Result of FASTA (omim) for
pF1KB6163
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6163, 601 aa
1>>>pF1KB6163 601 - 601 aa - 601 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.9299+/-0.000366; mu= 2.8432+/- 0.023
mean_var=315.0012+/-63.052, 0's: 0 Z-trim(123.5): 18 B-trim: 0 in 0/58
Lambda= 0.072263
statistics sampled from 43291 (43310) to 43291 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.786), E-opt: 0.2 (0.508), width: 16
Scan time: 13.780
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_064516 (OMIM: 605440) ubiquilin-4 isoform 1 [Ho ( 601) 3933 423.4 1.1e-117
NP_001291271 (OMIM: 605440) ubiquilin-4 isoform 2 ( 581) 2986 324.6 5.6e-88
XP_005245405 (OMIM: 605440) PREDICTED: ubiquilin-4 ( 427) 2795 304.6 4.4e-82
NP_038466 (OMIM: 605046) ubiquilin-1 isoform 1 [Ho ( 589) 2029 224.9 6.1e-58
NP_038472 (OMIM: 300264,300857) ubiquilin-2 [Homo ( 624) 1614 181.6 6.7e-45
NP_444295 (OMIM: 605046) ubiquilin-1 isoform 2 [Ho ( 561) 1315 150.4 1.5e-35
XP_005252005 (OMIM: 605046) PREDICTED: ubiquilin-1 ( 449) 1293 148.0 6.3e-35
XP_011518447 (OMIM: 605473) PREDICTED: ubiquilin-3 ( 502) 734 89.8 2.4e-17
NP_059509 (OMIM: 605473) ubiquilin-3 [Homo sapiens ( 655) 717 88.1 9.9e-17
XP_011518446 (OMIM: 605473) PREDICTED: ubiquilin-3 ( 655) 717 88.1 9.9e-17
>>NP_064516 (OMIM: 605440) ubiquilin-4 isoform 1 [Homo s (601 aa)
initn: 3933 init1: 3933 opt: 3933 Z-score: 2233.9 bits: 423.4 E(85289): 1.1e-117
Smith-Waterman score: 3933; 100.0% identity (100.0% similar) in 601 aa overlap (1-601:1-601)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAEPSGAETRPPIRVTVKTPKDKEEIVICDRASVKEFKEEISRRFKAQQDQLVLIFAGKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_064 MAEPSGAETRPPIRVTVKTPKDKEEIVICDRASVKEFKEEISRRFKAQQDQLVLIFAGKI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 LKDGDTLNQHGIKDGLTVHLVIKTPQKAQDPAAATASSPSTPDPASAPSTTPASPATPAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_064 LKDGDTLNQHGIKDGLTVHLVIKTPQKAQDPAAATASSPSTPDPASAPSTTPASPATPAQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 PSTSGSASSDAGSGSRRSSGGGPSPGAGEGSPSATASILSGFGGILGLGSLGLGSANFME
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_064 PSTSGSASSDAGSGSRRSSGGGPSPGAGEGSPSATASILSGFGGILGLGSLGLGSANFME
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 LQQQMQRQLMSNPEMLSQIMENPLVQDMMSNPDLMRHMIMANPQMQQLMERNPEISHMLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_064 LQQQMQRQLMSNPEMLSQIMENPLVQDMMSNPDLMRHMIMANPQMQQLMERNPEISHMLN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 NPELMRQTMELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMFSAAREQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_064 NPELMRQTMELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMFSAAREQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 FGNNPFSSLAGNSDSSSSQPLRTENREPLPNPWSPSPPTSQAPGSGGEGTGGSGTSQVHP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_064 FGNNPFSSLAGNSDSSSSQPLRTENREPLPNPWSPSPPTSQAPGSGGEGTGGSGTSQVHP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 TVSNPFGINAASLGSGMFNSPEMQALLQQISENPQLMQNVISAPYMRSMMQTLAQNPDFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_064 TVSNPFGINAASLGSGMFNSPEMQALLQQISENPQLMQNVISAPYMRSMMQTLAQNPDFA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 AQMMVNVPLFAGNPQLQEQLRLQLPVFLQQMQNPESLSILTNPRAMQALLQIQQGLQTLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_064 AQMMVNVPLFAGNPQLQEQLRLQLPVFLQQMQNPESLSILTNPRAMQALLQIQQGLQTLQ
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 TEAPGLVPSLGSFGISRTPAPSAGSNAGSTPEAPTSSPATPATSSPTGASSAQQQLMQQM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_064 TEAPGLVPSLGSFGISRTPAPSAGSNAGSTPEAPTSSPATPATSSPTGASSAQQQLMQQM
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 IQLLAGSGNSQVQTPEVRFQQQLEQLNSMGFINREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_064 IQLLAGSGNSQVQTPEVRFQQQLEQLNSMGFINREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQL
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 S
:
NP_064 S
>>NP_001291271 (OMIM: 605440) ubiquilin-4 isoform 2 [Hom (581 aa)
initn: 2902 init1: 2902 opt: 2986 Z-score: 1700.5 bits: 324.6 E(85289): 5.6e-88
Smith-Waterman score: 3745; 96.5% identity (96.7% similar) in 601 aa overlap (1-601:1-581)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAEPSGAETRPPIRVTVKTPKDKEEIVICDRASVKEFKEEISRRFKAQQDQLVLIFAGKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MAEPSGAETRPPIRVTVKTPKDKEEIVICDRASVKEFKEEISRRFKAQQDQLVLIFAGKI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 LKDGDTLNQHGIKDGLTVHLVIKTPQKAQDPAAATASSPSTPDPASAPSTTPASPATPAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LKDGDTLNQHGIKDGLTVHLVIKTPQKAQDPAAATASSPSTPDPASAPSTTPASPATPAQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 PSTSGSASSDAGSGSRRSSGGGPSPGAGEGSPSATASILSGFGGILGLGSLGLGSANFME
