Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6151
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6151, 596 aa
1>>>pF1KB6151 596 - 596 aa - 596 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8452+/-0.00105; mu= 15.6100+/- 0.063
mean_var=60.4364+/-12.236, 0's: 0 Z-trim(102.9): 22 B-trim: 243 in 1/49
Lambda= 0.164978
statistics sampled from 7148 (7163) to 7148 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.581), E-opt: 0.2 (0.22), width: 16
Scan time: 2.100
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9231.1 VPS33A gene_id:65082|Hs108|chr12 ( 596) 3897 936.4 0
CCDS10369.1 VPS33B gene_id:26276|Hs108|chr15 ( 617) 525 133.8 6.3e-31
CCDS73783.1 VPS33B gene_id:26276|Hs108|chr15 ( 590) 464 119.3 1.4e-26
>>CCDS9231.1 VPS33A gene_id:65082|Hs108|chr12 (596 aa)
initn: 3897 init1: 3897 opt: 3897 Z-score: 5006.5 bits: 936.4 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3897; 100.0% identity (100.0% similar) in 596 aa overlap (1-596:1-596)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAAHLSYGRVNLNVLREAVRRELREFLDKCAGSKAIVWDEYLTGPFGLIAQYSLLKEHEV
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CCDS92 MAAHLSYGRVNLNVLREAVRRELREFLDKCAGSKAIVWDEYLTGPFGLIAQYSLLKEHEV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 EKMFTLKGNRLPAADVKNIIFFVRPRLELMDIIAENVLSEDRRGPTRDFHILFVPRRSLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 EKMFTLKGNRLPAADVKNIIFFVRPRLELMDIIAENVLSEDRRGPTRDFHILFVPRRSLL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 CEQRLKDLGVLGSFIHREEYSLDLIPFDGDLLSMESEGAFKECYLEGDQTSLYHAAKGLM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 CEQRLKDLGVLGSFIHREEYSLDLIPFDGDLLSMESEGAFKECYLEGDQTSLYHAAKGLM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 TLQALYGTIPQIFGKGECARQVANMMIRMKREFTGSQNSIFPVFDNLLLLDRNVDLLTPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 TLQALYGTIPQIFGKGECARQVANMMIRMKREFTGSQNSIFPVFDNLLLLDRNVDLLTPL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 ATQLTYEGLIDEIYGIQNSYVKLPPEKFAPKKQGDGGKDLPTEAKKLQLNSAEELYAEIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 ATQLTYEGLIDEIYGIQNSYVKLPPEKFAPKKQGDGGKDLPTEAKKLQLNSAEELYAEIR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 DKNFNAVGSVLSKKAKIISAAFEERHNAKTVGEIKQFVSQLPHMQAARGSLANHTSIAEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 DKNFNAVGSVLSKKAKIISAAFEERHNAKTVGEIKQFVSQLPHMQAARGSLANHTSIAEL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 IKDVTTSEDFFDKLTVEQEFMSGIDTDKVNNYIEDCIAQKHSLIKVLRLVCLQSVCNSGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 IKDVTTSEDFFDKLTVEQEFMSGIDTDKVNNYIEDCIAQKHSLIKVLRLVCLQSVCNSGL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 KQKVLDYYKREILQTYGYEHILTLHNLEKAGLLKPQTGGRNNYPTIRKTLRLWMDDVNEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 KQKVLDYYKREILQTYGYEHILTLHNLEKAGLLKPQTGGRNNYPTIRKTLRLWMDDVNEQ
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 NPTDISYVYSGYAPLSVRLAQLLSRPGWRSIEEVLRILPGPHFEERQPLPTGLQKKRQPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 NPTDISYVYSGYAPLSVRLAQLLSRPGWRSIEEVLRILPGPHFEERQPLPTGLQKKRQPG
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590
pF1KB6 ENRVTLIFFLGGVTFAEIAALRFLSQLEDGGTEYVIATTKLMNGTSWIEALMEKPF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 ENRVTLIFFLGGVTFAEIAALRFLSQLEDGGTEYVIATTKLMNGTSWIEALMEKPF
550 560 570 580 590
>>CCDS10369.1 VPS33B gene_id:26276|Hs108|chr15 (617 aa)
initn: 825 init1: 315 opt: 525 Z-score: 668.7 bits: 133.8 E(32554): 6.3e-31
Smith-Waterman score: 990; 31.6% identity (63.0% similar) in 621 aa overlap (11-593:14-614)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MAAHLSYGRVNLNVLREAVRRELREFLDKCAGSKAIVWDEYLTGPFGLIAQYSLLKE
....:.. .: .: .:.. :.: . . : .:. ::. :.::.
