FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5935, 508 aa
  1>>>pF1KB5935 508 - 508 aa - 508 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.6704+/-0.000869; mu= 7.0818+/- 0.052
 mean_var=113.7119+/-22.680, 0's: 0 Z-trim(109.8): 20  B-trim: 0 in 0/51
 Lambda= 0.120274
 statistics sampled from 11100 (11116) to 11100 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.701), E-opt: 0.2 (0.341), width:  16
 Scan time:  3.150

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS41809.1 FRS2 gene_id:10818|Hs108|chr12         ( 508) 3417 603.8 1.5e-172
CCDS4860.1 FRS3 gene_id:10817|Hs108|chr6           ( 492)  880 163.5 4.8e-40


>>CCDS41809.1 FRS2 gene_id:10818|Hs108|chr12              (508 aa)
 initn: 3417 init1: 3417 opt: 3417  Z-score: 3211.3  bits: 603.8 E(32554): 1.5e-172
Smith-Waterman score: 3417; 100.0% identity (100.0% similar) in 508 aa overlap (1-508:1-508)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MGSCCSCPDKDTVPDNHRNKFKVINVDDDGNELGSGIMELTDTELILYTRKRDSVKWHYL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 MGSCCSCPDKDTVPDNHRNKFKVINVDDDGNELGSGIMELTDTELILYTRKRDSVKWHYL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 CLRRYGYDSNLFSFESGRRCQTGQGIFAFKCARAEELFNMLQEIMQNNSINVVEEPVVER
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 CLRRYGYDSNLFSFESGRRCQTGQGIFAFKCARAEELFNMLQEIMQNNSINVVEEPVVER
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 NNHQTELEVPRTPRTPTTPGFAAQNLPNGYPRYPSFGDASSHPSSRHPSVGSARLPSVGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 NNHQTELEVPRTPRTPTTPGFAAQNLPNGYPRYPSFGDASSHPSSRHPSVGSARLPSVGE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 ESTHPLLVAEEQVHTYVNTTGVQEERKNRTSVHVPLEARVSNAESSTPKEEPSSIEDRDP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 ESTHPLLVAEEQVHTYVNTTGVQEERKNRTSVHVPLEARVSNAESSTPKEEPSSIEDRDP
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 QILLEPEGVKFVLGPTPVQKQLMEKEKLEQLGRDQVSGSGANNTEWDTGYDSDERRDAPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 QILLEPEGVKFVLGPTPVQKQLMEKEKLEQLGRDQVSGSGANNTEWDTGYDSDERRDAPS
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 VNKLVYENINGLSIPSASGVRRGRLTSTSTSDTQNINNSAQRRTALLNYENLPSLPPVWE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 VNKLVYENINGLSIPSASGVRRGRLTSTSTSDTQNINNSAQRRTALLNYENLPSLPPVWE
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 ARKLSRDEDDNLGPKTPSLNGYHNNLDPMHNYVNTENVTVPASAHKIEYSRRRDCTPTVF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 ARKLSRDEDDNLGPKTPSLNGYHNNLDPMHNYVNTENVTVPASAHKIEYSRRRDCTPTVF
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 NFDIRRPSLEHRQLNYIQVDLEGGSDSDNPQTPKTPTTPLPQTPTRRTELYAVIDIERTA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 NFDIRRPSLEHRQLNYIQVDLEGGSDSDNPQTPKTPTTPLPQTPTRRTELYAVIDIERTA
              430       440       450       460       470       480

              490       500        
pF1KB5 AMSNLQKALPRDDGTSRKTRHNSTDLPM
       ::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 AMSNLQKALPRDDGTSRKTRHNSTDLPM
              490       500        

