FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6110, 628 aa
1>>>pF1KB6110 628 - 628 aa - 628 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.3506+/-0.000329; mu= 6.7325+/- 0.021
mean_var=178.9132+/-36.627, 0's: 0 Z-trim(122.1): 65 B-trim: 1315 in 1/57
Lambda= 0.095886
statistics sampled from 39696 (39763) to 39696 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.78), E-opt: 0.2 (0.466), width: 16
Scan time: 13.680
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_006090 (OMIM: 605987) E3 SUMO-protein ligase PI ( 628) 4294 606.2 1.1e-172
NP_057250 (OMIM: 603566) E3 SUMO-protein ligase PI ( 651) 2303 330.7 9.5e-90
XP_016878177 (OMIM: 603566) PREDICTED: E3 SUMO-pro ( 653) 2282 327.8 7.2e-89
NP_001307616 (OMIM: 603566) E3 SUMO-protein ligase ( 653) 2282 327.8 7.2e-89
XP_011520429 (OMIM: 603566) PREDICTED: E3 SUMO-pro ( 645) 2279 327.4 9.4e-89
XP_016878178 (OMIM: 603566) PREDICTED: E3 SUMO-pro ( 644) 2275 326.9 1.4e-88
XP_011520428 (OMIM: 603566) PREDICTED: E3 SUMO-pro ( 660) 2275 326.9 1.4e-88
XP_016878179 (OMIM: 603566) PREDICTED: E3 SUMO-pro ( 642) 2274 326.7 1.5e-88
XP_016878180 (OMIM: 603566) PREDICTED: E3 SUMO-pro ( 642) 2274 326.7 1.5e-88
XP_011524561 (OMIM: 603567) PREDICTED: E3 SUMO-pro ( 613) 1814 263.1 2.1e-69
XP_016881557 (OMIM: 603567) PREDICTED: E3 SUMO-pro ( 613) 1814 263.1 2.1e-69
NP_001310976 (OMIM: 603567) E3 SUMO-protein ligase ( 613) 1814 263.1 2.1e-69
XP_011524560 (OMIM: 603567) PREDICTED: E3 SUMO-pro ( 620) 1814 263.1 2.1e-69
XP_005258436 (OMIM: 603567) PREDICTED: E3 SUMO-pro ( 622) 1814 263.1 2.1e-69
XP_005258434 (OMIM: 603567) PREDICTED: E3 SUMO-pro ( 626) 1814 263.1 2.1e-69
XP_006722634 (OMIM: 603567) PREDICTED: E3 SUMO-pro ( 661) 1814 263.1 2.2e-69
XP_016881559 (OMIM: 603567) PREDICTED: E3 SUMO-pro ( 612) 1813 262.9 2.3e-69
NP_001310977 (OMIM: 603567) E3 SUMO-protein ligase ( 612) 1813 262.9 2.3e-69
NP_001310978 (OMIM: 603567) E3 SUMO-protein ligase ( 612) 1813 262.9 2.3e-69
XP_016881558 (OMIM: 603567) PREDICTED: E3 SUMO-pro ( 612) 1813 262.9 2.3e-69
NP_004662 (OMIM: 603567) E3 SUMO-protein ligase PI ( 621) 1813 262.9 2.3e-69
XP_006722635 (OMIM: 603567) PREDICTED: E3 SUMO-pro ( 660) 1813 263.0 2.4e-69
NP_001310975 (OMIM: 603567) E3 SUMO-protein ligase ( 571) 1799 261.0 8.3e-69
XP_016881560 (OMIM: 603567) PREDICTED: E3 SUMO-pro ( 563) 1768 256.7 1.6e-67
XP_016881561 (OMIM: 603567) PREDICTED: E3 SUMO-pro ( 563) 1768 256.7 1.6e-67
NP_001310982 (OMIM: 603567) E3 SUMO-protein ligase ( 563) 1768 256.7 1.6e-67
NP_001310980 (OMIM: 603567) E3 SUMO-protein ligase ( 563) 1768 256.7 1.6e-67
NP_001310983 (OMIM: 603567) E3 SUMO-protein ligase ( 563) 1768 256.7 1.6e-67
NP_001310981 (OMIM: 603567) E3 SUMO-protein ligase ( 563) 1768 256.7 1.6e-67
NP_775298 (OMIM: 603567) E3 SUMO-protein ligase PI ( 572) 1768 256.7 1.6e-67
XP_006722636 (OMIM: 603567) PREDICTED: E3 SUMO-pro ( 611) 1768 256.7 1.7e-67
NP_001310988 (OMIM: 603567) E3 SUMO-protein ligase ( 498) 1722 250.3 1.2e-65
NP_001310986 (OMIM: 603567) E3 SUMO-protein ligase ( 498) 1722 250.3 1.2e-65
