FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5957, 513 aa
1>>>pF1KB5957 513 - 513 aa - 513 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8495+/-0.00106; mu= 12.1450+/- 0.063
mean_var=156.0615+/-32.115, 0's: 0 Z-trim(109.9): 165 B-trim: 471 in 1/50
Lambda= 0.102666
statistics sampled from 11000 (11184) to 11000 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.709), E-opt: 0.2 (0.344), width: 16
Scan time: 2.920
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4654.1 TRIM27 gene_id:5987|Hs108|chr6 ( 513) 3570 541.0 1.2e-153
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CCDS5678.1 TRIM4 gene_id:89122|Hs108|chr7 ( 474) 842 136.9 4.8e-32
CCDS4462.1 TRIM7 gene_id:81786|Hs108|chr5 ( 511) 788 129.0 1.3e-29
CCDS34375.1 TRIM10 gene_id:10107|Hs108|chr6 ( 481) 746 122.7 9.2e-28
CCDS31048.1 TRIM11 gene_id:81559|Hs108|chr1 ( 468) 735 121.1 2.8e-27
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CCDS43414.1 TRIM7 gene_id:81786|Hs108|chr5 ( 329) 683 113.2 4.5e-25
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CCDS31389.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 ( 516) 680 113.0 8.5e-25
CCDS4463.1 TRIM7 gene_id:81786|Hs108|chr5 ( 303) 676 112.2 8.8e-25
CCDS56403.1 BTN2A2 gene_id:10385|Hs108|chr6 ( 313) 675 112.0 1e-24
CCDS56405.1 BTN2A1 gene_id:11120|Hs108|chr6 ( 466) 677 112.5 1.1e-24
CCDS4613.1 BTN2A1 gene_id:11120|Hs108|chr6 ( 527) 677 112.5 1.2e-24
CCDS4607.1 BTN2A2 gene_id:10385|Hs108|chr6 ( 407) 675 112.1 1.2e-24
CCDS4606.1 BTN2A2 gene_id:10385|Hs108|chr6 ( 523) 675 112.2 1.4e-24
CCDS44327.1 TRIM17 gene_id:51127|Hs108|chr1 ( 343) 672 111.6 1.4e-24
CCDS31393.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 493) 674 112.1 1.5e-24
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CCDS31391.1 TRIM34 gene_id:53840|Hs108|chr11 ( 488) 672 111.8 1.9e-24
CCDS31356.1 TRIM68 gene_id:55128|Hs108|chr11 ( 485) 647 108.1 2.4e-23
CCDS34378.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 ( 488) 646 107.9 2.7e-23
CCDS78121.1 RPP21 gene_id:202658|Hs108|chr6 ( 503) 640 107.0 5.1e-23
CCDS4676.1 TRIM10 gene_id:10107|Hs108|chr6 ( 395) 637 106.5 5.8e-23
CCDS44525.1 TRIM21 gene_id:6737|Hs108|chr11 ( 475) 633 106.0 1e-22
CCDS4678.1 TRIM26 gene_id:7726|Hs108|chr6 ( 539) 627 105.1 2e-22
CCDS4611.1 BTN3A3 gene_id:10384|Hs108|chr6 ( 584) 601 101.3 3.1e-21
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CCDS1636.1 TRIM58 gene_id:25893|Hs108|chr1 ( 486) 598 100.8 3.7e-21
CCDS47388.1 BTN3A1 gene_id:11119|Hs108|chr6 ( 461) 592 99.9 6.6e-21
CCDS4608.1 BTN3A1 gene_id:11119|Hs108|chr6 ( 513) 592 99.9 7.1e-21
CCDS4677.1 TRIM15 gene_id:89870|Hs108|chr6 ( 465) 577 97.7 3.1e-20
CCDS34374.1 TRIM31 gene_id:11074|Hs108|chr6 ( 425) 574 97.2 3.9e-20
CCDS4460.2 BTNL9 gene_id:153579|Hs108|chr5 ( 535) 573 97.1 5.1e-20
CCDS31392.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 326) 561 95.1 1.2e-19
CCDS31394.1 TRIM5 gene_id:85363|Hs108|chr11 ( 347) 561 95.2 1.3e-19
CCDS3851.1 TRIML1 gene_id:339976|Hs108|chr4 ( 468) 556 94.6 2.7e-19
CCDS31388.1 TRIM34 gene_id:445372|Hs108|chr11 ( 842) 554 94.5 5e-19
