FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6159, 599 aa
1>>>pF1KB6159 599 - 599 aa - 599 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0025+/-0.00198; mu= 13.7704+/- 0.118
mean_var=343.9374+/-64.064, 0's: 0 Z-trim(107.0): 926 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.069157
statistics sampled from 8283 (9321) to 8283 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.618), E-opt: 0.2 (0.286), width: 16
Scan time: 2.760
The best scores are: opt bits E(32554)
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CCDS74692.1 ZNF343 gene_id:79175|Hs108|chr20 ( 509) 3659 380.2 3.5e-105
CCDS74693.1 ZNF343 gene_id:79175|Hs108|chr20 ( 640) 3592 373.7 4.1e-103
CCDS43307.1 PRDM9 gene_id:56979|Hs108|chr5 ( 894) 2057 220.8 6e-57
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CCDS74703.1 ZNF133 gene_id:7692|Hs108|chr20 ( 667) 1958 210.7 4.9e-54
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CCDS63234.1 ZNF133 gene_id:7692|Hs108|chr20 ( 654) 1956 210.5 5.6e-54
CCDS63233.1 ZNF133 gene_id:7692|Hs108|chr20 ( 657) 1956 210.5 5.6e-54
CCDS13134.1 ZNF133 gene_id:7692|Hs108|chr20 ( 653) 1951 210.0 7.9e-54
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CCDS82339.1 HKR1 gene_id:284459|Hs108|chr19 ( 598) 1797 194.5 3.2e-49
CCDS82338.1 HKR1 gene_id:284459|Hs108|chr19 ( 640) 1797 194.6 3.3e-49
CCDS12502.1 HKR1 gene_id:284459|Hs108|chr19 ( 659) 1797 194.6 3.4e-49
CCDS13174.1 ZNF337 gene_id:26152|Hs108|chr20 ( 751) 1691 184.1 5.5e-46
CCDS31940.1 ZNF84 gene_id:7637|Hs108|chr12 ( 738) 1585 173.5 8.3e-43
CCDS82387.1 ZNF615 gene_id:284370|Hs108|chr19 ( 736) 1578 172.8 1.3e-42
CCDS59418.1 ZNF615 gene_id:284370|Hs108|chr19 ( 742) 1578 172.8 1.3e-42
CCDS6709.2 ZNF169 gene_id:169841|Hs108|chr9 ( 603) 1575 172.4 1.5e-42
CCDS12846.1 ZNF615 gene_id:284370|Hs108|chr19 ( 731) 1575 172.5 1.6e-42
CCDS12848.1 ZNF432 gene_id:9668|Hs108|chr19 ( 652) 1561 171.1 4.1e-42
CCDS14279.1 ZNF41 gene_id:7592|Hs108|chrX ( 779) 1552 170.3 8.3e-42
CCDS10329.2 ZSCAN2 gene_id:54993|Hs108|chr15 ( 614) 1494 164.3 4.1e-40
CCDS12495.1 ZNF567 gene_id:163081|Hs108|chr19 ( 616) 1489 163.8 5.8e-40
CCDS74349.1 ZNF567 gene_id:163081|Hs108|chr19 ( 647) 1489 163.9 5.9e-40
CCDS35235.1 ZNF182 gene_id:7569|Hs108|chrX ( 620) 1485 163.4 7.6e-40
CCDS35236.1 ZNF182 gene_id:7569|Hs108|chrX ( 639) 1485 163.5 7.8e-40
CCDS12500.1 ZNF585B gene_id:92285|Hs108|chr19 ( 769) 1483 163.4 9.7e-40
CCDS12844.1 ZNF613 gene_id:79898|Hs108|chr19 ( 581) 1479 162.8 1.1e-39
CCDS33089.1 ZNF613 gene_id:79898|Hs108|chr19 ( 617) 1479 162.8 1.2e-39
CCDS46162.1 ZNF836 gene_id:162962|Hs108|chr19 ( 936) 1481 163.3 1.2e-39
CCDS54939.1 ZNF300 gene_id:91975|Hs108|chr5 ( 568) 1477 162.6 1.3e-39
CCDS4311.2 ZNF300 gene_id:91975|Hs108|chr5 ( 604) 1477 162.6 1.3e-39
CCDS54940.1 ZNF300 gene_id:91975|Hs108|chr5 ( 620) 1477 162.6 1.3e-39
CCDS12499.1 ZNF585A gene_id:199704|Hs108|chr19 ( 714) 1475 162.5 1.6e-39
