Result of FASTA (omim) for
pF1KB6151
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6151, 596 aa
1>>>pF1KB6151 596 - 596 aa - 596 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6422+/-0.000412; mu= 16.9132+/- 0.026
mean_var=62.6895+/-12.534, 0's: 0 Z-trim(110.2): 25 B-trim: 208 in 1/54
Lambda= 0.161986
statistics sampled from 18513 (18532) to 18513 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.562), E-opt: 0.2 (0.217), width: 16
Scan time: 7.350
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_075067 (OMIM: 610034) vacuolar protein sorting- ( 596) 3897 919.8 0
NP_061138 (OMIM: 208085,608552) vacuolar protein s ( 617) 525 131.8 6.7e-30
NP_001276077 (OMIM: 208085,608552) vacuolar protei ( 590) 464 117.5 1.3e-25
XP_011519750 (OMIM: 208085,608552) PREDICTED: vacu ( 526) 389 100.0 2.1e-20
NP_001276078 (OMIM: 208085,608552) vacuolar protei ( 526) 389 100.0 2.1e-20
XP_005254944 (OMIM: 208085,608552) PREDICTED: vacu ( 526) 389 100.0 2.1e-20
XP_016877565 (OMIM: 208085,608552) PREDICTED: vacu ( 502) 328 85.7 4e-16
XP_016877564 (OMIM: 208085,608552) PREDICTED: vacu ( 502) 328 85.7 4e-16
XP_011519751 (OMIM: 208085,608552) PREDICTED: vacu ( 509) 315 82.7 3.3e-15
XP_016855653 (OMIM: 610035,615285) PREDICTED: vacu ( 503) 190 53.5 2e-06
NP_009190 (OMIM: 610035,615285) vacuolar protein s ( 570) 190 53.5 2.3e-06
NP_001266283 (OMIM: 610035,615285) vacuolar protei ( 534) 156 45.5 0.00053
>>NP_075067 (OMIM: 610034) vacuolar protein sorting-asso (596 aa)
initn: 3897 init1: 3897 opt: 3897 Z-score: 4916.9 bits: 919.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 3897; 100.0% identity (100.0% similar) in 596 aa overlap (1-596:1-596)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAAHLSYGRVNLNVLREAVRRELREFLDKCAGSKAIVWDEYLTGPFGLIAQYSLLKEHEV
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NP_075 MAAHLSYGRVNLNVLREAVRRELREFLDKCAGSKAIVWDEYLTGPFGLIAQYSLLKEHEV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 EKMFTLKGNRLPAADVKNIIFFVRPRLELMDIIAENVLSEDRRGPTRDFHILFVPRRSLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_075 EKMFTLKGNRLPAADVKNIIFFVRPRLELMDIIAENVLSEDRRGPTRDFHILFVPRRSLL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 CEQRLKDLGVLGSFIHREEYSLDLIPFDGDLLSMESEGAFKECYLEGDQTSLYHAAKGLM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_075 CEQRLKDLGVLGSFIHREEYSLDLIPFDGDLLSMESEGAFKECYLEGDQTSLYHAAKGLM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 TLQALYGTIPQIFGKGECARQVANMMIRMKREFTGSQNSIFPVFDNLLLLDRNVDLLTPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_075 TLQALYGTIPQIFGKGECARQVANMMIRMKREFTGSQNSIFPVFDNLLLLDRNVDLLTPL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 ATQLTYEGLIDEIYGIQNSYVKLPPEKFAPKKQGDGGKDLPTEAKKLQLNSAEELYAEIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_075 ATQLTYEGLIDEIYGIQNSYVKLPPEKFAPKKQGDGGKDLPTEAKKLQLNSAEELYAEIR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 