Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5954
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5954, 548 aa
1>>>pF1KB5954 548 - 548 aa - 548 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3114+/-0.000968; mu= 13.3525+/- 0.058
mean_var=81.8110+/-16.246, 0's: 0 Z-trim(106.4): 15 B-trim: 165 in 1/48
Lambda= 0.141797
statistics sampled from 8934 (8942) to 8934 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.65), E-opt: 0.2 (0.275), width: 16
Scan time: 2.710
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS32837.1 NARS gene_id:4677|Hs108|chr18 ( 548) 3749 777.0 0
CCDS2180.1 DARS gene_id:1615|Hs108|chr2 ( 501) 523 117.0 5.4e-26
CCDS8261.1 NARS2 gene_id:79731|Hs108|chr11 ( 477) 492 110.6 4.2e-24
CCDS58164.1 NARS2 gene_id:79731|Hs108|chr11 ( 250) 433 98.5 1e-20
>>CCDS32837.1 NARS gene_id:4677|Hs108|chr18 (548 aa)
initn: 3749 init1: 3749 opt: 3749 Z-score: 4146.2 bits: 777.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3749; 100.0% identity (100.0% similar) in 548 aa overlap (1-548:1-548)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MVLAELYVSDREGSDATGDGTKEKPFKTGLKALMTVGKEPFPTIYVDSQKENERWNVISK
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CCDS32 MVLAELYVSDREGSDATGDGTKEKPFKTGLKALMTVGKEPFPTIYVDSQKENERWNVISK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 SQLKNIKKMWHREQMKSESREKKEAEDSLRREKNLEEAKKITIKNDPSLPEPKCVKIGAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SQLKNIKKMWHREQMKSESREKKEAEDSLRREKNLEEAKKITIKNDPSLPEPKCVKIGAL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 EGYRGQRVKVFGWVHRLRRQGKNLMFLVLRDGTGYLQCVLADELCQCYNGVLLSTESSVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 EGYRGQRVKVFGWVHRLRRQGKNLMFLVLRDGTGYLQCVLADELCQCYNGVLLSTESSVA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 VYGMLNLTPKGKQAPGGHELSCDFWELIGLAPAGGADNLINEESDVDVQLNNRHMMIRGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VYGMLNLTPKGKQAPGGHELSCDFWELIGLAPAGGADNLINEESDVDVQLNNRHMMIRGE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 NMSKILKARSMVTRCFRDHFFDRGYYEVTPPTLVQTQVEGGATLFKLDYFGEEAFLTQSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 NMSKILKARSMVTRCFRDHFFDRGYYEVTPPTLVQTQVEGGATLFKLDYFGEEAFLTQSS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 QLYLETCLPALGDVFCIAQSYRAEQSRTRRHLAEYTHVEAECPFLTFDDLLNRLEDLVCD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 QLYLETCLPALGDVFCIAQSYRAEQSRTRRHLAEYTHVEAECPFLTFDDLLNRLEDLVCD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 VVDRILKSPAGSIVHELNPNFQPPKRPFKRMNYSDAIVWLKEHDVKKEDGTFYEFGEDIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VVDRILKSPAGSIVHELNPNFQPPKRPFKRMNYSDAIVWLKEHDVKKEDGTFYEFGEDIP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 EAPERLMTDTINEPILLCRFPVEIKSFYMQRCPEDSRLTESVDVLMPNVGEIVGGSMRIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 EAPERLMTDTINEPILLCRFPVEIKSFYMQRCPEDSRLTESVDVLMPNVGEIVGGSMRIF
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 DSEEILAGYKREGIDPTPYYWYTDQRKYGTCPHGGYGLGLERFLTWILNRYHIRDVCLYP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 DSEEILAGYKREGIDPTPYYWYTDQRKYGTCPHGGYGLGLERFLTWILNRYHIRDVCLYP
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 RFVQRCTP
::::::::
CCDS32 RFVQRCTP
>>CCDS2180.1 DARS gene_id:1615|Hs108|chr2 (501 aa)
initn: 439 init1: 182 opt: 523 Z-score: 580.2 bits: 117.0 E(32554): 5.4e-26
Smith-Waterman score: 529; 26.7% identity (58.1% similar) in 472 aa overlap (110-548:41-501)
80 90 100 110 120 130
pF1KB5 REKKEAEDSLRREKNLEEAKKITIKNDPSLPEPKCVKIGALEGYRGQRVK-VFGWVHRLR
:. :.. : ....: : . :: :
CCDS21 QEKPREIMDAAEDYAKERYGISSMIQSQEKPDRVLVRVRDLTIQKADEVVWVRARVHTSR
20 30 40 50 60 70
140 150 160 170 180 190
pF1KB5 RQGKNLMFLVLRDGTGYLQCVLA--DELCQCYN--GVLLSTESSVAVYGMLNLTPK--GK
.::. :::::. .: ..: :. . . .. .. :: : : :.. . . :.