CCDS74353.1 ZNF585A gene_id:199704|Hs108|chr19 ( 769) 1475 162.6 1.7e-39
CCDS2715.1 ZKSCAN7 gene_id:55888|Hs108|chr3 ( 754) 1472 162.3 2.1e-39
CCDS74472.1 ZNF135 gene_id:7694|Hs108|chr19 ( 616) 1469 161.8 2.3e-39
CCDS74471.1 ZNF135 gene_id:7694|Hs108|chr19 ( 658) 1469 161.9 2.4e-39
CCDS12970.2 ZNF135 gene_id:7694|Hs108|chr19 ( 670) 1469 161.9 2.4e-39
CCDS54329.1 ZNF135 gene_id:7694|Hs108|chr19 ( 682) 1469 161.9 2.4e-39
CCDS45012.1 ZNF268 gene_id:10795|Hs108|chr12 ( 947) 1469 162.2 2.8e-39
CCDS7198.1 ZNF33B gene_id:7582|Hs108|chr10 ( 778) 1467 161.8 3e-39
CCDS6437.1 ZNF16 gene_id:7564|Hs108|chr8 ( 682) 1465 161.5 3.2e-39
CCDS73089.1 ZNF33A gene_id:7581|Hs108|chr10 ( 699) 1462 161.2 4e-39
CCDS31182.1 ZNF33A gene_id:7581|Hs108|chr10 ( 810) 1462 161.3 4.3e-39
CCDS44372.1 ZNF33A gene_id:7581|Hs108|chr10 ( 811) 1462 161.3 4.3e-39
CCDS60514.1 ZNF33A gene_id:7581|Hs108|chr10 ( 817) 1462 161.3 4.3e-39
CCDS73088.1 ZNF33A gene_id:7581|Hs108|chr10 ( 829) 1462 161.4 4.3e-39
CCDS12947.1 ZNF71 gene_id:58491|Hs108|chr19 ( 489) 1457 160.5 4.7e-39
>>CCDS13028.1 ZNF343 gene_id:79175|Hs108|chr20 (599 aa)
initn: 4267 init1: 4267 opt: 4267 Z-score: 2329.0 bits: 441.0 E(32554): 2.1e-123
Smith-Waterman score: 4267; 100.0% identity (100.0% similar) in 599 aa overlap (1-599:1-599)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MMLPYPSALGDQYWEEILLPKNGENVETMKKLTQNHKAKGLPSNDTDCPQKKEGKAQIVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MMLPYPSALGDQYWEEILLPKNGENVETMKKLTQNHKAKGLPSNDTDCPQKKEGKAQIVV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 PVTFRDVTVIFTEAEWKRLSPEQRNLYKEVMLENYRNLLSLAEPKPEIYTCSSCLLAFSC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PVTFRDVTVIFTEAEWKRLSPEQRNLYKEVMLENYRNLLSLAEPKPEIYTCSSCLLAFSC
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 QQFLSQHVLQIFLGLCAENHFHPGNSSPGHWKQQGQQYSHVSCWFENAEGQERGGGSKPW
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SARTEERETSRAFPSPLQRQSASPRKGNMVVETEPSSAQRPNPVQLDKGLKELETLRFGA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 INCREYEPDHNLESNFITNPRTLLGKKPYICSDCGRSFKDRSTLIRHHRIHSMEKPYVCS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 ECGRGFSQKSNLSRHQRTHSEEKPYLCRECGQSFRSKSILNRHQWTHSEEKPYVCSECGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ECGRGFSQKSNLSRHQRTHSEEKPYLCRECGQSFRSKSILNRHQWTHSEEKPYVCSECGR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 GFSEKSSFIRHQRTHSGEKPYVCLECGRSFCDKSTLRKHQRIHSGEKPYVCRECGRGFSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GFSEKSSFIRHQRTHSGEKPYVCLECGRSFCDKSTLRKHQRIHSGEKPYVCRECGRGFSQ
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 NSDLIKHQRTHLDEKPYVCRECGRGFCDKSTLIIHERTHSGEKPYVCGECGRGFSRKSLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 NSDLIKHQRTHLDEKPYVCRECGRGFCDKSTLIIHERTHSGEKPYVCGECGRGFSRKSLL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 LVHQRTHSGEKHYVCRECRRGFSQKSNLIRHQRTHSNEKPYICRECGRGFCDKSTLIVHE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LVHQRTHSGEKHYVCRECRRGFSQKSNLIRHQRTHSNEKPYICRECGRGFCDKSTLIVHE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590
