Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6143
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6143, 595 aa
1>>>pF1KB6143 595 - 595 aa - 595 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.5706+/-0.00102; mu= 8.4957+/- 0.061
mean_var=133.2308+/-28.943, 0's: 0 Z-trim(107.3): 57 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.111115
statistics sampled from 9451 (9496) to 9451 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.656), E-opt: 0.2 (0.292), width: 16
Scan time: 3.430
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5253.1 SNX9 gene_id:51429|Hs108|chr6 ( 595) 4030 658.0 9.9e-189
CCDS10283.1 SNX33 gene_id:257364|Hs108|chr15 ( 574) 1122 191.8 2.1e-48
CCDS43317.1 SNX18 gene_id:112574|Hs108|chr5 ( 624) 1072 183.8 5.7e-46
CCDS54851.1 SNX18 gene_id:112574|Hs108|chr5 ( 591) 870 151.4 3.1e-36
CCDS3962.1 SNX18 gene_id:112574|Hs108|chr5 ( 628) 870 151.4 3.2e-36
>>CCDS5253.1 SNX9 gene_id:51429|Hs108|chr6 (595 aa)
initn: 4030 init1: 4030 opt: 4030 Z-score: 3501.8 bits: 658.0 E(32554): 9.9e-189
Smith-Waterman score: 4030; 100.0% identity (100.0% similar) in 595 aa overlap (1-595:1-595)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MATKARVMYDFAAEPGNNELTVNEGEIITITNPDVGGGWLEGRNIKGERGLVPTDYVEIL
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CCDS52 MATKARVMYDFAAEPGNNELTVNEGEIITITNPDVGGGWLEGRNIKGERGLVPTDYVEIL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 PSDGKDQFSCGNSVADQAFLDSLSASTAQASSSAASNNHQVGSGNDPWSAWSASKSGNWE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS52 PSDGKDQFSCGNSVADQAFLDSLSASTAQASSSAASNNHQVGSGNDPWSAWSASKSGNWE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS52 SSEGWGAQPEGAGAQRNTNTPNNWDTAFGHPQAYQGPATGDDDDWDEDWDGPKSSSYFKD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 SESADAGGAQRGNSRASSSSMKIPLNKFPGFAKPGTEQYLLAKQLAKPKEKIPIIVGDYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS52 SESADAGGAQRGNSRASSSSMKIPLNKFPGFAKPGTEQYLLAKQLAKPKEKIPIIVGDYG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS52 PMWVYPTSTFDCVVADPRKGSKMYGLKSYIEYQLTPTNTNRSVNHRYKHFDWLYERLLVK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 FGSAIPIPSLPDKQVTGRFEEEFIKMRMERLQAWMTRMCRHPVISESEVFQQFLNFRDEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS52 FGSAIPIPSLPDKQVTGRFEEEFIKMRMERLQAWMTRMCRHPVISESEVFQQFLNFRDEK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 EWKTGKRKAERDELAGVMIFSTMEPEAPDLDLVEIEQKCEAVGKFTKAMDDGVKELLTVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS52 EWKTGKRKAERDELAGVMIFSTMEPEAPDLDLVEIEQKCEAVGKFTKAMDDGVKELLTVG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 QEHWKRCTGPLPKEYQKIGKALQSLATVFSSSGYQGETDLNDAITEAGKTYEEIASLVAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS52 QEHWKRCTGPLPKEYQKIGKALQSLATVFSSSGYQGETDLNDAITEAGKTYEEIASLVAE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 QPKKDLHFLMECNHEYKGFLGCFPDIIGTHKGAIEKVKESDKLVATSKITLQDKQNMVKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS52 QPKKDLHFLMECNHEYKGFLGCFPDIIGTHKGAIEKVKESDKLVATSKITLQDKQNMVKR
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590
pF1KB6 VSIMSYALQAEMNHFHSNRIYDYNSVIRLYLEQQVQFYETIAEKLRQALSRFPVM
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CCDS52 VSIMSYALQAEMNHFHSNRIYDYNSVIRLYLEQQVQFYETIAEKLRQALSRFPVM
550 560 570 580 590