::::::::::::::::::: .::::::::::::::::::::
NP_001 PSTSGSASSDAGSGSRRSS--------------------AGFGGILGLGSLGLGSANFME
130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 LQQQMQRQLMSNPEMLSQIMENPLVQDMMSNPDLMRHMIMANPQMQQLMERNPEISHMLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LQQQMQRQLMSNPEMLSQIMENPLVQDMMSNPDLMRHMIMANPQMQQLMERNPEISHMLN
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 NPELMRQTMELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMFSAAREQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NPELMRQTMELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMFSAAREQ
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 FGNNPFSSLAGNSDSSSSQPLRTENREPLPNPWSPSPPTSQAPGSGGEGTGGSGTSQVHP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FGNNPFSSLAGNSDSSSSQPLRTENREPLPNPWSPSPPTSQAPGSGGEGTGGSGTSQVHP
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 TVSNPFGINAASLGSGMFNSPEMQALLQQISENPQLMQNVISAPYMRSMMQTLAQNPDFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TVSNPFGINAASLGSGMFNSPEMQALLQQISENPQLMQNVISAPYMRSMMQTLAQNPDFA
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 AQMMVNVPLFAGNPQLQEQLRLQLPVFLQQMQNPESLSILTNPRAMQALLQIQQGLQTLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AQMMVNVPLFAGNPQLQEQLRLQLPVFLQQMQNPESLSILTNPRAMQALLQIQQGLQTLQ
410 420 430 440 450 460
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 TEAPGLVPSLGSFGISRTPAPSAGSNAGSTPEAPTSSPATPATSSPTGASSAQQQLMQQM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TEAPGLVPSLGSFGISRTPAPSAGSNAGSTPEAPTSSPATPATSSPTGASSAQQQLMQQM
470 480 490 500 510 520
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 IQLLAGSGNSQVQTPEVRFQQQLEQLNSMGFINREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IQLLAGSGNSQVQTPEVRFQQQLEQLNSMGFINREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQL
530 540 550 560 570 580
pF1KB6 S
:
NP_001 S
>>XP_005245405 (OMIM: 605440) PREDICTED: ubiquilin-4 iso (427 aa)
initn: 2795 init1: 2795 opt: 2795 Z-score: 1594.6 bits: 304.6 E(85289): 4.4e-82
Smith-Waterman score: 2795; 100.0% identity (100.0% similar) in 422 aa overlap (1-422:1-422)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAEPSGAETRPPIRVTVKTPKDKEEIVICDRASVKEFKEEISRRFKAQQDQLVLIFAGKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MAEPSGAETRPPIRVTVKTPKDKEEIVICDRASVKEFKEEISRRFKAQQDQLVLIFAGKI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 LKDGDTLNQHGIKDGLTVHLVIKTPQKAQDPAAATASSPSTPDPASAPSTTPASPATPAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LKDGDTLNQHGIKDGLTVHLVIKTPQKAQDPAAATASSPSTPDPASAPSTTPASPATPAQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 PSTSGSASSDAGSGSRRSSGGGPSPGAGEGSPSATASILSGFGGILGLGSLGLGSANFME
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 PSTSGSASSDAGSGSRRSSGGGPSPGAGEGSPSATASILSGFGGILGLGSLGLGSANFME
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 LQQQMQRQLMSNPEMLSQIMENPLVQDMMSNPDLMRHMIMANPQMQQLMERNPEISHMLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LQQQMQRQLMSNPEMLSQIMENPLVQDMMSNPDLMRHMIMANPQMQQLMERNPEISHMLN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 NPELMRQTMELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMFSAAREQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 NPELMRQTMELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMFSAAREQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 FGNNPFSSLAGNSDSSSSQPLRTENREPLPNPWSPSPPTSQAPGSGGEGTGGSGTSQVHP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 FGNNPFSSLAGNSDSSSSQPLRTENREPLPNPWSPSPPTSQAPGSGGEGTGGSGTSQVHP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 TVSNPFGINAASLGSGMFNSPEMQALLQQISENPQLMQNVISAPYMRSMMQTLAQNPDFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TVSNPFGINAASLGSGMFNSPEMQALLQQISENPQLMQNVISAPYMRSMMQTLAQNPDFA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 AQMMVNVPLFAGNPQLQEQLRLQLPVFLQQMQNPESLSILTNPRAMQALLQIQQGLQTLQ
::
XP_005 AQAFRIL
>>NP_038466 (OMIM: 605046) ubiquilin-1 isoform 1 [Homo s (589 aa)
initn: 1876 init1: 908 opt: 2029 Z-score: 1161.2 bits: 224.9 E(85289): 6.1e-58
Smith-Waterman score: 2337; 62.8% identity (83.2% similar) in 608 aa overlap (4-601:26-589)
10 20 30
pF1KB6 MAEPSGAETRPP--IRVTVKTPKDKEEIVICDRASVKE
:..: . : ..:::::::.:::... . .::..