pF1KB6 RTHSGEKPYVCSECGRGFSRKSLLLVHQRTHSGEKHYVCRECGRGFSHKSNLIRHQRTH
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RTHSGEKPYVCSECGRGFSRKSLLLVHQRTHSGEKHYVCRECGRGFSHKSNLIRHQRTH
550 560 570 580 590
>>CCDS74692.1 ZNF343 gene_id:79175|Hs108|chr20 (509 aa)
initn: 3659 init1: 3659 opt: 3659 Z-score: 2001.8 bits: 380.2 E(32554): 3.5e-105
Smith-Waterman score: 3659; 100.0% identity (100.0% similar) in 509 aa overlap (91-599:1-509)
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 PVTFRDVTVIFTEAEWKRLSPEQRNLYKEVMLENYRNLLSLAEPKPEIYTCSSCLLAFSC
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 MLENYRNLLSLAEPKPEIYTCSSCLLAFSC
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130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 QQFLSQHVLQIFLGLCAENHFHPGNSSPGHWKQQGQQYSHVSCWFENAEGQERGGGSKPW
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190 200 210 220 230 240
pF1KB6 SARTEERETSRAFPSPLQRQSASPRKGNMVVETEPSSAQRPNPVQLDKGLKELETLRFGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 SARTEERETSRAFPSPLQRQSASPRKGNMVVETEPSSAQRPNPVQLDKGLKELETLRFGA
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250 260 270 280 290 300
pF1KB6 INCREYEPDHNLESNFITNPRTLLGKKPYICSDCGRSFKDRSTLIRHHRIHSMEKPYVCS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 INCREYEPDHNLESNFITNPRTLLGKKPYICSDCGRSFKDRSTLIRHHRIHSMEKPYVCS
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310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 ECGRGFSQKSNLSRHQRTHSEEKPYLCRECGQSFRSKSILNRHQWTHSEEKPYVCSECGR
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370 380 390 400 410 420
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 GFSEKSSFIRHQRTHSGEKPYVCLECGRSFCDKSTLRKHQRIHSGEKPYVCRECGRGFSQ
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 NSDLIKHQRTHLDEKPYVCRECGRGFCDKSTLIIHERTHSGEKPYVCGECGRGFSRKSLL
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490 500 510 520 530 540
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 LVHQRTHSGEKHYVCRECRRGFSQKSNLIRHQRTHSNEKPYICRECGRGFCDKSTLIVHE
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 RTHSGEKPYVCSECGRGFSRKSLLLVHQRTHSGEKHYVCRECGRGFSHKSNLIRHQRTH
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>>CCDS74693.1 ZNF343 gene_id:79175|Hs108|chr20 (640 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MMLPYPSALGDQYWEEILLPKNGENVETMKKLTQNHKAKGLPSNDTDCPQKKEGKAQIVV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 MMLPYPSALGDQYWEEILLPKNGENVETMKKLTQNHKAKGLPSNDTDCPQKKEGKAQIVV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100
pF1KB6 PVTFRDVTVIFTEAEWKRLSPEQRNLYKEVMLENYRNLLSL-------------------
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 PVTFRDVTVIFTEAEWKRLSPEQRNLYKEVMLENYRNLLSLDGVSLLLPRLECNRAISAH
70 80 90 100 110 120
110 120 130
