FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB6010, 1231 aa 1>>>pF1KB6010 1231 - 1231 aa - 1231 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8925+/-0.00111; mu= 21.0206+/- 0.068 mean_var=92.2013+/-18.503, 0's: 0 Z-trim(104.1): 18 B-trim: 47 in 1/50 Lambda= 0.133569 statistics sampled from 7735 (7741) to 7735 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.584), E-opt: 0.2 (0.238), width: 16 Scan time: 5.130 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS14607.1 STAG2 gene_id:10735|Hs108|chrX (1231) 8096 1571.4 0 CCDS43990.1 STAG2 gene_id:10735|Hs108|chrX (1268) 7601 1476.0 0 CCDS3090.1 STAG1 gene_id:10274|Hs108|chr3 (1258) 5509 1072.9 0 CCDS75642.1 STAG3 gene_id:10734|Hs108|chr7 (1226) 3714 727.0 7e-209 CCDS34703.1 STAG3 gene_id:10734|Hs108|chr7 (1225) 3713 726.8 8e-209 CCDS64730.1 STAG3 gene_id:10734|Hs108|chr7 (1167) 3390 664.5 4.2e-190 >>CCDS14607.1 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CCDS30 MITS-ELPVLQDSTNETTAHSDAGSELEETEVKGKRKRGRPGRPPSTNKKPRKSPGEKSR 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KB6 GGNGGGKPPSGPNRMNGHHQQNGV-ENMMLFEVVKMGKSAMQSVVDDWIESYKHDRDIAL .: .: .: ::: :::: : . ::::::.:::::::::::::::::.:::::: CCDS30 --IEAGIRGAGRGRANGHPQQNGEGEPVTLFEVVKLGKSAMQSVVDDWIESYKQDRDIAL 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KB6 LDLINFFIQCSGCKGVVTAEMFRHMQNSEIIRKMTEEFDEDSGDYPLTMAGPQWKKFKSS :::::::::::::.:.: ::::.:::.::::::::::::::::::::: :::::::.:. CCDS30 LDLINFFIQCSGCRGTVRIEMFRNMQNAEIIRKMTEEFDEDSGDYPLTMPGPQWKKFRSN 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KB6 FCEFIGVLVRQCQYSIIYDEYMMDTVISLLTGLSDSQVRAFRHTSTLAAMKLMTALVNVA ::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS30 FCEFIGVLIRQCQYSIIYDEYMMDTVISLLTGLSDSQVRAFRHTSTLAAMKLMTALVNVA 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KB6 LNLSINMDNTQRQYEAERNKMIGKRANERLELLLQKRKELQENQDEIENMMNAIFKGVFV :::::..:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::.:: CCDS30 LNLSIHQDNTQRQYEAERNKMIGKRANERLELLLQKRKELQENQDEIENMMNSIFKGIFV 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KB6 HRYRDAIAEIRAICIEEIGIWMKMYSDAFLNDSYLKYVGWTMHDKQGEVRLKCLTALQGL :::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::.::.::::::::: :::.: CCDS30 HRYRDAIAEIRAICIEEIGVWMKMYSDAFLNDSYLKYVGWTLHDRQGEVRLKCLKALQSL 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KB6 YYNKELNSKLELFTSRFKDRIVSMTLDKEYDVAVQAIKLLTLVLQSSEEVLTAEDCENVY : :.:: ::::::.:::::::::::::::::::.::.:.::.:..:::.:. ::::::: CCDS30 YTNRELFPKLELFTNRFKDRIVSMTLDKEYDVAVEAIRLVTLILHGSEEALSNEDCENVY 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KB6 HLVYSAHRPVAVAAGEFLYKKLFSRRDPE-EDGMMKRRGRQGPNANLVKTLVFFFLESEL ::::::::::::::::::.::::::.::. :... :::::..::.::.. ::.::::::: CCDS30 HLVYSAHRPVAVAAGEFLHKKLFSRHDPQAEEALAKRRGRNSPNGNLIRMLVLFFLESEL 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 pF1KB6 HEHAAYLVDSMWDCATELLKDWECMNSLLLEEPLSGEEALTDRQESALIEIMLCTIRQAA ::::::::::.:. . :::::::::. ::::::..::::..:::::::::.:.::::::: CCDS30 HEHAAYLVDSLWESSQELLKDWECMTELLLEEPVQGEEAMSDRQESALIELMVCTIRQAA 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 pF1KB6 ECHPPVGRGTGKRVLTAKEKKTQLDDRTKITELFAVALPQLLAKYSVDAEKVTNLLQLPQ : :::::::::::::::::.:::.:::.:.:: : ..::.::.:::.:::::.::::.:: CCDS30 EAHPPVGRGTGKRVLTAKERKTQIDDRNKLTEHFIITLPMLLSKYSADAEKVANLLQIPQ 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 pF1KB6 YFDLEIYTTGRLEKHLDALLRQIRNIVEKHTDTDVLEACSKTYHALCNEEFTIFNRVDIS :::::::.:::.::::::::.::. .::::...:::::::::: ::.::.:: :::::. CCDS30 YFDLEIYSTGRMEKHLDALLKQIKFVVEKHVESDVLEACSKTYSILCSEEYTIQNRVDIA 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 pF1KB6 RSQLIDELADKFNRLLEDFLQEGEEPDEDDAYQVLSTLKRITAFHNAHDLSKWDLFACNY :::::::..:.::. .::.:::::: :.:: :.:::::::.:.:::::::.:::::. : CCDS30 RSQLIDEFVDRFNHSVEDLLQEGEEADDDDIYNVLSTLKRLTSFHNAHDLTKWDLFGNCY 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 pF1KB6 KLLKTGIENGDMPEQIVIHALQCTHYVILWQLAKITESSSTKEDLLRLKKQMRVFCQICQ .:::::::.: ::::::..::::.:: :::::.:::..: .::::: :.: .. : .:: CCDS30 RLLKTGIEHGAMPEQIVVQALQCSHYSILWQLVKITDGSPSKEDLLVLRKTVKSFLAVCQ 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 pF1KB6 HYLTNVNTTVKEQAFTILCDILMIFSHQIMSGGRDMLEPLVYTPDSSLQSELLSFILDHV . :.:::: :::::: .:::.:::::::.:.:::. :.:::..::..::::::::..::: CCDS30 QCLSNVNTPVKEQAFMLLCDLLMIFSHQLMTGGREGLQPLVFNPDTGLQSELLSFVMDHV 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 pF1KB6 FIEQDDDNNSADGQQEDEASKIEALHKRRNLLAAFCKLIVYTVVEMNTAADIFKQYMKYY ::.::..:.: .:..::::.::::::::::::::: :::.: .:.:..::::::.::::: CCDS30 FIDQDEENQSMEGDEEDEANKIEALHKRRNLLAAFSKLIIYDIVDMHAAADIFKHYMKYY 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 pF1KB6 NDYGDIIKETMSKTRQIDKIQCAKTLILSLQQLFNEMIQENGYNFDRSSSTFSGIKELAR ::::::::::.:::::::::::::::::::::::::..::.: :.::.:. :::::::: CCDS30 NDYGDIIKETLSKTRQIDKIQCAKTLILSLQQLFNELVQEQGPNLDRTSAHVSGIKELAR 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 pF1KB6 RFALTFGLDQLKTREAIAMLHKDGIEFAFKEPNPQGESHPPLNLAFLDILSEFSSKLLRQ ::::::::::.:::::.: ::::::::::: : .:. .:: :::::..::::::::::: CCDS30 RFALTFGLDQIKTREAVATLHKDGIEFAFKYQNQKGQEYPPPNLAFLEVLSEFSSKLLRQ 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 pF1KB6 DKRTVYVYLEKFMTFQMSLRREDVWLPLMSYRNSLLAGGDDDTMSVISGISS-RGSTVRS ::.::. :::::.: :: :::::::::.::::::..::.:: ::: :: :: . :.::. CCDS30 DKKTVHSYLEKFLTEQMMERREDVWLPLISYRNSLVTGGEDDRMSVNSGSSSSKTSSVRN 