>>CCDS4860.1 FRS3 gene_id:10817|Hs108|chr6                (492 aa)
 initn: 1402 init1: 663 opt: 880  Z-score: 832.4  bits: 163.5 E(32554): 4.8e-40
Smith-Waterman score: 1524; 48.6% identity (73.4% similar) in 523 aa overlap (1-508:1-492)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MGSCCSCPDKDTVPDNHRNKFKVINVDDDGNELGSGIMELTDTELILYTRKRDSVKWHYL
       ::::::: ..:.::::: .:::: ::::.: :::::.::::..::.:. ..:..:.: ::
CCDS48 MGSCCSCLNRDSVPDNHPTKFKVTNVDDEGVELGSGVMELTQSELVLHLHRREAVRWPYL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110          
pF1KB5 CLRRYGYDSNLFSFESGRRCQTGQGIFAFKCARAEELFNMLQEIMQNNSINVVEEPVV-E
       :::::::::::::::::::::::::::::::.::::.::.::..:: :::::.::::.  
CCDS48 CLRRYGYDSNLFSFESGRRCQTGQGIFAFKCSRAEEIFNLLQDLMQCNSINVMEEPVIIT
               70        80        90       100       110       120

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB5 RNNHQTELEVPRTPRTPTTPGFAAQNLPNGYPRYPSFGDASSHPSSRHPSVGSARLPSVG
       ::.: .::..::.:. :.. :...... :: :     :..    . :. :..: : ::.:
CCDS48 RNSHPAELDLPRAPQPPNALGYTVSSFSNGCP-----GEGPRFSAPRRLSTSSLRHPSLG
              130       140       150            160       170     

     180       190       200        210       220        230       
pF1KB5 EESTHPLLVAEEQVHTYVNTTGVQEE-RKNRTSVHVPLEARVSNAESSTP-KEEPSSIED
       ::::: :.. .:: :::::: . ... :..:  .. ::       :...:   .  . ..
CCDS48 EESTHALIAPDEQSHTYVNTPASEDDHRRGRHCLQ-PL------PEGQAPFLPQARGPDQ
         180       190       200       210              220        

       240       250       260       270       280       290       
pF1KB5 RDPQILLEPEGVKFVLGPTPVQKQLMEKEKLEQLGRDQVSGSGANNTEWDTGYDSDERRD
       ::::..:.:  :::::::::....... . :    .:    .  ::.:  .        .
CCDS48 RDPQVFLQPGQVKFVLGPTPARRHMVKCQGLCPSLHDPPHHN--NNNEAPS--------E
      230       240       250       260       270                  

       300       310       320       330       340       350       
pF1KB5 APSVNKLVYENINGLSIPSASGVRRGRLTSTSTSDTQNINNSAQRRTALLNYENLPSLPP
        :.  : .:::..:       :. ::     :  .  . :. :.::.:::.::::: :::
CCDS48 CPAQPKCTYENVTG-------GLWRGAGWRLSPEEP-GWNGLAHRRAALLHYENLPPLPP
      280       290              300        310       320       330

       360            370       380          390       400         
pF1KB5 VWE--ARKL---SRDEDDNLGPKTPSLNGYHNNLD---PMHNYVNTENVTVPASAHKIEY
       :::  :..:   . :. :.    ::: ::. .. .   :... ..:. .    ..  .  
CCDS48 VWESQAQQLGGEAGDDGDSRDGLTPSSNGFPDGEEDETPLQKPTSTRAAIRSHGSFPVPL
              340       350       360       370       380       390

     410       420       430        440         450       460      
pF1KB5 SRRRDCTPTVFNFDIRRPSLEH-RQLNYIQVDLEG-GSDSDN-PQTPKTPTTPLPQT-PT
       .:::  .: :::::.:::. :  ::::::::.:.: :.:  . ::.:..: .:.: : :.
CCDS48 TRRRG-SPRVFNFDFRRPGPEPPRQLNYIQVELKGWGGDRPKGPQNPSSPQAPMPTTHPA
               400       410       420       430       440         

         470       480       490       500        
pF1KB5 RRTELYAVIDIERTAAMSNLQKALPRDDGTSRKTRHNSTDLPM
       : .. :::::...:.::::::.::::::::.:::::::::::.
CCDS48 RSSDSYAVIDLKKTVAMSNLQRALPRDDGTARKTRHNSTDLPL
     450       460       470       480       490  




508 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Sat Nov  5 10:43:58 2016 done: Sat Nov  5 10:43:59 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]