Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6176
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6176, 606 aa
1>>>pF1KB6176 606 - 606 aa - 606 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.3046+/-0.000979; mu= 6.3102+/- 0.058
mean_var=283.0496+/-62.847, 0's: 0 Z-trim(112.2): 672 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.076233
statistics sampled from 12229 (13020) to 12229 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.738), E-opt: 0.2 (0.4), width: 16
Scan time: 4.040
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS35232.1 ARAF gene_id:369|Hs108|chrX ( 606) 4125 467.8 1.8e-131
CCDS75970.1 ARAF gene_id:369|Hs108|chrX ( 609) 4109 466.0 6.3e-131
CCDS2612.1 RAF1 gene_id:5894|Hs108|chr3 ( 648) 2457 284.4 3.2e-76
CCDS5863.1 BRAF gene_id:673|Hs108|chr7 ( 766) 1781 210.1 8.6e-54
CCDS59164.1 ARAF gene_id:369|Hs108|chrX ( 186) 1287 155.0 7.9e-38
CCDS61250.1 KSR2 gene_id:283455|Hs108|chr12 ( 921) 547 74.5 6.9e-13
CCDS5094.1 FYN gene_id:2534|Hs108|chr6 ( 537) 511 70.2 7.6e-12
CCDS58532.1 KSR1 gene_id:8844|Hs108|chr17 ( 762) 511 70.4 9.5e-12
CCDS5103.1 FRK gene_id:2444|Hs108|chr6 ( 505) 498 68.8 2e-11
CCDS11824.1 YES1 gene_id:7525|Hs108|chr18 ( 543) 485 67.4 5.6e-11
CCDS13294.1 SRC gene_id:6714|Hs108|chr20 ( 536) 481 66.9 7.5e-11
>>CCDS35232.1 ARAF gene_id:369|Hs108|chrX (606 aa)
initn: 4125 init1: 4125 opt: 4125 Z-score: 2473.6 bits: 467.8 E(32554): 1.8e-131
Smith-Waterman score: 4125; 100.0% identity (100.0% similar) in 606 aa overlap (1-606:1-606)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MEPPRGPPANGAEPSRAVGTVKVYLPNKQRTVVTVRDGMSVYDSLDKALKVRGLNQDCCV
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CCDS35 MEPPRGPPANGAEPSRAVGTVKVYLPNKQRTVVTVRDGMSVYDSLDKALKVRGLNQDCCV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 VYRLIKGRKTVTAWDTAIAPLDGEELIVEVLEDVPLTMHNFVRKTFFSLAFCDFCLKFLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 VYRLIKGRKTVTAWDTAIAPLDGEELIVEVLEDVPLTMHNFVRKTFFSLAFCDFCLKFLF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 HGFRCQTCGYKFHQHCSSKVPTVCVDMSTNRQQFYHSVQDLSGGSRQHEAPSNRPLNELL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 HGFRCQTCGYKFHQHCSSKVPTVCVDMSTNRQQFYHSVQDLSGGSRQHEAPSNRPLNELL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 TPQGPSPRTQHCDPEHFPFPAPANAPLQRIRSTSTPNVHMVSTTAPMDSNLIQLTGQSFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 TPQGPSPRTQHCDPEHFPFPAPANAPLQRIRSTSTPNVHMVSTTAPMDSNLIQLTGQSFS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 TDAAGSRGGSDGTPRGSPSPASVSSGRKSPHSKSPAEQRERKSLADDKKKVKNLGYRDSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 TDAAGSRGGSDGTPRGSPSPASVSSGRKSPHSKSPAEQRERKSLADDKKKVKNLGYRDSG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 YYWEVPPSEVQLLKRIGTGSFGTVFRGRWHGDVAVKVLKVSQPTAEQAQAFKNEMQVLRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 YYWEVPPSEVQLLKRIGTGSFGTVFRGRWHGDVAVKVLKVSQPTAEQAQAFKNEMQVLRK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 TRHVNILLFMGFMTRPGFAIITQWCEGSSLYHHLHVADTRFDMVQLIDVARQTAQGMDYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 TRHVNILLFMGFMTRPGFAIITQWCEGSSLYHHLHVADTRFDMVQLIDVARQTAQGMDYL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 HAKNIIHRDLKSNNIFLHEGLTVKIGDFGLATVKTRWSGAQPLEQPSGSVLWMAAEVIRM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 HAKNIIHRDLKSNNIFLHEGLTVKIGDFGLATVKTRWSGAQPLEQPSGSVLWMAAEVIRM