pF1KB6 ----------------------AEPKPEIYTCSSCLLAFSCQQFLSQHVLQIFLGLCAEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 HNLCLPGSSNSPATASRVVGITAEPKPEIYTCSSCLLAFSCQQFLSQHVLQIFLGLCAEN
130 140 150 160 170 180
140 150 160 170 180 190
pF1KB6 HFHPGNSSPGHWKQQGQQYSHVSCWFENAEGQERGGGSKPWSARTEERETSRAFPSPLQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 HFHPGNSSPGHWKQQGQQYSHVSCWFENAEGQERGGGSKPWSARTEERETSRAFPSPLQR
190 200 210 220 230 240
200 210 220 230 240 250
pF1KB6 QSASPRKGNMVVETEPSSAQRPNPVQLDKGLKELETLRFGAINCREYEPDHNLESNFITN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 QSASPRKGNMVVETEPSSAQRPNPVQLDKGLKELETLRFGAINCREYEPDHNLESNFITN
250 260 270 280 290 300
260 270 280 290 300 310
pF1KB6 PRTLLGKKPYICSDCGRSFKDRSTLIRHHRIHSMEKPYVCSECGRGFSQKSNLSRHQRTH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 PRTLLGKKPYICSDCGRSFKDRSTLIRHHRIHSMEKPYVCSECGRGFSQKSNLSRHQRTH
310 320 330 340 350 360
320 330 340 350 360 370
pF1KB6 SEEKPYLCRECGQSFRSKSILNRHQWTHSEEKPYVCSECGRGFSEKSSFIRHQRTHSGEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 SEEKPYLCRECGQSFRSKSILNRHQWTHSEEKPYVCSECGRGFSEKSSFIRHQRTHSGEK
370 380 390 400 410 420
380 390 400 410 420 430
pF1KB6 PYVCLECGRSFCDKSTLRKHQRIHSGEKPYVCRECGRGFSQNSDLIKHQRTHLDEKPYVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 PYVCLECGRSFCDKSTLRKHQRIHSGEKPYVCRECGRGFSQNSDLIKHQRTHLDEKPYVC
430 440 450 460 470 480
440 450 460 470 480 490
pF1KB6 RECGRGFCDKSTLIIHERTHSGEKPYVCGECGRGFSRKSLLLVHQRTHSGEKHYVCRECR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 RECGRGFCDKSTLIIHERTHSGEKPYVCGECGRGFSRKSLLLVHQRTHSGEKHYVCRECR
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500 510 520 530 540 550
pF1KB6 RGFSQKSNLIRHQRTHSNEKPYICRECGRGFCDKSTLIVHERTHSGEKPYVCSECGRGFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 RGFSQKSNLIRHQRTHSNEKPYICRECGRGFCDKSTLIVHERTHSGEKPYVCSECGRGFS
550 560 570 580 590 600
560 570 580 590
pF1KB6 RKSLLLVHQRTHSGEKHYVCRECGRGFSHKSNLIRHQRTH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 RKSLLLVHQRTHSGEKHYVCRECGRGFSHKSNLIRHQRTH
610 620 630 640
>>CCDS43307.1 PRDM9 gene_id:56979|Hs108|chr5 (894 aa)
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Smith-Waterman score: 2057; 58.3% identity (74.7% similar) in 509 aa overlap (96-599:375-882)
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 DVTVIFTEAEWKRLSPEQRNLYKEVMLENYRNLLSLAEPKPEIYTCSSCLLAFSCQQFLS
..:.. ::::::. : :: :::: :.:::
CCDS43 RVIRPGCELLVWYGDEYGQELGIKWGSKWKKELMAGREPKPEIHPCPSCCLAFSSQKFLS
350 360 370 380 390 400
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 QHVL-----QIFLGLCAENHFHPGNSSPGHWKQQGQQYSHVSCWFENAEGQERGGGSKPW
::: : : : :.. ..: : :: .:. ::: ....::: ::
CCDS43 QHVERNHSSQNFPGPSARKLLQPENPCPGDQNQE-QQYPDPHSRNDKTKGQEIKERSKLL
410 420 430 440 450 460
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 SARTEERETSRAFPSPLQRQSASPRKGNMVVETEPSSAQRPNPVQLDKGLKELETLRFGA
. :: .:: :::: :: . : .: : :. ..: : ..:. :: . : . . :..