NP_001310984 (OMIM: 603567) E3 SUMO-protein ligase ( 498) 1722 250.3 1.2e-65
NP_001310987 (OMIM: 603567) E3 SUMO-protein ligase ( 507) 1722 250.3 1.2e-65
NP_056981 (OMIM: 605989) E3 SUMO-protein ligase PI ( 510) 1455 213.4 1.6e-54
XP_011526362 (OMIM: 605989) PREDICTED: E3 SUMO-pro ( 529) 1439 211.2 7.7e-54
NP_001310989 (OMIM: 603567) E3 SUMO-protein ligase ( 405) 1395 205.0 4.2e-52
XP_016882357 (OMIM: 605989) PREDICTED: E3 SUMO-pro ( 319) 1019 152.9 1.6e-36
XP_016871931 (OMIM: 607159) PREDICTED: zinc finger ( 943) 387 65.8 7.9e-10
XP_011538282 (OMIM: 607159) PREDICTED: zinc finger ( 943) 387 65.8 7.9e-10
XP_011538280 (OMIM: 607159) PREDICTED: zinc finger ( 949) 387 65.8 7.9e-10
XP_016871932 (OMIM: 607159) PREDICTED: zinc finger ( 949) 387 65.8 7.9e-10
XP_016871930 (OMIM: 607159) PREDICTED: zinc finger ( 949) 387 65.8 7.9e-10
XP_011538281 (OMIM: 607159) PREDICTED: zinc finger ( 949) 387 65.8 7.9e-10
XP_016871929 (OMIM: 607159) PREDICTED: zinc finger (1022) 387 65.8 8.4e-10
NP_065071 (OMIM: 607159) zinc finger MIZ domain-co (1067) 387 65.8 8.7e-10
XP_006717987 (OMIM: 607159) PREDICTED: zinc finger (1073) 387 65.8 8.7e-10
XP_006717986 (OMIM: 607159) PREDICTED: zinc finger (1073) 387 65.8 8.7e-10
XP_005270045 (OMIM: 607159) PREDICTED: zinc finger (1073) 387 65.8 8.7e-10
>>NP_006090 (OMIM: 605987) E3 SUMO-protein ligase PIAS3 (628 aa)
initn: 4294 init1: 4294 opt: 4294 Z-score: 3221.0 bits: 606.2 E(85289): 1.1e-172
Smith-Waterman score: 4294; 100.0% identity (100.0% similar) in 628 aa overlap (1-628:1-628)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAELGELKHMVMSFRVSELQVLLGFAGRNKSGRKHELLAKALHLLKSSCAPSVQMKIKEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 MAELGELKHMVMSFRVSELQVLLGFAGRNKSGRKHELLAKALHLLKSSCAPSVQMKIKEL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 YRRRFPRKTLGPSDLSLLSLPPGTSPVGSPGPLAPIPPTLLAPGTLLGPKREVDMHPPLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 YRRRFPRKTLGPSDLSLLSLPPGTSPVGSPGPLAPIPPTLLAPGTLLGPKREVDMHPPLP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 QPVHPDVTMKPLPFYEVYGELIRPTTLASTSSQRFEEAHFTFALTPQQVQQILTSREVLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 QPVHPDVTMKPLPFYEVYGELIRPTTLASTSSQRFEEAHFTFALTPQQVQQILTSREVLP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 GAKCDYTIQVQLRFCLCETSCPQEDYFPPNLFVKVNGKLCPLPGYLPPTKNGAEPKRPSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 GAKCDYTIQVQLRFCLCETSCPQEDYFPPNLFVKVNGKLCPLPGYLPPTKNGAEPKRPSR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 PINITPLARLSATVPNTIVVNWSSEFGRNYSLSVYLVRQLTAGTLLQKLRAKGIRNPDHS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 PINITPLARLSATVPNTIVVNWSSEFGRNYSLSVYLVRQLTAGTLLQKLRAKGIRNPDHS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 RALIKEKLTADPDSEVATTSLRVSLMCPLGKMRLTVPCRALTCAHLQSFDAALYLQMNEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 RALIKEKLTADPDSEVATTSLRVSLMCPLGKMRLTVPCRALTCAHLQSFDAALYLQMNEK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 KPTWTCPVCDKKAPYESLIIDGLFMEILSSCSDCDEIQFMEDGSWCPMKPKKEASEVCPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 