Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6163
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6163, 601 aa
1>>>pF1KB6163 601 - 601 aa - 601 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.1453+/-0.000954; mu= 1.3778+/- 0.058
mean_var=289.3762+/-58.081, 0's: 0 Z-trim(115.5): 10 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.075395
statistics sampled from 16040 (16049) to 16040 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.777), E-opt: 0.2 (0.493), width: 16
Scan time: 4.470
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1127.1 UBQLN4 gene_id:56893|Hs108|chr1 ( 601) 3933 440.9 2.2e-123
CCDS6663.1 UBQLN1 gene_id:29979|Hs108|chr9 ( 589) 2029 233.8 4.8e-61
CCDS14374.1 UBQLN2 gene_id:29978|Hs108|chrX ( 624) 1614 188.7 1.9e-47
CCDS6664.1 UBQLN1 gene_id:29979|Hs108|chr9 ( 561) 1315 156.1 1.1e-37
CCDS7758.1 UBQLN3 gene_id:50613|Hs108|chr11 ( 655) 717 91.1 4.8e-18
>>CCDS1127.1 UBQLN4 gene_id:56893|Hs108|chr1 (601 aa)
initn: 3933 init1: 3933 opt: 3933 Z-score: 2328.6 bits: 440.9 E(32554): 2.2e-123
Smith-Waterman score: 3933; 100.0% identity (100.0% similar) in 601 aa overlap (1-601:1-601)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAEPSGAETRPPIRVTVKTPKDKEEIVICDRASVKEFKEEISRRFKAQQDQLVLIFAGKI
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CCDS11 MAEPSGAETRPPIRVTVKTPKDKEEIVICDRASVKEFKEEISRRFKAQQDQLVLIFAGKI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 LKDGDTLNQHGIKDGLTVHLVIKTPQKAQDPAAATASSPSTPDPASAPSTTPASPATPAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LKDGDTLNQHGIKDGLTVHLVIKTPQKAQDPAAATASSPSTPDPASAPSTTPASPATPAQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 PSTSGSASSDAGSGSRRSSGGGPSPGAGEGSPSATASILSGFGGILGLGSLGLGSANFME
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PSTSGSASSDAGSGSRRSSGGGPSPGAGEGSPSATASILSGFGGILGLGSLGLGSANFME
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 LQQQMQRQLMSNPEMLSQIMENPLVQDMMSNPDLMRHMIMANPQMQQLMERNPEISHMLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LQQQMQRQLMSNPEMLSQIMENPLVQDMMSNPDLMRHMIMANPQMQQLMERNPEISHMLN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 NPELMRQTMELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMFSAAREQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 NPELMRQTMELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMFSAAREQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 FGNNPFSSLAGNSDSSSSQPLRTENREPLPNPWSPSPPTSQAPGSGGEGTGGSGTSQVHP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 FGNNPFSSLAGNSDSSSSQPLRTENREPLPNPWSPSPPTSQAPGSGGEGTGGSGTSQVHP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 TVSNPFGINAASLGSGMFNSPEMQALLQQISENPQLMQNVISAPYMRSMMQTLAQNPDFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 TVSNPFGINAASLGSGMFNSPEMQALLQQISENPQLMQNVISAPYMRSMMQTLAQNPDFA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 AQMMVNVPLFAGNPQLQEQLRLQLPVFLQQMQNPESLSILTNPRAMQALLQIQQGLQTLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 AQMMVNVPLFAGNPQLQEQLRLQLPVFLQQMQNPESLSILTNPRAMQALLQIQQGLQTLQ
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 TEAPGLVPSLGSFGISRTPAPSAGSNAGSTPEAPTSSPATPATSSPTGASSAQQQLMQQM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 TEAPGLVPSLGSFGISRTPAPSAGSNAGSTPEAPTSSPATPATSSPTGASSAQQQLMQQM
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 IQLLAGSGNSQVQTPEVRFQQQLEQLNSMGFINREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 IQLLAGSGNSQVQTPEVRFQQQLEQLNSMGFINREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQL
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 S
:
CCDS11 S
>>CCDS6663.1 UBQLN1 gene_id:29979|Hs108|chr9 (589 aa)
initn: 1876 init1: 908 opt: 2029 Z-score: 1209.4 bits: 233.8 E(32554): 4.8e-61
Smith-Waterman score: 2337; 62.8% identity (83.2% similar) in 608 aa overlap (4-601:26-589)
10 20 30
pF1KB6 MAEPSGAETRPP--IRVTVKTPKDKEEIVICDRASVKE
:..: . : ..:::::::.:::... . .::..