CCDS4465.1 TRIM41 gene_id:90933|Hs108|chr5 ( 518) 544 92.8 9.8e-19
CCDS4568.1 TRIM38 gene_id:10475|Hs108|chr6 ( 465) 542 92.5 1.1e-18
CCDS4466.1 TRIM41 gene_id:90933|Hs108|chr5 ( 630) 544 92.9 1.1e-18
CCDS46201.1 RFPL4A gene_id:342931|Hs108|chr19 ( 287) 530 90.5 2.7e-18
CCDS55981.1 MEFV gene_id:4210|Hs108|chr16 ( 445) 527 90.2 5.1e-18
CCDS59425.1 RFPL4AL1 gene_id:729974|Hs108|chr19 ( 287) 519 88.9 8.5e-18
CCDS13904.1 RFPL3 gene_id:10738|Hs108|chr22 ( 288) 517 88.6 1e-17
CCDS43011.1 RFPL3 gene_id:10738|Hs108|chr22 ( 317) 517 88.6 1.1e-17
CCDS46694.1 RFPL2 gene_id:10739|Hs108|chr22 ( 317) 513 88.0 1.7e-17
>>CCDS4654.1 TRIM27 gene_id:5987|Hs108|chr6 (513 aa)
initn: 3570 init1: 3570 opt: 3570 Z-score: 2872.1 bits: 541.0 E(32554): 1.2e-153
Smith-Waterman score: 3570; 100.0% identity (100.0% similar) in 513 aa overlap (1-513:1-513)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MASGSVAECLQQETTCPVCLQYFAEPMMLDCGHNICCACLARCWGTAETNVSCPQCRETF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 MASGSVAECLQQETTCPVCLQYFAEPMMLDCGHNICCACLARCWGTAETNVSCPQCRETF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 PQRHMRPNRHLANVTQLVKQLRTERPSGPGGEMGVCEKHREPLKLYCEEDQMPICVVCDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 PQRHMRPNRHLANVTQLVKQLRTERPSGPGGEMGVCEKHREPLKLYCEEDQMPICVVCDR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 SREHRGHSVLPLEEAVEGFKEQIQNQLDHLKRVKDLKKRRRAQGEQARAELLSLTQMERE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 SREHRGHSVLPLEEAVEGFKEQIQNQLDHLKRVKDLKKRRRAQGEQARAELLSLTQMERE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 KIVWEFEQLYHSLKEHEYRLLARLEELDLAIYNSINGAITQFSCNISHLSSLIAQLEEKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 KIVWEFEQLYHSLKEHEYRLLARLEELDLAIYNSINGAITQFSCNISHLSSLIAQLEEKQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 QQPTRELLQDIGDTLSRAERIRIPEPWITPPDLQEKIHIFAQKCLFLTESLKQFTEKMQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 QQPTRELLQDIGDTLSRAERIRIPEPWITPPDLQEKIHIFAQKCLFLTESLKQFTEKMQS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 DMEKIQELREAQLYSVDVTLDPDTAYPSLILSDNLRQVRYSYLQQDLPDNPERFNLFPCV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 DMEKIQELREAQLYSVDVTLDPDTAYPSLILSDNLRQVRYSYLQQDLPDNPERFNLFPCV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 LGSPCFIAGRHYWEVEVGDKAKWTIGVCEDSVCRKGGVTSAPQNGFWAVSLWYGKEYWAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 LGSPCFIAGRHYWEVEVGDKAKWTIGVCEDSVCRKGGVTSAPQNGFWAVSLWYGKEYWAL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 TSPMTALPLRTPLQRVGIFLDYDAGEVSFYNVTERCHTFTFSHATFCGPVRPYFSLSYSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 TSPMTALPLRTPLQRVGIFLDYDAGEVSFYNVTERCHTFTFSHATFCGPVRPYFSLSYSG
430 440 450 460 470 480
490 500 510
pF1KB5 GKSAAPLIICPMSGIDGFSGHVGNHGHSMETSP
:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 GKSAAPLIICPMSGIDGFSGHVGNHGHSMETSP
490 500 510
>>CCDS10498.1 MEFV gene_id:4210|Hs108|chr16 (781 aa)
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Smith-Waterman score: 1191; 38.6% identity (68.7% similar) in 485 aa overlap (17-494:313-777)
10 20 30 40
pF1KB5 MASGSVAECLQQETTCPVCLQYFAEPMMLDCGHNICC---ACLARC
: : ..:. : .. : : ..