KPTWTCPVCDKKAPYESLIIDGLFMEILSSCSDCDEIQFMEDGSWCPMKPKKEASEVCPP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 PGYGLDGLQYSPVQGGDPSENKKKVEVIDLTIESSSDEEDLPPTKKHCSVTSAAIPALPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 PGYGLDGLQYSPVQGGDPSENKKKVEVIDLTIESSSDEEDLPPTKKHCSVTSAAIPALPG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 SKGVLTSGHQPSSVLRSPAMGTLGGDFLSSLPLHEYPPAFPLGADIQGLDLFSFLQTESQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 SKGVLTSGHQPSSVLRSPAMGTLGGDFLSSLPLHEYPPAFPLGADIQGLDLFSFLQTESQ
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 HYGPSVITSLDEQDALGHFFQYRGTPSHFLGPLAPTLGSSHCSATPAPPPGRVSSIVAPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 HYGPSVITSLDEQDALGHFFQYRGTPSHFLGPLAPTLGSSHCSATPAPPPGRVSSIVAPG
550 560 570 580 590 600
610 620
pF1KB6 GALREGHGGPLPSGPSLTGCRSDIISLD
::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 GALREGHGGPLPSGPSLTGCRSDIISLD
610 620
>>NP_057250 (OMIM: 603566) E3 SUMO-protein ligase PIAS1 (651 aa)
initn: 1958 init1: 1388 opt: 2303 Z-score: 1732.2 bits: 330.7 E(85289): 9.5e-90
Smith-Waterman score: 2375; 57.9% identity (78.4% similar) in 663 aa overlap (1-628:1-651)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAELGELKHMVMSFRVSELQVLLGFAGRNKSGRKHELLAKALHLLKSSCAPSVQMKIKEL
::. .:::.::::.::::::::::.::::: :::::::.:::::::..:.:.::::::::
NP_057 MADSAELKQMVMSLRVSELQVLLGYAGRNKHGRKHELLTKALHLLKAGCSPAVQMKIKEL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100
pF1KB6 YRRRFPRKTLGPSDLSLLSLPPGTSPVGSPGPLAP--IP-------P--TLLAPGTLLGP
::::::.: . :.:::. .. .::. :. :.: :: : . : : .::::
NP_057 YRRRFPQKIMTPADLSIPNV--HSSPM--PATLSPSTIPQLTYDGHPASSPLLPVSLLGP
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 KREVDMHPPLP---QPVHPDVTMKPLPFYEVYGELIRPTTLASTSSQRFEEAHFTFALTP
:.:... : : .:::::. .. ::::.. :::.::.::: .::::.:. :.:::::
NP_057 KHELEL-PHLTSALHPVHPDIKLQKLPFYDLLDELIKPTSLASDNSQRFRETCFAFALTP
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 QQVQQILTSREVLPGAKCDYTIQVQLRFCLCETSCPQEDYFPPNLFVKVNGKLCPLPGYL
:::::: .: .. :.:::.:.:::::::: ::::::::.::::: :::: : : :::::
NP_057 QQVQQISSSMDI-SGTKCDFTVQVQLRFCLSETSCPQEDHFPPNLCVKVNTKPCSLPGYL
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 PPTKNGAEPKRPSRPINITPLARLSATVPNTIVVNWSSEFGRNYSLSVYLVRQLTAGTLL
::::::.:::::::::::: :.:::.::::::::.:..:.:::::..::::.::.. .::
NP_057 PPTKNGVEPKRPSRPINITSLVRLSTTVPNTIVVSWTAEIGRNYSMAVYLVKQLSSTVLL
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 QKLRAKGIRNPDHSRALIKEKLTADPDSEVATTSLRVSLMCPLGKMRLTVPCRALTCAHL
:.:::::::::::::::::::::::::::.:::::::::.:::::::::.:::::::.::
NP_057 QRLRAKGIRNPDHSRALIKEKLTADPDSEIATTSLRVSLLCPLGKMRLTIPCRALTCSHL
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB6 QSFDAALYLQMNEKKPTWTCPVCDKKAPYESLIIDGLFMEILSSCSDCDEIQFMEDGSWC
: :::.::.:::::::::.::::::::::: :::::::::::. :.::::::: :::.:
NP_057 QCFDATLYIQMNEKKPTWVCPVCDKKAPYEHLIIDGLFMEILKYCTDCDEIQFKEDGTWA
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB6 PMKPKKEASEVCPPPGYGLDG-----LQYSPVQGGDPSENKKKVEVIDLTIESSSDEEDL
::. :::..:: . :.:: :... .. . :...::::::::::.::::::.
