLPNFIQ
:: .:.:.:: ::::.::.: : .:::. : :: . :: ::::
CCDS53 MSDFEEWISGTYRKMEEGPLPLLTFATAPYHDQKP-GTSGLRKKTYYFEEKPCYLENFIQ
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB5 SVLSSIDLRDRQGCTMVVGSDGRYFSRTAIEIVVQMAAANGIGRLIIGQNGILSTPAVSC
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CCDS53 SIFFSIDLKDRQGSSLVVGGDGRYFNKSAIETIVQMAAANGIGRLVIGQNGILSTPAVSC
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 IIRKIKAAGGIILTASHCPGGPGGEFGVKFNVANGGPAPDVVSDKIYQISKTIEEYAICP
::::::: ::::::::: ::::.:.::.:::..::::::....:::.::::::::::.::
CCDS53 IIRKIKAIGGIILTASHNPGGPNGDFGIKFNISNGGPAPEAITDKIFQISKTIEEYAVCP
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 DLRIDLSRLGRQEFDLENKFKPFRVEIVDPVDIYLNLLRTIFDFHAIKGLLTGPSQLKIR
::..::. ::.:.:::::::::: ::::: :. : ..::.:::: :.: ::.::..::::
CCDS53 DLKVDLGVLGKQQFDLENKFKPFTVEIVDSVEAYATMLRSIFDFSALKELLSGPNRLKIR
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 IDAMHGVMGPYVRKVLCDELGAPANSAINCVPLEDFGGQHPDPNLTYATTLLEAMKGGEY
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CCDS53 IDAMHGVVGPYVKKILCEELGAPANSAVNCVPLEDFGGHHPDPNLTYAADLVETMKSGEH
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 GFGAAFDADGDRYMILGQNGFFVSPSDSLAIIAANLSCIPYFRQMGVRGFGRSMPTSMAL
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CCDS53 DFGAAFDGDGDRNMILGKHGFFVNPSDSVAVIAANIFSIPYFQQTGVRGFARSMPTSGAL
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 DRVAKSMKVPVYETPAGWRFFSNLMDSGRCNLCGEESFGTGSDHLREKDGLWAVLVWLSI
::::.. :. .::::.::.::.::::... .:::::::::::::.::::::::::.::::
CCDS53 DRVASATKIALYETPTGWKFFGNLMDASKLSLCGEESFGTGSDHIREKDGLWAVLAWLSI
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 IAARKQSVEEIVRDHWAKFGRHYYCRFDYEGLDPKTTYYIMRDLEALVTDKSFIGQQFAV
.:.::::::.:..::: :.::... :.::: .. . . .:.:::::. :.::.:.::..
CCDS53 LATRKQSVEDILKDHWQKYGRNFFTRYDYEEVEAEGANKMMKDLEALMFDRSFVGKQFSA
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KB5 GSHVYSVAKTDSFEYVDPVDGTVTKKQGLRIIFSDASRLIFRLSSSSGVRATLRLYAESY
...::.: :.:.::: :::::.....::::.::.:.::..::::..... ::.::: .::
CCDS53 NDKVYTVEKADNFEYSDPVDGSISRNQGLRLIFTDGSRIVFRLSGTGSAGATIRLYIDSY
480 490 500 510 520 530
530 540 550 560
pF1KB5 ERDPSGHDQEPQAVLSPLIAIALKISQIHERTGRRGPTVIT
:.: . .:.::..:.:::.::::.::..::::: .:::::
CCDS53 EKDVAKINQDPQVMLAPLISIALKVSQLQERTGRTAPTVIT
540 550 560 570 580
>>CCDS625.1 PGM1 gene_id:5236|Hs108|chr1 (562 aa)
initn: 2604 init1: 2604 opt: 2650 Z-score: 3302.6 bits: 621.0 E(32554): 1.2e-177
Smith-Waterman score: 2650; 65.1% identity (90.7% similar) in 562 aa overlap (6-567:2-562)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MEGSPIPVLTVPTAPYEDQRPAGGGGLRRPTGLFEGQRNYLPNFIQSVLSSIDLRDRQGC
. ..:: : :.::.: : .:::. . .:... :: :::::..:... .::
CCDS62 MVKIVTVKTQAYQDQKP-GTSGLRKRVKVFQSSANYAENFIQSIISTVEPAQRQEA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 TMVVGSDGRYFSRTAIEIVVQMAAANGIGRLIIGQNGILSTPAVSCIIRKIKAAGGIILT
:.:::.:::.. . ::......:::::::::.::::::::::::::::::::: ::::::
CCDS62 TLVVGGDGRFYMKEAIQLIARIAAANGIGRLVIGQNGILSTPAVSCIIRKIKAIGGIILT
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 ASHCPGGPGGEFGVKFNVANGGPAPDVVSDKIYQISKTIEEYAICPDLRIDLSRLGRQEF
::: ::::.:.::.:::..::::::....:::.::::::::::.::::..::. ::.:.:
CCDS62 ASHNPGGPNGDFGIKFNISNGGPAPEAITDKIFQISKTIEEYAVCPDLKVDLGVLGKQQF
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 DLENKFKPFRVEIVDPVDIYLNLLRTIFDFHAIKGLLTGPSQLKIRIDAMHGVMGPYVRK
::::::::: ::::: :. : ..::.:::: :.: ::.::..:::::::::::.::::.:
CCDS62 DLENKFKPFTVEIVDSVEAYATMLRSIFDFSALKELLSGPNRLKIRIDAMHGVVGPYVKK
