Result of FASTA (omim) for
pF1KB6112
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6112, 619 aa
1>>>pF1KB6112 619 - 619 aa - 619 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1093+/-0.000341; mu= 16.0577+/- 0.022
mean_var=100.0847+/-20.004, 0's: 0 Z-trim(115.9): 31 B-trim: 14 in 1/57
Lambda= 0.128201
statistics sampled from 26603 (26630) to 26603 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.671), E-opt: 0.2 (0.312), width: 16
Scan time: 11.030
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_006353 (OMIM: 602647) nuclear RNA export factor ( 619) 4139 776.4 0
NP_071336 (OMIM: 300315) nuclear RNA export factor ( 626) 2410 456.6 1.2e-127
NP_001074960 (OMIM: 602647) nuclear RNA export fac ( 356) 2265 429.6 9.1e-120
NP_116564 (OMIM: 300319) nuclear RNA export factor ( 365) 1199 232.4 2.1e-60
NP_071335 (OMIM: 300316) nuclear RNA export factor ( 531) 1004 196.5 2e-49
>>NP_006353 (OMIM: 602647) nuclear RNA export factor 1 i (619 aa)
initn: 4139 init1: 4139 opt: 4139 Z-score: 4141.0 bits: 776.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4139; 100.0% identity (100.0% similar) in 619 aa overlap (1-619:1-619)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MADEGKSYSEHDDERVNFPQRKKKGRGPFRWKYGEGNRRSGRGGSGIRSSRLEEDDGDVA
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NP_006 MADEGKSYSEHDDERVNFPQRKKKGRGPFRWKYGEGNRRSGRGGSGIRSSRLEEDDGDVA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 MSDAQDGPRVRYNPYTTRPNRRGDTWHDRDRIHVTVRRDRAPPERGGAGTSQDGTSKNWF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 MSDAQDGPRVRYNPYTTRPNRRGDTWHDRDRIHVTVRRDRAPPERGGAGTSQDGTSKNWF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 KITIPYGRKYDKAWLLSMIQSKCSVPFTPIEFHYENTRAQFFVEDASTASALKAVNYKIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 KITIPYGRKYDKAWLLSMIQSKCSVPFTPIEFHYENTRAQFFVEDASTASALKAVNYKIL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 DRENRRISIIINSSAPPHTILNELKPEQVEQLKLIMSKRYDGSQQALDLKGLRSDPDLVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 DRENRRISIIINSSAPPHTILNELKPEQVEQLKLIMSKRYDGSQQALDLKGLRSDPDLVA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 QNIDVVLNRRSCMAATLRIIEENIPELLSLNLSNNRLYRLDDMSSIVQKAPNLKILNLSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 QNIDVVLNRRSCMAATLRIIEENIPELLSLNLSNNRLYRLDDMSSIVQKAPNLKILNLSG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 NELKSERELDKIKGLKLEELWLDGNSLCDTFRDQSTYISAIRERFPKLLRLDGHELPPPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 NELKSERELDKIKGLKLEELWLDGNSLCDTFRDQSTYISAIRERFPKLLRLDGHELPPPI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 AFDVEAPTTLPPCKGSYFGTENLKSLVLHFLQQYYAIYDSGDRQGLLDAYHDGACCSLSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 AFDVEAPTTLPPCKGSYFGTENLKSLVLHFLQQYYAIYDSGDRQGLLDAYHDGACCSLSI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 PFIPQNPARSSLAEYFKDSRNVKKLKDPTLRFRLLKHTRLNVVAFLNELPKTQHDVNSFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 PFIPQNPARSSLAEYFKDSRNVKKLKDPTLRFRLLKHTRLNVVAFLNELPKTQHDVNSFV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 VDISAQTSTLLCFSVNGVFKEVDGKSRDSLRAFTRTFIAVPASNSGLCIVNDELFVRNAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 VDISAQTSTLLCFSVNGVFKEVDGKSRDSLRAFTRTFIAVPASNSGLCIVNDELFVRNAS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 SEEIQRAFAMPAPTPSSSPVPTLSPEQQEMLQAFSTQSGMNLEWSQKCLQDNNWDYTRSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 SEEIQRAFAMPAPTPSSSPVPTLSPEQQEMLQAFSTQSGMNLEWSQKCLQDNNWDYTRSA
550 560 570 580 590 600
610
pF1KB6 QAFTHLKAKGEIPEVAFMK
:::::::::::::::::::
NP_006 QAFTHLKAKGEIPEVAFMK
610
>>NP_071336 (OMIM: 300315) nuclear RNA export factor 2 [ (626 aa)
initn: 2303 init1: 2303 opt: 2410 Z-score: 2412.7 bits: 456.6 E(85289): 1.2e-127
Smith-Waterman score: 2410; 59.3% identity (82.8% similar) in 609 aa overlap (9-617:16-622)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MADEGKSYSEHDDERVNFPQRKKKGRGPFRWKYGEGNRRSGRGGSGIRSSRLE
.: :. .: : .::: . :: .. . . . .:: :. .