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 pF1KB6 KKSKPSTGKRKVVEGMQLSLTEESSSSDSMWLSREQTL-HTPVMMQTPQLTSTIMREPKR ::..: :..: :. : :. ::.: .:. .:: . .::::::..:: .: CCDS30 KKGRPPLHKKRV----------EDESLDNTWLNRTDTMIQTPGPLPAPQLTSTVLRENSR 1080 1090 1100 1110 1120 1140 1150 1160 pF1KB6 ------LRPED------SFMSVYPMQTEHHQTPL--DYNRRGTS---------------- .::. .:. :: : : ::. . CCDS30 PMGDQIQEPESEHGSEPDFLHNPQMQISWLGQPKLEDLNRKDRTGMNYMKVRTGVRHAVR 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1170 1180 1190 1200 1210 1220 pF1KB6 -LMEDDEEPIVEDVMMSSEGRIEDLNEGMDFDTMDIDLPPSKNRRERTELKPDFFDPASI :::.: ::: :::::::....::.:: .. ::: ::::::.:::::.::.::::: :.: CCDS30 GLMEEDAEPIFEDVMMSSRSQLEDMNEEFE-DTMVIDLPPSRNRRERAELRPDFFDSAAI 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1230 pF1KB6 M-DESVLGVSMF . :.: .:. :: CCDS30 IEDDSGFGMPMF 1250 >>CCDS75642.1 STAG3 gene_id:10734|Hs108|chr7 (1226 aa) initn: 3529 init1: 1682 opt: 3714 Z-score: 3863.6 bits: 727.0 E(32554): 7e-209 Smith-Waterman score: 3757; 51.0% identity (76.1% similar) in 1218 aa overlap (24-1198:49-1223) 10 20 30 40 50 pF1KB6 MIAAPEIPTDFNLLQESETHFSSDTDFEDIEGKNQKQGKGKTCKKGKKGPAEK :::::: ..: :. .: . : :. : CCDS75 SSSSSASLPFDDRDSNHTSEGNGDSLLADEDTDFEDSLNRNVKKRAAK--RPPKTTPVAK 20 30 40 50 60 70 60 70 80 90 100 110 pF1KB6 GKGGNGGGKPPSGPNRMNGH-HQQNGVENMMLFEVVKMGKSAMQSVVDDWIESYKHDRDI .: .: .. : ..:. ::..:: .:: :::.::.:..:::.:.: CCDS75 --------HPKKGSRVVHRHSRKQSEPPANDLFNAVKAAKSDMQSLVDEWLDSYKQDQDA 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KB6 ALLDLINFFIQCSGCKGVVTAEMFRHMQNSEIIRKMTEEFDEDSGDYPLTMAGPQWKKFK ..:.:.::::: ::::.:: :::..:.:::::...::.:.:::::::: ::.::::. CCDS75 GFLELVNFFIQSCGCKGIVTPEMFKKMSNSEIIQHLTEQFNEDSGDYPLIAPGPSWKKFQ 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KB6 SSFCEFIGVLVRQCQYSIIYDEYMMDTVISLLTGLSDSQVRAFRHTSTLAAMKLMTALVN .:::::. .:: :::::..:: . :: .::::::::::::::::::::::::::::.::. CCDS75 GSFCEFVRTLVCQCQYSLLYDGFPMDDLISLLTGLSDSQVRAFRHTSTLAAMKLMTSLVK 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KB6 VALNLSINMDNTQRQYEAERNKMIGKRANERLELLLQKRKELQENQDEIENMMNAIFKGV :::.::...::.:::::::::: :.:: :::: ::.:::::::.:.:::.::::.:.:: CCDS75 VALQLSVHQDNNQRQYEAERNKGPGQRAPERLESLLEKRKELQEHQEEIEGMMNALFRGV 250 260 270 280 290 300 300 310 320 330 340 350 pF1KB6 FVHRYRDAIAEIRAICIEEIGIWMKMYSDAFLNDSYLKYVGWTMHDKQGEVRLKCLTALQ :::::::.. ::::::::::: ::. :: .::.::::::.:::.:::. ::::::. ::. CCDS75 FVHRYRDVLPEIRAICIEEIGCWMQSYSTSFLTDSYLKYIGWTLHDKHREVRLKCVKALK 310 320 330 340 350 360 360 370 380 390 400 410 pF1KB6 GLYYNKELNSKLELFTSRFKDRIVSMTLDKEYDVAVQAIKLLTLVLQSSEEVLTAEDCEN ::: :..:...:::::::::::.:::..:.::::::.:..:: :.:.. : ::: :::. CCDS75 