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 QDPNPYSFQSDVYAYGVVLYELMTGSLPYSHIGCRDQIIFMVGRGYLSPDLSKISSNCPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 QDPNPYSFQSDVYAYGVVLYELMTGSLPYSHIGCRDQIIFMVGRGYLSPDLSKISSNCPK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 AMRRLLSDCLKFQREERPLFPQILATIELLQRSLPKIERSASEPSLHRTQADELPACLLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 AMRRLLSDCLKFQREERPLFPQILATIELLQRSLPKIERSASEPSLHRTQADELPACLLS
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 AARLVP
::::::
CCDS35 AARLVP
>>CCDS75970.1 ARAF gene_id:369|Hs108|chrX (609 aa)
initn: 3063 init1: 3063 opt: 4109 Z-score: 2464.1 bits: 466.0 E(32554): 6.3e-131
Smith-Waterman score: 4109; 99.5% identity (99.5% similar) in 609 aa overlap (1-606:1-609)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MEPPRGPPANGAEPSRAVGTVKVYLPNKQRTVVTVRDGMSVYDSLDKALKVRGLNQDCCV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 MEPPRGPPANGAEPSRAVGTVKVYLPNKQRTVVTVRDGMSVYDSLDKALKVRGLNQDCCV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 VYRLIKGRKTVTAWDTAIAPLDGEELIVEVLEDVPLTMHNFVRKTFFSLAFCDFCLKFLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VYRLIKGRKTVTAWDTAIAPLDGEELIVEVLEDVPLTMHNFVRKTFFSLAFCDFCLKFLF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KB6 HGFRCQTCGYKFHQHCSSKVPTVCVDMSTNRQQ---FYHSVQDLSGGSRQHEAPSNRPLN
::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::
CCDS75 HGFRCQTCGYKFHQHCSSKVPTVCVDMSTNRQQPSRFYHSVQDLSGGSRQHEAPSNRPLN
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 ELLTPQGPSPRTQHCDPEHFPFPAPANAPLQRIRSTSTPNVHMVSTTAPMDSNLIQLTGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 ELLTPQGPSPRTQHCDPEHFPFPAPANAPLQRIRSTSTPNVHMVSTTAPMDSNLIQLTGQ
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 SFSTDAAGSRGGSDGTPRGSPSPASVSSGRKSPHSKSPAEQRERKSLADDKKKVKNLGYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SFSTDAAGSRGGSDGTPRGSPSPASVSSGRKSPHSKSPAEQRERKSLADDKKKVKNLGYR
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 DSGYYWEVPPSEVQLLKRIGTGSFGTVFRGRWHGDVAVKVLKVSQPTAEQAQAFKNEMQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 DSGYYWEVPPSEVQLLKRIGTGSFGTVFRGRWHGDVAVKVLKVSQPTAEQAQAFKNEMQV
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 LRKTRHVNILLFMGFMTRPGFAIITQWCEGSSLYHHLHVADTRFDMVQLIDVARQTAQGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 LRKTRHVNILLFMGFMTRPGFAIITQWCEGSSLYHHLHVADTRFDMVQLIDVARQTAQGM
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KB6 DYLHAKNIIHRDLKSNNIFLHEGLTVKIGDFGLATVKTRWSGAQPLEQPSGSVLWMAAEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 DYLHAKNIIHRDLKSNNIFLHEGLTVKIGDFGLATVKTRWSGAQPLEQPSGSVLWMAAEV
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KB6 IRMQDPNPYSFQSDVYAYGVVLYELMTGSLPYSHIGCRDQIIFMVGRGYLSPDLSKISSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 IRMQDPNPYSFQSDVYAYGVVLYELMTGSLPYSHIGCRDQIIFMVGRGYLSPDLSKISSN
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KB6 CPKAMRRLLSDCLKFQREERPLFPQILATIELLQRSLPKIERSASEPSLHRTQADELPAC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 CPKAMRRLLSDCLKFQREERPLFPQILATIELLQRSLPKIERSASEPSLHRTQADELPAC
550 560 570 580 590 600
600
pF1KB6 LLSAARLVP
:::::::::
CCDS75 LLSAARLVP
>>CCDS2612.1 RAF1 gene_id:5894|Hs108|chr3 (648 aa)
initn: 2208 init1: 1617 opt: 2457 Z-score: 1481.8 bits: 284.4 E(32554): 3.2e-76
Smith-Waterman score: 2457; 61.9% identity (81.1% similar) in 607 aa overlap (13-606:50-646)
10 20 30 40
pF1KB6 MEPPRGPPANGAEPSRAVGTVKVYLPNKQRTVVTVRDGMSVY
.::.. .:..:.:::::::::.::.:::..
