Result of FASTA (ccds) for pF1KB6010
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB6010, 1231 aa
  1>>>pF1KB6010 1231 - 1231 aa - 1231 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8925+/-0.00111; mu= 21.0206+/- 0.068
 mean_var=92.2013+/-18.503, 0's: 0 Z-trim(104.1): 18  B-trim: 47 in 1/50
 Lambda= 0.133569
 statistics sampled from 7735 (7741) to 7735 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.584), E-opt: 0.2 (0.238), width:  16
 Scan time:  5.130

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS14607.1 STAG2 gene_id:10735|Hs108|chrX         (1231) 8096 1571.4       0
CCDS43990.1 STAG2 gene_id:10735|Hs108|chrX         (1268) 7601 1476.0       0
CCDS3090.1 STAG1 gene_id:10274|Hs108|chr3          (1258) 5509 1072.9       0
CCDS75642.1 STAG3 gene_id:10734|Hs108|chr7         (1226) 3714 727.0  7e-209
CCDS34703.1 STAG3 gene_id:10734|Hs108|chr7         (1225) 3713 726.8  8e-209
CCDS64730.1 STAG3 gene_id:10734|Hs108|chr7         (1167) 3390 664.5 4.2e-190


>>CCDS14607.1 STAG2 gene_id:10735|Hs108|chrX              (1231 aa)
 initn: 8096 init1: 8096 opt: 8096  Z-score: 8427.1  bits: 1571.4 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 8096; 100.0% identity (100.0% similar) in 1231 aa overlap (1-1231:1-1231)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MIAAPEIPTDFNLLQESETHFSSDTDFEDIEGKNQKQGKGKTCKKGKKGPAEKGKGGNGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MIAAPEIPTDFNLLQESETHFSSDTDFEDIEGKNQKQGKGKTCKKGKKGPAEKGKGGNGG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 GKPPSGPNRMNGHHQQNGVENMMLFEVVKMGKSAMQSVVDDWIESYKHDRDIALLDLINF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 GKPPSGPNRMNGHHQQNGVENMMLFEVVKMGKSAMQSVVDDWIESYKHDRDIALLDLINF
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 FIQCSGCKGVVTAEMFRHMQNSEIIRKMTEEFDEDSGDYPLTMAGPQWKKFKSSFCEFIG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 FIQCSGCKGVVTAEMFRHMQNSEIIRKMTEEFDEDSGDYPLTMAGPQWKKFKSSFCEFIG
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 VLVRQCQYSIIYDEYMMDTVISLLTGLSDSQVRAFRHTSTLAAMKLMTALVNVALNLSIN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 VLVRQCQYSIIYDEYMMDTVISLLTGLSDSQVRAFRHTSTLAAMKLMTALVNVALNLSIN
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 MDNTQRQYEAERNKMIGKRANERLELLLQKRKELQENQDEIENMMNAIFKGVFVHRYRDA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MDNTQRQYEAERNKMIGKRANERLELLLQKRKELQENQDEIENMMNAIFKGVFVHRYRDA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB6 IAEIRAICIEEIGIWMKMYSDAFLNDSYLKYVGWTMHDKQGEVRLKCLTALQGLYYNKEL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 IAEIRAICIEEIGIWMKMYSDAFLNDSYLKYVGWTMHDKQGEVRLKCLTALQGLYYNKEL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB6 NSKLELFTSRFKDRIVSMTLDKEYDVAVQAIKLLTLVLQSSEEVLTAEDCENVYHLVYSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 NSKLELFTSRFKDRIVSMTLDKEYDVAVQAIKLLTLVLQSSEEVLTAEDCENVYHLVYSA
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB6 HRPVAVAAGEFLYKKLFSRRDPEEDGMMKRRGRQGPNANLVKTLVFFFLESELHEHAAYL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 HRPVAVAAGEFLYKKLFSRRDPEEDGMMKRRGRQGPNANLVKTLVFFFLESELHEHAAYL