>>CCDS10283.1 SNX33 gene_id:257364|Hs108|chr15 (574 aa)
initn: 1208 init1: 774 opt: 1122 Z-score: 982.6 bits: 191.8 E(32554): 2.1e-48
Smith-Waterman score: 1240; 36.5% identity (66.8% similar) in 600 aa overlap (1-592:1-571)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MATKARVMYDFAAEPGNNELTVNEGEIITITNPDVGGGWLEGRNIKGERGLVPTDYVEIL
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CCDS10 MALKGRALYDFHSE-NKEEISIQQDEDLVIFSETSLDGWLQGQNSRGETGLFPASYVEIV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB6 PSDGKDQFSCGNSVADQAFLDSLSASTAQASSS-AASNNHQVGSGNDPWSAWSASKSGNW
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CCDS10 RS-------------------GISTNHADYSSSPAGSPGAQVSLYNSP-SVASPARSG--
60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 ESSEGWGAQPEGAGAQRNTNTPNNWD---TAFGHPQAYQGPATGDDDDWDEDWDG--PKS
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CCDS10 -GGSGFLSN-QGSFEEDDDDDWDDWDDGCTVVEEPRA-GGLGTNGHPPLNLSYPGAYPSQ
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 SSYFKDSESADAGGAQRGNSRASSSSMKIPLNKFPGFAKPGTEQYLLAK--QLAKPKEKI
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CCDS10 HMAFRPKPPLERQDSLASAKRGSVVGRN--LNRFSCFVRSGVEAFILGDVPMMAKIAETY
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 PIIVGDYGPMWVYPTSTFDCVVADPRKGSKMYGLKSYIEYQLTPTNTNRSVNHRYKHFDW
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CCDS10 SIEMGPRGPQWKANPHPFACSVEDPTKQTKFKGIKSYISYKLTPTHAASPVYRRYKHFDW
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 LYERLLVKFGSAIPIPSLPDKQVTGRFEEEFIKMRMERLQAWMTRMCRHPVISESEVFQQ
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CCDS10 LYNRLLHKF-TVISVPHLPEKQATGRFEEDFIEKRKRRLILWMDHMTSHPVLSQYEGFQH
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 FLNFRDEKEWKTGKRKAERDELAGVMIFSTMEPEAPDLDLVEIEQKCEAVGKFTKAMDDG
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CCDS10 FLSCLDDKQWKMGKRRAEKDEMVGASFLLTFQIPTEHQDLQDVEDRVDTFKAFSKKMDDS
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KB6 VKELLTVGQEHWKRCTGPLPKEYQKIGKALQSLATVFSSSGYQGETDLNDAITEAGKTYE
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CCDS10 VLQLSTVASELVRKHVGGFRKEFQKLGSAFQAISHSFQMDPPFCSEALNSAISHTGRTYE
400 410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KB6 EIASLVAEQPKKDLHFLMECNHEYKGFLGCFPDIIGTHKGAIEKVKESDKLVATSKITLQ
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CCDS10 AIGEMFAEQPKNDLFQMLDTLSLYQGLLSNFPDIIHLQKGAFAKVKESQRMSDEGRMVQD
460 470 480 490 500 510
540 550 560 570 580 590
pF1KB6 DKQNMVKRVSIMSYALQAEMNHFHSNRIYDYNSVIRLYLEQQVQFYETIAEKLRQALSRF
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CCDS10 EADGIRRRCRVVGFALQAEMNHFHQRRELDFKHMMQNYLRQQILFYQRVGQQLEKTLRMY
520 530 540 550 560 570
pF1KB6 PVM
CCDS10 DNL
>>CCDS43317.1 SNX18 gene_id:112574|Hs108|chr5 (624 aa)
initn: 1220 init1: 474 opt: 1072 Z-score: 938.8 bits: 183.8 E(32554): 5.7e-46
Smith-Waterman score: 1236; 36.0% identity (62.9% similar) in 636 aa overlap (1-592:1-621)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MATKARVMYDFAAE-PGNNELTVNEGEIITITNPDVGGGWLEGRNIKGERGLVPTDYVEI
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CCDS43 MALRARALYDFRSENPG--EISLREHEVLSLCSEQDIEGWLEGVNSRGDRGLFPASYVQV
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 LPSDGKDQFSCGNSVADQAFLDSLSASTAQASSSAASNNHQVGSGNDPWSAWSASKSGNW
. . . :. : . . .. . . : . : .:..: . .
