FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB6193, 662 aa 1>>>pF1KB6193 662 - 662 aa - 662 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3557+/-0.00114; mu= 15.0081+/- 0.068 mean_var=95.3505+/-19.008, 0's: 0 Z-trim(104.0): 52 B-trim: 129 in 1/50 Lambda= 0.131345 statistics sampled from 7657 (7698) to 7657 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.585), E-opt: 0.2 (0.236), width: 16 Scan time: 3.340 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS13673.1 MX1 gene_id:4599|Hs108|chr21 ( 662) 4261 818.4 0 CCDS74796.1 MX1 gene_id:4599|Hs108|chr21 ( 508) 2725 527.3 2e-149 CCDS13672.1 MX2 gene_id:4600|Hs108|chr21 ( 715) 2572 498.4 1.5e-140 CCDS43882.1 DNM1 gene_id:1759|Hs108|chr9 ( 851) 834 169.1 2.3e-41 CCDS75911.1 DNM1 gene_id:1759|Hs108|chr9 ( 851) 834 169.1 2.3e-41 CCDS75912.1 DNM1 gene_id:1759|Hs108|chr9 ( 864) 834 169.1 2.3e-41 CCDS6895.1 DNM1 gene_id:1759|Hs108|chr9 ( 864) 834 169.1 2.3e-41 CCDS32908.1 DNM2 gene_id:1785|Hs108|chr19 ( 866) 834 169.1 2.3e-41 CCDS45969.1 DNM2 gene_id:1785|Hs108|chr19 ( 870) 834 169.1 2.4e-41 CCDS32907.1 DNM2 gene_id:1785|Hs108|chr19 ( 866) 823 167.0 1e-40 CCDS59351.1 DNM2 gene_id:1785|Hs108|chr19 ( 869) 823 167.0 1e-40 CCDS45968.1 DNM2 gene_id:1785|Hs108|chr19 ( 870) 823 167.0 1e-40 CCDS60356.1 DNM3 gene_id:26052|Hs108|chr1 ( 555) 812 164.8 2.9e-40 CCDS44276.1 DNM3 gene_id:26052|Hs108|chr1 ( 859) 812 164.9 4.2e-40 CCDS53431.1 DNM3 gene_id:26052|Hs108|chr1 ( 863) 812 164.9 4.2e-40 CCDS81680.1 DNM1L gene_id:10059|Hs108|chr12 ( 712) 481 102.2 2.7e-21 CCDS61096.1 DNM1L gene_id:10059|Hs108|chr12 ( 738) 481 102.2 2.8e-21 CCDS61095.1 DNM1L gene_id:10059|Hs108|chr12 ( 749) 481 102.2 2.8e-21 CCDS8728.1 DNM1L gene_id:10059|Hs108|chr12 ( 699) 474 100.8 6.7e-21 CCDS8730.1 DNM1L gene_id:10059|Hs108|chr12 ( 710) 474 100.8 6.8e-21 CCDS61098.1 DNM1L gene_id:10059|Hs108|chr12 ( 725) 474 100.8 6.9e-21 CCDS8729.1 DNM1L gene_id:10059|Hs108|chr12 ( 736) 474 100.8 7e-21 CCDS43186.1 OPA1 gene_id:4976|Hs108|chr3 ( 960) 396 86.1 2.5e-16 CCDS33917.1 OPA1 gene_id:4976|Hs108|chr3 ( 997) 396 86.1 2.5e-16 >>CCDS13673.1 MX1 gene_id:4599|Hs108|chr21 (662 aa) initn: 4261 init1: 4261 opt: 4261 Z-score: 4367.2 bits: 818.4 