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB6 VDSMWDCATELLKDWECMNSLLLEEPLSGEEALTDRQESALIEIMLCTIRQAAECHPPVG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 VDSMWDCATELLKDWECMNSLLLEEPLSGEEALTDRQESALIEIMLCTIRQAAECHPPVG
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB6 RGTGKRVLTAKEKKTQLDDRTKITELFAVALPQLLAKYSVDAEKVTNLLQLPQYFDLEIY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 RGTGKRVLTAKEKKTQLDDRTKITELFAVALPQLLAKYSVDAEKVTNLLQLPQYFDLEIY
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB6 TTGRLEKHLDALLRQIRNIVEKHTDTDVLEACSKTYHALCNEEFTIFNRVDISRSQLIDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TTGRLEKHLDALLRQIRNIVEKHTDTDVLEACSKTYHALCNEEFTIFNRVDISRSQLIDE
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB6 LADKFNRLLEDFLQEGEEPDEDDAYQVLSTLKRITAFHNAHDLSKWDLFACNYKLLKTGI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LADKFNRLLEDFLQEGEEPDEDDAYQVLSTLKRITAFHNAHDLSKWDLFACNYKLLKTGI
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB6 ENGDMPEQIVIHALQCTHYVILWQLAKITESSSTKEDLLRLKKQMRVFCQICQHYLTNVN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ENGDMPEQIVIHALQCTHYVILWQLAKITESSSTKEDLLRLKKQMRVFCQICQHYLTNVN
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB6 TTVKEQAFTILCDILMIFSHQIMSGGRDMLEPLVYTPDSSLQSELLSFILDHVFIEQDDD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TTVKEQAFTILCDILMIFSHQIMSGGRDMLEPLVYTPDSSLQSELLSFILDHVFIEQDDD
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB6 NNSADGQQEDEASKIEALHKRRNLLAAFCKLIVYTVVEMNTAADIFKQYMKYYNDYGDII
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 NNSADGQQEDEASKIEALHKRRNLLAAFCKLIVYTVVEMNTAADIFKQYMKYYNDYGDII
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KB6 KETMSKTRQIDKIQCAKTLILSLQQLFNEMIQENGYNFDRSSSTFSGIKELARRFALTFG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 KETMSKTRQIDKIQCAKTLILSLQQLFNEMIQENGYNFDRSSSTFSGIKELARRFALTFG
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KB6 LDQLKTREAIAMLHKDGIEFAFKEPNPQGESHPPLNLAFLDILSEFSSKLLRQDKRTVYV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LDQLKTREAIAMLHKDGIEFAFKEPNPQGESHPPLNLAFLDILSEFSSKLLRQDKRTVYV
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KB6 YLEKFMTFQMSLRREDVWLPLMSYRNSLLAGGDDDTMSVISGISSRGSTVRSKKSKPSTG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 YLEKFMTFQMSLRREDVWLPLMSYRNSLLAGGDDDTMSVISGISSRGSTVRSKKSKPSTG
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KB6 KRKVVEGMQLSLTEESSSSDSMWLSREQTLHTPVMMQTPQLTSTIMREPKRLRPEDSFMS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 KRKVVEGMQLSLTEESSSSDSMWLSREQTLHTPVMMQTPQLTSTIMREPKRLRPEDSFMS
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      1160      1170      1180      1190      1200
pF1KB6 VYPMQTEHHQTPLDYNRRGTSLMEDDEEPIVEDVMMSSEGRIEDLNEGMDFDTMDIDLPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 VYPMQTEHHQTPLDYNRRGTSLMEDDEEPIVEDVMMSSEGRIEDLNEGMDFDTMDIDLPP
             1150      1160      1170      1180      1190      1200