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 VLCDELGAPANSAINCVPLEDFGGQHPDPNLTYATTLLEAMKGGEYGFGAAFDADGDRYM
.::.:::::::::.::::::::::.:::::::::. :.:.::.::. ::::::.:::: :
CCDS62 ILCEELGAPANSAVNCVPLEDFGGHHPDPNLTYAADLVETMKSGEHDFGAAFDGDGDRNM
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 ILGQNGFFVSPSDSLAIIAANLSCIPYFRQMGVRGFGRSMPTSMALDRVAKSMKVPVYET
:::..::::.::::.:.::::. ::::.: :::::.:::::: ::::::.. :. .:::
CCDS62 ILGKHGFFVNPSDSVAVIAANIFSIPYFQQTGVRGFARSMPTSGALDRVASATKIALYET
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 PAGWRFFSNLMDSGRCNLCGEESFGTGSDHLREKDGLWAVLVWLSIIAARKQSVEEIVRD
:.::.::.::::... .:::::::::::::.::::::::::.::::.:.::::::.:..:
CCDS62 PTGWKFFGNLMDASKLSLCGEESFGTGSDHIREKDGLWAVLAWLSILATRKQSVEDILKD
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 HWAKFGRHYYCRFDYEGLDPKTTYYIMRDLEALVTDKSFIGQQFAVGSHVYSVAKTDSFE
:: :.::... :.::: .. . . .:.:::::. :.::.:.::.....::.: :.:.::
CCDS62 HWQKYGRNFFTRYDYEEVEAEGANKMMKDLEALMFDRSFVGKQFSANDKVYTVEKADNFE
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 YVDPVDGTVTKKQGLRIIFSDASRLIFRLSSSSGVRATLRLYAESYERDPSGHDQEPQAV
: :::::.....::::.::.:.::..::::..... ::.::: .:::.: . .:.::..
CCDS62 YSDPVDGSISRNQGLRLIFTDGSRIVFRLSGTGSAGATIRLYIDSYEKDVAKINQDPQVM
480 490 500 510 520 530
550 560
pF1KB5 LSPLIAIALKISQIHERTGRRGPTVIT
:.:::.::::.::..::::: .:::::
CCDS62 LAPLISIALKVSQLQERTGRTAPTVIT
540 550 560
>>CCDS53324.1 PGM1 gene_id:5236|Hs108|chr1 (365 aa)
initn: 1760 init1: 1760 opt: 1760 Z-score: 2194.6 bits: 415.3 E(32554): 6.4e-116
Smith-Waterman score: 1760; 66.0% identity (92.3% similar) in 365 aa overlap (203-567:1-365)
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 SRLGRQEFDLENKFKPFRVEIVDPVDIYLNLLRTIFDFHAIKGLLTGPSQLKIRIDAMHG
.::.:::: :.: ::.::..::::::::::
CCDS53 MLRSIFDFSALKELLSGPNRLKIRIDAMHG
10 20 30
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 VMGPYVRKVLCDELGAPANSAINCVPLEDFGGQHPDPNLTYATTLLEAMKGGEYGFGAAF
:.::::.:.::.:::::::::.::::::::::.:::::::::. :.:.::.::. :::::
CCDS53 VVGPYVKKILCEELGAPANSAVNCVPLEDFGGHHPDPNLTYAADLVETMKSGEHDFGAAF
40 50 60 70 80 90
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 DADGDRYMILGQNGFFVSPSDSLAIIAANLSCIPYFRQMGVRGFGRSMPTSMALDRVAKS
:.:::: ::::..::::.::::.:.::::. ::::.: :::::.:::::: ::::::..
CCDS53 DGDGDRNMILGKHGFFVNPSDSVAVIAANIFSIPYFQQTGVRGFARSMPTSGALDRVASA
100 110 120 130 140 150
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 MKVPVYETPAGWRFFSNLMDSGRCNLCGEESFGTGSDHLREKDGLWAVLVWLSIIAARKQ
:. .::::.::.::.::::... .:::::::::::::.::::::::::.::::.:.:::
CCDS53 TKIALYETPTGWKFFGNLMDASKLSLCGEESFGTGSDHIREKDGLWAVLAWLSILATRKQ
160 170 180 190 200 210
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 SVEEIVRDHWAKFGRHYYCRFDYEGLDPKTTYYIMRDLEALVTDKSFIGQQFAVGSHVYS
:::.:..::: :.::... :.::: .. . . .:.:::::. :.::.:.::.....::.
CCDS53 SVEDILKDHWQKYGRNFFTRYDYEEVEAEGANKMMKDLEALMFDRSFVGKQFSANDKVYT
220 230 240 250 260 270
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 VAKTDSFEYVDPVDGTVTKKQGLRIIFSDASRLIFRLSSSSGVRATLRLYAESYERDPSG
: :.:.::: :::::.....::::.::.:.::..::::..... ::.::: .:::.: .
CCDS53 VEKADNFEYSDPVDGSISRNQGLRLIFTDGSRIVFRLSGTGSAGATIRLYIDSYEKDVAK
280 290 300 310 320 330
540 550 560
pF1KB5 HDQEPQAVLSPLIAIALKISQIHERTGRRGPTVIT
.:.::..:.:::.::::.::..::::: .:::::
CCDS53 INQDPQVMLAPLISIALKVSQLQERTGRTAPTVIT
340 350 360
567 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 10:43:26 2016 done: Sat Nov 5 10:43:26 2016
Total Scan time: 2.910 Total Display time: 0.040
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]