CCDS26 AVFDGSSCISPTIVQQFGYQRRASDDGKLTDPSKTSNTIRVFLPNKQRTVVNVRNGMSLH
20 30 40 50 60 70
50 60 70 80 90
pF1KB6 DSLDKALKVRGLNQDCCVVYRLI---KGRKTVTAWDTAIAPLDGEELIVEVLEDVPLTMH
: : ::::::::. .::.:.::. ::.:. :.: : : :::: :. :. :::: :
CCDS26 DCLMKALKVRGLQPECCAVFRLLHEHKGKKARLDWNTDAASLIGEELQVDFLDHVPLTTH
80 90 100 110 120 130
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 NFVRKTFFSLAFCDFCLKFLFHGFRCQTCGYKFHQHCSSKVPTVCVDMSTNRQQFYHSVQ
::.::::..:::::.: :::..::::::::::::.:::.::::.::: :. :: . .
CCDS26 NFARKTFLKLAFCDICQKFLLNGFRCQTCGYKFHEHCSTKVPTMCVDWSNIRQLLLFPNS
140 150 160 170 180 190
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 DLSGGSRQHEAPS--NRPLNELLTPQGPSPRTQHCDPEHFPF----PAPANAPLQRIRST
. : : :: : . : .. . : . .. :. : : :. .. :: :::
CCDS26 TI-GDSGVPALPSLTMRRMRESVSRMPVSSQHRYSTPHAFTFNTSSPSSEGSLSQRQRST
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 STPNVHMVSTTAPMDSNLIQLTGQSFSTDAAGSRGGSDGTPRGSPSPASVS-SGRKSPHS
::::::::::: :.:: .:. :: :.. : . : :: ..: .: ..:..
CCDS26 STPNVHMVSTTLPVDSRMIE--------DAIRSHSESASPSALSSSPNNLSPTGWSQPKT
260 270 280 290 300 310
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 KSPAEQRERKSLA--DDKKKVKNLGYRDSGYYWEVPPSEVQLLKRIGTGSFGTVFRGRWH
:: :::: .. ..:.:.. : :::.::::. :::.: :::.::::::..:.::
CCDS26 PVPA-QRERAPVSGTQEKNKIRPRGQRDSSYYWEIEASEVMLSTRIGSGSFGTVYKGKWH
320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KB6 GDVAVKVLKVSQPTAEQAQAFKNEMQVLRKTRHVNILLFMGFMTRPGFAIITQWCEGSSL
::::::.::: .:: :: :::.::. :::::::::::::::.::. ..::.:::::::::
CCDS26 GDVAVKILKVVDPTPEQFQAFRNEVAVLRKTRHVNILLFMGYMTKDNLAIVTQWCEGSSL
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KB6 YHHLHVADTRFDMVQLIDVARQTAQGMDYLHAKNIIHRDLKSNNIFLHEGLTVKIGDFGL
:.:::: .:.:.: ::::.::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::
CCDS26 YKHLHVQETKFQMFQLIDIARQTAQGMDYLHAKNIIHRDMKSNNIFLHEGLTVKIGDFGL
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KB6 ATVKTRWSGAQPLEQPSGSVLWMAAEVIRMQDPNPYSFQSDVYAYGVVLYELMTGSLPYS
::::.::::.: .:::.::::::: ::::::: ::.:::::::.::.:::::::: ::::
