Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6183
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6183, 659 aa
1>>>pF1KB6183 659 - 659 aa - 659 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.1088+/-0.000809; mu= 7.5063+/- 0.049
mean_var=152.8083+/-30.445, 0's: 0 Z-trim(113.1): 46 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.103753
statistics sampled from 13756 (13799) to 13756 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.748), E-opt: 0.2 (0.424), width: 16
Scan time: 3.940
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8157.1 SSH3 gene_id:54961|Hs108|chr11 ( 659) 4415 672.7 4.6e-193
CCDS55882.1 SSH1 gene_id:54434|Hs108|chr12 ( 692) 1444 228.0 3.6e-59
CCDS53825.1 SSH1 gene_id:54434|Hs108|chr12 ( 703) 1444 228.0 3.6e-59
CCDS9121.1 SSH1 gene_id:54434|Hs108|chr12 (1049) 1444 228.0 5e-59
CCDS74024.1 SSH2 gene_id:85464|Hs108|chr17 (1450) 1372 217.3 1.2e-55
CCDS11253.1 SSH2 gene_id:85464|Hs108|chr17 (1423) 1364 216.1 2.6e-55
>>CCDS8157.1 SSH3 gene_id:54961|Hs108|chr11 (659 aa)
initn: 4415 init1: 4415 opt: 4415 Z-score: 3579.6 bits: 672.7 E(32554): 4.6e-193
Smith-Waterman score: 4415; 100.0% identity (100.0% similar) in 659 aa overlap (1-659:1-659)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MALVTVSRSPPGSGASTPVGPWDQAVQRRSRLQRRQSFAVLRGAVLGLQDGGDNDDAAEA
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CCDS81 MALVTVSRSPPGSGASTPVGPWDQAVQRRSRLQRRQSFAVLRGAVLGLQDGGDNDDAAEA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 SSEPTEKAPSEEELHGDQTDFGQGSQSPQKQEEQRQHLHLMVQLLRPQDDIRLAAQLEAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 SSEPTEKAPSEEELHGDQTDFGQGSQSPQKQEEQRQHLHLMVQLLRPQDDIRLAAQLEAP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 RPPRLRYLLVVSTREGEGLSQDETVLLGVDFPDSSSPSCTLGLVLPLWSDTQVYLDGDGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 RPPRLRYLLVVSTREGEGLSQDETVLLGVDFPDSSSPSCTLGLVLPLWSDTQVYLDGDGG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 FSVTSGGQSRIFKPISIQTMWATLQVLHQACEAALGSGLVPGGSALTWASHYQERLNSEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 FSVTSGGQSRIFKPISIQTMWATLQVLHQACEAALGSGLVPGGSALTWASHYQERLNSEQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 SCLNEWTAMADLESLRPPSAEPGGSSEQEQMEQAIRAELWKVLDVSDLESVTSKEIRQAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 SCLNEWTAMADLESLRPPSAEPGGSSEQEQMEQAIRAELWKVLDVSDLESVTSKEIRQAL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 ELRLGLPLQQYRDFIDNQMLLLVAQRDRASRIFPHLYLGSEWNAANLEELQRNRVTHILN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 ELRLGLPLQQYRDFIDNQMLLLVAQRDRASRIFPHLYLGSEWNAANLEELQRNRVTHILN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 MAREIDNFYPERFTYHNVRLWDEESAQLLPHWKETHRFIEAARAQGTHVLVHCKMGVSRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 MAREIDNFYPERFTYHNVRLWDEESAQLLPHWKETHRFIEAARAQGTHVLVHCKMGVSRS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 AATVLAYAMKQYECSLEQALRHVQELRPIARPNPGFLRQLQIYQGILTASRQSHVWEQKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 AATVLAYAMKQYECSLEQALRHVQELRPIARPNPGFLRQLQIYQGILTASRQSHVWEQKV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 GGVSPEEHPAPEVSTPFPPLPPEPEGGGEEKVVGMEESQAAPKEEPGPRPRINLRGVMRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 GGVSPEEHPAPEVSTPFPPLPPEPEGGGEEKVVGMEESQAAPKEEPGPRPRINLRGVMRS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 ISLLEPSLELESTSETSDMPEVFSSHESSHEEPLQPFPQLARTKGGQQVDRGPQPALKSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 ISLLEPSLELESTSETSDMPEVFSSHESSHEEPLQPFPQLARTKGGQQVDRGPQPALKSR
