FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB5978, 564 aa 1>>>pF1KB5978 564 - 564 aa - 564 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.5620+/-0.000543; mu= -5.6537+/- 0.034 mean_var=362.5729+/-73.406, 0's: 0 Z-trim(117.6): 162 B-trim: 399 in 1/55 Lambda= 0.067356 statistics sampled from 29496 (29670) to 29496 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.675), E-opt: 0.2 (0.348), width: 16 Scan time: 11.960 The best scores are: opt bits E(85289) NP_005545 (OMIM: 148041,615726) keratin, type II c ( 564) 3628 367.2 7.7e-101 NP_775109 (OMIM: 612315,615735) keratin, type II c ( 564) 3594 363.9 7.6e-100 NP_005546 (OMIM: 148042,615728) keratin, type II c ( 564) 3592 363.7 8.7e-100 NP_000415 (OMIM: 131760,131800,131900,131960,14804 ( 590) 2776 284.5 6.7e-76 NP_004684 (OMIM: 609025,612318) keratin, type II c ( 551) 2379 245.9 2.6e-64 NP_476429 (OMIM: 122100,148043) keratin, type II c ( 628) 2169 225.5 4e-58 NP_006112 (OMIM: 113800,139350,144200,146590,60096 ( 644) 2089 217.7 8.8e-56 NP_056932 (OMIM: 616671) keratin, type II cytoskel ( 638) 2061 215.0 5.8e-55 NP_002263 (OMIM: 123940,193900) keratin, type II c ( 520) 2041 213.0 1.9e-54 NP_778253 (OMIM: 611158) keratin, type II cytoskel ( 578) 1994 208.5 4.9e-53 NP_787028 (OMIM: 611160) keratin, type II cytoskel ( 535) 1982 207.3 1e-52 NP_000414 (OMIM: 146800,600194) keratin, type II c ( 639) 1974 206.6 2e-52 NP_778238 (OMIM: 608247) keratin, type II cytoskel ( 540) 1871 196.5 1.9e-49 NP_258259 (OMIM: 608245,615896) keratin, type II c ( 523) 1848 194.2 8.5e-49 NP_542785 (OMIM: 608246) keratin, type II cytoskel ( 511) 1836 193.1 1.9e-48 NP_001139697 (OMIM: 608246) keratin, type II cytos ( 511) 1836 193.1 1.9e-48 NP_778223 (OMIM: 194300,608248,613981,614929) kera ( 529) 1804 190.0 1.7e-47 XP_011536637 (OMIM: 602766) PREDICTED: keratin, ty ( 600) 1768 186.5 2.1e-46 NP_149034 (OMIM: 602766) keratin, type II cuticula ( 600) 1768 186.5 2.1e-46 XP_016874325 (OMIM: 608246) PREDICTED: keratin, ty ( 419) 1730 182.7 2.1e-45 XP_016874238 (OMIM: 608245,615896) PREDICTED: kera ( 441) 1728 182.5 2.5e-45 XP_016874323 (OMIM: 608246) PREDICTED: keratin, ty ( 442) 1728 182.5 2.5e-45 NP_005547 (OMIM: 148059) keratin, type II cytoskel ( 469) 1714 181.2 6.6e-45 NP_002264 (OMIM: 148060) keratin, type II cytoskel ( 483) 1714 181.2 6.7e-45 NP_001243222 (OMIM: 148060) keratin, type II cytos ( 483) 1714 181.2 6.7e-45 NP_001243211 (OMIM: 148060) keratin, type II cytos ( 511) 1714 181.2 7e-45 NP_775487 (OMIM: 611159) keratin, type II cytoskel ( 520) 1622 172.3 3.5e-42 XP_011536627 (OMIM: 148059) PREDICTED: keratin, ty ( 445) 1593 169.4 2.2e-41 NP_149022 (OMIM: 601078) keratin, type II cuticula ( 513) 1522 162.5 2.9e-39 XP_016874324 (OMIM: 608246) PREDICTED: keratin, ty ( 439) 1506 160.9 7.6e-39 XP_016874322 (OMIM: 608246) PREDICTED: keratin, ty ( 445) 1506 160.9 7.7e-39 NP_002274 (OMIM: 602032,602767) keratin, type II c ( 507) 1449 155.4 3.9e-37 NP_002272 (OMIM: 158000,602153) keratin, type II c ( 505) 1432 153.8 1.2e-36 NP_001307127 (OMIM: 158000,601928) keratin, type I ( 486) 1392 149.9 1.8e-35 XP_016874785 (OMIM: 158000,601928) PREDICTED: kera ( 486) 1392 149.9 1.8e-35 XP_005268923 (OMIM: 158000,601928) PREDICTED: kera ( 563) 1392 149.9 2e-35 NP_002273 (OMIM: 158000,602765) keratin, type II c ( 493) 1389 149.6 2.2e-35 NP_001287743 (OMIM: 611159) keratin, type II cytos ( 410) 1268 137.8 6.7e-32 XP_011536590 (OMIM: 611158) PREDICTED: keratin, ty ( 345) 1250 135.9 2e-31 NP_001139698 (OMIM: 