DKNFNAVGSVLSKKAKIISAAFEERHNAKTVGEIKQFVSQLPHMQAARGSLANHTSIAEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_075 DKNFNAVGSVLSKKAKIISAAFEERHNAKTVGEIKQFVSQLPHMQAARGSLANHTSIAEL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 IKDVTTSEDFFDKLTVEQEFMSGIDTDKVNNYIEDCIAQKHSLIKVLRLVCLQSVCNSGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_075 IKDVTTSEDFFDKLTVEQEFMSGIDTDKVNNYIEDCIAQKHSLIKVLRLVCLQSVCNSGL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 KQKVLDYYKREILQTYGYEHILTLHNLEKAGLLKPQTGGRNNYPTIRKTLRLWMDDVNEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_075 KQKVLDYYKREILQTYGYEHILTLHNLEKAGLLKPQTGGRNNYPTIRKTLRLWMDDVNEQ
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 NPTDISYVYSGYAPLSVRLAQLLSRPGWRSIEEVLRILPGPHFEERQPLPTGLQKKRQPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_075 NPTDISYVYSGYAPLSVRLAQLLSRPGWRSIEEVLRILPGPHFEERQPLPTGLQKKRQPG
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590
pF1KB6 ENRVTLIFFLGGVTFAEIAALRFLSQLEDGGTEYVIATTKLMNGTSWIEALMEKPF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_075 ENRVTLIFFLGGVTFAEIAALRFLSQLEDGGTEYVIATTKLMNGTSWIEALMEKPF
550 560 570 580 590
>>NP_061138 (OMIM: 208085,608552) vacuolar protein sorti (617 aa)
initn: 825 init1: 315 opt: 525 Z-score: 657.8 bits: 131.8 E(85289): 6.7e-30
Smith-Waterman score: 990; 31.6% identity (63.0% similar) in 621 aa overlap (11-593:14-614)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MAAHLSYGRVNLNVLREAVRRELREFLDKCAGSKAIVWDEYLTGPFGLIAQYSLLKE
....:.. .: .: .:.. :.: . . : .:. ::. :.::.
NP_061 MAFPHRPDAPELPDFSMLKRLARDQLIYLLEQLPGKKDLFIEADLMSPLDRIANVSILKQ
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 HEVEKMFTLKGNRLPAADVKNIIFFVRPRLELMDIIAENVLSEDRRGPTRDFHILFVPRR
:::.:.. .. :. .. ... :.::::.. : :: : .. : :: ....: :..
NP_061 HEVDKLYKVE-NKPALSSNEQLCFLVRPRIKNMRYIASLVNADKLAGRTRKYKVIFSPQK
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 SLLCEQRLKDLGVLGSFIHREEYSLDLIPFDGDLLSMESEGAFKECYLEGDQTSLYHAAK
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NP_061 FYACEMVLEEEGIYGD-VSCDEWAFSLLPLDVDLLSMELPEFFRDYFLEGDQRWINTVAQ
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 GLMTLQALYGTIPQIFGKGECARQVANMMIRMKREFTGSQNSIFPVFDNLLLLDRNVDLL
.: :..::: .:. .: :.::... .. ...: : .. : . ...::::.::..
NP_061 ALHLLSTLYGPFPNCYGIGRCAKMAYELWRNLEEEEDGETKGRRPEIGHIFLLDRDVDFV
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 TPLATQLTYEGLIDEIYGIQNSYVKLPPEKFAPKKQGDGGKDLPTEAKKLQLNSAEELYA
: : .:..::::.:. . :. . : . :: . : . :. ::. ....
NP_061 TALCSQVVYEGLVDDTFRIKCGSVDFGPEVTSSDK-----------SLKVLLNAEDKVFN
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 EIRDKNFNAVGSVLSKKAKIISAAFEERHNAKTVGEIKQFVSQ-LPHMQAARGSLANHTS
:::...:. : . ::.::. ..: ...:.. . ..:.:::: : .. . :. : .
NP_061 EIRNEHFSNVFGFLSQKARNLQAQYDRRRGMD-IKQMKNFVSQELKGLKQEHRLLSLHIG
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 IAELIKDVTTSEDFFDKLTVEQEFMSGIDTDKVNNYIEDCIAQKHSLIKVLRLVCLQSVC
: : :..:: . . .:. .. :.. . ..:::. : .. : :. :::.:: :.