CCDS10 PDGGASADLKEGPGNPEHSVTGRPPDTAASPRCHAQEGDPVDGTCVRDSCSFPEAVSGHP
290 300 310 320 330 340
50 60 70 80 90 100
pF1KB5 WGTAETNVSCPQCRETFPQRHMRPNRHLANVTQLVKQLRTERPSGPGGEMGVCEKHREPL
... . .::.:... : : :. . :. : . :..: . .
CCDS10 QASGSRSPGCPRCQDS----HER------------KSPGSLSPQ-P---LPQCKRHLKQV
350 360 370 380
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 KL-YCEEDQMPICVVCDRSREHRGHSVLPLEEAVEGFKEQIQNQLDHLKRVKDLKKRRRA
.: .::. . :::..:. :.::.:: : :.::.. :..::.::.:::... ...:.
CCDS10 QLLFCEDHDEPICLICSLSQEHQGHRVRPIEEVALEHKKKIQKQLEHLKKLRKSGEEQRS
390 400 410 420 430 440
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 QGEQARAELLSLTQMEREKIVWEFEQLYHSLKEHEYRLLARLEELDLAIYNSINGAITQF
::. . .:. :. .... ..::.:. :...:. ..: ::.. . . .. :.
CCDS10 YGEEKAVSFLKQTEALKQRVQRKLEQVYYFLEQQEHFFVASLEDVGQMVGQIRKAYDTRV
450 460 470 480 490 500
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 SCNISHLSSLIAQLEEKQQQPTRELLQDIGDTLSRAERIRIPEPWITPPDLQEKIHIFAQ
: .:. :..::..:: :. : :::::::: : ::. . .:: : :: ....::... :
CCDS10 SQDIALLDALIGELEAKECQSEWELLQDIGDILHRAKTVPVPEKWTTPQEIKQKIQLLHQ
510 520 530 540 550 560
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 KCLFLTESLKQFTEKMQSDME--KIQELREAQLYSVDVTLDPDTAYPSLILSDNLRQVRY
: :. .: : :.: ..:.:: .. :: :: ..:.: :: .::::.::.::.:..::
CCDS10 KSEFVEKSTKYFSETLRSEMEMFNVPELIGAQAHAVNVILDAETAYPNLIFSDDLKSVRL
570 580 590 600 610 620
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 SYLQQDLPDNPERFNLFPCVLGSPCFIAGRHYWEVEVGDKAKWTIGVCEDSVCRKGGVTS
. . :::.:.::. ::::: :..::.:::::::::. : .:.:. :. :::..:
CCDS10 GNKWERLPDGPQRFDSCIIVLGSPSFLSGRRYWEVEVGDKTAWILGACKTSISRKGNMTL
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pF1KB5 APQNGFWAVSLWYGKEYWALTSPMTALPLRTPLQRVGIFLDYDAGEVSFYNVTERCHTFT
.:.::.:.: . .:: : . : : : .. : .:::::.:: .: .:::::: : : .:
CCDS10 SPENGYWVVIMMKENEYQASSVPPTRLLIKEPPKRVGIFVDYRVGSISFYNVTARSHIYT
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pF1KB5 FSHATFCGPVRPYFSL-SYSGGKSAAPLIICPMSGIDGFSGHVGNHGHSMETSP
:. .: ::..: :: . .:::..::: :::..:
CCDS10 FASCSFSGPLQPIFSPGTRDGGKNTAPLTICPVGGQGPD
750 760 770 780
>>CCDS5678.1 TRIM4 gene_id:89122|Hs108|chr7 (474 aa)
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Smith-Waterman score: 887; 32.9% identity (59.9% similar) in 514 aa overlap (7-493:3-471)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MASGSVAECLQQETTCPVCLQYFAEPMMLDCGHNICCACLARCWGTAETNVSCPQCRETF
:: .:.: :::.::.:: .:. ..::::.: .:: : :. . ::.::.
CCDS56 MEAEDIQEELTCPICLDYFQDPVSIECGHNFCRGCLHRNWAPGGGPFPCPECRHPS
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pF1KB5 PQRHMRPNRHLANVTQLVKQLRTERPSGPGGEMGVCEKHREPLKLYCEEDQMPICVVCDR
.::: :: .:. . : : : :: .: .: :::.:.::.:: :.:.:: .