CCDS66 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 FKEEISRRFKAQQDQLVLIFAGKILKDGDTLNQHGIKDGLTVHLVIKTPQKAQDPAAATA
::::::.:::.. :::::::::::::: :::.::::.::::::::::: .. :: .: .
CCDS66 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 SSPSTPDPASAPSTTPASPATPAQPSTSGSASSDAGSGSRRSSGGGPSPGAGEGSPSATA
.. : :.. .: .:: . ::::::.:. : .
CCDS66 NT--------AGSNVTTS-STPNSNSTSGSATSN---------------------PFG--
130 140
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 SILSGFGGILGLGSLGLGSANFMELQQQMQRQLMSNPEMLSQIMENPLVQDMMSNPDLMR
:.:.::. ::.::::...:: :::.::::::.:::::. ::::::.::.:.:::::::
CCDS66 --LGGLGGLAGLSSLGLNTTNFSELQSQMQRQLLSNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMR
150 160 170 180 190 200
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 HMIMANPQMQQLMERNPEISHMLNNPELMRQTMELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIP
..::::::::::..::::::::::::..::::.:::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 QLIMANPQMQQLIQRNPEISHMLNNPDIMRQTLELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIP
210 220 230 240 250 260
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 GGYNALRRMYTDIQEPMFSAAREQFGNNPFSSLAGNSDSS-SSQPLRTENREPLPNPWSP
:::::::::::::::::.:::.::::.:::.::..:..:. .::: :::::.::::::.:
CCDS66 GGYNALRRMYTDIQEPMLSAAQEQFGGNPFASLVSNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAP
270 280 290 300 310 320
340 350 360 370 380 390
pF1KB6 SPPTSQAPGSGGEGT-GGS-GTSQVHPTVSNPFGIN-AASLGSGMFNSPEMQALLQQISE
. :.. .:: .: ::. :.. . .. . : . ..:..:::.: ::.:::::.:
CCDS66 QTSQSSSASSGTASTVGGTTGSTASGTSGQSTTAPNLVPGVGASMFNTPGMQSLLQQITE
330 340 350 360 370 380
400 410 420 430 440 450
pF1KB6 NPQLMQNVISAPYMRSMMQTLAQNPDFAAQMMVNVPLFAGNPQLQEQLRLQLPVFLQQMQ
:::::::..::::::::::.:.::::.:::::.: ::::::::::::.: :::.::::::
CCDS66 NPQLMQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLNNPLFAGNPQLQEQMRQQLPTFLQQMQ
390 400 410 420 430 440
460 470 480 490 500 510
pF1KB6 NPESLSILTNPRAMQALLQIQQGLQTLQTEAPGLVPSLGSFGISRTPAPSA-GSNAGSTP
::..:: ..:::::::::::::::::: ::::::.:.. ::. .: ::..::.
CCDS66 NPDTLSAMSNPRAMQALLQIQQGLQTLATEAPGLIPGF-------TPGLGALGSTGGSS-
450 460 470 480 490
520 530 540 550 560
pF1KB6 EAPTSSPATPA-TSSPTGASS--AQQQLMQQMIQLLAGSGNSQVQTPEVRFQQQLEQLNS
. ..: :::. ..:::.... ..::..:::.: ::: : :.:.::::::::::::..