NP_038 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 FKEEISRRFKAQQDQLVLIFAGKILKDGDTLNQHGIKDGLTVHLVIKTPQKAQDPAAATA
::::::.:::.. :::::::::::::: :::.::::.::::::::::: .. :: .: .
NP_038 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 SSPSTPDPASAPSTTPASPATPAQPSTSGSASSDAGSGSRRSSGGGPSPGAGEGSPSATA
.. : :.. .: .:: . ::::::.:. : .
NP_038 NT--------AGSNVTTS-STPNSNSTSGSATSN---------------------PFG--
130 140
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 SILSGFGGILGLGSLGLGSANFMELQQQMQRQLMSNPEMLSQIMENPLVQDMMSNPDLMR
:.:.::. ::.::::...:: :::.::::::.:::::. ::::::.::.:.:::::::
NP_038 --LGGLGGLAGLSSLGLNTTNFSELQSQMQRQLLSNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMR
150 160 170 180 190 200
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 HMIMANPQMQQLMERNPEISHMLNNPELMRQTMELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIP
..::::::::::..::::::::::::..::::.:::::::::::::::::::::::::::
NP_038 QLIMANPQMQQLIQRNPEISHMLNNPDIMRQTLELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIP
210 220 230 240 250 260
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 GGYNALRRMYTDIQEPMFSAAREQFGNNPFSSLAGNSDSS-SSQPLRTENREPLPNPWSP
:::::::::::::::::.:::.::::.:::.::..:..:. .::: :::::.::::::.:
NP_038 GGYNALRRMYTDIQEPMLSAAQEQFGGNPFASLVSNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAP
270 280 290 300 310 320
340 350 360 370 380 390
pF1KB6 SPPTSQAPGSGGEGT-GGS-GTSQVHPTVSNPFGIN-AASLGSGMFNSPEMQALLQQISE
. :.. .:: .: ::. :.. . .. . : . ..:..:::.: ::.:::::.:
NP_038 QTSQSSSASSGTASTVGGTTGSTASGTSGQSTTAPNLVPGVGASMFNTPGMQSLLQQITE
330 340 350 360 370 380
400 410 420 430 440 450
pF1KB6 NPQLMQNVISAPYMRSMMQTLAQNPDFAAQMMVNVPLFAGNPQLQEQLRLQLPVFLQQMQ
:::::::..::::::::::.:.::::.:::::.: ::::::::::::.: :::.::::::
NP_038 NPQLMQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLNNPLFAGNPQLQEQMRQQLPTFLQQMQ
390 400 410 420 430 440
460 470 480 490 500 510
pF1KB6 NPESLSILTNPRAMQALLQIQQGLQTLQTEAPGLVPSLGSFGISRTPAPSA-GSNAGSTP
::..:: ..:::::::::::::::::: ::::::.:.. ::. .: ::..::.
NP_038 NPDTLSAMSNPRAMQALLQIQQGLQTLATEAPGLIPGF-------TPGLGALGSTGGSS-
450 460 470 480 490
520 530 540 550 560
pF1KB6 EAPTSSPATPA-TSSPTGASS--AQQQLMQQMIQLLAGSGNSQVQTPEVRFQQQLEQLNS
. ..: :::. ..:::.... ..::..:::.: ::: : :.:.::::::::::::..
NP_038 -GTNGSNATPSENTSPTAGTTEPGHQQFIQQMLQALAGV-NPQLQNPEVRFQQQLEQLSA
500 510 520 530 540 550
570 580 590 600
pF1KB6 MGFINREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQLS
:::.::::::::::::::::::::::::::: :
NP_038 MGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQPS
560 570 580
>>NP_038472 (OMIM: 300264,300857) ubiquilin-2 [Homo sapi (624 aa)
initn: 2174 init1: 1434 opt: 1614 Z-score: 927.1 bits: 181.6 E(85289): 6.7e-45
Smith-Waterman score: 2228; 58.6% identity (78.2% similar) in 637 aa overlap (2-596:20-619)
10 20 30 40
pF1KB6 MAEPSGAETRPP--IRVTVKTPKDKEEIVICDRASVKEFKEE
:. :.: : :.:::::::.:::... . .::..:::
NP_038 MAENGESSGPPRPSRGPAAAQGSAAAPAEPKIIKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQFKEA
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 ISRRFKAQQDQLVLIFAGKILKDGDTLNQHGIKDGLTVHLVIKTPQKAQDPAAATASSPS
::.:::.: :::::::::::::: ::: ::::.::::::::::. .. : .