NP_071 MCSTLKKCGTYRTEVAECHDHGSTF-QGRKKGGSSFRDNFDKRSCHYEHGGYERPPSHCQ
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 EDDGDVAMSDAQDGPRVRYNPYTTRPNRRGDTWHDRDRIHVTVRRDRAPPERGGAGTSQD
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NP_071 ENDGSVEMRDVHKDQQLRHTPYSIRCERRMK-WHSEDEIRITTWRNRKPPERKMSQNTQD
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 GTSKNWFKITIPYGRKYDKAWLLSMIQSKCSVPFTPIEFHYENTRAQFFVEDASTASALK
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NP_071 GYTRNWFKVTIPYGIKYDKAWLMNSIQSHCSDRFTPVDFHYVRNRACFFVQDASAASALK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 AVNYKILDRENRRISIIINSSAPPHTILNELKPEQVEQLKLIMSKRYDGSQQALDLKGLR
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NP_071 DVSYKIYDDENQKICIFVNHSTAPYSVKNKLKPGQMEMLKLTMNKRYNVSQQALDLQNLR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 SDPDLVAQNIDVVLNRRSCMAATLRIIEENIPELLSLNLSNNRLYRLDDMSSIVQKAPNL
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NP_071 FDPDLMGRDIDIILNRRNCMAATLKIIERNFPELLSLNLCNNKLYQLDGLSDITEKAPKV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 KILNLSGNELKSERELDKIKGLKLEELWLDGNSLCDTFRDQSTYISAIRERFPKLLRLDG
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NP_071 KTLNLSKNKLESAWELGKVKGLKLEELWLEGNPLCSTFSDQSAYVSAIRDCFPKLLRLDG
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 HELPPPIAFDVEAPTTLPPCKGSYFGTENLKSLVLHFLQQYYAIYDSGDRQGLLDAYHDG
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NP_071 RELSAPVIVDIDSSETMKPCKENFTGSETLKHLVLQFLQQYYSIYDSGDRQGLLGAYHDE
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB6 ACCSLSIPFIPQNPARSSLAEYFKDSRNVKKLKDPTLRFRLLKHTRLNVVAFLNELPKTQ
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NP_071 ACFSLAIPFDPKDSAPSSLCKYFEDSRNMKTLKDPYLKGELLRRTKRDIVDSLSALPKTQ
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB6 HDVNSFVVDISAQTSTLLCFSVNGVFKEVDGKSRDSLRAFTRTFIAVPASNSGLCIVNDE
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NP_071 HDLSSILVDVWCQTERMLCFSVNGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPGSSSSLCIVNDE
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KB6 LFVRNASSEEIQRAFAMPAPTPSSSPVPTLSPEQQEMLQAFSTQSGMNLEWSQKCLQDNN
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NP_071 LFVRDASPQETQSAFSIPVSTLSSSSEPSLSQEQQEMVQAFSAQSGMKLEWSQKCLQDNE
540 550 560 570 580 590
600 610
pF1KB6 WDYTRSAQAFTHLKAKGEIPEVAFMK
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NP_071 WNYTRAGQAFTMLQTEGKIPAEAFKQIS
600 610 620
>>NP_001074960 (OMIM: 602647) nuclear RNA export factor (356 aa)
initn: 2265 init1: 2265 opt: 2265 Z-score: 2271.2 bits: 429.6 E(85289): 9.1e-120
Smith-Waterman score: 2265; 99.1% identity (99.7% similar) in 341 aa overlap (1-341:1-341)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MADEGKSYSEHDDERVNFPQRKKKGRGPFRWKYGEGNRRSGRGGSGIRSSRLEEDDGDVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MADEGKSYSEHDDERVNFPQRKKKGRGPFRWKYGEGNRRSGRGGSGIRSSRLEEDDGDVA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 MSDAQDGPRVRYNPYTTRPNRRGDTWHDRDRIHVTVRRDRAPPERGGAGTSQDGTSKNWF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MSDAQDGPRVRYNPYTTRPNRRGDTWHDRDRIHVTVRRDRAPPERGGAGTSQDGTSKNWF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 KITIPYGRKYDKAWLLSMIQSKCSVPFTPIEFHYENTRAQFFVEDASTASALKAVNYKIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KITIPYGRKYDKAWLLSMIQSKCSVPFTPIEFHYENTRAQFFVEDASTASALKAVNYKIL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 DRENRRISIIINSSAPPHTILNELKPEQVEQLKLIMSKRYDGSQQALDLKGLRSDPDLVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DRENRRISIIINSSAPPHTILNELKPEQVEQLKLIMSKRYDGSQQALDLKGLRSDPDLVA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 QNIDVVLNRRSCMAATLRIIEENIPELLSLNLSNNRLYRLDDMSSIVQKAPNLKILNLSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QNIDVVLNRRSCMAATLRIIEENIPELLSLNLSNNRLYRLDDMSSIVQKAPNLKILNLSG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 NELKSERELDKIKGLKLEELWLDGNSLCDTFRDQSTYISAIRERFPKLLRLDGHELPPPI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ..