CCDS66 -GTNGSNATPSENTSPTAGTTEPGHQQFIQQMLQALAGV-NPQLQNPEVRFQQQLEQLSA
500 510 520 530 540 550
570 580 590 600
pF1KB6 MGFINREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQLS
:::.::::::::::::::::::::::::::: :
CCDS66 MGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQPS
560 570 580
>>CCDS14374.1 UBQLN2 gene_id:29978|Hs108|chrX (624 aa)
initn: 2174 init1: 1434 opt: 1614 Z-score: 965.1 bits: 188.7 E(32554): 1.9e-47
Smith-Waterman score: 2228; 58.6% identity (78.2% similar) in 637 aa overlap (2-596:20-619)
10 20 30 40
pF1KB6 MAEPSGAETRPP--IRVTVKTPKDKEEIVICDRASVKEFKEE
:. :.: : :.:::::::.:::... . .::..:::
CCDS14 MAENGESSGPPRPSRGPAAAQGSAAAPAEPKIIKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQFKEA
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 ISRRFKAQQDQLVLIFAGKILKDGDTLNQHGIKDGLTVHLVIKTPQKAQDPAAATASSPS
::.:::.: :::::::::::::: ::: ::::.::::::::::. .. : .
CCDS14 ISKRFKSQTDQLVLIFAGKILKDQDTLIQHGIHDGLTVHLVIKSQNRPQG---------Q
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 TPDPASAPSTTPASPATPAQPSTSGSASSDAGSGSRRSSGGGPSPGAGEGSPSATASILS
. .:..: .:. .: .:: . :: :..:. : : ::
CCDS14 STQPSNAAGTNTTSASTPRSNSTPISTNSN------------PF---GLGS---------
120 130 140
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 GFGGILGLGSLGLGSANFMELQQQMQRQLMSNPEMLSQIMENPLVQDMMSNPDLMRHMIM
.::. ::.::::.:.:: :::.:::.:::..:::. ::::::.::.:.:::::::..::
CCDS14 -LGGLAGLSSLGLSSTNFSELQSQMQQQLMASPEMMIQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIM
150 160 170 180 190 200
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 ANPQMQQLMERNPEISHMLNNPELMRQTMELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYN
::::::::..:::::::.::::..::::.:.::::::::::::::: :::::::::::::
CCDS14 ANPQMQQLIQRNPEISHLLNNPDIMRQTLEIARNPAMMQEMMRNQDLALSNLESIPGGYN
210 220 230 240 250 260
290 300 310 320 330
pF1KB6 ALRRMYTDIQEPMFSAAREQFGNNPFSSLAGNSDSS-SSQPLRTENREPLPNPWSPSPPT
:::::::::::::..::.::::.:::.:....:.:. ..:: :::::.::::::.: : :
CCDS14 ALRRMYTDIQEPMLNAAQEQFGGNPFASVGSSSSSGEGTQPSRTENRDPLPNPWAPPPAT
270 280 290 300 310 320
340 350 360 370 380 390
pF1KB6 -SQAPGSGGEGTG-GSGTSQVHPTVSNPFGINAASLGSGMFNSPEMQALLQQISENPQLM
:.: : .:: :::.:. . : .. . ::. ...:..: ::.:::::.:::::.