CCDS43 NKRTWQREISRAFSSPPKGQMGSCRVGKRIMEEESRTGQKVNPGNTGKLFVGVGISRIAK
470 480 490 500 510 520
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.. : ...:. ::. :: :.: :.: .:::.:. .: :. :.:::. ::::::
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:::..: .. ::: :.::::::: ::::.: .:.: ::: :.:::::::::::::::
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.: :. ::::: ::::::::::::: .:: :. :.:::.::::::: :::::: :: :
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CCDS43 LRHQRTHTGEKPYVCRECGRGFRDKSNLLSHQRTHTGEKPYVCRECGRGFSNKSHLLRHQ
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CCDS43 RTHTGEKPYVCRECGRGFRNKSHLLRHQRTHTGEKPYVCRECGRGFSDRSSLCYHQRTHT
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CCDS43 GEKPYVCREDE
890
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:: ::::....::. .:: ..: :: :. : ..::: : : :. : .::.
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. . .:.... : :.:::.:. : ..:. ...: ::.. :: ::: :: :::::
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CCDS63 VCRECGQGFLQKSHLTLHQMTHTGEKPYVCKTCGRGFSLKSHLSRHRKTTSVHHRLPVQP
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CCDS74 THTGEKPYVCKTCGRGFSLKSHLSRHRKTTSVHHRLPVQPDPEPCAGQPSDSLYSL
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CCDS74 HPPWIFTCLCAEGNIQPGDPGPGDQEKQ-QQASEGRPWSDQAEGPE-GEGAMPLFGRTKK
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CCDS74 R-TLGAFSRPPQRQPVSSRNGLRGVELEASPAQSGNPEETDKLLKRIEVLGFGTVNCGEC
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::::: :::::: ::..: ..:::: :.:::.:::::::: :::::: :: : ::
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::::: ::..: :::::.:::::::::::.:::..: :::::: .::.:..:.::::::
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CCDS74 CRECGQGFLQKSHLTLHQMTHTGEKPYVCKTCGRGFSLKSHLSRHRKTTSVHHRLPVQPD
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pF1KB6 SRKSLLLVHQRTHSGEKHYVCRECRRGFSQKSNLIRHQRTHSNEKPYICRECGRGFCDKS
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CCDS63 SLKSHLNRHQNIHSGEKPIVCKDCGRGFSQQSNLIRHQRTHSGEKPMVCGECGRGFSQKS
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pF1KB6 TLIVHERTHSGEKPYVCSECGRGFSRKSLLLVHQRTHSGEKHYVCRECGRGFSHKSNLIR
.:..:.::::::.:::: :::::::... :. :.: :: :: :.::.:: ::..:: ::
CCDS63 NLVAHQRTHSGERPYVCRECGRGFSHQAGLIRHKRKHSREKPYMCRQCGLGFGNKSALIT
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pF1KB6 HQRTH
:.:.:
CCDS63 HKRAHSEEKPCVCRECGQGFLQKSHLTLHQMTHTGEKPYVCKTCGRGFSLKSHLSRHRKT
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pF1KB6 LTQNHKAKGLPSNDTDCPQKKEGKAQIVVPVTFRDVTVIFTEAEWKRLSPEQRNLYKEVM
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CCDS63 MAHMAFRDVAVDFTQDEWRLLSPAQRTLYREVM
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pF1KB6 LENYRNLLSL--------------------------------AEPKPEIYTCSSCLLAFS
:::: ::.:: :.:.::.: : .::
CCDS63 LENYSNLVSLGISFSKPELITQLEQGKETWREEKKCSPATCPADPEPELYLDPFCPPGFS
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pF1KB6 CQQFLSQHVL-----QIFLGLCAENHFHPGNSSPGHWKQQGQQYSHVSCWFENAEGQERG
:.: :::: :: ::::....::. .:: ..: :: :. : ..::: : :
CCDS63 SQKFPMQHVLCNHPPWIFTCLCAEGNIQPGDPGPGDQEKQ-QQASEGRPWSDQAEGPE-G
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pF1KB6 GGSKPWSARTEERETSRAFPSPLQRQSASPRKGNMVVETEPSSAQRPNPVQLDKGLKELE
:. : .::..: : :: : ::: .: :.: :: : : :: :: . :: ::..:
CCDS63 EGAMPLFGRTKKR-TLGAFSRPPQRQPVSSRNGLRGVELEASPAQSGNPEETDKLLKRIE
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CCDS63 VLGFGTVNCGECGLSFSKMTNLLSHQRIHSGEKPYVCGVCEKGFSLKKSLARHQKAHSGE
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