Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6181
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6181, 659 aa
1>>>pF1KB6181 659 - 659 aa - 659 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8300+/-0.00106; mu= 16.0747+/- 0.063
mean_var=66.8573+/-13.240, 0's: 0 Z-trim(102.4): 68 B-trim: 15 in 2/48
Lambda= 0.156855
statistics sampled from 6886 (6954) to 6886 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.565), E-opt: 0.2 (0.214), width: 16
Scan time: 3.460
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS749.1 ABCD3 gene_id:5825|Hs108|chr1 ( 659) 4344 992.6 0
CCDS44175.1 ABCD3 gene_id:5825|Hs108|chr1 ( 236) 1474 343.0 2.8e-94
CCDS8734.1 ABCD2 gene_id:225|Hs108|chr12 ( 740) 1041 245.2 2.5e-64
CCDS14728.1 ABCD1 gene_id:215|Hs108|chrX ( 745) 1031 242.9 1.2e-63
CCDS9828.1 ABCD4 gene_id:5826|Hs108|chr14 ( 606) 735 175.9 1.5e-43
CCDS78129.1 TAP2 gene_id:6891|Hs108|chr6 ( 686) 265 69.6 1.7e-11
CCDS2436.1 ABCB6 gene_id:10058|Hs108|chr2 ( 842) 257 67.8 7.2e-11
>>CCDS749.1 ABCD3 gene_id:5825|Hs108|chr1 (659 aa)
initn: 4344 init1: 4344 opt: 4344 Z-score: 5308.8 bits: 992.6 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4344; 100.0% identity (100.0% similar) in 659 aa overlap (1-659:1-659)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAAFSKYLTARNSSLAGAAFLLLCLLHKRRRALGLHGKKSGKPPLQNNEKEGKKERAVVD
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CCDS74 MAAFSKYLTARNSSLAGAAFLLLCLLHKRRRALGLHGKKSGKPPLQNNEKEGKKERAVVD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 KVFFSRLIQILKIMVPRTFCKETGYLVLIAVMLVSRTYCDVWMIQNGTLIESGIIGRSRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 KVFFSRLIQILKIMVPRTFCKETGYLVLIAVMLVSRTYCDVWMIQNGTLIESGIIGRSRK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 DFKRYLLNFIAAMPLISLVNNFLKYGLNELKLCFRVRLTKYLYEEYLQAFTYYKMGNLDN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 DFKRYLLNFIAAMPLISLVNNFLKYGLNELKLCFRVRLTKYLYEEYLQAFTYYKMGNLDN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 RIANPDQLLTQDVEKFCNSVVDLYSNLSKPFLDIVLYIFKLTSAIGAQGPASMMAYLVVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 RIANPDQLLTQDVEKFCNSVVDLYSNLSKPFLDIVLYIFKLTSAIGAQGPASMMAYLVVS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 GLFLTRLRRPIGKMTITEQKYEGEYRYVNSRLITNSEEIAFYNGNKREKQTVHSVFRKLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 GLFLTRLRRPIGKMTITEQKYEGEYRYVNSRLITNSEEIAFYNGNKREKQTVHSVFRKLV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 EHLHNFILFRFSMGFIDSIIAKYLATVVGYLVVSRPFLDLSHPRHLKSTHSELLEDYYQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 EHLHNFILFRFSMGFIDSIIAKYLATVVGYLVVSRPFLDLSHPRHLKSTHSELLEDYYQS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 GRMLLRMSQALGRIVLAGREMTRLAGFTARITELMQVLKDLNHGKYERTMVSQQEKGIEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 