NP_038 ISKRFKSQTDQLVLIFAGKILKDQDTLIQHGIHDGLTVHLVIKSQNRPQG---------Q
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 TPDPASAPSTTPASPATPAQPSTSGSASSDAGSGSRRSSGGGPSPGAGEGSPSATASILS
. .:..: .:. .: .:: . :: :..:. : : ::
NP_038 STQPSNAAGTNTTSASTPRSNSTPISTNSN------------PF---GLGS---------
120 130 140
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 GFGGILGLGSLGLGSANFMELQQQMQRQLMSNPEMLSQIMENPLVQDMMSNPDLMRHMIM
.::. ::.::::.:.:: :::.:::.:::..:::. ::::::.::.:.:::::::..::
NP_038 -LGGLAGLSSLGLSSTNFSELQSQMQQQLMASPEMMIQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIM
150 160 170 180 190 200
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 ANPQMQQLMERNPEISHMLNNPELMRQTMELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYN
::::::::..:::::::.::::..::::.:.::::::::::::::: :::::::::::::
NP_038 ANPQMQQLIQRNPEISHLLNNPDIMRQTLEIARNPAMMQEMMRNQDLALSNLESIPGGYN
210 220 230 240 250 260
290 300 310 320 330
pF1KB6 ALRRMYTDIQEPMFSAAREQFGNNPFSSLAGNSDSS-SSQPLRTENREPLPNPWSPSPPT
:::::::::::::..::.::::.:::.:....:.:. ..:: :::::.::::::.: : :
NP_038 ALRRMYTDIQEPMLNAAQEQFGGNPFASVGSSSSSGEGTQPSRTENRDPLPNPWAPPPAT
270 280 290 300 310 320
340 350 360 370 380 390
pF1KB6 -SQAPGSGGEGTG-GSGTSQVHPTVSNPFGINAASLGSGMFNSPEMQALLQQISENPQLM
:.: : .:: :::.:. . : .. . ::. ...:..: ::.:::::.:::::.
NP_038 QSSATTSTTTSTGSGSGNSSSNATGNT---VAAANYVASIFSTPGMQSLLQQITENPQLI
330 340 350 360 370 380
400 410 420 430 440 450
pF1KB6 QNVISAPYMRSMMQTLAQNPDFAAQMMVNVPLFAGNPQLQEQLRLQLPVFLQQMQNPESL
::..::::::::::.:.::::.:::::.: :::..:::::::.: :::.::::::::..:
NP_038 QNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLNSPLFTANPQLQEQMRPQLPAFLQQMQNPDTL
390 400 410 420 430 440
460 470 480 490
pF1KB6 SILTNPRAMQALLQIQQGLQTLQTEAPGLVPS----------------------LGSFG-
: ..::::::::.::::::::: ::::::.:: .: .:
NP_038 SAMSNPRAMQALMQIQQGLQTLATEAPGLIPSFTPGVGVGVLGTAIGPVGPVTPIGPIGP
450 460 470 480 490 500
500 510 520 530 540
pF1KB6 -ISRTP----------APSA--GSNAGSTPEAPTSSPATPA-TSSPTGASSAQQQLMQQM
. :: .:.: ::.... : .:: : :.:. :.:::. :. .::..:::
NP_038 IVPFTPIGPIGPIGPTGPAAPPGSTGSGGPTGPTVSSAAPSETTSPTSESGPNQQFIQQM
510 520 530 540 550 560
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 IQLLAGSGNSQVQTPEVRFQQQLEQLNSMGFINREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQL
.: :::.. :. .:::::::::::::.:::.::::::::::::::::::::::::
NP_038 VQALAGANAPQLPNPEVRFQQQLEQLNAMGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQP
570 580 590 600 610 620
pF1KB6 S
NP_038 S
>>NP_444295 (OMIM: 605046) ubiquilin-1 isoform 2 [Homo s (561 aa)
initn: 1547 init1: 908 opt: 1315 Z-score: 759.2 bits: 150.4 E(85289): 1.5e-35
Smith-Waterman score: 2110; 59.0% identity (78.9% similar) in 608 aa overlap (4-601:26-561)
10 20 30
pF1KB6 MAEPSGAETRPP--IRVTVKTPKDKEEIVICDRASVKE
:..: . : ..:::::::.:::... . .::..
NP_444 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 FKEEISRRFKAQQDQLVLIFAGKILKDGDTLNQHGIKDGLTVHLVIKTPQKAQDPAAATA
::::::.:::.. :::::::::::::: :::.::::.::::::::::: .. :: .: .