CCDS43 IRAPEPGPAGDGGPGAPARYANVPPGGFEPLPVAPPA------SFKPPPDAFQALLQPQ-
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 ESSEGWGAQPEGAGAQRNTNT--PNNWDTAFGHPQAYQGPATGDDDDWDEDWD-------
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CCDS43 QAPPPSTFQPPGAGFPYGGGALQPSPQQL-YGGYQASQG----SDDDWDDEWDDSSTVAD
120 130 140 150 160
180 190 200
pF1KB6 --GPKSSSYFKD---SESADAGGA--------------QRGNSRA---------SSSSMK
: .:. . : : :: .:.: .::.: ::....
CCDS43 EPGALGSGAYPDLDGSSSAGVGAAGRYRLSTRSDLSLGSRGGSVPPQHHPSGPKSSATVS
170 180 190 200 210 220
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 IPLNKFPGFAKPGTEQYLL--AKQLAKPKEKIPIIVGDYGPMWVYPTSTFDCVVADPRKG
::.: :.: : : ..: :. ..: .:. ...: ::: : :.:.. :: :
CCDS43 RNLNRFSTFVKSGGEAFVLGEASGFVKDGDKLCVVLGPYGPEWQENPYPFQCTIDDPTKQ
230 240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KB6 SKMYGLKSYIEYQLTPTNTNRSVNHRYKHFDWLYERLLVKFGSAIPIPSLPDKQVTGRFE
.:. :.:::: :.:.::.:. :..::::::::: :: :: .: .: ::.::.:::::
CCDS43 TKFKGMKSYISYKLVPTHTQVPVHRRYKHFDWLYARLAEKF-PVISVPHLPEKQATGRFE
290 300 310 320 330 340
330 340 350 360 370
pF1KB6 EEFIKMRMERLQAWMTRMCRHPVISESEVFQQFLNF---RDEKEWKTGKRKAERDELAGV
:.::. : . : ::..: :::... .:::.::. ::: :: ::::::.::..:.
CCDS43 EDFISKRRKGLIWWMNHMASHPVLAQCDVFQHFLTCPSSTDEKAWKQGKRKAEKDEMVGA
350 360 370 380 390 400
380 390 400 410 420 430
pF1KB6 MIFSTME-PEAPDLDLVEIEQKCEAVGKFTKAMDDGVKELLTVGQEHWKRCTGPLPKEYQ
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CCDS43 NFFLTLSTPPAAALDLQEVESKIDGFKCFTKKMDDSALQLNHTANEFARKQVTGFKKEYQ
410 420 430 440 450 460
440 450 460 470 480 490
pF1KB6 KIGKALQSLATVFSSSGYQGETDLNDAITEAGKTYEEIASLVAEQPKKDLHFLMECNHEY
:.:.....:. .: . . ::.::. .: .:. :. : ::::..:: .:. :
CCDS43 KVGQSFRGLSQAFELDQQAFSVGLNQAIAFTGDAYDAIGELFAEQPRQDLDPVMDLLALY
470 480 490 500 510 520
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pF1KB6 KGFLGCFPDIIGTHKGAIEKVKESDKLVATSKITLQDKQNMVKRVSIMSYALQAEMNHFH
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CCDS43 QGHLANFPDIIHVQKGALTKVKESRRHVEEGKMEVQKADGIQDRCNTISFATLAEIHHFH
530 540 550 560 570 580
560 570 580 590
pF1KB6 SNRIYDYNSVIRLYLEQQVQFYETIAEKLRQALSRFPVM
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CCDS43 QIRVRDFKSQMQHFLQQQIIFFQKVTQKLEEALHKYDSV
590 600 610 620
>>CCDS54851.1 SNX18 gene_id:112574|Hs108|chr5 (591 aa)
initn: 1029 init1: 283 opt: 870 Z-score: 764.1 bits: 151.4 E(32554): 3.1e-36
Smith-Waterman score: 1034; 36.2% identity (61.3% similar) in 556 aa overlap (1-512:1-541)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MATKARVMYDFAAE-PGNNELTVNEGEIITITNPDVGGGWLEGRNIKGERGLVPTDYVEI
:: .::..::: .: :: :... : :.... . . ::::: : .:.::: :..::..