CCDS14 QSSATTSTTTSTGSGSGNSSSNATGNT---VAAANYVASIFSTPGMQSLLQQITENPQLI
330 340 350 360 370 380
400 410 420 430 440 450
pF1KB6 QNVISAPYMRSMMQTLAQNPDFAAQMMVNVPLFAGNPQLQEQLRLQLPVFLQQMQNPESL
::..::::::::::.:.::::.:::::.: :::..:::::::.: :::.::::::::..:
CCDS14 QNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLNSPLFTANPQLQEQMRPQLPAFLQQMQNPDTL
390 400 410 420 430 440
460 470 480 490
pF1KB6 SILTNPRAMQALLQIQQGLQTLQTEAPGLVPS----------------------LGSFG-
: ..::::::::.::::::::: ::::::.:: .: .:
CCDS14 SAMSNPRAMQALMQIQQGLQTLATEAPGLIPSFTPGVGVGVLGTAIGPVGPVTPIGPIGP
450 460 470 480 490 500
500 510 520 530 540
pF1KB6 -ISRTP----------APSA--GSNAGSTPEAPTSSPATPA-TSSPTGASSAQQQLMQQM
. :: .:.: ::.... : .:: : :.:. :.:::. :. .::..:::
CCDS14 IVPFTPIGPIGPIGPTGPAAPPGSTGSGGPTGPTVSSAAPSETTSPTSESGPNQQFIQQM
510 520 530 540 550 560
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 IQLLAGSGNSQVQTPEVRFQQQLEQLNSMGFINREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQL
.: :::.. :. .:::::::::::::.:::.::::::::::::::::::::::::
CCDS14 VQALAGANAPQLPNPEVRFQQQLEQLNAMGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQP
570 580 590 600 610 620
pF1KB6 S
CCDS14 S
>>CCDS6664.1 UBQLN1 gene_id:29979|Hs108|chr9 (561 aa)
initn: 1547 init1: 908 opt: 1315 Z-score: 790.0 bits: 156.1 E(32554): 1.1e-37
Smith-Waterman score: 2110; 59.0% identity (78.9% similar) in 608 aa overlap (4-601:26-561)
10 20 30
pF1KB6 MAEPSGAETRPP--IRVTVKTPKDKEEIVICDRASVKE
:..: . : ..:::::::.:::... . .::..
CCDS66 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 FKEEISRRFKAQQDQLVLIFAGKILKDGDTLNQHGIKDGLTVHLVIKTPQKAQDPAAATA
::::::.:::.. :::::::::::::: :::.::::.::::::::::: .. :: .: .
CCDS66 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 SSPSTPDPASAPSTTPASPATPAQPSTSGSASSDAGSGSRRSSGGGPSPGAGEGSPSATA
.. : :.. .: .:: . ::::::.:. : .
CCDS66 NT--------AGSNVTTS-STPNSNSTSGSATSN---------------------PFG--
130 140
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 SILSGFGGILGLGSLGLGSANFMELQQQMQRQLMSNPEMLSQIMENPLVQDMMSNPDLMR
:.:.::. ::.::::...:: :::.::::::.:::::. ::::::.::.:.:::::::
CCDS66 --LGGLGGLAGLSSLGLNTTNFSELQSQMQRQLLSNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMR
150 160 170 180 190 200
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 HMIMANPQMQQLMERNPEISHMLNNPELMRQTMELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIP
..::::::::::..::::::::::::..::::.:::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 QLIMANPQMQQLIQRNPEISHMLNNPDIMRQTLELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIP
210 220 230 240 250 260
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 GGYNALRRMYTDIQEPMFSAAREQFGNNPFSSLAGNSDSS-SSQPLRTENREPLPNPWSP
:::::::::::::::::.:::.::::.:::.::..:..:. .::: :::::.::::::.:
CCDS66 GGYNALRRMYTDIQEPMLSAAQEQFGGNPFASLVSNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAP
270 280 290 300 310 320
340 350 360 370 380 390
pF1KB6 SPPTSQAPGSGGEGT-GGS-GTSQVHPTVSNPFGIN-AASLGSGMFNSPEMQALLQQISE
. :.. .:: .: ::. :.. . .. . : . ..:..:::.: ::.:::::.:
CCDS66 QTSQSSSASSGTASTVGGTTGSTASGTSGQSTTAPNLVPGVGASMFNTPGMQSLLQQITE
330 340 350 360 370 380
400 410 420 430 440 450
pF1KB6 NPQLMQNVISAPYMRSMMQTLAQNPDFAAQMMVNVPLFAGNPQLQEQLRLQLPVFLQQMQ
:::::::..::::::::::.:.::::.:::: :
CCDS66 NPQLMQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQM----------------------------Q
390 400 410
460 470 480 490 500 510
pF1KB6 NPESLSILTNPRAMQALLQIQQGLQTLQTEAPGLVPSLGSFGISRTPAPSA-GSNAGSTP
::..:: ..:::::::::::::::::: ::::::.:.. ::. .: ::..::.