608246) keratin, type II cytos ( 469) 1207 131.9 4.5e-30 XP_016874783 (OMIM: 148059) PREDICTED: keratin, ty ( 292) 1082 119.6 1.4e-26 XP_011536591 (OMIM: 611158) PREDICTED: keratin, ty ( 322) 1064 117.8 5.2e-26 NP_001074961 (OMIM: 611161) keratin, type II cytos ( 422) 1061 117.7 7.7e-26 NP_872313 (OMIM: 611161) keratin, type II cytoskel ( 452) 1061 117.7 8.1e-26 XP_016874326 (OMIM: 608246) PREDICTED: keratin, ty ( 271) 1055 116.9 8.4e-26 XP_011536559 (OMIM: 608247) PREDICTED: keratin, ty ( 508) 995 111.3 7.5e-24 NP_001287739 (OMIM: 602032,602767) keratin, type I ( 295) 886 100.5 7.9e-21 XP_011536312 (OMIM: 611159) PREDICTED: keratin, ty ( 488) 869 99.1 3.5e-20 NP_003371 (OMIM: 116300,193060) vimentin [Homo sap ( 466) 777 90.1 1.7e-17 XP_006717563 (OMIM: 116300,193060) PREDICTED: vime ( 466) 777 90.1 1.7e-17 >>NP_005545 (OMIM: 148041,615726) keratin, type II cytos (564 aa) initn: 3628 init1: 3628 opt: 3628 Z-score: 1931.4 bits: 367.2 E(85289): 7.7e-101 Smith-Waterman score: 3628; 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98.4% identity (100.0% similar) in 564 aa overlap (1-564:1-564) 10 20 30 40 50 60 pF1KB5 MASTSTTIRSHSSSRRGFSANSARLPGVSRSGFSSVSVSRSRGSGGLGGACGGAGFGSRS :::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::: NP_775 MASTSTTIRSHSSSRRGFSANSARLPGVSRSGFSSISVSRSRGSGGLGGACGGAGFGSRS 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB5 LYGLGGSKRISIGGGSCAISGGYGSRAGGSYGFGGAGSGFGFGGGAGIGFGLGGGAGLAG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_775 LYGLGGSKRISIGGGSCAISGGYGSRAGGSYGFGGAGSGFGFGGGAGIGFGLGGGAGLAG 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KB5 GFGGPGFPVCPPGGIQEVTVNQSLLTPLNLQIDPTIQRVRAEEREQIKTLNNKFASFIDK ::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::: NP_775 GFGGPGFPVCPPGGIQEVTVNQSLLTPLNLQIDPAIQRVRAEEREQIKTLNNKFASFIDK 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KB5 VRFLEQQNKVLETKWTLLQEQGTKTVRQNLEPLFEQYINNLRRQLDSIVGERGRLDSELR :::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_775 VRFLEQQNKVLDTKWTLLQEQGTKTVRQNLEPLFEQYINNLRRQLDSIVGERGRLDSELR 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KB5 GMQDLVEDFKNKYEDEINKRTAAENEFVTLKKDVDAAYMNKVELQAKADTLTDEINFLRA .:::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_775 NMQDLVEDLKNKYEDEINKRTAAENEFVTLKKDVDAAYMNKVELQAKADTLTDEINFLRA 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KB5 LYDAELSQMQTHISDTSVVLSMDNNRNLDLDSIIAEVKAQYEEIAQRSRAEAESWYQTKY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_775 LYDAELSQMQTHISDTSVVLSMDNNRNLDLDSIIAEVKAQYEEIAQRSRAEAESWYQTKY 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KB5 EELQVTAGRHGDDLRNTKQEIAEINRMIQRLRSEIDHVKKQCANLQAAIADAEQRGEMAL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::: NP_775 EELQVTAGRHGDDLRNTKQEIAEINRMIQRLRSEIDHVKKQCASLQAAIADAEQRGEMAL 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KB5 KDAKNKLEGLEDALQKAKQDLARLLKEYQELMNVKLALDVEIATYRKLLEGEECRLNGEG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_775 KDAKNKLEGLEDALQKAKQDLARLLKEYQELMNVKLALDVEIATYRKLLEGEECRLNGEG 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KB5 VGQVNISVVQSTVSSGYGGASGVGSGLGLGGGSSYSYGSGLGVGGGFSSSSGRAIGGGLS :::::.::::::.:::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::: NP_775 VGQVNVSVVQSTISSGYGGASGVGSGLGLGGGSSYSYGSGLGIGGGFSSSSGRAIGGGLS 490 500 510 520 530 540 550 560 pF1KB5 SVGGGSSTIKYTTTSSSSRKSYKH :::::::::::::::::::::::: NP_775 SVGGGSSTIKYTTTSSSSRKSYKH 550 560 >>NP_005546 (OMIM: 148042,615728) keratin, type II cytos (564 aa) initn: 3592 init1: 3592 opt: 3592 Z-score: 1912.5 bits: 