NP_444 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 SSPSTPDPASAPSTTPASPATPAQPSTSGSASSDAGSGSRRSSGGGPSPGAGEGSPSATA
.. : :.. .: .:: . ::::::.:. : .
NP_444 NT--------AGSNVTTS-STPNSNSTSGSATSN---------------------PFG--
130 140
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 SILSGFGGILGLGSLGLGSANFMELQQQMQRQLMSNPEMLSQIMENPLVQDMMSNPDLMR
:.:.::. ::.::::...:: :::.::::::.:::::. ::::::.::.:.:::::::
NP_444 --LGGLGGLAGLSSLGLNTTNFSELQSQMQRQLLSNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMR
150 160 170 180 190 200
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 HMIMANPQMQQLMERNPEISHMLNNPELMRQTMELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIP
..::::::::::..::::::::::::..::::.:::::::::::::::::::::::::::
NP_444 QLIMANPQMQQLIQRNPEISHMLNNPDIMRQTLELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIP
210 220 230 240 250 260
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pF1KB6 GGYNALRRMYTDIQEPMFSAAREQFGNNPFSSLAGNSDSS-SSQPLRTENREPLPNPWSP
:::::::::::::::::.:::.::::.:::.::..:..:. .::: :::::.::::::.:
NP_444 GGYNALRRMYTDIQEPMLSAAQEQFGGNPFASLVSNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAP
270 280 290 300 310 320
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pF1KB6 SPPTSQAPGSGGEGT-GGS-GTSQVHPTVSNPFGIN-AASLGSGMFNSPEMQALLQQISE
. :.. .:: .: ::. :.. . .. . : . ..:..:::.: ::.:::::.:
NP_444 QTSQSSSASSGTASTVGGTTGSTASGTSGQSTTAPNLVPGVGASMFNTPGMQSLLQQITE
330 340 350 360 370 380
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pF1KB6 NPQLMQNVISAPYMRSMMQTLAQNPDFAAQMMVNVPLFAGNPQLQEQLRLQLPVFLQQMQ
:::::::..::::::::::.:.::::.:::: :
NP_444 NPQLMQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQM----------------------------Q
390 400 410
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pF1KB6 NPESLSILTNPRAMQALLQIQQGLQTLQTEAPGLVPSLGSFGISRTPAPSA-GSNAGSTP
::..:: ..:::::::::::::::::: ::::::.:.. ::. .: ::..::.
NP_444 NPDTLSAMSNPRAMQALLQIQQGLQTLATEAPGLIPGF-------TPGLGALGSTGGSS-
420 430 440 450 460 470
520 530 540 550 560
pF1KB6 EAPTSSPATPA-TSSPTGASS--AQQQLMQQMIQLLAGSGNSQVQTPEVRFQQQLEQLNS
. ..: :::. ..:::.... ..::..:::.: ::: : :.:.::::::::::::..
NP_444 -GTNGSNATPSENTSPTAGTTEPGHQQFIQQMLQALAGV-NPQLQNPEVRFQQQLEQLSA
480 490 500 510 520
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pF1KB6 MGFINREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQLS
:::.::::::::::::::::::::::::::: :
NP_444 MGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQPS
530 540 550 560
>>XP_005252005 (OMIM: 605046) PREDICTED: ubiquilin-1 iso (449 aa)
initn: 1311 init1: 908 opt: 1293 Z-score: 748.0 bits: 148.0 E(85289): 6.3e-35
Smith-Waterman score: 1601; 60.9% identity (81.9% similar) in 425 aa overlap (4-422:26-416)
10 20 30
pF1KB6 MAEPSGAETRPP--IRVTVKTPKDKEEIVICDRASVKE
:..: . : ..:::::::.:::... . .::..
XP_005 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 FKEEISRRFKAQQDQLVLIFAGKILKDGDTLNQHGIKDGLTVHLVIKTPQKAQDPAAATA
::::::.:::.. :::::::::::::: :::.::::.::::::::::: .. :: .: .
XP_005 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT
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100 110 120 130 140 150
pF1KB6 SSPSTPDPASAPSTTPASPATPAQPSTSGSASSDAGSGSRRSSGGGPSPGAGEGSPSATA
.. : :.. .: .:: . ::::::.:. : .