CCDS21 AKGKQC-FLVLRQQQFNVQALVAVGDHASKQMVKFAANINKESIVDVEGVVRKVNQKIGS
80 90 100 110 120
200 210 220 230
pF1KB5 QAPGGHELSCDFWELIGLAPAG---GADNLINEESD----------VDVQLNNRHMMIRG
. :: . .:.:: :. . :.. :..:.:: . .:
CCDS21 CTQQDVELHVQKIYVISLAEPRLPLQLDDAVRPEAEGEEEGRATVNQDTRLDNRVIDLRT
130 140 150 160 170 180
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 ENMSKILKARSMVTRCFRDHFFDRGYYEVTPPTLVQTQVEGGATLFKLDYFGEEAFLTQS
. . ... .: . . ::. ....:. :. : .... ::::..: ..:: ..:.:.::
CCDS21 STSQAVFRLQSGICHLFRETLINKGFVEIQTPKIISAASEGGANVFTVSYFKNNAYLAQS
190 200 210 220 230 240
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 SQLYLETCLPA-LGDVFCIAQSYRAEQSRTRRHLAEYTHVEAECPF-LTFDDLLNRLEDL
::: . :. : . :: :. .:::.: :.:::.:.. .. : : . ...... :
CCDS21 PQLYKQMCICADFEKVFSIGPVFRAEDSNTHRHLTEFVGLDIEMAFNYHYHEVMEEIADT
250 260 270 280 290 300
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 VCDVVDRILKSPAGSIVHELNPNFQPPKRPFK------RMNYSDAIVWLKEHDVKKEDGT
. .. . :. . .. .: .: : .::: :..: .:.. :.: :. :
CCDS21 MVQIF-KGLQERFQTEIQTVNKQF--PCEPFKFLEPTLRLEYCEALAMLREAGVEMGDE-
310 320 330 340 350 360
420 430 440 450 460
pF1KB5 FYEFGEDIPEAPERLMTDTINEPI-----LLCRFPVEIKSFYMQRCPEDSRLTESVDVLM
.:. :.:. ..: .: ..:. .. :: . :.. . ..: :..:
CCDS21 -----DDLSTPNEKLLGHLVKEKYDTDFYILDKYPLAVRPFYTMPDPRNPKQSNSYDMFM
370 380 390 400 410 420
470 480 490 500 510 520
pF1KB5 PNVGEIVGGSMRIFDSEEILAGYKREGIDPTPYYWYTDQRKYGTCPHGGYGLGLERFLTW
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CCDS21 RGE-EILSGAQRIHDPQLLTERALHHGIDLEKIKAYIDSFRFGAPPHAGGGIGLERVTML
430 440 450 460 470
530 540
pF1KB5 ILNRYHIRDVCLYPRFVQRCTP
.:. ...:.. ..:: .: ::
CCDS21 FLGLHNVRQTSMFPRDPKRLTP
480 490 500
>>CCDS8261.1 NARS2 gene_id:79731|Hs108|chr11 (477 aa)
initn: 516 init1: 186 opt: 492 Z-score: 546.2 bits: 110.6 E(32554): 4.2e-24
Smith-Waterman score: 656; 31.8% identity (59.1% similar) in 472 aa overlap (104-546:21-475)
80 90 100 110 120 130
pF1KB5 QMKSESREKKEAEDSLRREKNLEEAKKITIKNDPSLPEPKCVKIGALEGYRGQRVKVFGW
:. :: .:: .. :.:.:. ::
CCDS82 MLGVRCLLRSVRFCSSAPFPKHKPSAKLSVRDALGA-QNASGERIKIQGW
10 20 30 40
140 150 160 170 180 190
pF1KB5 VHRLRRQGKNLMFLVLRDGTGY--LQCVLADELCQCYNGVLLSTESSVAVYGMLNLTPKG
.. .: : :...:: . ::.. :: :.:: . .. :. ::: : :.: .:.
CCDS82 IRSVRSQ-KEVLFLHVNDGSSLESLQ-VVAD---SGLDSRELNFGSSVEVQGQLIKSPSK
50 60 70 80 90 100
200 210 220 230 240 250
pF1KB5 KQAPGGHELSCDFWELIGLAPAGGADNLINEESDVDVQLNNRHMMIRGENMSKILKARSM
.: ::. . ..:: : .:. .. . :. : . ...::. ::
CCDS82 RQNV---ELKAEKIKVIGNCDAKDFPIKYKERHPLEYLRQYPHFRCRTNVLGSILRIRSE
110 120 130 140 150 160
260 270 280 290 300
pF1KB5 VTRCFRDHFFDRGYYEVTPPTLVQTQVEGGATLFKLD-----------YFGEEAFLTQSS
.: ... : : :. .. : ..... ::.. ::.:. .:. :::: :.