GRMLLRMSQALGRIVLAGREMTRLAGFTARITELMQVLKDLNHGKYERTMVSQQEKGIEG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 VQVIPLIPGAGEIIIADNIIKFDHVPLATPNGDVLIRDLNFEVRSGANVLICGPNGCGKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 VQVIPLIPGAGEIIIADNIIKFDHVPLATPNGDVLIRDLNFEVRSGANVLICGPNGCGKS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 SLFRVLGELWPLFGGRLTKPERGKLFYVPQRPYMTLGTLRDQVIYPDGREDQKRKGISDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 SLFRVLGELWPLFGGRLTKPERGKLFYVPQRPYMTLGTLRDQVIYPDGREDQKRKGISDL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 VLKEYLDNVQLGHILEREGGWDSVQDWMDVLSGGEKQRMAMARLFYHKPQFAILDECTSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 VLKEYLDNVQLGHILEREGGWDSVQDWMDVLSGGEKQRMAMARLFYHKPQFAILDECTSA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650
pF1KB6 VSVDVEGYIYSHCRKVGITLFTVSHRKSLWKHHEYYLHMDGRGNYEFKQITEDTVEFGS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 VSVDVEGYIYSHCRKVGITLFTVSHRKSLWKHHEYYLHMDGRGNYEFKQITEDTVEFGS
610 620 630 640 650
>>CCDS44175.1 ABCD3 gene_id:5825|Hs108|chr1 (236 aa)
initn: 1474 init1: 1474 opt: 1474 Z-score: 1806.1 bits: 343.0 E(32554): 2.8e-94
Smith-Waterman score: 1474; 100.0% identity (100.0% similar) in 228 aa overlap (1-228:1-228)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAAFSKYLTARNSSLAGAAFLLLCLLHKRRRALGLHGKKSGKPPLQNNEKEGKKERAVVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MAAFSKYLTARNSSLAGAAFLLLCLLHKRRRALGLHGKKSGKPPLQNNEKEGKKERAVVD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 KVFFSRLIQILKIMVPRTFCKETGYLVLIAVMLVSRTYCDVWMIQNGTLIESGIIGRSRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 KVFFSRLIQILKIMVPRTFCKETGYLVLIAVMLVSRTYCDVWMIQNGTLIESGIIGRSRK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 DFKRYLLNFIAAMPLISLVNNFLKYGLNELKLCFRVRLTKYLYEEYLQAFTYYKMGNLDN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 DFKRYLLNFIAAMPLISLVNNFLKYGLNELKLCFRVRLTKYLYEEYLQAFTYYKMGNLDN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 RIANPDQLLTQDVEKFCNSVVDLYSNLSKPFLDIVLYIFKLTSAIGAQGPASMMAYLVVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 RIANPDQLLTQDVEKFCNSVVDLYSNLSKPFLDIVLYIFKLTSAIGAQVLGKILWH
190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 GLFLTRLRRPIGKMTITEQKYEGEYRYVNSRLITNSEEIAFYNGNKREKQTVHSVFRKLV
>>CCDS8734.1 ABCD2 gene_id:225|Hs108|chr12 (740 aa)
initn: 1539 init1: 906 opt: 1041 Z-score: 1268.4 bits: 245.2 E(32554): 2.5e-64
Smith-Waterman score: 1579; 40.3% identity (70.1% similar) in 670 aa overlap (11-650:22-688)
10 20 30 40
pF1KB6 MAAFSKYLTARNSSLAGAAFLLLCL---LHKRRRALGLHGKKSGK--PP
: . :..::. : : . :: . : ::::.. :
CCDS87 MTHMLNAAADRVKWTRSSAAKRAACLVAAAYALKTLYPIIGKRLKQSG-HGKKKAAAYPA
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90
pF1KB6 LQNNE----KEGKKERAV--VDKVFFSRLIQILKIMVPRTFCKETGYLVLIAVMLVSRTY
.:.: : :. :. ::..:... ::. :. :::.: : .: :.:::.