CCDS66 NPDTLSAMSNPRAMQALLQIQQGLQTLATEAPGLIPGF-------TPGLGALGSTGGSS-
420 430 440 450 460 470
520 530 540 550 560
pF1KB6 EAPTSSPATPA-TSSPTGASS--AQQQLMQQMIQLLAGSGNSQVQTPEVRFQQQLEQLNS
. ..: :::. ..:::.... ..::..:::.: ::: : :.:.::::::::::::..
CCDS66 -GTNGSNATPSENTSPTAGTTEPGHQQFIQQMLQALAGV-NPQLQNPEVRFQQQLEQLSA
480 490 500 510 520
570 580 590 600
pF1KB6 MGFINREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQLS
:::.::::::::::::::::::::::::::: :
CCDS66 MGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQPS
530 540 550 560
>>CCDS7758.1 UBQLN3 gene_id:50613|Hs108|chr11 (655 aa)
initn: 1332 init1: 593 opt: 717 Z-score: 437.5 bits: 91.1 E(32554): 4.8e-18
Smith-Waterman score: 1094; 38.2% identity (63.0% similar) in 584 aa overlap (2-565:7-529)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MAEPSG--AETRPP--IRVTVKTPKDKEEIVICDRASVKEFKEEISRRFKAQQDQ
: :.: : .. : :.::::::::::.. . : .....:::::.::::. ::
CCDS77 MAKGGEALPQGSPAPVQDPHLIKVTVKTPKDKEDFSVTDTCTIQQLKEEISQRFKAHPDQ
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 LVLIFAGKILKDGDTLNQHGIKDGLTVHLVIKTPQKAQDPAAATASSPST-PDPASAPST
:::::::::::: :.: : :..:::::::::: ..:. .:: :. :.:.: :
CCDS77 LVLIFAGKILKDPDSLAQCGVRDGLTVHLVIKRQHRAMGNECPAASVPTQGPSPGSLP--
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 TPASPATPAQPSTSGSASSDAGSGSRRSSGGGPSPGAGEGSPSATASILSGFGGILGLGS
:::. : .: :. . ..:.: :.
CCDS77 ---------QPSSIYPA---------------------DGPPAFSLGLLTG------LSR
120 130 140
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 LGLGSANFMELQQQMQRQLMSNPEMLSQIMENPLVQDMMSNPDLMRHMIMANPQMQQLME
:::. .: . ....:: .: ::...:....:.. ..:: :.:.... ::.::::..
CCDS77 LGLAYRGFPDQPSSLMRQHVSVPEFVTQLIDDPFIPGLLSNTGLVRQLVLDNPHMQQLIQ
150 160 170 180 190 200
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 RNPEISHMLNNPELMRQTMELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQ
.::::.:.:::::.::::.:. :::::::::.:.:::.::::::::::::.: :::::.
CCDS77 HNPEIGHILNNPEIMRQTLEFLRNPAMMQEMIRSQDRVLSNLESIPGGYNVLCTMYTDIM
210 220 230 240 250 260
300 310 320 330 340
pF1KB6 EPMFSAAREQFGNNPFSS-LAGNSDSSSSQPLRTENREPLPNPWSPSPPTSQAPGSGGEG
.::..:..::::.:::.. . :. ...::: : :: .:::::: :: :::..
CCDS77 DPMLNAVQEQFGGNPFATATTDNATTTTSQPSRMENCDPLPNPW-----TSTHGGSGSR-
270 280 290 300 310
350 360 370 380 390 400
pF1KB6 TGGSGTSQVHPTVSNPFGINAASLGSGMFNSPEMQALLQQISENPQLMQNVISAPYMRSM
: . .: : . : : .... .. :::. :::: . . :...
CCDS77 QGRQDGDQDAPDIRNRF--------PNFLGIIRLYDYLQQLHENPQSL-----GTYLQGT
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