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650
pF1KB6 QSVVTLQGSAVVANRTQAFQEQEQGQGQGQGEPCISSTPRFRKVVRQASVHDSGEEGEA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 QSVVTLQGSAVVANRTQAFQEQEQGQGQGQGEPCISSTPRFRKVVRQASVHDSGEEGEA
610 620 630 640 650
>>CCDS55882.1 SSH1 gene_id:54434|Hs108|chr12 (692 aa)
initn: 1408 init1: 800 opt: 1444 Z-score: 1175.9 bits: 228.0 E(32554): 3.6e-59
Smith-Waterman score: 1485; 42.4% identity (67.9% similar) in 642 aa overlap (1-630:1-600)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MALVTVSRSPPGSGASTPVGPWDQAV----QRRSRLQRRQSFAVLRGAVLGLQDGGDNDD
:::::..::: :.::. .. . . .:. :. .:: ...::.: ::.:
CCDS55 MALVTLQRSPTPSAASSSASNSELEAGSEEDRKLNLSLSESFFMVKGAALFLQQG-----
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 AAEASSEPTEKAPSEEELHGDQTDFGQGS-QSPQKQE-EQRQHLHLMVQLLRPQDDIRLA
: : :: : : :.:. . :::..:..::: .: :.::
CCDS55 -----SSPQ----------------GQRSLQHPHKHAGDLPQHLQVMINLLRCEDRIKLA
60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 AQLEAPRPPRLRYLLVVSTREGEGLSQDETVLLGVDFPDSSSPSCTLGLVLPLWSDTQVY
..::. :.::..:: . . . .:..:::::: .. : :::.:.:: :::::...
CCDS55 VRLESAWADRVRYMVVVYSSGRQ--DTEENILLGVDFSSKESKSCTIGMVLRLWSDTKIH
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 LDGDGGFSVTSGGQSRIFKPISIQTMWATLQVLHQACEAALGSGLVPGGSALTWASHYQE
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CCDS55 LDGDGGFSVSTAGRMHIFKPVSVQAMWSALQVLHKACEVARRHNYFPGGVALIWATYYES
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 RLNSEQSCLNEWTAMADLESLRP--PSAEPGGSSEQEQMEQAIRAELWKVLDVSDLESVT
..:::::.:::.:: :::: :: :. .: :. :. :.:.: ... .:::.::
CCDS55 CISSEQSCINEWNAMQDLESTRPDSPALFVDKPTEGERTERLIKAKLRSIMMSQDLENVT
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 SKEIRQALELRLGLPLQQYRDFIDNQMLLLVAQRDRASRIFPHLYLGSEWNAANLEELQR
:::::. :: ... :.. ..::::.:::...: :. : :: ::::::::::.::::::
CCDS55 SKEIRNELEKQMNCNLKELKEFIDNEMLLILGQMDKPSLIFDHLYLGSEWNASNLEELQG
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 NRVTHILNMAREIDNFYPERFTYHNVRLWDEESAQLLPHWKETHRFIEAARAQGTHVLVH
. : .:::..::::::.: :.:::.:..:::...:: ::.:...::. :. . .. :::
CCDS55 SGVDYILNVTREIDNFFPGLFAYHNIRVYDEETTDLLAHWNEAYHFINKAKRNHSKCLVH
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KB6 CKMGVSRSAATVLAYAMKQYECSLEQALRHVQELRPIARPNPGFLRQLQIYQGILTASRQ
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CCDS55 CKMGVSRSASTVIAYAMKEFGWPLEKAYNYVKQKRSITRPNAGFMRQLSEYEGILDASKQ
400 410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KB6 SH--VWEQKVGGVSPEEHPAPEVSTPFPPLPPEPEGGGEEKVVGMEESQAAPKEEPGPRP
: .:.:.. : ..:. . . : :: :.: : .. .... : : : : :
CCDS55 RHNKLWRQQTD--SSLQQPVDDPAGPGDFLPETPDGTPESQLPFLDDA-AQPGLGP-PLP
460 470 480 490 500
540 550 560 570 580
pF1KB6 RINLRGVMRSISLLEPSLELESTSETS-DMPEVFSSHESSHEEPLQPFPQLARTKGGQQV
.: : . : :: : :. : . . :: .:. :: : .. ::
CCDS55 -CCFR---RLSDPLLPSPEDETGSLVHLEDPE----REALLEEAAPPAEVHRPARQPQQG
510 520 530 540 550 560
590 600 610 620 630 640
pF1KB6 DRGPQPALKSRQSVVTLQGSAVVANRTQAFQ-EQEQGQGQGQGEPCISSTPRFRKVVRQA
. . .:.. . .: . .. :. . :.:.: : :.