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 4261; 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CCDS74 NFQEGGQQAHLQPHPFDHPVLHAPDVRPAASEGHAAAPAGQGHLQLAPEGAERHQRQAEV 430 440 450 460 470 480 >>CCDS13672.1 MX2 gene_id:4600|Hs108|chr21 (715 aa) initn: 2558 init1: 1767 opt: 2572 Z-score: 2637.1 bits: 498.4 E(32554): 1.5e-140 Smith-Waterman score: 2572; 63.9% identity (86.6% similar) in 626 aa overlap (38-660:86-709) 10 20 30 40 50 60 pF1KB6 IAKADPAAASHPLLLNGDATVAQKNPGSVAENNLCSQYEEKVRPCIDLIDSLRALGVEQD :::: ::::.:::::::::::::::::::: CCDS13 AAFLAKDFNFLTLNNQPPPGNRSQPRAMGPENNLYSQYEQKVRPCIDLIDSLRALGVEQD 60 70 80 90 100 110 70 80 90 100 110 120 pF1KB6 LALPAIAVIGDQSSGKSSVLEALSGVALPRGSGIVTRCPLVLKLKKLVNEDKWRGKVSYQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: : : :..::. 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CCDS13 EADKMFFLIEKIKMFNQDIEKLVEGEEVVRENETRLYNKIREDFKNWVGILATNTQKVKN 420 430 440 450 460 470 430 440 450 460 470 480 pF1KB6 ILSRKIQKFENQYRGRELPGFVNYRTFETIVKQQIKALEEPAVDMLHTVTDMVRLAFTDV :. ....:.:.::::.:: :::::.::: ::.: :. : :::..::. . .... :: .: CCDS13 IIHEEVEKYEKQYRGKELLGFVNYKTFEIIVHQYIQQLVEPALSMLQKAMEIIQQAFINV 480 490 500 510 520 530 490 500 510 520 530 540 pF1KB6 SIKNFEEFFNLHRTAKSKIEDIRAEQEREGEKLIRLHFQMEQIVYCQDQVYRGALQKVRE . :.: :::::..:..: ::::.... ..:..:.:.:.:::.:.::::.: .:.:::: CCDS13 AKKHFGEFFNLNQTVQSTIEDIKVKHTAKAENMIQLQFRMEQMVFCQDQIYSVVLKKVRE 540 550 560 570 580 590 550 560 570 580 590 600 pF1KB6 KELEEEKKKKSWDF---GAFQSSSATDSSMEEIFQHLMAYHQEASKRISSHIPLIIQFFM :. . : .. . : :. .. ::. :: :: :: :.:::....::.:::.:: CCDS13 -EIFNPLGTPSQNMKLNSHFPSNESSVSSFTEIGIHLNAYFLETSKRLANQIPFIIQYFM 600 610 620 630 640 650 610 620 630 640 650 660 pF1KB6 LQTYGQQLQKAMLQLLQDKDTYSWLLKERSDTSDKRKFLKERLARLTQARRRLAQFPG :. :..:::::.:.::.:. :::::.:.:.:. ::..::::. ::::::. : :: CCDS13 LRENGDSLQKAMMQILQEKNRYSWLLQEQSETATKRRILKERIYRLTQARHALCQFSSKE 660 670 680 690 700 710 CCDS13 IH >>CCDS43882.1 DNM1 gene_id:1759|Hs108|chr9 (851 aa) initn: 714 init1: 368 opt: 834 Z-score: 856.1 bits: 169.1 E(32554): 2.3e-41 Smith-Waterman score: 834; 32.8% identity (64.6% similar) in 525 aa overlap (47-558:7-512) 20 30 40 50 60 70 pF1KB6 SHPLLLNGDATVAQKNPGSVAENNLCSQYEEKVRPCID-LIDSLRALGVEQDLALPAIAV : . : .. : :.. :.: . :: :: ::: CCDS43 