NP_057 PMRSKKEVQEVSASYN-GVDGCLSSTLEHQVASHHQSSNKNKKVEVIDLTIDSSSDEEEE
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KB6 PPT-KKHCSVTSAAIPALPGSKGVLTSGHQPSSVLRSPAMGTLGGDFLSSLPLHEYPPAF
:. :. : : . : ..::.:. :: : : :.:.. .. ..... ...: :
NP_057 EPSAKRTCPSLSPTSPL--NNKGILSLPHQASPVSRTPSLPAVDTSYINTSLIQDYRHPF
480 490 500 510 520 530
530 540 550 560 570
pF1KB6 ---PLGADIQGLDLFSFLQTESQHYGPSVITSL-----DEQDAL--GHFFQYRGTPSHFL
:. :.::::.: ::. ..:::. :.... :.:: : ..:: : .. . ::
NP_057 HMTPMPYDLQGLDFFPFLSGDNQHYNTSLLAAAAAAVSDDQDLLHSSRFFPYTSS-QMFL
540 550 560 570 580 590
580 590 600 610 620
pF1KB6 GPLAPTLGSSHCSATPAPPPGRVSSIVAPGGALREGHGGPLPS-----GPSLTGCRSDII
:. ::. .: . : ::.:. ...:::.:. . . :. : :::
NP_057 DQLSAG-GSTSLPTTNGSSSGSNSSLVS-SNSLRESHSHTVTNRSSTDTASIFGIIPDII
600 610 620 630 640
pF1KB6 SLD
:::
NP_057 SLD
650
>>XP_016878177 (OMIM: 603566) PREDICTED: E3 SUMO-protein (653 aa)
initn: 1937 init1: 1388 opt: 2282 Z-score: 1716.5 bits: 327.8 E(85289): 7.2e-89
Smith-Waterman score: 2354; 57.8% identity (78.4% similar) in 657 aa overlap (7-628:9-653)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MAELGELKHMVMSFRVSELQVLLGFAGRNKSGRKHELLAKALHLLKSSCAPSVQMKIK
.:.::::.::::::::::.::::: :::::::.:::::::..:.:.::::::
XP_016 MFTLQDSYVKQMVMSLRVSELQVLLGYAGRNKHGRKHELLTKALHLLKAGCSPAVQMKIK
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100
pF1KB6 ELYRRRFPRKTLGPSDLSLLSLPPGTSPVGSPGPLAP--IP-------P--TLLAPGTLL
::::::::.: . :.:::. .. .::. :. :.: :: : . : : .::
XP_016 ELYRRRFPQKIMTPADLSIPNVH--SSPM--PATLSPSTIPQLTYDGHPASSPLLPVSLL
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 GPKREVDMHPPLP---QPVHPDVTMKPLPFYEVYGELIRPTTLASTSSQRFEEAHFTFAL
:::.:... : : .:::::. .. ::::.. :::.::.::: .::::.:. :.:::
XP_016 GPKHELEL-PHLTSALHPVHPDIKLQKLPFYDLLDELIKPTSLASDNSQRFRETCFAFAL
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 TPQQVQQILTSREVLPGAKCDYTIQVQLRFCLCETSCPQEDYFPPNLFVKVNGKLCPLPG
:::::::: .: .. :.:::.:.:::::::: ::::::::.::::: :::: : : :::
XP_016 TPQQVQQISSSMDI-SGTKCDFTVQVQLRFCLSETSCPQEDHFPPNLCVKVNTKPCSLPG
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 YLPPTKNGAEPKRPSRPINITPLARLSATVPNTIVVNWSSEFGRNYSLSVYLVRQLTAGT
::::::::.:::::::::::: :.:::.::::::::.:..:.:::::..::::.::.. .