CCDS55 SGLCEKDVKKKLEFGSPKGRS--GSLLQVEETEREEGLGAGRWGQLPTQLDQNLLNSENL
570 580 590 600 610
650
pF1KB6 SVHDSGEEGEA
CCDS55 NNNSKRSCPNGMEVGRARPAGWHTPSLPSHSNWPTSASVVGTTGTRHHTQLIFFYCLLWA
620 630 640 650 660 670
>>CCDS53825.1 SSH1 gene_id:54434|Hs108|chr12 (703 aa)
initn: 1349 init1: 800 opt: 1444 Z-score: 1175.8 bits: 228.0 E(32554): 3.6e-59
Smith-Waterman score: 1448; 44.8% identity (71.1% similar) in 558 aa overlap (82-630:71-611)
60 70 80 90 100
pF1KB6 GDNDDAAEASSEPTEKAPSEEELHGDQTDFGQGS-QSPQKQE-EQRQHLHLMVQLLRPQD
:: : : :.:. . :::..:..::: .:
CCDS53 PEVSSSNYLSESFFMVKGAALFLQQGSSPQGQRSLQHPHKHAGDLPQHLQVMINLLRCED
50 60 70 80 90 100
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 DIRLAAQLEAPRPPRLRYLLVVSTREGEGLSQDETVLLGVDFPDSSSPSCTLGLVLPLWS
:.::..::. :.::..:: . :. . .:..:::::: .. : :::.:.:: :::
CCDS53 RIKLAVRLESAWADRVRYMVVVYSS-GRQ-DTEENILLGVDFSSKESKSCTIGMVLRLWS
110 120 130 140 150
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 DTQVYLDGDGGFSVTSGGQSRIFKPISIQTMWATLQVLHQACEAALGSGLVPGGSALTWA
::...:::::::::...:. .::::.:.:.::..:::::.:::.: . ::: :: ::
CCDS53 DTKIHLDGDGGFSVSTAGRMHIFKPVSVQAMWSALQVLHKACEVARRHNYFPGGVALIWA
160 170 180 190 200 210
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 SHYQERLNSEQSCLNEWTAMADLESLRP--PSAEPGGSSEQEQMEQAIRAELWKVLDVSD
..:. ..:::::.:::.:: :::: :: :. .: :. :. :.:.: ... .:
CCDS53 TYYESCISSEQSCINEWNAMQDLESTRPDSPALFVDKPTEGERTERLIKAKLRSIMMSQD
220 230 240 250 260 270
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 LESVTSKEIRQALELRLGLPLQQYRDFIDNQMLLLVAQRDRASRIFPHLYLGSEWNAANL
::.:::::::. :: ... :.. ..::::.:::...: :. : :: ::::::::::.::
CCDS53 LENVTSKEIRNELEKQMNCNLKELKEFIDNEMLLILGQMDKPSLIFDHLYLGSEWNASNL
280 290 300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KB6 EELQRNRVTHILNMAREIDNFYPERFTYHNVRLWDEESAQLLPHWKETHRFIEAARAQGT
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CCDS53 EELQGSGVDYILNVTREIDNFFPGLFAYHNIRVYDEETTDLLAHWNEAYHFINKAKRNHS
340 350 360 370 380 390
410 420 430 440 450 460
pF1KB6 HVLVHCKMGVSRSAATVLAYAMKQYECSLEQALRHVQELRPIARPNPGFLRQLQIYQGIL
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CCDS53 KCLVHCKMGVSRSASTVIAYAMKEFGWPLEKAYNYVKQKRSITRPNAGFMRQLSEYEGIL
400 410 420 430 440 450
470 480 490 500 510 520
pF1KB6 TASRQSH--VWEQKVGGVSPEEHPAPEVSTPFPPLPPEPEGGGEEKVVGMEESQAAPKEE
::.: : .:.:.. : ..:. . . : :: :.: : .. .... : :
CCDS53 DASKQRHNKLWRQQTD--SSLQQPVDDPAGPGDFLPETPDGTPESQLPFLDDA-AQPGLG
460 470 480 490 500 510
530 540 550 560 570 580
pF1KB6 PGPRPRINLRGVMRSISL-LEPSLELESTSETS-DMPEVFSSHESSHEEPLQPFPQLART
: : : .: .: : :: : :. : . . :: .:. :: : .