             1210      1220      1230 
pF1KB6 SKNRRERTELKPDFFDPASIMDESVLGVSMF
       :::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 SKNRRERTELKPDFFDPASIMDESVLGVSMF
             1210      1220      1230 

>>CCDS43990.1 STAG2 gene_id:10735|Hs108|chrX              (1268 aa)
 initn: 8126 init1: 7601 opt: 7601  Z-score: 7911.4  bits: 1476.0 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 7979; 97.1% identity (97.1% similar) in 1263 aa overlap (1-1226:1-1263)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MIAAPEIPTDFNLLQESETHFSSDTDFEDIEGKNQKQGKGKTCKKGKKGPAEKGKGGNGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MIAAPEIPTDFNLLQESETHFSSDTDFEDIEGKNQKQGKGKTCKKGKKGPAEKGKGGNGG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 GKPPSGPNRMNGHHQQNGVENMMLFEVVKMGKSAMQSVVDDWIESYKHDRDIALLDLINF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 GKPPSGPNRMNGHHQQNGVENMMLFEVVKMGKSAMQSVVDDWIESYKHDRDIALLDLINF
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 FIQCSGCKGVVTAEMFRHMQNSEIIRKMTEEFDEDSGDYPLTMAGPQWKKFKSSFCEFIG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 FIQCSGCKGVVTAEMFRHMQNSEIIRKMTEEFDEDSGDYPLTMAGPQWKKFKSSFCEFIG
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 VLVRQCQYSIIYDEYMMDTVISLLTGLSDSQVRAFRHTSTLAAMKLMTALVNVALNLSIN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 VLVRQCQYSIIYDEYMMDTVISLLTGLSDSQVRAFRHTSTLAAMKLMTALVNVALNLSIN
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 MDNTQRQYEAERNKMIGKRANERLELLLQKRKELQENQDEIENMMNAIFKGVFVHRYRDA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MDNTQRQYEAERNKMIGKRANERLELLLQKRKELQENQDEIENMMNAIFKGVFVHRYRDA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB6 IAEIRAICIEEIGIWMKMYSDAFLNDSYLKYVGWTMHDKQGEVRLKCLTALQGLYYNKEL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 IAEIRAICIEEIGIWMKMYSDAFLNDSYLKYVGWTMHDKQGEVRLKCLTALQGLYYNKEL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB6 NSKLELFTSRFKDRIVSMTLDKEYDVAVQAIKLLTLVLQSSEEVLTAEDCENVYHLVYSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 NSKLELFTSRFKDRIVSMTLDKEYDVAVQAIKLLTLVLQSSEEVLTAEDCENVYHLVYSA
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB6 HRPVAVAAGEFLYKKLFSRRDPEEDGMMKRRGRQGPNANLVKTLVFFFLESELHEHAAYL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 HRPVAVAAGEFLYKKLFSRRDPEEDGMMKRRGRQGPNANLVKTLVFFFLESELHEHAAYL
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB6 VDSMWDCATELLKDWECMNSLLLEEPLSGEEALTDRQESALIEIMLCTIRQAAECHPPVG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 VDSMWDCATELLKDWECMNSLLLEEPLSGEEALTDRQESALIEIMLCTIRQAAECHPPVG
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB6 RGTGKRVLTAKEKKTQLDDRTKITELFAVALPQLLAKYSVDAEKVTNLLQLPQYFDLEIY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 RGTGKRVLTAKEKKTQLDDRTKITELFAVALPQLLAKYSVDAEKVTNLLQLPQYFDLEIY
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB6 TTGRLEKHLDALLRQIRNIVEKHTDTDVLEACSKTYHALCNEEFTIFNRVDISRSQLIDE
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CCDS43 TTGRLEKHLDALLRQIRNIVEKHTDTDVLEACSKTYHALCNEEFTIFNRVDISRSQLIDE
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CCDS43 LADKFNRLLEDFLQEGEEPDEDDAYQVLSTLKRITAFHNAHDLSKWDLFACNYKLLKTGI
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       :::     
CCDS43 SVLGVSMF
               

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Smith-Waterman score: 5782; 70.1% identity (86.9% similar) in 1272 aa overlap (1-1231:1-1258)