CCDS87 AENTEILHCTETICEKPSPGVNADFFKQLLELRKILFPKLVTTETGWLCLHSVALISRTF
60 70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 CDVWMIQ-NGTLIESGIIGRSRKDFKRYLLNFIAAMPLISLVNNFLKYGLNELKLCFRVR
.... .: ...: . . : . . . .. :.: ..::. ..: .: : ::.:
CCDS87 LSIYVAGLDGKIVKSIVEKKPRTFIIKLIKWLMIAIP-ATFVNSAIRYLECKLALAFRTR
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 LTKYLYEEYLQAFTYYKMGNLDNRIANPDQLLTQDVEKFCNSVVDLYSNLSKPFLDIVLY
:. . :: :. ::::. :.:.:.::::: ::.:. : .::. :::::.::.::..:
CCDS87 LVDHAYETYFTNQTYYKVINMDGRLANPDQSLTEDIMMFSQSVAHLYSNLTKPILDVMLT
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 IFKL---TSAIGAQ--GPASMMAYLVV--SGLFLTRLRRPIGKMTITEQKYEGEYRYVNS
. : ... ::. :: ...: ::: .. : .::.. : . .: :::.:
CCDS87 SYTLIQTATSRGASPIGP-TLLAGLVVYATAKVLKACSPKFGKLVAEEAHRKGYLRYVHS
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 RLITNSEEIAFYNGNKREKQTVHSVFRKLVEHLHNFILFRFSMGFIDSIIAKYLATVVGY
:.:.: :::::: :.: : . ... .. :..... .. :. . .:.... ::. . :
CCDS87 RIIANVEEIAFYRGHKVEMKQLQKSYKALADQMNLILSKRLWYIMIEQFLMKYVWSSSGL
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380
pF1KB6 LVVSRPFLDLS-----HPRHLKSTHSELLEDYYQSGRMLLRMSQALGRIVLAGREMTRLA
..:. :.. . . . . :: : . . .: ..:. ::. . .:.:.::
CCDS87 IMVAIPIITATGFADGEDGQKQVMVSERTEAFTTARNLLASGADAIERIMSSYKEVTELA
360 370 380 390 400 410
390 400 410 420 430
pF1KB6 GFTARITELMQVLKDLNHGKYERTMVSQQEKG--IEGVQV-IPL---IPGAGEIIIADNI
:.:::. ... :. ....: :.:: : :. .. .:..: .:: . :..: .:.
CCDS87 GYTARVYNMFWVFDEVKRGIYKRTAVIQESESHSKNGAKVELPLSDTLAIKGKVIDVDHG
420 430 440 450 460 470
440 450 460 470 480 490
pF1KB6 IKFDHVPLATPNGDVLIRDLNFEVRSGANVLICGPNGCGKSSLFRVLGELWPLFGGRLTK
: ..::. :: :.:. :::.:. : ..:: ::::::::::::.:. :::.. : : :
CCDS87 IICENVPIITPAGEVVASRLNFKVEEGMHLLITGPNGCGKSSLFRILSGLWPVYEGVLYK
480 490 500 510 520 530
500 510 520 530 540 550
pF1KB6 PERGKLFYVPQRPYMTLGTLRDQVIYPDGREDQKRKGISDLVLKEYLDNVQLGHILEREG
: ..::.::::::.::.:::::::::. .:.. :: .: :.. : ::.: ::..:::
CCDS87 PPPQHMFYIPQRPYMSLGSLRDQVIYPDSVDDMHDKGYTDQDLERILHNVHLYHIVQREG
540 550 560 570 580 590
560 570 580 590 600 610
pF1KB6 GWDSVQDWMDVLSGGEKQRMAMARLFYHKPQFAILDECTSAVSVDVEGYIYSHCRKVGIT
:::.:.:: :::::::::::.:::.:::::..:.:::::::::.:::: :.. . .::.
CCDS87 GWDAVMDWKDVLSGGEKQRMGMARMFYHKPKYALLDECTSAVSIDVEGKIFQAAKGAGIS
600 610 620 630 640 650
620 630 640 650
pF1KB6 LFTVSHRKSLWKHHEYYLHMDGRGNYEFKQITEDTVEFGS
:....:: ::::.: . :..::.:...:.:.
CCDS87 LLSITHRPSLWKYHTHLLQFDGEGGWRFEQLDTAIRLTLSEEKQKLESQLAGIPKMQQRL
660 670 680 690 700 710
CCDS87 NELCKILGEDSVLKTIKNEDETS
720 730 740
>>CCDS14728.1 ABCD1 gene_id:215|Hs108|chrX (745 aa)
initn: 1551 init1: 894 opt: 1031 Z-score: 1256.1 bits: 242.9 E(32554): 1.2e-63
Smith-Waterman score: 1561; 40.1% identity (71.3% similar) in 649 aa overlap (32-650:43-684)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 AAFSKYLTARNSSLAGAAFLLLCLLHKRRRALGLHGKKSGKPPLQNNEKEG-KKERAVVD
: ::.. .:.: ..: : .: ..