CCDS54 MALRARALYDFRSENPG--EISLREHEVLSLCSEQDIEGWLEGVNSRGDRGLFPASYVQV
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 LPSDGKDQFSCGNSVADQAFLDSLSASTAQASSSAASNNHQVGSGNDPWSAWSASKSGNW
. . . :. : . . .. . . : . : .:..: . .
CCDS54 IRAPEPGPAGDGGPGAPARYANVPPGGFEPLPVAPPA------SFKPPPDAFQALLQPQ-
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 ESSEGWGAQPEGAGAQRNTNT--PNNWDTAFGHPQAYQGPATGDDDDWDEDWD-------
.. :: ::: . .. :. . .: :: :: .:::::..::
CCDS54 QAPPPSTFQPPGAGFPYGGGALQPSPQQL-YGGYQASQG----SDDDWDDEWDDSSTVAD
120 130 140 150 160
180 190 200
pF1KB6 --GPKSSSYFKD---SESADAGGA--------------QRGNSRA---------SSSSMK
: .:. . : : :: .:.: .::.: ::....
CCDS54 EPGALGSGAYPDLDGSSSAGVGAAGRYRLSTRSDLSLGSRGGSVPPQHHPSGPKSSATVS
170 180 190 200 210 220
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 IPLNKFPGFAKPGTEQYLL--AKQLAKPKEKIPIIVGDYGPMWVYPTSTFDCVVADPRKG
::.: :.: : : ..: :. ..: .:. ...: ::: : :.:.. :: :
CCDS54 RNLNRFSTFVKSGGEAFVLGEASGFVKDGDKLCVVLGPYGPEWQENPYPFQCTIDDPTKQ
230 240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KB6 SKMYGLKSYIEYQLTPTNTNRSVNHRYKHFDWLYERLLVKFGSAIPIPSLPDKQVTGRFE
.:. :.:::: :.:.::.:. :..::::::::: :: :: .: .: ::.::.:::::
CCDS54 TKFKGMKSYISYKLVPTHTQVPVHRRYKHFDWLYARLAEKF-PVISVPHLPEKQATGRFE
290 300 310 320 330 340
330 340 350 360 370
pF1KB6 EEFIKMRMERLQAWMTRMCRHPVISESEVFQQFLNF---RDEKEWKTGKRKAERDELAGV
:.::. : . : ::..: :::... .:::.::. ::: :: ::::::.::..:.