XP_016 YLPPTKNGVEPKRPSRPINITSLVRLSTTVPNTIVVSWTAEIGRNYSMAVYLVKQLSSTV
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 LLQKLRAKGIRNPDHSRALIKEKLTADPDSEVATTSLRVSLMCPLGKMRLTVPCRALTCA
:::.:::::::::::::::::::::::::::.:::::::::.:::::::::.:::::::.
XP_016 LLQRLRAKGIRNPDHSRALIKEKLTADPDSEIATTSLRVSLLCPLGKMRLTIPCRALTCS
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB6 HLQSFDAALYLQMNEKKPTWTCPVCDKKAPYESLIIDGLFMEILSSCSDCDEIQFMEDGS
::: :::.::.:::::::::.::::::::::: :::::::::::. :.::::::: :::.
XP_016 HLQCFDATLYIQMNEKKPTWVCPVCDKKAPYEHLIIDGLFMEILKYCTDCDEIQFKEDGT
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450
pF1KB6 WCPMKPKKEASEVCPPPGYGLDG-----LQYSPVQGGDPSENKKKVEVIDLTIESSSDEE
: ::. :::..:: . :.:: :... .. . :...::::::::::.::::::
XP_016 WAPMRSKKEVQEVSASYN-GVDGCLSSTLEHQVASHHQSSNKNKKVEVIDLTIDSSSDEE
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490 500 510
pF1KB6 DLPPT-KKHCSVTSAAIPALPGSKGVLTSGHQPSSVLRSPAMGTLGGDFLSSLPLHEYPP
. :. :. : : . : ..::.:. :: : : :.:.. .. ..... ...:
XP_016 EEEPSAKRTCPSLSPTSPL--NNKGILSLPHQASPVSRTPSLPAVDTSYINTSLIQDYRH
480 490 500 510 520 530
520 530 540 550 560
pF1KB6 AF---PLGADIQGLDLFSFLQTESQHYGPSVITSL-----DEQDAL--GHFFQYRGTPSH
: :. :.::::.: ::. ..:::. :.... :.:: : ..:: : .. .
XP_016 PFHMTPMPYDLQGLDFFPFLSGDNQHYNTSLLAAAAAAVSDDQDLLHSSRFFPYTSS-QM
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XP_016 IISLD
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NP_001 IISLD
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XP_011 SLD
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pF1KB6 MAELGELKHMVMSFRVSELQVLLGFAGRNKSGRKHELLAKALHLLKSSCAPSVQMKIKEL
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pF1KB6 SLD
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XP_016 SLD
>>XP_011520428 (OMIM: 603566) PREDICTED: E3 SUMO-protein (660 aa)
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XP_011 LIQDYRHPFHMTPMPYDLQGLDFFPFLSGDNQHYNTSLLAAAAAAVSDDQDLLHSSRFFP
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pF1KB6 YRGTPSHFLGPLAPTLGSSHCSATPAPPPGRVSSIVAPGGALREGHGGPLPS-----GPS
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XP_011 YTSS-QMFLDQLSAG-GSTSLPTTNGSSSGSNSSLVS-SNSLRESHSHTVTNRSSTDTAS
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XP_011 IFGIIPDIISLD
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>>XP_016878179 (OMIM: 603566) PREDICTED: E3 SUMO-protein (642 aa)
initn: 1929 init1: 1388 opt: 2274 Z-score: 1710.6 bits: 326.7 E(85289): 1.5e-88
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XP_016 KHELEL-PHLTSALHPVHPDIKLQKLPFYDLLDELIKPTSLASDNSQRFRETCFAFALTP
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pF1KB6 SLD
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XP_016 SLD
640
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]