CCDS10 MAFPHRPDAPELPDFSMLKRLARDQLIYLLEQLPGKKDLFIEADLMSPLDRIANVSILKQ
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 HEVEKMFTLKGNRLPAADVKNIIFFVRPRLELMDIIAENVLSEDRRGPTRDFHILFVPRR
:::.:.. .. :. .. ... :.::::.. : :: : .. : :: ....: :..
CCDS10 HEVDKLYKVE-NKPALSSNEQLCFLVRPRIKNMRYIASLVNADKLAGRTRKYKVIFSPQK
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 SLLCEQRLKDLGVLGSFIHREEYSLDLIPFDGDLLSMESEGAFKECYLEGDQTSLYHAAK
::. :.. :. :. . .:....:.:.: :::::: :.. .::::: . .:.
CCDS10 FYACEMVLEEEGIYGD-VSCDEWAFSLLPLDVDLLSMELPEFFRDYFLEGDQRWINTVAQ
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 GLMTLQALYGTIPQIFGKGECARQVANMMIRMKREFTGSQNSIFPVFDNLLLLDRNVDLL
.: :..::: .:. .: :.::... .. ...: : .. : . ...::::.::..
CCDS10 ALHLLSTLYGPFPNCYGIGRCAKMAYELWRNLEEEEDGETKGRRPEIGHIFLLDRDVDFV
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 TPLATQLTYEGLIDEIYGIQNSYVKLPPEKFAPKKQGDGGKDLPTEAKKLQLNSAEELYA
: : .:..::::.:. . :. . : . :: . : . :. ::. ....
CCDS10 TALCSQVVYEGLVDDTFRIKCGSVDFGPEVTSSDK-----------SLKVLLNAEDKVFN
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 EIRDKNFNAVGSVLSKKAKIISAAFEERHNAKTVGEIKQFVSQ-LPHMQAARGSLANHTS
:::...:. : . ::.::. ..: ...:.. . ..:.:::: : .. . :. : .
CCDS10 EIRNEHFSNVFGFLSQKARNLQAQYDRRRGMD-IKQMKNFVSQELKGLKQEHRLLSLHIG
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 IAELIKDVTTSEDFFDKLTVEQEFMSGIDTDKVNNYIEDCIAQKHSLIKVLRLVCLQSVC
: : :..:: . . .:. .. :.. . ..:::. : .. : :. :::.:: :.
CCDS10 ACESIMKKKTKQDFQELIKTEHALLEGFNIRESTSYIEEHIDRQVSPIESLRLMCLLSIT
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450
pF1KB6 NSGLKQKVLDYYKREILQTYGYEHILTLHNLEKAGLLKPQTGG-----------------
..:: : : . ::.:: ::.::. ::..:::: :. :
CCDS10 ENGLIPKDYRSLKTQYLQSYGPEHLLTFSNLRRAGLLTEQAPGDTLTAVESKVSKLVTDK
410 420 430 440 450 460
460 470 480 490 500
pF1KB6 --------------RNNYPTIRKTLRLW--MD-DVNEQNPTDISYVYSG-YAPLSVRLA-
:.:. .: : : : .: . . . : :..::..: :.::: :.
CCDS10 AAGKITDAFSSLAKRSNFRAISKKLNLIPRVDGEYDLKVPRDMAYVFGGAYVPLSCRIIE
470 480 490 500 510 520
510 520 530 540 550
pF1KB6 QLLSRPGWRSIEEVLRILPGPHFEERQPLPTGLQKKRQPGEN-RVTLIFFLGGVTFAEIA
:.: : .:....::.:.: : . .. . .:. :. :. :::: ::.::.
CCDS10 QVLERRSWQGLDEVVRLLNCSDFA----FTDMTKEDKASSESLRLILVVFLGGCTFSEIS
530 540 550 560 570 580
560 570 580 590
pF1KB6 ALRFLSQLEDGGTEYVIATTKLMNGTSWIEALMEKPF
:::::.. . : .... :: . :.. .::. :
CCDS10 ALRFLGR--EKGYRFIFLTTAVTNSARLMEAMSEVKA
590 600 610
>>CCDS73783.1 VPS33B gene_id:26276|Hs108|chr15 (590 aa)
initn: 773 init1: 315 opt: 464 Z-score: 590.6 bits: 119.3 E(32554): 1.4e-26
Smith-Waterman score: 929; 31.9% identity (62.6% similar) in 580 aa overlap (52-593:28-587)
30 40 50 60 70 80
pF1KB6 ELREFLDKCAGSKAIVWDEYLTGPFGLIAQYSLLKEHEVEKMFTLKGNRLPAADVKNIIF
: : ..:::.:.. .. :. .. ... :
CCDS73 MAFPHRPDAPELPDFSMLKRLARDQLIYLLEQQHEVDKLYKVE-NKPALSSNEQLCF
10 20 30 40 50
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 FVRPRLELMDIIAENVLSEDRRGPTRDFHILFVPRRSLLCEQRLKDLGVLGSFIHREEYS
.::::.. : :: : .. : :: ....: :.. ::. :.. :. :. . .:..