363.7 E(85289): 8.7e-100 Smith-Waterman score: 3592; 98.6% identity (99.8% similar) in 564 aa overlap (1-564:1-564) 10 20 30 40 50 60 pF1KB5 MASTSTTIRSHSSSRRGFSANSARLPGVSRSGFSSVSVSRSRGSGGLGGACGGAGFGSRS :::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::: NP_005 MASTSTTIRSHSSSRRGFSANSARLPGVSRSGFSSISVSRSRGSGGLGGACGGAGFGSRS 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB5 LYGLGGSKRISIGGGSCAISGGYGSRAGGSYGFGGAGSGFGFGGGAGIGFGLGGGAGLAG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_005 LYGLGGSKRISIGGGSCAISGGYGSRAGGSYGFGGAGSGFGFGGGAGIGFGLGGGAGLAG 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KB5 GFGGPGFPVCPPGGIQEVTVNQSLLTPLNLQIDPTIQRVRAEEREQIKTLNNKFASFIDK ::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::: NP_005 GFGGPGFPVCPPGGIQEVTVNQSLLTPLNLQIDPAIQRVRAEEREQIKTLNNKFASFIDK 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KB5 VRFLEQQNKVLETKWTLLQEQGTKTVRQNLEPLFEQYINNLRRQLDSIVGERGRLDSELR :::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::: NP_005 VRFLEQQNKVLDTKWTLLQEQGTKTVRQNLEPLFEQYINNLRRQLDNIVGERGRLDSELR 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KB5 GMQDLVEDFKNKYEDEINKRTAAENEFVTLKKDVDAAYMNKVELQAKADTLTDEINFLRA .:::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_005 NMQDLVEDLKNKYEDEINKRTAAENEFVTLKKDVDAAYMNKVELQAKADTLTDEINFLRA 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KB5 LYDAELSQMQTHISDTSVVLSMDNNRNLDLDSIIAEVKAQYEEIAQRSRAEAESWYQTKY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_005 LYDAELSQMQTHISDTSVVLSMDNNRNLDLDSIIAEVKAQYEEIAQRSRAEAESWYQTKY 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KB5 EELQVTAGRHGDDLRNTKQEIAEINRMIQRLRSEIDHVKKQCANLQAAIADAEQRGEMAL ::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_005 EELQITAGRHGDDLRNTKQEIAEINRMIQRLRSEIDHVKKQCANLQAAIADAEQRGEMAL 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KB5 KDAKNKLEGLEDALQKAKQDLARLLKEYQELMNVKLALDVEIATYRKLLEGEECRLNGEG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_005 KDAKNKLEGLEDALQKAKQDLARLLKEYQELMNVKLALDVEIATYRKLLEGEECRLNGEG 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KB5 VGQVNISVVQSTVSSGYGGASGVGSGLGLGGGSSYSYGSGLGVGGGFSSSSGRAIGGGLS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::: NP_005 VGQVNISVVQSTVSSGYGGASGVGSGLGLGGGSSYSYGSGLGVGGGFSSSSGRATGGGLS 490 500 510 520 530 540 550 560 pF1KB5 SVGGGSSTIKYTTTSSSSRKSYKH :::::::::::::::::::::::: NP_005 SVGGGSSTIKYTTTSSSSRKSYKH 550 560 >>NP_000415 (OMIM: 131760,131800,131900,131960,148040,17 (590 aa) initn: 2642 init1: 2491 opt: 2776 Z-score: 1483.7 bits: 284.5 E(85289): 6.7e-76 Smith-Waterman score: 2867; 77.2% identity (90.3% similar) in 588 aa overlap (3-563:2-589) 10 20 30 40 50 pF1KB5 MASTSTTIRSHSSSRRGFSANSARLPGVSRSGFSSVSVSRSRGSGGLG-----GACGGAG : .... .:.. :.::. :: :.:::..:.::: : . :.::.: :::: .: NP_000 MSRQSSVSFRSGGSRSFSTASAITPSVSRTSFTSVSRSGGGGGGGFGRVSLAGACGVGG 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KB5 FGSRSLYGLGGSKRISIGGGSCAISGGYGSRAGGSYGFGG-AGSGFGFGGGAGIGFGLGG .::::::.:::::::::. .. .. . .:. :::.::::: :::::::::::: :::::: NP_000 YGSRSLYNLGGSKRISISTSGGSFRNRFGAGAGGGYGFGGGAGSGFGFGGGAGGGFGLGG 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KB5 GAGLAGGFGGPGFPVCPPGGIQEVTVNQSLLTPLNLQIDPTIQRVRAEEREQIKTLNNKF :::..:::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::.::::::::::::: NP_000 GAGFGGGFGGPGFPVCPPGGIQEVTVNQSLLTPLNLQIDPSIQRVRTEEREQIKTLNNKF 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KB5 ASFIDKVRFLEQQNKVLETKWTLLQEQGTKTVRQNLEPLFEQYINNLRRQLDSIVGERGR :::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_000 