GLYGNRDLTTRLELFTSRFKDRMVSMVMDREYDVAVEAVRLLILILKNMEGVLTDADCES 370 380 390 400 410 420 420 430 440 450 460 pF1KB6 VYHLVYSAHRPVAVAAGEFLYKKLFSRRDPE-EDGMMK-RRGRQGPNAN--LVKTLVFFF :: .::..:: .: ::::::: ::: :: : :: :. ::.:.:. . . :. :: CCDS75 VYPVVYASHRGLASAAGEFLYWKLFY---PECEIRMMGGREQRQSPGAQRTFFQLLLSFF 430 440 450 460 470 480 470 480 490 500 510 520 pF1KB6 LESELHEHAAYLVDSMWDCATELLKDWECMNSLLLEEPLSGEEALTDRQESALIEIMLCT .:::::.::::::::.:::: ::::: ..:::::. .. : : :::.::::.. . CCDS75 VESELHDHAAYLVDSLWDCAGARLKDWEGLTSLLLEK----DQNLGDVQESTLIEILVSS 490 500 510 520 530 540 530 540 550 560 570 580 pF1KB6 IRQAAECHPPVGRGTGKRVLTAKEKKTQLDDRTKITELFAVALPQLLAKYSVDAEKVTNL :::.: :::::: ::.. ::.::.::: :::.:.:: . :::::::.:.:::::: : CCDS75 ARQASEGHPPVGRVTGRKGLTSKERKTQADDRVKLTEHLIPLLPQLLAKFSADAEKVTPL 550 560 570 580 590 600 590 600 610 620 630 640 pF1KB6 LQLPQYFDLEIYTTGRLEKHLDALLRQIRNIVEKHTDTDVLEACSKTYHALCNEEFTIFN ::: . :::.:: ::::::::. .:.:....: ::.. :::: ... . ::: :::.:. CCDS75 LQLLSCFDLHIYCTGRLEKHLELFLQQLQEVVVKHAEPAVLEAGAHALYLLCNPEFTFFS 610 620 630 640 650 660 650 660 670 680 690 700 pF1KB6 RVDISRSQLIDELADKFNRLLEDFLQEGEEPDEDDAYQVLSTLKRITAFHNAHDLSKWDL :.:..::::.: :.:.:.. ::..:: . :::..:.. .::::..::.:.:::..:.: CCDS75 RADFARSQLVDLLTDRFQQELEELLQSSFL-DEDEVYNLAATLKRLSAFYNTHDLTRWEL 670 680 690 700 710 720 710 720 730 740 750 760 pF1KB6 FACNYKLLKTGIENGDMPEQIVIHALQCTHYVILWQLAKITESSSTKEDLLRLKKQMRVF . .::. ....:..:.:... :: ... ::: :..:..:......: :. .: .: CCDS75 YEPCCQLLQKAVDTGEVPHQVILPALTLVYFSILWTLTHISKSDASQKQLSSLRDRMVAF 730 740 750 760 770 780 770 780 790 800 810 820 pF1KB6 CQICQHYLTNVNTTVKEQAFTILCDILMIFSHQIMSGGRDMLEPLVYTPDSSLQSELLSF :..:: :..:.: ..::::..: :.:.::: :.. ::::.:.:::. :...::::: :: CCDS75 CELCQSCLSDVDTEIQEQAFVLLSDLLLIFSPQMIVGGRDFLRPLVFFPEATLQSELASF 790 800 810 820 830 840 830 840 850 860 870 880 pF1KB6 ILDHVFIEQDDDNNSADGQQEDEASKIEALHKRRNLLAAFCKLIVYTVVEMNTAADIFKQ ..::::: : : .:.:.: ::. .:: ::.:: :::.::::..: :.::..:.:.::. CCDS75 LMDHVFI-QPGDLGSGDSQ-EDHL-QIERLHQRRRLLAGFCKLLLYGVLEMDAASDVFKH 850 860 870 880 890 890 900 910 920 930 940 pF1KB6 YMKYYNDYGDIIKETMSKTRQIDKIQCAKTLILSLQQLFNEMIQENGYNFDRSSSTFSGI : :.:::::::::::....::::. .:.. :.:::.::..:..::.: . .: . CCDS75 YNKFYNDYGDIIKETLTRARQIDRSHCSRILLLSLKQLYTELLQEHGPQGLNELPAFIEM 900 910 920 930 940 950 950 960 970 980 990 1000 pF1KB6 KELARRFALTFGLDQLKTREAIAMLHKDGIEFAFKEPNPQGESHPPLNLAFLDILSEFSS ..:::::::.:: .::..:. ..::::.::.:...: : : :. : :::::..::::: CCDS75 RDLARRFALSFGPQQLQNRDLVVMLHKEGIQFSLSELPPAGSSNQPPNLAFLELLSEFSP 960 970 980 990 1000 1010 1010 1020 1030 1040 1050 1060 pF1KB6 KLLRQDKRTVYVYLEKFMTFQMSLRREDVWLPLMSYRNSLLAGGDDDTMSVISGISSRGS .:..:::. . :::: . ..: : :. .: .:: : . . . CCDS75 