CCDS14 NTLKRTAVLLALAAYGAHKVYPLVRQCLAPARGLQAP-AGEP---TQEASGVAAAKAGMN
20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB6 KVFFSRLIQILKIMVPRTFCKETGYLVLIAVMLVSRTYCDVWMIQ-NGTLIESGIIGRSR
.::..::. .:... ::..:.::: :.: .. :::::. .:.. . .: : . :. ..
CCDS14 RVFLQRLLWLLRLLFPRVLCRETGLLALHSAALVSRTFLSVYVARLDGRLARC-IVRKDP
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 KDFKRYLLNFI-AAMPLISLVNNFLKYGLNELKLCFRVRLTKYLYEEYLQAFTYYKMGNL
. : ::... :.: ..::. ..: ..: : :: ::. . :. :.. :::...:.
CCDS14 RAFGWQLLQWLLIALP-ATFVNSAIRYLEGQLALSFRSRLVAHAYRLYFSQQTYYRVSNM
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 DNRIANPDQLLTQDVEKFCNSVVDLYSNLSKPFLDIVLYIFKLTSAIGAQGPASMMAYLV
:.:. :::: ::.:: : ::. :::::.::.::... . : : ..: .. .
CCDS14 DGRLRNPDQSLTEDVVAFAASVAHLYSNLTKPLLDVAVTSYTLLRAARSRGAGTAWPS-A
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 VSGL--FLT----RLRRP-IGKMTITEQKYEGEYRYVNSRLITNSEEIAFYNGNKREKQT
..:: ::: : : .:... : . .:: ::..::...::::::::.:.. :
CCDS14 IAGLVVFLTANVLRAFSPKFGELVAEEARRKGELRYMHSRVVANSEEIAFYGGHEVELAL
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340
pF1KB6 VHSVFRKLVEHLHNFILFRFSMGFIDSIIAKYLATVVGYLVVSRPFLDL-----SHPRHL
.. .. :. ... ..: :. . ...... ::. .. : :.:. :.. : . .
CCDS14 LQRSYQDLASQINLILLERLWYVMLEQFLMKYVWSASGLLMVAVPIITATGYSESDAEAV
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390
pF1KB6 KSTHSELLEDYYQSGR---------MLLRMSQALGRIVLAGREMTRLAGFTARITELMQV
:.. : :. : : .: ..:. ::. . .:.:.:::.:::. :..::
CCDS14 KKAALEKKEEELVSERTEAFTIARNLLTAAADAIERIMSSYKEVTELAGYTARVHEMFQV
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KB6 LKDLN--HGKYERTMVSQQEK----GIEGVQVIPLIPGAGEIIIADNIIKFDHVPLATPN
..:.. : : : . . : : ::.: . :... ... : ...:..::.
CCDS14 FEDVQRCHFKRPRELEDAQAGSGTIGRSGVRVEGPLKIRGQVVDVEQGIICENIPIVTPS
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KB6 GDVLIRDLNFEVRSGANVLICGPNGCGKSSLFRVLGELWPLFGGRLTKPERGKLFYVPQR
:.:.. .::..:. : ..:: ::::::::::::.:: ::: .:: : :: ..::.:::
CCDS14 GEVVVASLNIRVEEGMHLLITGPNGCGKSSLFRILGGLWPTYGGVLYKPPPQRMFYIPQR
490 500 510 520 530 540
520 530 540 550 560 570
pF1KB6 PYMTLGTLRDQVIYPDGREDQKRKGISDLVLKEYLDNVQLGHILEREGGWDSVQDWMDVL
:::..:.:::::::::. ::..::: :. :. :: :.: :::.:::::... :: :::
CCDS14 PYMSVGSLRDQVIYPDSVEDMQRKGYSEQDLEAILDVVHLHHILQREGGWEAMCDWKDVL
550 560 570 580 590 600
580 590 600 610 620 630
pF1KB6 SGGEKQRMAMARLFYHKPQFAILDECTSAVSVDVEGYIYSHCRKVGITLFTVSHRKSLWK
:::::::..:::.:::.:..:.:::::::::.:::: :.. . .::.:....:: ::::
CCDS14 SGGEKQRIGMARMFYHRPKYALLDECTSAVSIDVEGKIFQAAKDAGIALLSITHRPSLWK
610 620 630 640 650 660
640 650
pF1KB6 HHEYYLHMDGRGNYEFKQITEDTVEFGS
.: . :..::.:...:...