ASFIDKVRFLEQQNKVLDTKWTLLQEQGTKTVRQNLEPLFEQYINNLRRQLDSIVGERGR 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KB5 LDSELRGMQDLVEDFKNKYEDEINKRTAAENEFVTLKKDVDAAYMNKVELQAKADTLTDE ::::::.::::::::::::::::::::.:::::: :::::::::::::::.::.:.: :: NP_000 LDSELRNMQDLVEDFKNKYEDEINKRTTAENEFVMLKKDVDAAYMNKVELEAKVDALMDE 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KB5 INFLRALYDAELSQMQTHISDTSVVLSMDNNRNLDLDSIIAEVKAQYEEIAQRSRAEAES :::.. ..::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::.:::.:::: NP_000 INFMKMFFDAELSQMQTHVSDTSVVLSMDNNRNLDLDSIIAEVKAQYEEIANRSRTEAES 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KB5 WYQTKYEELQVTAGRHGDDLRNTKQEIAEINRMIQRLRSEIDHVKKQCANLQAAIADAEQ :::::::::: :::::::::::::.::.:.::::::::.:::.::::::::: ::::::: NP_000 WYQTKYEELQQTAGRHGDDLRNTKHEISEMNRMIQRLRAEIDNVKKQCANLQNAIADAEQ 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KB5 RGEMALKDAKNKLEGLEDALQKAKQDLARLLKEYQELMNVKLALDVEIATYRKLLEGEEC :::.:::::.::: ::.::::::::.::::.:::::::.:::::::::::::::::::: NP_000 RGELALKDARNKLAELEEALQKAKQDMARLLREYQELMNTKLALDVEIATYRKLLEGEEC 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 pF1KB5 RLNGEGVGQVNISVVQSTVSSGYGGASGVGSGLG----------LGGGSSYSY------- ::.::::: :::::: :.::::::..:: :.::: :.:::: :: NP_000 RLSGEGVGPVNISVVTSSVSSGYGSGSGYGGGLGGGLGGGLGGGLAGGSSGSYYSSSSGG 480 490 500 510 520 530 520 530 540 550 560 pF1KB5 ---GSGLGVGG-GFSSSSGRAIGGGLSSVGGGSSTIKYTTTSSSSRKSYKH :.::.::: :::.::::..: :..: ::.::..:...:.::::::.: NP_000 VGLGGGLSVGGSGFSASSGRGLGVGFGSGGGSSSSVKFVSTTSSSRKSFKS 540 550 560 570 580 590 >>NP_004684 (OMIM: 609025,612318) keratin, type II cytos (551 aa) initn: 2534 init1: 2121 opt: 2379 Z-score: 1275.6 bits: 245.9 E(85289): 2.6e-64 Smith-Waterman score: 2577; 72.3% identity (89.5% similar) in 573 aa overlap (3-564:2-551) 10 20 30 40 50 pF1KB5 MASTSTTIRSHSSSRRGFSANSARLPGVSRSGFSSVSVSRSR-GSGGLGG-ACGGAGFGS : ...: .:.::::::..:: :...:: ::::::.:: :::::: . .::.::: NP_004 MSRQSSITFQSGSRRGFSTTSAITPAAGRSRFSSVSVARSAAGSGGLGRISSAGASFGS 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KB5 RSLYGLGGSKRISIGGGSCAISGGYGSRAGGSYGFGGAGSGFGFGGGAGIGFGLGGGAGL ::::.:::.::.::.: . . .:.:.::.. .: ..::::.:::.: NP_004 RSLYNLGGAKRVSINGCGSSCRSGFGGRASNRFG---VNSGFGYGGGVG----------- 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 170 pF1KB5 AGGFGGPGFPVCPPGGIQEVTVNQSLLTPLNLQIDPTIQRVRAEEREQIKTLNNKFASFI :::.::.::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::: NP_004 -GGFSGPSFPVCPPGGIQEVTVNQSLLTPLHLQIDPTIQRVRAEEREQIKTLNNKFASFI 110 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KB5 DKVRFLEQQNKVLETKWTLLQEQGTKTVRQNLEPLFEQYINNLRRQLDSIVGERGRLDSE :::::::::::::::::.::::::..::::::::::..: ..:::::.::. :::::..: NP_004 DKVRFLEQQNKVLETKWALLQEQGSRTVRQNLEPLFDSYTSELRRQLESITTERGRLEAE 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KB5 LRGMQDLVEDFKNKYEDEINKRTAAENEFVTLKKDVDAAYMNKVELQAKADTLTDEINFL ::.:::.::::: .::::::::::::::::.:::::::::::::::.::. .: .::::. NP_004 LRNMQDVVEDFKVRYEDEINKRTAAENEFVALKKDVDAAYMNKVELEAKVKSLPEEINFI 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 pF1KB5 RALYDAELSQMQTHISDTSVVLSMDNNRNLDLDSIIAEVKAQYEEIAQRSRAEAESWYQT ....::::::.::...::::::::::::::::::::::::::::.::.:::::::::::: NP_004 HSVFDAELSQLQTQVGDTSVVLSMDNNRNLDLDSIIAEVKAQYEDIANRSRAEAESWYQT 290 300 310 320 330 340 360 370 380 390 400 410 pF1KB5 KYEELQVTAGRHGDDLRNTKQEIAEINRMIQRLRSEIDHVKKQCANLQAAIADAEQRGEM :::::::::::::::::::::::.:.::::::::.::: :::::..::.::::::::::. NP_004 KYEELQVTAGRHGDDLRNTKQEISEMNRMIQRLRAEIDSVKKQCSSLQTAIADAEQRGEL 350 360 370 380 390 400 420 430 