RLFHQDKQLLLSYLEKCLQ-HVSQAPGHPWGPVTTYCHSL------------SPVENTAE 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 pF1KB6 TVRSKKSKPSTGKRKVVEGMQLSLTEESSSSDSMWLSREQTLHTPVMMQTPQLTSTIM-- : : . ::. ::. ::: :. ::: .:..:. . :: :::: . CCDS75 T--SPQVLPSS-KRRRVEGPAKPNREDVSSS------QEESLQLNSIPPTPTLTSTAVKS 1070 1080 1090 1100 1110 1130 1140 1150 1160 pF1KB6 REP----KRLRPEDS-------------------FMSVYPMQTEHHQT-P-LDYNRRGTS :.: :... ::. :.. .:: :. . : : . : CCDS75 RQPLWGLKEMEEEDGSELDFAQGSQPVAGTERSRFLGPQYFQTPHNPSGPGLGNQLMRLS 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1170 1180 1190 1200 1210 pF1KB6 LMEDDEEPIVEDVMMSSEGRIE-DLN---------EGMDF-DTMDIDLPPSKNRRERTEL :::.::: .: :.: : . :.. .:.:. :. ..:. CCDS75 LMEEDEEEELEIQDESNEERQDTDMQASSYSSTSERGLDLLDSTELDIEDF 1180 1190 1200 1210 1220 1220 1230 pF1KB6 KPDFFDPASIMDESVLGVSMF >>CCDS34703.1 STAG3 gene_id:10734|Hs108|chr7 (1225 aa) initn: 3529 init1: 1682 opt: 3713 Z-score: 3862.5 bits: 726.8 E(32554): 8e-209 Smith-Waterman score: 3764; 51.0% identity (76.2% similar) in 1217 aa overlap (24-1198:49-1222) 10 20 30 40 50 pF1KB6 MIAAPEIPTDFNLLQESETHFSSDTDFEDIEGKNQKQGKGKTCKKGKKGPAEK :::::: ..: :. .: . : :. : CCDS34 SSSSSASLPFDDRDSNHTSEGNGDSLLADEDTDFEDSLNRNVKKRAAK--RPPKTTPVAK 20 30 40 50 60 70 60 70 80 90 100 110 pF1KB6 GKGGNGGGKPPSGPNRMNGH-HQQNGVENMMLFEVVKMGKSAMQSVVDDWIESYKHDRDI .: .: .. : ..:. ::..:: .:: :::.::.:..:::.:.: CCDS34 --------HPKKGSRVVHRHSRKQSEPPANDLFNAVKAAKSDMQSLVDEWLDSYKQDQDA 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KB6 ALLDLINFFIQCSGCKGVVTAEMFRHMQNSEIIRKMTEEFDEDSGDYPLTMAGPQWKKFK ..:.:.::::: ::::.:: :::..:.:::::...::.:.:::::::: ::.::::. CCDS34 GFLELVNFFIQSCGCKGIVTPEMFKKMSNSEIIQHLTEQFNEDSGDYPLIAPGPSWKKFQ 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KB6 SSFCEFIGVLVRQCQYSIIYDEYMMDTVISLLTGLSDSQVRAFRHTSTLAAMKLMTALVN .:::::. .:: :::::..:: . :: .::::::::::::::::::::::::::::.::. CCDS34 GSFCEFVRTLVCQCQYSLLYDGFPMDDLISLLTGLSDSQVRAFRHTSTLAAMKLMTSLVK 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KB6 VALNLSINMDNTQRQYEAERNKMIGKRANERLELLLQKRKELQENQDEIENMMNAIFKGV :::.::...::.:::::::::: :.:: :::: ::.:::::::.:.:::.::::.:.:: CCDS34 VALQLSVHQDNNQRQYEAERNKGPGQRAPERLESLLEKRKELQEHQEEIEGMMNALFRGV 250 260 270 280 290 300 300 310 320 330 340 350 pF1KB6 FVHRYRDAIAEIRAICIEEIGIWMKMYSDAFLNDSYLKYVGWTMHDKQGEVRLKCLTALQ :::::::.. ::::::::::: ::. :: .::.::::::.:::.:::. ::::::. ::. CCDS34 FVHRYRDVLPEIRAICIEEIGCWMQSYSTSFLTDSYLKYIGWTLHDKHREVRLKCVKALK 310 320 330 340 350 360 360 370 380 390 400 410 pF1KB6 GLYYNKELNSKLELFTSRFKDRIVSMTLDKEYDVAVQAIKLLTLVLQSSEEVLTAEDCEN ::: :..:...:::::::::::.:::..:.::::::.:..:: :.:.. : ::: :::. 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