CCDS53 P-PLP-----CCFRRLSDPLLPSPEDETGSLVHLEDPE----REALLEEAAPPAEVHRPA
520 530 540 550 560
590 600 610 620 630 640
pF1KB6 KGGQQVDRGPQPALKSRQSVVTLQGSAVVANRTQAFQ-EQEQGQGQGQGEPCISSTPRFR
. :: . . .:.. . .: . .. :. . :.:.: : :.
CCDS53 RQPQQGSGLCEKDVKKKLEFGSPKGRS--GSLLQVEETEREEGLGAGRWGQLPTQLDQNL
570 580 590 600 610 620
650
pF1KB6 KVVRQASVHDSGEEGEA
CCDS53 LNSENLNNNSKRSCPNGMEVGRARPAGWHTPSLPSHSNWPTSASVVGTTGTRHHTQLIFF
630 640 650 660 670 680
>>CCDS9121.1 SSH1 gene_id:54434|Hs108|chr12 (1049 aa)
initn: 1364 init1: 800 opt: 1444 Z-score: 1173.1 bits: 228.0 E(32554): 5e-59
Smith-Waterman score: 1485; 42.4% identity (67.9% similar) in 642 aa overlap (1-630:1-600)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MALVTVSRSPPGSGASTPVGPWDQAV----QRRSRLQRRQSFAVLRGAVLGLQDGGDNDD
:::::..::: :.::. .. . . .:. :. .:: ...::.: ::.:
CCDS91 MALVTLQRSPTPSAASSSASNSELEAGSEEDRKLNLSLSESFFMVKGAALFLQQG-----
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 AAEASSEPTEKAPSEEELHGDQTDFGQGS-QSPQKQE-EQRQHLHLMVQLLRPQDDIRLA
: : :: : : :.:. . :::..:..::: .: :.::
CCDS91 -----SSPQ----------------GQRSLQHPHKHAGDLPQHLQVMINLLRCEDRIKLA
60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 AQLEAPRPPRLRYLLVVSTREGEGLSQDETVLLGVDFPDSSSPSCTLGLVLPLWSDTQVY
..::. :.::..:: . . . .:..:::::: .. : :::.:.:: :::::...
CCDS91 VRLESAWADRVRYMVVVYSSGRQ--DTEENILLGVDFSSKESKSCTIGMVLRLWSDTKIH
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 LDGDGGFSVTSGGQSRIFKPISIQTMWATLQVLHQACEAALGSGLVPGGSALTWASHYQE
:::::::::...:. .::::.:.:.::..:::::.:::.: . ::: :: ::..:.