NP_001 NELKSERELDKIKGLKLEELWLDGNSLCDTFRDQSTYIRSVVACVSPPGDLHPLGG
310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 AFDVEAPTTLPPCKGSYFGTENLKSLVLHFLQQYYAIYDSGDRQGLLDAYHDGACCSLSI
>>NP_116564 (OMIM: 300319) nuclear RNA export factor 5 [ (365 aa)
initn: 1262 init1: 1199 opt: 1199 Z-score: 1205.5 bits: 232.4 E(85289): 2.1e-60
Smith-Waterman score: 1316; 54.7% identity (75.5% similar) in 384 aa overlap (111-493:5-351)
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 RRGDTWHDRDRIHVTVRRDRAPPERGGAGTSQDGTSKNWFKITIPYGRKYDKAWLLSMIQ
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NP_116 MRRNTQDENMRKWFKVTIPYGIKYDKAWLMNSIQ
10 20 30
150 160 170 180 190 200
pF1KB6 SKCSVPFTPIEFHYENTRAQFFVEDASTASALKAVNYKILDRENRRISIIINSSAPPHTI
:.:::::::..::: .:: :::. ::.::::: :.::: : ::..: :... . :...
NP_116 SNCSVPFTPVDFHYIRNRACFFVQVASAASALKDVSYKIYDDENQKICIFVSHFTAPYSV
40 50 60 70 80 90
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 LNELKPEQVEQLKLIMSKRYDGSQQALDLKGLRSDPDLVAQNIDVVLNRRSCMAATLRII
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NP_116 KNKLKPGQMEMLKLTMNKRYNVSQQALDLQNLRFDPDLMGRDIDIILNRRNCMAATLKIT
100 110 120 130 140 150
270 280 290 300 310 320
pF1KB6 EENIPELLSLNLSNNRLYRLDDMSSIVQKAPNLKILNLSGNELKSERELDKIKGLKLEEL
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NP_116 ERNFPELLSLNLCNNKLYQLDGLSDITEKAPKVKTLNLSKNKLESAWELGKVKGLKLEEL
160 170 180 190 200 210
330 340 350 360 370 380
pF1KB6 WLDGNSLCDTFRDQSTYISAIRERFPKLLRLDGHELPPPIAFDVEAPTTLPPCKGSYFGT
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NP_116 WLEGNPLCSTFSDQSAYVSAIRDCFPKLLRLDGRELSAPVIVDIDSSETMKPCKENFTGS
220 230 240 250 260 270
390 400 410 420 430 440
pF1KB6 ENLKSLVLHFLQQYYAIYDSGDRQGLLDAYHDGACCSLSIPFIPQNPARSSLAEYFKDSR
:.:: :::.:::: :.: .::::::
NP_116 ETLKHLVLQFLQQ------------------------------------SNLCKYFKDSR
280 290
450 460 470 480 490
pF1KB6 NVKKLKDPTLRFRLLKHTRL-NVVAFLNELPKTQHDVNSFVVDISAQTSTLLCFSVNGVF
:.: :::: :. .:::::. : :. ::.:::: .:..::. :: . ::
NP_116 NIKILKDPYLQRKLLKHTKCPRNVDSLSALPETQHDFTSILVDMWYQTVNT-CFLPRAGP
300 310 320 330 340 350
500 510 520 530 540 550
pF1KB6 KEVDGKSRDSLRAFTRTFIAVPASNSGLCIVNDELFVRNASSEEIQRAFAMPAPTPSSSP
NP_116 ESQSLRPL
360
>>NP_071335 (OMIM: 300316) nuclear RNA export factor 3 [ (531 aa)
initn: 1003 init1: 1003 opt: 1004 Z-score: 1008.3 bits: 196.5 E(85289): 2e-49
Smith-Waterman score: 1677; 49.7% identity (71.4% similar) in 563 aa overlap (11-571:11-529)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MADEGKSYSEHDDERVNFPQRKKKGRGPFRWKYGEGNRRSGRGGSGIRSSRLEEDDGDVA
: :. : ::. . .. .. . :: . :..:: ...:::.:
NP_071 MSLPSGHTTGHTDQVV---QRRARCWDIYQRRF---SSRSEPVNPGMHSSSHQQQDGDAA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB6 MSDAQ-DGPRVRYNPYTTRP-NRRGDTWHDRDRIHVTVRRDRAPPERGGAGTSQDGTSKN
: :. :.: :::.::: : ::.: ... .:. ::...:.. :::: :. ::: .