XP_005 NT--------AGSNVTTS-STPNSNSTSGSATSN---------------------PFG--
130 140
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 SILSGFGGILGLGSLGLGSANFMELQQQMQRQLMSNPEMLSQIMENPLVQDMMSNPDLMR
:.:.::. ::.::::...:: :::.::::::.:::::. ::::::.::.:.:::::::
XP_005 --LGGLGGLAGLSSLGLNTTNFSELQSQMQRQLLSNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMR
150 160 170 180 190 200
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 HMIMANPQMQQLMERNPEISHMLNNPELMRQTMELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIP
..::::::::::..::::::::::::..::::.:::::::::::::::::::::::::::
XP_005 QLIMANPQMQQLIQRNPEISHMLNNPDIMRQTLELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIP
210 220 230 240 250 260
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 GGYNALRRMYTDIQEPMFSAAREQFGNNPFSSLAGNSDSS-SSQPLRTENREPLPNPWSP
:::::::::::::::::.:::.::::.:::.::..:..:. .::: :::::.::::::.:
XP_005 GGYNALRRMYTDIQEPMLSAAQEQFGGNPFASLVSNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAP
270 280 290 300 310 320
340 350 360 370 380 390
pF1KB6 SPPTSQAPGSGGEGT-GGS-GTSQVHPTVSNPFGIN-AASLGSGMFNSPEMQALLQQISE
. :.. .:: .: ::. :.. . .. . : . ..:..:::.: ::.:::::.:
XP_005 QTSQSSSASSGTASTVGGTTGSTASGTSGQSTTAPNLVPGVGASMFNTPGMQSLLQQITE
330 340 350 360 370 380
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pF1KB6 NPQLMQNVISAPYMRSMMQTLAQNPDFAAQMMVNVPLFAGNPQLQEQLRLQLPVFLQQMQ
:::::::..::::::::::.:.::::.:::
XP_005 NPQLMQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQRPQLRKLGILMLAEHSGSLGKLYRQYRWLG
390 400 410 420 430 440
>>XP_011518447 (OMIM: 605473) PREDICTED: ubiquilin-3 iso (502 aa)
initn: 1324 init1: 593 opt: 734 Z-score: 432.5 bits: 89.8 E(85289): 2.4e-17
Smith-Waterman score: 1266; 41.0% identity (62.3% similar) in 605 aa overlap (2-595:7-499)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MAEPSG--AETRPP--IRVTVKTPKDKEEIVICDRASVKEFKEEISRRFKAQQDQ
: :.: : .. : :.::::::::::.. . : .....:::::.::::. ::
XP_011 MAKGGEALPQGSPAPVQDPHLIKVTVKTPKDKEDFSVTDTCTIQQLKEEISQRFKAHPDQ
10 20 30 40 50 60
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pF1KB6 LVLIFAGKILKDGDTLNQHGIKDGLTVHLVIKTPQKAQDPAAATASSPST-PDPASAPST
:::::::::::: :.: : :..:::::::::: ..:. .:: :. :.:.: :.
XP_011 LVLIFAGKILKDPDSLAQCGVRDGLTVHLVIKRQHRAMGNECPAASVPTQGPSPGSLPQP
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 TPASPATPAQPSTSGSASSDAGSGSRRSSGGGPSPGAGEGSPSATASILSGFGGILGLGS
. :: .: :. . ..:.: :.
XP_011 SSIYPA--------------------------------DGPPAFSLGLLTG------LSR
130 140
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pF1KB6 LGLGSANFMELQQQMQRQLMSNPEMLSQIMENPLVQDMMSNPDLMRHMIMANPQMQQLME
:::. .: . ....:: .: ::...:....:.. ..:: :.:.... ::.::::..
XP_011 LGLAYRGFPDQPSSLMRQHVSVPEFVTQLIDDPFIPGLLSNTGLVRQLVLDNPHMQQLIQ
150 160 170 180 190 200
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pF1KB6 RNPEISHMLNNPELMRQTMELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQ
.::::.:.:::::.::::.:. :::::::::.:.:::.::::::::::::.: :::::.
XP_011 HNPEIGHILNNPEIMRQTLEFLRNPAMMQEMIRSQDRVLSNLESIPGGYNVLCTMYTDIM
210 220 230 240 250 260
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pF1KB6 EPMFSAAREQFGNNPFSS-LAGNSDSSSSQPLRTENREPLPNPWSPSPPTSQAPGSGGEG
.::..:..::::.:::.. . :. ...::: : :: .::::::. . : ::
XP_011 DPMLNAVQEQFGGNPFATATTDNATTTTSQPSRMENCDPLPNPWTSTHGGSAIPG-----
270 280 290 300 310
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pF1KB6 TGGSGTSQVHPTVSNPFGINAASLGSGMFNSPEMQALLQQISENPQLMQNVISAPYMRSM
: : : : : : ::.
XP_011 ----------------------------------------IPEPPWL----PSPAYPRSL
320 330
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pF1KB6 MQTLAQNPDFAAQMMVNVPLFAGNPQLQEQLRLQLPVFLQQMQNPESLSILTNPRAMQAL
. ..:: ::::.... :::. :...: . ..::::.:::
XP_011 -RPDGMNP---------------APQLQDEIQPQLPL-LMHLQ-----AAMANPRALQAL
340 350 360 370
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pF1KB6 LQIQQGLQTLQTEAPGLV----PSLGSFGISRTPAPSAGSNAGSTPEAPTSSPAT-PATS
::.::::.: :::: :. : :.. : : . : :. : . :: .