440 450 460 470 pF1KB5 ALKDAKNKLEGLEDALQKAKQDLARLLKEYQELMNVKLALDVEIATYRKLLEGEECRLNG :::::. :: ::.::::::::.::::.:::::::.::::::::::::::::::::::.: NP_004 ALKDARAKLVDLEEALQKAKQDMARLLREYQELMNIKLALDVEIATYRKLLEGEECRLSG 410 420 430 440 450 460 480 490 500 510 520 pF1KB5 EGVGQVNISVVQSTVSSGYGGASGVGSG-LGLGGGSSYSY--------GSGLGVGGGFSS :::. :::::: ::.:::::..:..:.: :::::::.::. :.::: :.:::. NP_004 EGVSPVNISVVTSTLSSGYGSGSSIGGGNLGLGGGSGYSFTTSGGHSLGAGLG-GSGFSA 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 pF1KB5 SSGRAIGGGLSSVGGGSSTIKYTTTSSSSRKSYKH .:.: :: ::..:..:...:.:::.::: : NP_004 TSNR----GL---GGSGSSVKFVSTTSSSQKSYTH 530 540 550 >>NP_476429 (OMIM: 122100,148043) keratin, type II cytos (628 aa) initn: 2038 init1: 1559 opt: 2169 Z-score: 1164.6 bits: 225.5 E(85289): 4e-58 Smith-Waterman score: 2249; 63.9% identity (80.5% similar) in 606 aa overlap (9-560:7-610) 10 20 30 40 50 60 pF1KB5 MASTSTTIRSHSSSRRGFSANSARLPGVSRSGFSSVSVSRSRGSGGLGGACGGAGFGSRS .. ... .:::. :: . : :: .: :. : . :.:. : :..:::::: NP_476 MSRQASKTSGGGSQGFSGRSAVVSGSSR--MSCVAHSGGAGGGAYGFRSGAGGFGSRS 10 20 30 40 50 70 80 90 pF1KB5 LYGLGGSKRISI------------GGG--SCAISGGYGSRAGGSYG--FGGA-------G ::.:::.: ::: ::: :::..::::. :..:: :::. : NP_476 LYNLGGNKSISISVAAGGSRAGGFGGGRSSCAFAGGYGGGFGSGYGGGFGGGFGGGRGMG 60 70 80 90 100 110 100 110 120 130 140 pF1KB5 SGFG----FGGGAGIG----FGLGGGAGLAGGFGGPGFPVCP--------PGGIQEVTVN .::: :::..:.: :: :: : .::::::: : ::::::::.: NP_476 GGFGGAGGFGGAGGFGGAGGFGGPGGFGGSGGFGGPGSLGSPGGFGPGGFPGGIQEVTIN 120 130 140 150 160 170 150 160 170 180 190 200 pF1KB5 QSLLTPLNLQIDPTIQRVRAEEREQIKTLNNKFASFIDKVRFLEQQNKVLETKWTLLQEQ :::: :::..::: : .:.:.:::::::::::::::::::::::::::::::::.:::.: NP_476 QSLLQPLNVEIDPQIGQVKAQEREQIKTLNNKFASFIDKVRFLEQQNKVLETKWNLLQQQ 180 190 200 210 220 230 210 220 230 240 250 pF1KB5 GTKTVR--QNLEPLFEQYINNLRRQLDSIVGERGRLDSELRGMQDLVEDFKNKYEDEINK ::... .:::::::..:: :: ::.:.::::::::::..:.:::::::.:::::::: NP_476 GTSSISGTNNLEPLFENHINYLRSYLDNILGERGRLDSELKNMEDLVEDFKKKYEDEINK 240 250 260 270 280 290 260 270 280 290 300 310 pF1KB5 RTAAENEFVTLKKDVDAAYMNKVELQAKADTLTDEINFLRALYDAELSQMQTHISDTSVV ::::::::::::::::.:::::::::::.:.: :::.:::.::::::::::.:::::::: NP_476 RTAAENEFVTLKKDVDSAYMNKVELQAKVDALIDEIDFLRTLYDAELSQMQSHISDTSVV 300 310 320 330 340 350 320 330 340 350 360 370 pF1KB5 LSMDNNRNLDLDSIIAEVKAQYEEIAQRSRAEAESWYQTKYEELQVTAGRHGDDLRNTKQ :::::::.::::::::::.::::.:::::.::::. :::: :::.:::::::::::::. NP_476 LSMDNNRSLDLDSIIAEVRAQYEDIAQRSKAEAEALYQTKLGELQTTAGRHGDDLRNTKS 360 370 380 390 400 410 380 390 400 410 420 430 pF1KB5 EIAEINRMIQRLRSEIDHVKKQCANLQAAIADAEQRGEMALKDAKNKLEGLEDALQKAKQ :: :.::::::::.::. :::: ::::.:::.:::.::::::::. ::. :. :::.::. NP_476 EIIELNRMIQRLRAEIEGVKKQNANLQTAIAEAEQHGEMALKDANAKLQELQAALQQAKD 420 430 440 450 460 470 440 450 460 470 480 490 pF1KB5 DLARLLKEYQELMNVKLALDVEIATYRKLLEGEECRLNGEGVGQVNISVVQSTVSS---- ::::::..:::::::::::::::::::::::::: :..:: . :.::::.:...: NP_476 DLARLLRDYQELMNVKLALDVEIATYRKLLEGEEYRMSGECPSAVSISVVSSSTTSASAG 480 490 500 510 520 530 500 510 520 530 540 pF1KB5 GYGGASGVGSGLGLGGG--------SSYSYGSGLGVGGGFSS-SSGRAIGGGLSSVGGGS ::::. : : : ::::: :... :.: :.::::.. ::: . :.:..:..:. NP_476 GYGGGYGGGMGGGLGGGFSAGGGSGSGFGRGGGGGIGGGFGGGSSGFSGGSGFGSISGAR 540 550 560 570 580 590 550 560 pF1KB5 STIKYTTTSSSSRKSYKH .. ::.: . NP_476 YGVSGGGFSSASNRGGSIKFSQSSQSSQRYSR 600 610 620 >>NP_006112 (OMIM: 113800,139350,144200,146590,600962,60 (644 aa) initn: 2175 init1: 1974 opt: 2089 Z-score: 1122.4 bits: 217.7 E(85289): 8.8e-56 Smith-Waterman score: 2197; 62.6% identity (82.0% similar) in 