MGNRGMEDLIPLVNRLQDAFSAIGQNADLDLPQIAV 10 20 30 80 90 100 110 120 130 pF1KB6 IGDQSSGKSSVLEALSGVA-LPRGSGIVTRCPLVLKLKKLVNEDKW----RGKVSYQDYE .: ::.::::::: . : :::::::::: ::::.: . ..: .:: .. :.: CCDS43 VGGQSAGKSSVLENFVGRDFLPRGSGIVTRRPLVLQLVNATTEYAEFLHCKGK-KFTDFE 40 50 60 70 80 90 140 150 160 170 180 190 pF1KB6 IEISDASEVEKEINKAQNAIAGEGMGISHELITLEISSRDVPDLTLIDLPGITRVAVGNQ ::. ::. . ..: . ::: :.:.. : : .:::.::::.:.: ::.: CCDS43 -------EVRLEIEAETDRVTGTNKGISPVPINLRVYSPHVLNLTLVDLPGMTKVPVGDQ 100 110 120 130 140 200 210 220 230 240 250 pF1KB6 PADIGYKIKTLIKKYIQRQETISLVVVPSNVDIATTEALSMAQEVDPEGDRTIGILTKPD : :: ..:. .. ... ... . :.: :.: :.:...::..:.::::.:.::::..:: : CCDS43 PPDIEFQIRDMLMQFVTKENCLILAVSPANSDLANSDALKVAKEVDPQGQRTIGVITKLD 150 160 170 180 190 200 260 270 280 290 300 310 pF1KB6 LVDKGTEDKVVDVVRNLVFHLKKGYMIVKCRGQQEIQDQLSLSEALQREKIFFENHPYFR :.:.::. . ::..: .. :..::. : :.:..:. . ... :: :. :: .:: .: CCDS43 LMDEGTDAR--DVLENKLLPLRRGYIGVVNRSQKDIDGKKDITAALAAERKFFLSHPSYR 210 220 230 240 250 260 320 330 340 350 360 370 pF1KB6 DLLEEGKATVPCLAEKLTSELITHICKSLPLLENQIKETHQRITEELQKYGVDIPEDENE : . . .: : . :...: .:: .:: :.:... : .:...: :.: . CCDS43 HLAD--RMGTPYLQKVLNQQLTNHIRDTLPGLRNKLQSQLLSIEKEVEEYKNFRPDDPAR 270 280 290 300 310 320 380 390 400 410 420 pF1KB6 KMFFLIDKINAFNQDITALMQGE-ETVGEEDIRLFTRLRHEFHKWST--IIENNFQEGHK : :.. .. : :. ..: . . .. .:. . ::. ... .:.: : CCDS43 KTKALLQMVQQFAVDFEKRIEGSGDQIDTYELSGGARINRIFHERFPFELVKMEFDE--K 330 340 350 360 370 380 430 440 450 460 470 480 pF1KB6 ILSRKIQKFENQYRGRELPGFVNYRTFETIVKQQIKALEEPA---VDMLHTVTDMVRLAF : :.:. .. .: . :. .::::::.:.: ..:: :::. ..... . CCDS43 ELRREISYAIKNIHGIRTGLFTPDMAFETIVKKQVKKIREPCLKCVDMV--ISELI--ST 390 400 410 420 430 490 500 510 520 530 540 pF1KB6 TDVSIKNFEEFFNLHRTAKSKIED-IRAEQEREGEKLIRLHFQMEQIVYCQDQVYRGALQ . :..... :.. . . :: .. : :... : ...: . .. .. 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CCDS75 TIRKCSEKLQQYPRLREEMERIVTTHIREREGRTKEQVMLLIDIELAYMNTNHEDFIGFA 440 450 460 470 480 490 550 560 570 580 590 600 pF1KB6 KVREKELEEEKKKKSWDFGAFQSSSATDSSMEEIFQHLMAYHQEASKRISSHIPLIIQFF ..... . .::: : CCDS75 NAQQRSNQMNKKKTSGNQDEILVIRKGWLTINNIGIMKGGSKEYWFVLTAENLSWYKDDE 500 510 520 530 540 550 >>CCDS6895.1 DNM1 gene_id:1759|Hs108|chr9 (864 aa) initn: 