NP_061 ACESIMKKKTKQDFQELIKTEHALLEGFNIRESTSYIEEHIDRQVSPIESLRLMCLLSIT
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450
pF1KB6 NSGLKQKVLDYYKREILQTYGYEHILTLHNLEKAGLLKPQTGG-----------------
..:: : : . ::.:: ::.::. ::..:::: :. :
NP_061 ENGLIPKDYRSLKTQYLQSYGPEHLLTFSNLRRAGLLTEQAPGDTLTAVESKVSKLVTDK
410 420 430 440 450 460
460 470 480 490 500
pF1KB6 --------------RNNYPTIRKTLRLW--MD-DVNEQNPTDISYVYSG-YAPLSVRLA-
:.:. .: : : : .: . . . : :..::..: :.::: :.
NP_061 AAGKITDAFSSLAKRSNFRAISKKLNLIPRVDGEYDLKVPRDMAYVFGGAYVPLSCRIIE
470 480 490 500 510 520
510 520 530 540 550
pF1KB6 QLLSRPGWRSIEEVLRILPGPHFEERQPLPTGLQKKRQPGEN-RVTLIFFLGGVTFAEIA
:.: : .:....::.:.: : . .. . .:. :. :. :::: ::.::.
NP_061 QVLERRSWQGLDEVVRLLNCSDFA----FTDMTKEDKASSESLRLILVVFLGGCTFSEIS
530 540 550 560 570 580
560 570 580 590
pF1KB6 ALRFLSQLEDGGTEYVIATTKLMNGTSWIEALMEKPF
:::::.. . : .... :: . :.. .::. :
NP_061 ALRFLGR--EKGYRFIFLTTAVTNSARLMEAMSEVKA
590 600 610
>>NP_001276077 (OMIM: 208085,608552) vacuolar protein so (590 aa)
initn: 773 init1: 315 opt: 464 Z-score: 581.1 bits: 117.5 E(85289): 1.3e-25
Smith-Waterman score: 929; 31.9% identity (62.6% similar) in 580 aa overlap (52-593:28-587)
30 40 50 60 70 80
pF1KB6 ELREFLDKCAGSKAIVWDEYLTGPFGLIAQYSLLKEHEVEKMFTLKGNRLPAADVKNIIF
: : ..:::.:.. .. :. .. ... :
NP_001 MAFPHRPDAPELPDFSMLKRLARDQLIYLLEQQHEVDKLYKVE-NKPALSSNEQLCF
10 20 30 40 50
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 FVRPRLELMDIIAENVLSEDRRGPTRDFHILFVPRRSLLCEQRLKDLGVLGSFIHREEYS
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NP_001 LVRPRIKNMRYIASLVNADKLAGRTRKYKVIFSPQKFYACEMVLEEEGIYGD-VSCDEWA
60 70 80 90 100 110
150 160 170 180 190 200
pF1KB6 LDLIPFDGDLLSMESEGAFKECYLEGDQTSLYHAAKGLMTLQALYGTIPQIFGKGECARQ
..:.:.: :::::: :.. .::::: . .:..: :..::: .:. .: :.::..
NP_001 FSLLPLDVDLLSMELPEFFRDYFLEGDQRWINTVAQALHLLSTLYGPFPNCYGIGRCAKM
120 130 140 150 160 170
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 VANMMIRMKREFTGSQNSIFPVFDNLLLLDRNVDLLTPLATQLTYEGLIDEIYGIQNSYV
. .. ...: : .. : . ...::::.::..: : .:..::::.:. . :. . :
NP_001 AYELWRNLEEEEDGETKGRRPEIGHIFLLDRDVDFVTALCSQVVYEGLVDDTFRIKCGSV
180 190 200 210 220 230
270 280 290 300 310 320
pF1KB6 KLPPEKFAPKKQGDGGKDLPTEAKKLQLNSAEELYAEIRDKNFNAVGSVLSKKAKIISAA
. :: . : . :. ::. .... :::...:. : . ::.::. ..:
NP_001 DFGPEVTSSDK-----------SLKVLLNAEDKVFNEIRNEHFSNVFGFLSQKARNLQAQ
240 250 260 270 280
330 340 350 360 370 380
pF1KB6 FEERHNAKTVGEIKQFVSQ-LPHMQAARGSLANHTSIAELIKDVTTSEDFFDKLTVEQEF
...:.. . ..:.:::: : .. . :. : . : : :..:: . . .:. .