589 aa overlap (3-563:2-588) 10 20 30 40 50 pF1KB5 MASTSTTIRSHSSSRRGFSANSARLPGVSRSGFSSVSVSRSRGSGGLGGACGGAG----- : . . :: : :::..:: . . .: :: :. :: :.:: ..:::.: NP_006 MSRQFSSRSGYRSGGGFSSGSAGIINYQRRTTSS-STRRSGGGGGRFSSCGGGGGSFGA 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 pF1KB5 ---FGSRSLYGLGGSKRISI----GGG-SCAISGGYGSRAGGSYGFGGAG-SGFGFGGGA :::::: .::::: ::: ::: . ...::::. . :. ::::.: .: :.:::. NP_006 GGGFGSRSLVNLGGSKSISISVARGGGRGSGFGGGYGGGGFGGGGFGGGGFGGGGIGGGG 60 70 80 90 100 110 110 120 130 140 150 160 pF1KB5 GIGFGLGGGAGLAGGFGGPGF-----PVCPPGGIQEVTVNQSLLTPLNLQIDPTIQRVRA ::: :::. .::::: :. ::::::::::::.::::: :::..::: ::.:.. NP_006 FGGFGSGGGGFGGGGFGGGGYGGGYGPVCPPGGIQEVTINQSLLQPLNVEIDPEIQKVKS 120 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 220 pF1KB5 EEREQIKTLNNKFASFIDKVRFLEQQNKVLETKWTLLQEQGTKTVRQNLEPLFEQYINNL .::::::.:::.:::::::::::::::.::.::: :::. :.: .:::: ::..:::: NP_006 REREQIKSLNNQFASFIDKVRFLEQQNQVLQTKWELLQQVDTSTRTHNLEPYFESFINNL 180 190 200 210 220 230 230 240 250 260 270 280 pF1KB5 RRQLDSIVGERGRLDSELRGMQDLVEDFKNKYEDEINKRTAAENEFVTLKKDVDAAYMNK ::..:.. ....::::::..:::.:::..::::::::::: :::::::.:::::.:::.: NP_006 RRRVDQLKSDQSRLDSELKNMQDMVEDYRNKYEDEINKRTNAENEFVTIKKDVDGAYMTK 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 340 pF1KB5 VELQAKADTLTDEINFLRALYDAELSQMQTHISDTSVVLSMDNNRNLDLDSIIAEVKAQY :.:::: :.: .::.:: :::.::::::::.::.:.:.:::::::.:::::::::::::: NP_006 VDLQAKLDNLQQEIDFLTALYQAELSQMQTQISETNVILSMDNNRSLDLDSIIAEVKAQY 300 310 320 330 340 350 350 360 370 380 390 400 pF1KB5 EEIAQRSRAEAESWYQTKYEELQVTAGRHGDDLRNTKQEIAEINRMIQRLRSEIDHVKKQ :.:::.:.::::: ::.::::::.:::::::..::.: ::.:.::.:::::::::.:::: NP_006 EDIAQKSKAEAESLYQSKYEELQITAGRHGDSVRNSKIEISELNRVIQRLRSEIDNVKKQ 360 370 380 390 400 410 410 420 430 440 450 460 pF1KB5 CANLQAAIADAEQRGEMALKDAKNKLEGLEDALQKAKQDLARLLKEYQELMNVKLALDVE .::: .:.::::::: :::::::::. ::::::.::.::::::..::::::.:::::.: NP_006 ISNLQQSISDAEQRGENALKDAKNKLNDLEDALQQAKEDLARLLRDYQELMNTKLALDLE 420 430 440 450 460 470 470 480 490 500 510 pF1KB5 IATYRKLLEGEECRLNGEGVGQVNISVVQSTVSSGYGGASGVGSGLGLG-GGSSY----- ::::: :::::: :..:: . .:..:: : .. . ::. : :.: : : ::::: NP_006 IATYRTLLEGEESRMSGECAPNVSVSVSTSHTTISGGGSRG-GGGGGYGSGGSSYGSGGG 480 490 500 510 520 530 520 530 540 550 560 pF1KB5 SYGSGLGVGGGFSS--SSGRAIGGGLSSVG-GGSSTIKYTTTSSSSRKSYKH ::::: : ::: .: :.: . :.: .: : ::.. . . :.:: .:. NP_006 SYGSGGGGGGGRGSYGSGGSSYGSGGGSYGSGGGGGGHGSYGSGSSSGGYRGGSGGGGGG 540 550 560 570 580 590 NP_006 SSGGRGSGGGSSGGSIGGRGSSSGGVKSSGGSSSVKFVSTTYSGVTR 600 610 620 630 640 >>NP_056932 (OMIM: 616671) keratin, type II cytoskeletal (638 aa) initn: 2108 init1: 1855 opt: 2061 Z-score: 1107.8 bits: 215.0 E(85289): 5.8e-55 Smith-Waterman score: 2219; 66.4% identity (80.8% similar) in 590 aa overlap (9-559:8-584) 10 20 30 40 50 pF1KB5 MASTSTTIRSHSSSRRGFSANSARLPGVSRSGFSSVSVSRSRGSGGLGGACG---GAG-F .: :. .:::. :: . : :: . :.:: :.:: :::: ::: : NP_056 MNRQVCKKSFSGRSQGFSGRSAVVSGSSRMS----CVARSGGAGG--GACGFRSGAGSF 10 20 30 40 50 60 70 80 90 pF1KB5 GSRSLYGLGGSKRISI------------GGG--SCAISGGYGSRAGGSYG--FGGA-GSG ::::::.::..: ::: ::: ::...::::. ::::: :::. : : NP_056 GSRSLYNLGSNKSISISVAAGSSRAGGFGGGRSSCGFAGGYGGGFGGSYGGGFGGGRGVG 60 70 80 90 100 110 100 110 120 130 140 150 pF1KB5 FGFGGGAGIGFGLGG--GAGLAGG---FGGPG-F-PVCPPGGIQEVTVNQSLLTPLNLQI ::::..:.: : :: : :. :: ::::: : : ::::::: :::::: :::..: NP_056 SGFGGAGGFG-GAGGFGGPGVFGGPGSFGGPGGFGPGGFPGGIQEVIVNQSLLQPLNVEI 120 130 140 150 160 170 160 170 180 190 200 210 pF1KB5 DPTIQRVRAEEREQIKTLNNKFASFIDKVRFLEQQNKVLETKWTLLQEQGTKTVRQNLEP :: : .:.:.::::::::::::::::::::::::::::::::: :::.: : . ..::: NP_056 DPQIGQVKAQEREQIKTLNNKFASFIDKVRFLEQQNKVLETKWELLQQQTTGSGPSSLEP 180 190 200 210 220 230 220 230 240 250 260 270 pF1KB5 LFEQYINNLRRQLDSIVGERGRLDSELRGMQDLVEDFKNKYEDEINKRTAAENEFVTLKK ::.::. : .::::..:::: :..::..:::::::::.::::::::::::::::: ::: NP_056 CFESYISFLCKQLDSLLGERGNLEGELKSMQDLVEDFKKKYEDEINKRTAAENEFVGLKK 240 250 260 270 280 290 280 290 300 310 320 330 pF1KB5 DVDAAYMNKVELQAKADTLTDEINFLRALYDAELSQMQTHISDTSVVLSMDNNRNLDLDS :::::.:::::::::.:.::::..:::.::. ::::::.: ::::::::::::: ::: : NP_056 DVDAAFMNKVELQAKVDSLTDEVSFLRTLYEMELSQMQSHASDTSVVLSMDNNRCLDLGS 300 310 320 330 340 350 340 350 360 370 380 390 pF1KB5 IIAEVKAQYEEIAQRSRAEAESWYQTKYEELQVTAGRHGDDLRNTKQEIAEINRMIQRLR :::::.::::::::::..:::. :::: :::.:::::::::::::.:: :.:::::::: NP_056 IIAEVRAQYEEIAQRSKSEAEALYQTKLGELQTTAGRHGDDLRNTKSEIMELNRMIQRLR 360 370 380 390 400 410 400 410 420 430 440 450 pF1KB5 SEIDHVKKQCANLQAAIADAEQRGEMALKDAKNKLEGLEDALQKAKQDLARLLKEYQELM .::..:::: ::::.:::.::::::::::::. ::. :. ::::::.::::::..::::: NP_056 AEIENVKKQNANLQTAIAEAEQRGEMALKDANAKLQDLQTALQKAKDDLARLLRDYQELM 420 430 440 450 460 470 460 470 480 490 500 pF1KB5 NVKLALDVEIATYRKLLEGEECRLNGEGVGQVNISVVQSTVS-SG--------YGGASGV :::::::::::::::::::::::..:: . : ::::....: :: .::.:: NP_056 NVKLALDVEIATYRKLLEGEECRMSGECQSAVCISVVSNVTSTSGSSGSSRGVFGGVSGS 480 490 500 510 520 530 510 520 530 540 550 560 pF1KB5 GSGLGLGGGSSYSYGSGLGVGGGFSSSSGRAIGGGLSS--VGGGSSTIKYTTTSSSSRKS ::: : :::: : .:: ::.:: :.:: ::.:: .:: .:. .: ..::.:: NP_056 GSG-GYKGGSSSSSSSGYGVSGG--SGSGY---GGVSSGSTGGRGSSGSYQSSSSGSRLG 540 550 560 570 580 pF1KB5 YKH NP_056 GAGSISVSHSGMGSSSGSIQTSGGSGYKSGGGGSTSIRFSQTTSSSQHSSTK 590 600 610 620 630 >>NP_002263 (OMIM: 123940,193900) keratin, type II cytos (520 aa) initn: 2085 init1: 1875 opt: 2041 Z-score: 1098.4 bits: 213.0 E(85289): 1.9e-54 Smith-Waterman score: 2132; 67.2% identity (85.6% similar) in 521 aa overlap (16-535:13-510) 10 20 30 40 50 60 pF1KB5 MASTSTTIRSHSSSRRGFSANSARLPGVSRSGFSSVSVSRSRGSGGLGGACGGAGFGSRS :::: .:: . : .:..:::::.: :: .: :...:::::: NP_002 MIARQQCVRGGPRGFSCGSAIVGGGKRGAFSSVSMS-----GG-AGRCSSGGFGSRS 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KB5 LYGLGGSKRISIGGGSCAISGGYGSRAGGSYGFGGAGSGFGFGGGAGIGFGLGGGAGLAG ::.: :.: ::. : : ::: :. ::::: ::: : ::: :: .: . NP_002 LYNLRGNKSISM---SVA-----GSRQGAC--FGGAG---GFGTG---GFG-GGFGGSFS 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KB5 GFGGPGFPVCPPGGIQEVTVNQSLLTPLNLQIDPTIQRVRAEEREQIKTLNNKFASFIDK : ::::::::: :::::::.::::::::...::: ::.::.::::::: ::::::::::: NP_002 GKGGPGFPVCPAGGIQEVTINQSLLTPLHVEIDPEIQKVRTEEREQIKLLNNKFASFIDK 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 230 240 pF1KB5 VRFLEQQNKVLETKWTLLQEQGTKTVRQNLEPLFEQYINNLRRQLDSIVGERGRLDSELR :.:::::::::::::.:::.: : : .::::::: :.. ::.:::.. ...:::.:::. NP_002 VQFLEQQNKVLETKWNLLQQQTTTTSSKNLEPLFETYLSVLRKQLDTLGNDKGRLQSELK 160 170 180 190 200 210 250 260 270 280 290 300 pF1KB5 GMQDLVEDFKNKYEDEINKRTAAENEFVTLKKDVDAAYMNKVELQAKADTLTDEINFLRA ::: :::::.:::.::::::::::.::.:::::::::.:::::.::.:.:.::::::.. NP_002 TMQDSVEDFKTKYEEEINKRTAAENDFVVLKKDVDAAYLNKVELEAKVDSLNDEINFLKV 220 230 240 250 260 270 310 320 330 340 350 360 pF1KB5 LYDAELSQMQTHISDTSVVLSMDNNRNLDLDSIIAEVKAQYEEIAQRSRAEAESWYQTKY ::::::::::::.::::::::::::::::::::::::.::::::::::.::::. :::: NP_002 LYDAELSQMQTHVSDTSVVLSMDNNRNLDLDSIIAEVRAQYEEIAQRSKAEAEALYQTKV 280 290 300 310 320 330 370 380 390 400 410 420 pF1KB5 EELQVTAGRHGDDLRNTKQEIAEINRMIQRLRSEIDHVKKQCANLQAAIADAEQRGEMAL ..::... .:::.:.:::.::::.::::::::.::...:::: .::...:::::::: :: NP_002 