CCDS91 LDGDGGFSVSTAGRMHIFKPVSVQAMWSALQVLHKACEVARRHNYFPGGVALIWATYYES
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 RLNSEQSCLNEWTAMADLESLRP--PSAEPGGSSEQEQMEQAIRAELWKVLDVSDLESVT
..:::::.:::.:: :::: :: :. .: :. :. :.:.: ... .:::.::
CCDS91 CISSEQSCINEWNAMQDLESTRPDSPALFVDKPTEGERTERLIKAKLRSIMMSQDLENVT
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pF1KB6 SKEIRQALELRLGLPLQQYRDFIDNQMLLLVAQRDRASRIFPHLYLGSEWNAANLEELQR
:::::. :: ... :.. ..::::.:::...: :. : :: ::::::::::.::::::
CCDS91 SKEIRNELEKQMNCNLKELKEFIDNEMLLILGQMDKPSLIFDHLYLGSEWNASNLEELQG
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 NRVTHILNMAREIDNFYPERFTYHNVRLWDEESAQLLPHWKETHRFIEAARAQGTHVLVH
. : .:::..::::::.: :.:::.:..:::...:: ::.:...::. :. . .. :::
CCDS91 SGVDYILNVTREIDNFFPGLFAYHNIRVYDEETTDLLAHWNEAYHFINKAKRNHSKCLVH
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KB6 CKMGVSRSAATVLAYAMKQYECSLEQALRHVQELRPIARPNPGFLRQLQIYQGILTASRQ
:::::::::.::.:::::.. ::.: .:.. : :.::: ::.:::. :.::: ::.:
CCDS91 CKMGVSRSASTVIAYAMKEFGWPLEKAYNYVKQKRSITRPNAGFMRQLSEYEGILDASKQ
400 410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KB6 SH--VWEQKVGGVSPEEHPAPEVSTPFPPLPPEPEGGGEEKVVGMEESQAAPKEEPGPRP
: .:.:.. : ..:. . . : :: :.: : .. .... : : : : :
CCDS91 RHNKLWRQQTD--SSLQQPVDDPAGPGDFLPETPDGTPESQLPFLDDA-AQPGLGP-PLP
460 470 480 490 500
540 550 560 570 580
pF1KB6 RINLRGVMRSISLLEPSLELESTSETS-DMPEVFSSHESSHEEPLQPFPQLARTKGGQQV
.: : . : :: : :. : . . :: .:. :: : .. ::
CCDS91 -CCFR---RLSDPLLPSPEDETGSLVHLEDPE----REALLEEAAPPAEVHRPARQPQQG
510 520 530 540 550 560
590 600 610 620 630 640
pF1KB6 DRGPQPALKSRQSVVTLQGSAVVANRTQAFQ-EQEQGQGQGQGEPCISSTPRFRKVVRQA
. . .:.. . .: . .. :. . :.:.: : :.
CCDS91 SGLCEKDVKKKLEFGSPKGRS--GSLLQVEETEREEGLGAGRWGQLPTQLDQNLLNSENL
570 580 590 600 610
650
pF1KB6 SVHDSGEEGEA
CCDS91 NNNSKRSCPNGMEDDAIFGILNKVKPSYKSCADCMYPTASGAPEASRERCEDPNAPAICT
620 630 640 650 660 670
>>CCDS74024.1 SSH2 gene_id:85464|Hs108|chr17 (1450 aa)
initn: 902 init1: 776 opt: 1372 Z-score: 1112.8 bits: 217.3 E(32554): 1.2e-55
Smith-Waterman score: 1407; 41.9% identity (72.2% similar) in 544 aa overlap (1-526:1-532)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MALVTVSRSPPGSGASTPVGPWDQAVQRRSRLQRRQSFAVL-----RGAVLGLQDGGDND
::::::.::: : .:.: . :.:. .: :.: .. .. .. .:.
CCDS74 MALVTVQRSPTPSTTSSPCAS-------SSHLEDSESAALLCCECEESEIFTDSNEADSG
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KB6 DAAEASSEPTEKAPSEEELHGDQTDF--GQGSQSPQKQEEQ-------RQHLHLMVQLLR
. : :.: . : ..: . :.::..:. .... .:::. : :::
CCDS74 EE-ECRSQPRSISESFLTVKGAALFLPRGNGSSTPRISHRRNKHAGDLQQHLQAMFILLR
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 PQDDIRLAAQLEAPRPPRLRYLLVVSTREGEGLSQDETVLLGVDFPDSSSPSCTLGLVLP
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