XP_011 RQIEQGLQVLATEAPRLLLWFMPCLAGTGSVAGGIESREDPLMSEDPLPNPPPEVFPALD
380 390 400 410 420 430
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pF1KB6 SPTGASSAQQQLMQQMIQLLAGSGNSQVQTPEVRFQQQLEQLNSMGFINREANLQALIAT
: . . : .:.: :.... .:.: ::..:: ::::: ::::.::::::::::::
XP_011 SAELGFLSPPFL--HMLQDLVSTNPQQLQ-PEAHFQVQLEQLRSMGFLNREANLQALIAT
440 450 460 470 480
590 600
pF1KB6 GGDINAAIERLLGSQLS
:::..::.:.:
XP_011 GGDVDAAVEKLRQS
490 500
>>NP_059509 (OMIM: 605473) ubiquilin-3 [Homo sapiens] (655 aa)
initn: 1332 init1: 593 opt: 717 Z-score: 421.4 bits: 88.1 E(85289): 9.9e-17
Smith-Waterman score: 1094; 38.2% identity (63.0% similar) in 584 aa overlap (2-565:7-529)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MAEPSG--AETRPP--IRVTVKTPKDKEEIVICDRASVKEFKEEISRRFKAQQDQ
: :.: : .. : :.::::::::::.. . : .....:::::.::::. ::
NP_059 MAKGGEALPQGSPAPVQDPHLIKVTVKTPKDKEDFSVTDTCTIQQLKEEISQRFKAHPDQ
10 20 30 40 50 60
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pF1KB6 LVLIFAGKILKDGDTLNQHGIKDGLTVHLVIKTPQKAQDPAAATASSPST-PDPASAPST
:::::::::::: :.: : :..:::::::::: ..:. .:: :. :.:.: :
NP_059 LVLIFAGKILKDPDSLAQCGVRDGLTVHLVIKRQHRAMGNECPAASVPTQGPSPGSLP--
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 TPASPATPAQPSTSGSASSDAGSGSRRSSGGGPSPGAGEGSPSATASILSGFGGILGLGS
:::. : .: :. . ..:.: :.
NP_059 ---------QPSSIYPA---------------------DGPPAFSLGLLTG------LSR
120 130 140
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 LGLGSANFMELQQQMQRQLMSNPEMLSQIMENPLVQDMMSNPDLMRHMIMANPQMQQLME
:::. .: . ....:: .: ::...:....:.. ..:: :.:.... ::.::::..
NP_059 LGLAYRGFPDQPSSLMRQHVSVPEFVTQLIDDPFIPGLLSNTGLVRQLVLDNPHMQQLIQ
150 160 170 180 190 200
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 RNPEISHMLNNPELMRQTMELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQ
.::::.:.:::::.::::.:. :::::::::.:.:::.::::::::::::.: :::::.
NP_059 HNPEIGHILNNPEIMRQTLEFLRNPAMMQEMIRSQDRVLSNLESIPGGYNVLCTMYTDIM
210 220 230 240 250 260
300 310 320 330 340
pF1KB6 EPMFSAAREQFGNNPFSS-LAGNSDSSSSQPLRTENREPLPNPWSPSPPTSQAPGSGGEG
.::..:..::::.:::.. . :. ...::: : :: .:::::: :: :::..
NP_059 DPMLNAVQEQFGGNPFATATTDNATTTTSQPSRMENCDPLPNPW-----TSTHGGSGSR-
270 280 290 300 310
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pF1KB6 TGGSGTSQVHPTVSNPFGINAASLGSGMFNSPEMQALLQQISENPQLMQNVISAPYMRSM
: . .: : . : : .... .. :::. :::: . . :...
NP_059 QGRQDGDQDAPDIRNRF--------PNFLGIIRLYDYLQQLHENPQSL-----GTYLQGT
320 330 340 350 360
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pF1KB6 MQTLAQNPDFAAQMMVNVPLFAGNPQLQEQLRLQ-LP---VFLQQMQN-PESLSILTNPR
..:.:. . .. :: ..:. :: : :: : .. .. : : :.