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       ::.. :.:.  .  .:. .: .. ...:. : :.. :.:. :.   : :: .:.:.::..
CCDS30 MITS-ELPVLQDSTNETTAHSDAGSELEETEVKGKRKRGRPGRPPSTNKKPRKSPGEKSR
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           .:   .: .: ::: ::::  : . ::::::.:::::::::::::::::.::::::
CCDS30 --IEAGIRGAGRGRANGHPQQNGEGEPVTLFEVVKLGKSAMQSVVDDWIESYKQDRDIAL
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       :::::::::::::.:.:  ::::.:::.::::::::::::::::::::: :::::::.:.
CCDS30 LDLINFFIQCSGCRGTVRIEMFRNMQNAEIIRKMTEEFDEDSGDYPLTMPGPQWKKFRSN
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CCDS30 FCEFIGVLIRQCQYSIIYDEYMMDTVISLLTGLSDSQVRAFRHTSTLAAMKLMTALVNVA
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       :::::..:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::.::
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       :::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::.::.::::::::: :::.:
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       : :.::  ::::::.:::::::::::::::::::.::.:.::.:..:::.:. :::::::
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       ::::::::::::::::::.::::::.::. :... :::::..::.::.. ::.:::::::
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       ::::::::::.:. . :::::::::. ::::::..::::..:::::::::.:.:::::::
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       : :::::::::::::::::.:::.:::.:.:: : ..::.::.:::.:::::.::::.::
CCDS30 EAHPPVGRGTGKRVLTAKERKTQIDDRNKLTEHFIITLPMLLSKYSADAEKVANLLQIPQ
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pF1KB6 YFDLEIYTTGRLEKHLDALLRQIRNIVEKHTDTDVLEACSKTYHALCNEEFTIFNRVDIS
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CCDS30 YFDLEIYSTGRMEKHLDALLKQIKFVVEKHVESDVLEACSKTYSILCSEEYTIQNRVDIA
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pF1KB6 RSQLIDELADKFNRLLEDFLQEGEEPDEDDAYQVLSTLKRITAFHNAHDLSKWDLFACNY
       :::::::..:.::. .::.:::::: :.:: :.:::::::.:.:::::::.:::::.  :
CCDS30 RSQLIDEFVDRFNHSVEDLLQEGEEADDDDIYNVLSTLKRLTSFHNAHDLTKWDLFGNCY
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pF1KB6 KLLKTGIENGDMPEQIVIHALQCTHYVILWQLAKITESSSTKEDLLRLKKQMRVFCQICQ
       .:::::::.: ::::::..::::.:: :::::.:::..: .::::: :.: .. :  .::
CCDS30 RLLKTGIEHGAMPEQIVVQALQCSHYSILWQLVKITDGSPSKEDLLVLRKTVKSFLAVCQ
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pF1KB6 HYLTNVNTTVKEQAFTILCDILMIFSHQIMSGGRDMLEPLVYTPDSSLQSELLSFILDHV
       . :.:::: :::::: .:::.:::::::.:.:::. :.:::..::..::::::::..:::
CCDS30 QCLSNVNTPVKEQAFMLLCDLLMIFSHQLMTGGREGLQPLVFNPDTGLQSELLSFVMDHV
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pF1KB6 FIEQDDDNNSADGQQEDEASKIEALHKRRNLLAAFCKLIVYTVVEMNTAADIFKQYMKYY
       ::.::..:.: .:..::::.::::::::::::::: :::.: .:.:..::::::.:::::
CCDS30 FIDQDEENQSMEGDEEDEANKIEALHKRRNLLAAFSKLIIYDIVDMHAAADIFKHYMKYY
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       ::::::::::.:::::::::::::::::::::::::..::.: :.::.:.  ::::::::
CCDS30 NDYGDIIKETLSKTRQIDKIQCAKTLILSLQQLFNELVQEQGPNLDRTSAHVSGIKELAR
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       ::::::::::.:::::.: :::::::::::  : .:. .:: :::::..:::::::::::
CCDS30 RFALTFGLDQIKTREAVATLHKDGIEFAFKYQNQKGQEYPPPNLAFLEVLSEFSSKLLRQ
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pF1KB6 DKRTVYVYLEKFMTFQMSLRREDVWLPLMSYRNSLLAGGDDDTMSVISGISS-RGSTVRS
       ::.::. :::::.: ::  :::::::::.::::::..::.:: ::: :: :: . :.::.
CCDS30 DKKTVHSYLEKFLTEQMMERREDVWLPLISYRNSLVTGGEDDRMSVNSGSSSSKTSSVRN
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pF1KB6 KKSKPSTGKRKVVEGMQLSLTEESSSSDSMWLSREQTL-HTPVMMQTPQLTSTIMREPKR
       ::..:   :..:          :. : :. ::.: .:. .::  . .::::::..:: .:
CCDS30 KKGRPPLHKKRV----------EDESLDNTWLNRTDTMIQTPGPLPAPQLTSTVLRENSR
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pF1KB6 ------LRPED------SFMSVYPMQTEHHQTPL--DYNRRGTS----------------
              .::.      .:.    ::      :   : ::.  .                
CCDS30 PMGDQIQEPESEHGSEPDFLHNPQMQISWLGQPKLEDLNRKDRTGMNYMKVRTGVRHAVR
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pF1KB6 -LMEDDEEPIVEDVMMSSEGRIEDLNEGMDFDTMDIDLPPSKNRRERTELKPDFFDPASI
        :::.: ::: :::::::....::.:: .. ::: ::::::.:::::.::.::::: :.:
CCDS30 GLMEEDAEPIFEDVMMSSRSQLEDMNEEFE-DTMVIDLPPSRNRRERAELRPDFFDSAAI
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              1230 
pF1KB6 M-DESVLGVSMF
       . :.: .:. ::
CCDS30 IEDDSGFGMPMF
       1250        

>>CCDS75642.1 STAG3 gene_id:10734|Hs108|chr7              (1226 aa)
 initn: 3529 init1: 1682 opt: 3714  Z-score: 3863.6  bits: 727.0 E(32554): 7e-209
Smith-Waterman score: 3757; 51.0% identity (76.1% similar) in 1218 aa overlap (24-1198:49-1223)

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       ::: :..:...:::::::::::.:::..:.::::::.:..:: :.:.. : :::  :::.
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CCDS64 YCTGRLEKHLELFLQQLQEVVVKHAEPAVLEAGAHALYLLCNPEFTFFSRADFARSQLVD
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CCDS64 DTEIQEQAFVLLSDLLLIFSPQMIVGGRDFLRPLVFFPEATLQSELASFLMDHVFI-QPG
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CCDS64 DLGSGDSQ-EDHL-QIERLHQRRRLLAGFCKLLLYGVLEMDAASDVFKHYNKFYNDYGDI
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CCDS64 IKETLTRARQIDRSHCSRILLLSLKQLYTELLQEHGPQGLNELPAFIEMRDLARRFALSF
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CCDS64 SYLEKCLQ-HVSQAPGHPWGPVTTYCHSL------------SPVENTAET--SPQVLPSS
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CCDS64 QDESNEERQDTDMQASSYSSTSERGLDLLDSTELDIEDF                     
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pF1KB6 ESVLGVSMF




1231 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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