CCDS56 APAALRPNWALARLTEKT-QRRRLGPVPPG----LCGRHWEPLRLFCEDDQRPVCLVCRE
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB5 SREHRGHSVLPLEEAVEGFKEQI----QNQLDHLKRVKDLKKRRRAQGEQARAELLSLTQ
:.::. :.. :..:: :...:.. .: . ..:.: :. . .. : . .. :
CCDS56 SQEHQTHAMAPIDEAFESYREKLLKSQRNLVAKMKKVMHLQDVEVKNATQWKDKIKS---
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 MEREKIVWEFEQLYHSLKEHEYRLLARLEELDLAIYNSINGAITQFSCNISHLSSLIAQL
.: .: :: .:.. : :.: .: ::.. . ...: ... .:. :..:: ..
CCDS56 -QRMRISTEFSKLHNFLVEEEDLFLQRLNKEEEETKKKLNENTLKLNQTIASLKKLILEV
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 EEKQQQPTRELLQDIGDTLSRAERIRIPEPWITPPDLQEKIHIFAQKCLFLTESLKQFTE
::.: :: ::::. ..:.:.: .:. .. ::.
CCDS56 GEKSQAPTLELLQNPKEVLTRSE-------------IQD-----------VNYSLEAVKV
230 240 250 260
300 310 320 330 340
pF1KB5 KMQSDMEKIQELREAQLYSVDVTLDPDTAYPSLILSDNLRQVRYSYLQQDLP--------
: .. ..:. . ..: :.: :::.:.:..:.. : :. . .. :
CCDS56 KTVCQIPLMKEM--LKRFQVAVNLAEDTAHPKLVFSQEGRYVKNTASASSWPVFSSAWNY
270 280 290 300 310 320
350 360 370 380 390
pF1KB5 ----DNP------ERFNLFPCVLGSPCFIAGRHYWEVEVGDKAKWTIGVCEDSVCRKGGV
:: :::. .:::::. : .:.:::::: :. . ..:::...: :.
CCDS56 FAGWRNPQKTAFVERFQHLPCVLGKNVFTSGKHYWEVESRDSLEVAVGVCREDVM---GI
330 340 350 360 370
400 410 420 430 440 450
pF1KB5 TS----APQNGFWAVSLWYGKEYWALTS-PMTALPLRTPLQRVGIFLDYDAGEVSFYNVT
:. .:. :.::. : . :: : . : : . :.:::..:: .:.::::...
CCDS56 TDRSKMSPDVGIWAI-YWSAAGYWPLIGFPGTPTQQEPALHRVGVYLDRGTGNVSFYSAV
380 390 400 410 420 430
460 470 480 490 500 510
pF1KB5 ERCHTFTFSHATFCGPVRPYFSLSYSGGKSAAPLIICPMSGIDGFSGHVGNHGHSMETSP
. : ::: .. . .::.: :: : :.: :..
CCDS56 DGVHLHTFSCSSV-SRLRPFFWLS-----PLASLVIPPVTDRK
440 450 460 470
>>CCDS4462.1 TRIM7 gene_id:81786|Hs108|chr5 (511 aa)
initn: 1151 init1: 488 opt: 788 Z-score: 645.2 bits: 129.0 E(32554): 1.3e-29
Smith-Waterman score: 1149; 40.3% identity (65.3% similar) in 501 aa overlap (5-480:18-504)
10 20 30 40
pF1KB5 MASGSVAECLQQETTCPVCLQYFAEPMMLDCGHNICCACLARCW---
..: :: :.:: .::. : ::. ..:::..: ::..:::
CCDS44 MAAVGPRTGPGTGAEALALAAELQGEATCSICLELFREPVSVECGHSFCRACIGRCWERP
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90
pF1KB5 -----GTAETN----VSCPQCRETFPQRHMRPNRHLANVTQLVKQLRTERPSGPGGEMGV
:.: . :::::: ..::::.:: :. :.. : :.. :: :
CCDS44 GAGSVGAATRAPPFPLPCPQCREPARPSQLRPNRQLAAVATLLR--RFSLPAAAPGEHGS
70 80 90 100 110
100 110 120 130 140
pF1KB5 -----------CEKHREPLKLYCEEDQMPICVVCDRSREHRGHSVLPLEEAVEGFKEQIQ
: .: ::.::::..: :::::::.:::: :.::::.:::. :: ..