714 init1: 368 opt: 834 Z-score: 856.0 bits: 169.1 E(32554): 2.3e-41 Smith-Waterman score: 834; 32.8% identity (64.6% similar) in 525 aa overlap (47-558:7-512) 20 30 40 50 60 70 pF1KB6 SHPLLLNGDATVAQKNPGSVAENNLCSQYEEKVRPCID-LIDSLRALGVEQDLALPAIAV : . : .. : :.. :.: . :: :: ::: CCDS68 MGNRGMEDLIPLVNRLQDAFSAIGQNADLDLPQIAV 10 20 30 80 90 100 110 120 130 pF1KB6 IGDQSSGKSSVLEALSGVA-LPRGSGIVTRCPLVLKLKKLVNEDKW----RGKVSYQDYE .: ::.::::::: . : :::::::::: ::::.: . ..: .:: .. :.: CCDS68 VGGQSAGKSSVLENFVGRDFLPRGSGIVTRRPLVLQLVNATTEYAEFLHCKGK-KFTDFE 40 50 60 70 80 90 140 150 160 170 180 190 pF1KB6 IEISDASEVEKEINKAQNAIAGEGMGISHELITLEISSRDVPDLTLIDLPGITRVAVGNQ ::. ::. . ..: . ::: :.:.. : : .:::.::::.:.: ::.: CCDS68 -------EVRLEIEAETDRVTGTNKGISPVPINLRVYSPHVLNLTLVDLPGMTKVPVGDQ 100 110 120 130 140 200 210 220 230 240 250 pF1KB6 PADIGYKIKTLIKKYIQRQETISLVVVPSNVDIATTEALSMAQEVDPEGDRTIGILTKPD : :: ..:. .. ... ... . :.: :.: :.:...::..:.::::.:.::::..:: : CCDS68 PPDIEFQIRDMLMQFVTKENCLILAVSPANSDLANSDALKVAKEVDPQGQRTIGVITKLD 150 160 170 180 190 200 260 270 280 290 300 310 pF1KB6 LVDKGTEDKVVDVVRNLVFHLKKGYMIVKCRGQQEIQDQLSLSEALQREKIFFENHPYFR :.:.::. . ::..: .. :..::. : :.:..:. . ... :: :. :: .:: .: CCDS68 LMDEGTDAR--DVLENKLLPLRRGYIGVVNRSQKDIDGKKDITAALAAERKFFLSHPSYR 210 220 230 240 250 260 320 330 340 350 360 370 pF1KB6 DLLEEGKATVPCLAEKLTSELITHICKSLPLLENQIKETHQRITEELQKYGVDIPEDENE : . . .: : . :...: .:: .:: :.:... : .:...: :.: . 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CCDS32 GTDAR--DVLENKLLPLRRGYIGVVNRSQKDIEGKKDIRAALAAERKFFLSHPAYRHMAD 220 230 240 250 260 270 320 330 340 350 360 370 pF1KB6 EGKATVPCLAEKLTSELITHICKSLPLLENQIKETHQRITEELQKYGVDIPEDENEKMFF . .: : . :...: .:: .::: :..... . .:...: :.: ..: CCDS32 --RMGTPHLQKTLNQQLTNHIRESLPALRSKLQSQLLSLEKEVEEYKNFRPDDPTRKTKA 280 290 300 310 320 380 390 400 410 420 430 pF1KB6 LIDKINAFNQDITALMQGE-ETVGEEDIRLFTRLRHEFHKWST--IIENNFQEGHKILSR :.. .. :. :. ..: . : .. .:. . ::. ... .:.: : : : CCDS32 LLQMVQQFGVDFEKRIEGSGDQVDTLELSGGARINRIFHERFPFELVKMEFDE--KDLRR 330 340 350 360 370 380 440 450 460 470 480 490 pF1KB6 KIQKFENQYRGRELPGFVNYRTFETIVKQQIKALEEPAVDMLHTVTDMVRLAFTDVSIKN .:. .. .: . :. .::.:::.:: :.::.. .:.: .. : ::. 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