CCDS54 EDFISKRRKGLIWWMNHMASHPVLAQCDVFQHFLTCPSSTDEKAWKQGKRKAEKDEMVGA
350 360 370 380 390 400
380 390 400 410 420 430
pF1KB6 MIFSTME-PEAPDLDLVEIEQKCEAVGKFTKAMDDGVKELLTVGQEHWKRCTGPLPKEYQ
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CCDS54 NFFLTLSTPPAAALDLQEVESKIDGFKCFTKKMDDSALQLNHTANEFARKQVTGFKKEYQ
410 420 430 440 450 460
440 450 460 470 480 490
pF1KB6 KIGKALQSLATVFSSSGYQGETDLNDAITEAGKTYEEIASLVAEQPKKDLHFLMECNHEY
:.:.....:. .: . . ::.::. .: .:. :. : ::::..:: .:. :
CCDS54 KVGQSFRGLSQAFELDQQAFSVGLNQAIAFTGDAYDAIGELFAEQPRQDLDPVMDLLALY
470 480 490 500 510 520
500 510 520 530 540 550
pF1KB6 KGFLGCFPDIIGTHKGAIEKVKESDKLVATSKITLQDKQNMVKRVSIMSYALQAEMNHFH
.: :. ::::: ..::
CCDS54 QGHLANFPDIIHVQKGKAWPLEQVIWSVLCRLKGATLTAVPLWVSESYSTGEEASRDVDA
530 540 550 560 570 580
>>CCDS3962.1 SNX18 gene_id:112574|Hs108|chr5 (628 aa)
initn: 1029 init1: 283 opt: 870 Z-score: 763.7 bits: 151.4 E(32554): 3.2e-36
Smith-Waterman score: 1034; 36.2% identity (61.3% similar) in 556 aa overlap (1-512:1-541)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MATKARVMYDFAAE-PGNNELTVNEGEIITITNPDVGGGWLEGRNIKGERGLVPTDYVEI
:: .::..::: .: :: :... : :.... . . ::::: : .:.::: :..::..
CCDS39 MALRARALYDFRSENPG--EISLREHEVLSLCSEQDIEGWLEGVNSRGDRGLFPASYVQV
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 LPSDGKDQFSCGNSVADQAFLDSLSASTAQASSSAASNNHQVGSGNDPWSAWSASKSGNW
. . . :. : . . .. . . : . : .:..: . .
CCDS39 IRAPEPGPAGDGGPGAPARYANVPPGGFEPLPVAPPA------SFKPPPDAFQALLQPQ-
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 ESSEGWGAQPEGAGAQRNTNT--PNNWDTAFGHPQAYQGPATGDDDDWDEDWD-------
.. :: ::: . .. :. . .: :: :: .:::::..::
CCDS39 QAPPPSTFQPPGAGFPYGGGALQPSPQQL-YGGYQASQG----SDDDWDDEWDDSSTVAD
120 130 140 150 160
180 190 200
pF1KB6 --GPKSSSYFKD---SESADAGGA--------------QRGNSRA---------SSSSMK
: .:. . : : :: .:.: .::.: ::....
CCDS39 EPGALGSGAYPDLDGSSSAGVGAAGRYRLSTRSDLSLGSRGGSVPPQHHPSGPKSSATVS
170 180 190 200 210 220
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 IPLNKFPGFAKPGTEQYLL--AKQLAKPKEKIPIIVGDYGPMWVYPTSTFDCVVADPRKG
::.: :.: : : ..: :. ..: .:. ...: ::: : :.:.. :: :
CCDS39 RNLNRFSTFVKSGGEAFVLGEASGFVKDGDKLCVVLGPYGPEWQENPYPFQCTIDDPTKQ
230 240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KB6 SKMYGLKSYIEYQLTPTNTNRSVNHRYKHFDWLYERLLVKFGSAIPIPSLPDKQVTGRFE
.:. :.:::: :.:.::.:. :..::::::::: :: :: .: .: ::.::.:::::
CCDS39 TKFKGMKSYISYKLVPTHTQVPVHRRYKHFDWLYARLAEKF-PVISVPHLPEKQATGRFE
290 300 310 320 330 340
330 340 350 360 370
pF1KB6 EEFIKMRMERLQAWMTRMCRHPVISESEVFQQFLNF---RDEKEWKTGKRKAERDELAGV
:.::. : . : ::..: :::... .:::.::. ::: :: ::::::.::..:.
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