CCDS44 QAAAARAAAARCGQHGEPFKLYCQDDGRAICVVCDRAREHREHAVLPLDEAVQEAKELLE
120 130 140 150 160 170
150 160 170 180 190 200
pF1KB5 NQLDHLKR-VKDLKKRRRAQGEQARAELLSLTQMEREKIVWEFEQLYHSLKEHEYRLLAR
..: ::. ..: . : .. .... :::. :.::. ::. : : :.: :::.:
CCDS44 SRLRVLKKELEDCEVFRSTEKKESK-ELLKQMAAEQEKVGAEFQALRAFLVEQEGRLLGR
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KB5 LEELDLAIYNSINGAITQFSCNISHLSSLIAQLEEKQQQPTRELLQDIGDTLSRAERIRI
::::. . .. : ..:.. .:..::.: .:..: :.: ..::.. .:::: .
CCDS44 LEELSREVAQKQNENLAQLGVEITQLSKLSSQIQETAQKPDLDFLQEFKSTLSRCSNVPG
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KB5 PEPWITPPDLQEKIHIFAQKCLFLTESLKQFTEKMQSDMEKIQELREAQLYSVDVTLDPD
:.: . ....:. . : . : ::.: : .....:: .. :..:::::
CCDS44 PKPTTVSSEMKNKVWNVSLKTFVLKGMLKKFKEDLRGELEKEEK--------VELTLDPD
300 310 320 330 340
330 340 350 360 370 380
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..:: ..:: ::: . .:..: ::..: : .:::.::: . :: :.:: . ::
CCDS44 AFGVARESVRRKGLTPFTPEEGVWALQL-NGGQYWAVTSPERS-PLSCGHLSRVRVALDL
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450 460 470 480 490 500
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..: :::: : . : .:: ...: : : ::. .:
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510
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.:.... :: .: . :.:.. :::.:: : : . . . .: ..:.:: .:
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:::...:.:::: :: .:: : : . .: . :.: ..:. : :. : : . .:.: :
CCDS34 EEKNERPARELLTDIRSTLIRCETRKCRKPVAVSPELGQRIRDFPQQALPLQREMKMFLE
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CCDS34 ---AWGFVSALGSFPTRLTLKEQPRQVRVSLDYEVGWVTFTNAVTREPIYTFT-ASFTRK
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470 480
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: :. ::::: :.: :.. ... : ..: .:. .. . :.:.:..:
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CCDS31 ----SSPTPMTICRPKGGSGDTLAPQ
450 460
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CCDS41 QRRLRGSSVEMLQDVIDVMKRSESWTLKK----PKSVSKKL-----KSVFRVPDLSGM--
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CCDS41 FG-VFGCQYFSSGKYYWEVDVSGKIAWILGVHSKISSLNKRKSSGFAFDPSVNYSKVYSR
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pF1KB5 P
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CCDS47 RLGDRRQPVPDNPQRFDFVVSILGSEYFTTGCHYWEVYVGDKTKWILGVCSESVSRKGKV
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CCDS47 TASPANGHWLLRQSRGNEYEALTSPQTSFRLKEPPRCVGIFLDYEAGVISFYNVTNKSHI
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CCDS47 FTFTH-NFSGPLRPFFEPCLHDGGKNTAPLVICSELHKSEESIVPRPEGKGHANGDVSLK
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CCDS47 VNSSLLPPKAPELKDIILSLPPDLGPALQELKAPSF
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CCDS43 RLLGRLEELSREVAQKQNENLAQLGVEITQLSKLSSQIQETAQKPDLDFLQEFKSTLSRC
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CCDS43 SNVPGPKPTTVSSEMKNKVWNVSLKTFVLKGMLKKFKEDLRGELEKEEK--------VEL
120 130 140 150 160
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CCDS43 TLDPDTANPRLILSLDLKGVRLGERAQDLPNHPCRFDTNTRVLASCGFSSGRHHWEVEVG
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CCDS43 SKDGWAFGVARESVRRKGLTPFTPEEGVWALQL-NGGQYWAVTSPERS-PLSCGHLSRVR
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CCDS43 VALDLEVGAVSFYAVEDMRHLYTF-RVNFQERVFPLFSVCSTGTYLRIWP
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pF1KB5 FSGHVGNHGHSMETSP
513 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 10:45:57 2016 done: Sat Nov 5 10:45:57 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]