NP_059 ASALSQSQEPPPSVN-RVP--PSSPSSQEPGSGQPLPEESVAIKGRSSCPAFLRYPTENS
370 380 390 400 410 420
470 480 490 500 510
pF1KB6 AMQALLQIQQGLQTL--QTEAPGLVPSLGSFGISRTP-APSAGSNAGSTPEAPTS----S
. :. : : .. .:. : :: .::. . .:.: :: . : ... : : :
NP_059 TGQGGDQDGAGKSSTGHSTNLPDLVSGLGD-SANRVPFAPLSFSPTAAIPGIPEPPWLPS
430 440 450 460 470
520 530 540 550 560 570
pF1KB6 PATPATSSPTGASSAQQ--QLMQQMIQLLAGSGNSQVQTPEVRFQQQLEQLNSMGFINRE
:: : . : : . : : . .: .. :: .... .. .:.::
NP_059 PAYPRSLRPDGMNPAPQLQDEIQPQLPLLMHLQAAMANPRALQALRQIEQGLQVLATEAP
480 490 500 510 520 530
580 590 600
pF1KB6 ANLQALIATGGDINAAIERLLGSQLS
NP_059 RLLLWFMPCLAGTGSVAGGIESREDPLMSEDPLPNPPPEVFPALDSAELGFLSPPFLHML
540 550 560 570 580 590
>>XP_011518446 (OMIM: 605473) PREDICTED: ubiquilin-3 iso (655 aa)
initn: 1332 init1: 593 opt: 717 Z-score: 421.4 bits: 88.1 E(85289): 9.9e-17
Smith-Waterman score: 1094; 38.2% identity (63.0% similar) in 584 aa overlap (2-565:7-529)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MAEPSG--AETRPP--IRVTVKTPKDKEEIVICDRASVKEFKEEISRRFKAQQDQ
: :.: : .. : :.::::::::::.. . : .....:::::.::::. ::
XP_011 MAKGGEALPQGSPAPVQDPHLIKVTVKTPKDKEDFSVTDTCTIQQLKEEISQRFKAHPDQ
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 LVLIFAGKILKDGDTLNQHGIKDGLTVHLVIKTPQKAQDPAAATASSPST-PDPASAPST
:::::::::::: :.: : :..:::::::::: ..:. .:: :. :.:.: :
XP_011 LVLIFAGKILKDPDSLAQCGVRDGLTVHLVIKRQHRAMGNECPAASVPTQGPSPGSLP--
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 TPASPATPAQPSTSGSASSDAGSGSRRSSGGGPSPGAGEGSPSATASILSGFGGILGLGS
:::. : .: :. . ..:.: :.
XP_011 ---------QPSSIYPA---------------------DGPPAFSLGLLTG------LSR
120 130 140
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 LGLGSANFMELQQQMQRQLMSNPEMLSQIMENPLVQDMMSNPDLMRHMIMANPQMQQLME
:::. .: . ....:: .: ::...:....:.. ..:: :.:.... ::.::::..
XP_011 LGLAYRGFPDQPSSLMRQHVSVPEFVTQLIDDPFIPGLLSNTGLVRQLVLDNPHMQQLIQ
150 160 170 180 190 200
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 RNPEISHMLNNPELMRQTMELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQ
.::::.:.:::::.::::.:. :::::::::.:.:::.::::::::::::.: :::::.
XP_011 HNPEIGHILNNPEIMRQTLEFLRNPAMMQEMIRSQDRVLSNLESIPGGYNVLCTMYTDIM
210 220 230 240 250 260
300 310 320 330 340
pF1KB6 EPMFSAAREQFGNNPFSS-LAGNSDSSSSQPLRTENREPLPNPWSPSPPTSQAPGSGGEG
.::..:..::::.:::.. . :. ...::: : :: .:::::: :: :::..
XP_011 DPMLNAVQEQFGGNPFATATTDNATTTTSQPSRMENCDPLPNPW-----TSTHGGSGSR-
270 280 290 300 310
350 360 370 380 390 400
pF1KB6 TGGSGTSQVHPTVSNPFGINAASLGSGMFNSPEMQALLQQISENPQLMQNVISAPYMRSM
: . .: : . : : .... .. :::. :::: . . :...
XP_011 QGRQDGDQDAPDIRNRF--------PNFLGIIRLYDYLQQLHENPQSL-----GTYLQGT
320 330 340 350 360
410 420 430 440 450 460
pF1KB6 MQTLAQNPDFAAQMMVNVPLFAGNPQLQEQLRLQ-LP---VFLQQMQN-PESLSILTNPR
..:.:. . .. :: ..:. :: : :: : .. .. : : :.
XP_011 ASALSQSQEPPPSVN-RVP--PSSPSSQEPGSGQPLPEESVAIKGRSSCPAFLRYPTENS
370 380 390 400 410 420
470 480 490 500 510
pF1KB6 AMQALLQIQQGLQTL--QTEAPGLVPSLGSFGISRTP-APSAGSNAGSTPEAPTS----S
. :. : : .. .:. : :: .::. . .:.: :: . : ... : : :
XP_011 TGQGGDQDGAGKSSTGHSTNLPDLVSGLGD-SANRVPFAPLSFSPTAAIPGIPEPPWLPS
430 440 450 460 470
520 530 540 550 560 570
pF1KB6 PATPATSSPTGASSAQQ--QLMQQMIQLLAGSGNSQVQTPEVRFQQQLEQLNSMGFINRE
:: : . : : . : : . .: .. :: .... .. .:.::
XP_011 PAYPRSLRPDGMNPAPQLQDEIQPQLPLLMHLQAAMANPRALQALRQIEQGLQVLATEAP
480 490 500 510 520 530
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pF1KB6 ANLQALIATGGDINAAIERLLGSQLS
XP_011 RLLLWFMPCLAGTGSVAGGIESREDPLMSEDPLPNPPPEVFPALDSAELGFLSPPFLHML
540 550 560 570 580 590
601 residues in 1 query sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]