CCDS26 ATVKSRWSGSQQVEQPTGSVLWMAPEVIRMQDNNPFSFQSDVYSYGIVLYELMTGELPYS
490 500 510 520 530 540
520 530 540 550 560 570
pF1KB6 HIGCRDQIIFMVGRGYLSPDLSKISSNCPKAMRRLLSDCLKFQREERPLFPQILATIELL
::. :::::::::::: ::::::. .::::::.::..::.: .::::::::::..::::
CCDS26 HINNRDQIIFMVGRGYASPDLSKLYKNCPKAMKRLVADCVKKVKEERPLFPQILSSIELL
550 560 570 580 590 600
580 590 600
pF1KB6 QRSLPKIERSASEPSLHRT-QADELPACLLSAARLVP
:.:::::.::::::::::. ..... :: :... .:
CCDS26 QHSLPKINRSASEPSLHRAAHTEDINACTLTTSPRLPVF
610 620 630 640
>>CCDS5863.1 BRAF gene_id:673|Hs108|chr7 (766 aa)
initn: 2289 init1: 1587 opt: 1781 Z-score: 1079.2 bits: 210.1 E(32554): 8.6e-54
Smith-Waterman score: 2335; 60.4% identity (79.3% similar) in 618 aa overlap (9-597:147-748)
10 20 30
pF1KB6 MEPPRGPPANGAEPSRAVGTVKVYLPNKQRTVVTVRDG
.: :.. . :.:.::::::::: .: :
CCDS58 MDTVTSSSSSSLSVLPSSLSVFQNPTDVARSNPKSPQKPI--VRVFLPNKQRTVVPARCG
120 130 140 150 160 170
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 MSVYDSLDKALKVRGLNQDCCVVYRLIKGRKTVTAWDTAIAPLDGEELIVEVLEDVPLTM
..: ::: ::: .::: .::.:::. :.: .::: :. : :::: :::::.::::
CCDS58 VTVRDSLKKALMMRGLIPECCAVYRIQDGEKKPIGWDTDISWLTGEELHVEVLENVPLTT
180 190 200 210 220 230
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 HNFVRKTFFSLAFCDFCLKFLFHGFRCQTCGYKFHQHCSSKVPTVCV-----DMSTNRQQ
:::::::::.::::::: :.::.:::::::::::::.::..:: .:: :. .
CCDS58 HNFVRKTFFTLAFCDFCRKLLFQGFRCQTCGYKFHQRCSTEVPLMCVNYDQLDLLFVSKF
240 250 260 270 280 290
160 170 180 190
pF1KB6 FYH--------SVQD--LSGGSRQHEAPSNRPLNELLTPQ---GPSPRTQHCDPEHFPF-
: : :. . :..:: .:: : .. . :: .::: . :. ::
CCDS58 FEHHPIPQEEASLAETALTSGS----SPSA-PASDSIGPQILTSPSPSKSIPIPQ--PFR
300 310 320 330 340
200 210 220 230 240 250
pF1KB6 PAPA---NAPLQRIRSTSTPNVHMVSTTAPMD-SNLIQLTGQSFSTDAAGSRGGSDGTPR
:: : :: ::.:.:::: ..: :.. ..::. :.: :. :: : ..::
CCDS58 PADEDHRNQFGQRDRSSSAPNVH-INTIEPVNIDDLIR--DQGFRGDG-GSTTGLSATPP
350 360 370 380 390 400
260 270 280 290 300 310
pF1KB6 GSPSPASVSSGRKSPHSKSPAEQRERKSLA--DDKKKVKNLGYRDSGYYWEVPPSEVQLL
.: :.:... . .:::. :::::: . .:....:.:: :::. ::.: ... .