NP_001 YDRRRGMD-IKQMKNFVSQELKGLKQEHRLLSLHIGACESIMKKKTKQDFQELIKTEHAL
290 300 310 320 330 340
390 400 410 420 430 440
pF1KB6 MSGIDTDKVNNYIEDCIAQKHSLIKVLRLVCLQSVCNSGLKQKVLDYYKREILQTYGYEH
. :.. . ..:::. : .. : :. :::.:: :. ..:: : : . ::.:: ::
NP_001 LEGFNIRESTSYIEEHIDRQVSPIESLRLMCLLSITENGLIPKDYRSLKTQYLQSYGPEH
350 360 370 380 390 400
450 460
pF1KB6 ILTLHNLEKAGLLKPQTGG-------------------------------RNNYPTIRKT
.::. ::..:::: :. : :.:. .: :
NP_001 LLTFSNLRRAGLLTEQAPGDTLTAVESKVSKLVTDKAAGKITDAFSSLAKRSNFRAISKK
410 420 430 440 450 460
470 480 490 500 510 520
pF1KB6 LRLW--MD-DVNEQNPTDISYVYSG-YAPLSVRLA-QLLSRPGWRSIEEVLRILPGPHFE
: : .: . . . : :..::..: :.::: :. :.: : .:....::.:.: :
NP_001 LNLIPRVDGEYDLKVPRDMAYVFGGAYVPLSCRIIEQVLERRSWQGLDEVVRLLNCSDFA
470 480 490 500 510 520
530 540 550 560 570 580
pF1KB6 ERQPLPTGLQKKRQPGEN-RVTLIFFLGGVTFAEIAALRFLSQLEDGGTEYVIATTKLMN
. .. . .:. :. :. :::: ::.::.:::::.. . : .... :: . :
NP_001 ----FTDMTKEDKASSESLRLILVVFLGGCTFSEISALRFLGR--EKGYRFIFLTTAVTN
530 540 550 560 570
590
pF1KB6 GTSWIEALMEKPF
.. .::. :
NP_001 SARLMEAMSEVKA
580 590
>>XP_011519750 (OMIM: 208085,608552) PREDICTED: vacuolar (526 aa)
initn: 741 init1: 315 opt: 389 Z-score: 487.2 bits: 100.0 E(85289): 2.1e-20
Smith-Waterman score: 854; 31.9% identity (61.8% similar) in 542 aa overlap (90-593:1-523)
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 VEKMFTLKGNRLPAADVKNIIFFVRPRLELMDIIAENVLSEDRRGPTRDFHILFVPRRSL
: :: : .. : :: ....: :..
XP_011 MRYIASLVNADKLAGRTRKYKVIFSPQKFY
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 LCEQRLKDLGVLGSFIHREEYSLDLIPFDGDLLSMESEGAFKECYLEGDQTSLYHAAKGL
::. :.. :. :. . .:....:.:.: :::::: :.. .::::: . .:..:
XP_011 ACEMVLEEEGIYGD-VSCDEWAFSLLPLDVDLLSMELPEFFRDYFLEGDQRWINTVAQAL
40 50 60 70 80
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 MTLQALYGTIPQIFGKGECARQVANMMIRMKREFTGSQNSIFPVFDNLLLLDRNVDLLTP
:..::: .:. .: :.::... .. ...: : .. : . ...::::.::..:
XP_011 HLLSTLYGPFPNCYGIGRCAKMAYELWRNLEEEEDGETKGRRPEIGHIFLLDRDVDFVTA
90 100 110 120 130 140
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 LATQLTYEGLIDEIYGIQNSYVKLPPEKFAPKKQGDGGKDLPTEAKKLQLNSAEELYAEI
: .:..::::.:. . :. . : . :: . : . :. ::. .... ::
XP_011 LCSQVVYEGLVDDTFRIKCGSVDFGPEVTSSDK-----------SLKVLLNAEDKVFNEI
150 160 170 180 190
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 RDKNFNAVGSVLSKKAKIISAAFEERHNAKTVGEIKQFVSQ-LPHMQAARGSLANHTSIA
:...:. : . ::.::. ..: ...:.. . ..:.:::: : .. . :. : .