CCDS73 LVRPRIKNMRYIASLVNADKLAGRTRKYKVIFSPQKFYACEMVLEEEGIYGD-VSCDEWA
60 70 80 90 100 110
150 160 170 180 190 200
pF1KB6 LDLIPFDGDLLSMESEGAFKECYLEGDQTSLYHAAKGLMTLQALYGTIPQIFGKGECARQ
..:.:.: :::::: :.. .::::: . .:..: :..::: .:. .: :.::..
CCDS73 FSLLPLDVDLLSMELPEFFRDYFLEGDQRWINTVAQALHLLSTLYGPFPNCYGIGRCAKM
120 130 140 150 160 170
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 VANMMIRMKREFTGSQNSIFPVFDNLLLLDRNVDLLTPLATQLTYEGLIDEIYGIQNSYV
. .. ...: : .. : . ...::::.::..: : .:..::::.:. . :. . :
CCDS73 AYELWRNLEEEEDGETKGRRPEIGHIFLLDRDVDFVTALCSQVVYEGLVDDTFRIKCGSV
180 190 200 210 220 230
270 280 290 300 310 320
pF1KB6 KLPPEKFAPKKQGDGGKDLPTEAKKLQLNSAEELYAEIRDKNFNAVGSVLSKKAKIISAA
. :: . : . :. ::. .... :::...:. : . ::.::. ..:
CCDS73 DFGPEVTSSDK-----------SLKVLLNAEDKVFNEIRNEHFSNVFGFLSQKARNLQAQ
240 250 260 270 280
330 340 350 360 370 380
pF1KB6 FEERHNAKTVGEIKQFVSQ-LPHMQAARGSLANHTSIAELIKDVTTSEDFFDKLTVEQEF
...:.. . ..:.:::: : .. . :. : . : : :..:: . . .:. .
CCDS73 YDRRRGMD-IKQMKNFVSQELKGLKQEHRLLSLHIGACESIMKKKTKQDFQELIKTEHAL
290 300 310 320 330 340
390 400 410 420 430 440
pF1KB6 MSGIDTDKVNNYIEDCIAQKHSLIKVLRLVCLQSVCNSGLKQKVLDYYKREILQTYGYEH
. :.. . ..:::. : .. : :. :::.:: :. ..:: : : . ::.:: ::
CCDS73 LEGFNIRESTSYIEEHIDRQVSPIESLRLMCLLSITENGLIPKDYRSLKTQYLQSYGPEH
350 360 370 380 390 400
450 460
pF1KB6 ILTLHNLEKAGLLKPQTGG-------------------------------RNNYPTIRKT
.::. ::..:::: :. : :.:. .: :
CCDS73 LLTFSNLRRAGLLTEQAPGDTLTAVESKVSKLVTDKAAGKITDAFSSLAKRSNFRAISKK
410 420 430 440 450 460
470 480 490 500 510 520
pF1KB6 LRLW--MD-DVNEQNPTDISYVYSG-YAPLSVRLA-QLLSRPGWRSIEEVLRILPGPHFE
: : .: . . . : :..::..: :.::: :. :.: : .:....::.:.: :
CCDS73 LNLIPRVDGEYDLKVPRDMAYVFGGAYVPLSCRIIEQVLERRSWQGLDEVVRLLNCSDFA
470 480 490 500 510 520
530 540 550 560 570 580
pF1KB6 ERQPLPTGLQKKRQPGEN-RVTLIFFLGGVTFAEIAALRFLSQLEDGGTEYVIATTKLMN
. .. . .:. :. :. :::: ::.::.:::::.. . : .... :: . :
CCDS73 ----FTDMTKEDKASSESLRLILVVFLGGCTFSEISALRFLGR--EKGYRFIFLTTAVTN
530 540 550 560 570
590
pF1KB6 GTSWIEALMEKPF
.. .::. :
CCDS73 SARLMEAMSEVKA
580 590
596 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 13:37:03 2016 done: Sat Nov 5 13:37:04 2016
Total Scan time: 2.100 Total Display time: 0.000
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]