CCDS58 AS-LPGSLTNVKAL--QKSPGPQRERKSSSSSEDRNRMKTLGRRDSSDDWEIPDGQITVG
410 420 430 440 450 460
320 330 340 350 360 370
pF1KB6 KRIGTGSFGTVFRGRWHGDVAVKVLKVSQPTAEQAQAFKNEMQVLRKTRHVNILLFMGFM
.:::.::::::..:.::::::::.:.:. :: .: ::::::. :::::::::::::::.
CCDS58 QRIGSGSFGTVYKGKWHGDVAVKMLNVTAPTPQQLQAFKNEVGVLRKTRHVNILLFMGYS
470 480 490 500 510 520
380 390 400 410 420 430
pF1KB6 TRPGFAIITQWCEGSSLYHHLHVADTRFDMVQLIDVARQTAQGMDYLHAKNIIHRDLKSN
:.: .::.::::::::::::::. .:.:.:..:::.::::::::::::::.:::::::::
CCDS58 TKPQLAIVTQWCEGSSLYHHLHIIETKFEMIKLIDIARQTAQGMDYLHAKSIIHRDLKSN
530 540 550 560 570 580
440 450 460 470 480 490
pF1KB6 NIFLHEGLTVKIGDFGLATVKTRWSGAQPLEQPSGSVLWMAAEVIRMQDPNPYSFQSDVY
:::::: ::::::::::::::.::::.. .:: :::.:::: ::::::: ::::::::::
CCDS58 NIFLHEDLTVKIGDFGLATVKSRWSGSHQFEQLSGSILWMAPEVIRMQDKNPYSFQSDVY
590 600 610 620 630 640
500 510 520 530 540 550
pF1KB6 AYGVVLYELMTGSLPYSHIGCRDQIIFMVGRGYLSPDLSKISSNCPKAMRRLLSDCLKFQ
:.:.::::::::.::::.:. :::::::::::::::::::. :::::::.::...::: .
CCDS58 AFGIVLYELMTGQLPYSNINNRDQIIFMVGRGYLSPDLSKVRSNCPKAMKRLMAECLKKK
650 660 670 680 690 700
560 570 580 590 600
pF1KB6 REERPLFPQILATIELLQRSLPKIERSASEPSLHRT--QADE--LPACLLSAARLVP
:.::::::::::.:::: ::::::.::::::::.:. :... : ::
CCDS58 RDERPLFPQILASIELLARSLPKIHRSASEPSLNRAGFQTEDFSLYACASPKTPIQAGGY
710 720 730 740 750 760
CCDS58 GAFPVH
>>CCDS59164.1 ARAF gene_id:369|Hs108|chrX (186 aa)
initn: 1287 init1: 1287 opt: 1287 Z-score: 792.6 bits: 155.0 E(32554): 7.9e-38
Smith-Waterman score: 1287; 100.0% identity (100.0% similar) in 185 aa overlap (1-185:1-185)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MEPPRGPPANGAEPSRAVGTVKVYLPNKQRTVVTVRDGMSVYDSLDKALKVRGLNQDCCV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 MEPPRGPPANGAEPSRAVGTVKVYLPNKQRTVVTVRDGMSVYDSLDKALKVRGLNQDCCV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 VYRLIKGRKTVTAWDTAIAPLDGEELIVEVLEDVPLTMHNFVRKTFFSLAFCDFCLKFLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 VYRLIKGRKTVTAWDTAIAPLDGEELIVEVLEDVPLTMHNFVRKTFFSLAFCDFCLKFLF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 HGFRCQTCGYKFHQHCSSKVPTVCVDMSTNRQQFYHSVQDLSGGSRQHEAPSNRPLNELL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 HGFRCQTCGYKFHQHCSSKVPTVCVDMSTNRQQFYHSVQDLSGGSRQHEAPSNRPLNELL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 TPQGPSPRTQHCDPEHFPFPAPANAPLQRIRSTSTPNVHMVSTTAPMDSNLIQLTGQSFS
:::::
CCDS59 TPQGPR
>>CCDS61250.1 KSR2 gene_id:283455|Hs108|chr12 (921 aa)
initn: 275 init1: 218 opt: 547 Z-score: 344.8 bits: 74.5 E(32554): 6.9e-13
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CCDS58 EL
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]