NP_071 MHGAHMDSP-VRYTPYTISPYNRKG-SFRKQDQTHVNMEREQKPPERRMEGNMPDGTLGS
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 WFKITIPYGRKYDKAWLLSMIQSKCSVPFTPIEFHYENTRAQFFVEDASTASALKAVNYK
:::::.:.: ::.. :::..::..:::::.:.:::::: .:.::::.:: : ::: :. :
NP_071 WFKITVPFGIKYNEKWLLNLIQNECSVPFVPVEFHYENMHASFFVENASIAYALKNVSGK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 ILDRENRRISIIINSSAPPHTILNELKPEQVEQLKLIMSKRYDGSQQALDLKGLRSDPDL
: :..:..:::..: .. :: . ::: :.:::.:: :... : ::.:::.. : ::.
NP_071 IWDEDNEKISIFVNPAGIPHFVHRELKSEKVEQIKLAMNQQCDVSQEALDIQRLPFYPDM
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 VAQNIDVVLNRRSCMAATLRIIEENIPELLSLNLSNNRLYRLDDMSSIVQKAPNLKILNL
: .. .. : :.::::.: . ::::: ..:
NP_071 VNRDTKMASNPRKCMAASLDVHEENIPTVMS-----------------------------
240 250 260
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 SGNELKSERELDKIKGLKLEELWLDGNSLCDTFRDQSTYISAIRERFPKLLRLDGHELPP
.: :.:: ::.. : : . .: :: : :. :..: : ::::: :::.. :
NP_071 AG-------EMDKWKGIEPGEKCADRSPVCTTFSDTSSNINSILELFPKLLCLDGQQSPR
270 280 290 300 310
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 PIAFDVEAPTTLPPCKGSYFGTENLKSLVLHFLQQYYAIYDSGDRQGLLDAYHDGACCSL
.:: :: ::::.::.: ::.:::.:::::: :::::::::::.:::: :: ::
NP_071 ATLCGTEAHKRLPTCKGSFFGSEMLKNLVLQFLQQYYLIYDSGDRQGLLSAYHDEACFSL
320 330 340 350 360 370
420 430 440 450 460 470
pF1KB6 SIPFIPQNPARSSLAEYFKDSRNVKKLKDPTLRFRLLKHTRLNVVAFLNELPKTQHDVNS
:::: :.. : ::. ..::::::.: :::: :: .:::::.:..: :. :::::::..:
NP_071 SIPFNPEDSAPSSFCKFFKDSRNIKILKDPYLRGELLKHTKLDIVDSLSALPKTQHDLSS
380 390 400 410 420 430
480 490 500 510 520 530
pF1KB6 FVVDISAQTSTLLCFSVNGVFKEVDGKSRDSLRAFTRTFIAVPASNSGLCIVNDELFVRN
:.::. :: .::::::::::::.:.:. :. ::::::::.:.:.:.::::::.::::.
NP_071 FLVDMWYQTEWMLCFSVNGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPGSSSSLCIVNDKLFVRD
440 450 460 470 480 490
540 550 560 570 580 590
pF1KB6 ASSEEIQRAFAMPAPTPSSSPVPTLSPEQQEMLQAFSTQSGMNLEWSQKCLQDNNWDYTR
.: . : :. .:: :: ::..: :::.::
NP_071 TSHQGTQSALFTLVPTAFSSSVPAFSQEQQKMLPS
500 510 520 530
600 610
pF1KB6 SAQAFTHLKAKGEIPEVAFMK
619 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 10:07:43 2016 done: Sat Nov 5 10:07:44 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]