XP_011 RNEHFSNVFGFLSQKARNLQAQYDRRRGMD-IKQMKNFVSQELKGLKQEHRLLSLHIGAC
200 210 220 230 240 250
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 ELIKDVTTSEDFFDKLTVEQEFMSGIDTDKVNNYIEDCIAQKHSLIKVLRLVCLQSVCNS
: : :..:: . . .:. .. :.. . ..:::. : .. : :. :::.:: :. ..
XP_011 ESIMKKKTKQDFQELIKTEHALLEGFNIRESTSYIEEHIDRQVSPIESLRLMCLLSITEN
260 270 280 290 300 310
420 430 440 450
pF1KB6 GLKQKVLDYYKREILQTYGYEHILTLHNLEKAGLLKPQTGG-------------------
:: : : . ::.:: ::.::. ::..:::: :. :
XP_011 GLIPKDYRSLKTQYLQSYGPEHLLTFSNLRRAGLLTEQAPGDTLTAVESKVSKLVTDKAA
320 330 340 350 360 370
460 470 480 490 500
pF1KB6 ------------RNNYPTIRKTLRLW--MD-DVNEQNPTDISYVYSG-YAPLSVRLA-QL
:.:. .: : : : .: . . . : :..::..: :.::: :. :.
XP_011 GKITDAFSSLAKRSNFRAISKKLNLIPRVDGEYDLKVPRDMAYVFGGAYVPLSCRIIEQV
380 390 400 410 420 430
510 520 530 540 550 560
pF1KB6 LSRPGWRSIEEVLRILPGPHFEERQPLPTGLQKKRQPGEN-RVTLIFFLGGVTFAEIAAL
: : .:....::.:.: : . .. . .:. :. :. :::: ::.::.::
XP_011 LERRSWQGLDEVVRLLNCSDFA----FTDMTKEDKASSESLRLILVVFLGGCTFSEISAL
440 450 460 470 480 490
570 580 590
pF1KB6 RFLSQLEDGGTEYVIATTKLMNGTSWIEALMEKPF
:::.. . : .... :: . :.. .::. :
XP_011 RFLGR--EKGYRFIFLTTAVTNSARLMEAMSEVKA
500 510 520
>>NP_001276078 (OMIM: 208085,608552) vacuolar protein so (526 aa)
initn: 741 init1: 315 opt: 389 Z-score: 487.2 bits: 100.0 E(85289): 2.1e-20
Smith-Waterman score: 854; 31.9% identity (61.8% similar) in 542 aa overlap (90-593:1-523)
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 VEKMFTLKGNRLPAADVKNIIFFVRPRLELMDIIAENVLSEDRRGPTRDFHILFVPRRSL
: :: : .. : :: ....: :..
NP_001 MRYIASLVNADKLAGRTRKYKVIFSPQKFY
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 LCEQRLKDLGVLGSFIHREEYSLDLIPFDGDLLSMESEGAFKECYLEGDQTSLYHAAKGL
::. :.. :. :. . .:....:.:.: :::::: :.. .::::: . .:..:
NP_001 ACEMVLEEEGIYGD-VSCDEWAFSLLPLDVDLLSMELPEFFRDYFLEGDQRWINTVAQAL
40 50 60 70 80
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 MTLQALYGTIPQIFGKGECARQVANMMIRMKREFTGSQNSIFPVFDNLLLLDRNVDLLTP
:..::: .:. .: :.::... .. ...: : .. : . ...::::.::..:
NP_001 HLLSTLYGPFPNCYGIGRCAKMAYELWRNLEEEEDGETKGRRPEIGHIFLLDRDVDFVTA
90 100 110 120 130 140
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 LATQLTYEGLIDEIYGIQNSYVKLPPEKFAPKKQGDGGKDLPTEAKKLQLNSAEELYAEI
: .:..::::.:. . :. . : . :: . : . :. ::. .... ::
NP_001 LCSQVVYEGLVDDTFRIKCGSVDFGPEVTSSDK-----------SLKVLLNAEDKVFNEI
150 160 170 180 190
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 RDKNFNAVGSVLSKKAKIISAAFEERHNAKTVGEIKQFVSQ-LPHMQAARGSLANHTSIA
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XP_016 AARLVMLYALHYERHSSNSLPGLMMDLRNKGVSEKYRKLVSAVVEYGGKRVRGSDLFSPK
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596 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]