CCDS82 ATAAIHSFFKDSGFVHIHTPIITSNDSEGAGELFQLEPSGKLKVPEENFFNVPAFLTVSG
170 180 190 200 210 220
310 320 330 340 350
pF1KB5 QLYLETCLPALGDVFCIAQSYRAEQSRTRRHLAEYTHVEAECPFL-TFDDLLNRLEDLVC
::.::. :. .:: .. ..:::.:..::::::. .::: :. ...::.. .:.:
CCDS82 QLHLEVMSGAFTQVFTFGPTFRAENSQSRRHLAEFYMIEAEISFVDSLQDLMQVIEELFK
230 240 250 260 270 280
360 370 380 390 400
pF1KB5 DVVDRIL-KSPAGSIVHELNPNFQPP----------KRPFKRMNYSDAIVWLKEHDVKKE
.. .: : : :: .: : : : ..:..:. ::. ..
CCDS82 ATTMMVLSKCPEDV---ELCHKFIAPGQKDRLEHMLKNNFLIISYTEAVEILKQ---ASQ
290 300 310 320 330
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 DGTFY-EFGEDIPEAPER-LMTDTINEPILLCRFPVEIKSFYMQRCPEDS--RLTESVDV
. :: :.: :. :. :. : :... .:. .: ::: : ::. . . .::.
CCDS82 NFTFTPEWGADLRTEHEKYLVKHCGNIPVFVINYPLTLKPFYM-RDNEDGPQHTVAAVDL
340 350 360 370 380 390
470 480 490 500 510 520
pF1KB5 LMPNVGEIVGGSMRIFDSEEILAGYKREGIDPTPYYWYTDQRKYGTCPHGGYGLGLERFL
:.:.:::. ::..: . . : :. . : :: : :..:. ::::.:.:.::.:
CCDS82 LVPGVGELFGGGLREERYHFLEERLARSGLTEV-YQWYLDLRRFGSVPHGGFGMGFERYL
400 410 420 430 440 450
530 540
pF1KB5 TWILNRYHIRDVCLYPRFVQRCTP
::. .:.:: .::: . :
CCDS82 QCILGVDNIKDVIPFPRFPHSCLL
460 470
>>CCDS58164.1 NARS2 gene_id:79731|Hs108|chr11 (250 aa)
initn: 375 init1: 186 opt: 433 Z-score: 485.5 bits: 98.5 E(32554): 1e-20
Smith-Waterman score: 433; 34.4% identity (61.3% similar) in 253 aa overlap (310-546:4-248)
280 290 300 310 320 330
pF1KB5 GGATLFKLDYFGEEAFLTQSSQLYLETCLPALGDVFCIAQSYRAEQSRTRRHLAEYTHVE
:. .:: .. ..:::.:..::::::. .:
CCDS58 MSGAFTQVFTFGPTFRAENSQSRRHLAEFYMIE
10 20 30
340 350 360 370 380
pF1KB5 AECPFL-TFDDLLNRLEDLVCDVVDRIL-KSPAGSIVHELNPNFQPP----------KRP
:: :. ...::.. .:.: .. .: : : :: .: : :
CCDS58 AEISFVDSLQDLMQVIEELFKATTMMVLSKCPEDV---ELCHKFIAPGQKDRLEHMLKNN
40 50 60 70 80 90
390 400 410 420 430 440
pF1KB5 FKRMNYSDAIVWLKEHDVKKEDGTFY-EFGEDIPEAPER-LMTDTINEPILLCRFPVEIK
: ..:..:. ::. ... :: :.: :. :. :. : :... .:. .:
CCDS58 FLIISYTEAVEILKQ---ASQNFTFTPEWGADLRTEHEKYLVKHCGNIPVFVINYPLTLK
100 110 120 130 140
450 460 470 480 490 500
pF1KB5 SFYMQRCPEDS--RLTESVDVLMPNVGEIVGGSMRIFDSEEILAGYKREGIDPTPYYWYT
::: : ::. . . .::.:.:.:::. ::..: . . : :. . : ::
CCDS58 PFYM-RDNEDGPQHTVAAVDLLVPGVGELFGGGLREERYHFLEERLARSGLTEV-YQWYL
150 160 170 180 190 200
510 520 530 540
pF1KB5 DQRKYGTCPHGGYGLGLERFLTWILNRYHIRDVCLYPRFVQRCTP
: :..:. ::::.:.:.::.: ::. .:.:: .::: . :
CCDS58 DLRRFGSVPHGGFGMGFERYLQCILGVDNIKDVIPFPRFPHSCLL
210 220 230 240 250
548 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 18:59:41 2016 done: Sat Nov 5 18:59:41 2016
Total Scan time: 2.710 Total Display time: 0.000
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]