CCDS14 YHTHLLQFDGEGGWKFEKLDSAARLSLTEEKQRLEQQLAGIPKMQRRLQELCQILGEAVA
670 680 690 700 710 720
>>CCDS9828.1 ABCD4 gene_id:5826|Hs108|chr14 (606 aa)
initn: 724 init1: 253 opt: 735 Z-score: 895.6 bits: 175.9 E(32554): 1.5e-43
Smith-Waterman score: 902; 29.8% identity (64.0% similar) in 617 aa overlap (52-650:9-603)
30 40 50 60 70 80
pF1KB6 LLCLLHKRRRALGLHGKKSGKPPLQNNEKEGKKERAVVDKVFFSRLIQILKIMVPRTFCK
: : .: :..:..::::.. : .. .
CCDS98 MAVAGPAPGAGARPRLDLQFLQRFLQILKVLFP-SWSS
10 20 30
90 100 110 120 130
pF1KB6 ETGYLVLIAVMLVSRTYCDVWMIQNGTLIES---GIIGRSRKDFKRY-LLNFIAAMPLI-
... . : :. : . ..: . :: : :..: ::.. . :.:.:.: ..
CCDS98 QNALMFLT---LLCLTLLEQFVIYQVGLIPSQYYGVLGN--KDLEGFKTLTFLAVMLIVL
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KB6 -SLVNNFLKYGLNELKLCFRVRLTKYLYEEYLQAFTYYKMGNLDNRIANPDQLLTQDVEK
: ...: .. : : . .: ::..:.. :... .:: .. : . : :::: ..::::.
CCDS98 NSTLKSFDQFTCNLLYVSWRKDLTEHLHRLYFRGRAYYTLNVLRDDIDNPDQRISQDVER
100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240 250
pF1KB6 FCNSVVDLYSNLS-KPFLDIVLYIFKLTSAIGAQGPASMMAYLVVSGLFLTRLRRPIGKM
:: .. .. :.: .:: .: : .. .. : ::.:...:.... . : ::
CCDS98 FCRQLSSMASKLIISPFT-LVYYTYQCFQSTGWLGPVSIFGYFILGTVVNKTLMGPIVMK
160 170 180 190 200 210
260 270 280 290 300 310
pF1KB6 TITEQKYEGEYRYVNSRLITNSEEIAFYNGNKREKQTVHSVFRKLVEHLHNFILFRFSMG
. ..: ::..:. . .. .:.: ::: ... :.. . ...:.. .... .. .
CCDS98 LVHQEKLEGDFRFKHMQIRVNAEPAAFYRAGHVEHMRTDRRLQRLLQTQRELMSKELWL-
220 230 240 250 260 270
320 330 340 350 360
pF1KB6 FIDSIIAKYLATVVGYLVVSRPFL-----DLSHPRHLKSTHSELLEDYYQSGRMLLRMSQ
.: ::.....:.:.. :.. ::: : .:.. : ... . . . .
CCDS98 YIGINTFDYLGSILSYVVIAIPIFSGVYGDLS-PAELSTLVS-------KNAFVCIYLIS
280 290 300 310 320
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 ALGRIVLAGREMTRLAGFTARITELMQVLKDLNHGKYERTMVSQQEKGIEGVQVIPLIPG
. ... . .. .::.: :: .: ..: :.. . . .....: :.. : ::
CCDS98 CFTQLIDLSTTLSDVAGYTHRIGQLRETLLDMSLKSQDCEILGESEWGLD----TP--PG
330 340 350 360 370
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 AGEIIIADNIIKFDHVPLATPNGDV-LIRDLNFEVRSGANVLICGPNGCGKSSLFRVLGE
::. . ...: ...:..: ::.::.... : ..:: : .: ::.::.::::
CCDS98 WPAAEPADTAFLLERVSISAPSSDKPLIKDLSLKISEGQSLLITGNTGTGKTSLLRVLGG
380 390 400 410 420 430
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