QQLQISVDQHGDNLKNTKSEIAELNRMIQRLRAEIENIKKQCQTLQVSVADAEQRGENAL 340 350 360 370 380 390 430 440 450 460 470 480 pF1KB5 KDAKNKLEGLEDALQKAKQDLARLLKEYQELMNVKLALDVEIATYRKLLEGEECRLNGEG :::..: :: :::.::..:::.:.::::::.::::::.::::::::::::: :..:: NP_002 KDAHSKRVELEAALQQAKEELARMLREYQELMSVKLALDIEIATYRKLLEGEEYRMSGEC 400 410 420 430 440 450 490 500 510 520 530 pF1KB5 VGQVNISVVQ-STVSSGYGGASGVGSGLGLGGGSSYSYGSGLGVGGGFSSSSGRAIGGGL . :.::::. :: ..: .:. : :::.::..: . . :::.: ::. :.::. : NP_002 QSAVSISVVSGSTSTGGISGGLGSGSGFGLSSGFGSGSGSGFGFGGSVSGSSSSKIISTT 460 470 480 490 500 510 540 550 560 pF1KB5 SSVGGGSSTIKYTTTSSSSRKSYKH NP_002 TLNKRR 520 >>NP_778253 (OMIM: 611158) keratin, type II cytoskeletal (578 aa) initn: 1968 init1: 1729 opt: 1994 Z-score: 1073.1 bits: 208.5 E(85289): 4.9e-53 Smith-Waterman score: 1994; 59.1% identity (82.3% similar) in 560 aa overlap (12-563:13-561) 10 20 30 40 50 pF1KB5 MASTSTTIRSHSSSRRGFSANSARLPGVSRSGFSSVSVSRSRGSGGLGGACGGAGFGSR : ::: .:..:. : . . .:: .:.: .:: : . : ::::: NP_778 MSHQFSSQSAFSSMSRRVYSTSSSAGSGGGSPAVGSVCYARGRCGGG-GYGIHGRGFGSR 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KB5 SLYGLGGSKRISIGGGSCAISGGYGSRAGGSYGFGGAGSGFGFGG-GAGIGFGLGGGAGL :::.::::. :::. . . :: ..:: :::: : ::: :. ::: ::: ::: : NP_778 SLYNLGGSRSISINLMGRSTSGF--CQGGGVGGFGG-GRGFGVGSTGAG-GFG-GGGFGG 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KB5 AG----GFGGPGF-PVCPPGGIQEVTVNQSLLTPLNLQIDPTIQRVRAEEREQIKTLNNK :: .:: :: : ::::::::::.::::: ::.:..:: :::....::::: .:::: NP_778 AGFGTSNFGLGGFGPYCPPGGIQEVTINQSLLEPLHLEVDPEIQRIKTQEREQIMVLNNK 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KB5 FASFIDKVRFLEQQNKVLETKWTLLQEQGTKTVRQNLEPLFEQYINNLRRQLDSIVGERG :::::::::::::::.::.::: :::. .:.: .:::::.:.::..::::.: . .:. NP_778 FASFIDKVRFLEQQNQVLQTKWELLQQVNTSTGTNNLEPLLENYIGDLRRQVDLLSAEQM 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KB5 RLDSELRGMQDLVEDFKNKYEDEINKRTAAENEFVTLKKDVDAAYMNKVELQAKADTLTD : ..:.:.:::.:::.:.::::::::::..::.::.:::::::::..::.:....:::: NP_778 RQNAEVRSMQDVVEDYKSKYEDEINKRTGSENDFVVLKKDVDAAYVSKVDLESRVDTLTG 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KB5 EINFLRALYDAELSQMQTHISDTSVVLSMDNNRNLDLDSIIAEVKAQYEEIAQRSRAEAE :.:::. :. .::::.:::::::.:.:::::::.::::::: :..::: :::::. ::: NP_778 EVNFLKYLFLTELSQVQTHISDTNVILSMDNNRSLDLDSIIDAVRTQYELIAQRSKDEAE 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KB5 SWYQTKYEELQVTAGRHGDDLRNTKQEIAEINRMIQRLRSEIDHVKKQCANLQAAIADAE . :::::.:::.:::::::::.:.:.::::.:: .:::..::..:::: ..:. :.::: NP_778 ALYQTKYQELQITAGRHGDDLKNSKMEIAELNRTVQRLQAEISNVKKQIEQMQSLISDAE 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KB5 QRGEMALKDAKNKLEGLEDALQKAKQDLARLLKEYQELMNVKLALDVEIATYRKLLEGEE .:::.::.:: .::. ::.:::..:..:::::..:: ...:::.:::::::::.:::::: NP_778 ERGEQALQDAWQKLQDLEEALQQSKEELARLLRDYQAMLGVKLSLDVEIATYRQLLEGEE 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 pF1KB5 CRLNGEGVGQVNISVVQSTVS--SGYGGASGVGSGLGLGGGSSYSYGSGLGVGGGFSSSS :..:: ..:.::: .: :: .: ::... ::: : ::::. .::.: . :: .. NP_778 SRMSGELQSHVSISVQNSQVSVNGGAGGGGSYGSG-GYGGGSGGGYGGGRSYRGG--GAR 480 490 500 510 520 530 540 550 560 pF1KB5 GRAIGGGLSSVGGGSSTIKYTTTSSSSRKSYKH ::. :: :. :::... : .. :.: : . NP_778 GRSGGGYGSGCGGGGGS--YGGSGRSGRGSSRVQIIQTSTNTSHRRILE 540 550 560 570 564 residues in 1 query sequences 60827320 residues in 85289 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sat Nov 5 10:06:19 2016 done: Sat Nov 5 10:06:21 2016 Total Scan time: 11.960 Total Display time: 0.140 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]